1XUPO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase complexed with glycerol
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
YVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYHFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structures of Enterococcal Glycerol Kinase in the Absence and Presence of Glycerol: Correlation of Conformation to Substrate Binding and a Mechanism of Activation by Phosphorylation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 85
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2004-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO01
3VF2A 2IIRA 3QB0A 3FE1A 5TKYA 4CZIA 3QBWA 2KHOA 4H0OA 4QS9A 4FWOA 2A42A 2E8AA 4A61A 4BRHA 4MO4A 5LJWA 3QFPA 3VETA 5LY3A 3QMLA 5F1XA 3D2FB 3VGLA 5FPDA 4B9QA 3VOVA 3U4LA 2FLOA 5AR0A 2F9TA 1E4GT 5AQOA 3EN9A 3LM2A 5AQSA 4CZFA 1HKCA 3A5OC 4BREA 3H3OB 4NB4A 3WUHA 3UB5A 4IJAA 3ATUA 2DPNA 3VF4A 4BC5A 1QQNA 2YHXA 3A8YA 3SLCA 2V7ZA 5ADXA 3WT0A 4B1XB 5BR9A 5KQ8A 1GLEG 3MMVA 4RCHA 3DXKB 1MA9B 3C7NA 1BU6O 2CH6A 4MLEA 1IJJA 3UKUA 3MCPA 4DHYA 4B1VA 3O80A 4GNIA 4BRCA 4B1YB 3A5NC 1HKBA 1TYQA 1GLBG 3EO3A 4H5RA 1NGFA 3GBTA 3FZLA 2WUSA 3L0QA 2GEMA 4XH4A 1J6ZA 4FWNA 3W0LA 4HTLA 5KPRA 3EKSA 2Q0UA 3GG4A 1SZ2A 1YAGA 3AY9A 1K8KA 3LDNA 4BRLA 4AM7A 3EKUA 1XUPO 3CJCA 2Q0RA 4BR7A 4BR2A 3RSEA 2QWOA 4QS7A 1X3MA 4BR4A 3I8BA 3MK6A 2Q97A 4BRGA 1WOQA 4FOEA 2E1ZA 4B1WB 3O08A 3A5MC 2NRHA 4IXCA 1NLVA 2GUPA 2I7PA 3QDKA 3W3DA 3ZEUA 1WUAA 3HSCA 3SK3A 1KAZA 3CQXA 1GLDG 3WQTA 3MN7A 5KPTA 3C7NB 1LCUA 1YVNA 2ASOA 3IUCA 3DAWA 2V7YA 4BRPA 2QM1A 1NGIA 4EIAA 3MN5A 1NGBA 5AQGA 4LC9B 2P9PA 5BRDA 1JCFA 5AQQA 2IVPA 3L6QA 1P8ZA 2E2PA 5CE3A 1X9JA 5BN8A 2P9KB 3A0IX 3IDHA 1BA0A 3JXUA 2W41A 3KHYA 3H3NO 3U9DA 1KAYA 1HJOA 2BTFA 3WXLA 2ASMA 2Q31A 3TPQA 5BRFA 2HMPA 5LJVA 1BDGA 5AFUH 3DXKA 2AP1A 2HF4A 1K8KB 3VESA 2YJFA 3AARA 2IVNA 4BRKA 1BOTO 4BC2A 3I33A 4BC3A 1NGGA 3FGUA 3OHRA 3DXMB 4CZGA 2H3GX 2QWPA 4BRQA 2P9UB 1C0FA 3ID8A 2FF3B 4PKIA 3BF3A 4JD2B 1Z6RA 3MN9A 3ZEUB 4DB3A 1U6ZA 3FZKA 3MDQA 1TUUA 3BUZB 3MN6A 2P9LB 5JLHA 5FPEA 2QWQA 4M7YA 4CZKA 3ZX2A 1T6DA 5AQXA 3GDQA 2PBDA 4BR9A 5AQYA 2CGJA 1YXQA 2P9PB 4NO7A 3SMPA 4EHTA 2Q2RA 1EQYA 3LDQA 4I6MA 5EVZA 4B1UB 3VEZA 1HKGA 1QZ6A 3CERA 1GLLO 3HI0A 3JS6A 2A40A 2CGKA 4BVPA 4RWTA 3VPZA 2E2QA 4CBXA 3BP8A 3VEWA 5AQNA 3KVGA 2ITMA 1DEJA 4K41A 1G99A 3ENOA 3D2EB 2YJEA 2D1KA 2Q1NA 3IMXA 5AQWA 3H46O 1ZXOA 2E20A 4MLHA 5JLFA 5AZJA 4H5NA 3ENHA 2I7NA 1S3XA 5JICA 4IZ9A 3ULEB 3IFRA 4BRAA 3SJHA 1ZBSA 2P9KA 3S41A 3O5BA 4JAXA 4YDUA 3FZFA 1GLCG 3WXIA 4EAHD 5JMVA 2ZWHA 4FWMA 2W40A 2YHYA 1T6CA 1NGHA 3O1BA 4YDUC 3BF1A 2A3ZA 4H0VB 4JN4A 4BRNA 1JCGA 2QWNA 5AQUA 5I9EB 2D0OA 1SQKA 3VEVA 2EWSA 1JCEA 2FSNA 1IG8A 2A41A 4I6MB 5FPMA 3CI5A 3DXMA 3ZETB 3BEXA 5ADXH 4IO8A 4BQLA 2P9UA 5EY4A 2E2NA 1T44A 4BROA 4F9OA 4JD2A 3O8MA 3AAQA 4O8KA 4JHDA 1ESVA 4HWIA 3U9ZA 2P9LA 4CI6A 2P9IB 4BR0A 4A2BA 1NWKA 3UKRA 5AZJB 3R9PA 3GE1A 1X3NA 3P4IA 4ISFA 4H0XB 1HPMA 2P9SB 4H5VA 2AA4A 3CJAA 1RDWX 2E1YA 1NGAA 3WEEB 2E2OA 5AQKA 1MWKA 4A2AA 5EXWA 4EHUA 3O1WA 1NGDA 4BVOA 2ZGYA 1NM1A 4QS8A 2CGLA 3D2EA 4JNEA 4E1JA 4CZJA 4XEIA 3HBTA 3WXKA 3CQYA 3ZX3A 1LOTB 1TUYA 3CIPA 2PAVA 5AZIB 3LM9A 2FXUA 1Z05A 3LL3A 4K25A 4BG9A 1S22A 5BPMA 4Z94A 2HOEA 4K42A 4PKHA 4BRDA 3VGMA 4FWPA 2FSKA 5AQTA 1HLUA 2CH5A 3CJ9A 3ULEA 5EX5A 4B1ZA 4H0PA 4DCHA 5AQMA 3VF6A 4JHDB 3FFKB 4H0YB 1OKJA 3R6MA 2VYPA 5KPZA 5FPNA 5EOYA 1QHAA 2V51B 3UKRB 4CBWA 2HF3A 2P9NB 3SMSA 4GY2B 4BRMA 4AM6A 3M1FA 4Y0WA 5AQHA 4FWQA 4RTFD 1NGJA 3LDPA 4H5WA 3VENA 4BR5A 1V4SA 2A6AA 3CJ1A 5AQLA 3H1VX 3ZETA 3VGKA 3ATVA 3M3ZA 2QW9A 1ATNA 3ZX0A 5BPLA 3CJ7A 1GLAG 2F9WA 1YUWA 2GTDA 5AQIA 3QFUA 4CZHA 3WXJA 3O6WA 3A5LC 3HTVA 3M6GA 2Q36A 1U2VB 2GELA 4H03B 5ELZA 2BUPA 4IWVA 3B8AX 5AQZA 3FZMA 3AAPA 3CHWA 3FZHA 2P9IA 3GL1A 4PKGA 1DKGD 4PL7A 4XH1A 1C0GA 1BG3A 3FR0A 1HX1A 4PL8A 2P9SA 3QBXA 1ATRA 1KAXA 3DWLA 3F9MA 4FWRA 3WEEA 1H1VA 3UE5A 1NGEA 5BN9A 3TU5A 5KQDA 2FSJA 1QZ5A 3O4WA 2YHWA 4K43A 4ISEA 1MWMA 1XC3A 2GWJA 1D4XA 5AZIA 2GWKA 3VEOA 1DGKN 1RFQA 4KBOA 2FF6A 4BC4A 4FWKA 4FPAA 4CZEA 3FLCO 1V4TA 2VCPA 2E88A 1BWFO 4BQZA 4FPBA 4H0TB 4MO5A 3J8AA 5AQFA 4BGAA 3KZBA 4FSVA 4FL9A 3GOIA 4FOIA 4ISGA 2ZF5O 5BPNA 1GLFO 2QWRA 3VEXA 2D0PA 4WQ5A 1BO5O 5AQPA 2OANA 3VERA 5AFUA 4FO0A 4O5FA 3D7EO 2QWLA 4FWSA 5E84A 1CZAN 4WQ5C 4XH5A 1ZC6A 4CJ7A 4C23A 1E4FT 2A5XA 1R59O 2P9NA 1NMDA 1NBWA 2QWMA 4BRFA 2UYTA 4WYBA 1QQOA 4CBUA 3CJBA 1SAZA 4M7XA 1BA1A 3EZWA 1ATSA 2YCHA 3C0BA 3EL2A 3H45C 4IJNA 2D4WA 3QICA 4M63C 2ZGZA 4WQ4A 2YI1A 4L3QA 1QQMA 5BRHA 4A62A 3WQUA 4BGBA 1NGCA 2NZTA 1Y64A 3D2FA 4CD3A 4WQ4C 4CZMA 5AQVA 2NLXA 3H1QA 1RGIA 3DJCA 3VEYA 3CETA 1U2VA 3HZ6A 4CD1A 3H6EA 3UKUB 4BG8A 1HUXA 5B8HA 4DQ8A 1TYQB 2QXLA 3LDLA 3L4IA 1BUPA 4CZLA 3U8XA 4BRIA 1XQSC 5E26A 3R8EA 2V52B 5AQJA 5BREA 2VWBA 1MDUB 3G25A 4J8FA 3LDOA 1KXPA 2IVOA 5AQRA 2J4RA 3HM8A 5F2RA 2ASPA 4EFHA 5F0XA 3RSEB 1Q18A 4FWLA 4H5TA 1GLJO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MWTA 3VF2A 1HNIA 3ALYA 3FE1A 3P1GA 2WC9A 4E19A 4YHHK 4CZIA 3K59A 4GV3A 3OYLA 3PSIA 2DFFA 1TKZA 1RT2A 4FWOA 3SQ0A 5D3GA 4OPHA 4BRHA 4FJ9A 5LY3A 3QMLA 2HHUA 2FBTA 3U4LA 2F9TA 5AQSA 3A5OC 3UB5A 4HCCA 4E7JA 2HHQA 1WSGA 3QEVA 3K5OA 4E3SA 2DPNA 4BC5A 3ZSYA 1QQNA 2V7ZA 2KFNA 3WT0A 1G15A 3M8RA 1GLEG 4OJRA 3LWMA 4E7HA 1EWRA 1B92A 4FZZA 1D5AA 1IV0A 5LMNK 3NFAA 3NF8A 1BU6O 4BY9C 2CH6A 4MLEA 3JSMA 1VAZA 1WSIA 3UKUA 3LP0A 3MCPA 3KK2A 1VQ7N 4DF4A 3O80A 3G4SN 3AO3A 2OTLN 4B1YB 3A5NC 1TYQA 1KSPA 1GLBG 4CVNE 1QTMA 3GBTA 2WUSA 3BDPA 4M3YA 1J6ZA 4W5OA 1RBVA 2RKIA 3AVIA 3L2WA 1U4BA 1M1KO 3B6PA 3LDNA 4BRLA 3CJCA 5HRPA 3SAFA 2QWOA 4OVLA 4FJJA 3ZT3A 3TANA 4O55A 1IO2A 4BACA 1JLEA 3DYAA 3VQDA 1NLVA 3G71N 4PWDA 1BHLA 3HSCA 4Z4EA 2X6NA 5KPTA 3VQ9A 2ASOA 4FM1A 1C0UA 3RR7A 4YOWA 3QIOA 1RBUA 4CECA 4CHZA 3PLAA 3CCUN 3TAMA 2DY4A 3CMAN 1RDCA 4FVUA 1KFSA 3JXUA 3KHYA 4CEAA 1N5YA 3HOTA 3C6HA 2Q31A 5HRSA 2HMPA 5C10A 5AFUH 3AA5X 4ZTFA 3V9ZA 4DWIA 3V81A 2BGGA 3KK3A 4BC3A 3SBGA 5KTQA 3TARA 1DTTA 1BCMA 3ZSQA 4O44A 3KLIA 1S1UA 1TAUA 4MFBA 2KKZA 2FF3B 5I3UA 1ASUA 4KH5A 5EU7A 1QE1A 3OTOK 1Z6RA 4DB3A 3OS2A 3RMAA 3O3HA 1N8RO 3T19A 5JLHA 1Z25A 4CIFA 2QWQA 4CZKA 1HMVA 4DV7K 1Q86O 1LWFA 5AQXA 1QSLA 3HO1A 3LP1A 5AQYA 3K2PA 3O9UA 5EVZA 3LDQA 5C25A 4W5NA 5M1KA 1SV5A 2CGKA 3VEWA 5AQNA 4B3SK 3F73A 4OO1J 3CCEN 3ENOA 2OCEA 2VG7A 3ZLJA 4DFMA 4BE2A 3H46O 1TKXA 1VRUA 1VQ8N 5KI6A 4MLHA 3VQQA 2Z1JA 3VN5A 4H5NA 5CR4A 3IFRA 1HYSA 1ZBSA 4DR1K 4OKEA 3AVCA 3NH2A 1L5UA 1GLCG 5JMVA 3VQ8A 2P5GA 4FWMA 4CW7B 1RT4A 2YHYA 3OYGA 3O1BA 4YDUC 1NJXA 4IKFA 2A3ZA 3PIOL 2HHWA 4RW8A 3T1YK 3VEVA 1NOYA 2D0CA 5FPMA 3VQBA 1XNRK 3TAFA 1KVCA 3CI5A 3BEXA 5ADXH 4I9QA 4IO8A 4DTOA 5EY4A 4OLBA 4F9OA 1RBSA 2HHVA 4B3RK 2HHSA 4JI1K 1KRPA 2XO7A 2HBMA 4JI0K 4DR3K 4JKAA 4A2BA 1NWKA 3OA9A 5AZJB 2IOCA 2NNWA 3M8SA 4IDHA 4H5VA 2AA4A 4IO9L 1IBLK 1NGAA 3VTHA 1S9GA 3WEEB 2E2OA 3EEQA 3KWGA 4BWMA 4A2AA 1NGDA 1EETA 1ZBFA 2OTJN 2CGLA 2LSNA 4E1JA 2XY7A 4XEIA 1LOTB 1TUYA 3T1AA 2RN2A 1T8EA 3HVTA 4K25A 4OPAA 2JLEA 1W2BM 4C8NA 1HRHA 4CJ3A 4JRQA 2O8BB 4X65K 4BRDA 1OH7A 4KHNA 5KGXA 5J2PA 1OH5A 4FWPA 2CH5A 3R1XA 1ASVA 5EX5A 4H0PA 2OA8A 2EX3A 5AQMA 3VF6A 3NAEA 3PX0A 4H0YB 1JLGA 4IDKA 5KPZA 3AA3A 3NF9A 2D0BA 2UUAK 1BQNA 1QHAA 1XI1A 2P9NB 4GVEA 3M1FA 3BY5A 4M3ZA 3LDPA 1S6PA 1Q7YO 4K0KK 1NK5A 2F8TA 2HW3A 3EY1A 2QW9A 1K73O 4JK9A 1A5XA 1YUWA 5AQIA 1RDDA 3CCQN 3C65A 3NF7A 3HTVA 3MEDA 2BUPA 4IWVA 3J7ZO 4UY8O 1SS6A 3WXMB 3GL1A 4RW6A 2KW4A 1GOCA 4E7IA 2UXCK 3NCIA 4XH1A 1BG3A 3CCLN 2RPIA 3QBXA 5GADP 4CFAA 4IOCL 4JI2K 3VQ7A 1WBDA 5GIPA 3KJVA 3WEEA 1H1VA 3N4PA 5BN9A 5KQDA 4DU4A 2WONA 2KTQA 2HB5A 2P51A 2YHWA 3RMDA 3HK2A 1VSIA 1XC3A 4GV9A 3OYBA 3I0RA 2UU9K 2B4JA 3OYCA 5AJ3K 4B9VA 3RRGA 1TL1A 1NU0A 4BE0A 3NVKA 4QCLA 2O8BA 3TWHA 3CCMN 2X78A 1GLFO 2QWRA 3I55N 3ZT4A 2OANA 1T05A 1S5JA 4FO0A 3HXMA 2YKMA 1CZAN 5KGWA 4XH5A 4FK2A 4CJ7A 1NMNA 1NJIO 1YTAA 2A5XA 2P9NA 2HNYA 1OVYA 2E6LA 1NMDA 1BGXT 5HRRA 2UYTA 5HROA 3CJBA 1SAZA 1ATSA 2YCHA 4M63C 3L2QA 2YHAA 4WQ4A 2YI1A 3KWIA 4L3QA 1QQMA 4A62A 4BGBA 3CFRA 4JRPA 5AQVA 2NLXA 1RGIA 1VRTA 1J53A 4ZHRA 3JYTA 3E9LA 1HUXA 5B8HA 3IKMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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