1BU6O

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLTKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 167
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bu6O01
2E20A 2CGKA 3S41A 3U4LA 3WXKA 1KAYA 3BP8A 3A5OC 3QICA 5CE3A 2A41A 5AQLA 4RTFD 2FXUA 3QFUA 3D2FB 4BRAA 1MA9B 3L6QA 4XEIA 4CZGA 2OANA 3DWLA 3CI5A 1ZBSA 2YJFA 1MDUB 2A6AA 3CJ1A 3ENHA 4I6MA 3GE1A 5FPMA 4CBUA 4FOIA 3UB5A 4CZKA 4BQZA 2HF3A 2P9KB 5JICA 3KHYA 2VWBA 3EN9A 1G99A 4BRQA 3EZWA 3WXJA 1S3XA 3ENOA 4FL9A 3EKUA 4BR5A 5AQHA 3DXKA 3FLCO 3FFKB 3VGMA 1KXPA 2CH6A 4BREA 1Y64A 2ASPA 4Z94A 1S22A 1XUPO 5AQPA 4ISFA 3LM2A 4BR4A 3FZMA 5AQUA 2E2PA 3WUHA 2GELA 3A8YA 3UKRA 2CH5A 4H5VA 4XH4A 2P9PB 3O80A 3BEXA 5AQTA 3WEEA 4K41A 1BU6O 1MWMA 2NRHA 5AZIA 4H5NA 3MN9A 5BREA 4JD2B 2QM1A 3DXMB 3LDQA 5KPRA 2FSNA 1C0GA 2BUPA 3U8XA 2PBDA 3EL2A 5BRHA 1TUUA 1DKGD 4DHYA 5KPTA 2IVOA 5F2RA 3O1BA 4NB4A 3CQXA 2P9NA 3L0QA 3VF4A 2GUPA 2A5XA 2P9UB 1BG3A 3CJBA 4FWQA 4IJAA 2BTFA 1MWKA 3HTVA 3M3ZA 2D0PA 3MN5A 4FWNA 4B9QA 4BRMA 1NGAA 3CJ7A 4JHDB 3VEWA 4BRGA 4B1YB 4DQ8A 1WOQA 5AQOA 3VETA 4WQ5A 3SMSA 5I9EB 1BO5O 3HZ6A 3MMVA 1HJOA 3O6WA 3GBTA 3R8EA 5EXWA 3KVGA 5AQWA 3BUZB 2D4WA 2Q0RA 4EIAA 4PKIA 3LDPA 3C0BA 4BRCA 4FWKA 4B1XB 2Q2RA 3MDQA 5AFUH 4HWIA 2F9TA 4BRLA 1U6ZA 4FWSA 4CJ7A 3WXLA 1QZ6A 4YDUA 4FOEA 3IFRA 4BC4A 3ID8A 1R59O 4BRNA 3VF6A 5AQMA 2FSJA 2E2QA 1OKJA 4H0PA 1BDGA 1HKCA 4BR7A 3GL1A 1ZXOA 3ATVA 2D1KA 2DPNA 2AA4A 5E26A 5AQXA 1X3NA 3C7NA 1HX1A 3CJCA 3H6EA 3QDKA 4QS8A 1T44A 2ZF5O 3CIPA 4FWMA 4RWTA 3BF3A 1JCEA 1JCFA 4MO5A 3SLCA 2AP1A 4BRFA 4BVPA 4BC5A 4WQ4A 3ZEUA 1LOTB 4BQLA 3VF2A 3CJAA 3D2EB 3G25A 2EWSA 4FPBA 1HKGA 3MK6A 1NGIA 1E4FT 1BA1A 3ZX3A 1KAZA 3A5MC 2W40A 4LC9B 4H5TA 1NLVA 3IMXA 3KZBA 5AQVA 1TYQA 2Q97A 3SK3A 5FPEA 3MCPA 2J4RA 3WQTA 1E4GT 1U2VB 2P9SA 4JN4A 4M63C 5EX5A 4PKGA 3CETA 3ZETB 1YVNA 1H1VA 3ULEB 4WQ5C 1IJJA 2IIRA 1HPMA 4BRPA 2A3ZA 4CZLA 4XH1A 3QFPA 3AAPA 2P9IB 4J8FA 3FGUA 3VEXA 4ISGA 3UE5A 5AFUA 2GWJA 2P9LB 4A61A 4MLHA 4BR9A 1NGGA 1K8KB 1ATSA 5BR9A 3WT0A 3A5LC 5TKYA 4JNEA 1YUWA 3VESA 4C23A 4YDUC 3VGLA 5EY4A 4CZJA 1QZ5A 5AZJB 3M6GA 3H45C 4IXCA 4O5FA 1GLJO 5BRDA 5AQQA 3VEZA 3EKSA 3W0LA 3D2FA 2V7YA 3O8MA 4KBOA 2HMPA 1D4XA 3VGKA 5BPNA 3GDQA 4FO0A 4FSVA 3I8BA 1QQOA 3UKUB 2QWPA 3F9MA 3GG4A 4QS7A 3CERA 1J6ZA 1Z6RA 3U9DA 4B1WB 1GLAG 4E1JA 3RSEA 3B8AX 3LDOA 3FZFA 2PAVA 1GLBG 2FLOA 5F1XA 4F9OA 4WQ4C 3M1FA 4H5WA 3H1QA 4L3QA 1C0FA 1GLEG 2V52B 2UYTA 1SQKA 4BR2A 2QW9A 2FF6A 4HTLA 4BGAA 4QS9A 5FPDA 3ATUA 3WXIA 1BA0A 5LJWA 2E88A 1QQNA 4JD2A 4FWOA 3CQYA 4PKHA 1NGDA 3DXMA 1WUAA 4H0OA 4EFHA 4H5RA 3SJHA 3IUCA 5LY3A 5AR0A 3LL3A 1DGKN 5B8HA 1X9JA 1NGHA 1NWKA 4I6MB 2FSKA 1QHAA 4IO8A 1LCUA 4FWPA 3O5BA 2ASMA 3LM9A 2FF3B 2E8AA 3HBTA 4BG8A 5KPZA 4PL8A 2D0OA 3AY9A 3D7EO 1ATRA 2HOEA 2P9UA 3TU5A 4EHUA 5EOYA 4CD1A 3A5NC 4AM7A 4BRHA 1XC3A 3DXKB 3VENA 3R6MA 4JHDA 1Z05A 2VCPA 1ESVA 1NMDA 4A62A 2QXLA 2ASOA 3VEOA 1NGJA 5BPLA 4B1ZA 3TPQA 2E1YA 2GTDA 3QBXA 3UKRB 4BRKA 2CGLA 4H0XB 3WEEB 2ZWHA 4BROA 5AZIB 2IVPA 5AQJA 5FPNA 3VERA 1T6DA 4B1VA 5ADXA 2GWKA 4BG9A 5F0XA 4M7YA 5AQYA 3CJ9A 2HF4A 3FZHA 2Q0UA 4MO4A 5AQGA 4CZIA 1GLLO 2A42A 3BF1A 1NGFA 2Q1NA 2P9NB 3O1WA 2W41A 5E84A 2E1ZA 1X3MA 3FE1A 3MN7A 4GNIA 3P4IA 2E2OA 1GLFO 3ZX2A 1JCGA 2NLXA 3O4WA 4ISEA 5LJVA 2KHOA 3RSEB 3L4IA 4IWVA 4M7XA 3DAWA 4CD3A 5AQFA 4FWLA 3VPZA 2WUSA 5AQKA 2Q36A 2QWLA 4FWRA 4BR0A 5AQNA 4RCHA 4CZMA 2H3GX 4BGBA 4CI6A 1KAXA 5AQSA 4AM6A 3QB0A 1RGIA 5AQIA 2VYPA 2YCHA 1ZC6A 5AQRA 1NGCA 3I33A 4FPAA 4K43A 4DCHA 4O8KA 2YHYA 4A2BA 3CHWA 2V7ZA 1GLDG 4JAXA 2QWNA 4CBWA 3D2EA 2A40A 2CGJA 4NO7A 5JLHA 5BRFA 3FZLA 1HUXA 3J8AA 1ATNA 4MLEA 4B1UB 2GEMA 1BUPA 2QWOA 3ZX0A 5AQZA 4A2AA 4BC2A 1V4TA 1NBWA 1HKBA 2ZGYA 2P9KA 1TUYA 1U2VA 4DB3A 2QWRA 1Q18A 3ZETA 3ULEA 4EAHD 1P8ZA 3W3DA 1CZAN 3LDNA 4K42A 4H0TB 3DJCA 2P9IA 5KQ8A 4PL7A 3JS6A 3H46O 2IVNA 4H0YB 4XH5A 5ADXH 2I7PA 2P9LA 1BWFO 4H03B 1RDWX 3VOVA 4BRIA 1XQSC 3H3OB 4CZEA 1K8KA 1DEJA 3C7NB 1IG8A 1YAGA 3HM8A 2QWQA 3H1VX 2P9PA 4BVOA 1SZ2A 2YJEA 3JXUA 5AZJA 3GOIA 5JMVA 3HI0A 3ZEUB 4IJNA 4CZFA 3FZKA 3VEYA 2F9WA 2NZTA 3H3NO 3R9PA 4H0VB 5BN9A 2QWMA 2V51B 1GLCG 2ZGZA 4WYBA 3VEVA 1HLUA 5BPMA 3MN6A 1TYQB 3A0IX 1SAZA 3HSCA 3UKUA 1NM1A 1NGBA 2P9SB 4GY2B 2YHWA 3EO3A 3O08A 3AARA 3AAQA 2ITMA 1QQMA 4CZHA 1BOTO 2I7NA 4EHTA 1T6CA 5JLFA 4CBXA 1EQYA 3WQUA 3U9ZA 2E2NA 5ELZA 5BN8A 3IDHA 4BC3A 2YI1A 4K25A 4Y0WA 3LDLA 2YHXA 1NGEA 2Q31A 5EVZA 1RFQA 4BRDA 5KQDA 3SMPA 1V4SA 3FR0A 4IZ9A 3OHRA 3QBWA 1YXQA 3QMLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT4A 3NF8A 2O8CA 1QVGM 1KFSA 3CG7A 4F3TA 2A41A 4RTFD 2FXUA 3TWHA 2ZD1A 4CZGA 2OANA 4CJLA 3PIPL 4FJMA 4KTQA 1ZBSA 4FJLA 2A6AA 3CCMN 4I6MA 2XY6A 3S9HA 4MDBA 4BQZA 1X9WA 2EX3A 4PHTX 3SPZA 2P9KB 3IKMA 2QKKA 3HSTB 3KKRA 3OYIA 4FVUA 5AQHA 3ZLJA 4DR3K 2CH6A 2OCEA 4BREA 4Z94A 3DOLA 2F8TA 1IH7A 4RW4A 3FZMA 1NJWA 2E2PA 4BWJA 1ITGA 3A8YA 2X6NA 4DWIA 4XH4A 2P9PB 4DSEA 3ALYA 4FLZA 1F21A 3PY8A 5BREA 5FROA 4NLCA 4R5PA 3NFAA 4B3SK 4B9UA 2PBDA 4E0DA 3QETA 5F2RA 2KZMA 4NB4A 1TVRA 3OS1A 3L0QA 3AVFA 2DTUA 4LH4A 1BISA 4DKWA 3NVKA 4JI7K 4DTSA 1IO2A 3LP0A 3CJBA 4CIEA 3THWA 3CJ7A 2HBKA 2B4JA 3RVCA 1OH6A 3R3LA 3SMSA 1RBTA 2FBYA 3PLAA 4JRQA 2G8UA 2D5RA 4FK4A 4DS5A 2FBVA 2ZM6K 1SL0A 1VQ6N 1BI4A 1JJ2M 5AQWA 1HNZK 1WNSA 3BUZB 3NCIA 2D4WA 4AQYK 3QERA 2Q2RA 3MDQA 3HPGA 5AFUH 4BRLA 4J2DA 4FWSA 1RCHA 4OPKA 4AHUA 4FOEA 3VF6A 2XY5A 3ZYYX 3RRHA 4PWDA 4MQ3A 3OBWA 1XHZA 1X9MA 3B6PA 1VRTA 1BDGA 3RRGA 3VQBA 4BR7A 1QSSA 1ZXOA 3ATVA 4CHNA 1TK5A 4N5SA 1N32K 2YHAA 4IDKA 5E26A 1P90A 3KK7A 1T44A 3CCVN 3CD6N 3BF3A 4M3XA 4CJWA 1JCFA 4MO5A 5C12A 4BRFA 4AHTA 1SV5A 4WQ4A 3ZEUA 2ZJPL 3QEIA 1NK8A 3VQ4A 3G25A 4FPBA 4CHPA 3MK6A 5C25A 2O8FA 2O8EA 4ICLA 2W40A 4JKCA 3IMXA 4FJGA 4J2AA 2J4RA 4KH5A 4JN4A 3I55N 5C42A 1T8EA 3NH2A 1HNWK 3EE8A 5AFUA 4C8LA 2I5JA 1E3MA 4DFJA 4A61A 1BCMA 1J5EK 4MLHA 3NGZA 1UA0A 1ATSA 4C8MA 4ELVA 4LFAK 4JNEA 1C0UA 3RR8A 3DI6A 4FM2A 2QXFA 2P1JA 3TAPA 3ZSWA 3M6GA 4OVLA 1S72N 3AVBA 1BIZA 1GLJO 1QTMA 1KSPA 3AVIA 4LSLA 2V7YA 4WE1A 2HB5A 4DSLA 2HMPA 4IG3A 3KLIA 3SJJA 4B9TA 2QTDA 3F9MA 2OTJN 5HBMA 5SWMA 2YKMA 1S9GA 4CERA 4E1JA 4X65K 3B8AX 1MU2A 4DUYK 3LDOA 4DQQA 4H4MA 3NVMA 1T7PA 3CFRA 1C0FA 5T7BA 2V52B 5M1OA 1DT9A 3AA3A 5HROA 3M5RA 3ID6A 3L2WA 1HYZA 3TSPA 2RPIA 3MWTA 3VA0A 3WXIA 3OYLA 4NXNK 3VQ7A 4IO9L 4FJNA 1QQNA 2WONA 3CQYA 3G4SN 1D8YA 1QS4A 2RN2A 5LY3A 5AR0A 4CFCA 1DGKN 1YT3A 4DQRA 4V19S 4DLGA 4CF1A 3CFPA 3IRXA 5KRTA 3V1QA 4IO8A 1LCUA 1YITN 1SS6A 2ASMA 3PX4A 4CEOA 1CXQA 1JXBA 3KLGA 4O0IA 4ELTA 1ATRA 4E89A 3TU5A 3AVGA 4E19A 3HM9A 1O1WA 2HHVA 1DTQA 1ESVA 4FK2A 5CHIA 2XHBA 3DLEA 3QEXA 2ASOA 3L2RA 4B1ZA 4YOTA 2GTDA 1HNXK 3P83D 4BRKA 4H0XB 4JI6K 2HHWA 4BROA 1FXXA 1W7AA 1A5XA 4E1MA 1NJXA 4DV5K 2UUBK 5CR4A 5KGWA 1GOAA 4MO4A 5AQGA 4CZIA 4FM0A 1GLLO 2A42A 3BF1A 3OYNA 2G8IA 4CJ4A 3O1WA 3AO2A 3OYFA 1WB9A 1KVAA 4RW9A 3NHGA 1XWLA 3P4IA 3V6DA 3KLFA 2NLXA 1WSJA 4ISEA 5LJVA 2HNZA 2NNWA 2NRRA 3I0SA 3LWLA 4IWVA 1BQNA 4OKEA 3DAWA 4FWLA 2KTQA 5AQKA 4BR0A 1Q82O 1RTDA 2H3GX 4GV9A 5IT9O 4CI6A 3QO9A 4DFKA 2XY8A 3OYEA 3LP2A 2NRVA 1KC8O 3QB0A 3HPHA 4DQPA 3I33A 3E66A 3MEGA 3O9RA 1ATNA 5J2NA 4DQIA 3LANA 3RMCA 3NH1A 3ZX0A 3P39A 3AVCA 4KI6A 4DB3A 1T3VA 4CGDA 1P8ZA 4B3OA 3W3DA 4K42A 2NRXA 4YOYA 3V9XA 1RDWX 4ZTFA 1K9MO 3H3OB 1Q8IA 1NKEA 4HUFA 5KGXA 3C7NB 1QHTA 1R0AA 2UXBK 4IOCL 3LWMA 4XIUA 4Z0UA 2IAJA 3GOIA 3WNHA 5JMVA 4IJNA 3SYZA 2F9WA 4JI8K 1VQLN 3M8SA 3R9PA 4H0VB 5BN9A 1YVUA 5M1KA 1KVCA 3O3HA 3TAEA 1SAZA 4YOUA 5KTQA 3AARA 3AVHA 5JLFA 3K9JA 3J7YP 2E2NA 3SQ0A 2YI1A 3LDLA 3U3YA 4CFBA 4DMNA 3QEWA 4B9NA 4BE0A 4AHSA 2DY4A 2Q31A 5EVZA 2ZJQL 1RFQA 4KH6A 4BRDA 3FR0A 3F2KA 3M8QA 3OHRA 3QBWA 3WNEA 4CK2A 1UA1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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