1Q7YO

Crystal structure of ccdap-puromycin bound at the peptidyl transferase center of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights Into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q7yO00
3G71N 1Q7YO 1M90O 3I56N 5JVGL 3CMAN 1VQ8N 2QA4N 1KQSM 4IO9L 2OTLN 4WFAL 1ILYA 1VQ6N 1VQNN 3CCQN 1YI2N 3G4SN 1Q82O 3CF5L 1Q86O 3CXCM 4IOCL 1YJWN 1YJNN 1JJ2M 1VQLN 1YITN 3OW2M 1KD1O 3I55N 5HL7L 1VQ5N 1W2BM 1OVYA 3CCEN 1K73O 3CCVN 1VQ7N 1VQ4N 1YIJN 3G6EN 2ZJQL 2ZJRL 5H1SQ 4U67L 3CCMN 3CD6N 5JVHL 4WF9L 3CCUN 1KC8O 3CMEN 5GADP 3J7ZO 1M1KO 3DLLL 3CCLN 1VQ9N 1Q81O 3CCSN 1VQPN 1YJ9N 5GAGP 3CC4N 1VQKN 5MLCQ 1YHQN 1N8RO 2QEXN 3CC2N 5DM6L 5GAHP 1QVGM 3CC7N 3PIOL 2ZJPL 4IOAL 1K8AO 3CPWM 3PIPL 5GAEP 1NJIO 2OTJN 1QVFM 3CCRN 3CCJN 4WFNL 5DM7L 4WCEL 4WFBL 1VQMN 1K9MO 1VQON 1S72N 4UY8O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FK2A 1U2VA 4CHNA 5AQHA 3CMAN 1TAUA 5HRPA 4O0JA 3QFUA 5HRSA 1JLAA 4DSFA 4C23A 1BDGA 5AQSA 3CJ1A 1L3UA 3DLHA 3EN9A 4BR7A 3OYFA 4O5BA 5AQLA 4F2RA 4CBUA 4DV6K 1NGBA 3K5LA 2QXFA 4KHYA 3VETA 4IG0A 4BR2A 5CE3A 4C8NA 2KTQA 3R3LA 1QTMA 1T6CA 4DU1A 3ATVA 2WC9A 1BA0A 3NCIA 4DSIA 3PY8A 3OW2M 3THYB 2GUIA 3AVIA 3C65A 2GX9A 1OVYA 4AM6A 3VENA 4X64K 4FZXC 3ID6A 4IJNA 4DQIA 2Z1IA 4B9MA 3O80A 4O8UA 1EETA 3KLGA 4JKGA 3IAYA 5AZJB 4DLGA 2HHWA 4RW4A 4BRHA 3RMAA 1Z25A 1HJRA 2VGNA 2W40A 4DHYA 4KB1A 1SUQA 1S1TA 5I42A 2Q1NA 4A2AA 3HM9A 4ELTA 4IFEA 3VERA 2LSNA 2ASOA 3L0QA 3AA5X 2F9TA 2ZQBA 5BRHA 2HSTA 5FPEA 2DTUA 2HBLA 3SLCA 1Q9YA 2Q2RA 3VESA 1T44A 3D2EA 1WSGA 1IJJA 2ETJA 1I3AA 3OYEA 1CXUA 2XHBA 4F4KA 2OTJN 2UUAK 1DT9A 3NH0A 2GUPA 4QS8A 3NHGA 1T05A 4JV5K 4WFBL 5C2DA 1N5YA 1VRTA 2DPNA 2DFEA 2V51B 4OGCA 2NRHA 3DXKB 3QMLA 3KK3A 4QCLA 2NNWA 2G8HA 2O8EB 3T1HK 4H5TA 3ZSYA 4IOXA 4CZKA 4DU4A 5LY3A 2DY4A 3VF6A 1G99A 3HZ6A 4FWPA 3OY9A 2WONA 3V9SA 5FPMA 2HNDA 4JK7A 3O4WA 4HUGA 4B3RK 2WTUA 1YVNA 4H0VB 4FWQA 4JRPA 2UUBK 5AQFA 4BR5A 4ILJA 3PX0A 3VEYA 2O8BA 3K2PA 3CCQN 3MN6A 4JHDB 3KWGA 4O55A 2QW9A 3TAQA 1XNRK 4OVLA 3AV9A 1HNVA 4BRDA 1YJWN 3HTVA 4Z4HA 3RRGA 4KPYA 4AHTA 3THWB 2KFNA 3K9KA 2QWMA 2RN2A 4JKCA 1QZ5A 1SQKA 3VQ6A 1WOQA 4A5BA 4H0PA 3HOSA 1V4TA 3CYMA 3N4PA 5FRMA 3MAQA 2YCHA 3AVNA 4ID1A 4C1NK 3M8RA 1JKHA 3CQXA 1CZBA 3MMVA 2BANA 3DLBA 4Z4EA 1VSLA 2O8FA 3NH1A 1U47A 1B9FA 1XC3A 2GBZA 3GDQA 3WXMB 3V81A 4ILGB 5SWMA 1XUPO 5FPNA 5GAGP 1JLCA 4FOIA 1BIUA 3SV3A 1Q9XA 4LF8K 2UU9K 4JI7K 3TU5A 2Y1JA 1YXQA 2QEXN 4RG8A 1RBVA 3VEVA 1RDWX 3RMCA 2PYLA 4KRFA 1I39A 1KAXA 4CZLA 1XNQK 1NG9A 3HSCA 3ZLJA 4JI4K 1C6VA 4EP4A 1LOTB 3HRGA 2HVHA 5FROA 4EAHD 3T69A 3G10A 3SUOA 3O9QA 1IV0A 4CZFA 2Q31A 4OKKA 3TWHA 4WCEL 5C42A 3SI6A 3U8XA 3KD1E 3AO4A 4AHCA 5CHIA 5CZ2A 5DK5A 3AVGA 4NYNA 3FFIA 1VQON 3OYCA 4DFKA 4UY8O 3AVKA 1CXQA 4DQSA 4CJRA 4JD2A 1J5OA 3FFKB 2IOCA 3AA3A 3FZFA 2Q3SA 1HR0K 1WBBA 4DSJA 3LDQA 3MN7A 5J2NA 2ZGZA 3MWTA 1NGAA 1LV5A 1WBDA 4JRQA 4O0IA 3ZSRA 3CERA 1FXXA 4DUZK 2ASPA 1BO5O 3RVCA 1VHXA 3AVBA 4BC2A 5I9EB 5EVZA 3IS9A 1KD1O 3QBWA 3ZT3A 4CEOA 5JLHA 4LSNA 2Z1JA 4DS5A 1NBWA 4ISEA 5EX5A 4CK2A 3S3OA 1YIJN 3MN9A 1NKCA 1RT1A 4A5AA 3MEDA 1JLGA 4CJVA 3SQ2A 3A5MC 4IKFA 4GY2B 3O4QA 4XH5A 2B4JA 1E4GT 3SQ0A 1QQMA 3IFRA 2EHGA 4PL7A 1D9DA 2FF3B 4B1VA 2XY8A 1RNHA 1QQOA 1VQPN 1U2VB 3CFRA 3NVKA 3RSEA 3SJHA 3I8DA 1VQKN 3AVMA 3VA0A 3LM2A 3MEEA 4PKHA 4RW7A 5AQXA 4R5PA 1HX1A 1QVGM 3CC7N 1KVBA 3AO5A 4B9VA 1TVRA 2EWSA 3DM2A 2QKBA 1EWQA 4IOAL 4OKEA 2E20A 4FJ9A 1NGFA 5LJVA 2YJFA 3J81O 3NDKA 4K8XA 1S5JA 1UOCA 1VSKA 1BHLA 1WLJA 2BH1A 3VQDA 1ATNA 2YX6A 2E5LK 1BQMA 1EKEA 4NLCA 4LF5K 3QDKA 2FBXA 1ZC6A 1T8EA 5E26A 3P39A 3NAEA 3THXA 3MK6A 4YY3K 4CJ3A 4H4OA 4B9NA 2FF6A 3CJ7A 4DV7K 3U4LA 1NOYA 4JKGB 3CG7A 2X6NA 3F5TA 3G0ZA 2GELA 3IMXA 3O9SA 2P51A 2CGLA 3ATUA 3KHYA 4BRLA 4C8KA 3PSFA 2D0AA 4CIFA 1VQNN 2O8DA 4H03B 4QS9A 1YF5L 3VF2A 5HOOA 2A1SA 3A0IX 3ASMA 1LWEA 1A5VA 1VSMA 3GG4A 3OBYA 5BR9A 1C0UA 1Z05A 4OJRA 4BE0A 4DTNA 3D2EB 1YTAA 4DR2K 4I2QA 3SNNA 2G8UA 4DTXA 2FSJA 4YHHK 4JI0K 3WQTA 3ZT2A 3W0LA 1BU6O 1KCFA 4Y0WA 4W5OA 1HPZA 1VSFA 2Z1HA 4CD1A 3BF1A 1T03A 4BC5A 4AM7A 2QWLA 4LC9B 2A41A 3Q7CA 5C2FA 4MLHA 3GL1A 1RDCA 4B8AB 3C0BA 2D0CA 3EEQA 1C1BA 4AHSA 3HSTB 2OPSA 1S6QA 2O8BB 1K8AO 3CPWM 3R6MA 1JLEA 1RT3A 4DQQA 1ZBHA 1VSHA 4DTPA 2W41A 3RRHA 1KAZA 2HNYA 3RTVA 3TAGA 1JLBA 1WSJA 4A2BA 4HWIA 4CECA 3P31A 1K9MO 4JKFA 2E88A 4RW6A 4M7XA 1IBKK 3G71N 1Q7YO 1QE1A 2QM1A 4N5SA 3OS2A 4C8LA 4H0OA 2EX3A 2P9IA 1VK0A 2O8FB 3ZSOA 1FKOA 1WUAA 5KRTA 3H6EA 2ITGA 4BVOA 1NGDA 3T7ZA 3PV8A 1P90A 4V19S 3AGKA 2D0OA 1HJOA 2GWKA 4FJ8A 1Q82O 1DKGD 4GVMA 4DQPA 1ASWA 2A3ZA 3O9UA 1RTDA 2HHXA 4JN4A 2GV9A 3I55N 2NRWA 4DTJA 1VSDA 4JS5A 1VQ5N 1W2BM 3TPQA 1JCFA 4CIGA 3TTCA 1TUUA 3VQCA 5E84A 1GLFO 4KH6A 1IKYA 1S1VA 2PZSA 2JWKA 4A62A 3V4IA 2E2QA 3TAEA 1KC8O 2G8IA 2W42A 1MA9B 1X9MA 2Q0RA 2E1YA 3TR8A 1M1KO 1LW2A 3AVHA 1TGOA 1QZ6A 1YAGA 1Q18A 3AA4A 5LMNK 3ZEUA 5C12A 3A5LC 4JD2B 3EL2A 4M3YA 4H0TB 3CC4N 4HHTA 2O4IA 2E2OA 3ZX3A 1XMOK 3A8YA 3G25A 4PWDA 2WFBA 3DJCA 1NK9A 5BPNA 3HP6A 4CZJA 4CGFA 4BGBA 3HXMA 3AO3A 4HCBA 3K5OA 3KKSA 4Z4CA 3FZHA 4DV5K 2P9PA 4DV1K 2ZWHA 5AQPA 1R0AA 4BROA 3RWUA 4FW1A 3KLEA 3DRSA 4DR5K 5AQRA 3SUQA 4JI2K 1T3VA 4XEIA 2HHQA 2RF2A 1NJWA 5AQWA 3JS6A 1CZ9A 2NRVA 1ZBLA 1QS4A 4CK3A 3NFAA 4ZTFA 1BL3A 2NRZA 4UQGA 4CJLA 4YFUA 5JS2A 4BQZA 3WEEA 3ZSZA 4DTOA 3D0PA 3AVAA 5SZTA 5F0XA 3GBTA 4AILC 1HYVA 2PBDA 4WFAL 5GIOA 1FW6A 4F3OA 3CHWA 4CEFA 3RSEB 3O8MA 1YI2N 2ATQA 4Z0UA 3KVGA 3BZCA 3ULDA 3MXJA 3QIOA 3L3UA 4CZHA 3VTHA 4Y1CA 3LDOA 3I0SA 4BY9C 1XMQK 1A5XA 3ZSQA 3HM8A 3NGZA 1B9DA 1HQEA 1MWMA 1VQLN 4KH4A 4WQ4A 1RDAA 1NJYA 4KB0A 2A42A 3V1QA 3MCAB 4EZ9A 2OANA 2VG7A 3ZCMA 3QESA 2O8CA 5AJ3K 5HLFA 4DF8A 3CM6A 3PO4A 2E8AA 4EHTA 2HHSA 3ZX0A 3VQEA 3THXB 3AVFA 4RW8A 3ID8A 4FO0A 1GLDG 1OVQA 2IVPA 3KKRA 4FLYA 2BDPA 1H1VA 4L8RB 1RDBA 3HL8A 4BRCA 1X9JA 2D0BA 3A2FA 4DSKA 3D6RA 1XC9A 5DM6L 1TL3A 4CEBA 3DOKA 1SL2A 3FR0A 4CD3A 1UAXA 3L2WA 2O8DB 2P9NA 3BY5A 4PL8A 1OH5A 3IG1A 4PA1A 4R79A 1OH6A 1RFQA 4Z4IA 4E7JA 2UXDK 4HUEA 3JAMO 4FZZA 5HRRA 4DR6K 1NGJA 3ISNC 3T1AA 3OYJA 2G8VA 1NLVA 4AHRA 1JL2A 4DF4A 4YOVA 1W97L 1TAQA 4FK0A 4CHOA 4BRFA 3O6WA 4NCBA 2V7ZA 1YTUA 3VN5A 1HNIA 3UIQA 1WNSA 1NK4A 4OPKA 2R7YA 1NK7A 2P9SB 2E1ZA 2E4LA 3L8BA 1ILYA 1WN7A 2VG6A 4FVUA 4BC3A 5IWAK 2HHVA 2HHUA 1DGKN 3PO5A 1ZBFA 1SKRA 4DG1A 2UUCK 3QEWA 2X78A 5E41A 3TTDA 3RMBA 3AVLA 3T3FA 2YI1A 4M63C 3MN5A 4FXDA 3HPOA 2OZSA 1BCMA 2ZE2A 5AQQA 3R8EA 3QLHA 3VTIA 5EY4A 3OYMA 4BE2A 2Y1IA 1SAZA 1BWFO 3CJAA 1REVA 3SUPA 3TABA 4GKJK 4CHQA 3SPYA 3CD6N 1RT7A 3O3FA 1S1WA 3O9RA 5ADXA 1RBTA 2Q36A 5F1XA 2QWPA 4OO1J 2F96A 4WQ4C 3KK1A 3EZWA 3SAHA 4JI5K 1ASVA 1MU2A 3MXIA 4JKBA 3D7EO 2KZZA 3OHRA 4BRKA 3OS1A 2UXCK 4DSLA 4CJTA 1UA0A 2P9IB 3WXKA 3DLEA 3VQ4A 2KW4A 1WB9A 1HKBA 2I5JA 3DLGA 4CGJA 1J9AA 4LFBK 3OS0A 4J8FA 4EP5A 5HRNA 1RCHA 1NK6A 3O3HA 1IKXA 3V9XA 2CGJA 4TSXA 4J2EA 3S3NA 4AHUA 1JL1A 4QS7A 3ZETA 5ELZA 1X3NA 3HK2A 1ZBUA 1HUXA 4LH5A 3VQ5A 4B1ZA 1NU0A 1ZXOA 3U9ZA 5AFUA 3L4QA 4BGAA 3HPGA 4YNQA 3SUNA 4KH5A 3ENOA 2PAVA 3CETA 2P9LA 3V9WA 3DLKA 3VEOA 1OH8A 4RW9A 4AQYK 4O4GA 2OPRA 2HMIA 4KI6A 3ZX2A 1KRPA 4IJAA 1TKTA 3IUCA 5AFUH 5AQZA 3SMPA 3UKUA 3ZT4A 4IO9L 4JI8K 2VQEK 2GWJA 3ZEUB 5AQTA 3QIPA 4DR3K 2BTFA 1NGGA 4M3UA 4FJMA 1VQ6N 2KHOA 3WUHA 2D0PA 2FSKA 3AA2A 3SBTA 4KTQA 4YORA 3EKSA 4FYDA 1YJNN 2HNZA 2P9PB 1NK8A 5HL7L 1SS6A 2FSNA 4EFHA 5FPDA 2AA4A 4FWKA 4CJKA 5HP1A 3LP1A 4NCAA 1KVCA 4DTUA 2PY5A 4BWJA 1IH7A 1HRHA 2HHHK 1TKDA 3PUFA 3CJBA 1BOTO 5AQOA 2F8SA 3DRPA 1QSLA 1VQ9N 4EIAA 4B1YB 1K6YA 2F8TA 2WBNA 4BVPA 5EU7A 4I9QA 3WEEB 5LMUK 5MLCQ 4LF9K 4KTWA 1QSYA 3VA3A 4LSLA 4DUYK 4KTZA 1S3XA 4AF1A 1U04A 3ZSVA 4M3TA 1KAYA 4J2DA 3MX5A 4CEZA 3WNGA 3GE1A 3TAPA 4FJJA 1HKCA 2OZMA 1C0MA 4NB4A 4WE1A 2YHBA 2WOMA 1D5AA 4O8KA 3KD5E 1QQNA 5BREA 4CJQA 1Y97A 2IGIA 4K0KK 1XHZA 3T1YK 5GIPA 1OH7A 4M3ZA 1I94K 2O8CB 4XIUA 4ZTJA 3LWLA 3VQAA 4A59A 1D9FA 4MDAA 4KHSA 4GKKK 1HKGA 4KFBA 4Y1DA 3VPZA 1JXBA 5CY4A 2IDOA 3QB0A 3LAKA 2QA4N 3UKRA 4DKWA 2HF4A 4H4MA 4PY5A 1HLUA 4DFMA 3CJ9A 1UWBA 3VGLA 4NXMK 5HROA 3DWLA 5KGXA 2RHKA 2Q0UA 3VMFB 4ILHA 1TL1A 3CQ8A 5GINA 1NK0A 4B1XB 4CZEA 3SQ1A 3K5MA 1J54A 4IOCL 2G8KA 1S1UA 2NRXA 2P9NB 3KZBA 3FZLA 4CFBA 1JLQA 4LY7A 4OPHA 4CF2A 1TK5A 4B9LA 1VSIA 2PYJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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