3O9UA

Effector domain of influenza a/pr/8/34 ns1
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Viral protein
molecule keywords Nonstructural protein 1
publication title A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Influenza a virus
total genus 32
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3o9uA00
2KKZA 3L4QA 3EE9A 3KWGA 3D6RA 3O9SA 3P31A 3P39A 3KWIA 3M5RA 3O9TA 3F5TA 3RVCA 3P38A 3O9RA 3O9UA 3EE8A 3O9QA 3OA9A 4OPHA 2RHKA 2GX9A 4OPAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U4BA 4CZHA 1EKEA 1RBTA 1HNXK 2GUIA 3KWGA 1C0GA 3AVKA 2WFBA 3CFOA 5AZJB 4NLCA 4JK8A 3KTQA 2F8TA 4IOXA 5CYQA 4EZ6A 3QMLA 3K9JA 1SQKA 2P9NA 2O8FA 1KTQA 2YHXA 3AA4A 4JRQA 3P4IA 2YNFA 5AZIA 4KHSA 1NGEA 2I7PA 4YDUA 4BR4A 4I7FA 1R59O 1VSDA 3LAMA 1TUYA 1RFQA 1HPZA 4IJNA 3DLBA 1QVFM 4H4OA 1OH7A 3MN7A 4QS9A 3J7AP 4FWOA 2D1KA 5CYMA 4CZFA 1NK5A 3RMCA 4CD1A 4ZTFA 4BRLA 3OYAA 3CCQN 2OANA 3KLHA 2XHBA 3ZSYA 1LAVA 3CCSN 1UAXA 1HKCA 4FK0A 1TUUA 4KH5A 1RBVA 4FWLA 3NH1A 4MLEA 3OYHA 2GUPA 4O0IA 3CPEA 2E6MA 2E1YA 2YI1A 1ZBLA 1JLGA 3EN9A 1K9MO 4KB0A 4XIUA 1RT5A 4LD0A 2F9TA 2NRWA 3HBTA 2KKZA 3UKUA 1IKWA 2D0BA 4K0KK 2FF3B 4DSJA 3R9PA 5C25A 5AFUH 4DB3A 2QI2A 3OYDA 1NKBA 4CEDA 4UY8O 3O4NA 3A2FA 3CCLN 3QEXA 3UE5A 1REVA 3O9RA 2D0CA 3L3VA 4FWPA 1W0HA 3O9QA 3PO5A 2G8HA 1RDAA 4B3SK 2OPPA 3LP2A 4V19S 4IO9L 2YHAA 3ATUA 1NK6A 4RG8A 2FC0A 3HT3A 3K5LA 1Z05A 3CQXA 5HBMA 4CJPA 3O4QA 4H0XB 2BTFA 3KIOA 1SL0A 1ASWA 2P9PB 3A5OC 3NVMA 3HSCA 4DCHA 5M1QA 1ZC6A 1RBSA 3RR7A 1YUWA 4H0VB 3LANA 1J54A 1ZXOA 1WUAA 2ASPA 1S1WA 3IMXA 3VEXA 4B08A 2VG6A 2HHUA 4B9QA 4ISGA 4JI1K 1VSIA 4WE1A 1VRUA 3TANA 2EX3A 4NCGA 2G8KA 3WEEB 4M3TA 1QSSA 3P39A 5AQZA 2I5JA 1X3MA 1KVBA 2QKBA 4HCCA 1BA0A 1HUXA 1CXQA 4CFBA 5EOYA 4NYFA 3O5BA 4B1YB 3T1AA 3KLFA 4FPAA 5FPMA 1XC9A 2VQFK 1KCFA 3BZCA 1NGGA 5JMVA 4Z4FA 4JLHA 4GV9A 4LF8K 3SCXA 3WXJA 1HYVA 1NMDA 5GAGP 4LSNA 4LFAK 3O9SA 3U3GA 3WUHA 3EL2A 3NMUA 1Z6RA 3Q7CA 3VGMA 1TK8A 3LALA 2KFNA 3DOKA 4OVLA 1ZYQA 1NGJA 3OYBA 1HJOA 3BY5A 2NRRA 3ENBA 4CJQA 1SKSA 3G0ZA 2ZGYA 1C1AA 4CEFA 1LCUA 3NGZA 4B8CA 4MDAA 4FCYA 3WNGA 1N8RO 3CMEN 4ID5A 3SUPA 3CQYA 4FWNA 3O4WA 5HL7L 4CJ7A 2D0AA 3CG7A 3NBPA 3S41A 4CHNA 3T1HK 1DTQA 3OS2A 3EEQA 3H3NO 3CJAA 4E1NA 3I0SA 1RTIA 3DRSA 2VQEK 2Q31A 1NK7A 5F2RA 4BR2A 4B3RK 1RDCA 1S3XA 4RW7A 3OW2M 2V7YA 4Z4HA 3M6GA 2V51B 2P9KB 4M7YA 4BRCA 3IKMA 3RTVA 3QIOA 1LW2A 3K2PA 4X62K 3GL1A 5KQ8A 1IG9A 2P9SB 3OYGA 3VTHA 4BVOA 1GOAA 1BU6O 2ATQA 4IBNA 4DLGA 1P8ZA 1B9DA 4DMNA 2J4RA 2O4GA 3NCIA 1RILA 5M1PA 3QINA 3HK2A 4OJRA 5E84A 4YOXA 5J2NA 4DQRA 4LFBK 1NJYA 3O3FA 1BO5O 1NGFA 4DQSA 3QBWA 4FOIA 4GV6A 3HO1A 3AARA 3SK3A 3I56N 1T7PA 3PV8A 1VQ7N 4JKFA 1CZ9A 4CGHA 3CFRA 1Y64A 4ZHRA 2G8UA 5BN8A 4CZKA 1N6QA 2OYQA 3F9KA 1J9AA 3D2FB 3MCAB 3SQ1A 2VGMA 1S1UA 3CXCM 1U04A 3THXB 3OYCA 1VSJA 3MDQA 2ZQBA 4W5RA 1FKOA 2UXCK 4JD2A 4A2BA 4C8KA 2O8EB 1NK8A 1N33K 2FSNA 3CCUN 4OGCA 4CBWA 2OZMA 1KFSA 3UIQA 3TAEA 4PY5A 2HSTA 5LMUK 1VSKA 2RKIA 1DGKN 4KB1A 4F2RA 3QEWA 2W41A 5FLXO 3LP1A 1TL3A 2D4WA 5GIPA 4FYDA 2NRXA 1T3VA 2QWNA 4MO5A 3KVGA 4CIEA 3VQ6A 1R0AA 2HF3A 4IZ9A 3O1WA 1SL2A 4BRHA 2F8SA 4BY9C 5HRNA 4QS8A 4FJ5A 4BACA 3ULEB 3BZKA 3VEYA 4ISFA 2YHYA 5AQVA 5DM7L 4OLAA 2KTQA 3ZSZA 4CF8A 5EX5A 3QICA 3VEZA 1J5OA 1B9FA 4B1UB 4O5BA 1UA1A 1TYQA 1E4FT 1O13A 4CCHA 2HBLA 1KQSM 3CD6N 4JHDB 4KO0A 3QIPA 2P1JA 1WSIA 1D9FA 3S3OA 4BR5A 5M1OA 2E20A 3PLAA 3TWHA 1HQUA 3LAKA 3HSTB 1Q9XA 3VMFB 4KTZA 2UUBK 1NMNA 3CCRN 3AO3A 4KH6A 4Z4CA 1TKDA 4FWKA 4E1JA 4DTPA 3NH0A 3KK7A 1KLMA 4NYNA 4KBOA 4KTQA 1KSPA 4Y0WA 3HVTA 3A0IX 1QQMA 4DUZK 3HOSA 3KLGA 4KHPK 5IWAK 5E26A 4C1NI 4K8XA 5BRFA 3K0SA 5AQXA 3DLLL 3CCMN 2W6LA 4DR6K 2P9IA 3C6AA 4IFVA 3KLEA 5HRRA 3O9TA 3K5OA 4XEIA 4B9MA 1GLJO 1QQCA 1N5YA 2OTLN 4PQUA 2HVHA 4H5VA 5DM6L 1YI2N 3THYA 4BC4A 4DFKA 3KHYA 1EP4A 2EHGA 3B6OA 3H46O 4AH9A 2QWMA 3MN6A 3TABA 3V9WA 2IAJA 5ADXH 4PKHA 2HOEA 3SBTA 1IO2A 1E3MA 2Q97A 4CEEA 4DTNA 1C0UA 1KAYA 4YDUC 1JKHA 5BPNA 2A6AA 5KTQA 4I2QA 4B1VA 3EYZA 3JYTA 4LF9K 1P90A 2FSKA 1RT4A 5AQPA 4I6MB 1JCEA 1BI4B 2ETJA 4CJWA 3KD5E 4GVMA 1L3VA 4FVMA 2DTUA 3UKRA 1XMOK 3V4IA 3AVIA 3J8AA 3CMAN 4FLZA 2HNZA 2WONA 3QB0A 3HPHA 5BRDA 1L5UA 4QOZB 2YHWA 4BRPA 4CF2A 1T8EA 1C0FA 3DRPA 1XUPO 1KAZA 4KREA 3LDQA 1M1KO 1NJWA 2KLAA 3GDQA 4JI3K 2HHSA 3SJJA 3QNOA 5B8HA 2RPIA 4M3ZA 5AQGA 2D5RA 5FRMA 3AV9A 2FBTA 5AQYA 4I2PA 1A5VA 5AR0A 5EXWA 3QFPA 4CJEA 4DTMA 1QZ6A 4CF1A 2O8BB 3H1VX 3SV4A 1TL1A 3IUCA 4CZEA 5LMNK 1JXBA 5ELZA 4X65K 1XWLA 3A5LC 3WXKA 1I3AA 2BH1A 4FLVA 2P9LA 4AQYK 4BE0A 1RBUA 2KW4A 1JLAA 5AQFA 1ASUA 3ZETB 3AO2A 5KPRA 2PY5A 1O1WA 2A1RA 3LP0A 4HUFA 4AM7A 5C2FA 1OH5A 4BDYA 4Z4EA 3RSEA 3CC2N 3VGKA 1X9WA 1KVCA 4JI7K 3OHRA 2A42A 4ELTA 2DY4A 3OY9A 2A1SA 4FOEA 3D2EA 1GOBA 4E7JA 4JRPA 3FZLA 2QKKA 3AVGA 3VF2A 3HVRA 3GBTA 5GAEP 1D9DA 3TSQA 3NF7A 3P38A 3J80O 4PKGA 1YJWN 3NGIA 4B9LA 4JK9A 4B8AB 1U48A 1VQ8N 4G9ZA 3WT0A 5AQOA 4CBXA 1K8AO 3VEWA 4FWRA 3I0RA 3MWTA 2QEXN 3AVLA 4DU1A 3L6QA 2A5XA 4M63C 1ATRA 1GLDG 1RDWX 3PIOL 4DFMA 3SAGA 4BGAA 1YJ9N 1Q81O 3L2UA 5I3UA 1FW6A 1QVGM 3DXMB 5C0YA 3OA9A 1VQ9N 4ELVA 3HL8A 1T03A 2GEMA 1NKCA 3IRXA 4FWSA 4HHTA 4FM0A 2QWOA 4IOAL 2A41A 3M8SA 3LWLA 4DSKA 4JKHA 5MLCQ 1YTUA 4H5TA 2UU9K 1W7AA 1BG3A 5HP1A 3J7YP 3BP8A 2NRZA 5LJVA 3DWLA 1IV0A 3L8BA 2Z1JA 4CHZA 4CK2A 2O8DB 1S1TA 2V52B 5J2QA 4DFJA 2G8VA 3DOLA 3A5NC 4FZZA 4OPAA 2Q1NA 4BR9A 4JI5K 3RRHA 3ZT0A 4DKWA 1D4XA 3OS0A 3K58A 3CYMA 1ZBUA 4BRMA 2BDPA 1LWEA 5I9EB 3HTVA 4FLTA 4CJLA 4OPJA 5HROA 4OX9K 2GV9A 3O3HA 2HNYA 2Q2RA 5HOOA 2YNGA 3SQ0A 2Q0UA 3ZSXA 3AO4A 2F96A 1GLBG 4CEBA 4DS5A 3DAWA 4CJ5A 1K8KA 1U2VB 3KZBA 3ZSOA 3ZSVA 3LZIA 3RWUA 2ZWHA 3R8EA 3ATVA 4CIFA 3HOTA 2HNDA 1IJJA 4OKJA 4B3OA 4IKFA 1EWRA 4DSFA 1Q82O 2HHXA 4PA1A 4N5SA 1Q9YA 5C10A 4W5TA 1RT3A 2O8CB 4IXCA 2PBDA 4R5PA 2HF4A 1NNEA 3T69A 3U4LA 3LM2A 3MX5A 5AQUA 4CZLA 3VQCA 1WAFA 5JVGL 1FJGK 3O6WA 2UYTA 1HX1A 2YKMA 5GADP 3K59A 2Y1IA 1OVQA 3AVMA 4X66K 3S9HA 3ZT4A 1S6PA 3AO1A 4U67L 1TK0A 3FLCO 4YNQA 3EE8A 2YNIA 1S1XA 3RRGA 4OPKA 1YHQN 3KKSA 3V9UA 4OO1J 3RMDA 4HUGA 2HBKA 4KPYA 5GAHP 3ZLJA 2CGKA 2NNWA 1SV5A 1L3TA 3H6EA 3L3UA 3VA3A 3TAFA 1RT1A 3ULDA 1RTDA 3AVHA 4C8OA 2E8AA 5BREA 4B1XB 2GELA 3E9LA 1GLAG 2D0OA 1YTAA 3SJHA 2ZJRL 4AHVA 1D8YA 4M3RA 3CCVN 2XY5A 1X1PA 2BANA 4CF0A 4EHUA 4CHQA 1YT3A 2ZM6K 5KPTA 5CY4A 1QS4A 2YJEA 4DV0K 3G71N 1T6DA 4KI6A 1EWQA 4JKEA 3GG4A 1C1CA 4AHRA 4CJ3A 3JSMA 3HJFA 4GVEA 4F2SA 1YAGA 1JLEA 1VSLA 4BWJA 2FBVA 1VSHA 4O55A 1VQLN 3WNHA 4YY3K 4N76A 2HHHK 1S72N 3HPOA 3OBYA 3SMSA 3SQ2A 2ZJQL 2FSJA 5C42A 1TKXA 4B9UA 4FZYA 5M1KA 4IG3A 3DXKB 1NK0A 2XO7A 3FFKB 3DLRA 3VEOA 3IDHA 5JLFA 4KHYA 2VYPA 3WNEA 3BDPA 4DSLA 1TAQA 1XNRK 2OZSA 5BPMA 3CF5L 3AVNA 4OPHA 4X64K 4WQ4C 4DR7K 2Q3SA 5DMRA 4DTRA 2OA8A 3H3OB 1WLJA 2OPRA 3L4IA 4CJVA 4W5QA 3PSFA 2P9UA 1L3SA 4WCEL 3I8DA 3AA3A 2O4IA 3ID8A 3N4QA 4LF7K 3QESA 2FBYA 3AVCA 3CJCA 1B92A 5FRNA 1MU2A 3C0BA 4KRFA 3VGLA 4BRQA 1HQEA 4BE1A 1OH8A 3DLEA 2UUAK 3LWMA 1TAUA 2FXUA 2W40A 3QETA 3G6EN 1ATNA 4CHPA 5AZJA 3A5MC 3AO5A 4NLBA 2KFZA 1Q8IA 1QSLA 5FDLA 3HYFA 5AFUA 1NK4A 3ZEUB 3HP9A 2BUPA 4HTUA 3P5JA 1KC8O 4CHYA 3HM9A 2VWKA 3C6UA 2KZMA 3NF8A 2F7TA 1CXUA 3VQDA 4FK4A 3QEIA 1VQPN 1Q7YO 1KVAA 1YVNA 4CESA 4C8MA 3I55N 3THWB 5EVZA 2W42A 4DV5K 4QCLA 1S9EA 4JN4A 1BCMA 1X9MA 4NB4A 2UUCK 4O5FA 3C7NB 4KKOA 1QSYA 1RT2A 3VENA 2QXLA 5C24A 2XRIA 1HYZA 4KFBA 3WXMB 1RT7A 4IDKA 1J6ZA 2HMIA 4DTSA 3NF9A 4Q5VA 1UA0A 4KHUA 4C8NA 4KH4A 4FW2A 3ZSRA 4KI4A 3D45A 4Z4GA 3GE1A 4OKKA 3ZT1A 1JLCA 1U49A 1Z26A 4JI4K 4BR0A 3PO4A 4IOCL 3PUFA 2P51A 4JKDA 1SL1A 3SUQA 5D3GA 3PX4A 1MA9B 2QTDA 4PL8A 1U6ZA 2KZZA 4PHTX 3E1YA 4CJFA 3PX0A 1EO1A 3RMAA 4KHQA 4RWTA 3HI0A 5BR8K 4IWVA 1T6CA 4BRFA 2GX9A 3SI6A 2E4LA 5AQRA 1NOZA 5JS1A 4CJRA 2YV0X 1A5XA 3MX2A 2PAVA 3TSUA 1EETA 2OCEA 2EWSA 2P9PA 3MXIA 3OYKA 1T05A 3E66A 1C0TA 2YJFA 3T7ZA 4FJGA 3CQ8A 2Q36A 1FXXA 1XHXA 5KRTA 5JVHL 2VGNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2KKZ A;  3L4Q A;  3EE9 A;  3KWG A;  3D6R A;  3O9S A;  3P31 A;  3P39 A;  3KWI A;  3M5R A;  3O9T A;  3F5T A;  3RVC A;  3P38 A;  3O9R A;  3O9U A;  3EE8 A;  3O9Q A;  3OA9 A;  4OPH A;  2RHK A;  2GX9 A;  4OPA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1U4B A;  4CZH A;  1EKE A;  1RBT A;  1HNX K;  2GUI A;  3KWG A;  1C0G A;  3AVK A;  2WFB A;  3CFO A;  5AZJ B;  4NLC A;  4JK8 A;  3KTQ A;  2F8T A;  4IOX A;  5CYQ A;  4EZ6 A;  3QML A;  3K9J A;  1SQK A;  2P9N A;  2O8F A;  1KTQ A;  2YHX A;  3AA4 A;  4JRQ A;  3P4I A;  2YNF A;  5AZI A;  4KHS A;  1NGE A;  2I7P A;  4YDU A;  4BR4 A;  4I7F A;  1R59 O;  1VSD A;  3LAM A;  1TUY A;  1RFQ A;  1HPZ A;  4IJN A;  3DLB A;  1QVF M;  4H4O A;  1OH7 A;  3MN7 A;  4QS9 A;  3J7A P;  4FWO A;  2D1K A;  5CYM A;  4CZF A;  1NK5 A;  3RMC A;  4CD1 A;  4ZTF A;  4BRL A;  3OYA A;  3CCQ N;  2OAN A;  3KLH A;  2XHB A;  3ZSY A;  1LAV A;  3CCS N;  1UAX A;  1HKC A;  4FK0 A;  1TUU A;  4KH5 A;  1RBV A;  4FWL A;  3NH1 A;  4MLE A;  3OYH A;  2GUP A;  4O0I A;  3CPE A;  2E6M A;  2E1Y A;  2YI1 A;  1ZBL A;  1JLG A;  3EN9 A;  1K9M O;  4KB0 A;  4XIU A;  1RT5 A;  4LD0 A;  2F9T A;  2NRW A;  3HBT A;  2KKZ A;  3UKU A;  1IKW A;  2D0B A;  4K0K K;  2FF3 B;  4DSJ A;  3R9P A;  5C25 A;  5AFU H;  4DB3 A;  2QI2 A;  3OYD A;  1NKB A;  4CED A;  4UY8 O;  3O4N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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