2LSNA

Solution structure of pfv rnase h domain
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GAMGQYEGVFYTDGSAIKSPDPTKSNNAGMGIVHATYKPEYQVLNQWSIPLGNHTAQMAEIAAVEFACKKALKIPGPVLVITDSFYVAESANKELPYWKSNGFVNNKKKPLKHISKWKSIAECLSMKPDITIQHEKGHQPTNTSIHTEGNALADKLATQGSYVVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords RNase H
publication title The solution structure of the prototype foamy virus RNase H domain indicates an important role of the basic loop in substrate binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
total genus 41
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2lsnA00
4KKOA 1HYZA 1Y97A 1DLOA 3SQ1A 3O3GA 1EETA 3MXMA 3PY8A 4M3YA 1HYVA 5CZ1A 4CK3A 4HCBA 1RBTA 4B9TA 2HW3A 4CF8A 3T3FA 2G8WA 3D0PA 1RTJA 2P51A 4CJRA 3TAEA 4DG1A 1CXUA 5SZTA 4Z4EA 3M8SA 3DLGA 2HVHA 4CGFA 4DLGA 4DTRA 2G8VA 4N47A 1IO2A 4CEOA 4CK1A 3MAQA 4F8RA 4DSFA 3MEDA 1NJWA 2Z1IA 1RBUA 4DF8A 4ELVA 4FW1A 4DTUA 3TABA 1RDCA 4FLVA 3OJSA 2AJQA 4CJKA 3HVRA 4E1MA 4HCCA 2O4GA 4FJ7A 2YHAA 2KFNA 2KQ2A 4FLYA 4I2PA 1TGOA 1U4BA 3OYNA 1BL3A 1RTIA 3DM2A 4CERA 4Z4FA 4OGCA 3NGIA 4ICLA 1TKDA 4NCBA 1JXBA 4CEEA 1NK5A 4FK2A 1QQCA 4RW9A 3ZSOA 3DLHA 3NF7A 4QOZB 1BIZA 3AA2A 1A5VA 4B8CA 3MEEA 4YNQA 4GMJB 3S9HA 4CEZA 3AO1A 3AVNA 4M3TA 1NJZA 4CGGA 4BDZA 1Z26A 4FJMA 1D8YA 4CFAA 2D0BA 4FM1A 1UAXA 3HL8A 2IAJA 3WNFA 5E41A 4KPYA 3EYZA 4PQUA 2D0CA 2IS3A 3HP6A 1FXXA 2FBVA 1UOCA 3V1OA 3L2QA 3IG1A 4OLAA 2X74A 4CJUA 4Z4HA 1B92A 3DI6A 4W5OA 1VSFA 3NH1A 4I9LA 1NOYA 3NFAA 1WLJA 3EY1A 3KKRA 2VWJA 1ZBHA 4FJNA 2F8SA 3LPTA 4IDKA 2KZMA 2KFZA 3OYJA 4AHCA 1NK6A 1HYSA 1HRHA 4M41A 4HTUA 1QHTA 1NOZA 3ZSZA 1GOBA 1B9FA 4JS4A 3TWHA 4FK4A 1EKEA 1WSEA 3OYBA 4DTSA 4AHVA 2QK9A 1BQMA 2HNYA 3A2FA 3HPGA 3LWLA 3QEPA 4Z0UA 1X9SA 1T05A 3RRGA 4FJXA 4DSLA 2QKBA 3CQ8A 2KTQA 3OY9A 1TK0A 1QTMA 5C42A 2IC3A 1W0HA 1D9FA 4H4MA 3AVGA 4FLUA 1JKHA 2XRIA 5HROA 1BISA 4OKKA 1VK0A 2YNIA 1RBRA 1WSFA 3HYFA 1JLCA 4QAGA 1XHXA 1ASWA 3OVNA 4BACA 2ITGA 2VWKA 2Z1JA 4O44A 1S1UA 1VSEA 1WAFA 2FC0A 3LANA 2OPPA 4RW8A 4CHQA 1ZYQA 3OYEA 2Y1JA 4OLBA 2OPRA 3AO5A 3OYGA 3SJJA 3U3YA 3AVMA 3HP9A 2W42A 3TAQA 4E7JA 2HMIA 3NGYA 2BANA 1K6YA 3DRPA 3DOLA 3ASMA 3E01A 4CFDA 3K5NA 4DS4A 3SQ4A 1VSJA 1S6QA 3C94A 3C6UA 4FM0A 1HJRA 2IOCA 1TL1A 4GVMA 2XO7A 4C8LA 2BE2A 4FJHA 1YTUA 4JLHA 4CGDA 1KFDA 4FYDA 5K14A 2HNDA 3B6PA 4DSJA 3V9UA 5J2QA 3IAYA 4CJPA 1TKXA 2R7YA 4J2AA 1RT5A 3AO2A 3V1QA 1T8EA 3K57A 2PYLA 4CJ3A 2Q3SA 4CJQA 1ZBIA 4FLWA 2F8TA 3M8PA 1JLQA 1NJYA 3JYTA 2VG5A 5D3GA 3LALA 2FBYA 4KTWA 2P1JA 2OYQA 3F73A 3RRHA 3SYZA 4HHTA 3RMBA 4J2EA 4KHYA 4M42A 2QXFA 4B9LA 4PY5A 3M8QA 1T03A 1IH7A 4DTXA 4CJFA 3V4IA 4CGJA 2B5JA 3CFRA 3SUQA 4HVJA 1L3TA 1Z25A 1S1WA 4R5PA 3QEIA 3KLEA 1RT4A 4RW6A 3T1AA 1WSIA 1VRTA 1EX4A 4Y1DA 3V1RA 3L8BA 1S1XA 3QLHA 3OYMA 3OYHA 1O1WA 3AVCA 3HSTB 1LWFA 2VG6A 4ELTA 4M45A 2HHWA 1Q9XA 2G8UA 5I42A 1D5AA 2E6MA 3P1GA 4NYFA 1LAWA 5KGXA 4CCHA 4AHTA 4C8KA 4I7FA 4OVLA 4N56A 1S1VA 3RMCA 4OKEA 1Q9YA 1J54A 1XC9A 1L3VA 4B9UA 1UWBA 3MECA 3VQEA 1JLGA 3BDPA 1JL2A 3LP3A 2B6AA 3LAKA 5DK5A 5HRPA 3DLBA 3HJFA 4OKJA 4IG3A 4FXDA 1RBSA 1HNIA 4FVMA 3OYLA 2P5OA 3SV4A 3OYAA 1SV5A 2WONA 2OA8A 1UA0A 3WNGA 2Y1IA 1LV5A 4CJ5A 3PX4A 1VRUA 4Q5VA 2XY6A 2GV9A 3SUOA 1JLEA 3C95A 1BCMA 4IFYA 3TI0A 2HHUA 4CJ4A 1BCOA 5HBMA 3VA0A 3QETA 4CFBA 1SL0A 3VQBA 2YNGA 4RG8A 3ZSYA 1HMVA 3L2VA 1BI4B 5KI6A 1WAJA 4NCAA 3ZSWA 4B3OA 4CIFA 1BQNA 1KTQA 1L5UA 4W5TA 4J2BA 4LSLA 3QIPA 1TK5A 3RR8A 3K2PA 1RDAA 4CJSA 4DLEA 4KAZA 1FKOA 3RR7A 1QSSA 1VSLA 3H08A 1GOCA 3QESA 1LW0A 4B9NA 2YV0X 3VQ8A 5J2PA 3AVLA 1N5YA 3AVKA 1WN7A 4FLZA 4J2DA 3KKSA 4IBNA 1ZBLA 4DQPA 3ALYA 5T7BA 3SCXA 4EZ6A 4C8NA 2ETJA 3AO3A 2YNFA 4PA1A 4E7HA 4DF4A 3SQ0A 3QO9A 4FJ9A 4WE1A 3LDSA 1C0UA 4ZTFA 5HRNA 1JL1A 1RTHA 3CYMA 2DTUA 1BGXT 1RDDA 1J5OA 3ZT0A 4B9MA 3I0RA 3LZIA 4CE9A 2IDOA 3ZSRA 3TARA 4Y1CA 3T19A 1EP4A 4ZHRA 3KK3A 4KTQA 2RPIA 1D9DA 3LZJA 1RCHA 4CHYA 1G15A 4EP5A 4ZTJA 4KV8A 1ASUA 5FROA 3AVFA 4CESA 3VQ6A 3KK1A 2QKKA 3AA4A 1XI1A 1QS4A 1RT1A 1L3SA 3OYIA 3ZSQA 5DMRA 5CYQA 1TAUA 1QSYA 3VQAA 4E7IA 2X78A 1VSIA 1U48A 3G10A 3NE6A 3RTVA 3VQ7A 3VQ5A 4CGIA 1I39A 2DFHA 4CIGA 4K8ZA 1KSPA 2G8FA 2YHBA 1YT3A 3KD1E 4KO0A 1A5WA 3CM5A 1C6VA 1S9GA 4CF0A 4DSKA 1KVBA 4RW4A 2RF2A 1X9WA 1LW2A 1VSDA 2E4LA 4M3XA 2HHSA 3AVAA 4E7KA 5J1EA 4FJ5A 2IGIA 3VQPA 3S3OA 4KFBA 2LSNA 1RT6A 1HNVA 4XIUA 3K5MA 3QNOA 3KLIA 4O4GA 1TL3A 5JS2A 4DSIA 2PYJA 4FJLA 4HUGA 4AHUA 4Z4GA 3V81A 3EZ5A 1C1CA 3ISNC 5FDLA 4CEQA 3AVJA 2DFEA 4CJWA 4OPKA 4JRQA 2YKMA 4DU3A 1SL1A 4I9QA 1CLQA 3V6DA 1S5JA 1XWLA 3DLKA 3VQ9A 4AH9A 5FRMA 2ZQBA 1ZBUA 3RMDA 4W5NA 1A5XA 3CG7A 3QERA 4KRFA 5J2NA 2HHVA 4B9SA 5I3UA 5C25A 1J53A 2XHBA 2Z1GA 3QEXA 1IKWA 4AHSA 4PWDA 4GW6A 3SUPA 3KD5E 2ZD1A 3K58A 1TV6A 1R0AA 4BE0A 2P5GA 3NF8A 4Z4CA 1W9HA 1J9AA 1VSMA 3I0SA 2D5RA 2X6SA 4B8AB 2HHTA 4BWMA 3V9SA 4RW7A 3NF6A 1HQEA 1L3UA 1NJXA 4CFCA 1KCFA 1XHZA 1FKPA 4K8XA 3O3HA 1WSHA 3SPYA 1SKWA 4KREA 4CK2A 4BDYA 4B9VA 1TKZA 5KTQA 1QE1A 5HRSA 4YFUA 5CYMA 3DRRA 1C1BA 4LH5A 4JS5A 1KLMA 5SWMA 3OYFA 3PUFA 1BHLA 3K5OA 3TR8A 1SUQA 3ZCMA 2VG7A 1WNSA 1ASVA 4O0JA 3CFPA 1KLNA 3PO4A 4CJVA 3QEWA 4O0IA 3KTQA 2ZE2A 4L8RB 1NK8A 3F9KA 3VN5A 3BGRA 4DMNA 4O55A 1NK7A 1TK8A 4H4OA 5HRRA 4KI4A 4LD0A 2NUBA 4AHRA 1SKRA 4N41A 2BDPA 2DFFA 3SZ2A 4CJTA 3S3NA 5HP1A 1RTDA 1U49A 1IKVA 1CXQA 3V9WA 4DQIA 1C0MA 3ZSVA 4OJRA 4CHPA 1CZBA 3U3GA 2ATQA 2JGUA 4M3ZA 3G0ZA 3NH2A 2XY7A 2O4IA 4KHWA 2FBXA 1BIUA 4E19A 3KJVA 1NK9A 4C8MA 1N6QA 4FJJA 3SUNA 4DFJA 4FK0A 2BGGA 1DTTA 1VSHA 4IFVA 3LP0A 4FJIA 4NCGA 3L2RA 3AVBA 4M3WA 4ELUA 4MQ3A 4CF1A 3FFIA 3QEVA 4DU4A 3PX6A 3VQQA 4BWJA 1VSKA 3QNNA 4BE2A 4DTMA 1RILA 1GOAA 1YVUA 1S1TA 3TAFA 3AVHA 4W5RA 1U04A 1U47A 4FLXA 3ZT2A 4DQRA 1RDBA 4M3RA 3L3VA 4H8KA 4DQQA 3TAPA 4BE1A 3P5JA 3THVA 4ID1A 3HPOA 4E1NA 1KFSA 3PO5A 3DLEA 4CHNA 3IRXA 4F2RA 1ITGA 3CFOA 4G1QA 4CJEA 4FM2A 4M3UA 3MXJA 4FLTA 3D45A 1S9EA 3PX0A 4C8OA 3NF9A 2F96A 1IKXA 2JLEA 4N5SA 1NK0A 2OPQA 4CGHA 3NHGA 3OJUA 3NCIA 4EP4A 1FK9A 4KB1A 2YKNA 3VQCA 3NGZA 2KZZA 3B6OA 4FCYA 2KW4A 1X9MA 5KRSA 1RBVA 4PUOA 3ZSXA 4DTJA 1RT7A 3PV8A 3K59A 3HK2A 1EXQA 4HUEA 5KGWA 3LAMA 3LWMA 3SNNA 3JSMA 3HPHA 3S3MA 1C1AA 2OZMA 4CHOA 2HB5A 2RKIA 3AA3A 3HT3A 3VA3A 4FJ8A 4FZXC 3HVTA 1IG9A 3DOKA 2Z1HA 3SI6A 4CEFA 3SPZA 1REVA 3O4NA 1HQUA 4E89A 1SL2A 3C6TA 4IG0A 1TAQA 3KK2A 4CHZA 4AILC 2G8HA 5C24A 2XY5A 3HM9A 1JXEA 2YNHA 4DFMA 3P83D 2D0AA 1KRPA 3RWUA 1WSGA 4KHQA 4FW2A 1TVRA 4DTPA 3DRSA 3L2WA 2HNZA 1BI4A 3LP2A 3AV9A 3QIOA 4KTZA 5CY4A 4DFKA 3QINA 1DTQA 2GUIA 1RT2A 3V9XA 2OPSA 4W5QA 4BDPA 1I3AA 3TAMA 3VQDA 3OYKA 1NKCA 2PY5A 4N76A 4NYNA 1SKSA 1NK4A 2GBZA 3HO1A 1QSLA 4DSEA 3AO4A 2HHQA 4CJLA 4I2QA 4F4KA 3MXIA 3NBPA 2RN2A 2HVIA 2HHXA 3OYCA 4B08A 2E6LA 1JLFA 3ZT1A 3WNEA 3ZT4A 4UQGA 4DFPA 3L3UA 4KHNA 3DYAA 5EU7A 3V9ZA 3NAEA 3OYDA 3TANA 2X6NA 2OZSA 1LWEA 1YTAA 1IKYA 1RT3A 2G8KA 4Q0BA 3LPUA 4Z4IA 3MEGA 1WSJA 3O3FA 1LWCA 3AA5X 3CM6A 4DU1A 3L2UA 2PZSA 4FJGA 2G8IA 3ZT3A 4O5BA 4E7LA 4KHUA 3OS0A 4QCLA 4CECA 4E0DA 4DTNA 5J2MA 4CEBA 4OGEA 2FBTA 2XY8A 3M8RA 1KVCA 1MU2A 3I8DA 4DQSA 1T7PA 3KLFA 4IKFA 2A1RA 4F2SA 3VQ4A 1F21A 2WOMA 3KLGA 3OS1A 4E3SA 1LAVA 4CF9A 4MFBA 5CZ2A 3KLHA 4LY7A 4EZ9A 4ID5A 1B9DA 5JS1A 3K5LA 4F3TA 4FZYA 3NH0A 1RNHA 4LSNA 2EHGA 1CZ9A 1TKTA 1NKEA 5KRTA 3AVIA 3O4QA 4KB0A 1HPZA 1JLAA 4HUFA 2B4JA 1JLBA 3SV3A 4DS5A 4KI6A 1Q8IA 3ULDA 4CIEA 5FRNA 3HXMA 1X1PA 4OPJA 2A1SA 1ZBFA 4DTOA 3ITHA 1U45A 1KVAA 1NKBA 4DWIA 5HLFA 2DY4A 3NDKA 3LP1A 3IS9A 1UA1A 4CEAA 2I5JA 4KHSA 1S6PA 3OS2A 3RMAA 1C0TA 3DMJA 4LH4A 4F3OA 4CF2A 4JRPA 3TAGA 4CEDA 3U6FA 4FZZA 3WNHA 3KIOA 4FJKA 3UIQA 3DLRA 2EX3A 3SQ2A 4TSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZXOA 3O08A 4A61A 1NGCA 2E20A 4EHUA 3GDQA 1HYVA 1RBTA 4DG1A 2FSJA 4DLGA 2G8VA 3VMFB 4DF8A 2O8FA 3D2EB 3I55N 4FJ7A 5EVZA 3M1FA 4BRGA 4I2PA 2WC9A 4QS7A 1U4BA 1MDUB 1RTIA 1JCFA 5GAHP 1KC8O 5LL6Z 1QQCA 4RW9A 1Q86O 1JCGA 1BIZA 3AA2A 1HLUA 3MEEA 3E66A 4CEZA 3AVNA 4BDZA 1W97L 1UAXA 5ADXH 5E41A 4KPYA 3WXLA 4V19S 2IS3A 1FXXA 4NLBA 5MLCQ 3CPEA 1UOCA 5H1SQ 3L2QA 4XH1A 3M5RA 1VSFA 4LFAK 1ZBHA 4FJNA 3IFRA 3LPTA 4B1WB 4CZEA 3A8YA 3CCJN 3O5BA 3K0SA 4I6MB 4WQ5A 3TTCA 1B9FA 1DT9A 5JICA 2HNYA 4YOVA 4KHSA 3RRGA 4Z0UA 1DEJA 4BR4A 2YCHA 1BA0A 5GAGP 1QTMA 4BR7A 1D9FA 4FLUA 4L3QA 5HROA 4FWOA 2FXUA 3NMUA 2BUPA 2O8DB 2YNIA 4PL7A 1WSFA 4QAGA 5M1KA 4BACA 2VWKA 4O44A 2OPPA 2J4RA 3OYEA 3IUCA 2OPRA 3U3YA 3AVMA 1T6DA 2W42A 4E7JA 3DWLA 1K6YA 1VQ4N 3SQ4A 3C94A 3WT0A 1HJRA 3P4IA 4FJHA 3B6PA 5AQLA 4DSJA 3V9UA 3IAYA 1RT5A 2F8TA 4C1NK 3M8PA 4WFBL 3LALA 2FBYA 4KTWA 3MWTA 5C2FA 3SYZA 4KHYA 3VGMA 4NO7A 3MN6A 3O9SA 3PIPL 1IH7A 1U6ZA 3K9KA 3V4IA 3CFRA 4R5PA 3OW2M 1MA9B 4FSVA 3CF5L 4BY9C 2IVNA 2O8CA 4GVEA 2AP1A 1S72N 1Q9XA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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