4AHSA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 60
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahsA00
3KLGA 1SUQA 4G1QA 3EZ5A 4B9VA 4CGJA 3OYDA 1U49A 3OYKA 4BE2A 1VSKA 4IKFA 4KPYA 4CJKA 3OYMA 1G15A 2OPQA 5KGXA 4Z0UA 1D9DA 3LP2A 1XHXA 1GOBA 4CEDA 1RCHA 4CIFA 2LSNA 3AO1A 4HUGA 4DFMA 1SL0A 4DTRA 3VQBA 1JLBA 3SJJA 4IG0A 3LPTA 3ALYA 3TI0A 3NGZA 3QEIA 2XY6A 3G10A 3OYAA 2ZD1A 2X78A 1BGXT 4I2QA 1IH7A 4DSJA 3CFOA 5KRTA 3NF6A 2KZMA 1RTHA 3SQ1A 4C8NA 3RMCA 4O0JA 1WAJA 3OS1A 3WNHA 5HRPA 1JLAA 4YNQA 4DU4A 3L2QA 4CHNA 3HT3A 3M8RA 3K57A 1ZYQA 4LH5A 4CEQA 2O4IA 3AVKA 1NJYA 1WSGA 4C8LA 3SYZA 3DYAA 4AHCA 1VSLA 4FM0A 4CJWA 1XWLA 3VQ7A 4JS4A 2EHGA 2HNDA 4CEZA 4LD0A 3NH1A 4ID1A 5EU7A 3RMAA 2DFEA 3TWHA 1SL2A 3P1GA 5DK5A 3KTQA 1TK5A 3OYFA 3O4NA 1TKDA 2OZMA 4DSEA 1JLQA 4B9UA 3CM5A 3B6PA 2RPIA 4BWMA 1TKTA 3QLHA 4CIGA 4M3TA 4FM2A 4OKKA 3AA2A 4KHQA 3HSTB 4CFAA 1WSJA 1WSHA 4ZTFA 3KD5E 1RT4A 1GOAA 4GVMA 4C8MA 4CF2A 4CJUA 2OZSA 1Z26A 4CHYA 2G8WA 4OGCA 3HO1A 4DSIA 2Z1HA 1JLCA 2XO7A 2I5JA 1C1AA 1RT3A 2DFHA 3OYNA 2BANA 4Z4CA 4DFKA 1IKYA 1BISA 4QOZB 2X6SA 4Z4FA 4Y1DA 3QERA 4OLBA 3QNNA 3HP9A 4AH9A 1KLNA 5HP1A 3AV9A 2XHBA 1RTJA 1UWBA 1C0MA 4CERA 4CJLA 5KI6A 4PY5A 4FJIA 4I7FA 3VQ8A 2YNGA 3SUOA 1NKEA 4HUEA 4J2AA 1S1XA 2VG6A 2QKKA 3LAKA 4CJTA 4O0IA 4W5QA 1ZBHA 1FXXA 2IDOA 1XC9A 4DS5A 4K8ZA 1S5JA 4FLYA 3DOKA 1NJZA 4NCAA 3HPOA 3RRGA 2WOMA 4CK1A 4F2SA 2YNFA 1NK4A 3I0SA 4MFBA 1QSLA 1U4BA 5J2QA 3SCXA 4FW1A 1RDDA 3NE6A 2OPSA 2FBXA 1LW0A 4FLUA 3ZSZA 1VSHA 4CHQA 2G8KA 1RNHA 1TGOA 3VA0A 1JKHA 4JS5A 4AILC 4CJFA 1J5OA 4MQ3A 3KLEA 3SQ0A 3AO5A 3DM2A 1EXQA 5CY4A 4CJ3A 2HNZA 4J2EA 4ELVA 4CJRA 3ZSRA 4CJQA 3I0RA 4CHPA 4DTOA 1IG9A 4FK2A 4N5SA 3WNEA 1WSFA 3OY9A 4W5TA 1WLJA 3VQ9A 3VQQA 1QQCA 4CF8A 3A2FA 3SQ2A 2A1RA 2F8SA 4HTUA 3O4QA 2OA8A 1JLFA 2KTQA 1YTAA 3CFRA 4FLZA 1L3UA 4Q0BA 1C1BA 5CZ2A 3QESA 3ZCMA 4E89A 5HRSA 4DS4A 4CGGA 4FJ9A 3LP0A 3LANA 1KFDA 3AVAA 3L3VA 4DSFA 4N56A 3UIQA 3DLEA 4KFBA 4HUFA 2HHVA 1KCFA 1YTUA 4B8CA 1BCMA 4O4GA 4K8XA 2PYJA 4JRQA 1F21A 4CEOA 3SPZA 4FJHA 4KTZA 4CFBA 3NHGA 1CZ9A 4CCHA 1J54A 3KLHA 3ISNC 3NH2A 1TK8A 2YKNA 1EETA 3ASMA 4CFCA 3AO2A 4BE0A 1KRPA 4E7JA 1S6QA 3BGRA 2JLEA 4CJPA 3PO5A 1XI1A 3QETA 4I2PA 1R0AA 1TKXA 4C8KA 2GV9A 2P51A 3OYCA 4DLEA 1L3VA 2DY4A 2IGIA 4OKEA 1QE1A 1VRTA 2Y1JA 2E6LA 2HVIA 3C6TA 3U6FA 4UQGA 4BWJA 3AVLA 1D8YA 4M42A 4DU3A 3V9SA 3SNNA 4ZHRA 3KLFA 2B4JA 2X74A 3QIPA 1JL2A 5C24A 1ASVA 4LY7A 4KHWA 4M3RA 3B6OA 1HRHA 4DLGA 2D0CA 4F8RA 4B9SA 3T3FA 4M3UA 4FK4A 2HHSA 1SV5A 4E1NA 4FLXA 1RT5A 4FLVA 3QEPA 2AJQA 3LPUA 1JLEA 1S1UA 1VK0A 5KGWA 3OS2A 1KFSA 3DLHA 4EZ6A 4I9QA 4RG8A 1JXEA 5FDLA 1LWFA 4CHZA 3P83D 1BI4A 1TVRA 1WNSA 4KAZA 2ZE2A 4ELTA 1S1TA 1QHTA 4O44A 3ZSOA 4F3OA 3F9KA 1BQNA 1Q9YA 4I9LA 3VN5A 1LV5A 1CLQA 3VQAA 1IKWA 3NGIA 4E7KA 5FROA 4WE1A 2KQ2A 4HCCA 1U45A 3HVRA 1NK7A 4IFYA 3DLGA 4DWIA 1HNIA 2B5JA 3OYJA 1RBRA 1T8EA 3OJUA 4E0DA 1VRUA 3RR7A 3NCIA 4M45A 4Z4EA 4DFJA 1YVUA 3KK1A 1RT7A 5JS2A 1Z25A 1A5VA 3NDKA 4FZXC 4FJ5A 3QNOA 2HHTA 2QKBA 2IAJA 5I3UA 4KI6A 3ZT1A 4DTNA 3SQ4A 1RT1A 1KVAA 2X6NA 4M3YA 2IS3A 1TL1A 1C0UA 1C0TA 3M8QA 4KRFA 1N5YA 3AVNA 2OYQA 2FBYA 1NJWA 5J2MA 4FJLA 4E1MA 3AVBA 4RW7A 3P5JA 1NK5A 2PY5A 4M3WA 1I3AA 3MEGA 1W9HA 4KKOA 3QINA 1JXBA 2FBVA 3OS0A 5KRSA 3TAGA 3ZSVA 3NH0A 4DQQA 1T7PA 1BI4B 1J53A 3NF7A 3ZT0A 1NKCA 4CIEA 4OPKA 3V1OA 4CFDA 1C6VA 4DTUA 4RW6A 2F8TA 3CG7A 3O3GA 4GMJB 3LZJA 3S3OA 3V4IA 1IO2A 3NF8A 1EX4A 4Z4HA 4Q5VA 4CEFA 3FFIA 3E01A 3VQ6A 4FJJA 4CGIA 1HQEA 3V9ZA 3V9UA 1MU2A 4RW4A 5D3GA 4Y1CA 1YT3A 1ITGA 3L8BA 4KHNA 2D0BA 3TR8A 5J2NA 1VSIA 4CGFA 3MXIA 2PZSA 5C42A 4J2BA 3HK2A 1CZBA 2YKMA 4F3TA 3DRPA 3OYHA 1UA1A 2G8FA 4FK0A 1NOYA 4KB1A 4AHVA 4KHYA 3V9XA 4FCYA 2HW3A 1D5AA 2RKIA 3D45A 3LDSA 3QEVA 1NK0A 3LWMA 2D0AA 1X9WA 4CF9A 4CECA 5FRMA 1VSEA 3C94A 4DQRA 4FJNA 1HYZA 1RT6A 3AO3A 4ICLA 4NYNA 4PA1A 4KO0A 3V1QA 4BDYA 5DMRA 3ZT2A 4XIUA 3IS9A 1TK0A 3VA3A 3VQ4A 1ZBUA 3DMJA 3PV8A 1HQUA 1HYVA 4H4OA 1NK8A 5J2PA 4AHTA 3OYBA 4H8KA 1HNVA 1S9GA 3U3YA 2G8UA 2P5GA 1I39A 1A5WA 3DI6A 1U47A 4TSXA 4LH4A 4CEAA 2VWJA 1EP4A 1SKRA 2XY7A 1RTDA 4DQPA 3OJSA 4CJVA 3CM6A 3KK2A 2KFZA 4OJRA 4CJ5A 3PX0A 3K59A 3AA5X 4W5RA 1BCOA 1REVA 3AO4A 1S1WA 4JLHA 1QTMA 4DTMA 4DF4A 4B3OA 1ZBFA 3HL8A 5HBMA 4KI4A 4O55A 4ELUA 4CK3A 4PWDA 3VQEA 4M3XA 4DTSA 4QAGA 1HYSA 2HHQA 2KZZA 2O4GA 3LP1A 4W5OA 3L2RA 1WAFA 5FRNA 4B08A 3WNGA 1KVBA 3CQ8A 4FJMA 3K5OA 4E7IA 1SKWA 2ZQBA 2G8VA 3TABA 1RDBA 3ZSWA 4NCBA 4PQUA 2Y1IA 2HMIA 1CXQA 1KTQA 3LZIA 4HVJA 3KKSA 3NBPA 5CYMA 2WONA 4F4KA 5HROA 2YNHA 5KTQA 1RBSA 3SI6A 1NK6A 2QK9A 4GW6A 1Q8IA 3HYFA 4YFUA 1QSSA 5CZ1A 1JLGA 3AA4A 5K14A 4CEEA 1B9DA 4AHRA 5SZTA 3D0PA 3V81A 1UA0A 4CJ4A 1ZBIA 4FZYA 3IAYA 4OLAA 4CJEA 2Q3SA 3OVNA 2Z1JA 2ATQA 4CJSA 3DLBA 4HCBA 3MXJA 2G8HA 4N41A 4OPJA 3LALA 3AVMA 5C25A 1BIUA 3H08A 4KTWA 1TAQA 3TANA 3TAEA 1J9AA 1LAWA 2HNYA 3C6UA 1UAXA 3K5LA 3RWUA 3OYGA 1RTIA 1UOCA 1K6YA 2RF2A 4E19A 4KTQA 1DTQA 1TL3A 3VQDA 3AVFA 3PUFA 4CGDA 4E7LA 3PY8A 4B8AB 3EYZA 2EX3A 3TAFA 2PYLA 4DTPA 4KHSA 3WNFA 2NUBA 3KKRA 1JL1A 3S3MA 1RDAA 4HHTA 1SKSA 1KVCA 3MAQA 4O5BA 2YNIA 5HRNA 2QXFA 3K5NA 4DQIA 4H4MA 2HHXA 3AA3A 3PX4A 3TAQA 4FJ7A 3PO4A 3QO9A 1NOZA 4FLTA 3ITHA 2E4LA 3M8SA 1NK9A 3KIOA 1L3SA 3KJVA 2VWKA 3L2WA 4CESA 3L2VA 2G8IA 2Z1IA 5HRRA 4RW8A 1IKXA 1FKOA 1NKBA 1VSMA 4B9TA 2JGUA 3LAMA 4DTXA 4FJKA 2W42A 3S9HA 4B9NA 3HPGA 4KREA 2XY5A 4E3SA 4JRPA 1ASWA 2BGGA 1GOCA 1TKZA 2YHAA 3AVGA 1NJXA 4CHOA 1Q9XA 4FJXA 3EY1A 3SUPA 3ZSXA 4J2DA 4OVLA 4BACA 3AVCA 3TARA 4CF1A 4B9MA 3HJFA 3SV3A 4LSNA 4DQSA 5I42A 3AVHA 1CXUA 4FJ8A 1S1VA 2GUIA 2YHBA 1C1CA 1W0HA 2BE2A 2RN2A 4ID5A 3V6DA 5T7BA 1SL1A 4N76A 2YV0X 2ITGA 4BDZA 4R5PA 3MEEA 3DLRA 3ZT3A 3RRHA 2E6MA 1S6PA 4L8RB 4NYFA 3SUQA 3DLKA 3C95A 4AHSA 3QIOA 5CYQA 4B9LA 1X9SA 4CEBA 1KLMA 1B92A 1VSDA 3MEDA 3K58A 3ULDA 4BE1A 3RMBA 3HXMA 3G0ZA 3KLIA 2HVHA 1XHZA 2FBTA 1N6QA 1TAUA 1QSYA 2A1SA 4CK2A 3BDPA 3AVIA 3T19A 1T03A 1LW2A 1S9EA 3QEXA 3LWLA 3ZSYA 3RMDA 1IKVA 3T1AA 3LP3A 4FXDA 1X9MA 3JSMA 5SWMA 1DLOA 1RT2A 3I8DA 4F2RA 3CYMA 2FC0A 1RBTA 2Z1GA 3SPYA 3VQCA 1LWCA 3ZSQA 4FYDA 2XY8A 4DMNA 4DF8A 4N47A 1ZBLA 4KHUA 1DTTA 1KSPA 2DTUA 2R7YA 1O1WA 1HPZA 1VSJA 1WN7A 3KK3A 1RBUA 3OYIA 2IOCA 2P1JA 3RR8A 2GBZA 3OYLA 5HLFA 2OPPA 4IDKA 1TV6A 3TAMA 4FW2A 4DSKA 4QCLA 2KFNA 3HP6A 2XRIA 4EP5A 1HMVA 3ZT4A 3QEWA 1EKEA 1BHLA 4M3ZA 3IG1A 3L3UA 3OYEA 1RILA 4DSLA 4EZ9A 1X1PA 2HB5A 2OPRA 3DRSA 5J1EA 4DTJA 1L3TA 1D9FA 1LAVA 4IBNA 3NGYA 3K5MA 3KD1E 3DOLA 3F73A 3VQ5A 1BL3A 1QS4A 1T05A 4IG3A 3NAEA 3NF9A 3TAPA 2P5OA 4Z4IA 3HVTA 4EP4A 1FKPA 4KV8A 3K2PA 1WSIA 2HHUA 4FZZA 4LSLA 3V9WA 1WSEA 3NFAA 4PUOA 1BIZA 2VG7A 4NCGA 3MECA 3IRXA 3VQPA 3O3FA 4FJGA 2DFFA 4IFVA 4AHUA 1U04A 2KW4A 4OKJA 1ASUA 4FVMA 4DG1A 3O3HA 3SZ2A 1LWEA 3THVA 3DRRA 4FM1A 1Y97A 3HPHA 2D5RA 3M8PA 3S3NA 1RBVA 1RDCA 2ETJA 1HJRA 1A5XA 1BQMA 2B6AA 4M41A 3RTVA 3SV4A 4KB0A 4OGEA 4RW9A 3AVJA 4BDPA 3V1RA 5JS1A 3U3GA 3CFPA 4DFPA 4FLWA 2F96A 3PX6A 4CE9A 2HHWA 2BDPA 3L2UA 4CF0A 3MXMA 1U48A 3HM9A 4Z4GA 4C8OA 4CGHA 1L5UA 1FK9A 4E7HA 4ZTJA 2IC3A 2VG5A 3SUNA 4DU1A 1VSFA 4W5NA 3JYTA 5E41A 1B9FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EZ5A 4CGJA 3OYDA 1U49A 1VSKA 4BC4A 1G15A 5KGXA 4Z0UA 3A5OC 1OH7A 4CIFA 4DFMA 4HUGA 1NGFA 2QWNA 1NM1A 3QEIA 3CFOA 5KRTA 4B9QA 4YNQA 1YHQN 4CHNA 3HT3A 3M8RA 2IVNA 4YOVA 4CEQA 1WSGA 2HBMA 3DYAA 1VSLA 2Q0UA 2Q0RA 2HNDA 1N32K 3NH1A 1K9MO 2DFEA 1SL2A 4CW7B 4JHDA 3O4WA 1TKTA 3QLHA 4CIGA 1K73O 4M3TA 4KHQA 3AA2A 3HSTB 1WSJA 1WSHA 4ZTFA 1IBKK 1NGAA 3ENBA 4B3RK 3CCSN 4CF2A 3D2FA 4C8MA 4CJUA 3VTHA 2F4VK 2P9NA 3VETA 4BRPA 4DSIA 1JLCA 2XO7A 4XH5A 4Z4CA 4MO4A 4I6MB 3C7NA 4Z4FA 4JKFA 4Y1DA 4JD2B 3CCLN 4PKHA 1UWBA 1C0MA 3EL2A 3HM8A 4CJLA 4IDHA 2CGLA 4DR5K 2O8EA 3VQ8A 2VG6A 4H0OA 2D0OA 1HNWK 4YOWA 1P8ZA 2IDOA 4DS5A 1VQ6N 2HBJA 1NJZA 4CD3A 4NCAA 1Z05A 2WOMA 2DPNA 3W3DA 5TKWA 1HKGA 4MFBA 2FF3B 5EXWA 4YOTA 1VQ8N 1QSLA 5J2QA 3G4SN 3NE6A 3CC2N 3MN7A 4BRDA 1TGOA 3WXIA 4CJFA 4H5VA 4DR1K 1QVFM 3DM2A 1U2VB 2H3GX 3I0RA 4KH4A 3WXJA 4DV3K 4FK2A 3M6GA 3O8MA 1WLJA 3OBYA 3VQ9A 3A2FA 4HTUA 1JCEA 3EE9A 3CFRA 1L3UA 3QESA 3ZCMA 4DS4A 1QHAA 5AQWA 3SLCA 1N33K 3AVAA 3UIQA 3DLEA 3L4IA 4KFBA 4HUFA 4B8CA 1BCMA 1F21A 4JK7A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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