2IS3A

Crystal structure of escherichia coli rnase t
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
203
structure length
203
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
total genus 53
structure length 203
sequence length 203
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2is3A00
5DK5A 3VN5A 3SJJA 4GW6A 4CCHA 3NBPA 1RBUA 3K5MA 4NCGA 2FBTA 3CYMA 2G8HA 2VG7A 5CZ2A 4CFAA 4ZHRA 4BE0A 3OS2A 5J2QA 4CFDA 2EHGA 4CERA 4FJNA 4L8RB 3KLHA 2F8SA 4AHCA 4KHUA 1T8EA 4W5NA 2KW4A 4DTPA 3VQ9A 4O55A 2O4IA 3V81A 3OS0A 1YT3A 3PX6A 1QS4A 1C1CA 3M8QA 3CM5A 1G15A 2FBXA 4BDPA 4FJHA 2HHVA 2HMIA 4B9UA 4FJ5A 3P83D 3NGYA 4CJSA 4B8AB 3ZT3A 1C1AA 4KHYA 4CEFA 5KRSA 1BI4B 1WSEA 4EP5A 2RKIA 1KVAA 3SV4A 1RDDA 1SKSA 1GOBA 2WOMA 1B92A 4FK2A 1HPZA 4KFBA 2QKKA 4CF9A 1JL1A 4B9MA 2DFFA 3QESA 4F2RA 1RBVA 4CGGA 2R7YA 4CFBA 4FJIA 4M3XA 3S9HA 3PX0A 4BACA 4FJKA 1JLCA 1Z25A 4CJ5A 3NGZA 1TVRA 3KK2A 4DSFA 1JXBA 4KAZA 4XIUA 2IS3A 5HLFA 1DTQA 4DSIA 2FC0A 1HMVA 3V4IA 2HHTA 1VSIA 3RR8A 3HJFA 4JRPA 4I9LA 4CHNA 4DSKA 2DY4A 4N76A 4BE2A 4CIGA 1VSKA 3OYDA 1UA1A 3QLHA 1S9EA 5KRTA 1EKEA 2XO7A 2BGGA 3MXJA 3C94A 1WAFA 3O3FA 3OJUA 2G8WA 4RG8A 4HCBA 4M3UA 3LALA 4CEZA 5JS1A 3AVBA 3C6UA 1SKRA 4O5BA 1C6VA 2XRIA 1VSLA 1J9AA 3V1OA 4JS5A 4J2EA 1W9HA 5J2NA 3VA3A 1RBTA 4CK3A 2IC3A 3AO2A 3OYIA 3LZIA 1HQUA 3V6DA 1VSHA 4JLHA 1NK7A 4FJXA 1REVA 2Z1IA 1LW2A 3LP3A 1JLGA 2VWKA 3PUFA 1NJZA 4M45A 4AHUA 4E1MA 1KFSA 1XHZA 3AVMA 1JXEA 4DLEA 1BHLA 5CYMA 1HQEA 3O4QA 2YHAA 1I39A 3KLIA 4CF8A 3K5NA 4QAGA 1RTDA 3LP0A 3HT3A 3LDSA 4QCLA 4IKFA 4CJWA 3DLGA 3EY1A 2KZZA 1L5UA 4Q0BA 3T1AA 3SUQA 1J53A 3QEVA 1NOYA 5I3UA 3QEIA 4ZTFA 1UA0A 4N41A 4I7FA 1Y97A 4FZXC 1LWFA 4JS4A 5C42A 4DTMA 2YNGA 2QXFA 2B4JA 4E7HA 4N5SA 1U47A 4CHPA 2XY7A 4KHSA 1YVUA 2HNDA 3V9WA 3SCXA 1XHXA 3L2WA 2JLEA 3H08A 3SQ0A 3QEWA 2HB5A 3AO1A 4AHRA 1VSMA 2OPRA 2Z1GA 2FBVA 3K5OA 4CHOA 5C25A 4DTNA 1NK8A 1ZBIA 1FK9A 2G8FA 2FBYA 3LAMA 4KRFA 3MEGA 3SUOA 1RT7A 1C0TA 3IS9A 4Z0UA 1VSEA 4OJRA 4FCYA 4J2AA 2RN2A 4C8LA 1X1PA 1WSFA 4ID1A 1QQCA 3LAKA 3RMAA 3G10A 3HVRA 2B6AA 3PO4A 4FJ7A 3KLGA 3QIOA 4CJ4A 2XY5A 4C8NA 3CFPA 1UOCA 3OYLA 4H8KA 4F4KA 1C0MA 1RDCA 2GUIA 4PWDA 1D5AA 3VQ4A 1S1XA 4W5TA 3BGRA 3HXMA 1BISA 2BE2A 2I5JA 5HRSA 4IG3A 4KB1A 3RMBA 4BWJA 1ASVA 3AVIA 3ZT1A 3TAGA 3TABA 1A5VA 2G8IA 4HVJA 4DQRA 2EX3A 2F8TA 4CF2A 3SQ1A 4FW1A 1ZBLA 1J5OA 2PZSA 2D5RA 3K57A 1D9DA 3L8BA 4FYDA 1HNVA 3OS1A 3OYKA 1CXUA 2XY6A 2X74A 3DOLA 1SL0A 1D9FA 1RTIA 2RPIA 1BI4A 3DLRA 3V9XA 4W5OA 1A5WA 4O0IA 5J2PA 3AO5A 3F73A 2P1JA 4AHVA 1RT2A 4CE9A 1SL2A 1DTTA 1KFDA 4PY5A 2KFZA 3VQPA 3AVHA 1HJRA 1S6PA 3ZT4A 3EZ5A 4DF4A 4F3OA 1YTAA 1L3UA 1TK8A 1CZ9A 2OZMA 4AH9A 3VQEA 1RCHA 1N5YA 4DTXA 1LWEA 1VRTA 3L3UA 5KTQA 3HYFA 4CEEA 2ITGA 3NH2A 3LP1A 4RW7A 2KQ2A 1T05A 1BCMA 3SV3A 4NYFA 3ASMA 3T3FA 1TAQA 1RTJA 2OPQA 3NFAA 3KK3A 4FJMA 4KI4A 2IAJA 2B5JA 4K8ZA 4I2QA 4DFJA 4E1NA 3AA2A 1U49A 3AA4A 4CF0A 3MEEA 2KFNA 3HVTA 2Q3SA 3KLEA 4F3TA 3NAEA 2P5OA 3I0RA 1QHTA 4RW6A 4CJUA 3PY8A 4N56A 2YNFA 3DLEA 1IH7A 3L3VA 1TK0A 4E19A 4YFUA 3G0ZA 3LZJA 3OVNA 4O4GA 4J2DA 5FDLA 1YTUA 3K2PA 3SQ2A 5HP1A 1GOAA 1XWLA 3NF8A 4DFKA 1D8YA 4Z4CA 3OYGA 4DQPA 1VK0A 1DLOA 5J2MA 3JSMA 1WAJA 4KTQA 3DLBA 3NCIA 3O3GA 5SZTA 1NKBA 3LPTA 1QSYA 2P5GA 4CHYA 3TAFA 2E4LA 4AHTA 4Z4HA 2HHQA 3LPUA 4DTRA 4OPKA 4Z4IA 3ZT0A 2PYJA 4IDKA 4ELVA 2QK9A 1S1TA 2YNIA 3LWLA 4DU3A 3U3YA 3PX4A 4LD0A 1SL1A 1EX4A 1HNIA 3ZCMA 3ZSZA 4CFCA 4CIFA 3TAEA 1HYSA 3NF6A 4BDYA 4DFMA 1VSDA 1S1VA 1BQNA 2JGUA 4HUEA 4DQQA 1IG9A 3KD5E 5FRMA 2HHSA 3M8RA 4K8XA 2HNZA 3AV9A 4FM1A 2YKNA 3HSTB 3OYBA 4CEAA 4CJRA 3KKRA 4B9NA 1JLAA 1LAVA 4E3SA 3S3NA 4IFYA 4FM2A 5CY4A 3O3HA 3AVKA 3RTVA 4DU4A 2XY8A 1JL2A 4F8RA 3V1QA 1BCOA 2BDPA 3C6TA 3DOKA 1S1WA 3HPOA 1U04A 4FK0A 1RT5A 2Y1JA 4M3WA 4FVMA 5HBMA 3SZ2A 4CESA 1NKEA 1Z26A 4R5PA 4FLYA 3V9SA 4M3TA 4FK4A 4CGIA 3DI6A 1RT4A 5CYQA 4Q5VA 4QOZB 5HRPA 2X6NA 1RDBA 4OVLA 3D0PA 3VQBA 1W0HA 4O0JA 4LH5A 4CF1A 1U4BA 3OYAA 3ZSXA 3PO5A 3E01A 4ELUA 2X6SA 4CGJA 3NF7A 3SQ4A 2ZD1A 4W5QA 3DLKA 3P5JA 3BDPA 3FFIA 3MEDA 4FJJA 4FJLA 3DLHA 3T19A 1MU2A 3CQ8A 2IDOA 2OYQA 1L3SA 5HROA 5KGWA 1KLNA 2VG5A 4FLTA 3K5LA 3TARA 1UWBA 2YV0X 3OJSA 1LAWA 3NE6A 3OYHA 3MXIA 3OYFA 4HUFA 3HPHA 3LANA 3VQ6A 1NK4A 4CGDA 4KB0A 3VQ8A 4CJPA 2G8KA 3OYJA 2DTUA 4KHNA 1TL1A 3NHGA 4FLXA 2E6LA 3KKSA 4FJ8A 4OKJA 1HRHA 3AVLA 3U3GA 1TGOA 5I42A 1TL3A 1NK0A 1L3VA 4OKEA 4E7IA 2HW3A 4DQIA 1ASWA 3O4NA 1TV6A 2YNHA 4RW4A 3K58A 4DTOA 1WN7A 1QSSA 4KI6A 1TKTA 4DMNA 4DTJA 3KIOA 2KTQA 2XHBA 4M3ZA 1S1UA 3IAYA 2ZE2A 3AO4A 3OYCA 3WNFA 5KGXA 3ZT2A 3CFOA 4DTSA 5HRRA 1S9GA 1C0UA 3SUNA 1WSHA 4PUOA 3B6OA 1S6QA 4Z4GA 3HL8A 3VQAA 1Q9XA 3HO1A 4H4MA 1I3AA 3L2QA 1EP4A 3L2RA 3RRGA 5HRNA 4E7JA 4C8KA 4CK2A 1TKZA 3ISNC 1UAXA 2D0CA 4LSNA 2LSNA 4CJEA 3TANA 4Z4FA 5FROA 4CGHA 4LSLA 1B9DA 1KVBA 3AA3A 3AVCA 3AVNA 1IKWA 4IBNA 4CJVA 1NJWA 3HK2A 1JLEA 3U6FA 2A1SA 1XI1A 2HHUA 4AHSA 2BANA 2X78A 1S5JA 2DFHA 4ICLA 5C24A 4E7LA 4B9TA 4HCCA 2AJQA 3SPZA 2GV9A 2YHBA 3ZSQA 3QERA 1NKCA 3QO9A 1ITGA 1CXQA 4CJ3A 1WSIA 1BQMA 1GOCA 2Z1HA 1VRUA 2G8UA 1KCFA 4H4OA 1A5XA 1WLJA 3NH0A 4DU1A 2ETJA 3AVGA 4CHQA 3VQ5A 4RW8A 4W5RA 4C8OA 3AVAA 4IFVA 3LP2A 1RDAA 3LWMA 4DLGA 1X9SA 2OPPA 2W42A 3KD1E 1NK5A 1TAUA 5DMRA 1HYZA 2D0BA 4FW2A 4KPYA 4E89A 4KO0A 3CFRA 5J1EA 3TAMA 4DSEA 2ZQBA 4BE1A 1ASUA 4FJGA 2O4GA 2YKMA 4OGEA 3SPYA 1FXXA 3V9ZA 4KHQA 4OPJA 4OLBA 4TSXA 3AO3A 4LH4A 4KTWA 4DF8A 4KHWA 2HHWA 5FRNA 3HPGA 4M3RA 1NOZA 5KI6A 4DWIA 1RNHA 4FLZA 4J2BA 4PA1A 1JLFA 3EYZA 4EZ9A 4M41A 1R0AA 3ZSRA 4I9QA 2E6MA 3DMJA 3KJVA 5SWMA 4NCAA 3SNNA 3OYMA 1O1WA 5K14A 3HP6A 3A2FA 1RILA 4EP4A 1J54A 4M42A 3M8SA 4CEDA 1WSGA 1XC9A 2VG6A 3SUPA 4ID5A 1KVCA 1SV5A 3OY9A 1TKXA 3DRRA 2HHXA 1KTQA 2IGIA 1L3TA 1CLQA 3NGIA 1BIUA 1RBSA 2ATQA 3SYZA 3OYNA 1IKVA 4KTZA 4CIEA 3QEXA 4UQGA 2F96A 4HUGA 3HP9A 3QNOA 2KZMA 1LW0A 3NF9A 1X9MA 1TKDA 3VQCA 4E7KA 3IRXA 1QSLA 1WNSA 4B9SA 4YNQA 3TR8A 3B6PA 1U45A 4PQUA 2OPSA 3VA0A 4JRQA 4B08A 3P1GA 3RWUA 4FM0A 3D45A 4Y1CA 5CZ1A 3DRSA 5EU7A 4CEQA 1HYVA 3THVA 3S3MA 4NCBA 3C95A 1NK9A 1BGXT 3RMCA 1F21A 3AVJA 1JKHA 3DRPA 4G1QA 3QNNA 1CZBA 4NYNA 4CJQA 2WONA 4B8CA 3IG1A 1FKPA 4OGCA 1T03A 2Y1IA 2OA8A 4IG0A 1BIZA 5E41A 2DFEA 3VQQA 3HM9A 4CJTA 3F9KA 3WNGA 4Y1DA 1TK5A 3CM6A 1JLQA 1LV5A 3MECA 4CEBA 4GMJB 2RF2A 2PY5A 4C8MA 3ZSWA 4B9LA 4DTUA 4E0DA 4FXDA 5JS2A 1FKOA 2D0AA 4DSJA 3QIPA 1VSJA 4FLVA 1ZBUA 4CEOA 4DS4A 3QEPA 1SKWA 1WSJA 3I0SA 4KV8A 3L2VA 3S3OA 4B3OA 3OYEA 3DYAA 1BL3A 2HVIA 2P51A 4FZYA 2G8VA 4OKKA 3V1RA 1X9WA 1U48A 2Z1JA 1VSFA 4MFBA 4WE1A 4DG1A 4FJ9A 3DM2A 1IKYA 5T7BA 4AILC 3WNEA 3ZSVA 4GVMA 3ZSYA 3MXMA 3L2UA 1C1BA 1JLBA 4FLUA 4HTUA 4EZ6A 4DQSA 4FZZA 4BWMA 4CHZA 3TI0A 4RW9A 3QINA 4ZTJA 1EETA 4N47A 3WNHA 3MAQA 3K59A 1ZBHA 4B9VA 4CJLA 4F2SA 4M3YA 3VQ7A 1KLMA 1N6QA 2VWJA 1RTHA 1RT3A 4CECA 4CJFA 4DFPA 1IKXA 4ELTA 3UIQA 1SUQA 1KSPA 1LWCA 1ZYQA 4CJKA 2NUBA 3ITHA 3VQDA 2OZSA 1B9FA 4LY7A 3AVFA 1Q8IA 4BDZA 3QETA 1KRPA 3TAQA 3V9UA 1T7PA 3TAPA 2QKBA 3ULDA 4O44A 1K6YA 3ZSOA 2A1RA 2PYLA 1RT6A 3JYTA 3RRHA 3RMDA 4CGFA 4DSLA 2HNYA 1QE1A 4Z4EA 3RR7A 1NJXA 2IOCA 2GBZA 1RBRA 3CG7A 3KTQA 4MQ3A 4I2PA 3AA5X 3ALYA 4KKOA 2HVHA 1NK6A 4KREA 5D3GA 1NJYA 3M8PA 3KK1A 4CK1A 4HHTA 3NH1A 3PV8A 1RT1A 4FLWA 1EXQA 1QTMA 1ZBFA 3TWHA 1Q9YA 3NDKA 4OLAA 3KLFA 3SI6A 1IO2A 4DS5A 3I8DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MCPA 3N4QA 3NBPA 2E20A 2FF3B 4NCGA 4U67L 3CYMA 2G8HA 4GY2B 5CZ2A 2F8SA 4KHUA 3UKRA 4W5NA 1SAZA 4K43A 4O55A 2O4IA 1BA1A 5AFUH 3SAFA 4CZGA 4BR9A 4BDPA 5AQFA 2AP1A 2HMIA 4B9UA 2FSNA 4DV0K 3L6QA 4NXNK 4EIAA 1WSEA 5AQOA 1KVAA 4JKAA 1RDDA 3SV4A 1B92A 1Z05A 4KFBA 3NVKA 3DXMB 4B9MA 3D7EO 2R7YA 4M63C 3S9HA 1NGGA 1GLCG 1XMOK 3KK2A 1JXBA 2IS3A 3DWLA 1VQ5N 1DTQA 4DSIA 3MCAB 4B1VA 4CW7B 3V4IA 2DY4A 5LL6Z 4BE2A 3Q7CA 1EKEA 1NBWA 1R59O 3MXJA 3C94A 2BGGA 2G8WA 5JS1A 4YOWA 3ENOA 1SKRA 1C6VA 4JS5A 1VSLA 1W9HA 1RBTA 4KH5A 2IC3A 3AO2A 4O8KA 3THWB 1NK7A 4FJXA 1REVA 3M6GA 3CCRN 1LW2A 1JCEA 1JLGA 1NJZA 4AHUA 4E1MA 3CCJN 1BHLA 1HQEA 3ID8A 5AQVA 4JKEA 3K9KA 3LP0A 3LDSA 1XQSC 4IKFA 2KZZA 4LF7K 2F9TA 4FWQA 1N32K 2I7PA 2P9KB 1UA0A 4N41A 4JS4A 2HF4A 2QXFA 3KWGA 2B4JA 3ATUA 4IJAA 3SCXA 3SQ0A 2HB5A 4CHOA 5C25A 1NK8A 2WUSA 2D1KA 1C0TA 2ZF5O 4OJRA 4JI6K 4ID1A 3G10A 4H0YB 2XY5A 5KPZA 4F4KA 3BGRA 1BISA 1HR0K 2I5JA 3EN9A 3J8AA 4DV6K 4KB1A 3AVIA 3ZT1A 4PL8A 1A5VA 4HVJA 4DR2K 4CF2A 3SQ1A 1HNVA 3OYKA 1P90A 4BROA 2E1YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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