1RDAA

Crystal structures of ribonuclease hi active site mutants from escherichia coli
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTNGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Crystal structures of ribonuclease HI active site mutants from Escherichia coli.
pubmed rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 50
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rdaA00
1NJWA 2VWJA 1JLFA 3AO5A 3OS0A 4DU3A 3NF8A 3V4IA 3AVLA 1TL3A 4Q5VA 4CK2A 3AVCA 2G8UA 3S3NA 3OYGA 1U48A 1KRPA 4F3OA 4DLEA 1X9WA 1TK5A 1F21A 2FC0A 1ITGA 1RDCA 4BACA 1CXQA 3LWMA 1N5YA 3F9KA 2HNYA 3LAMA 4DTUA 4B9VA 4DTPA 2R7YA 1GOBA 4CFDA 4BWJA 4F8RA 5HBMA 1XI1A 1EETA 3VQ9A 4IG0A 4EZ6A 3P1GA 3AA4A 1RT3A 2X74A 3M8SA 5C42A 2G8KA 4DQPA 1CXUA 4O0IA 4Z0UA 3OYEA 1WAJA 4BE2A 4DQQA 4K8XA 4LSLA 1NK0A 4DQSA 4Z4EA 3SQ0A 3V9XA 2EHGA 4HHTA 4FXDA 3DLEA 4CJUA 2HB5A 1Q9XA 3AVJA 4B8CA 3TABA 2ZD1A 1IO2A 2X78A 4CHZA 3LP3A 1HQUA 1JLBA 4PY5A 1GOCA 1Y97A 1JLGA 1WSEA 1HQEA 4O0JA 3QERA 4F3TA 4DSJA 4KHUA 4IFVA 1A5VA 3S3OA 3L8BA 1U45A 2YNHA 3OVNA 3HT3A 1B9DA 1IKVA 1W9HA 4NYFA 4CHNA 4E3SA 3OYHA 2E6LA 4FCYA 4CJEA 4OKKA 3P5JA 4CJWA 3NAEA 3AVHA 4C8KA 1B9FA 1QS4A 1EXQA 3ZT2A 3QEXA 3NF6A 4FJIA 4C8NA 3NGIA 4DTJA 2YHAA 3OY9A 4W5OA 1ZBIA 3HK2A 1VSFA 3C94A 3HM9A 2P5OA 3K5MA 3MEDA 4KAZA 3SQ2A 2HHUA 1BL3A 1JXBA 2A1SA 3OYDA 1BIUA 1XWLA 3IG1A 3KK1A 5J2MA 4W5QA 4DTRA 3KKSA 4ZTJA 4EZ9A 2RKIA 2OZMA 4C8OA 2KZMA 3G0ZA 4AHCA 3A2FA 3KLFA 1RBTA 4CEOA 4FK2A 4M3ZA 1TGOA 3TAEA 1WSGA 3K57A 2OA8A 3ZT3A 3O3FA 3AO4A 1FXXA 4DU1A 3SUNA 2GUIA 5K14A 3LZJA 3I0RA 3ZT0A 3CYMA 5HROA 1NK6A 4M42A 4N56A 1S1XA 2DFFA 4JRQA 1SL0A 4FJMA 2HVIA 2ETJA 4OJRA 4FW1A 4FK0A 2PYJA 3ISNC 5CZ2A 3I8DA 4CEAA 4HVJA 3PX4A 4B9LA 1KFDA 1KVAA 2FBYA 1U4BA 4DWIA 1RBRA 4FM1A 3ALYA 4YFUA 1WNSA 4C8LA 3O3GA 4B9MA 5SZTA 1JXEA 4CF1A 2QKBA 3CFOA 5EU7A 1RBVA 3QNNA 1HYSA 4NCAA 4XIUA 4RG8A 3KLIA 3DLHA 3UIQA 2HHVA 4DFPA 4RW4A 2OPQA 3OYKA 3ZSVA 4W5TA 4BDYA 4LSNA 4CEQA 1S1WA 1EX4A 3HL8A 3VA0A 3HPGA 4DS4A 3V1OA 3CG7A 1UWBA 4FVMA 4ELVA 3AV9A 1RT1A 2D5RA 3DOKA 3O4QA 3KLHA 3V1RA 2G8HA 4AHRA 4FK4A 2IAJA 3E01A 3HXMA 2YKMA 3DRSA 2YV0X 3QEWA 5CYQA 4K8ZA 1RTHA 2XY6A 1KVCA 3WNFA 1VSLA 1TKTA 4CJ4A 3RRHA 1L5UA 3LDSA 3KD1E 4HUFA 3ZSXA 4DFMA 3MXJA 1Z25A 4LH4A 1NK5A 4FJLA 2XY5A 4MQ3A 4E7JA 1J9AA 2WOMA 5HRNA 3M8QA 1NJXA 1LV5A 4CIFA 3L2UA 2XY7A 4KHWA 4M41A 3KTQA 4M3XA 4Z4CA 4E7IA 3PO4A 3T1AA 3RTVA 4DSEA 1J53A 4CJ5A 1VSMA 1YTUA 3QETA 1TAQA 3D0PA 3DRRA 1L3SA 1LWEA 1S5JA 2LSNA 1XHXA 3NFAA 2HNZA 1MU2A 1SV5A 3ZT1A 3HSTB 1LWCA 2Q3SA 3LAKA 3QNOA 1LW2A 3KK3A 4CK3A 3SUQA 1A5WA 1U47A 4Z4GA 3OYAA 3L2QA 4DSLA 2P51A 1TV6A 1S6PA 3O4NA 1KSPA 1BISA 1KLNA 4ZTFA 2YNIA 4KTWA 4DF8A 4CHPA 2HHSA 1LWFA 1RT2A 4CFAA 3SCXA 2YNFA 1IKYA 2Z1HA 3NH2A 3VQAA 1KFSA 2PYLA 3O3HA 5KRSA 1WLJA 4NCBA 2FBXA 1RDBA 4AHTA 3SUOA 4I2QA 4KHYA 3ZSRA 3C95A 5J2NA 1UAXA 4CGGA 1C0UA 3ZCMA 5HP1A 4CJSA 3L2RA 2OPSA 4M3UA 3LP2A 3OS2A 3MAQA 2D0CA 1UA0A 1RDAA 2KQ2A 3KJVA 4GVMA 4AILC 4JLHA 4E7HA 3TI0A 3NGZA 1R0AA 4FZYA 1BI4B 2XY8A 1WSJA 2YNGA 3AVKA 4FM2A 1RTIA 3VQ4A 3V9ZA 1G15A 2GV9A 1NKEA 4Z4IA 3D45A 4CIGA 3IAYA 4O55A 4FZXC 5DMRA 2VG7A 1SKWA 1D9DA 4KPYA 3TR8A 1JKHA 1SUQA 3AO1A 4PWDA 2VG5A 3AA3A 2GBZA 2X6NA 2B4JA 5KRTA 3VQEA 3HVRA 3QEVA 4TSXA 4IFYA 3NH1A 2IOCA 1UA1A 5D3GA 3TAPA 1IKWA 1JL1A 1WSIA 3ZSWA 3KLEA 4KKOA 4FM0A 4G1QA 4BE1A 3AA5X 4O4GA 3RMCA 4J2DA 3NH0A 3SQ1A 4O44A 5J2QA 2ZE2A 1TKXA 1C1CA 3QESA 3G10A 1S9EA 3ULDA 4DTXA 3OYCA 3K5LA 4CESA 1WSHA 5DK5A 4YNQA 1JLCA 4IG3A 4DMNA 1W0HA 2ITGA 4J2EA 3PX0A 2ZQBA 4N5SA 1XC9A 3FFIA 3LWLA 4I7FA 4AHSA 3VQ7A 2Z1IA 4CJKA 3AO3A 3VQ6A 1KCFA 4FJ7A 2Z1GA 1HYVA 1BGXT 1VSJA 2XHBA 3TAQA 3U6FA 4FLYA 2P5GA 3LP0A 4CGJA 1KTQA 4ELTA 1WSFA 1TVRA 1J5OA 1ZYQA 4KI6A 4M3WA 1SKRA 1I39A 2HHQA 4CFCA 2Z1JA 4CIEA 1TKZA 3QO9A 4CJVA 2B6AA 4E89A 1C6VA 1S1TA 1VSKA 4HUGA 4OVLA 1L3TA 3AVAA 1Q9YA 4DSKA 1C0TA 4CJ3A 1D5AA 2PZSA 3TAMA 1CLQA 1X9SA 1ZBUA 3K5OA 4CF0A 3JYTA 3V9UA 4FJKA 1FKOA 1B92A 1HNVA 3SV4A 2HHTA 2KFZA 5HLFA 2DY4A 2XRIA 1ZBLA 3LPTA 4CEEA 3C6TA 4CJTA 3EY1A 2G8WA 1RTJA 1QHTA 1NK9A 4OKEA 1D8YA 1VRUA 2FBTA 4ZHRA 2BANA 3ZSZA 3OYIA 4DU4A 1T05A 2BGGA 2DTUA 3VQBA 3MXIA 1FK9A 3LPUA 4UQGA 3TAGA 1RILA 1S1VA 3HO1A 5I42A 1DLOA 3CFPA 2XO7A 2G8IA 3DMJA 2RPIA 4W5RA 4DG1A 4Y1CA 4M3YA 4QCLA 4CGFA 3DOLA 1LW0A 2YHBA 3QINA 5HRRA 1NOZA 3VQCA 3HYFA 4BE0A 4ID5A 3OYJA 4DTNA 2O4GA 3SUPA 3RR8A 2KTQA 1NKBA 2HMIA 1A5XA 1XHZA 3OS1A 1ASVA 4FJ9A 4NCGA 4QAGA 3NCIA 3ZSOA 3RMDA 1RBSA 4FJHA 4FLVA 1SL2A 1Z26A 4CEFA 5HRPA 3THVA 1T03A 4Z4FA 5T7BA 5KGWA 3K59A 4MFBA 3PO5A 4ELUA 5C25A 3EZ5A 5J1EA 2KFNA 4DSIA 4IDKA 4B9TA 1BQMA 4KV8A 1HJRA 5HRSA 1CZ9A 4B9UA 3AVBA 3V1QA 1T7PA 3SYZA 4KB0A 4CHOA 4KB1A 4N76A 5KI6A 4CFBA 2BE2A 3V6DA 1HRHA 3S9HA 4FJNA 4N41A 2E4LA 4BWMA 3HP9A 4PUOA 4CHQA 1C0MA 3OJUA 3KD5E 4C8MA 3F73A 2VWKA 3KLGA 3ZSYA 3CM5A 4CJRA 4AH9A 3AVFA 2NUBA 4F4KA 4LH5A 4E7LA 2OPPA 2RN2A 4FZZA 2X6SA 4IKFA 4I2PA 2JGUA 3BDPA 4IBNA 4CF9A 2HNDA 3C6UA 3PV8A 3TANA 1RT5A 3SPYA 2YKNA 3SI6A 1TKDA 2G8FA 5KGXA 4FLTA 4KHSA 1RT7A 1ZBFA 1VSEA 3VQPA 1L3VA 4FJJA 5SWMA 4CHYA 4KTQA 3L3UA 3I0SA 1JLEA 3S3MA 3OYFA 4WE1A 2A1RA 1BCMA 4DQIA 2IC3A 4OLBA 3ZSQA 2EX3A 1HYZA 3CM6A 1TAUA 4KRFA 3PY8A 3VQDA 3IS9A 3K58A 3U3GA 5CY4A 4OKJA 1IG9A 1QSLA 4F2RA 5JS1A 1C1AA 1WN7A 3MECA 1RT6A 4CGHA 3CFRA 1RCHA 4R5PA 4JS4A 2IS3A 3PUFA 4J2AA 3NBPA 1HMVA 4FLXA 1BIZA 5CYMA 4OLAA 4RW9A 4M45A 2Y1IA 3V9SA 3SNNA 3OYNA 3ASMA 1NK8A 2HW3A 4CEBA 1WAFA 3RMAA 3AVMA 4DTMA 3QIPA 4Q0BA 1J54A 4DS5A 3LALA 3U3YA 4FYDA 4CCHA 1NJYA 1RNHA 4RW7A 2BDPA 4B9SA 4CGDA 3RRGA 3QLHA 3NHGA 4FLZA 4FJ8A 3NE6A 1K6YA 1SKSA 1TK0A 1QSSA 2QK9A 1EKEA 3QEPA 3SQ4A 4KO0A 1VRTA 4FJ5A 1UOCA 3T3FA 3DLBA 5J2PA 3HP6A 3P83D 4PQUA 2IDOA 1FKPA 3HVTA 3M8RA 1QSYA 4DF4A 3VQ5A 1ASWA 2FBVA 3TAFA 1NJZA 2F8TA 2JLEA 1YT3A 4ID1A 5FRMA 3AVGA 4AHUA 2B5JA 4EP4A 1KVBA 2E6MA 3H08A 1S1UA 5C24A 4E19A 3LZIA 3K2PA 1NK4A 2QKKA 5CZ1A 4F2SA 3DYAA 3KKRA 3SV3A 3TWHA 3SPZA 3IRXA 4OPKA 1VSIA 3AVNA 3L2VA 2I5JA 1REVA 1RTDA 1NOYA 4I9QA 4CE9A 4JRPA 4GMJB 3OYMA 5FDLA 2DFHA 2F96A 3ZT4A 3B6PA 4RW6A 4HTUA 3ITHA 4DLGA 3HPHA 3QIOA 4DTOA 1Q8IA 4CJLA 4HCBA 4J2BA 1D9FA 1GOAA 3AA2A 4DFJA 3VN5A 3AVIA 1VSDA 2P1JA 3L3VA 4CJPA 1VSHA 1BCOA 4B8AB 2HHXA 3DI6A 4LD0A 1X9MA 2DFEA 1DTQA 4E1MA 2KZZA 1U04A 4OGCA 4CJQA 4CGIA 4CK1A 4EP5A 4DTSA 4Z4HA 4CEZA 3MXMA 4FJXA 4CECA 4FLWA 1LAVA 4KTZA 1N6QA 3RR7A 4I9LA 1QQCA 1EP4A 3V81A 1RDDA 5I3UA 4CJFA 1QTMA 3JSMA 3WNGA 4FW2A 4M3TA 3MEGA 3NDKA 3BGRA 4BDZA 4OPJA 1ZBHA 3L2WA 3DLGA 1JL2A 1S9GA 4CERA 3CQ8A 3SZ2A 4Y1DA 4L8RB 4ICLA 3HJFA 4CF2A 4B08A 1TL1A 1JLQA 3OJSA 3RMBA 4N47A 1BI4A 4M3RA 5JS2A 3EYZA 2O4IA 3VQQA 2HHWA 1RBUA 2KW4A 4OGEA 1BHLA 1JLAA 4E7KA 1U49A 3TARA 4H8KA 4BDPA 2AJQA 3LP1A 1QE1A 3DLRA 3MEEA 2Y1JA 3RWUA 3DM2A 3T19A 1I3AA 4FLUA 2OZSA 4CEDA 1X1PA 2F8SA 4KI4A 4DFKA 3PX6A 5FRNA 5FROA 3HPOA 4DSFA 4GW6A 3NGYA 3WNHA 1C1BA 1RT4A 4H4MA 4CF8A 2WONA 2W42A 3K5NA 3NF7A 2D0AA 3DRPA 3SJJA 2HVHA 2G8VA 2PY5A 4JS5A 4E0DA 3NF9A 5E41A 1HPZA 1BQNA 4LY7A 3M8PA 4O5BA 2OPRA 4W5NA 4KFBA 2IGIA 3LANA 4FJGA 2OYQA 1VK0A 4KHQA 1T8EA 1YVUA 2RF2A 3QEIA 2QXFA 3VQ8A 4B3OA 4AHVA 4QOZB 4RW8A 1NK7A 3KIOA 1IKXA 1DTTA 3WNEA 5KTQA 1SL1A 1IH7A 1O1WA 3OYBA 1TK8A 3OYLA 4HUEA 4PA1A 3KK2A 1HNIA 2D0BA 1L3UA 4NYNA 4E1NA 3V9WA 1CZBA 3AO2A 3DLKA 4DQRA 4HCCA 1S6QA 3VA3A 1ASUA 4H4OA 1NKCA 1LAWA 3B6OA 4KREA 1YTAA 2ATQA 2VG6A 4KHNA 1KLMA 4B9NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VWJA 3OS0A 3AO5A 3V4IA 2IVPA 3VGKA 3OYGA 1U48A 3CCQN 1T3VA 2NRXA 3H6EA 1YVNA 4MO4A 3ULEB 4DTUA 4B9VA 2VQEK 2R7YA 4LF8K 1NG9A 5EY4A 4C23A 4JN4A 5AQJA 5EX5A 5HBMA 2E2NA 3BZKA 1RT3A 2X74A 1WAJA 3GG4A 4K8XA 1NK0A 3WXJA 4Z4EA 1SZ2A 3V9XA 3VEOA 4JNEA 2HB5A 4BGAA 1Q86O 3LP3A 4GNIA 5AZJA 3CETA 1HQUA 1JLGA 1WSEA 4O0JA 3GDQA 4IFVA 4RCHA 4X66K 3S3OA 4AM6A 4ISGA 1B9DA 4E3SA 4FCYA 3ZETB 4CJEA 3UE5A 3DAWA 1B9FA 1QS4A 3TSPA 4C8NA 3NGIA 1ZBIA 4W5OA 1JCFA 3C94A 3MEDA 3ZLJA 3CCEN 1ZBSA 3I55N 3ID6A 2P9SB 4ZTJA 4EZ9A 2OZMA 4JK7A 4PKHA 4BRGA 5F1XA 4CEOA 4M3ZA 1TGOA 3TAEA 3AY9A 1ZC6A 3O3FA 4IEEA 4YDUC 4DU1A 5K14A 1J5EK 3I0RA 2P9LB 4JRQA 1NBWA 2NZTA 4OJRA 2PYJA 4CEAA 2HSTA 3PX4A 4B9LA 4A5AA 4YFUA 5GAEP 1WNSA 4B9MA 1GLDG 3THXA 2QKBA 1HYSA 5EU7A 1K9MO 3QFPA 4XIUA 3E9LA 3I8BA 4IDHA 4JEPA 3ZSVA 4BDYA 4CEQA 1S1WA 4NLCA 3HPGA 2G8HA 4JV5K 2IAJA 3SBTA 2YKMA 3QEWA 2YV0X 3AAQA 5AZJB 1RTHA 1XQSC 1KVCA 3WNFA 1L5UA 3CF5L 4O8UA 3H1VX 3BF1A 5HRNA 1ATRA 1NJXA 4KHWA 4XH1A 2XY7A 4E7IA 3PO4A 4JI5K 2IVOA 4CJ5A 3CPWM 1MU2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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