4E1MA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Integrase
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 48
structure length 146
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1mA00
3CM5A 1S1WA 2BGGA 3KLFA 3DOKA 1T03A 4CIEA 4B3OA 2HVHA 1KLMA 4DFKA 1KRPA 3KD1E 1LAWA 1UAXA 4CEQA 4JRQA 3ALYA 3S9HA 3P5JA 4F2RA 3HPHA 4OKEA 4CGJA 5KTQA 3SNNA 4CF9A 4KAZA 1YTUA 1JLFA 3S3NA 3WNEA 1RT6A 1YT3A 3HSTB 4Z4GA 1VK0A 4OLAA 1ASVA 3LDSA 3ASMA 3LAMA 1S9GA 2IAJA 3E01A 3AVNA 3HL8A 3ISNC 2X74A 1IKVA 4AHVA 4CFAA 4CF8A 4OPKA 4KHUA 3ITHA 3L2WA 4KV8A 3AVAA 4IG0A 3VQ7A 1RT2A 4LY7A 4AHSA 3SUNA 2E6LA 1YVUA 1T8EA 2VG6A 5I3UA 3L3UA 3KK2A 4JS4A 2P5OA 4AH9A 3QIPA 3RTVA 2D0BA 4E7KA 1C1AA 4DTPA 3QEXA 3LPUA 4OGEA 3OYDA 3KLEA 3V1QA 1RBTA 3RRGA 1RDAA 4GMJB 4XIUA 3IRXA 3AVFA 4CESA 1RT4A 4F2SA 1NK4A 2RKIA 1BQMA 4O0IA 1QSLA 1J54A 1VSIA 5D3GA 3MXIA 2ATQA 4DWIA 1KTQA 3V81A 1NKBA 1JXBA 1W0HA 2FBVA 2O4GA 4GW6A 2R7YA 3M8QA 2D5RA 5CZ2A 4E7JA 1N5YA 5HROA 2F8TA 3SQ2A 3VQ9A 1A5XA 4CFBA 3M8PA 4CHYA 3FFIA 2X78A 1BCMA 5HBMA 4FCYA 4FM0A 3MXMA 1QHTA 4FZZA 1DTQA 4NYNA 3V6DA 3VQBA 3LP3A 3V1OA 3NF6A 1RBRA 3EY1A 3KLGA 1RT7A 3NF8A 4DFJA 2I5JA 4KPYA 2XY5A 3T19A 3OYGA 1W9HA 4KREA 3CFOA 1QQCA 3KK1A 4KFBA 1QS4A 3A2FA 3CG7A 4B9MA 1NOZA 3T1AA 1LWCA 4NCBA 4E1MA 4IFVA 2ZD1A 3QO9A 3OYNA 3HYFA 4IDKA 3IS9A 4JRPA 1BCOA 1Q9YA 1KVBA 1Z25A 3LZIA 1A5VA 1RNHA 2JGUA 5JS2A 4FJHA 4RG8A 1C0TA 4O55A 1KSPA 4CJ4A 4FLVA 4DQSA 3PX6A 4CJLA 4HUGA 4F3TA 3V9UA 3DYAA 4DF8A 3K58A 2G8KA 1CZ9A 1VRTA 4DU1A 5J2QA 3V1RA 3OS2A 2DFEA 4I2QA 2HW3A 2OPQA 3U3YA 1ZBIA 1NJZA 5KI6A 3QIOA 4CGGA 3ZSRA 2GUIA 4W5QA 4DTRA 2JLEA 3V9ZA 4FXDA 4DLEA 2X6SA 3HJFA 3EZ5A 2YHBA 4CIGA 4CHZA 1CXQA 1ASWA 4CK2A 4FZYA 4CJUA 4ZHRA 2E6MA 1EKEA 3DLEA 5C25A 1K6YA 3NFAA 4BE0A 3ZSOA 2FBYA 4E7LA 4DSLA 2KZZA 2AJQA 3C6UA 4M3RA 1BIUA 4MQ3A 1JLGA 4KB0A 3PX0A 3RR7A 4B9LA 4KHWA 1NJYA 4E1NA 4AHRA 1YTAA 2HB5A 3CQ8A 4E3SA 1KFSA 3B6OA 1C0MA 3AA3A 4BE1A 1EETA 2WONA 3AVIA 4DSIA 5FDLA 5HRRA 4YFUA 4M3WA 4CGHA 3OYEA 3HPOA 3G10A 1S9EA 3HP9A 4CJFA 3OY9A 2VWJA 4BE2A 3QERA 3SPYA 4FJMA 4N76A 3OS0A 3KK3A 4RW6A 3SPZA 1BQNA 1RILA 1NKCA 4HCBA 2YNGA 2F96A 1B9DA 3ZCMA 5K14A 4CIFA 1T7PA 4CF2A 3OYKA 3HK2A 3TWHA 3VQCA 2HHVA 3AVJA 5HP1A 2G8VA 4M3YA 3L3VA 3BGRA 1WLJA 3VN5A 1ZBUA 2A1SA 3AVMA 3WNFA 1Q9XA 4C8LA 4Y1CA 3LANA 2PY5A 1RTDA 4Q0BA 4KRFA 4F8RA 3TAFA 4FZXC 1HMVA 3HM9A 4NCGA 3AO4A 4FVMA 4G1QA 1I39A 3LP0A 2HNZA 2Z1JA 1EP4A 3TAGA 4BDPA 4HUEA 2D0CA 3V9SA 4CGIA 1A5WA 5KRSA 1IH7A 4FJ7A 4CGFA 1S6QA 1B9FA 3OYFA 2BE2A 4I7FA 3VQ5A 4CEBA 3SV3A 3V9WA 4M3XA 3AV9A 4DTUA 4ELTA 1IKXA 4HUFA 3NAEA 1L5UA 4LD0A 4KHYA 1BI4A 4K8XA 4B9NA 3OYCA 3OS1A 3NCIA 4CF0A 3OVNA 4KTZA 4O0JA 3OYMA 1RTIA 4EZ6A 2KTQA 4J2AA 1WSJA 1SKRA 1MU2A 2XHBA 4DU4A 3K5OA 3TAQA 2F8SA 4Z4IA 4PWDA 3QESA 2GBZA 3RWUA 3SQ1A 4GVMA 4FK0A 4N41A 3C94A 2YNHA 1FKOA 3ZT0A 1KCFA 3TANA 1SL1A 5CZ1A 4F4KA 3L8BA 1LV5A 4KI6A 4OPJA 3LZJA 4KKOA 2Y1IA 3AVBA 4HTUA 3DLHA 3O4QA 1D8YA 4TSXA 1D5AA 1RBVA 3PO4A 4B9VA 1BL3A 4DG1A 4DTMA 1WAJA 2VWKA 1VSFA 3HO1A 1NOYA 2HHUA 4CJWA 3D0PA 1ITGA 1WSGA 3QEPA 2VG7A 4CEAA 4M41A 4DQPA 1CLQA 4CJVA 4C8OA 4OGCA 1RBUA 1NK6A 3VA0A 4J2BA 3SUQA 1BI4B 5JS1A 4JLHA 2HVIA 1WSHA 4LSLA 1VSLA 4E7HA 4DSJA 1S1XA 3DLBA 2ETJA 2IGIA 3MAQA 1TKDA 2HMIA 4BWMA 3KD5E 3AVKA 4OKKA 4LSNA 3TR8A 1NJWA 4M42A 2KW4A 4FLUA 3LP1A 3NGYA 2YNIA 3AO1A 4B8AB 3VQ4A 3ZSYA 2B6AA 4DTJA 4C8NA 4WE1A 2G8IA 4I9QA 5HRNA 1EXQA 5J2PA 1FKPA 1ZBFA 1RCHA 2EX3A 4F3OA 1UWBA 3K5NA 4K8ZA 4AHTA 2XY6A 1WSEA 3DLRA 1CXUA 3PO5A 1TKXA 2HHWA 4KB1A 2HHXA 2OYQA 4OKJA 3NH2A 1NK8A 3I8DA 4CEOA 4CJTA 3QEIA 2B5JA 4DTOA 3MEEA 3KIOA 4DFMA 5DMRA 5KRTA 3CFPA 1JL2A 4CJKA 4W5NA 4CJQA 1TV6A 3NH0A 2OZMA 4FLZA 3IAYA 3RRHA 4ZTFA 1L3SA 4CJRA 4M3TA 1VSMA 4FJJA 1JKHA 4FM2A 3KTQA 1BGXT 3L2UA 3LWMA 2ZE2A 3VQ8A 4W5TA 3HPGA 1NK7A 3L2VA 2BDPA 5J2MA 3AVHA 4FLYA 1JLQA 3OJUA 3PV8A 4M3UA 3KKRA 4EP5A 1HYSA 2OA8A 1TK0A 3DMJA 4KHSA 3OYAA 4OLBA 3B6PA 4DS5A 1HYVA 3ZT1A 4HVJA 3K5MA 4QOZB 2DY4A 2QXFA 2YV0X 2PYLA 3NF7A 4CEEA 4M3ZA 3O3HA 4HCCA 1SKSA 3BDPA 3H08A 1L3VA 3ZT3A 1IG9A 2G8UA 3RMCA 4B08A 1TL1A 2KFNA 1HNIA 1S1TA 1NK9A 4O5BA 2ITGA 3LPTA 1HNVA 3L2QA 1R0AA 1S5JA 4C8KA 3G0ZA 4FJIA 4BWJA 5KGXA 4B9SA 3MEGA 4FLTA 1HYZA 4FJ8A 1FK9A 5KGWA 2FBXA 1L3UA 3MECA 1GOBA 5E41A 5SZTA 3V9XA 3QINA 4IKFA 3ZSVA 4KHNA 3VQAA 1LW0A 1C1BA 2W42A 3QNNA 4E7IA 3VQDA 1J53A 3LALA 4DSFA 4KTQA 1HQEA 2P1JA 1WN7A 2XRIA 3P83D 4B8CA 3THVA 4IBNA 1QTMA 3VQQA 3DM2A 1TGOA 1TVRA 5DK5A 1BHLA 4BDZA 4W5OA 3OYIA 1TAUA 1VSDA 4LH5A 4DQQA 4Z4EA 3LAKA 2YHAA 3IG1A 5SWMA 3F9KA 1VSHA 1WAFA 4HHTA 2OZSA 3SYZA 4ELVA 1DLOA 3K2PA 1XI1A 2Y1JA 3AO5A 3HVTA 3U6FA 5FROA 1VRUA 2RPIA 3ZSQA 4DU3A 4B9UA 2OPSA 4FM1A 3DOLA 3RMAA 1U49A 3TABA 1TAQA 1VSJA 1BIZA 3HT3A 1RT3A 1LAVA 4FJNA 3DI6A 1JLEA 4AILC 1XHZA 1X9WA 3K5LA 4ZTJA 4FJ5A 2KQ2A 1Q8IA 3DRSA 1TK8A 1SUQA 2HHSA 3ZSZA 3PY8A 1XHXA 4Y1DA 1ZBLA 1NK5A 1QSSA 1HRHA 3M8SA 4H4OA 2DFHA 2OPRA 4CJPA 2G8WA 4J2DA 1VSKA 3KLHA 1JL1A 5C24A 3ZSWA 4AHUA 1U4BA 1T05A 1I3AA 3NH1A 4PA1A 3CFRA 3CM6A 4AHCA 4I9LA 4DTSA 4DSEA 1KLNA 4CFCA 2LSNA 4FJKA 3HXMA 2DTUA 3K57A 2HHTA 1J9AA 4UQGA 2FBTA 1GOAA 1RDDA 3P1GA 3QEVA 3WNGA 2D0AA 3CYMA 1TL3A 1GOCA 3AA2A 4Z4CA 3O3FA 3S3MA 1N6QA 4KI4A 1UOCA 2B4JA 4FK2A 3QETA 2YNFA 1NJXA 2XO7A 3NHGA 5J1EA 1U45A 2PYJA 1S6PA 1C6VA 3D45A 2QKBA 3AA4A 1XC9A 1KVAA 4ICLA 4EP4A 1G15A 4N47A 5C42A 1REVA 3KLIA 1IO2A 2OPPA 3SZ2A 3K59A 2X6NA 2FC0A 3SQ4A 3T3FA 1X9SA 4ELUA 3ZSXA 5HRPA 1HPZA 2P51A 4DMNA 4DTXA 1LW2A 5HRSA 1RT1A 4CEFA 4C8MA 4DLGA 4FLWA 3SJJA 1RTJA 1ZYQA 1NK0A 1HJRA 3DRPA 4MFBA 4OVLA 4DQIA 1LWEA 2NUBA 3C6TA 1VSEA 4PY5A 3AVGA 4DQRA 1TKZA 4DFPA 3NBPA 5EU7A 3I0RA 2HNDA 4CHPA 1SL2A 4FW2A 4E19A 3I0SA 1IKYA 4DS4A 3NGZA 2IC3A 1SKWA 2O4IA 3ZT4A 5J2NA 1RDCA 4CECA 5I42A 5CYMA 2VG5A 2KZMA 1DTTA 4IFYA 5FRNA 3DLGA 3LWLA 4PUOA 3EYZA 3O3GA 4FJGA 4CEDA 4CF1A 4BACA 1RDBA 4NYFA 3OYBA 3F73A 3TARA 1UA0A 3DLKA 3OJSA 3SUPA 1QSYA 3SCXA 3LP2A 3O4NA 4E89A 4O4GA 1BISA 4LH4A 2XY8A 3JYTA 3V4IA 4CJSA 3SQ0A 4L8RB 4CHOA 2EHGA 4CCHA 4CJ3A 3KKSA 4W5RA 4ID5A 1NKEA 1KFDA 4PQUA 4RW8A 3OYHA 2RF2A 1C0UA 3L2RA 3QLHA 4RW9A 4IG3A 4FJXA 4QCLA 1RT5A 4OJRA 3PX4A 1U04A 3M8RA 4DF4A 3NE6A 1TKTA 4CEZA 4FJ9A 3U3GA 2ZQBA 1KVCA 3AVLA 4FLXA 4FYDA 2DFFA 4CGDA 2WOMA 3RMBA 1EX4A 4CERA 3AVCA 3VQ6A 4CFDA 3JSMA 3SUOA 4DSKA 1Y97A 1LWFA 1JLCA 1CZBA 2BANA 1QE1A 1F21A 1X1PA 2IDOA 4JS5A 1WSIA 4N56A 4NCAA 2G8FA 4DTNA 2QKKA 1S1VA 1SL0A 2Z1GA 4KTWA 1TK5A 4CHNA 3RR8A 2HHQA 3TAMA 3VA3A 3HP6A 3QEWA 3SI6A 2P5GA 2XY7A 4RW4A 2Z1IA 3KJVA 3HVRA 3QNOA 1Z26A 3C95A 1RTHA 2YKNA 3MXJA 3VQEA 3OYJA 5HLFA 4R5PA 2E4LA 4FK4A 1O1WA 4Q5VA 4CE9A 1FXXA 3NF9A 4Z4FA 5CYQA 4E0DA 1D9DA 4B9TA 4RW7A 1WSFA 3TAPA 1IKWA 4FW1A 3MEDA 4CHQA 3WNHA 2Z1HA 3PUFA 4Z4HA 3RMDA 4Z0UA 4QAGA 3S3OA 3ZT2A 3DRRA 5T7BA 2YKMA 3TAEA 5CY4A 1JXEA 2KFZA 2IS3A 2RN2A 1ZBHA 1ASUA 1XWLA 4CJ5A 1UA1A 2GV9A 2QK9A 1U48A 4H8KA 3AO3A 4ID1A 3ULDA 4N5SA 4I2PA 4O44A 4EZ9A 4CK3A 4KHQA 1SV5A 4H4MA 1C1CA 2PZSA 4J2EA 1U47A 1S1UA 2Q3SA 1X9MA 4BDYA 1J5OA 1JLBA 3AO2A 3OYLA 3NGIA 2HNYA 3TI0A 4FJLA 1B92A 1JLAA 2IOCA 4KO0A 4M45A 4CK1A 1L3TA 3UIQA 5FRMA 4CJEA 3SV4A 1WNSA 3AA5X 3VQPA 1HQUA 4YNQA 3NDKA 1RBSA 1D9FA 2A1RA 2G8HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CM5A 2BGGA 3CIPA 3DOKA 4EFHA 1T03A 1KLMA 1KRPA 3KD1E 2W6KA 4AM7A 3S9HA 5AQXA 1NM1A 3BZCA 1JLFA 3WNEA 1VQ9N 1RT6A 1ASVA 2P9KB 5CHIA 3HL8A 3E01A 5AQOA 3AVNA 4CFAA 3HM9A 2X74A 3ITHA 1T8EA 4AHSA 3SUNA 4JKDA 5I3UA 1U6ZA 4AH9A 3RTVA 3QEXA 3KLEA 5ADXA 3OYDA 1IBMK 3V1QA 1VQLN 1RDUA 1NGHA 1RDAA 2NRRA 3ZEUB 3FZLA 3JS6A 4F2SA 1HKGA 3CD6N 1VSIA 3R1XA 3THXA 1KTQA 3V81A 1NKBA 4IWVA 3C7NB 3QFPA 3ATVA 4A62A 2O4GA 3BP8A 5EXWA 2F8TA 3SQ2A 5FPEA 4M3XA 4FCYA 4ISFA 1BCMA 3MXMA 1QHTA 2YI1A 5GIOA 4NYNA 4WFNL 1EQYA 3NF6A 3NF8A 3M5RA 4KREA 4IEEA 3CFOA 4M63C 1QS4A 3ULEA 1LWCA 2UUCK 4NCBA 3AAPA 4IFVA 3I55N 1A5VA 4FJHA 1C0TA 4WQ4A 1DKGD 4CJLA 3DYAA 1HKCA 2G8KA 3V1RA 3QIOA 2HBLA 3ZSRA 1D4XA 5FPMA 1IV0A 2YHBA 3A0IX 4FZYA 1FJGK 2Q2RA 5EOYA 2VQFK 1EKEA 1K6YA 2FBYA 4MQ3A 3UKUA 4E1NA 3MMVA 4AHRA 1YTAA 2HB5A 5AQPA 1C0MA 4UY8O 1EETA 5ADXH 3QBWA 4DSIA 4CGHA 3G10A 5ELZA 4CJFA 3OY9A 4A61A 3CQXA 3HBTA 1BQNA 4HCBA 2P9PB 3GDQA 4MDBA 4X65K 1VQ5N 1GLCG 3K9JA 2F9TA 4M3YA 2VWBA 3BGRA 3VN5A 3BEXA 2YCHA 1OH5A 4Y1CA 4F8RA 4I6MA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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