4JKGA

Open and closed forms of mixed t1789p+r1865a and r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
219
Chain Sequence
LFSQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 65
structure length 219
sequence length 220
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkgA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkgA01
3SBGA 3SBTA 4JKFA 3E9PA 4JKBA 4JKAA 4JK8A 4ILGB 4ILJA 3E9LA 4JK7A 4ILHA 4JKCA 4JKDA 4JKHA 3ENBA 3E66A 4JKGB 4JKEA 3E9OA 4JK9A 4JKGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV3K 3ENOA 3CERA 1GG3A 4M41A 3DXMB 4HVJA 5GIPA 3A5OC 4GW6A 3THWA 3VTIA 1S5JA 1Q81O 4F2SA 3K57A 3LP2A 4N76A 4C8NA 3QEXA 5AQSA 3BINA 5AQIA 3O8MA 1J54A 1YJNN 4AF1A 5BR8K 4WQ5A 5BN9A 1HLUA 4CHOA 5IT9O 3D2FA 3VQ8A 1YJ9N 5AQZA 3CC4N 3OYFA 2XY6A 3EE8A 5JVLA 2VQFK 2RE2A 3MN5A 3PY8A 1YTUA 1TUYA 2ZJQL 5HLFA 3THVA 1VQ7N 4EHTA 4KPYA 3AA5X 4Y1DA 4JKDA 4MO4A 5C0YA 4H0YB 3ZT2A 5HL7L 3LWLA 3AVJA 2KLAA 3OBWA 1HMVA 4H4MA 3S9HA 3TU5A 2KZZA 3A5LC 3UKRB 3QNNA 4WQ4A 5F2RA 2VWJA 5AR0A 4RWTA 4LF6K 5M1FA 2B5JA 1QTMA 3OS1A 4R5PA 5KI6A 2P9LB 4BRHA 3PVLA 3THYA 4FWSA 3RR7A 3W3DA 3CETA 4DR3K 3K9KA 4CJEA 3LWMA 3DJCA 4FJ9A 3CD6N 3P38A 5AZIB 1BCOA 3E01A 3SUOA 3BGRA 3VETA 2CGKA 5B8HA 5LJWA 2H3GX 2BGGA 3OYCA 3NF7A 1BA0A 2P9IA 4FJKA 4W5TA 4OPHA 1LAVA 3C0BA 4E89A 4F2RA 2V7ZA 2O4GA 3ZLJA 3VA0A 4K41A 5BPLA 3V6DA 5J2MA 2YKMA 1ZBFA 4KH4A 4B9LA 1ZBLA 2KFNA 3QBWA 2D0PA 2O8BB 1YF5L 1UA0A 1NGCA 3PO5A 2YNHA 3VQ9A 2YHBA 1OH7A 1CXQA 1GLAG 4CFDA 2P9NA 4KKOA 4CECA 4E3SA 1YITN 3AO5A 3SUPA 4BC5A 2KTQA 3V9XA 1HX1A 2D5RA 3O3HA 3ASMA 1EETA 3VESA 3O6WA 4B3RK 1VSEA 1VQON 5C2DA 2A6AA 4CJKA 4CK1A 5HOOA 4KHQA 1ATSA 2DY4A 3J8AA 3OS2A 4CYEA 1JXBA 1V4TA 2UUAK 1VK0A 2A1SA 4OLAA 1Z25A 3G25A 3LDLA 1V4SA 4IXCA 2AL6A 1TVRA 2HHUA 5EOYA 3CCVN 4M3UA 2P9PB 1JKHA 2PBDA 1YVUA 2HOEA 2QTDA 4GVMA 3MDQA 1D8YA 4FWKA 4JKCA 3CFRA 1E4FT 3HRGA 4FW2A 2DIKA 3QERA 2HF4A 1WBBA 3J7ZO 3N4PA 2CGLA 3SBGA 3MMVA 4JAXA 3LALA 1ATNA 5CE3A 2QXFA 4BACA 2F96A 1L3VA 1HKBA 4IEEA 3D2FB 2Z1HA 4CW7B 4CJRA 1YT3A 4BR5A 1J9AA 5I42A 1RTHA 4DFPA 1C0GA 2DTUA 1HB8A 4IOAL 2NZTA 2XY5A 1RTJA 1KCFA 3SCXA 3MEDA 3VERA 2OYQA 2NRRA 3K2PA 1Z6RA 4K42A 3CIPA 4LF9K 1N34K 3GG4A 2YV0X 2W42A 5C24A 5AQKA 3GL1A 3AVHA 3M1FA 3O5BA 4CK3A 3EO3A 3GOIA 3AU5A 4AILC 3DRPA 3L3VA 4PL7A 4CVNE 2PYLA 2ASPA 1CZAN 4UY8O 1SUQA 2IVOA 1HBKA 3DOKA 3QEPA 3JAMO 1QE1A 1S1VA 4BDZA 4LH5A 3VTHA 1JLAA 2W6LA 2YX6A 4DQQA 4B1WB 1Q9XA 1JXEA 3DLKA 2HVHA 3L4QA 3RSEA 2BDPA 4C8LA 3C94A 1HKGA 3TTDA 4CHNA 2G8VA 4O8UA 1H1VA 3QMLA 4IJAA 3KWGA 1FKOA 3SPYA 5C12A 4AM6A 4ELTA 2YJFA 3C65A 2O8DA 2EHGA 3MN7A 1KLMA 5C25A 4OPJA 2I5JA 2D0AA 3VQBA 4H0OA 3HTVA 3AVCA 4CGJA 1J5OA 1KRPA 3C6AA 3H45C 3G6EN 4C8KA 2ZF5O 3HPOA 2P1JA 3RR8A 3BEXA 1K8KB 1LWCA 2ZM6K 3SZ2A 1B9DA 3TWHA 1IJJA 3HSTB 3MK6A 5K14A 1BCMA 4PA1A 1C1AA 2HB5A 2A40A 4BG9A 3MAQA 4B8AB 1N32K 1S72N 2OZMA 3ZYYX 1E3MA 4N47A 2YVCA 2RF2A 4J2AA 1TYQA 4B9TA 1HR0K 2RHKA 4O0JA 1KFSA 5LL6Z 4DTXA 5GAHP 2FF3B 1UAXA 3CJAA 5EY4A 4HDOA 3WNGA 5C15A 4BRKA 2HHWA 1GGOA 4GXBA 4K43A 2R7YA 3O1WA 4BDYA 3ALYA 5GINA 3CCLN 4FJMA 4KV8A 1XUPO 4CESA 1TKDA 3ISNC 4DV5K 3R6MA 4AHRA 4ISGA 1BUPA 2HMPA 4KTZA 3S41A 1NGGA 4FJXA 4I2QA 3OYHA 4IG0A 5AQJA 3RRHA 4MO5A 4BQLA 1VQNN 3F9MA 3I0SA 1QSLA 4DUZK 2BH1A 5CY4A 3O9QA 2CGJA 3KZBA 4U67L 1EF1A 3P5JA 1XNQK 4M7XA 1BHLA 3U9ZA 3I33A 4CEFA 4JRQA 3AO4A 4Z4HA 1OH8A 2HSTA 2Q36A 4DSJA 4H5NA 3CCQN 1VSFA 3KTQA 3OTOK 3IDHA 2KW4A 2F8TA 2NRVA 4DSIA 1TKTA 2EX3A 4KFBA 4FCYA 3JXUA 3WQUA 1D4XA 3CQXA 3AVFA 1WN7A 3O80A 3EZWA 4A5AA 3V1RA 3CMEN 4GNIA 4KHSA 5SZTA 4C1NI 4O4GA 2J0MA 3PX0A 4O5BA 3AA2A 1S9EA 1WNSA 1VBGA 1NK5A 3CFOA 1Q82O 3G71N 3R9PA 3M6GA 1DIKA 4LF7K 2HRJA 2ZJPL 5E84A 4C1NK 1HB6A 4OX9K 4I2PA 4CHYA 3EEQA 3BUZB 5AQPA 3V9ZA 3DLLL 3CFPA 1TK8A 3VEVA 3KD5E 2Z1GA 2O8DB 3U8XA 3AAPA 1Y19B 4I6MB 5AQNA 3QICA 1QSYA 3CQYA 2D2QA 2Q2RA 3EKUA 1NGJA 5FPDA 3LM2A 2O8CB 4EKUA 3OYJA 2FSNA 3IUCA 5J2QA 3AVBA 5KPZA 3ZEUA 4CJPA 3FFIA 1EKEA 4Q5VA 3V1QA 2VWKA 1EWQA 1B9FA 3KLIA 3J7AP 1WBDA 2WFBA 3SNNA 1UA1A 4N41A 4H4OA 5H1SQ 3H08A 1JLFA 3CCJN 4C8MA 1S22A 3LZJA 5M1PA 3VA3A 3V9WA 2X78A 4CJTA 5CZ1A 4BRGA 3W0LA 5BN8A 4BVPA 4CEDA 1HNWK 4IO9L 4KTQA 3WXMB 4JS5A 4ILHA 2AA4A 3MCPA 4X66K 4DR5K 4M3XA 2W40A 4DHYA 3TAPA 3KKSA 1TYQB 4WFBL 3L0QA 5EVZA 3IG1A 4DXAB 1MA9B 4AHCA 4NB4A 5BR9A 5HRPA 4QCLA 3X23A 5GIOA 3RMDA 1IV0A 4E7JA 4B1XB 3I0RA 4Z4EA 2Y1JA 2XRIA 4B3MK 3A0IX 2GUIA 4FVMA 1VQLN 2HBKA 5JLHA 3VEZA 4PWDA 2P51A 3KK7A 1NTIA 3MX2A 4CBWA 3ZSQA 4DFKA 4NCAA 4CBXA 4WF9L 3RVCA 4M42A 3L2WA 3CC7N 3DXKA 1VSIA 4Y0WA 4DSLA 2I7NA 2F7TA 3OJSA 5AZJA 4WFAL 4XIUA 1RT3A 5F0XA 3THXB 1RBUA 1D9FA 3PUFA 3OA9A 2EWSA 1QVFM 2QWOA 2YI1A 2IC3A 4OJRA 4CERA 1J53A 3VENA 3LP3A 4BC4A 3TSUA 3L3UA 3DWLA 5IWAK 4KI4A 5AQYA 4GMJB 4H5TA 5J2PA 3KLGA 3GBTA 4HDQA 4IEIA 4A59A 3D0PA 3O1BA 5AQXA 4BRCA 4JI7K 3CQ8A 4IBNA 3V9UA 4H0TB 3WT0A 1VQ5N 1RDUA 4HUFA 3CG7A 1JCFA 2FF6A 3WNHA 2ASMA 1JJ2M 4P7IA 3CJ7A 4JHDB 3TAQA 4CJ4A 3P39A 4CD1A 3MXIA 2ZPYA 4DR1K 3NCIA 3VQ5A 1DTTA 3MECA 2E2OA 1LW2A 4DTUA 4DFJA 2W6KA 4FPBA 2F4VK 4CF9A 4JI8K 1HRHA 3U8ZA 1ITGA 2IGIA 4CJ3A 3BP8A 4OLBA 4DR7K 1GLBG 1NOZA 1RBTA 3FR0A 3LDNA 4CHZA 4CK2A 2ZE2A 4M3RA 2Z1IA 1VQ9N 2RN2A 4FM0A 3MXMA 2HF3A 3WXJA 2YNIA 4FJIA 1NWKA 4BR7A 4FM1A 4DR4K 1BWFO 4DTRA 4JKFA 2G8IA 3OHRA 2D4WA 3OYMA 3EZ5A 2KQ2A 1WAJA 1U6ZA 5JICA 3O4NA 3SUNA 4HCCA 4CJSA 4BRPA 4ILJA 3IS9A 3CXCM 3SI6A 1BIUA 1S6QA 3V9SA 4DV0K 4YHHK 3E66A 1IBMK 1RT2A 2HE7A 4YDUC 4BR2A 2HNYA 1VQKN 3Q7BA 4PL8A 3VEXA 4DQSA 4BRFA 1MIZB 3PSIA 4KTWA 1OVQA 1BIZA 3ID6A 3LP0A 4GKKK 3L8BA 4NLBA 1W97L 4YOUA 2EMSA 2Y1IA 3U6FA 2OTJN 4BR9A 4YFUA 3RMAA 4CZJA 1NKCA 3ZX0A 4YNQA 3T3FA 3ZCMA 3AO1A 5ADXH 3MWPA 2YNGA 2HBJA 5M1QA 5LJVA 2HNDA 4N5SA 2YKNA 1VQ4N 2E2QA 1QQOA 4DV1K 2KZMA 1OKJA 4XEIA 4BQZA 1EX4A 4FOIA 3ZSVA 1Q9YA 4R79A 1KC7A 3NFAA 3E9LA 3K5MA 1C0UA 1HJRA 3ULEA 1ZYQA 3ZETA 4CZIA 2IAJA 5DM6L 3UKUA 3KK2A 4CCHA 2V52B 1R59O 3DXKB 3IAYA 1RDBA 1VQ8N 2FBTA 4FW1A 2HHSA 2J0JA 3GDQA 2FBYA 3AO2A 1HUXA 3TSPA 5ADXA 2QKKA 3DLGA 3O9TA 1FJGK 3G9WA 4DCHA 4Z4CA 1IKXA 4BE0A 5E41A 4B1YB 3T19A 1ST7A 3DI6A 4FPAA 3ENBA 4JEPA 4KH5A 3LAKA 1RT1A 4B08A 2G8UA 3O4WA 2GV9A 3ENHA 4CJFA 4FLVA 3FGUA 1TV6A 4CGHA 1YI2N 2QKBA 1XHZA 1NK8A 1NU0A 3TARA 3PV8A 4NY0A 1GLFO 2A3ZA 1WSJA 3ZT4A 3H1VX 3VQEA 2O8FA 4AHUA 4EP5A 1T05A 3AARA 1NOYA 4JKEA 1I3AA 4FWNA 4H0XB 3FZMA 2Q0UA 4B3SK 2WONA 3VEWA 4F3OA 3K59A 4CZGA 1FXXA 3SV3A 3AVNA 4AM7A 3K5NA 2NRTA 4FJ8A 2NRWA 1IG9A 5KPRA 1X9WA 3SJHA 4KHUA 4CFBA 1NMNA 3QNOA 4CJ7A 2Q97A 3WQTA 3RTVA 3TABA 3ITHA 4OGEA 5FPNA 3VEOA 3HVRA 2WH5A 3CHWA 3AU4A 3LPUA 3HM8A 3HSCA 1F21A 4E1NA 1NK9A 4BRMA 4YY3K 4FK2A 2YCHA 4DQRA 3THWB 1YVNA 3U3GA 4FLWA 3CF5L 1RILA 3QEVA 3BF3A 2GBZA 4BGBA 4CZEA 3NF8A 4W5OA 3DAWA 3NH0A 3CJ9A 1TGOA 3V4IA 3H3OB 1BL3A 1XWLA 5HP1A 2W41A 4ISEA 3OYGA 5AQOA 1T8EA 2IVNA 1NGDA 3G0ZA 4RW6A 1TK5A 2ZD1A 1W2BM 1XHXA 1RT6A 1E4GT 1GLDG 4CBUA 4DF8A 4F3TA 4WE1A 1IBKK 2A5XA 3BZCA 5AQHA 2I1JA 1ASVA 3CYMA 4FVUA 3L4IA 4DWIA 5KTQA 5AQTA 1N8RO 1KAXA 2KFZA 1SS6A 3J7YP 1B92A 3HP9A 4XH1A 1XMOK 4H0VB 4MDAA 4CEAA 1Q8IA 1SV5A 4Z4IA 4JKGA 3UIQA 1ZBIA 3THYB 4K0KK 4OVLA 1RTIA 5AQUA 1NKEA 4LD0A 3MEEA 3M5RA 1GC7A 2F9TA 5I3UA 4Q0BA 3ZT3A 4NYNA 4ZHRA 2O8EA 4KHWA 2YJEA 1I39A 4OPKA 5BRHA 4A2AA 4OO1J 3IKMA 1L5UA 3ULDA 2HHHK 3NDKA 3AVKA 2P9IB 4BROA 3O9SA 2DFFA 3OVNA 5AQWA 2QI2A 3TR8A 4NXNK 3GE1A 1U4BA 4MLEA 3AV9A 2D1KA 1C0FA 1S1UA 1KBLA 4CEZA 3TAEA 1IH7A 4BVOA 4J2DA 4E1MA 3M8RA 4ID5A 3RRGA 3HI0A 3VN5A 4EP4A 3NAEA 3F2KA 1A5VA 1KTQA 1C1CA 1BQNA 3DLEA 1ILYA 3FZFA 3EY1A 3U3YA 2G8WA 4CF8A 3PO4A 3DYAA 1RDAA 2P9NB 1LW0A 3WEEA 3TAFA 2X0SA 2E4LA 2P9SA 1NLVA 4BWJA 3C95A 3JS6A 1JLQA 4EIAA 1TL1A 2NUBA 2ZJRL 4BE1A 3QETA 3QFUA 4B8CA 1YJWN 4H03B 2OZSA 4DF4A 4CZMA 4DS4A 5DK5A 4E7IA 4DB3A 2O8FB 2J0KA 3UE5A 3SUQA 2B6AA 2PAVA 4IFVA 4ZRJA 3FE1A 5DM7L 4GV3A 4MDBA 3KHYA 4FK0A 2GWKA 4B9QA 4H5WA 3VQ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SBG A;  3SBT A;  4JKF A;  3E9P A;  4JKB A;  4JKA A;  4JK8 A;  4ILG B;  4ILJ A;  3E9L A;  4JK7 A;  4ILH A;  4JKC A;  4JKD A;  4JKH A;  3ENB A;  3E66 A;  4JKG B;  4JKE A;  3E9O A;  4JK9 A;  4JKG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DV3 K;  3ENO A;  3CER A;  1GG3 A;  4M41 A;  3DXM B;  4HVJ A;  5GIP A;  3A5O C;  4GW6 A;  3THW A;  3VTI A;  1S5J A;  1Q81 O;  4F2S A;  3K57 A;  3LP2 A;  4N76 A;  4C8N A;  3QEX A;  5AQS A;  3BIN A;  5AQI A;  3O8M A;  1J54 A;  1YJN N;  4AF1 A;  5BR8 K;  4WQ5 A;  5BN9 A;  1HLU A;  4CHO A;  5IT9 O;  3D2F A;  3VQ8 A;  1YJ9 N;  5AQZ A;  3CC4 N;  3OYF A;  2XY6 A;  3EE8 A;  5JVL A;  2VQF K;  2RE2 A;  3MN5 A;  3PY8 A;  1YTU A;  1TUY A;  2ZJQ L;  5HLF A;  3THV A;  1VQ7 N;  4EHT A;  4KPY A;  3AA5 X;  4Y1D A;  4JKD A;  4MO4 A;  5C0Y A;  4H0Y B;  3ZT2 A;  5HL7 L;  3LWL A;  3AVJ A;  2KLA A;  3OBW A;  1HMV A;  4H4M A;  3S9H A;  3TU5 A;  2KZZ A;  3A5L C;  3UKR B;  3QNN A;  4WQ4 A;  5F2R A;  2VWJ A;  5AR0 A;  4RWT A;  4LF6 K;  5M1F A;  2B5J A;  1QTM A;  3OS1 A;  4R5P A;  5KI6 A;  2P9L B;  4BRH A;  3PVL A;  3THY A;  4FWS A;  3RR7 A;  3W3D A;  3CET A;  4DR3 K;  3K9K A;  4CJE A;  3LWM A;  3DJC A;  4FJ9 A;  3CD6 N;  3P38 A;  5AZI B;  1BCO A;  3E01 A;  3SUO A;  3BGR A;  3VET A;  2CGK A;  5B8H A;  5LJW A;  2H3G X;  2BGG A;  3OYC A;  3NF7 A;  1BA0 A;  2P9I A;  4FJK A;  4W5T A;  4OPH A;  1LAV A;  3C0B A;  4E89 A;  4F2R A;  2V7Z A;  2O4G A;  3ZLJ A;  3VA0 A;  4K41 A;  5BPL A;  3V6D A;  5J2M A;  2YKM A;  1ZBF A;  4KH4 A;  4B9L A;  1ZBL A;  2KFN A;  3QBW A;  2D0P A;  2O8B B;  1YF5 L;  1UA0 A;  1NGC A;  3PO5 A;  2YNH A;  3VQ9 A;  2YHB A;  1OH7 A;  1CXQ A;  1GLA G;  4CFD A;  2P9N A;  4KKO A;  4CEC A;  4E3S A;  1YIT N;  3AO5 A;  3SUP A;  4BC5 A;  2KTQ A;  3V9X A;  1HX1 A;  2D5R A;  3O3H A;  3ASM A;  1EET A;  3VES A;  3O6W A;  4B3R K;  1VSE A;  1VQO N;  5C2D A;  2A6A A;  4CJK A;  4CK1 A;  5HOO A;  4KHQ A;  1ATS A;  2DY4 A;  3J8A A;  3OS2 A;  4CYE A;  1JXB A;  1V4T A;  2UUA K;  1VK0 A;  2A1S A;  4OLA A;  1Z25 A;  3G25 A;  3LDL A;  1V4S A;  4IXC A;  2AL6 A;  1TVR A;  2HHU A;  5EOY A;  3CCV N;  4M3U A;  2P9P B;  1JKH A;  2PBD A;  1YVU A;  2HOE A;  2QTD A;  4GVM A;  3MDQ A;  1D8Y A;  4FWK A;  4JKC A;  3CFR A;  1E4F T;  3HRG A;  4FW2 A;  2DIK A;  3QER A;  2HF4 A;  1WBB A;  3J7Z O;  3N4P A;  2CGL A;  3SBG A;  3MMV A; 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