4FWNA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with adenosine tetraphosphate (ap4)
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 132
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwnA02
3CQXA 5B8HA 3RSEA 3SK3A 3DXMB 4Z94A 3VPZA 3H3OB 2FF3B 4EFHA 1GLDG 4EIAA 1DEJA 3FLCO 5KPTA 4B1YB 4A62A 2P9IB 4QS9A 3ZETA 2P9UA 2YJFA 3LM2A 1NBWA 1QQOA 2GUPA 2A3ZA 1DGKN 3ZEUB 2GWJA 2Q2RA 4QS7A 3VGMA 3C0BA 2KHOA 5LJWA 3H1VX 3FE1A 4ISGA 1GLFO 1NGHA 3IUCA 3O1BA 1GLLO 2Q97A 2E8AA 3QICA 4B1UB 1HPMA 3H1QA 3LDOA 1QQNA 3WUHA 3M6GA 2E2QA 2HF4A 5BN9A 4Y0WA 4BR9A 1H1VA 4I6MA 3TPQA 2HMPA 3HZ6A 4BVOA 1NGDA 2ZGYA 2ASOA 5F0XA 3CIPA 5EXWA 4BRAA 1OKJA 4ISFA 1RFQA 4WQ5A 4WYBA 3EKSA 5FPEA 4HTLA 2P9NA 5AQGA 5AQQA 4H0YB 3U8XA 1V4SA 3B8AX 2NLXA 3O4WA 4H5WA 2GELA 5FPDA 1ESVA 4JNEA 1BA0A 3DWLA 4FL9A 4BRHA 2P9LB 2I7NA 1XC3A 3GG4A 5KQDA 4IXCA 2V52B 3MN5A 5BRDA 1MWMA 2OANA 4J8FA 1LOTB 1V4TA 1X9JA 3CJ9A 4CD1A 5F2RA 1R59O 3D7EO 4FWNA 3VESA 1E4GT 4CBUA 4FWPA 3I33A 3KZBA 3VENA 2VYPA 3DAWA 5AQLA 4BRQA 4C23A 3UKRA 2E88A 1GLJO 4BC3A 5BRHA 3ENOA 1MWKA 3VEVA 3D2EA 1NM1A 2Q31A 4CZGA 4K42A 3VEYA 3FZKA 2V51B 4BRDA 5FPNA 4BRIA 3ZX2A 4F9OA 2I7PA 4NB4A 4BC5A 4A2AA 5BR9A 4FPAA 5E26A 1KAZA 1BG3A 1NGIA 4FWKA 4EAHD 3WXJA 5ADXA 4CZKA 3A5NC 4IWVA 5AQVA 4BROA 3VEWA 4E1JA 4CBXA 2A41A 2P9IA 4EHUA 3HM8A 3UKRB 1QZ5A 5AZIB 4BC4A 3EO3A 4MO5A 1HJOA 1X3MA 2V7YA 3WEEB 4CZFA 5AQZA 3FZMA 3ID8A 2E20A 4H0PA 3ZEUA 3CJ7A 3O80A 1ZXOA 4RWTA 4BVPA 3R6MA 1ZBSA 2A5XA 3CETA 3G25A 3AY9A 3FGUA 3O8MA 5AR0A 1G99A 2QWMA 3I8BA 4JD2B 2P9PA 3MN6A 4H0VB 2VCPA 3L0QA 3A5LC 5AQKA 3L6QA 1NGGA 2W41A 3SLCA 1MDUB 2QWNA 3ZX0A 1Y64A 2P9KB 4GNIA 1TYQB 3BUZB 3LDLA 3OHRA 3C7NA 3QMLA 3SJHA 4CZLA 4DHYA 4B1ZA 1HUXA 1SAZA 1YXQA 4BR7A 3H45C 2GWKA 2D4WA 5ADXH 1ZC6A 2YJEA 3ZX3A 1BU6O 2Q0UA 2P9PB 3FR0A 2CH5A 3M1FA 4PKIA 2VWBA 1NGEA 3SMSA 3UE5A 4ISEA 4DCHA 1GLAG 4XH5A 5AQSA 1S22A 4DB3A 3HSCA 2HOEA 4JAXA 5AQFA 2YHYA 3ULEB 4FWLA 2P9LA 5LJVA 2ASMA 5AQOA 4CZHA 4FWOA 3C7NB 2E2PA 4BG9A 2FF6A 4M7YA 2P9SA 3R8EA 4MLEA 1RGIA 2ZWHA 4BREA 4PL7A 2D1KA 2ZF5O 3GOIA 3H3NO 1E4FT 2IVPA 4HWIA 4CZMA 3AAQA 1S3XA 4CBWA 3JS6A 3KVGA 4WQ4C 2BUPA 1GLCG 5KPRA 3CHWA 5EX5A 2GTDA 1JCEA 2E1ZA 1K8KB 4IO8A 3CQYA 4KBOA 5LY3A 3MN7A 4AM7A 1SQKA 1XUPO 2PAVA 4O8KA 3O5BA 2F9WA 3BF3A 3GE1A 3U9ZA 4MO4A 4B1WB 3WQUA 5KQ8A 2P9SB 1NGFA 5BPLA 1Z05A 1XQSC 3HBTA 3S41A 1T6CA 3LM9A 2A42A 4NO7A 2YCHA 3EL2A 3LL3A 1BWFO 2F9TA 2A6AA 1HLUA 2AP1A 1CZAN 2NRHA 4H0TB 1HX1A 3CJCA 2QWLA 5AZIA 4BQLA 2D0PA 4CZEA 3EKUA 2H3GX 4EHTA 2Q1NA 4BRFA 3WEEA 1NGJA 4CI6A 3ATVA 5BREA 4BGAA 4RTFD 3GBTA 4BRMA 5EOYA 2FLOA 3WXKA 3U9DA 1QQMA 2DPNA 1LCUA 1BO5O 2IVNA 4CD3A 2CH6A 1T44A 1C0FA 3EZWA 3A5MC 4JD2A 1U2VB 1Z6RA 3UKUB 3O08A 4LC9B 3MCPA 2NZTA 4XH4A 1DKGD 1TUUA 3KHYA 3HTVA 3WXLA 2QWQA 4H0XB 1BUPA 2QW9A 2P9KA 3ATUA 1TYQA 4M63C 3VGKA 1YVNA 5AQPA 3U4LA 4M7XA 3MDQA 5AQRA 3TU5A 1Q18A 2E2NA 4JHDB 4YDUC 1IG8A 5AQIA 3AAPA 2AA4A 4H03B 3D2FB 5ELZA 3JXUA 5I9EB 1KXPA 2YI1A 2Q0RA 3QBWA 1TUYA 3VEOA 3VF4A 2QWRA 4H5RA 3LDQA 4FOEA 4H0OA 1JCFA 1NGBA 1YAGA 4BRPA 4WQ5C 4BR4A 5BPMA 2V7ZA 3VERA 4PKGA 3ULEA 1HKGA 2ZGZA 4IJNA 3VF6A 1YUWA 2IIRA 4XH1A 4AM6A 2CGJA 3MN9A 3BF1A 3IMXA 4XEIA 1GLBG 1WOQA 4CJ7A 2E1YA 3VEZA 3W0LA 2A40A 4H5VA 1IJJA 1JCGA 2Q36A 4BR0A 1T6DA 5F1XA 3CJAA 4A61A 4H5TA 4K25A 3VGLA 3FZFA 5AZJA 1SZ2A 5FPMA 4BC2A 3VOVA 1K8KA 1QHAA 4FPBA 5TKYA 2EWSA 4B9QA 5CE3A 1QZ6A 3RSEB 1BDGA 4BRCA 2QM1A 2YHXA 3SMPA 5KPZA 3UB5A 4MLHA 5AFUA 4JN4A 2YHWA 1BOTO 3ZETB 3H6EA 1D4XA 2P9UB 4YDUA 4K41A 4B1XB 5AZJB 3A5OC 3P4IA 4BRNA 4FWSA 3IDHA 2CGKA 3GL1A 3MK6A 1C0GA 3QBXA 4H5NA 4B1VA 4L3QA 2PBDA 3AARA 1WUAA 3MMVA 4BR5A 2GEMA 3CJBA 1MA9B 1GLEG 4FWMA 4O5FA 3WQTA 4FWRA 5JMVA 4BG8A 5JLHA 3QFUA 3W3DA 4BQZA 4QS8A 4BRLA 2FXUA 1U2VA 2J4RA 1U6ZA 3M3ZA 3UKUA 4RCHA 4BRGA 4FSVA 3BP8A 3DXKA 1NLVA 3ENHA 4I6MB 3L4IA 2BTFA 4DQ8A 5EVZA 5AQTA 5AQMA 3O1WA 2W40A 2CGLA 4A2BA 5AQYA 2ASPA 2E2OA 3H46O 4PL8A 2D0OA 3R9PA 3WXIA 5BRFA 3CI5A 1KAYA 3QFPA 1RDWX 3GDQA 3QDKA 4JHDA 2QWPA 3VF2A 2HF3A 2P9NB 1HKCA 2WUSA 5EY4A 1KAXA 3FFKB 5AFUH 2FSNA 3LDNA 5BN8A 3D2FA 1EQYA 5AQXA 1ATSA 4FOIA 4BR2A 2IVOA 5AQWA 5JICA 3DXKB 2FSJA 5E84A 3FZHA 4IZ9A 1HKBA 3A0IX 3CERA 4FO0A 3VEXA 1P8ZA 5AQHA 3EN9A 1X3NA 1J6ZA 1NMDA 2FSKA 4WQ4A 3O6WA 3HI0A 3BEXA 2QWOA 1ATRA 3DXMA 3LDPA 4IJAA 2ITMA 4CZJA 5AQJA 4K43A 3CJ1A 3DJCA 4BGBA 5JLFA 1BA1A 3FZLA 3QB0A 3F9MA 1ATNA 4CZIA 3WT0A 3A8YA 4BRKA 1NWKA 1NGAA 2QXLA 4FWQA 5BPNA 3VETA 3D2EB 4PKHA 5AQNA 1NGCA 3J8AA 3IFRA 2UYTA 5AQUA 4GY2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GMJB 3CQXA 3RRGA 3ISNC 3DXMB 3PIOL 3VPZA 1VAZA 3K57A 4EFHA 3FLCO 3BGRA 4FW1A 4B1YB 3T1YK 4A57A 2YNFA 2LSNA 4DTMA 2IAJA 2YJFA 1QQOA 4G9ZA 3MX2A 2A3ZA 1L3UA 3G10A 2Q2RA 1W97L 4QS7A 3VGMA 1L3SA 5LJWA 2F7TA 3K2PA 1SS6A 1N6QA 2OTJN 4DG1A 4FK4A 2YNIA 3IUCA 1GLLO 3O1BA 4CHYA 4DMNA 2KFNA 4K0KK 1CLQA 4B1UB 2HHUA 4AQYK 4CEFA 3H1QA 3CC7N 4BY9C 3K58A 2E2QA 2HF4A 5CY4A 3ZSQA 1L3TA 3TPQA 2IDOA 1IKYA 2XY5A 5D3GA 2YHAA 4KTZA 3G71N 5HP1A 4ILHA 5JVGL 2QEXN 4CGFA 4F2RA 3CCEN 1OKJA 3EKSA 1HRHA 1VQLN 2QA4N 1YITN 3CCSN 3C6TA 4C8OA 5FLXO 4CFAA 1V4SA 2NLXA 3BZKA 2KQ2A 5FPDA 4CF1A 2I7NA 3LAMA 3VQ5A 3WNGA 1N34K 5BRDA 1MWMA 4J8FA 4E7HA 1V4TA 3D7EO 3WXMB 4GV9A 2O8FB 4FWNA 4IEIA 3T69A 2HHTA 3VENA 2HHVA 4C1NI 2VYPA 1ZBLA 3V9SA 2F8TA 3ZSRA 4KI4A 3D6RA 4CZGA 2FBXA 4YOXA 3CQ8A 4FK0A 4CGHA 4BRIA 1HQEA 3PO4A 2G8IA 3S9HA 4FPAA 2ETJA 3ASMA 4IOCL 4IWVA 3NH1A 3VEWA 1LV5A 4EHUA 4JKBA 1QZ5A 5AZIB 3EO3A 3D45A 1X3MA 3ID8A 3ZEUA 3CJ7A 3O80A 4DV1K 3KK2A 3R6MA 2O8EB 3CMAN 5IT9O 2HVIA 1YIJN 3CETA 3NGIA 2OA8A 3OYDA 1QS4A 3OYGA 1G99A 4JD2B 1NJIO 2HHWA 2QKBA 4H0VB 2VCPA 3NCIA 3E01A 3C94A 4B3RK 5EU7A 3SLCA 4CJQA 5J1EA 3ZX0A 1FKOA 2OZSA 1BISA 3O9UA 4GNIA 4JKHA 3CYMA 3OA9A 3C7NA 4DHYA 3SJHA 4CZLA 4B1ZA 3CD6N 1SAZA 1TVRA 1RTIA 4B8AB 1BU6O 2Q0UA 3M1FA 4PKIA 3SMSA 2XO7A 4DCHA 1GLAG 2P1JA 2R7YA 2YX6A 1N5YA 3OYKA 2YHYA 3V1RA 4CCHA 1XMQK 1RBVA 1VSFA 4DU4A 3K59A 4FVUA 3C7NB 4AHTA 4BG9A 2FF6A 3HT3A 2X74A 4PL7A 2ZWHA 4R79A 2ZF5O 3LPUA 4CVNE 3KLIA 4CBWA 5HRSA 4DF8A 2IS3A 1IBMK 3TSPA 4KFBA 3VQQA 3AO4A 3G0ZA 3RVCA 3AA5X 1TAQA 2G8VA 1K8KB 1KLNA 3MN7A 2VGMA 5CR4A 3NVMA 2GX9A 3U9ZA 4CJUA 1UA0A 3WQUA 4U7BA 3CCMN 1HQUA 2HNZA 4CGJA 4ILJA 4LH5A 1OH5A 1D8YA 3EL2A 1BCMA 3I8DA 4AILC 1VQ5N 2VGNA 3QESA 4C8NA 1J5EK 4A59A 3DLEA 4CJLA 2VG6A 1VQNN 1U48A 1YF5L 4BQLA 1S1TA 3P39A 4DV5K 3VN5A 3ATVA 5BREA 4BGAA 4RTFD 4IDHA 4OKKA 4PY5A 1BQMA 2OPQA 4Z4CA 1RDCA 2DPNA 3TTFA 4FM0A 1VHXA 4L8RB 4CD3A 1T44A 1C0FA 1U2VB 3UKUB 3J80O 3LWMA 4CFBA 2NZTA 1YTAA 5CYMA 3THYB 4HVJA 3AO2A 3WXLA 4DFKA 2I5JA 4YOTA 1BI4A 2P9KA 4WE1A 1TYQA 3CC2N 1YVNA 3OS2A 1RT1A 4DTNA 5AQRA 3P83D 4E7IA 3MXMA 2RN2A 5I9EB 3KKSA 4FJIA 2G8KA 2YI1A 1XNQK 3QBWA 4JI7K 3ZSWA 3LDQA 4HCBA 1NGBA 4WQ5C 3AVAA 4BR4A 5BPMA 4B3TK 4OGCA 1HKGA 3V9UA 1BI4B 1JL2A 3VF6A 3OJUA 4AM6A 4DLEA 4LFAK 4XEIA 2BANA 1GOCA 1I39A 1GLBG 3LZJA 1WOQA 2A40A 4LY7A 1T8EA 1KSPA 2Q36A 4NCAA 4BR0A 1VQ8N 3HXMA 2O8DA 3KLGA 4A61A 3MEDA 4FJ5A 4CHZA 3FZFA 2PYJA 5AZJA 2FBVA 5C2FA 4DWIA 4KH5A 3VOVA 2QI2A 1JLEA 4CJTA 5KTQA 2RKIA 5TKYA 5CE3A 3BY5A 4DQSA 3LP2A 2QM1A 5KPZA 1BGXT 4IFVA 4H4MA 1RDAA 4YOYA 4ILGB 1Q8IA 3H6EA 2P9UB 4YDUA 2AJQA 2Q3SA 2UUCK 5AZJB 1M1KO 1KTQA 2CGKA 3Q7BA 3M5RA 4DR1K 1NJZA 1WSHA 3DRSA 1KVCA 5HBMA 3LDSA 3WQTA 5JMVA 5GIPA 3QFUA 3NF9A 4QS8A 4BQZA 4RG8A 3OYMA 1JLGA 2Z1IA 4DSJA 1U6ZA 1QSLA 2OTLN 3BP8A 4B9LA 1RCHA 3THXA 3L4IA 5HRRA 2HB5A 3CFRA 3C6UA 2CGLA 4A2BA 2ASPA 5M1PA 4IKFA 4KTQA 1YHQN 5FRNA 4B9UA 3G6EN 5HRPA 1KAYA 4NCGA 3QFPA 3VF2A 3QETA 1ITGA 3C95A 1U47A 2HF3A 2P9NB 4FJ7A 4LF6K 1KAXA 5BN8A 2D5RA 5AQXA 2VQFK 1FK9A 2RPIA 5E84A 1J9AA 5GAHP 3CERA 3L2VA 3EN9A 4UQGA 1Z25A 2NNWA 1NMDA 2FSKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1YJN N;  3TAR A;  4OPA A;  2AA4 A;  2F8S A;  5CYQ A;  2NUB A;  1QSS A;  3QIN A;  5ELZ A;  4UY8 O;  3U6F A;  3T3F A;  2E4L A;  3IRX A;  4ID1 A;  3VF4 A;  3VQ6 A;  4H5R A;  4FOE A;  1WNS A;  1RIL A;  1JLQ A;  1KFS A;  2V7Z A;  4DUZ K;  4PKG A;  4KKO A;  2ZGZ A;  1HNI A;  4IJN A;  1TAU A;  1QVF M;  3CCR N;  1YUW A;  2IIR A;  2CGJ A;  1F21 A;  1RNH A;  3IMX A;  4AHC A;  4FM1 A;  3AVF A;  1W9H A;  4DTX A;  4JI4 K;  1XWL A;  3L3V A;  1T6D A;  4CES A;  1VQM N;  4DR7 K;  3B6P A;  4CFD A;  3OW2 M;  4F2S A;  3QEP A;  3HRG A;  3V4I A;  5FPM A;  4N41 A;  4JI0 K;  1T7P A;  1RT6 A;  5KI6 A;  3SBT A;  5LMN K;  1BDG A;  2JGU A;  2YHX A;  3SMP A;  4CJ5 A;  1ZBH A;  3RRH A;  2HBL A;  3QLH A;  3AVK A;  2WTU A;  4QAG A;  3ZET B;  1RBS A;  3SAH A;  4DQQ A;  2NRX A;  3T1H K;  3R3L A;  3A5O C;  3P4I A;  4BRN A;  1B9D A;  4FWS A;  3GL1 A;  4CK3 A;  3VA0 A;  4FLY A;  4IDK A;  4C8K A;  1MA9 B;  3P38 A;  4BG8 A;  5JLH A;  5GAD P;  2VWJ A;  1TK5 A;  3AVB A;  1NK9 A;  4JKA A;  3NHG A;  2J4R A;  2QTD A;  1U45 A;  1BIU A;  4BRG A;  3AGK A;  4WF9 L;  2O8C B;  3DXK A;  1NLV A;  3ENH A;  2G8W A;  4LH4 A;  4I6M B;  4DQ8 A;  4GKK K;  5AQT A;  3BZC A;  3JAM O;  2E2O A;  3TAM A;  4DSL A;  2DTU A;  2WC9 A;  3DLL L;  1NKE A;  3GDQ A;  2OPR A;  4OLB A;  5TKW A;  1HKC A;  2WFB A;  3FFK B;  5AFU H;  3LDN A;  4E19 A;  4F3O A;  1ATS A;  5I3U A;  4FOI A;  4BR2 A;  4CJ4 A;  2G8F A;  2HBJ A;  3DXK B;  2FSJ A;  3FZH A;  2DY4 A;  4FO0 A;  4E7K A;  4C8M A;  3EYZ A;  4WCE L;  4DTP A;  2O4I A;  4CER A;  1CZ9 A;  1X3N A;  4IFE A;  3VQD A;  4WQ4 A;  3BEX A;  4B9V A;  2QWO A;  1ATR A;  3DXM A;  3LDP A;  4IJA A;  3F73 A;  1YJW N;  2ITM A;  3RMA A;  4CGD A;  3CCV N;  3AA4 A;  5M1K A;  3DJC A;  2GV9 A;  1C0M A;  1NKB A;  3J7Y P;  5C25 A;  3F9M A;  3KIO A;  3WT0 A;  3HK2 A;  3QEX A;  1XHX A;  4AHS A;  3NBP A;  2P51 A;  4KH6 A;  4PKH A;  3ZCM A;  4BAC A;  3IFR A;  3CC4 N;  3CM6 A;  4FJL A;  2W6K A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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