3QEVA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dt
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qevA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qevA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qevA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qevA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qevA03
2EX3A 1WLJA 4CF2A 1UAXA 3K5LA 2P51A 2ZE2A 3ZSQA 3K2PA 3NGIA 1T05A 4B3OA 3O3GA 3TARA 4KAZA 4YFUA 1A5WA 1LW2A 3PUFA 1I3AA 1TKZA 4FLZA 1B9DA 3S9HA 3VQ4A 4CEQA 1CXQA 3OYIA 1ASUA 4IFYA 4Z4HA 3T1AA 3M8RA 3KLGA 1J5OA 3ZSRA 4KHNA 3OYJA 5KRTA 1JLCA 1QSSA 2RPIA 3C6TA 2P5GA 2GV9A 1QE1A 2GUIA 3C6UA 3ITHA 4LSLA 4BE1A 4C8KA 4J2AA 1EX4A 3VQDA 4EP4A 1RT6A 4M3ZA 2NUBA 2IGIA 4FJ9A 4IG3A 1Q9XA 1HJRA 3KJVA 3VA3A 3HT3A 4I2PA 4LH4A 1RILA 1BL3A 1VRUA 4FW1A 4OPKA 1W0HA 4E7LA 5J2MA 1NKCA 3RR8A 2HHUA 3M8QA 4C8NA 1CZBA 1VK0A 4UQGA 3RTVA 4Z0UA 4Y1DA 3HXMA 2G8HA 2VG6A 2RKIA 2HNYA 2A1RA 3HL8A 4DWIA 3I8DA 2HVIA 4JRQA 1LAVA 3HVTA 5T7BA 1L3SA 4CJSA 3ALYA 1QHTA 3AVGA 4FK2A 4BWMA 5HBMA 4CJ5A 4CJ3A 4FM0A 3QO9A 3RMDA 3K59A 2DFEA 4W5NA 4IBNA 3O3FA 1T8EA 4DTNA 1NK0A 3AO2A 3CYMA 1SKRA 1LWCA 3P83D 1UWBA 1CLQA 4CIGA 4AHCA 3T19A 4CJWA 3SUOA 5CZ1A 2HHXA 3HJFA 2PY5A 5HLFA 4PA1A 4K8XA 3H08A 2JLEA 3NF6A 4RG8A 4KTQA 3S3OA 2IOCA 3QEWA 3ZSYA 4FXDA 1VSJA 1LWEA 4CHNA 1SL0A 3RMCA 1C0UA 1C0MA 4E19A 4RW4A 3KLHA 4DSFA 4CHQA 5DK5A 2VG7A 3LAKA 4DQPA 3DRRA 4ID5A 3OYCA 1JL1A 3AVLA 1IKVA 4FJXA 3TAGA 2VG5A 3DLRA 4KI4A 3SYZA 4E7HA 3LZIA 1NK8A 4FJNA 1RNHA 3SQ1A 4AHRA 4M3XA 2D0AA 2HHQA 4KREA 3KIOA 4CK3A 2XY6A 4GW6A 3DLHA 4E3SA 1TVRA 4FJ7A 3OJUA 4F4KA 4FJKA 1TV6A 2XHBA 2FBVA 4KTWA 1KSPA 4B9MA 4B9LA 3MEEA 3VQ5A 3PX6A 1KFDA 4Z4GA 4I2QA 3S3MA 1MU2A 5FROA 4OLBA 2PYJA 2D0CA 2FBYA 1L3UA 4BDPA 4H4OA 5E41A 4ICLA 3LDSA 1LWFA 2G8IA 1CXUA 3VN5A 3TAQA 3VQPA 1NK6A 3HP6A 2FC0A 4O0JA 4OVLA 4DFMA 4BE2A 1RTDA 3D0PA 1IH7A 4NYFA 1S1VA 2RN2A 1SL2A 1YT3A 1ZBUA 1BI4B 4FLWA 5FRNA 2QK9A 2ETJA 3V1RA 4CF1A 3HP9A 1TKXA 3OYHA 3AVCA 3SV3A 2ATQA 4F3OA 3ISNC 4ZTFA 4AILC 3MEGA 3SQ4A 4W5QA 3V9ZA 1TK0A 4FJIA 1BGXT 4N41A 1Z26A 3CFOA 1RBSA 3V4IA 1NKBA 1UOCA 3P5JA 2G8FA 1QSLA 4DSKA 2YNIA 1F21A 4KFBA 3NHGA 3QEVA 3KLIA 3OYDA 4DU4A 2WONA 3ZSOA 3ZT4A 4PQUA 1KFSA 3F9KA 4FW2A 4N56A 4CJLA 1NKEA 1N6QA 1J54A 2E4LA 1NJYA 3ZSZA 2Z1GA 1SV5A 1YTAA 3TANA 2KZMA 3RMAA 2OPSA 4DFPA 4FK0A 4Q0BA 3TI0A 1JL2A 3AVKA 1BQNA 2HVHA 3L8BA 3QLHA 2DFFA 3K5OA 1RBVA 4O5BA 1K6YA 4NYNA 2FBTA 1SL1A 3M8PA 3NH2A 3S3NA 3EY1A 5HROA 3BDPA 1B92A 2D0BA 4CFCA 4M3RA 1RDDA 4E7IA 1TK5A 3ZT0A 4OPJA 1WN7A 1JLQA 3PO5A 4CGGA 2WOMA 1RTJA 4PWDA 3F73A 4CEFA 4DTSA 1FKPA 1RTIA 4CGHA 4LY7A 2HNDA 3HPGA 4EZ6A 4FJHA 4N76A 1RT4A 4L8RB 4F2SA 1WAFA 1JLEA 3AA4A 4CJVA 4KRFA 2QXFA 3V9XA 1TKTA 1VSLA 3TABA 4PY5A 1IKXA 4YNQA 1U04A 1YVUA 1BISA 1VSIA 3O4NA 1RDCA 1EKEA 1BQMA 4HVJA 1U48A 2YNFA 2YNHA 1RDBA 3CM5A 3DMJA 4E1MA 5HRSA 3ULDA 1X9MA 1U4BA 4J2EA 4CECA 2G8UA 4DLEA 1WSEA 4KKOA 3KD1E 2YKNA 3IRXA 3NF8A 3PX0A 4FJMA 4TSXA 1G15A 4DQQA 4CHZA 3JYTA 5KI6A 3NGYA 4GMJB 4B08A 4CEAA 3OYBA 5HRPA 4RW7A 2HB5A 3OYGA 5FRMA 1EETA 1FK9A 2IAJA 1RCHA 1X9SA 4M41A 5KTQA 2X6NA 2Z1IA 3NCIA 4PUOA 4EZ9A 3NBPA 1QTMA 2HW3A 2LSNA 3SI6A 3FFIA 1L3TA 3DOLA 4F2RA 1QS4A 1YTUA 3LP3A 1NK4A 3RRGA 4HCCA 1JXBA 1TGOA 3V6DA 4B9SA 4FLXA 1NJZA 1S6PA 1HPZA 3SPZA 4O0IA 4B9VA 2AJQA 4W5TA 4DS4A 2G8VA 1TL1A 5I3UA 1LW0A 3K5MA 1HYVA 3L2QA 3DRSA 2E6MA 4CEEA 3QIOA 3ZT3A 1BHLA 4N47A 4Z4EA 1TAUA 3AVJA 2OZMA 1S9EA 4DTRA 3HPOA 4MQ3A 1O1WA 1KVAA 3KLFA 4KB0A 3NE6A 3IG1A 1C1CA 1HMVA 2OPRA 3OYNA 3LWLA 1X9WA 5HP1A 4F8RA 1XI1A 1ASWA 1Y97A 4CF8A 2YHBA 4HUFA 2XRIA 1JXEA 4IDKA 1EXQA 4W5RA 1BIUA 3CG7A 1WSJA 4CHOA 2HHSA 2OPPA 2HHWA 3AV9A 1FKOA 3L2WA 4Z4IA 4DQRA 3CFPA 1S5JA 3AO5A 3OYAA 4FJGA 1S9GA 3SUPA 4QCLA 4CGIA 2OYQA 1EP4A 1C0TA 3M8SA 1TK8A 3CFRA 1RBTA 4IKFA 4CEZA 3U3GA 3KK1A 3QNNA 1BCOA 4HUGA 3KD5E 2JGUA 3DM2A 4G1QA 3PO4A 4FM2A 1WNSA 3VQ6A 2DTUA 4CJRA 1BIZA 1W9HA 1D5AA 3VA0A 3TR8A 1T03A 1B9FA 3AVHA 1FXXA 5CYQA 3L2RA 4DSIA 2OA8A 4K8ZA 3K5NA 1WSHA 3RRHA 4KO0A 1TL3A 4B8CA 1LV5A 5D3GA 4KI6A 4FLTA 3PX4A 2BGGA 2HHVA 2BE2A 4M42A 1L5UA 4Z4FA 4B8AB 4FZYA 5SZTA 4DTXA 1TKDA 3QETA 2PYLA 4DF8A 3V81A 3NAEA 1HNIA 1VSDA 3V9SA 4DSJA 1U47A 1NK9A 1QQCA 3D45A 1DTTA 2HNZA 2IS3A 2ZD1A 3LPTA 5CY4A 2QKKA 4GVMA 2O4GA 4FLVA 3SCXA 4KHQA 4M3UA 1VSHA 1J53A 4ZTJA 1JLGA 1CZ9A 2XY7A 3PY8A 4ELVA 3HVRA 1N5YA 3MEDA 4I9QA 3SNNA 1KVBA 2P5OA 1HYSA 3NH0A 4DSEA 4BE0A 4LD0A 3G0ZA 4CF0A 4OKKA 4CEOA 1X1PA 1KCFA 4JS4A 3DYAA 4CESA 4FYDA 3NFAA 3SUNA 4F3TA 3TAMA 1R0AA 2Y1JA 1UA1A 3DLEA 4B9TA 4DTMA 3QNOA 4CGFA 3MXMA 1KLNA 3G10A 4FJJA 1NOZA 1RT1A 3AVFA 3NF7A 4O55A 3WNGA 4J2BA 1JLBA 2YNGA 4CFBA 3QEXA 3RMBA 1HQUA 2IDOA 4OJRA 3L2UA 5CZ2A 1XC9A 4QOZB 3TAPA 3QESA 3VQ7A 3EYZA 3CM6A 4DG1A 2X6SA 1S1TA 3CQ8A 3I0RA 3LZJA 1NK7A 1L3VA 3LAMA 3MXJA 1VSKA 2ZQBA 4M3WA 3HSTB 4W5OA 1BI4A 3VQBA 1C6VA 4CJFA 4DF4A 1D8YA 2KQ2A 2YHAA 5KGXA 4WE1A 1NOYA 4C8OA 1C1AA 1S1WA 3WNEA 4EP5A 3NH1A 4OGCA 3HO1A 4H4MA 4O4GA 3AVIA 3OYLA 3L2VA 4JRPA 5J2NA 3AVBA 3OYFA 4DQIA 1KRPA 4DTUA 1ZBHA 1A5XA 4KTZA 4IG0A 3KKRA 1REVA 3AO4A 4AHUA 2Z1JA 4FJ8A 3LP1A 4HHTA 4HTUA 4KB1A 4KHWA 1XWLA 2G8WA 3QEIA 4KHSA 2ITGA 5J1EA 5DMRA 4CCHA 3VQEA 3BGRA 1JKHA 4DLGA 4CJEA 3SPYA 2I5JA 3AA3A 2R7YA 1XHXA 4RW6A 4M45A 3OY9A 2O4IA 4FM1A 4CERA 4B9UA 3LALA 2XO7A 4CHPA 3LWMA 2Q3SA 1ITGA 3AO3A 3LP2A 3HM9A 1Q8IA 4Q5VA 4ELTA 3OYKA 1RTHA 5KRSA 3V9UA 4LH5A 3QEPA 3KLEA 3KK2A 3QERA 1VSMA 1WAJA 1RT7A 3SQ2A 1ZYQA 2OPQA 4CIFA 4ELUA 3A2FA 2DY4A 4FLYA 3AVAA 2RF2A 3OYEA 5C25A 1QSYA 2KW4A 2BANA 3AO1A 3AVNA 3P1GA 2W42A 1UA0A 3NDKA 3IS9A 4I7FA 4FLUA 3AA2A 3KKSA 1S1XA 3V1OA 3SV4A 3OS2A 2KZZA 1NJXA 3DOKA 5SWMA 1VRTA 1IG9A 4FJLA 2D5RA 4HUEA 1RT2A 4ID1A 2XY8A 4RW8A 4QAGA 1WSFA 3AA5X 3LPUA 3U3YA 5CYMA 2KTQA 3ZT2A 4R5PA 1JLAA 4CFDA 2PZSA 4CGJA 2FBXA 3DI6A 4M3YA 1S6QA 1U49A 2YV0X 3THVA 1RBRA 3U6FA 4NCBA 1ZBLA 4N5SA 4DU3A 4I9LA 4CJTA 4DS5A 4CHYA 5EU7A 1KTQA 4XIUA 1Q9YA 4CGDA 4CJQA 4CF9A 3V9WA 3B6OA 4KV8A 1GOAA 5C24A 3OS1A 1IKWA 4FCYA 4DSLA 2GBZA 4LSNA 3OYMA 2F96A 1JLFA 1D9DA 4IFVA 4JLHA 3ZSXA 3TAEA 4KHUA 3B6PA 3RWUA 3KK3A 2Y1IA 4M3TA 2BDPA 1RT3A 4AHSA 3C95A 3LANA 5HRNA 1J9AA 4FZZA 1WSGA 1Z25A 1ZBFA 3E01A 4E7JA 3PV8A 1ZBIA 3WNHA 1BCMA 4OKJA 3OVNA 1LAWA 5K14A 1RDAA 4CE9A 3VQ9A 1D9FA 4NCAA 4CK2A 1DTQA 4FVMA 1VSEA 4OKEA 4OGEA 3ZCMA 3MAQA 2X74A 3L3VA 5I42A 4E7KA 1SKWA 1HNVA 3DRPA 4AH9A 4CFAA 5HRRA 3OJSA 4FZXC 1DLOA 1KLMA 4CJ4A 1TAQA 3MXIA 4DMNA 2F8SA 4CEBA 2HHTA 1KVCA 1HYZA 1HQEA 2YKMA 1ASVA 3K58A 3VQ8A 3DLBA 2KFNA 2EHGA 3SUQA 2VWJA 2G8KA 4CJPA 5J2PA 3V1QA 1C1BA 3ZSVA 1WSIA 2DFHA 4BWJA 2IC3A 3ZT1A 4AHVA 2KFZA 4DTOA 3QIPA 1RBUA 1A5VA 2Z1HA 3JSMA 4ZHRA 2OZSA 4DQSA 4DU1A 1NJWA 3RR7A 2E6LA 2HMIA 4E89A 4OLAA 1I39A 3L3UA 4FK4A 3O3HA 3EZ5A 2XY5A 3TAFA 3I0SA 3HPHA 4BDYA 3VQQA 1SKSA 1VSFA 4RW9A 3MECA 3ZSWA 3SQ0A 3VQCA 3ASMA 1IO2A 3QINA 5FDLA 4CEDA 1XHZA 2B6AA 2P1JA 1IKYA 4Z4CA 4B9NA 4DTJA 4DFJA 4CIEA 2B5JA 3SZ2A 3C94A 5J2QA 4O44A 3IAYA 4Y1CA 4KPYA 4C8LA 3O4QA 3T3FA 4E1NA 1GOBA 3NF9A 4BDZA 3HK2A 2VWKA 3DLKA 2A1SA 4MFBA 5C42A 3SJJA 4CJUA 1U45A 1RT5A 3KTQA 4DTPA 2QKBA 4J2DA 4CK1A 4JS5A 3LP0A 3AVMA 4NCGA 3WNFA 4AHTA 5JS2A 3VQAA 1SUQA 2X78A 5KGWA 4E0DA 3DLGA 1NK5A 4FJ5A 4H8KA 2B4JA 4HCBA 3OS0A 4CJKA 5JS1A 4C8MA 1S1UA 3HYFA 4DFKA 3TWHA 1T7PA 4BACA 2F8TA 3UIQA 4KHYA 1HRHA 3K57A 3NGZA 1GOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3ZSOA 1W7AA 4PQUA 3F9KA 4JI4K 2E4LA 1FZ2E 3ZSZA 1YTAA 3VTIA 3RMAA 5LJVA 4FK0A 2GELA 2HVHA 3L8BA 3QLHA 3ZETB 4O5BA 1MDUB 3S3NA 3EY1A 1SQKA 5HROA 4M3RA 3ULEA 3PO5A 2NNWA 1RTJA 4YDUA 4CEFA 1VQ4N 4DTSA 4U7BA 4BR4A 3J7YP 1WAFA 3UKUA 4CJVA 4G9ZA 4KRFA 2QXFA 3V9XA 4BREA 1T6DA 4IOCL 1VSIA 4HVJA 2F8TA 3QBXA 1Q81O 2YNFA 4E1MA 3DMJA 4CZHA 1BDGA 3ULDA 5C2DA 3EE8A 4J2EA 5AQFA 1X9MA 4YY3K 4DLEA 1WSEA 1CZAN 5CR4A 2Q97A 1Q86O 3OGMB 1NLVA 1G15A 4B1XB 3C7NB 1RDUA 4GMJB 4B08A 4CEAA 2JH8A 2I7PA 3G25A 2P9KA 1BOTO 3OYGA 3CJBA 5FRMA 2IAJA 3CCSN 2Z1IA 3VGMA 3NCIA 3GE1A 4JI0K 4F2RA 3DJCA 3CI5A 3LP3A 4LF4K 3C6HA 4DV3K 3V6DA 2A41A 4FLXA 1NJZA 1S6PA 4OO1J 2P9LB 4B9VA 4W5TA 5BRFA 4DR3K 1HYVA 4EHUA 2RKHA 4N47A 1TAUA 4DCHA 3T1YK 3C6PB 3LM9A 3Q7CA 1JCEA 3KLFA 1NM1A 2YJFA 2OPRA 5IBKB 1XI1A 2NRHA 3OA9A 3MN9A 4W5RA 4JN4A 4CHOA 2HHSA 3D6RA 1Q18A 3M1FA 3ENHA 3SUPA 3AGKA 1VQ8N 4ILHA 2OYQA 1YAGA 3FZMA 4IKFA 3L4QA 3CFRA 1RBTA 2OVRB 2YI1A 4GKJK 3KD5E 2JGUA 4G1QA 3O6WA 2DTUA 4CJRA 3VA0A 1B9FA 3UO2A 3VEOA 5CYQA 1YUWA 3SBGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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