4GVMA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
148
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTACWWAGIKQEFGIPYNPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (new york-5 isolate)
total genus 44
structure length 148
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gvmA00
1RBVA 2PYJA 4M3XA 4I2QA 1J53A 3ZT1A 3OYAA 2D0AA 3VQ9A 3RMBA 1N6QA 1RT4A 3NF9A 4CJSA 3TANA 2RPIA 1FXXA 1KFDA 1ZBUA 4EZ9A 1SUQA 3NH2A 5HRPA 1ZBFA 3O4QA 3K5OA 1REVA 4KRFA 4OKEA 1QS4A 1Q8IA 1TKXA 3RRGA 2DTUA 5JS1A 3CFPA 1LAVA 2WOMA 3IG1A 5E41A 1RDCA 2F8TA 3CFRA 5HRRA 2OA8A 1ZYQA 1S6PA 5J2NA 1BIZA 3CYMA 1WSGA 1YVUA 5CYQA 1D9FA 4CHZA 3K57A 3AO1A 4ID5A 3T1AA 1C1CA 2X6NA 2VG5A 2IOCA 3DLRA 3TAQA 4DQQA 1QSYA 1K6YA 3S3OA 1C0TA 2HHTA 3A2FA 3U3YA 1DLOA 2YNGA 3ZT0A 1XI1A 4B9TA 4NCGA 3WNFA 1KCFA 3MEGA 4CFBA 3LDSA 1B9FA 3AVNA 1LWEA 3O4NA 3ZSVA 3I8DA 3AA3A 4C8LA 3I0SA 1QE1A 5J2PA 1HQEA 4CF0A 1B9DA 4JS4A 4OGCA 1RT7A 2RF2A 5HRSA 1QQCA 3NH1A 4CGFA 3VQ7A 3ZSOA 3SUNA 2KZZA 3SUQA 3HM9A 1D9DA 2AJQA 3VQ5A 3LP1A 3U3GA 3NGIA 4FCYA 5K14A 3CG7A 3CM6A 2Q3SA 1A5WA 3LZIA 4CEZA 4BDYA 4FLTA 3JYTA 4DTUA 1N5YA 2PYLA 3OJSA 4DQPA 1HYSA 4PQUA 1S5JA 1L3VA 4H8KA 3K5NA 3QEIA 3DLEA 3V4IA 4FZZA 3HL8A 1R0AA 3EZ5A 3ZT2A 1VSEA 4H4MA 4FJ7A 4FJXA 2B4JA 5DMRA 4CK2A 1RT6A 2BE2A 4OLAA 2HHXA 3HYFA 1QTMA 3S3MA 1NK0A 2FBTA 2DFFA 1IH7A 3RMDA 2HVIA 1QSLA 4DTPA 2IS3A 4CF9A 3KK2A 1O1WA 3WNGA 3OYJA 3SUPA 2OPQA 4E1NA 4IDKA 1NKEA 3TAEA 1BI4A 4W5QA 2O4GA 1KFSA 1G15A 3SV4A 1XHXA 1UOCA 4C8KA 4AHRA 4MFBA 4CHPA 3SV3A 3PV8A 4FJIA 4FJ5A 2HHVA 2HHWA 4DFPA 1J9AA 4KI6A 3ZT3A 4J2AA 4EZ6A 3HO1A 2FBVA 4BDPA 1VK0A 1VSFA 4B9UA 1TAUA 1HMVA 4CERA 2KFNA 2HNDA 3NH0A 5FRMA 4CIGA 4FYDA 4CFAA 1TKDA 2D0BA 3KKSA 3ISNC 3OYCA 1VSHA 4BWJA 3O3HA 5I3UA 3HPGA 4CHNA 3K5MA 2HMIA 1NK9A 2RN2A 3HJFA 1NJYA 4CJLA 3TAFA 4B9VA 4ZTJA 3KTQA 3BDPA 3V9ZA 4CJVA 3LAMA 3KLIA 4FJLA 3M8RA 2Y1JA 1TL3A 1VSDA 4RW8A 3NGYA 4O55A 2Y1IA 1CXUA 1IKYA 3P5JA 4RG8A 3HP6A 4FJJA 4JRPA 1HJRA 4IG3A 4AILC 1RT1A 1NJXA 1DTTA 3K59A 3HVTA 3TAPA 4DFKA 3JSMA 2OYQA 4KHUA 4N5SA 1NKCA 1ITGA 4DFJA 4AH9A 2G8KA 3AVMA 1WN7A 1TK8A 1ASUA 4KHWA 4C8MA 4FLXA 4M3UA 2VG7A 4B08A 2YKNA 3OYKA 3QEPA 3MAQA 5I42A 1TV6A 4B9NA 2W42A 1F21A 3ZSYA 4QAGA 3SNNA 4OKJA 2E6MA 3TAGA 5CY4A 4ZTFA 3V6DA 1C1BA 1X9SA 3F9KA 4W5RA 4M45A 3TI0A 1VRTA 1U45A 1QHTA 4OJRA 3QEVA 3LAKA 1HYVA 3DLKA 5HRNA 4G1QA 4CECA 3PX4A 2G8HA 1RCHA 3TR8A 2BDPA 2QXFA 3KD5E 4E7JA 3LP3A 2G8VA 5DK5A 3MEEA 3ALYA 2X78A 3QO9A 4CJPA 4FJ9A 2FC0A 1EP4A 1HNIA 1ASWA 4TSXA 3VQPA 2ZQBA 3PX6A 4HUFA 1JLFA 5HLFA 1VSKA 4Y1DA 4M3ZA 3OYDA 1S1XA 3V9UA 4FXDA 2P51A 4CCHA 2ITGA 4CHYA 1L3SA 1D8YA 4DTMA 3TABA 3C94A 4KV8A 3HPOA 1WSHA 5C24A 2ZE2A 3T3FA 3PUFA 1U4BA 1BHLA 1RNHA 1YTAA 4CIFA 5D3GA 3SQ1A 2BGGA 3O3GA 2DFEA 1VSJA 4EP4A 2P1JA 3MEDA 3SI6A 4PWDA 3VQQA 2HB5A 4YFUA 4DTSA 4CEEA 1U48A 3OYIA 2A1RA 3WNHA 4IKFA 4B3OA 3KLEA 4O4GA 2ETJA 1FK9A 2GV9A 3OYFA 1Q9XA 4FLWA 1EXQA 3DLHA 1SKWA 5KGXA 4DLGA 1SKSA 3MXIA 4HUGA 1LAWA 4DU4A 3L3UA 1NJZA 1L3TA 4O44A 3VQ4A 4GVMA 4O5BA 4FM0A 4DS5A 4OVLA 4QOZB 4W5NA 3B6OA 3QNOA 4WE1A 4CE9A 1JLEA 1JL2A 1S1WA 2I5JA 4BWMA 3L3VA 4HCCA 3OYLA 4PUOA 1RT2A 1JL1A 3DYAA 1RILA 4YNQA 2Z1IA 4PA1A 3VA0A 1HYZA 3H08A 2X6SA 3KD1E 5J1EA 1YT3A 4FLYA 3QETA 1ZBLA 1CXQA 1NJWA 1CLQA 3SQ4A 4N41A 1HPZA 2Z1HA 1QSSA 2GBZA 3KK3A 1LWFA 4CF1A 3SCXA 2OPRA 5HROA 5HP1A 2EX3A 4CJ3A 2KQ2A 4N56A 4NYFA 5KI6A 2XO7A 3ZSZA 4MQ3A 4CJFA 5FDLA 3K58A 4KFBA 4GMJB 4OPKA 1L3UA 3ZSRA 3OS2A 3RR7A 3HPHA 2DY4A 3NF6A 1KLMA 4BE2A 3OY9A 3ASMA 1UAXA 4E0DA 1WAJA 4Y1CA 3LALA 3MECA 3FFIA 1WNSA 4KKOA 4M3WA 4Q0BA 2P5OA 1A5XA 3SZ2A 3V9XA 3DLBA 3AO3A 1C1AA 3DOLA 4CJTA 4OLBA 4CK3A 3RR8A 3O3FA 2JGUA 2YHBA 1BQNA 1WSEA 4LY7A 4OGEA 4ELVA 3AVKA 3L8BA 5J2QA 3IAYA 3DMJA 4OPJA 3LP0A 4HUEA 2HVHA 3SPYA 1C0UA 4JS5A 1X9MA 4CJUA 1RBSA 2HNZA 3OYGA 2ATQA 3NGZA 3S9HA 4B9SA 2QKBA 3DOKA 4RW4A 3OYBA 2KTQA 2HHQA 4E19A 3ZSXA 4K8XA 3SQ2A 4FJHA 4FM1A 1KRPA 1WSJA 1TAQA 4CJEA 1JXBA 2O4IA 4IBNA 4B8AB 1VSIA 5SZTA 4CGIA 4CEOA 4BACA 3KJVA 2E4LA 4DSFA 2LSNA 1RBRA 4RW6A 4CHOA 3C6UA 4CK1A 3V9WA 1RTIA 3E01A 5CYMA 3VQEA 3LPTA 4CGGA 4F4KA 4CFCA 3QINA 3LZJA 3SUOA 4F2SA 2HHSA 3CM5A 4Z4EA 2IGIA 5CZ1A 4CJRA 4CEDA 3L2QA 4DU3A 4KB1A 1TKTA 3V9SA 1FKOA 3AVFA 1B92A 3AVAA 4DQRA 1JLBA 4AHCA 1NK4A 2G8FA 4M41A 3KLFA 4CIEA 3QLHA 5FROA 4LSNA 1RDBA 2IAJA 4BE1A 3VQBA 4KO0A 1SL0A 3AO2A 4FJGA 3OS1A 2B6AA 2G8UA 3HXMA 3K5LA 1FKPA 1RDDA 4W5OA 4I2PA 2HNYA 3CFOA 1DTQA 3NE6A 4E7HA 3OJUA 4LD0A 1W0HA 1JKHA 3EY1A 3IRXA 1C0MA 2B5JA 3OYNA 3K2PA 1XHZA 2KFZA 1BQMA 3DLGA 3DRRA 4IG0A 3L2VA 1BCOA 3HSTB 2YKMA 4CEFA 4Q5VA 3VQCA 1NOYA 4DSKA 1C6VA 3WNEA 4DTOA 2FBYA 3PY8A 3L2RA 4FZXC 4N76A 1S1VA 4NYNA 4FLUA 4E1MA 4N47A 1RTHA 2VG6A 3I0RA 1BIUA 4B8CA 4CJ5A 4DTXA 3EYZA 1BGXT 2F8SA 4CJKA 4ELTA 2PY5A 1TVRA 2VWJA 2Z1GA 4RW7A 1UA0A 1J5OA 4UQGA 3OVNA 1RDAA 1HQUA 3M8QA 4BDZA 4FW1A 3MXMA 1WLJA 4KHSA 4KI4A 4E7IA 4L8RB 2JLEA 1CZBA 1X1PA 4AHSA 3OS0A 4XIUA 1KSPA 4KHQA 3AVCA 3DRSA 4FK0A 4CJQA 5C42A 3DI6A 1LWCA 1JLGA 3QESA 1IKXA 2IDOA 3LANA 4E89A 3NAEA 1NK7A 1LV5A 5FRNA 4F3TA 3LPUA 1EKEA 5CZ2A 3V81A 4ELUA 2KZMA 4C8OA 4LH5A 3RTVA 4KB0A 4CF8A 4K8ZA 1A5VA 4DQSA 2HHUA 4FVMA 2XY7A 4CGDA 2KW4A 1S6QA 4DG1A 4OKKA 4DS4A 2XRIA 1SV5A 3KIOA 4CEAA 3RMCA 1NK5A 1L5UA 4KAZA 1NK8A 1EETA 2OZSA 1HNVA 3KKRA 2XY8A 5C25A 1VRUA 4CF2A 4ICLA 3ZSWA 4CESA 4DWIA 4J2BA 3ZT4A 1VSLA 3AVJA 3QIOA 4GW6A 4FZYA 2YNIA 3DRPA 4I9LA 4Z4GA 3ITHA 3KK1A 4DTRA 3C6TA 3PO5A 4Z4CA 3VQAA 3RMAA 1IKWA 4FLZA 2G8IA 3RRHA 3NDKA 1ASVA 2OZMA 5T7BA 3MXJA 4KTZA 4FLVA 3VA3A 4DU1A 1JXEA 3NCIA 4M3TA 4E7KA 3UIQA 1RT5A 3NBPA 1XWLA 4KTQA 4ZHRA 3G0ZA 1SKRA 4I9QA 3SYZA 1KLNA 4DQIA 1ZBHA 1NOZA 3PX0A 4IFYA 4CFDA 4C8NA 3F73A 2D5RA 2FBXA 3HP9A 4Z4HA 3D0PA 4H4OA 4B9LA 1IKVA 4FM2A 1UWBA 3VQDA 4AHUA 1WAFA 1NKBA 2ZD1A 4HVJA 3SQ0A 4HCBA 4Z4FA 4FJ8A 4CJWA 1KVAA 1LW0A 3QEWA 2G8WA 1Q9YA 1S1UA 1EX4A 1S1TA 5SWMA 5KRTA 3IS9A 4J2DA 3QEXA 3HK2A 4W5TA 4JLHA 4DSLA 5KTQA 1JLAA 3L2WA 4DF8A 3TWHA 3HT3A 1NK6A 4F2RA 4HTUA 1WSIA 2GUIA 1BL3A 3VQ6A 3OYHA 3M8SA 3QNNA 3V1QA 1UA1A 1VSMA 2F96A 3VQ8A 2QK9A 3NFAA 4DLEA 3AVHA 4FJNA 2PZSA 1T7PA 4CEBA 4J2EA 1KVBA 2NUBA 4NCAA 1BCMA 2XHBA 3V1OA 3CQ8A 4CGJA 3SPZA 3P83D 3VN5A 3AA4A 4DSEA 2EHGA 1KTQA 2XY6A 3HVRA 1KVCA 2A1SA 1RBUA 3M8PA 3NF7A 3V1RA 3ZCMA 4O0JA 1SL1A 1U04A 4M3RA 4DF4A 1XC9A 5KGWA 1TK5A 4FJKA 1U47A 2IC3A 1RT3A 2Z1JA 1MU2A 4E7LA 4F8RA 4BE0A 4FK4A 5KRSA 5HBMA 4NCBA 3LP2A 1TGOA 2QKKA 3LWLA 3OYMA 1RBTA 3AA2A 3AVLA 2YNHA 4KTWA 4CHQA 2YNFA 4AHTA 4CEQA 3QERA 4FK2A 3LWMA 3PO4A 1YTUA 1T8EA 1GOBA 4LSLA 1LW2A 2YHAA 1GOAA 1IG9A 1BISA 2P5GA 3NHGA 3TAMA 4M42A 1ZBIA 1W9HA 2XY5A 1RTJA 4KHNA 1JLCA 1TKZA 1HRHA 2E6LA 3NF8A 4JRQA 1T03A 3BGRA 5EU7A 4CJ4A 1T05A 1BI4B 1JLQA 2YV0X 2WONA 4KREA 4RW9A 1I39A 4QCLA 1IO2A 3AO4A 3KLHA 3ZSQA 3G10A 3AA5X 4AHVA 3D45A 1S9GA 1J54A 2VWKA 4DSJA 3P1GA 3TARA 1S9EA 1Y97A 4Z4IA 1WSFA 4DTNA 1GOCA 1U49A 4E3SA 2R7YA 1RTDA 1TL1A 4LH4A 1D5AA 3SJJA 3THVA 3RWUA 4FJMA 3AVBA 1TK0A 4ID1A 4F3OA 2X74A 3C95A 4R5PA 1SL2A 1Z25A 4I7FA 1I3AA 2D0CA 3AVGA 4KPYA 4KHYA 2OPPA 2OPSA 3AV9A 3OYEA 4IFVA 3U6FA 4FW2A 3S3NA 4EP5A 3AVIA 4DMNA 4B9MA 4DTJA 3QIPA 4M3YA 3B6PA 1X9WA 4PY5A 2BANA 3T19A 4HHTA 4Z0UA 1CZ9A 3ULDA 3DM2A 4CGHA 2DFHA 4O0IA 2RKIA 3KLGA 3L2UA 5J2MA 5JS2A 4DSIA 4DFMA 3AO5A 1Z26A 2HW3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RBVA 4OPAA 4I2QA 5M1OA 3AARA 4GV9A 3OYAA 2VYPA 3RMBA 3P39A 3TANA 5AZJB 1KFDA 5HL7L 3F9MA 4OO1J 3CD6N 3MCPA 3O4QA 1VQ6N 4OKEA 4Y0WA 4FWLA 5E41A 3CCUN 1WSGA 1OH6A 2VQFK 3HBTA 1YVUA 3K57A 1W7AA 2E8AA 3UKRA 2IOCA 4DQQA 4WF9L 4O5FA 1C0TA 2HHTA 3A2FA 3U3YA 2D0PA 3ZT0A 1XI1A 4BC5A 2F4VK 4V19S 1KCFA 3D2FA 4X64K 3DWLA 4C8LA 5IWAK 1QE1A 1HQEA 4CF0A 2ZJRL 4OGCA 3T7ZA 3ZYYX 4K41A 3ZSOA 3CCRN 3VQ5A 1DGKN 3LZIA 5BN8A 2Q0RA 2PYLA 2KLAA 2OANA 3K9JA 1R0AA 3EZ5A 1BA1A 1VSEA 4BROA 4BR4A 4CK2A 2BE2A 4OLAA 1D4XA 2OTJN 1E4FT 5AQNA 3S3MA 2IS3A 3PLAA 3KK2A 3OYJA 2OPQA 4JEPA 1BI4A 5BN9A 2O4GA 4AM7A 5JICA 4IJAA 1GLLO 3VEXA 2GWKA 4FJ5A 3PV8A 2NRTA 4J2AA 4BRFA 2FBVA 4B9UA 1HMVA 5FRMA 4FYDA 4CFAA 3H6EA 1X3NA 3ISNC 4H0VB 3K5MA 2NZTA 1QQOA 3TU5A 3NVKA 4K43A 2P9SA 2P9UA 4FJLA 4BY9C 2Y1JA 4JKBA 3ATVA 1IKYA 3WXKA 3A8YA 3THWB 1DTTA 1N32K 1VQ5N 1XUPO 4N5SA 3IKMA 4DFJA 4AH9A 4KHWA 4FLXA 3EO3A 4B9NA 4IOXA 5I42A 1VQ9N 5CR4A 1F21A 1SS6A 4BRQA 4O8KA 1C1BA 1YHQN 5AQOA 4OJRA 3A5OC 3KWIA 3LAKA 5HRNA 1VQLN 3CCEN 1NMDA 4RCHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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