3AVCA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avcA00
3AVLA 3THVA 3QLHA 1YTUA 4H4OA 4ID5A 4HVJA 4FXDA 3AVAA 1S5JA 1NJZA 4CJWA 2XY8A 5E41A 2HNYA 2DFEA 4CJFA 3MEGA 4CEEA 3RWUA 3OJSA 1T8EA 4C8OA 1LW0A 2HNZA 2YKNA 4KHYA 4QOZB 3VQEA 3D45A 4CIEA 1HNVA 5I3UA 3OS0A 2ZE2A 4CJUA 3CFRA 1IO2A 3SQ4A 4FJXA 2HHTA 3AVKA 1I3AA 3S3OA 1TGOA 1L5UA 4KRFA 2WOMA 1C0MA 2XO7A 1SL1A 4OPKA 2YNGA 3HP9A 2D0BA 4DFPA 4CK3A 1WSHA 5HBMA 4Z0UA 4FJ9A 1C1AA 1MU2A 1RT6A 2EHGA 1JKHA 4RW7A 4PUOA 4KB0A 4J2AA 1KFDA 3U3YA 3KD1E 4E0DA 1J9AA 1L3UA 4BWMA 1JL2A 3F9KA 2ATQA 4FJ7A 1WSJA 3IG1A 3ZSVA 3O4QA 4AHRA 2X78A 4CK1A 3KTQA 4FJLA 3ZSXA 3PX6A 3E01A 1EETA 4N56A 4ELVA 3OYAA 2Y1JA 3DLGA 1DLOA 2B4JA 3TAGA 1ASVA 2YHAA 4GMJB 5CZ1A 2B6AA 1HQEA 4CGJA 3ULDA 4E7KA 5D3GA 1TAUA 2X74A 4E7JA 4KTWA 3UIQA 3KLGA 3TAMA 4HUEA 1Q8IA 2KZZA 2OZSA 1C1BA 3G0ZA 2OPSA 3V6DA 3VQCA 3V1OA 5C25A 4BDYA 4FLVA 4FJJA 4Q5VA 1ITGA 4Z4HA 3KJVA 3NDKA 3VQPA 4BE1A 4M3RA 1HJRA 4F3OA 1NOZA 3V9XA 5CZ2A 3NF6A 1RBRA 4RW8A 4DWIA 3TAFA 4B9VA 3M8SA 1Z26A 2IDOA 3AO2A 3NFAA 4CHZA 4CIFA 4DS5A 4FJ5A 1UAXA 3L2VA 4NCGA 1FK9A 3SPYA 1WN7A 3KLHA 3VQ5A 1X9WA 1TL1A 1F21A 3V1QA 1RTIA 1K6YA 1XHXA 1T7PA 3AA4A 1LV5A 4B9UA 1RT1A 1RBSA 2A1SA 4KB1A 4KI6A 3LAKA 4EZ6A 1A5XA 1WSEA 5KI6A 1CZ9A 4FYDA 3AVNA 4JS4A 3SQ0A 1N5YA 1VSIA 4CF2A 4O0IA 4CFBA 3L2RA 1BQMA 4DQIA 1LAWA 4KO0A 4FVMA 3RMAA 2Q3SA 3KIOA 1UOCA 1D8YA 2KQ2A 3DI6A 5FRNA 2OA8A 4FZXC 1CLQA 2QXFA 1BIUA 3H08A 1IKXA 3HPHA 4W5TA 3ZCMA 2RKIA 4DTXA 1CXUA 3MECA 1WNSA 3QNNA 3C6TA 4LSLA 4CEDA 2HB5A 2P51A 1QS4A 3SUNA 2IOCA 1U4BA 2VWJA 3QEWA 4F4KA 4I9QA 4CF9A 4E7LA 3HJFA 2Y1IA 4F8RA 4ID1A 1TKDA 4FJIA 5FDLA 1S9GA 1ZBIA 2FBYA 3NBPA 4KKOA 4DTPA 3NF9A 3QEPA 1VSEA 1XWLA 1ZBFA 3VQ9A 4DTSA 3AO3A 1NK4A 2HHXA 3ZT2A 3HK2A 1VRTA 3OYBA 3ZSYA 4LH4A 4DG1A 4NYFA 4CGFA 1RBVA 1BI4B 3SV4A 4FW1A 4YNQA 4M3UA 3MXMA 5KGWA 1T05A 4DQQA 4FM0A 2GUIA 1W9HA 4CJ4A 2Z1HA 2O4GA 3CM6A 5J2MA 4TSXA 3LP0A 3LPUA 3KD5E 1QSSA 2JGUA 4KHQA 3C6UA 1RBTA 4CJSA 5HROA 4E89A 2G8WA 4N41A 4FLYA 2FBVA 4QCLA 3KK2A 1LWFA 3OYCA 3OVNA 1SKRA 3RTVA 2QK9A 1B9FA 3DYAA 4IG3A 1T03A 1FKPA 4ICLA 4AHCA 1NK0A 3IS9A 1BIZA 3RRHA 4O5BA 1ZBLA 1EKEA 4CGIA 3CQ8A 3CYMA 3SUOA 1QTMA 3O3HA 4CFAA 2RPIA 5EU7A 3NGIA 3SZ2A 3OYNA 1TK5A 3ITHA 2EX3A 5I42A 4HHTA 3K5NA 4CJEA 3DM2A 4CF8A 1UWBA 4OKJA 5HRRA 3KLFA 3V1RA 1NK6A 3PY8A 1U45A 1Q9YA 3OYJA 4M3XA 2X6NA 1ZBHA 1YVUA 4O0JA 4FZZA 4Z4FA 4LSNA 1VSKA 4ZHRA 4CEZA 2VWKA 4OKEA 2OZMA 5CYQA 4CCHA 4RW4A 4FM1A 3K5OA 4O44A 3DRRA 4O55A 4FCYA 2GV9A 1U48A 1WSGA 3AA5X 3OYEA 4HCCA 3VQDA 1B92A 3NF8A 1FKOA 3AVHA 5HRSA 2HMIA 4FJMA 2HVIA 3LAMA 1QHTA 1W0HA 3ZT1A 1JLGA 2ZQBA 3V4IA 1KLNA 4YFUA 3MEEA 3L2WA 4DSJA 2PZSA 4DFKA 3V9UA 3TAEA 1XC9A 3HVRA 1HYZA 3LWLA 3ZT4A 1NJYA 3LZIA 1KTQA 3HSTB 5K14A 4DQSA 2G8VA 1A5WA 4J2DA 2WONA 3AO1A 4ELUA 3O3GA 4OVLA 4CJLA 4DTJA 2Z1JA 3P1GA 4RW9A 4CJVA 2HHVA 1S1UA 1S6QA 3MEDA 4IKFA 1RDAA 1NJWA 4DMNA 5SWMA 4FK0A 4DU4A 4CE9A 4DTNA 3FFIA 1NKCA 2PY5A 4CF0A 3TABA 2G8HA 3RRGA 3L2UA 3U6FA 1UA1A 1SKWA 2HHUA 2YHBA 2D0CA 3RMCA 1ASWA 1TAQA 2OPRA 4B9NA 1UA0A 2FBXA 3NGYA 3WNEA 5J1EA 1A5VA 4EP5A 4Z4CA 3OYHA 3SI6A 1XHZA 4DTOA 1X1PA 3ISNC 4M41A 4HUGA 2P1JA 1SKSA 1BCOA 4PWDA 4CEBA 3TWHA 3QETA 4E1NA 1C1CA 1RTJA 4AHVA 4DTRA 1GOCA 3ZSZA 3LALA 4ZTJA 4M3YA 4F3TA 1GOBA 3DLEA 1QSLA 2YV0X 1TKTA 1RT2A 3TARA 2PYLA 1Y97A 3AO5A 3NH1A 4WE1A 3SPZA 4IDKA 4LD0A 1D9FA 3NHGA 3KK1A 3B6PA 2IS3A 4JLHA 2Z1GA 2QKBA 5DMRA 4E19A 3OY9A 1S1VA 4DF8A 1JLQA 2YKMA 3G10A 3CG7A 5C42A 4CEQA 1G15A 3M8QA 1L3SA 3OYKA 4EZ9A 1DTTA 1RDDA 3HPOA 1J5OA 1JXBA 1O1WA 3HYFA 1JXEA 3DLBA 1YTAA 1J54A 1CXQA 4EP4A 4FM2A 4LY7A 3V9SA 3HVTA 5HP1A 1QSYA 4Z4EA 5SZTA 4FJNA 2IAJA 2YNIA 1C0TA 3L3UA 1N6QA 3VA0A 1BQNA 4BACA 4M3ZA 3K59A 1XI1A 2BE2A 2XY5A 4C8NA 4XIUA 4OPJA 5J2QA 1RT7A 3QIPA 2IGIA 4GVMA 1ZYQA 1C6VA 1EX4A 5CYMA 3VQ6A 4DLGA 3TAPA 4CHNA 1WLJA 4MFBA 3VQ7A 3K2PA 1RBUA 3OYLA 3NH2A 4HUFA 3SV3A 2DFHA 2HHWA 4M3WA 3V81A 5KGXA 3I0SA 3QERA 3I8DA 4E7IA 1VSDA 4CJKA 2OYQA 4KHNA 4J2BA 2HVHA 2PYJA 1WSFA 3K57A 4H8KA 2XY7A 2B5JA 2RF2A 2YNHA 3VQBA 1BCMA 2Z1IA 3A2FA 1VSHA 3LZJA 2JLEA 3SUPA 4BDPA 3S3MA 4FK4A 3NH0A 2GBZA 3SYZA 1DTQA 4OGEA 1HPZA 1S1TA 4LH5A 4CJPA 4K8ZA 1JLCA 3LDSA 3LPTA 4E7HA 3ZT0A 4BDZA 4DSEA 4FJ8A 1B9DA 4G1QA 4M45A 1VSJA 1TKXA 4C8MA 5C24A 3CFOA 4JRPA 3K58A 3NAEA 4DFJA 4DTUA 4KPYA 4FLWA 4GW6A 1WAJA 3VA3A 4CJ5A 4W5RA 4PQUA 1D9DA 3AVIA 1VSMA 3K5LA 5CY4A 3ZSRA 2X6SA 2IC3A 3ZT3A 3DMJA 2XY6A 3QESA 5JS2A 3S3NA 3OS2A 4CF1A 4CJQA 3OYDA 4M42A 1R0AA 4OKKA 3VQAA 2D5RA 4AHTA 4DQPA 3PX4A 4CJRA 4DSLA 1TV6A 1KVAA 2HHSA 4OJRA 1I39A 3BDPA 4J2EA 4B08A 1HYVA 4FJKA 3WNHA 2G8KA 4CEFA 4HTUA 4DFMA 1IG9A 1Q9XA 2KZMA 3K5MA 1SL0A 2BGGA 3AV9A 2DY4A 1RT3A 4DS4A 3PUFA 3RR7A 2ETJA 1RNHA 2VG5A 4N47A 3CM5A 3QEIA 1TVRA 1VRUA 3QO9A 3SUQA 4FZYA 4Q0BA 4I9LA 4QAGA 4W5QA 3JYTA 3SJJA 4Z4GA 1RCHA 3VQQA 3EY1A 2HHQA 1SL2A 3WNFA 4W5NA 4CHQA 3KK3A 1SV5A 1BL3A 2D0AA 4CHOA 4CIGA 1U49A 1NKBA 1NJXA 2NUBA 1L3TA 3SNNA 2AJQA 4CEOA 4KHUA 4CJ3A 5HLFA 3DOLA 1LAVA 4W5OA 1RT4A 4DQRA 4KI4A 1Z25A 1NK9A 3EYZA 1QQCA 5KRTA 4OGCA 3RMBA 4B3OA 1IH7A 1L3VA 2XRIA 3C94A 3HM9A 3T3FA 3M8PA 4KREA 1U47A 4FLZA 3L8BA 3U3GA 3HL8A 1IKVA 4AHUA 1BI4A 1RILA 4AILC 1ASUA 3KLEA 3WNGA 4HCBA 3ASMA 2F8TA 1JLBA 1U04A 3DLRA 1KLMA 1NK7A 4F2SA 4UQGA 3MXJA 1X9MA 4CECA 4CHPA 1KRPA 4AHSA 4Y1CA 2P5OA 4Y1DA 3AVCA 4BE0A 4DU3A 2DFFA 1GOAA 3B6OA 5FROA 3OYMA 2E6LA 1HMVA 2R7YA 3VQ4A 1TK8A 3AVBA 3OS1A 1S1WA 4B9LA 4AH9A 5J2PA 1RTDA 5KTQA 4K8XA 4CGHA 4H4MA 4CK2A 1IKYA 1S1XA 1NK8A 4CEAA 3QIOA 3OYFA 3O3FA 4DLEA 4KTQA 1HYSA 1QE1A 1VSLA 3OYIA 2FBTA 3CFPA 3AA2A 3JSMA 4FJHA 4NCAA 1CZBA 3ZSQA 3DLHA 5T7BA 4IG0A 4KHWA 3ZSOA 1RDBA 3KKSA 3PX0A 4CGDA 4CFCA 3LP3A 4IFYA 3L2QA 4DF4A 1KSPA 4DTMA 3HT3A 3LANA 1X9SA 1TK0A 4FW2A 3AVFA 4R5PA 3MXIA 4B9SA 4NCBA 1TKZA 4KAZA 4JRQA 3M8RA 1NK5A 3SQ1A 3PO4A 3NGZA 1JLAA 5J2NA 2VG7A 3SCXA 4CESA 4JS5A 3RR8A 2BDPA 3VQ8A 4FJGA 2G8FA 1S9EA 3O4NA 1YT3A 3I0RA 3HXMA 2O4IA 3LWMA 4ELTA 2E6MA 3AO4A 3QNOA 3T1AA 3HP6A 4O4GA 4FLUA 4IFVA 1KCFA 1HRHA 4CFDA 2F8SA 4ZTFA 3KLIA 3L3VA 2HW3A 4DSFA 4E1MA 3DOKA 3BGRA 4CHYA 2YNFA 5KRSA 3QEXA 4KFBA 4I2QA 4DU1A 3IRXA 4E3SA 2KFZA 3RMDA 3NE6A 1REVA 1TL3A 1VSFA 1D5AA 2QKKA 1SUQA 3D0PA 4B9MA 4FLXA 1FXXA 3KKRA 1RTHA 2KFNA 3AVGA 2KW4A 3TI0A 2KTQA 3IAYA 1LW2A 4N76A 4CJTA 4OLBA 1WSIA 1NOYA 4Z4IA 3QEVA 4B8CA 4FK2A 3OYGA 1RDCA 2XHBA 4N5SA 3LP1A 3P83D 1JLEA 2P5GA 3AA3A 4IBNA 1HNIA 4F2RA 4M3TA 1KVCA 4FLTA 3T19A 1S6PA 4BE2A 1JLFA 4RG8A 3ALYA 4KHSA 3TAQA 1KFSA 1RT5A 3S9HA 1J53A 3MAQA 4DSIA 3C95A 2HNDA 1LWEA 3NF7A 4L8RB 1IKWA 4B8AB 2ZD1A 3HPGA 3V9WA 3HO1A 3VN5A 3DRSA 2A1RA 4CERA 4KTZA 1EP4A 3DLKA 1EXQA 3P5JA 1C0UA 2BANA 1BHLA 5HRNA 4DSKA 4CGGA 3LP2A 2W42A 4I7FA 2FC0A 2VG6A 5FRMA 2F96A 2LSNA 3NCIA 3QINA 3AVJA 1HQUA 1LWCA 1VK0A 4RW6A 2E4LA 4BWJA 2G8IA 5JS1A 4I2PA 2I5JA 4C8KA 2OPQA 2RN2A 2DTUA 1JL1A 2OPPA 4PA1A 4NYNA 2G8UA 1NKEA 3PO5A 3TR8A 4OLAA 1BGXT 2ITGA 3PV8A 4KV8A 4MQ3A 4B9TA 3ZSWA 4PY5A 1BISA 3AVMA 3OJUA 5DK5A 3V9ZA 3F73A 3TANA 4C8LA 1ZBUA 3DRPA 1KVBA 3EZ5A 3SQ2A 5HRPA 1WAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YTUA 3QLHA 4DR3K 2NZTA 3AY9A 3MX5A 2UXDK 2V52B 2QEXN 4G9ZA 5LY3A 1S5JA 3BF3A 3VF2A 3AAQA 3R9PA 2DFEA 4CJFA 4CEEA 4C8OA 1T8EA 2HNZA 4QOZB 4JKHA 4BRPA 4CIEA 3EZWA 2ZE2A 5I9EB 3J7YP 3VTIA 3SQ4A 2HHTA 1BO5O 2WOMA 1LCUA 2XO7A 3HP9A 4DFPA 2D0BA 3GOIA 1WSHA 1MU2A 2EHGA 4E0DA 1J9AA 3BY5A 3F9KA 2ATQA 2IIRA 1JJ2M 3O4QA 3EE8A 3MN5A 3ZSXA 2VQEK 4FJLA 3E01A 1N36K 4JI8K 4IOCL 3OYAA 3DLGA 3WEEA 5H1SQ 2B4JA 4CGJA 4E7KA 5DM6L 1QHAA 1TAUA 2X74A 4B3MK 3UIQA 2O8DA 4JI5K 4CZEA 4CZFA 4QS7A 4Z4HA 3KJVA 3O80A 3NDKA 4WFBL 3FFKB 5CZ2A 3TAFA 3P38A 2IDOA 3AO2A 4CIFA 4FJ5A 1BOTO 1VQON 3L2VA 4NCGA 1FK9A 3CC7N 2GTDA 2V7YA 3EO3A 3KLHA 1X9WA 3F9MA 1XHXA 2YHXA 1RT1A 4KB1A 3LAKA 1A5XA 1WSEA 1CZ9A 1VSIA 4O0IA 3L2RA 4DQIA 2Q3SA 3KIOA 4ISGA 1D8YA 4YHHK 1BIUA 3HPHA 2A41A 4DTXA 3QBWA 4LSLA 4CF9A 4E7LA 1NGCA 2WUSA 1TKDA 5FDLA 2FBYA 3QEPA 1XWLA 1K8KA 3OYBA 3QMLA 4JK9A 3A0IX 5AQZA 1T05A 1DT9A 5AQSA 3GL1A 2ZJRL 4DQQA 3VEYA 5J2MA 4TSXA 3LPUA 3KD5E 3HM8A 3ID6A 1QSSA 2JGUA 2G8WA 4E89A 3KK2A 2W6LA 3RTVA 3D2EB 3CERA 1GLDG 3WT0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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