3ZSYA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsyA00
1RTDA 3DLRA 3L3UA 1IKWA 3H08A 3K5LA 1TKDA 1L3TA 1LW0A 3MEDA 1HYVA 2Z1HA 3L8BA 4N5SA 1T05A 1F21A 2F8TA 4KTZA 4CEDA 1RT4A 3ZCMA 4E1NA 3V9ZA 4M3UA 4CGJA 1C1BA 3PY8A 3ZSOA 1LWCA 3ISNC 1K6YA 4MFBA 3RRGA 4CF2A 1NJZA 1VSLA 4LH5A 4RG8A 4EP4A 2NUBA 1LW2A 1ZBLA 3A2FA 3P83D 3O3FA 1JLEA 1TVRA 4GVMA 3OJSA 3DRSA 3T3FA 1FKPA 3V9WA 3O4NA 3QINA 3T1AA 1Q9YA 2Z1IA 4Z4FA 5JS1A 4KHWA 4OPKA 3PO4A 4E7LA 1RTJA 1IKXA 4FZYA 4FK2A 4B9NA 1RDAA 4CCHA 1RT1A 1IKVA 4CK1A 1RILA 3TAFA 4Q5VA 3DLBA 1QHTA 1ITGA 2HB5A 3LP1A 5SWMA 4DSJA 4E0DA 2ZE2A 4C8NA 3L2QA 1JLBA 2XHBA 4BDZA 4B9UA 3UIQA 2ITGA 1EP4A 3BDPA 1WSIA 4DF4A 4CEOA 1RBRA 2HNDA 2VG6A 2RKIA 2Z1GA 3OYMA 4E1MA 1XI1A 4N76A 2HW3A 4M3ZA 2GBZA 3AVFA 4I9LA 2HHUA 2Y1IA 3QNNA 4FM1A 4FM0A 1EXQA 4E89A 2RN2A 1C0TA 4KB0A 2QK9A 1J54A 1S9EA 2B6AA 4F8RA 4FJ5A 4Y1CA 2XY8A 1VSJA 2BDPA 4I9QA 3CFPA 3QEPA 1CZ9A 1T03A 2PZSA 4CHOA 3AO3A 4CGFA 3ZSWA 3L2UA 4CJSA 5HLFA 1EKEA 2P1JA 4FJLA 3HXMA 1S5JA 5C25A 3HSTB 3LP0A 4DQPA 4PUOA 2VWKA 1TL1A 3NGYA 3KJVA 3LPUA 3V1OA 3QNOA 4M42A 3NE6A 1NOYA 4CIEA 3M8RA 3TWHA 3MECA 3G10A 4F3OA 4B08A 1TKTA 1QTMA 4HHTA 1U47A 4FJ8A 2DY4A 3AA4A 2XY6A 4AHCA 1BQNA 2IS3A 1CXUA 3NF7A 3AVJA 4NYFA 3K58A 4AILC 4KI6A 1CLQA 2IAJA 3D45A 4CK3A 4DSIA 3LWMA 3NHGA 4KFBA 3JSMA 1LAVA 3SNNA 5J2QA 1BI4B 2YHAA 2KQ2A 1A5VA 3KLHA 3RMCA 4CECA 4CFDA 4BWJA 3TAQA 4IFVA 3OY9A 3NAEA 3SUNA 5JS2A 3ZT1A 1SKRA 4FJHA 2JLEA 3VN5A 4RW9A 4ELUA 1NK0A 1BCMA 1C0UA 3CM6A 1I39A 3DMJA 4DTOA 1B9DA 4F2SA 5D3GA 4PY5A 3CYMA 3KK1A 3TI0A 3KD5E 1S1VA 3S3NA 1ZBIA 1HNIA 1YTUA 4N56A 3EY1A 2GV9A 1G15A 1S6PA 4CGGA 1BISA 1RBUA 5HRPA 5J1EA 1BL3A 3OYFA 1N5YA 3ZSXA 4CF9A 1ZBUA 4GMJB 4O5BA 4CJRA 3CQ8A 3S9HA 4KTWA 4FLYA 5K14A 4CF1A 1UWBA 4DSLA 4CHZA 3NH2A 4KPYA 4K8XA 3HPOA 2G8IA 4DSFA 1L3VA 4KB1A 4B9LA 1TV6A 4TSXA 3CG7A 2G8KA 3AA5X 1KTQA 3U3YA 4B8AB 1B9FA 4ZHRA 1SL0A 4HTUA 4M3TA 1RDDA 1NJXA 1XWLA 4O0JA 4C8KA 4XIUA 3HPHA 3QLHA 4CJTA 4KO0A 2BE2A 4CJ5A 3NGIA 2HMIA 1UOCA 4M3RA 3ZT3A 2I5JA 4CJLA 3QO9A 1VSFA 4BE1A 4FLZA 4KV8A 5I42A 1RT2A 4C8LA 4C8OA 2P5OA 2KZZA 2AJQA 3VQ5A 3VQPA 5CZ1A 2P51A 4CGIA 3AVCA 4OKKA 4E7KA 3SCXA 2KTQA 5J2PA 3P1GA 1RT6A 2X74A 3TAGA 4AH9A 4CEAA 3B6PA 4E19A 4DTUA 1TK0A 5E41A 4DU4A 2HHXA 1ZBHA 1JLFA 3ZT4A 4DLEA 3MXIA 4H4MA 3C6TA 4FJJA 2WOMA 1HNVA 3K5NA 3AVMA 3OYHA 1J5OA 1KFSA 4AHVA 1YTAA 4DU3A 4NCGA 4B9VA 4CF8A 3ZSVA 4UQGA 2QXFA 3HYFA 4JRQA 4FJNA 1S1UA 1IG9A 4LD0A 4Z4HA 3TABA 4IKFA 2HVHA 3PO5A 1LWFA 4NYNA 2W42A 3MEEA 3AVHA 3U6FA 1XC9A 2HHVA 1L5UA 1VSDA 1S1XA 4HCBA 4DFKA 4KRFA 1C0MA 1WLJA 4IG0A 3NGZA 2B4JA 3HM9A 3PX4A 1S1TA 5FDLA 4IBNA 1WNSA 3K5OA 4Y1DA 5KGWA 3AVNA 2YHBA 1QSSA 2VG7A 2ETJA 3OYEA 1BCOA 1RT3A 2FBVA 3WNHA 4CGHA 5KTQA 5J2MA 5CYMA 1ZYQA 3LALA 4BACA 3LANA 4HUGA 3QERA 3DOKA 3NH1A 3K59A 4KKOA 1RBTA 1RT5A 3C95A 4YNQA 3VQ6A 2VWJA 3NFAA 3QIOA 5C42A 2KW4A 4CEZA 1BIZA 1GOBA 2X6NA 3M8PA 1U45A 4W5QA 1JLQA 4DQIA 4E7IA 4F2RA 4F4KA 3RR7A 4KHSA 4AHRA 2X78A 1RBSA 3ASMA 1X9WA 3RR8A 4DFPA 2DTUA 1VK0A 1VSIA 2HHSA 4CIFA 4KHYA 4LY7A 5HRSA 4RW4A 4L8RB 3B6OA 2JGUA 4HUEA 3VQQA 4RW7A 1I3AA 4CJPA 2WONA 2IOCA 1JLCA 1SUQA 5FROA 3HK2A 1KLNA 3I8DA 3O4QA 2OA8A 1WAJA 3L2RA 4F3TA 3PX6A 4DS4A 1NK5A 3QESA 3SQ0A 2YNIA 4ELTA 3KLGA 1BIUA 1ASUA 4H4OA 1QSYA 3D0PA 3SPYA 3K5MA 1VRTA 4RW6A 4DTXA 3SUPA 2OZSA 2QKBA 4J2EA 1ASWA 1WAFA 3SUQA 1VSEA 1U49A 1D9FA 4H8KA 2DFHA 1U48A 3AO2A 1NJYA 1O1WA 3DYAA 4IG3A 1REVA 3OYGA 3TARA 3AVBA 3TAPA 2XRIA 3AA2A 2Q3SA 4J2DA 1ZBFA 4OJRA 3V6DA 1KSPA 4KHNA 5HRRA 1TAQA 3KKRA 1ASVA 4FLXA 3I0RA 4DFJA 4W5NA 3ZT0A 2B5JA 2G8FA 3AVLA 3NF6A 1KVAA 4AHTA 1Q9XA 3LPTA 4BE0A 1NKBA 4NCBA 4DTMA 4PQUA 1TL3A 1WN7A 3VQCA 2HHQA 1KVCA 4OLAA 3HPGA 1C1AA 3VA0A 4IFYA 4FW2A 1UA1A 3ZT2A 4DQSA 1CXQA 4CJVA 3SV3A 1NKCA 2KFNA 1UAXA 2HNZA 1XHZA 1TKZA 4E7HA 2OPPA 3HL8A 4CEEA 2RPIA 4EZ9A 1QQCA 2HHTA 1NK7A 3E01A 3LDSA 2FC0A 4CF0A 4FLWA 1U04A 2HNYA 1NOZA 4RW8A 4CHQA 5HRNA 4BDPA 2EHGA 2BANA 4MQ3A 4HUFA 4FJGA 4QOZB 4FW1A 1W9HA 4CGDA 4O55A 2OPRA 3KLEA 3OYNA 3QEIA 4FK0A 4Z4IA 3HVTA 4DS5A 3RRHA 3OYCA 3SJJA 4PA1A 3I0SA 2YNGA 1J9AA 2ZD1A 4DTPA 3HT3A 4KI4A 4KHQA 4CEFA 2Z1JA 1GOAA 2DFEA 2F96A 3KK2A 1HQUA 4CJ3A 2FBYA 1Z26A 2IC3A 2OPQA 3LAMA 4I2QA 3VQBA 5T7BA 5KRSA 3PX0A 1YT3A 1QSLA 3QIPA 3RMDA 4PWDA 3DLKA 1L3SA 3M8QA 3ITHA 3V1QA 5SZTA 1KRPA 3VQ9A 2GUIA 3HO1A 4OKJA 3WNFA 1WSFA 4DU1A 4DFMA 5HBMA 3IG1A 4JRPA 1T7PA 4KHUA 4J2BA 3DM2A 1VSMA 4DTRA 1B92A 3AVAA 1IKYA 1W0HA 4FCYA 4Z4CA 1Z25A 4OLBA 1HYZA 4WE1A 1NK4A 4Q0BA 4Z4EA 4CIGA 4FK4A 2XY7A 1QS4A 4CJUA 1LAWA 3OYLA 4FXDA 1Q8IA 2E6LA 4DWIA 1KFDA 1C6VA 3F9KA 2KFZA 4CJKA 2R7YA 2YKMA 4I2PA 3RTVA 2F8SA 1CZBA 1DTQA 4CHPA 5DMRA 3V1RA 4AHSA 3O3HA 3L3VA 3OS0A 5HROA 3T19A 4R5PA 1GOCA 2OPSA 1D5AA 4LH4A 1EX4A 4FJ7A 1BI4A 3QEVA 1VSHA 1JLAA 2FBXA 1MU2A 2D0CA 2O4GA 4Z0UA 1IH7A 5HP1A 1BGXT 2YKNA 1RTIA 1VSKA 4QAGA 3KD1E 4B9MA 3KLIA 3KK3A 1S6QA 2G8WA 4OGCA 4I7FA 3ZSQA 4CHYA 3RMAA 4JS4A 2D0BA 4B8CA 1NK9A 1SV5A 2ATQA 4W5RA 1NKEA 2E6MA 3AVKA 2OYQA 4CE9A 1UA0A 4QCLA 4JS5A 1WSHA 3OYIA 4N41A 1RDBA 4DSKA 1BQMA 3F73A 1SL1A 3NDKA 4FLVA 4DF8A 3DOLA 3PUFA 4M45A 3FFIA 1SKSA 3SV4A 1X9MA 1SKWA 3L2WA 4ICLA 2QKKA 4BWMA 3HP9A 4JLHA 3TANA 2YNFA 2BGGA 1RDCA 4C8MA 3LP2A 2FBTA 2YV0X 3AO4A 4FM2A 4CJWA 4LSLA 4O0IA 5J2NA 2XY5A 3IRXA 4CK2A 1J53A 3VQ7A 3IAYA 3QEWA 4FVMA 2VG5A 4CERA 3CFRA 3QEXA 3EYZA 1KCFA 2D0AA 4W5TA 3SQ4A 3VQAA 4AHUA 4BDYA 1HQEA 3SQ1A 4CJEA 4NCAA 4FLTA 2RF2A 3NF8A 3C94A 3DI6A 4E3SA 3ZSRA 5CY4A 3V9UA 4EP5A 1HMVA 4E7JA 4CJFA 3JYTA 1WSGA 3SQ2A 3THVA 2O4IA 3OS1A 4EZ6A 4M3XA 3HVRA 1S1WA 3KTQA 4DTSA 3LZIA 1TK5A 4DLGA 1A5WA 1JLGA 1TGOA 3V4IA 5EU7A 1RNHA 3P5JA 1RTHA 5CYQA 3KLFA 1N6QA 2P5GA 3WNEA 3OYBA 4ZTJA 4ELVA 3DRRA 3OVNA 4FZZA 1DLOA 2LSNA 1WSEA 2EX3A 1QE1A 3DRPA 1WSJA 3G0ZA 3NF9A 5KGXA 3V9SA 3VA3A 1L3UA 2G8VA 1HJRA 2OZMA 1NK6A 4KAZA 3HP6A 4FZXC 4YFUA 3NH0A 1TK8A 3V81A 4OVLA 4M3WA 1DTTA 3L2VA 4CFBA 3QETA 1X9SA 3DLEA 3ZSZA 1KLMA 3WNGA 3DLGA 3HJFA 1JL2A 1IO2A 3AO1A 3LP3A 3K57A 4G1QA 4DMNA 1R0AA 1A5XA 3AVGA 3KKSA 1TKXA 3MXMA 3VQDA 5FRMA 2YNHA 3BGRA 3SYZA 2X6SA 3OYKA 4OGEA 3V9XA 3NCIA 1X1PA 5C24A 4N47A 4LSNA 4CEQA 3AA3A 3LZJA 4B9TA 4FJXA 5DK5A 3SI6A 4CFAA 3DLHA 1HRHA 4K8ZA 2E4LA 3LWLA 3CM5A 4B3OA 5CZ2A 4OKEA 1JXEA 1NJWA 4BE2A 1SL2A 5KI6A 2IDOA 3SPZA 3OS2A 4CESA 5I3UA 4CJ4A 4DQRA 1NK8A 1C1CA 1EETA 3TR8A 3TAMA 5KRTA 3OYAA 2Y1JA 3CFOA 2G8UA 3RWUA 4HCCA 1XHXA 4FJMA 1TAUA 3S3MA 4DTJA 4FLUA 3PV8A 4DQQA 4HVJA 2A1RA 4KREA 3AVIA 1LWEA 3U3GA 4DSEA 3SUOA 2PYJA 5FRNA 1JKHA 4J2AA 3IS9A 3MXJA 3EZ5A 3MAQA 1YVUA 1D9DA 4FJ9A 3O3GA 4FYDA 4GW6A 1Y97A 3RMBA 1U4BA 4FJKA 2PYLA 4W5OA 2KZMA 3TAEA 3OYDA 4O4GA 3NBPA 2D5RA 3LAKA 4CHNA 4DG1A 4DTNA 4M41A 1D8YA 1KVBA 1JL1A 1FXXA 1JXBA 3VQ8A 2XO7A 3AO5A 1BHLA 3VQ4A 4ZTFA 3K2PA 1HYSA 1S9GA 3C6UA 2HHWA 3SZ2A 4IDKA 3AV9A 1RBVA 3ZSYA 3ALYA 4CEBA 3OYJA 1T8EA 2HVIA 4OPJA 3KIOA 3VQEA 3M8SA 3OJUA 4B9SA 4M3YA 2PY5A 1HPZA 4CFCA 4Z4GA 2A1SA 4ID1A 4KTQA 3MEGA 4ID5A 1FKOA 3S3OA 1VRUA 2G8HA 1RT7A 2DFFA 2IGIA 2ZQBA 1FK9A 4CJQA 1LV5A 3ULDA 4FJIA 1RCHA 4O44A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BVOA 4YHHK 3EO3A 3MEDA 2Z1HA 1F21A 4CEDA 4MLEA 3ZSOA 1K6YA 4CF2A 4RG8A 4BG8A 1ZXOA 1FW6A 2O8DA 4BR0A 3O4NA 3QINA 4Z4FA 2Z1IA 4B1ZA 3TSPA 3PO4A 1VAZA 4B9NA 5BPNA 3TAFA 5C15A 1EO1A 5M1PA 1QHTA 2HB5A 4JHDB 5SWMA 2O8EA 4JI5K 4K0KK 2ZE2A 4C8NA 3E9LA 2ITGA 1EP4A 3BDPA 1YXQA 5M1KA 3F9MA 2Z1GA 3ID8A 3OYMA 3ENOA 1HUXA 4A2BA 3VF6A 4E89A 2RN2A 1R59O 1J54A 1SQKA 2BDPA 1VSJA 1CZ9A 4KH5A 4CGFA 1GLAG 2QM1A 5ADXH 3IUCA 1TL1A 3NGYA 1NOYA 3VEWA 2Q97A 4DR6K 4V19S 3WEEA 2HSTA 1U47A 3AA4A 3WXJA 3NF7A 1N32K 4BC4A 3AVJA 3D45A 4CK3A 2W40A 4KFBA 4BRGA 1BI4B 3KLHA 2E1YA 4IFVA 4IXCA 3MWTA 4JKGB 3ZT1A 3VN5A 4DKWA 4ELUA 1WB9A 3CM6A 1I39A 4DTOA 5FPNA 2HOEA 5BRDA 4RWTA 4DV0K 5AR0A 1YIJN 1YITN 1ZBIA 3H1QA 1YTUA 1YVNA 2GV9A 1VQON 1G15A 4BRDA 4MO5A 1BL3A 5AQFA 5BN8A 3S9HA 4CF1A 3CCJN 3HPOA 2WC9A 3L0QA 1T3VA 3AA5X 1KTQA 2F4VK 4ZHRA 1NBWA 4ISEA 4M3TA 4O0JA 3H3OB 4WYBA 4XIUA 3QLHA 2BE2A 4AQYK 2HHXA 4M3RA 3ZT3A 2I5JA 5EX5A 3QO9A 1VSFA 3CCRN 2KZZA 2D1KA 3TTCA 4CGIA 3SMSA 4E7KA 3M1FA 3VTHA 2ZJQL 2A41A 3MX5A 4BRLA 4DU3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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