3LDPA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with small molecule inhibitor
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 117
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldpA04
1E4FT 4BG9A 5JLFA 2P9PB 4IZ9A 3F9MA 2DPNA 3UKRA 5AFUH 1EQYA 2YHWA 4MLHA 2GWKA 1DGKN 3EN9A 3VF6A 4I6MB 3UB5A 3A0IX 2QWQA 4DCHA 4BRAA 3MMVA 1BU6O 3FZMA 2Q0UA 3VPZA 4BRHA 5BRHA 2QWPA 1GLLO 3R6MA 3GOIA 4EHTA 3O4WA 3SK3A 4QS8A 5EX5A 4CZIA 4CI6A 3MK6A 3HI0A 4Z94A 3ULEA 3LDNA 1OKJA 2AA4A 1SQKA 3AY9A 4BRIA 1HX1A 4WQ4A 4YDUC 1C0FA 4B1UB 1GLAG 3DXMA 2VCPA 4B1XB 3FE1A 4WQ5A 2V7YA 4FWKA 3TU5A 3VF4A 1BA1A 4BQZA 4HWIA 3SMSA 3KZBA 4H0PA 5ADXH 3VENA 5AQVA 5BN9A 3ZX0A 4BG8A 1ATNA 3HM8A 2P9SB 4BVOA 5AFUA 3JS6A 1NWKA 3DXKB 5AQXA 3FFKB 4BGAA 5BRFA 3VGKA 3WXKA 1H1VA 2P9IA 1HPMA 2QXLA 5AR0A 3LL3A 3U9DA 3L4IA 1QZ5A 2GWJA 1MWKA 3WUHA 1GLEG 1S22A 2CH5A 3FR0A 5AQFA 4ISGA 3CJ9A 3QICA 1NMDA 3EZWA 4PKGA 4EAHD 5AQLA 2QWOA 1BDGA 1D4XA 1HUXA 3BUZB 3UKRB 2FF6A 2YHXA 3H1QA 4FWLA 3JXUA 1QQNA 3IMXA 2E8AA 3ATVA 3KHYA 1TYQA 1WUAA 4CJ7A 3GE1A 4CZLA 3BEXA 2PAVA 3VF2A 4A61A 2A5XA 4IJAA 2QWLA 3LDPA 1BWFO 2IVNA 3R8EA 5ADXA 4FSVA 4MO5A 4QS7A 4H5WA 1ZBSA 4IWVA 3RSEB 2A41A 1YVNA 3SMPA 2GTDA 3VEWA 3LM2A 4K42A 4BC3A 2PBDA 1CZAN 1WOQA 4BRPA 3VGLA 4E1JA 1XUPO 5BPLA 3CJBA 4WQ5C 4H5NA 2Q2RA 2NRHA 2FSNA 3I33A 5AQRA 1C0GA 3ID8A 3ULEB 4BRKA 4EFHA 2VWBA 4BQLA 1GLJO 4JAXA 4BRGA 2P9NA 4YDUA 4EIAA 1ZC6A 1X3MA 1X9JA 4H0TB 3H3OB 2A40A 3WEEA 1JCFA 3FZFA 4H03B 3VEVA 3DJCA 3DWLA 4BRCA 3WT0A 2V7ZA 1NGBA 3J8AA 4BROA 5AQUA 3HZ6A 5F0XA 4FOEA 5AQNA 3QB0A 1NBWA 2E1ZA 5KQ8A 4PKHA 2FSJA 3CHWA 1TUYA 2P9IB 4XH1A 4IO8A 1IJJA 1NGAA 3BP8A 4B1YB 2QWMA 3P4IA 1Z05A 4B1VA 4H5VA 3R9PA 1YAGA 2D0OA 1T44A 3ZEUA 3B8AX 2E1YA 1Z6RA 1XC3A 1NGFA 1NM1A 2I7PA 2YJEA 1Y64A 4BR0A 4MLEA 3UKUA 3ENHA 2CGLA 3IDHA 3MN9A 1NGJA 4BRLA 3MDQA 2WUSA 4ISFA 4A2AA 5ELZA 5BREA 4FPAA 1TYQB 1DEJA 1RFQA 4Y0WA 3VOVA 3HTVA 2D4WA 2F9WA 1NLVA 4BR9A 4FWQA 2ZGYA 2V52B 4RTFD 3C7NA 4ISEA 4DHYA 2Q36A 3VETA 2I7NA 3WXJA 3ATUA 3A5NC 4IJNA 3D2FA 3CJ1A 3O5BA 2ZF5O 3H3NO 2A6AA 5JLHA 4BC2A 3D2EA 2YI1A 2QWRA 3IFRA 1BA0A 1U2VA 5EOYA 2E88A 2ASMA 3FZLA 4PL7A 2P9UA 4JN4A 5CE3A 1U6ZA 2QW9A 3AARA 3CETA 2IVOA 2YCHA 3CIPA 3FZHA 5LJWA 3MN6A 4H5RA 5KPRA 3CQXA 4WYBA 1BG3A 3HBTA 4DQ8A 2Q0RA 3CERA 1DKGD 1GLFO 3L0QA 2E20A 3L6QA 4O5FA 5AQPA 4BGBA 5EY4A 2A3ZA 4BR4A 4M7XA 4BRDA 1HKCA 3S41A 4K41A 1P8ZA 1HKGA 3O1WA 4A62A 2BUPA 2BTFA 3KVGA 3QFPA 5FPNA 4BC4A 3AAQA 3ZEUB 1SAZA 5KQDA 1JCGA 3O8MA 3D7EO 4BC5A 4AM6A 1KAYA 3FLCO 4NO7A 5AQKA 4QS9A 2P9KA 2OANA 4FWRA 5AQOA 2P9LA 3VGMA 4BRMA 2HOEA 4B1ZA 5E84A 1NGCA 3EO3A 4FL9A 3SLCA 1YXQA 1GLCG 1V4TA 1MWMA 1QHAA 4BRNA 3C0BA 3C7NB 4M63C 4PKIA 2NLXA 4GNIA 5E26A 3LDOA 3O08A 4MO4A 3W0LA 3SJHA 3D2FB 1K8KA 1LCUA 5FPMA 4JD2A 3DXMB 3M3ZA 2IVPA 4CD1A 4H0VB 3CI5A 4K43A 3ZETA 2D0PA 2H3GX 5BN8A 5EXWA 1U2VB 2FF3B 5AZJA 5AQQA 2AP1A 3O6WA 4FPBA 1BOTO 1QZ6A 1T6CA 4FWSA 3CJ7A 3VESA 5JICA 5EVZA 2FXUA 5TKYA 3M1FA 3H6EA 4NB4A 4C23A 4FO0A 3H45C 2YHYA 5F2RA 2CH6A 2W41A 5AQJA 3VEYA 4L3QA 1HLUA 5BPMA 5AQWA 2IIRA 2GUPA 3WXLA 1S3XA 5KPTA 3BF3A 2QM1A 3GDQA 4FOIA 3A5OC 1NGHA 4DB3A 1HKBA 1GLDG 4BR5A 2HF3A 2A42A 3BF1A 2FSKA 2V51B 3GL1A 4CD3A 2UYTA 4K25A 1MDUB 2Q31A 3CJCA 2GEMA 2J4RA 5AZIA 2ASPA 2F9TA 1X3NA 2D1KA 4FWOA 3U9ZA 4H5TA 2W40A 1IG8A 1TUUA 2P9KB 2P9LB 4CBXA 2EWSA 1QQOA 1KXPA 4J8FA 2CGJA 4O8KA 1NGDA 4HTLA 4H0XB 3MN5A 1E4GT 4JHDA 2ASOA 4LC9B 4XEIA 4CZHA 3WQUA 5I9EB 5BPNA 4FWPA 2VYPA 3RSEA 3M6GA 1NGEA 1G99A 3LDQA 1GLBG 2Q97A 2P9NB 1K8KB 4JD2B 5F1XA 1MA9B 2E2OA 1Q18A 5AQGA 2YJFA 3ZETB 1QQMA 4B9QA 4JNEA 4RWTA 3UE5A 5FPDA 1JCEA 5AZJB 3WEEB 4F9OA 3AAPA 5AQYA 3TPQA 3LM9A 4XH5A 4CZFA 4XH4A 5LY3A 3MN7A 3O80A 2ITMA 3QMLA 3IUCA 3O1BA 4BR2A 1SZ2A 3H1VX 3VEXA 4RCHA 3HSCA 4FWNA 3WXIA 4A2BA 5KPZA 5AQHA 5AQMA 1KAXA 2GELA 4GY2B 4EHUA 3EKSA 3ZX2A 5AQIA 3QFUA 1KAZA 2CGKA 3I8BA 5B8HA 1YUWA 3UKUB 1BO5O 5AQTA 2P9PA 4CBUA 4IXCA 1NGGA 1RGIA 3OHRA 4PL8A 2ZWHA 2KHOA 3DAWA 3ZX3A 5AZIB 1NGIA 2HF4A 3FGUA 4CZJA 4I6MA 1XQSC 1LOTB 2FLOA 3CJAA 2E2QA 3U4LA 3EKUA 2E2PA 3A5LC 1V4SA 3WQTA 1ZXOA 3FZKA 1BUPA 3LDLA 4CBWA 5BR9A 4KBOA 4BRFA 4JHDB 5AQSA 3ENOA 1ESVA 4M7YA 3W3DA 4CZEA 3GBTA 3QBXA 3D2EB 3H46O 4BRQA 4B1WB 2P9UB 3EL2A 4WQ4C 5BRDA 1T6DA 2HMPA 3A5MC 1HJOA 1R59O 5FPEA 4H0OA 3CQYA 4FWMA 5AQZA 2NZTA 3A8YA 1RDWX 3G25A 4BVPA 2P9SA 2ZGZA 1ATSA 3GG4A 2QWNA 3DXKA 4CZGA 4H0YB 4AM7A 4BR7A 2Q1NA 2E2NA 3QBWA 3VEZA 3VERA 4CZMA 3U8XA 5LJVA 3VEOA 4CZKA 4BREA 3QDKA 1J6ZA 3MCPA 1ATRA 5JMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJFA 3SQ1A 3K9KA 1VSJA 3U3YA 5JLFA 1EWQA 2NRVA 2JWKA 3UKRA 3N4QA 2O8DA 4MLHA 4CEDA 1I3AA 1VSLA 5JS1A 2LJ7A 3M8RA 1VSIA 3A0IX 3E01A 3IRXA 2YHAA 4DCHA 4W5TA 4BRAA 4JI0K 5C25A 4IG0A 2HHQA 3K57A 1NMNA 2GUIA 4FJ7A 5JENA 3DRPA 3QERA 1HPZA 1Q8IA 2G8FA 2NRTA 4E7LA 5EX5A 3AO5A 2E3GA 4CI6A 3HO1A 2G8IA 4DV7K 3LDNA 1K6YA 1OKJA 2AA4A 2RF2A 4BRIA 4CGFA 3TAPA 1VQ4N 3SYZA 4DFMA 1NK9A 3OS2A 3KZBA 4H0PA 4EZ9A 3ZX0A 1ATNA 3HM8A 3AVKA 2RPIA 4WCEL 1TV6A 3T1YK 2P9SB 1HJRA 2QK9A 5AFUA 3FFKB 4FYDA 4KAZA 4B9UA 4JV5K 1H1VA 4CJRA 1QVFM 1HPMA 5AR0A 3KP1A 2QKBA 2ZD1A 4DQQA 1QZ5A 1OVQA 2UUBK 1S22A 4BEBA 2O4IA 3P1GA 5AQFA 4ISGA 3DRRA 1YTUA 3TSQA 3QEPA 3EZWA 4FM1A 4PKGA 2HHHK 4EAHD 3I55N 5M1FA 3SPZA 2QWOA 1D4XA 1BQNA 2O4GA 2FF6A 2VG7A 3UKRB 3SUQA 4Z4EA 2O8DB 4J2DA 4KI4A 1T7AA 3IMXA 1RBVA 1WUAA 4CJ7A 3SAGA 1D9FA 3BEXA 3LDSA 4CF8A 2QWLA 3R8EA 5ADXA 4WFBL 3SUPA 2E6MA 2E5LK 3QIPA 1RTJA 3AV9A 4CF9A 2LSNA 4KH4A 1HNWK 5BPLA 3KWIA 3ZT2A 2NRHA 1RBTA 4L8RB 4LD0A 4PQUA 2HHTA 3SI6A 4CCHA 2HW3A 3O4NA 1GLJO 4B8CA 2F8SA 4JYAK 2D56A 2YIPA 1XHZA 2HNYA 3VA0A 4JI5K 2KBHA 5D3GA 3ZLJA 5FROA 1X9JA 4O5BA 1Q9XA 4ELUA 3RRHA 3ID6A 1I2VA 3VEVA 2Z1GA 4CIFA 4FVUA 4CVNE 2V7ZA 1NGBA 3J8AA 2O8EA 3HZ6A 2B5JA 4OLBA 4FJLA 4JKDA 4PKHA 2GL1A 1A5WA 2FSJA 1TUYA 4LF8K 3IG1A 4IO8A 1IJJA 5KTQA 2QWMA 3P4IA 3EY1A 3SV4A 1LW2A 3ZEUA 2E1YA 3C65A 3HXMA 2I7PA 2YJEA 3O3GA 1REVA 1LWEA 4B9SA 3KTQA 2UU9K 3MN9A 1NGJA 2DFFA 3TAQA 5I42A 2HBMA 2NRRA 1QHTA 3KKRA 5BREA 3SF4D 1ZBHA 3VTHA 1RFQA 1S9EA 3HTVA 5BR8K 2MBKA 1CLQA 4BECA 4NCGA 4FXDA 4HCBA 3HK2A 1UAXA 2PYJA 2V52B 3ULDA 4RTFD 3VN5A 4M3YA 3O9RA 2Q36A 1NPIA 4F3OA 1T8EA 3A5NC 3D2FA 4DU1A 4IFVA 2UUAK 3H3NO 4LF4K 1X9WA 4PL7A 5CE3A 3LP0A 1U6ZA 4M45A 4DU3A 2QW9A 2KBJA 1J53A 4CJLA 2B6AA 3TTFA 1HRHA 4FK4A 1JZBA 1K9MO 5KPRA 1S1TA 2OPPA 4QAGA 1OH5A 2O8EB 3AA4A 5C24A 4C8OA 1P90A 4C8LA 3L6QA 1ZYWA 1RDAA 5M1KA 1QVGM 1J5EK 1N4NA 4KV8A 1J54A 4KH6A 1XNQK 1BCOA 5LMNK 3NF7A 4FJMA 3S41A 2YNIA 1HKGA 4FLWA 3QFPA 5FPNA 3ZEUB 3G4SN 4OPJA 2ZJQL 4FW2A 3D7EO 1OH7A 3VQAA 4CGJA 1RDCA 4CHPA 4ZTJA 1RT7A 3NAEA 1KAYA 3FLCO 4DUYK 1BI4A 3E7RL 1A5VA 1T03A 3NE6A 2HOEA 3J7AP 3OJUA 5E84A 4O8UA 5HRSA 1FKOA 1NJXA 4KTZA 1DQ7A 4FL9A 1XHXA 4DR5K 2YHBA 3ISNC 3OYJA 4HUFA 4M3WA 2FC0A 1V4TA 4X62K 4ICLA 4BRNA 3C0BA 1TKDA 4DQPA 3I8DA 2JWLA 1SN4A 3W0LA 3D2FB 4C8NA 3DXMB 4CD1A 2IVPA 4H0VB 1BCGA 3CCJN 2D0PA 2H3GX 3PO5A 5EXWA 4E3SA 1C1BA 4DWIA 2B4JA 2E4LA 4JI4K 4Z4GA 4Z4FA 3H6EA 4NB4A 2YHYA 2R7YA 4CK1A 2B3CA 3VEYA 4L3QA 3D45A 5BPMA 2IIRA 4KB1A 1S1WA 1S3XA 2OYQA 4DMNA 2QM1A 4NLCA 3AVCA 1VSMA 2KSKA 2GX9A 3E9PA 2EHGA 1GLDG 1GPSA 1W9HA 2A42A 2V51B 3GL1A 2FBYA 1DTTA 5CYQA 4CQKA 2Q31A 4KHSA 3DLGA 3L2UA 2N2RA 1RBUA 3C6AA 3O3FA 5JVHL 4N47A 2F96A 5KGWA 3U9ZA 3V81A 3ITHA 1BI4B 1TKTA 1FH3A 2EWSA 1VQPN 2YBRC 4KRFA 3E1YA 3G10A 5FDLA 4JHDA 1MR4A 3L3VA 2OZSA 2P5OA 3TAMA 2KJAA 4CZHA 1M90O 3WQUA 3CYMA 3M6GA 1NGEA 4CEAA 1ITGA 2NY9X 4CJPA 1WSHA 4Z4CA 4AHVA 1JCEA 3WEEB 4W5OA 3KLGA 4F9OA 3OVNA 1VSHA 4DTUA 5LY3A 2HB5A 4BE1A 4B3MK 2ITMA 4FZZA 4M3ZA 1KC8O 3QEWA 1NKCA 3O1BA 3VQEA 4RCHA 4FLUA 3JYTA 1KVAA 4NLBA 3WXIA 4A2BA 3QNNA 5AQMA 2HVIA 4GY2B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CJF A;  3SQ1 A;  3K9K A;  1VSJ A;  3U3Y A;  5JLF A;  1EWQ A;  2NRV A;  2JWK A;  3UKR A;  3N4Q A;  2O8D A;  4MLH A;  4CED A;  1I3A A;  1VSL A;  5JS1 A;  2LJ7 A;  3M8R A;  1VSI A;  3A0I X;  3E01 A;  3IRX A;  2YHA A;  4DCH A;  4W5T A;  4BRA A;  4JI0 K;  5C25 A;  4IG0 A;  2HHQ A;  3K57 A;  1NMN A;  2GUI A;  4FJ7 A;  5JEN A;  3DRP A;  3QER A;  1HPZ A;  1Q8I A;  2G8F A;  2NRT A;  4E7L A;  5EX5 A;  3AO5 A;  2E3G A;  4CI6 A;  3HO1 A;  2G8I A;  4DV7 K;  3LDN A;  1K6Y A;  1OKJ A;  2AA4 A;  2RF2 A;  4BRI A;  4CGF A;  3TAP A;  1VQ4 N;  3SYZ A;  4DFM A;  1NK9 A;  3OS2 A;  3KZB A;  4H0P A;  4EZ9 A;  3ZX0 A;  1ATN A;  3HM8 A;  3AVK A;  2RPI A;  4WCE L;  1TV6 A;  3T1Y K;  2P9S B;  1HJR A;  2QK9 A;  5AFU A;  3FFK B;  4FYD A;  4KAZ A;  4B9U A;  4JV5 K;  1H1V A;  4CJR A;  1QVF M;  1HPM A;  5AR0 A;  3KP1 A;  2QKB A;  2ZD1 A;  4DQQ A;  1QZ5 A;  1OVQ A;  2UUB K;  1S22 A;  4BEB A;  2O4I A;  3P1G A;  5AQF A;  4ISG A;  3DRR A;  1YTU A;  3TSQ A;  3QEP A;  3EZW A;  4FM1 A;  4PKG A;  2HHH K;  4EAH D;  3I55 N;  5M1F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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