1CXUA

1.42a resolution asv integrase core domain from citrate
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
143
structure length
143
Chain Sequence
GPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords PROTEIN (AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE)
publication title Atomic resolution structures of the core domain of avian sarcoma virus integrase and its D64N mutant.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
total genus 54
structure length 143
sequence length 143
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1cxuA00
1RNHA 1WSJA 1R0AA 4OLAA 4C8LA 4OKKA 4DSFA 3D0PA 1XHZA 1HJRA 4EZ6A 2ZD1A 1HNVA 4O55A 1BCOA 1JKHA 1IKWA 4LH5A 4MQ3A 4CF8A 3HPHA 2P51A 1NK4A 2FBYA 4J2BA 1BL3A 4B9TA 4CCHA 4FZXC 3AA3A 5J2NA 3AVFA 4CJ3A 1L5UA 4M3RA 1YT3A 4DTXA 1A5XA 2B6AA 3NF6A 2O4GA 3MXJA 3S9HA 1RBVA 3L3UA 1TV6A 1Z26A 4JS5A 3KTQA 4JS4A 1TL1A 3ZT0A 2XRIA 3PX4A 3QETA 1JLAA 2QK9A 3DLEA 3H08A 3OS1A 3VN5A 3AVJA 3P83D 3RMBA 4F8RA 4M3UA 3HP6A 1UAXA 3CG7A 1GOBA 4CJRA 3LAKA 3VQEA 1LV5A 3IAYA 2PZSA 1G15A 4EP5A 4BWMA 1J9AA 3E01A 1Q9XA 1KSPA 3L8BA 3S3OA 3MAQA 3VQ8A 4FJ9A 2IGIA 3BDPA 2G8HA 4DFPA 1RDAA 3L2RA 3NCIA 2F96A 4CK1A 4E7KA 3SQ1A 1TK0A 4E0DA 1DTTA 2QXFA 1L3UA 2YNHA 4CEDA 4DQRA 3OYMA 4DS4A 2YV0X 1RT5A 4BDPA 4CJTA 5FRNA 1IH7A 3C94A 4H4OA 4DMNA 3TARA 4F2SA 1J54A 3OYKA 3SJJA 3VQ4A 3OYNA 1SUQA 4XIUA 3EY1A 3CM5A 4CJ4A 4HCBA 4CFAA 4K8ZA 5C24A 3AV9A 3A2FA 4N56A 3HM9A 1RTDA 3F73A 5CY4A 5DMRA 1NKCA 3V1RA 2P5OA 3AVHA 3C6UA 3F9KA 1C0TA 5I3UA 4OVLA 4J2EA 4E1MA 1C6VA 3NF7A 4Y1CA 1CXQA 2KQ2A 3RMDA 1CZ9A 3HSTB 4BDZA 3MXIA 2VG7A 1X1PA 2ATQA 3WNGA 5C42A 1CLQA 3C95A 4IFYA 3NFAA 3VA0A 1S6QA 2HMIA 4FZZA 4Z4CA 4FJLA 4ELUA 4FM0A 1CXUA 2XY6A 4CFCA 1JLQA 3T19A 3VQAA 3SV4A 2GV9A 4E1NA 3KLFA 4DF8A 3V4IA 1TGOA 2YKNA 1WSFA 3DLGA 4Z4EA 2ITGA 3HJFA 3JSMA 3V9WA 3S3NA 4DSJA 1TKZA 4DTUA 3LP1A 5KGXA 4ZTJA 3SUPA 1NK6A 1LAVA 4KRFA 3OYFA 1K6YA 1QSSA 4K8XA 4Z4FA 4KHNA 3KD1E 1ZBUA 1W9HA 4KFBA 4N47A 4BDYA 2Y1JA 3P1GA 2XHBA 3KK2A 1EETA 3OYIA 2P1JA 3LDSA 3IRXA 1T8EA 1LWFA 3I0SA 2HHTA 1JLFA 2NUBA 3LWLA 2W42A 4IG0A 3MXMA 2P5GA 4FJNA 1S1UA 2F8SA 4DSLA 1RT1A 3HL8A 2IC3A 2X6NA 4LD0A 4W5TA 4DTSA 2BGGA 1KLMA 2FC0A 3SPZA 4ELVA 4W5OA 3HP9A 5EU7A 1U4BA 4BACA 4E7IA 2YHAA 5HRPA 5JS1A 3AA2A 4OKJA 1TKTA 4CK2A 1WSHA 2JGUA 4DLEA 2VG6A 3TABA 1VSLA 3BGRA 3T1AA 4KHQA 3FFIA 1IKXA 1JLCA 3HYFA 3ISNC 2G8KA 3VQ6A 1RDCA 4FM1A 1HQUA 1EKEA 4FJXA 4Q0BA 5CZ2A 2IS3A 2DFHA 4M3WA 1L3TA 1RBRA 2RF2A 3AVGA 3MEGA 4DS5A 4GVMA 1A5VA 3L2WA 1S6PA 2A1RA 5J2PA 2QKKA 1ZBHA 3WNHA 4N5SA 3OYDA 4BE1A 3M8PA 4CHZA 4KHUA 2VWKA 3V9UA 4CFDA 4B9UA 3K5LA 4IBNA 1NK5A 4FXDA 3AVIA 3AVBA 4PUOA 4C8MA 4FLZA 4DTNA 3VQQA 4DU1A 3THVA 1RBUA 1YVUA 3NF9A 3KLHA 2BANA 5FROA 2OPSA 3DRPA 2HVIA 4FLUA 3TI0A 1QSYA 2PYJA 3V9SA 1GOCA 1RDBA 5SZTA 4J2DA 4DQIA 3PY8A 4HUEA 4KI4A 1J5OA 3O3FA 3PV8A 1WAFA 4GMJB 5KRTA 3QNNA 4KTQA 1L3SA 3JYTA 2DFEA 4H8KA 4AHVA 4YNQA 1XC9A 4ZHRA 3TWHA 4RG8A 4DTRA 3NH2A 2PYLA 3HVTA 4E3SA 2E6LA 3VA3A 4FJKA 4R5PA 4CHPA 1QS4A 1RT4A 1RTIA 1W0HA 1ITGA 3SNNA 2B4JA 1WSEA 2FBXA 1KCFA 3O3HA 4Z0UA 3DLKA 3L2UA 3OY9A 4FZYA 4AHCA 3UIQA 1EX4A 5HLFA 1VSFA 1BIZA 4DSIA 3M8RA 3SQ2A 3LP2A 4M42A 4FLVA 4RW7A 3AO4A 3RR8A 3L3VA 5C25A 5HP1A 4I7FA 3QEIA 1B9DA 3CFOA 3TR8A 4CJQA 3K5NA 3NGYA 1UA0A 3SV3A 1VSJA 2OA8A 2ETJA 1B92A 2YNIA 2G8UA 4M3TA 2X74A 2YKMA 1UWBA 3OYEA 3PUFA 3RRHA 5D3GA 4M3XA 4RW6A 3ZT2A 4IFVA 3OYLA 1TK8A 4CF0A 2WOMA 3AVLA 3V1QA 3HXMA 1WLJA 3AA4A 1WNSA 4CEBA 4Q5VA 4JRQA 4KPYA 1LWCA 4C8KA 1VSDA 4Y1DA 4W5QA 2FBVA 3V6DA 4FK2A 4CJUA 3OVNA 4CJVA 4DFMA 4DWIA 3DI6A 4NCGA 3VQ5A 3KIOA 1HQEA 4RW8A 4CJKA 3OYHA 4HHTA 1SV5A 3V9XA 1F21A 4JLHA 2XY7A 3ALYA 1XI1A 1U47A 1SKRA 4B3OA 4DFKA 2WONA 3M8SA 1TAUA 1RT3A 4PQUA 2Z1IA 1CZBA 1WAJA 3MEDA 1ZBFA 2HNDA 3PX6A 3NH1A 2OYQA 2F8TA 4CECA 4ELTA 4B08A 2X6SA 2ZQBA 4OJRA 4EZ9A 4DTMA 4ZTFA 1NJYA 1L3VA 4QOZB 2YNFA 4DSEA 3AVCA 3MECA 1X9MA 1BISA 3CM6A 1EXQA 2OPQA 3ZCMA 1WN7A 1NKBA 5E41A 3QIPA 3KLIA 2IAJA 3LWMA 4AHUA 3RTVA 3TAPA 1XWLA 4B9MA 3DM2A 4M3YA 4PY5A 4RW9A 1IG9A 3TAGA 3VQ9A 4I2PA 3KK1A 3KK3A 3CFRA 4KB1A 4DF4A 3V1OA 2HW3A 4B8AB 4CJSA 3QO9A 3ZSRA 4RW4A 2KFNA 4C8NA 1HYZA 1LAWA 3OYAA 4NYFA 4CF9A 3ZT4A 3L2VA 1FKPA 1JL2A 4I2QA 3KD5E 1XHXA 5T7BA 4B9SA 4I9QA 4OKEA 5FDLA 4OGCA 4H4MA 1S9GA 4CEQA 4CGDA 2BE2A 2OZSA 1RCHA 5HRSA 2BDPA 3KKSA 1JLGA 3M8QA 1N6QA 2GBZA 3KLGA 2OPRA 3QERA 4CJ5A 3EZ5A 1RILA 4O5BA 3T3FA 4QAGA 4F2RA 3P5JA 1NJXA 1D9DA 1TL3A 1KFSA 4DU3A 2HHWA 3PX0A 3K58A 3LZIA 1TAQA 4MFBA 1NOZA 1VSIA 3K57A 3ULDA 1DTQA 2LSNA 3DRSA 4HCCA 4CERA 4FJ8A 2D0AA 1D8YA 3O3GA 1UA1A 1S9EA 5HRNA 3D45A 2OZMA 4KHYA 3AVMA 2AJQA 4M3ZA 4DTOA 1ASUA 3SI6A 1Z25A 1KFDA 3C6TA 4AILC 2HVHA 4DU4A 4CGHA 1ASVA 4FLYA 1SL1A 3U3YA 4CF1A 4CJFA 4B9VA 4CHOA 3AVNA 4CHQA 4W5NA 4DQPA 2IOCA 3VQCA 1LWEA 4KKOA 3RWUA 4I9LA 1S5JA 1NK0A 4NCAA 1KVCA 3LPUA 3DRRA 3NGIA 1Y97A 5J1EA 4CJPA 1U48A 2VWJA 4B9LA 4AH9A 4AHRA 4ID1A 4FJJA 1BHLA 1JXBA 4TSXA 3LALA 1KVAA 3AA5X 4QCLA 1T7PA 1C1AA 4IG3A 3K59A 1S1TA 4FK0A 4E7JA 4F3TA 1VK0A 3K5OA 1TK5A 4B9NA 3I8DA 4CHYA 4FK4A 4DSKA 2XY5A 1ZBIA 4DLGA 4NCBA 1GOAA 4O0JA 1FK9A 3SZ2A 4B8CA 1BCMA 2G8IA 4G1QA 1NK9A 2QKBA 2FBTA 3SUQA 4DG1A 1RT2A 4LSLA 2HHVA 1YTAA 4FW1A 1SL0A 2Z1JA 4WE1A 2HHSA 4KB0A 4C8OA 2HHXA 2Q3SA 3TANA 5K14A 5HBMA 4CJEA 1KRPA 1D5AA 5HRRA 1JL1A 4CEZA 3AO2A 2HB5A 4LY7A 1I3AA 3LP3A 3RR7A 2RKIA 4KHWA 3ZT3A 1BQNA 3OJUA 1O1WA 3KJVA 3SPYA 4PWDA 3TAFA 1BGXT 4ICLA 3WNFA 4AHSA 3QNOA 1NJWA 1RTHA 4CEOA 1S1XA 2D0BA 4KI6A 3AO3A 3AO1A 4O0IA 1RBTA 3VQDA 4W5RA 1NKEA 1S1WA 5CYMA 4BWJA 2HHUA 4DQQA 1X9SA 2KFZA 4CEEA 4CGIA 1TKDA 1QHTA 4FCYA 4F3OA 5KTQA 1RT6A 4FJ5A 1SKWA 3QESA 1ZYQA 1VRUA 4FLTA 1I39A 3DMJA 3QINA 2XO7A 2YNGA 3NHGA 2HHQA 2ZE2A 3KLEA 1NK7A 3AVAA 3OYBA 1Q8IA 1RBSA 1WSGA 4KTWA 4FJ7A 2Y1IA 3L2QA 1REVA 1VSHA 3OYGA 4FLWA 1RT7A 1HYVA 3NDKA 2HNZA 1HMVA 2OPPA 3AVKA 3DLRA 4CE9A 2KW4A 4FM2A 1KLNA 4FJHA 2VG5A 3HVRA 3LAMA 2XY8A 2G8FA 1C0UA 2EX3A 3TAEA 1TKXA 1HRHA 3ZSWA 2G8WA 4KREA 1LW0A 2DY4A 4DQSA 3EYZA 2KZZA 1RDDA 3LP0A 2Z1GA 1YTUA 3NF8A 1U45A 3NE6A 4CJLA 1B9FA 1BQMA 1MU2A 1VSKA 4KO0A 5DK5A 4CGJA 3CQ8A 5FRMA 2I5JA 3K5MA 1FXXA 4DTPA 4FJMA 4F4KA 4N76A 3OS0A 4O4GA 4O44A 4M45A 4CIEA 3PO5A 5J2MA 3QLHA 3KKRA 1BI4A 1C1BA 1N5YA 3NAEA 1IKVA 1RTJA 4PA1A 4CIGA 3DLBA 3ASMA 1A5WA 4CEAA 4KHSA 4CIFA 4DTJA 3V81A 1JLEA 4L8RB 3NBPA 3NGZA 1JXEA 1ZBLA 5CYQA 1JLBA 2KTQA 3V9ZA 2G8VA 4CGFA 3VQPA 3OJSA 4OGEA 1U49A 1SKSA 4Z4GA 5CZ1A 3ZSVA 3LANA 4EP4A 3OYJA 3QIOA 2DTUA 4CK3A 2D5RA 3LPTA 3SQ4A 4CESA 5HROA 1VSEA 1T03A 3SCXA 4KV8A 5KI6A 1D9FA 3IG1A 3HO1A 4YFUA 1ASWA 4CHNA 3TAQA 1IKYA 3DYAA 4CGGA 4HVJA 3OYCA 2YHBA 4UQGA 3HT3A 2RN2A 4FJIA 3O4NA 2IDOA 4LSNA 3ZSOA 4CJWA 4FW2A 4GW6A 3QEWA 3QEXA 3VQ7A 4E19A 3RMCA 1SL2A 4J2AA 3LZJA 3DOKA 1LW2A 3K2PA 1KTQA 2E6MA 4HTUA 1QTMA 3TAMA 1DLOA 1VRTA 1C0MA 3WNEA 3MEEA 3RMAA 1NK8A 4AHTA 2R7YA 4BE0A 3SYZA 1T05A 3ZSXA 1FKOA 4HUGA 4Z4IA 3S3MA 1C1CA 2D0CA 2HNYA 5KGWA 3ZSZA 3I0RA 1UOCA 3OS2A 3ZT1A 4DFJA 1WSIA 3HPOA 3HK2A 2DFFA 3G0ZA 4FVMA 4E7LA 4M41A 1VSMA 5I42A 3O4QA 4N41A 4BE2A 1QSLA 2Z1HA 4KAZA 3CFPA 3B6OA 5KRSA 3B6PA 1J53A 2E4LA 2O4IA 2RPIA 4LH4A 3U6FA 1Q9YA 1X9WA 1HYSA 3CYMA 2JLEA 3QEPA 4HUFA 1U04A 3PO4A 3ZSQA 3SUNA 3ITHA 2PY5A 1QE1A 4IDKA 1NJZA 3RRGA 3ZSYA 1QQCA 2EHGA 5J2QA 1BIUA 3IS9A 5SWMA 4OPKA 3HPGA 1EP4A 3DLHA 3SUOA 3U3GA 3SQ0A 1S1VA 4OPJA 1TVRA 2GUIA 3G10A 1IO2A 1KVBA 3VQBA 4FLXA 4KTZA 4E89A 4E7HA 5JS2A 1NOYA 4CEFA 2A1SA 1BI4B 2X78A 3DOLA 4CFBA 4FJGA 4IKFA 4FYDA 4NYNA 4JRPA 4OLBA 3QEVA 2B5JA 3AO5A 2KZMA 1HPZA 1HNIA 4Z4HA 3NH0A 4CF2A 4ID5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7YP 4C8LA 4CZKA 4DSFA 3D0PA 2ZD1A 4CJ7A 1JKHA 4JNEA 4F9OA 4LH5A 4IZ9A 4WCEL 5AQNA 4BR0A 1VQLN 4PKIA 3FZLA 4B9TA 4FZXC 5JMVA 3EL2A 1Z6RA 1A5XA 2W6LA 2O4GA 3S9HA 2E2PA 1ATRA 2FLOA 2I7NA 2XRIA 4IOXA 3PX4A 2QK9A 3H08A 3P83D 4F8RA 3BY5A 5A2QO 2CGLA 3CG7A 1GLCG 3T69A 4CJRA 3VQEA 3IAYA 2O8CA 1G15A 1VQMN 4BWMA 1J9AA 1KSPA 4BC4A 5HL7L 3BDPA 4CK1A 1OH8A 2QXFA 5M1OA 4CEDA 4DQRA 4LF9K 3WXMB 2VGMA 5FRNA 3THXB 1SUQA 3EY1A 3CC7N 4HCBA 4K8ZA 3AV9A 2Q36A 4MDAA 3HM9A 5AZJA 4WFNL 1C0TA 1YJ9N 4J2EA 3U9ZA 3EO3A 3RMDA 2KQ2A 4BDZA 3P38A 2VG7A 3O8MA 4BRIA 5C42A 3C95A 4OX9K 3NFAA 3CPEA 2HMIA 4ELUA 1QQMA 4H0TB 2XY6A 3VQAA 3V4IA 4E1NA 5EY4A 3AY9A 4CZGA 1C0FA 4JN4A 3S3NA 1TKZA 5FPDA 3LP1A 3NMUA 4RTFD 3VESA 3OYFA 4BROA 1DKGD 1QSSA 2ZF5O 4YOTA 1ZBUA 1EETA 2P1JA 3EEQA 1JLFA 2W42A 4DSLA 2E2QA 2F9TA 4YHHK 5HRPA 5F1XA 4OKJA 1TKTA 3WQUA 1WSHA 4DLEA 2VG6A 1VSLA 4KHQA 3FFIA 2QA4N 1H1VA 1OH5A 5C2DA 4FSVA 4C23A 3O80A 4Q0BA 4A57A 5CZ2A 2IS3A 4K0KK 4LF5K 2RF2A 3AVGA 4H0PA 3GDQA 3THXA 2GX9A 1HKBA 4N5SA 2OTJN 1BU6O 2VWKA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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