The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
|
sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI4 K; 4DV3 K; 4DV0 K; 4AQY K; 4NXN K; 1XNR K; 4DR1 K; 4DV2 K; 3J7Y P; 4DR3 K; 4LF7 K; 4X66 K; 3OTO K; 4DR2 K; 2F4V K; 4CW7 B; 1FJG K; 5FLX O; 5IWA K; 1N32 K; 4KHP K; 2UXC K; 1IBK K; 1N33 K; 4LF5 K; 4JI3 K; 4DR4 K; 2HHH K; 4JI0 K; 4LFB K; 4X64 K; 1I94 K; 4JI1 K; 5AJ3 K; 4B3R K; 2VQE K; 4DV4 K; 5LMU K; 4K0K K; 2VQF K; 2UUC K; 4YHH K; 4DUY K; 4GKJ K; 3J80 O; 4B3T K; 4GKK K; 4JV5 K; 4LFC K; 2UUA K; 4JI2 K; 4DR6 K; 3T1H K; 4JI6 K; 1HNW K; 4NXM K; 4B3M K; 5A2Q O; 4DR5 K; 4YY3 K; 1J5E K; 4LFA K; 1IBM K; 4DV1 K; 1XMQ K; 1N36 K; 4JI5 K; 4JI7 K; 4LF8 K; 4LF9 K; 1HNX K; 4DUZ K; 4JYA K; 4DR7 K; 2UXB K; 3T1Y K; 4X62 K; 1IBL K; 2UXD K; 5LL6 Z; 2UU9 K; 4B3S K; 4CVN E; 1XNQ K; 3J7A P; 4DV6 K; 4DV5 K; 4LF4 K; 3JAM O; 2E5L K; 3J81 O; 1XMO K; 5LMN K; 4OX9 K; 4V19 S; 4LF6 K; 2UUB K; 5IT9 O; 4JI8 K; 4X65 K; 1N34 K; 2ZM6 K; 5BR8 K; 1HR0 K; 1HNZ K; 4DV7 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EAH D; 1ASV A; 1KAX A; 3O9T A; 4KHW A; 5AQG A; 3CJ1 A; 5LJW A; 1WSE A; 1G15 A; 3BUZ B; 5BPL A; 5AQI A; 4IOC L; 5F1X A; 4IXC A; 3OYK A; 2QWQ A; 1LW2 A; 2F8T A; 3CCJ N; 1C0U A; 3BDP A; 4O5B A; 2CH6 A; 4G1Q A; 3WXJ A; 4H0Y B; 4KHP K; 3SYZ A; 1IBK K; 2IDO A; 3VQE A; 3QES A; 1TKT A; 3P39 A; 4KV8 A; 1BO5 O; 4J2E A; 4CZG A; 1HKC A; 3EEQ A; 4CEQ A; 4E19 A; 5AQF A; 4H0T B; 2OAN A; 5AQJ A; 2E20 A; 3I56 N; 3AA5 X; 3MDQ A; 1VQL N; 4UY8 O; 3HPH A; 3HXM A; 2Q0U A; 3ZSY A; 3DOK A; 4CEB A; 4E7J A; 4O55 A; 3MXM A; 1WSJ A; 4B9M A; 4UQG A; 3FGU A; 4BRH A; 4M41 A; 1HYS A; 1HNW K; 5AQO A; 2X74 A; 1WSF A; 4NXM K; 1VSH A; 1UWB A; 2HMI A; 1MWK A; 4FLY A; 3THV A; 1ASU A; 4H5R A; 1VQ9 N; 3Q7B A; 4Z4G A; 3DI6 A; 3QEP A; 5AQV A; 1VQK N; 3U6F A; 3C6T A; 4JS4 A; 1Z25 A; 1U04 A; 4BE2 A; 4CZI A; 3RVC A; 4BE1 A; 4A5B A; 4Q0B A; 3AA3 A; 3VOV A; 1RT3 A; 4JKD A; 5F0X A; 5T7B A; 4CIE A; 3NF8 A; 1WSG A; 3B6O A; 3O9R A; 3J7A P; 2HHX A; 3HZ6 A; 3H1V X; 4ICL A; 3AAQ A; 2J4R A; 2E4L A; 3LZJ A; 3K0S A; 4CJT A; 3U9Z A; 5AQN A; 2VG5 A; 4ZTJ A; 2WBN A; 4H8K A; 4YOV A; 1WN7 A; 2VG7 A; 3CYM A; 1T3V A; 4FJG A; 1NGJ A; 3IRX A; 4N56 A; 1Q81 O; 1KFS A; 3H1Q A; 1RT1 A; 4WF9 L; 3DYA A; 1QTM A; 1MWM A; 1QVF M; 4FPB A; 1TGO A; 4DSF A; 1NKC A; 4RW8 A; 4RW4 A; 4H0P A; 3KTQ A; 1JLG A; 2YHW A; 1NWK A; 3M8S A; 3D0P A; 1H1V A; 3MCA B; 2X6N A; 3O3H A; 2FLO A; 4CK2 A; 5FRN A; 1N32 K; 4EP5 A; 3AO1 A; 3CJB A; 3L8B A; 2E2Q A; 3UIQ A; 2A42 A; 2DTU A; 3RMB A; 4FW1 A; 3CCL N; 2PYJ A; 3OS0 A; 4BRF A; 3KZB A; 3SJJ A; 1L3S A; 4ELT A; 1TKD A; 3NVM A; 3O8M A; 2VQF K; 1BIU A; 4OJR A; 4MLH A; 4RG8 A; 5KRT A; 4AHT A; 5AZI A; 2HBK A; 4FWQ A; 4J8F A; 4DTM A; 1ILY A; 3QIC A; 3JYT A; 1WUA A; 1BHL A; 3OS2 A; 4BRL A; 1WOQ A; 1C1B A; 4DQQ A; 3DRS A; 2QK9 A; 3AVF A; 2HNZ A; 2HVI A; 1I3A A; 2FXU A; 1QQN A; 4M45 A; 4ZHR A; 2HHV A; 4IKF A; 4FJH A; 4O5F A; 4MLE A; 1J5E K; 1XHX A; 3TAP A; 4CF8 A; 4JI5 K; 4IWV A; 3G6E N; 1RFQ A; 3ENH A; 1DGK N; 2YX6 A; 1T44 A; 3H08 A; 4DLE A; 1U2V B; 2CGL A; 3VQ5 A; 4X62 K; 2PZS A; 3QBW A; 2Y1I A; 2P1J A; 4ZTF A; 4CER A; 1W0H A; 4AF1 A; 1U2V A; 3FLC O; 4FWR A; 5KGX A; 1KLN A; 3TSP A; 5BRF A; 4QS7 A; 5F2R A; 5K14 A; 3HYF A; 1TKZ A; 4NYF A; 3V9Z A; 3AO5 A; 4BWJ A; 1GLE G; 3LAN A; 3AV9 A; 1R59 O; 1N34 K; 5BR8 K; 3WUH A; 3MXI A; 4DSJ A; 4CJF A; 4Z4H A; 2I5J A; 3KVG A; 2V51 B; 4K8X A; 3NF7 A; 1RDD A; 4FOI A; 4I2P A; 4DR3 K; 5GAH P; 3QEV A; 1YJ9 N; 1BI4 B; 4DR2 K; 3C95 A; 3OJS A; 3VF6 A; 1IO2 A; 4OKJ A; 4A57 A; 3L3U A; 3WEE B; 4B08 A; 4QOZ B; 4W5Q A; 3L2W A; 1N8R O; 1BI4 A; 2HHH K; 4X64 K; 2Z1J A; 3B8A X; 3SAG A; 3E9O A; 1XUP O; 5AQW A; 3ENB A; 1W7A A; 4B3R K; 4BR0 A; 1NK9 A; 3OYB A; 1HQE A; 4HCC A; 3D7E O; 4CJ5 A; 1KSP A; 2YI1 A; 4GW6 A; 1YIJ N; 4YHH K; 4KHU A; 2I7P A; 3CCV N; 4BRD A; 2UUA K; 2Q97 A; 4DWI A; 4J2B A; 1FKP A; 3HP9 A; 3ZEU B; 1K9M O; 2YV0 X; 2ZF5 O; 4NYN A; 1GLD G; 1QQC A; 1NOY A; 3R8E A; 3CJ7 A; 1YIT N; 3VQ4 A; 2FSJ A; 5AQY A; 4KB1 A; 2ITM A; 3VGK A; 3CFO A; 4E7H A; 4KHS A; 3VF4 A; 2Q36 A; 5KI6 A; 3VQQ A; 1SV5 A; 1IKX A; 4M7Y A; 3M6G A; 1QS4 A; 2YKN A; 4DQI A; 2PAV A; 2ATQ A; 5FDL A; 1QQO A; 3SAF A; 4NO7 A; 5ADX A; 2W42 A; 2Z1H A; 2UU9 K; 2YHB A; 3S41 A; 4BQZ A; 3QB0 A; 3PX0 A; 1RBV A; 1VSK A; 4BDP A; 1DEJ A; 2CH5 A; 5FPN A; 4KTQ A; 4FWP A; 3ZET B; 3VTI A; 3BGR A; 3C6A A; 2VCP A; 4AH9 A; 5M1F A; 3CC4 N; 3AVI A; 5LJV A; 2Q2R A; 4HTU A; 1ATR A; 1QHT A; 4DSK A; 3WXL A; 4CZH A; 5C2F A; 1ZBL A; 2WOM A; 3ZET A; 1SUQ A; 1C1A A; 3E9L A; 4CJ3 A; 3M8Q A; 4H0X B; 4CJQ A; 4OGC A; 4CF2 A; 2QWR A; 1MDU B; 4CZL A; 4E7K A; 1NGA A; 3EZW A; 1RBS A; 3VQC A; 4CGI A; 3ID6 A; 3AVM A; 3MWT A; 4LSL A; 4KHN A; 1WSI A; 3SQ2 A; 2ZJR L; 3ZSR A; 3C7N B; 4H5N A; 3SPY A; 3MK6 A; 3NFA A; 4CFB A; 1NK5 A; 2E2P A; 2P9N B; 2RF2 A; 1NMD A; 3IS9 A; 3C65 A; 1S1W A; 1EWR A; 1N33 K; 3C7N A; 1VQM N; 5KPT A; 1RBR A; 4JKC A; 5AQU A; 3QEW A; 2P9N A; 2YJE A; 1XC3 A; 4JI1 K; 1I94 K; 2G8F A; 1YT3 A; 3KK7 A; 5JMV A; 1IV0 A; 5SZT A; 4JLH A; 2WTU A; 4IFV A; 5LMU K; 5J2N A; 4G9Z A; 3A5O C; 3UB5 A; 2A1R A; 2UUC K; 1NJW A; 2F7T A; 2GUI A; 3ASM A; 3HI0 A; 1YJW N; 4IG3 A; 4FLZ A; 1KQS M; 4HCB A; 3EL2 A; 2AA4 A; 5KPZ A; 4I2Q A; 3NH0 A; 3K5L A; 3LP2 A; 3PUF A; 3T1H K; 5HRS A; 1GOA A; 3V9S A; 2DPN A; 1KVB A; 4OLB A; 3L2Q A; 4B3M K; 1HMV A; 1S6Q A; 4YFU A; 3ZSV A; 3G10 A; 1S3X A; 1ESV A; 1NLV A; 1N36 K; 3FE1 A; 1EXQ A; 2W6K A; 4IO9 L; 2P9S A; 3K9K A; 3AO2 A; 3AVJ A; 1SS6 A; 1X9J A; 4FZX C; 5EU7 A; 1K8A O; 4DTX A; 2HMP A; 1ZBU A; 1ZYQ A; 4Z0U A; 4IOA L; 1YTA A; 4CJ4 A; 3OJU A; 3KD1 E; 4OPK A; 3KK3 A; 3HRG A; 4WQ4 C; 1L3V A; 2OTJ N; 3V6D A; 2E5L K; 4YNQ A; 1BDG A; 2F9T A; 1RT2 A; 4JAX A; 1VHX A; 4LF6 K; 1SAZ A; 1NJY A; 1HNI A; 4YOX A; 4W5O A; 3L2V A; 3H46 O; 4B8A B; 2RN2 A; 1K6Y A; 3S3M A; 4I7F A; 2BTF A; 1SL0 A; 1BU6 O; 4EZ9 A; 4HUE A; 3U9D A; 2P9U B; 1Q18 A; 3B6P A; 4MQ3 A; 4AQY K; 2FSN A; 1KFD A; 3I0R A; 4JKE A; 4I9L A; 4DU1 A; 4L8R B; 4W5T A; 4DV2 K; 4O8U A; 2O8B B; 4BR4 A; 1RDA A; 4WYB A; 1RGI A; 4EZ6 A; 3RSE B; 3NCI A; 3FFI A; 3MN9 A; 4IEE A; 4CW7 B; 1NKB A; 3CHW A; 1WLJ A; 3ID8 A; 2B5J A; 2XY5 A; 3RMA A; 3CQ8 A; 2O8B A; 3I55 N; 1J54 A; 3RSE A; 4N76 A; 4CJU A; 2G8I A; 2BH1 A; 1D5A A; 1NMN A; 4KHQ A; 3C94 A; 3HSC A; 4FLV A; 3ZX3 A; 3DXM B; 1UOC A; 1M90 O; 4IDH A; 4FPA A; 3QNN A; 3OYI A; 2VYP A; 2BUP A; 4BC5 A; 1IG9 A; 3D2F B; 3DLE A; 1P90 A; 3DXM A; 4DR6 K; 5EY4 A; 4H5W A; 2UYT A; 2HBL A; 1TK8 A; 1JLE A; 3HK2 A; 2WC9 A; 1Q86 O; 1V4T A; 3ULE B; 4KTW A; 3CFR A; 3D2F A; 1BIZ A; 2ZJQ L; 3SNN A; 3MEG A; 4FJI A; 3RRG A; 2EHG A; 5FPD A; 3VTH A; 2HOE A; 3QFU A; 3LDN A; 4Q5V A; 4LF8 K; 4KRE A; 2QTD A; 1HJR A; 3ENO A; 4FCY A; 3ULE A; 4DUZ K; 3SUN A; 3TSQ A; 5AFU A; 4RWT A; 2FF3 B; 4B9N A; 2V7Y A; 4KH5 A; 1HPZ A; 4LY7 A; 4JHD B; 1IBL K; 4RW7 A; 4MDA A; 3F2K A; 4YOU A; 1K73 O; 5C42 A; 4PHT X; 3LDP A; 2GUP A; 4JHD A; 3R9P A; 3DXK B; 3AVC A; 1S1V A; 4H03 B; 3M8R A; 4EHT A; 1X3M A; 3KLI A; 1RTD A; 5HBM A; 4DTS A; 2QWN A; 2E6M A; 4DS4 A; 4JN4 A; 3NF6 A; 2RHK A; 3F5T A; 3DXK A; 3TTD A; 3FZF A; 2A41 A; 1O13 A; 2FBV A; 3QBX A; 4DV7 K; 2FBT A; 3HO1 A; 4B9T A; 3WXM B; 4BRO A; 1JLQ A; 3QER A; 2QI2 A; 3OBW A; 3NHG A; 2F4V K; 1VQP N; 3G25 A; 4CGF A; 4HWI A; 4KFB A; 4DQ8 A; 3JXU A; 2OTL N; 3EY1 A; 4BRN A; 3SQ0 A; 1I39 A; 1BIS A; 4JK7 A; 3SUQ A; 1GLB G; 1E3M A; 5DMR A; 1X3N A; 1NJZ A; 3MEE A; 4JD2 B; 2P9L B; 3S3N A; 4K25 A; 3RR7 A; 2IVP A; 4KBO A; 1W2B M; 3K5N A; 2HHU A; 5AQP A; 3A8Y A; 4IEI A; 4B3T K; 3DLB A; 1F21 A; 3TAR A; 4GKK K; 2Q1N A; 4C23 A; 4DFP A; 3QEI A; 1T7P A; 4CHQ A; 1S1X A; 3BZK A; 3BF3 A; 4JD2 A; 2P9L A; 2IVO A; 5M1O A; 4O8K A; 1XQS C; 2GEM A; 3ISN C; 3VQ9 A; 2R7Y A; 1QQM A; 3OS1 A; 3NBP A; 4H0V B; 3G0Z A; 3KLG A; 4DTP A; 1BG3 A; 3T1Y K; 1RDB A; 2ZGY A; 3ATU A; 1EKE A; 5FPM A; 5DM7 L; 3G4S N; 4MFB A; 4FJ8 A; 2UXD K; 3O5B A; 5HOO A; 2Z1G A; 4FLX A; 2E2N A; 4WFB L; 3FFK B; 5JLH A; 2KQ2 A; 5B8H A; 4LF4 K; 3MAQ A; 4C8M A; 3JS6 A; 1DTQ A; 3ZLJ A; 3H45 C; 4FWM A; 1C0G A; 1TL1 A; 3S9H A; 4NB4 A; 4M3Y A; 4B9L A; 1EQY A; 5KGW A; 1QVG M; 3G71 N; 3SBT A; 4JKF A; 4X65 K; 3ZT1 A; 4AHV A; 3U3Y A; 4C8K A; 3THY B; 5EX5 A; 5J2P A; 1RCH A; 3TAQ A; 4FWS A; 4A2B A; 2JWL A; 1HJO A; 3ULD A; 3TAE A; 5FRO A; 4CF9 A; 4PA1 A; 3JSM A; 3THY A; 1BQN A; 3EKU A; 2O8D B; 4CD3 A; 4J2A A; 1HUX A; 3LWL A; 1BGX T; 4YDU C; 4XH4 A; 3CCU N; 4CJP A; 3K9J A; 4CF1 A; 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4C1N K; 2PYL A; 1Y97 A; 3C6H A; 3V9W A; 3AAR A; 2ITG A; 1CXQ A; 2E8A A; 4FLU A; 1TV6 A; 2VQE K; 2ETJ A; 2ZE2 A; 3O4Q A; 3HPO A; 3I8D A; 3E9P A; 4DUY K; 3A5M C; 1R0A A; 1J53 A; 1KRP A; 2ZGZ A; 3KKR A; 2YHY A; 4BRK A; 1KVA A; 3L0Q A; 5KPR A; 1NGG A; 5BN8 A; 4E89 A; 3AGR A; 5JS1 A; 1MA9 B; 2HF4 A; 2CGK A; 4A5A A; 3OYD A; 4F3O A; 3VA3 A; 2IC3 A; 4BQL A; 3OYL A; 1IBM K; 4BDY A; 1XMQ K; 4DF4 A; 4FVM A; 2ZJP L; 4LF9 K; 2XY7 A; 3PSI A; 2YHX A; 5I42 A; 4YOY A; 4Y0W A; 1WSH A; 3THX B; 4DR7 K; 5BPM A; 5C12 A; 2GTD A; 3LL3 A; 3O3G A; 4Z4F A; 4CGD A; 1YVU A; 3SV3 A; 3AO3 A; 1OH7 A; 3OYN A; 1REV A; 2WON A; 4CBW A; 1ZC6 A; 3THX A; 3KD5 E; 4K42 A; 4NLB A; 4B9U A; 5MLC Q; 4FK2 A; 4PKH A; 1ITG A; 5IT9 O; 4DSI A; 2JGU A; 3VEV A; 5JVG L; 1G99 A; 1QZ5 A; 3UE5 A; 3SLC A; 4CFA A; 4Z4C A; 3O4N A; 4AHC A; 4CFD A; 2ZM6 K; 3O80 A; 4BGB A; 1S1T A; 1NOZ A; 2D5R A; 4KKO A; 2YJF A; 1DT9 A; 4HUF A; 5I9E B; 3J7Y P; 1U45 A; 5KRS A; 1YJN N; 3NMU A; 3T69 A; 4O0I A; 1VSE A; 1BOT O; 2BDP A; 4GMJ B; 1OVY A; 5FLX O; 3HT3 A; 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