3B6OA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ion (lithium)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 75
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6oA01
1NK7A 1KVBA 2P5GA 1J53A 4B9NA 1U48A 2XHBA 4CJSA 3DM2A 3OS0A 3CFPA 2G8UA 5HRSA 4DTUA 2ZQBA 3AVGA 4FJXA 1KVAA 2KFZA 3OYEA 1BI4A 1REVA 2B4JA 3SCXA 5C24A 3AV9A 4DMNA 1RT4A 3V81A 1CXQA 4JLHA 3AO5A 3K5MA 1XWLA 1NK0A 1VSJA 3PX6A 3HPGA 1S9GA 3S3MA 1A5XA 1ZBUA 4N56A 4KB1A 4AHTA 4QAGA 3S3OA 4KAZA 1J5OA 1DTQA 4W5RA 4CFCA 4TSXA 3PX0A 3THVA 4C8MA 4CEEA 4ELTA 4CIFA 3K2PA 1BL3A 1QQCA 3QETA 4FLZA 2BANA 3OYBA 2VG5A 4CK2A 2YKMA 4Z0UA 3RR8A 4NCBA 1KFSA 3EZ5A 4N5SA 4CF2A 5KRSA 2HVIA 3DYAA 3TANA 3ISNC 3F73A 5K14A 2QK9A 2VWKA 3VQPA 2WOMA 4FZXC 4Z4IA 1HQEA 3E01A 3MEDA 4C8KA 1HYVA 2QKBA 2OPRA 2GV9A 1VSIA 2BDPA 1RTHA 4IG3A 1SKRA 1VSLA 3HPHA 4E7KA 1RBTA 1KRPA 4KO0A 4FJJA 1VSEA 4M3UA 3DOKA 1TKTA 3QNOA 2Y1IA 3AO3A 4PY5A 1TGOA 1I3AA 1JLCA 3CG7A 3NH2A 4FLYA 4CHYA 1U45A 2DTUA 1Z25A 2G8VA 4DSKA 3TAFA 1BCMA 1YT3A 3TR8A 3VQQA 1XHXA 4EP5A 1X9SA 3KLFA 3AA4A 1HRHA 2XO7A 2WONA 3ULDA 4KHYA 1LW0A 1JXBA 3P83D 3SQ0A 4M42A 1BISA 4B9SA 3DLGA 4BE2A 2RKIA 3HJFA 5HLFA 1SUQA 1B9DA 4CJFA 4OPJA 4FZZA 2HNYA 4AHUA 4G1QA 4CGJA 4Z4FA 3SUNA 3AVLA 3AVHA 4LH4A 4CHNA 4CF9A 5HRRA 5C42A 4CJLA 3ZSOA 4DQPA 2RN2A 4EP4A 3U3YA 2DY4A 3MAQA 3AVFA 1LWCA 1KLNA 4C8NA 1JL1A 4W5QA 3VQBA 3KK2A 3I8DA 2ZD1A 3HP6A 3L2RA 4DTNA 5J2MA 1J54A 3ZSRA 3KLIA 4E7IA 2XY7A 1C0TA 3OYMA 4LSLA 1QTMA 3QESA 5KGXA 3RTVA 2HNDA 3OYIA 2PYLA 4CHOA 3CM6A 2Z1IA 2QXFA 1Q9YA 1VRUA 1VK0A 3MEEA 3V9WA 3L8BA 1ASWA 1C6VA 1LWFA 3T1AA 2P5OA 3KLEA 3HYFA 4DG1A 3OYAA 4CJ4A 3M8QA 3V9ZA 3HSTB 3KTQA 3IS9A 1D5AA 3AVBA 3K5LA 2OZSA 2P51A 3NBPA 1FK9A 1SKSA 4HUEA 1L3UA 5JS1A 3ZT1A 3ZT2A 2HB5A 2YHBA 4NYNA 4CEZA 2NUBA 2OPQA 3SYZA 4DTRA 2Z1JA 1X1PA 4CHZA 1LAVA 3VQAA 1EX4A 1ASUA 1HYZA 3KK3A 3MXMA 3KK1A 1T05A 1TK5A 2G8FA 4FK2A 4M3XA 4ID1A 5FDLA 3SQ1A 3WNFA 1JKHA 4CJTA 4CECA 1TAUA 3OS2A 3SQ4A 4OLAA 1ASVA 4H8KA 1BIZA 2PYJA 1B92A 3V1RA 2ZE2A 4Z4GA 4FLXA 1RBVA 4E1MA 4OVLA 3TAPA 2BE2A 4ZTFA 3H08A 1EXQA 1Z26A 5CYQA 1HJRA 3TAQA 3LWLA 1WAFA 1K6YA 1RTDA 4CGGA 4FLWA 2XRIA 3LP3A 3SPYA 3V4IA 3QIOA 5JS2A 3OYHA 4DFKA 4DTJA 3C95A 3O3HA 3TABA 3P1GA 2W42A 4B8CA 3LP1A 3TI0A 2FC0A 1TAQA 3VQ5A 4FJ8A 4DFPA 4DSFA 1KVCA 4HTUA 3BGRA 2XY6A 1NK6A 3AVKA 1QS4A 4CEQA 3L2UA 4JS4A 3QEPA 3OS1A 4FJ5A 3IRXA 4M3ZA 4OJRA 1D9DA 2ITGA 3NCIA 3AO2A 2ETJA 4GVMA 1C1CA 4CJEA 2X78A 1F21A 4FCYA 4DS4A 4W5NA 3VQ7A 5D3GA 4RW8A 4CJWA 5HRNA 3TAEA 1RTIA 1C0MA 3QIPA 2O4IA 3VQ6A 3VQCA 3RWUA 3OVNA 2QKKA 3HM9A 3QERA 3TWHA 2Q3SA 3DLBA 4FJKA 1L5UA 4F4KA 4FJGA 3AVAA 4KHQA 1RT6A 3LPTA 3QLHA 3OYGA 1JL2A 4JRPA 3MXIA 1GOCA 2PZSA 3JSMA 4E7LA 3T3FA 3C6UA 3TARA 1RNHA 4KHNA 1WSJA 1RILA 2YNGA 3HVRA 3LZIA 3LAKA 4E89A 2JLEA 2OZMA 4Z4HA 4N47A 3S9HA 2A1RA 1C1AA 3I0RA 1NK4A 1NK9A 2KQ2A 4DU1A 1UOCA 5HRPA 5KTQA 3T19A 1L3VA 3D0PA 4GMJB 4E7HA 5HBMA 2HHUA 4AHSA 3O4NA 4Y1DA 2GBZA 3V1OA 1KFDA 4FW2A 2IDOA 3WNGA 4CE9A 2IC3A 2EHGA 3K58A 1ZYQA 4F3OA 1WSHA 1RT2A 1U4BA 4F2RA 1Y97A 3NGYA 2IGIA 1RT1A 4O0IA 4CGHA 2D5RA 4E3SA 1FKPA 4I2PA 4DQIA 1BQNA 3ALYA 3IG1A 1ZBFA 4OPKA 4JRQA 5T7BA 3K57A 1L3TA 4CF0A 3OYKA 3VQ8A 1HNIA 1VSMA 3PO5A 4EZ6A 4K8ZA 4ZHRA 4LSNA 3DRSA 3VQ4A 4HCCA 4I7FA 3ZT0A 1HPZA 3AA3A 3V1QA 3NDKA 4B9TA 3PX4A 4C8OA 1JLGA 3AVIA 3V6DA 1VRTA 1QE1A 2R7YA 2VWJA 3NF8A 4H4OA 3ZSYA 2G8WA 1CZ9A 4F8RA 1IKWA 2HHSA 3PUFA 4LY7A 1CLQA 4DQSA 3CYMA 4CIEA 4GW6A 3NGIA 1CZBA 4KTWA 1Q8IA 1IKXA 5J2NA 3LWMA 4FJIA 3OJUA 3RRHA 4LD0A 1JLAA 4B3OA 2F8SA 3MXJA 1CXUA 3KIOA 4CFAA 2Y1JA 3PV8A 4BDYA 4Q0BA 1NK8A 1NJXA 1N5YA 1KTQA 2GUIA 3I0SA 1JLQA 4KV8A 1X9MA 3KKSA 1DLOA 2KZMA 4O44A 3VQ9A 3DOLA 3HO1A 1D9FA 4IDKA 5FRMA 2KTQA 3AVNA 1O1WA 1S1UA 3HP9A 4M41A 4B9MA 1T8EA 1HQUA 3PY8A 1HNVA 1WSEA 4AHVA 3ZSZA 2B5JA 2DFEA 3L2VA 1L3SA 2LSNA 2HW3A 3A2FA 5C25A 4LH5A 1XHZA 4FVMA 3VA3A 4BE1A 2PY5A 3PO4A 3DLKA 4CF1A 1U04A 4RG8A 3SZ2A 4DF4A 2RF2A 4DQRA 2X6SA 5FRNA 3AVMA 2IS3A 4YFUA 1RDAA 1JLBA 1QHTA 3RR7A 3SUPA 1TL1A 3G0ZA 1TKDA 1NKBA 2VG6A 5DK5A 1S9EA 3AVCA 2E6MA 3NF7A 3NF6A 3LAMA 1FKOA 1WSGA 3DI6A 3K5OA 3WNEA 3V9UA 4J2AA 1RT5A 3SI6A 1GOBA 1RBRA 1R0AA 3ZCMA 2Z1GA 3DLEA 4DLGA 4HCBA 3TAMA 1TKZA 4CFDA 3O3GA 1LWEA 2KZZA 2KW4A 1C0UA 2D0AA 3OYDA 3O3FA 4IFVA 5KGWA 3LDSA 1I39A 4KKOA 1SL1A 4DTSA 3VA0A 3LZJA 1BHLA 3QINA 4Q5VA 2HHVA 3EY1A 2EX3A 4FYDA 3QEXA 4CEFA 4KTQA 3CFOA 1YTUA 1EETA 4HVJA 4PA1A 4DWIA 4DSIA 5J2PA 1IKYA 4ID5A 2BGGA 3V9SA 1QSSA 1FXXA 1YVUA 3RMCA 1SL2A 1BIUA 3SNNA 4C8LA 4FJLA 2KFNA 3RMAA 3KD1E 2YHAA 4IKFA 4HUFA 1WNSA 1BI4B 5HP1A 2HHWA 4QCLA 4YNQA 1SV5A 3K59A 4B08A 4FJMA 3KLGA 4DTPA 4E0DA 4I9QA 1UA0A 1C1BA 1UWBA 3AVJA 1B9FA 3RMBA 4B9VA 3G10A 1JXEA 5CZ1A 3DRRA 1IH7A 2F96A 4O55A 3NH1A 1G15A 4AILC 5I42A 1HMVA 4R5PA 3JYTA 1IO2A 1LV5A 1JLEA 2YKNA 2AJQA 2F8TA 2HHXA 4CJVA 3NF9A 4KRFA 5E41A 2X74A 2X6NA 4EZ9A 4OGCA 1IKVA 3OYLA 4BWJA 5EU7A 3DMJA 1SKWA 1GOAA 2OA8A 3LP0A 3OYCA 3KJVA 4DFJA 1EKEA 1RDCA 2OPSA 1WSFA 3U3GA 1UA1A 4MFBA 4E7JA 4O0JA 4HHTA 3S3NA 4ZTJA 4K8XA 4H4MA 1NJZA 1VSKA 4CJQA 3L2QA 1IG9A 3RRGA 4DF8A 1LAWA 1N6QA 4DQQA 5CY4A 4DFMA 4DU3A 3M8PA 4F2SA 4NCAA 4Y1CA 1VSDA 4M3YA 4M3TA 3D45A 4M45A 1VSFA 3SJJA 3HT3A 2OYQA 4CJPA 1NKCA 3WNHA 4L8RB 3HVTA 4BE0A 4OLBA 2HHQA 1W0HA 3LPUA 3SUOA 3MECA 4O4GA 4N41A 4QOZB 3FFIA 3NFAA 1S5JA 2D0BA 4E19A 3QEWA 4B9UA 4CJ5A 3HXMA 4ELVA 5I3UA 3HL8A 3NGZA 1S1WA 3L3UA 4FM0A 2HNZA 2XY8A 1RT7A 1KCFA 4B9LA 4KHSA 1U47A 1WAJA 4OKKA 4CEDA 3CQ8A 2O4GA 1QSYA 4CJKA 5KRTA 1TVRA 2FBTA 3B6OA 4W5OA 3C94A 1JLFA 1S1TA 4HUGA 4FM1A 2FBVA 4MQ3A 3ITHA 4AH9A 3QEVA 2D0CA 3HK2A 4OKJA 4N76A 3DRPA 1BCOA 4FJHA 5CZ2A 4KTZA 3B6PA 4CERA 4JS5A 4CEBA 4O5BA 2HVHA 4RW4A 3OYJA 3AA2A 2E6LA 3ZSVA 3SUQA 1ZBHA 3BDPA 4F3TA 1EP4A 2IOCA 1S6PA 2A1SA 4OGEA 4FK4A 3K5NA 2IAJA 4FJ9A 1WLJA 4RW7A 4I9LA 4DTXA 1RDDA 1WN7A 3V9XA 3DLHA 2VG7A 3CFRA 4DS5A 5DMRA 3LALA 2G8IA 1J9AA 4CHPA 4CJRA 3VN5A 1LW2A 1RBSA 4E1NA 3NE6A 4KFBA 4DU4A 5FROA 4KI6A 2JGUA 1A5VA 2ATQA 4AHRA 2XY5A 2FBYA 4UQGA 1ITGA 4FLTA 4PQUA 1X9WA 1D8YA 1YTAA 1DTTA 3KKRA 4CIGA 2OPPA 1T7PA 4CEAA 3TAGA 4DLEA 3IAYA 3M8RA 3QO9A 4XIUA 3ZSWA 2YNHA 3O4QA 1TK8A 4J2DA 5SZTA 2FBXA 2YV0X 3ASMA 3DLRA 3MEGA 4Z4CA 1RTJA 2HHTA 4NCGA 4PUOA 3SQ2A 3CM5A 1S1VA 1TV6A 4CF8A 4W5TA 3OY9A 1QSLA 4FZYA 3VQEA 4RW6A 5KI6A 3ZSXA 1S6QA 5HROA 4NYFA 4ICLA 3AO4A 3C6TA 4CHQA 1RCHA 2P1JA 3M8SA 4BACA 1TK0A 3KD5E 4CJ3A 2E4LA 2RPIA 1RT3A 2YNFA 4DSEA 1Q9XA 4I2QA 4CGFA 1NOYA 1ZBLA 2HMIA 4BWMA 5SWMA 4KPYA 2I5JA 4BDPA 3NAEA 3UIQA 4KHWA 4IG0A 4DTOA 4FM2A 1BGXT 4DSLA 4FLVA 4FW1A 3ZSQA 1NK5A 4CK1A 4CESA 1ZBIA 2DFHA 1W9HA 4CK3A 3ZT4A 1T03A 4J2EA 1U49A 4FJ7A 1UAXA 4ELUA 4DTMA 4CFBA 3NHGA 1KSPA 4J2BA 3NH0A 4FXDA 3F9KA 4CCHA 4M3RA 3EYZA 1WSIA 3QEIA 1NJWA 4KHUA 2DFFA 3VQDA 1SL0A 3KLHA 4Z4EA 4IBNA 1RDBA 1NOZA 4PWDA 1XI1A 1HYSA 1S1XA 4KI4A 3L3VA 4DSJA 2YNIA 1XC9A 4KREA 1NKEA 5CYMA 4CGIA 4FK0A 3HPOA 4AHCA 3OYFA 3LANA 4CGDA 3SV3A 4B8AB 3L2WA 3P5JA 1TL3A 3SV4A 1TKXA 2Z1HA 3LP2A 4CJUA 3AA5X 4OKEA 1MU2A 2B6AA 5J2QA 3U6FA 3SPZA 1NJYA 3OYNA 4RW9A 3RMDA 4KB0A 2G8HA 3AO1A 4CEOA 1RBUA 1A5WA 4FJNA 1BQMA 3ZT3A 5J1EA 4IFYA 3QNNA 1VSHA 4M3WA 1KLMA 4FLUA 4BDZA 4WE1A 2G8KA 3OJSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK7A 2P5GA 4ILGB 4MO5A 5M1FA 4BR9A 4DTUA 3DJCA 1KVAA 5FPMA 1RT4A 3MN9A 2GWJA 3AO5A 2O8EA 1XWLA 4BRPA 4N56A 3C6AA 3S3OA 4W5RA 4CFCA 2ZJRL 3THVA 1BL3A 1QQCA 4EIAA 3LDOA 4Z0UA 3RR8A 4NCBA 4N5SA 1FJGK 3AARA 3DYAA 3TANA 3K9KA 3ISNC 2GX9A 4JKFA 3E01A 3MEDA 1HYVA 3S41A 4BRGA 4XH4A 2FSKA 3M3ZA 1OKJA 1KRPA 4KO0A 4B1VA 3DOKA 4MLEA 4FLYA 2DTUA 1YT3A 2E1ZA 3VGKA 1VQPN 4JHDA 2WONA 3SQ0A 3DLGA 4K43A 1T6DA 1SUQA 5LL6Z 5AQVA 3TTDA 1C0FA 3E66A 4CF9A 4DQ8A 5AQSA 4FWMA 4CJLA 2RN2A 1KAYA 2DY4A 1LWCA 5F2RA 4C8NA 3L2RA 4DTNA 5J2MA 5D3GA 2KFNA 2HBKA 4E7IA 2XY7A 1C0TA 3VMFB 5KGXA 3RTVA 3OYIA 3SK3A 5FPEA 1VK0A 4IXCA 3V9WA 1CZAN 3FR0A 4KBOA 5AQZA 3KLEA 3M8QA 3KTQA 2H3GX 3HSTB 3VPZA 1NM1A 5JS1A 2P51A 4HUEA 3ZT1A 2HB5A 4BR4A 2QWNA 4BRNA 2Z1JA 3VTHA 3MXMA 1ASUA 4FK4A 4JV5K 1NLVA 1RFQA 2V7YA 1NGHA 5GIOA 2HOEA 4BRMA 4H8KA 1BIZA 2PYJA 3CXCM 3M6GA 4E1MA 4FLXA 3H08A 3UKRA 2CGLA 4OPHA 3TAQA 2GWKA 3LWLA 1RTDA 4CGGA 4FLWA 3SPYA 1T6CA 3MWTA 5JS2A 5I9EB 3O3HA 4PKGA 1T3VA 3FZFA 3HTVA 2XY6A 1NK6A 3AVKA 3L2UA 3D2FB 3NCIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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