3AV9A

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 57
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3av9A00
3HM9A 1NKEA 3TANA 1TKXA 5EU7A 3AVCA 4OJRA 1ZBHA 3V9XA 1FK9A 2QXFA 3ZSQA 4HCCA 3DMJA 4CGIA 4E7IA 4M41A 3CYMA 1NK6A 1BISA 1JLAA 4CEZA 4DU3A 4B9UA 1DTQA 3O4NA 3QETA 3QIPA 4L8RB 3MEGA 3JSMA 3ZT0A 3D45A 4CIEA 2P5GA 3HT3A 1B92A 1RDAA 1S6PA 1TL1A 2G8KA 3M8QA 3WNHA 4LH5A 1TL3A 3IS9A 1RT2A 3OS1A 4DTPA 3MXMA 4IBNA 4CJTA 2IDOA 3OYKA 2G8IA 1KLMA 4G1QA 3V9ZA 1Y97A 1U04A 2D0AA 4B9VA 4HCBA 5C24A 3SUPA 1N6QA 1S9EA 4M3WA 4NYFA 4KREA 4OGEA 3ZT4A 1R0AA 3NDKA 1J54A 2X78A 4WE1A 4B8CA 4B9SA 4KB0A 4M3TA 4DQSA 4CEBA 1BGXT 1WSGA 2WONA 1HNVA 4J2DA 1HRHA 3AO2A 4BWMA 1T03A 3HO1A 3M8PA 2HNZA 1RDDA 4FYDA 5HROA 1ZBUA 1NKCA 5J2NA 4NCGA 5HRRA 3KLFA 4DU1A 2KTQA 3V6DA 3NF6A 1NJWA 4RW9A 3V4IA 4Q5VA 4O44A 1LV5A 2YKNA 2HW3A 1RDBA 3HVTA 4DTJA 3SUNA 1ZYQA 3DLKA 4FK0A 1C6VA 4CEFA 4B8AB 5E41A 3HXMA 1JXBA 4PA1A 2Y1IA 4BWJA 1WAJA 3L2UA 1C0UA 1CLQA 4ID5A 1QTMA 2VG5A 2O4GA 2ATQA 4W5TA 1YTAA 3KK1A 3SQ4A 4KHWA 4HTUA 4CF8A 1JLCA 3SUQA 3OYJA 4Z4HA 1UA0A 1NOYA 4CGDA 5FROA 2JLEA 1D9DA 4FZYA 2A1SA 4Z4IA 2YKMA 4OLAA 3AVNA 3SYZA 1U48A 2F8SA 1L5UA 4ELUA 1I39A 4DMNA 2ZD1A 3QNNA 4PUOA 3TAMA 3OJSA 4OPJA 1X9WA 3S9HA 1SKSA 4C8KA 4RW8A 4M3XA 1KFSA 3M8SA 2Y1JA 2B5JA 4HUFA 3HVRA 3S3NA 1NJXA 3CM6A 3WNGA 4FLUA 3QEPA 1N5YA 2G8UA 4KPYA 4KAZA 1W0HA 1VK0A 1IKYA 4IG3A 3V1RA 4JS4A 1RBVA 4BDZA 3S3MA 3DM2A 3L3VA 3OYIA 3HPOA 1TGOA 4EP4A 3SZ2A 5FDLA 4FJ9A 3DOKA 4JRQA 4FK4A 1S1TA 1X1PA 4CE9A 4E3SA 3LAKA 4O4GA 4CCHA 4KFBA 4OPKA 3G10A 1S1XA 3B6PA 1JL2A 3ZSZA 4Z4GA 1S5JA 3AVLA 1GOBA 4EZ9A 4K8ZA 2G8VA 1B9DA 4AHSA 4DFKA 1SV5A 4IDKA 3QEWA 1RT3A 1T05A 4N41A 1IKWA 4CEOA 3JYTA 1CXQA 5C42A 3MAQA 3QEVA 4QOZB 3BDPA 2VWKA 4C8LA 4DQIA 2R7YA 5CZ1A 3VQQA 3NH2A 3AO1A 4DTUA 2D0BA 2E6LA 4F8RA 3SV4A 4DSLA 3NF8A 5CZ2A 4CHOA 3ZT2A 3PX6A 4FJXA 3HJFA 4CJVA 3ZSVA 4AH9A 3U3YA 1RT4A 4DLGA 3K5OA 4RW7A 1U47A 4AHRA 1TK8A 3OYAA 4PWDA 3DLRA 3ZSYA 4BE1A 2YNFA 3LAMA 2RKIA 1ITGA 5CYQA 1RTIA 1CZ9A 4PY5A 2IC3A 4CJPA 2DFEA 3KD1E 4M3ZA 1QS4A 4MQ3A 3DLBA 3TAPA 1J5OA 3ZCMA 3LWLA 1C0MA 3NF7A 4CHPA 4BDYA 1RT6A 2JGUA 3AO5A 3MECA 3AVGA 3LDSA 1LW2A 2X74A 2LSNA 3P1GA 1YTUA 3LZJA 5J2PA 4CJEA 1SKRA 4FJMA 3KLIA 3LALA 1C1BA 2HB5A 3D0PA 1MU2A 4YNQA 2KFZA 1VSHA 1XC9A 3L3UA 3O3FA 3NGIA 1X9SA 5J1EA 3OVNA 4B9NA 3OYEA 2OPRA 3IRXA 3K57A 4DLEA 1RBUA 2HHUA 4FLZA 1C1CA 4E1MA 1L3UA 1ASUA 1LAVA 3ZSRA 4B08A 1BCOA 3LP2A 1EETA 3C6TA 1FKPA 1CZBA 1HJRA 2FBYA 2E6MA 3AVKA 2P1JA 4AHCA 4CGGA 3LP3A 3SPZA 4QCLA 3K2PA 4E7HA 1KCFA 4N56A 5K14A 3U3GA 3V1QA 3NGZA 2A1RA 2DY4A 5T7BA 4DF8A 2DFFA 3ULDA 4F2SA 2HHTA 3ZSOA 1BQMA 2XY7A 1GOAA 2NUBA 3QINA 3M8RA 4HHTA 3QESA 1BCMA 1NOZA 1BHLA 3KK2A 1CXUA 3L2WA 3QEXA 1TV6A 5C25A 1Q9XA 4CJLA 1RBTA 1DTTA 2EX3A 3RWUA 2QKKA 2FBTA 5KTQA 4CJKA 1VRUA 2Z1IA 1KVBA 3LZIA 4N76A 2HMIA 1BI4B 3ZT1A 3SV3A 1FXXA 4FW1A 1YVUA 4DFPA 2VG6A 1JLEA 1NK7A 5I3UA 2GV9A 3A2FA 3P5JA 1UWBA 4F3OA 4CJUA 3BGRA 1B9FA 2Z1JA 3VQ5A 2RF2A 1RBRA 4DFMA 1EKEA 3L2RA 1TKDA 1S9GA 1TAUA 1LAWA 3V9UA 2DTUA 3V81A 3MEEA 3SQ2A 3LPTA 3VQBA 3OYBA 3SCXA 1HPZA 2OPPA 2OPSA 3T1AA 2HNYA 3HP9A 1KSPA 4CF0A 3VA0A 3HYFA 1VRTA 3OY9A 2KZZA 1KVCA 1QQCA 1LW0A 4CJFA 3NH0A 4H8KA 4JS5A 1JLBA 4Y1CA 4KHYA 1EP4A 4W5OA 4E7LA 4M3YA 3VQ7A 3KLGA 4AILC 1A5VA 1RBSA 4OKKA 5FRNA 3S3OA 3KK3A 3LPUA 3AA3A 5HLFA 1I3AA 2BANA 1JL1A 2I5JA 2BDPA 2QKBA 1DLOA 1Q9YA 4LH4A 3TAFA 3CQ8A 2QK9A 4CJRA 4KB1A 2W42A 4CHQA 2B6AA 1WN7A 4FJIA 4CJWA 1D9FA 3OYGA 4B3OA 3TWHA 1BI4A 2YV0X 3HP6A 3RMDA 3DOLA 1JLGA 3ASMA 2Z1GA 4GW6A 4H4OA 3RR8A 3OYMA 4Z4CA 4LSNA 3OYCA 4E7JA 4DSFA 4H4MA 2XY8A 4FLTA 3QO9A 4CFCA 4F2RA 4N5SA 1C1AA 2OA8A 3NAEA 4DSEA 1HYSA 4FZZA 2KW4A 2GBZA 1L3SA 3K5MA 2OZSA 4FJ5A 4I9QA 4FJ7A 3AA4A 5SWMA 2PZSA 4B9MA 2IGIA 2Z1HA 4DS4A 3H08A 2HNDA 4IG0A 4I9LA 3V9WA 2ETJA 5J2MA 4CGJA 1C0TA 4KHUA 2IAJA 4ELTA 3AVJA 3IG1A 4Y1DA 4CHYA 2X6SA 4I2PA 1J53A 4B9TA 4RG8A 2IS3A 3L2VA 1IG9A 5FRMA 1REVA 1VSKA 2FBXA 4Z4FA 4NYNA 3EZ5A 4O55A 1VSJA 3C94A 3NE6A 4DTNA 2PYJA 1NK0A 3QLHA 3TAEA 1WSIA 3NBPA 5CY4A 4CFBA 2HVHA 1RNHA 4E7KA 3RR7A 3QNOA 4CF9A 3VN5A 2D5RA 1T8EA 1D8YA 4KTWA 4E0DA 4OKJA 2VWJA 3E01A 4K8XA 4CFAA 1IKXA 3QIOA 3AVIA 1X9MA 3U6FA 2IOCA 4DF4A 1XWLA 1NK8A 4CK1A 3NHGA 1QSSA 4JRPA 2HHWA 2X6NA 1ZBFA 2EHGA 1UA1A 1WSFA 1A5XA 5D3GA 1O1WA 3K58A 3VQCA 1EXQA 4R5PA 4C8MA 4CJQA 4O5BA 4E19A 4AHUA 3IAYA 4NCBA 5HRSA 3PV8A 4CHNA 4IKFA 3NCIA 4DTOA 1HQEA 1S1WA 2HVIA 1BQNA 3CFPA 4DS5A 4DQQA 4DTMA 3TAGA 4MFBA 4CHZA 1NJYA 4Z4EA 1UAXA 3HSTB 4OVLA 3PY8A 3KLEA 4FLWA 4DTRA 3LP1A 4DG1A 5HRNA 4J2EA 1NKBA 1FKOA 3V9SA 3O4QA 4CF2A 3K5LA 2G8WA 1YT3A 4FJJA 1JXEA 3KTQA 4RW4A 3T3FA 2FBVA 3DI6A 2OYQA 4CK3A 4HUGA 4KHSA 2D0CA 3OS2A 1NK5A 1SL2A 4I7FA 3AA5X 2FC0A 4CEDA 4ZTJA 3O3HA 1S1UA 4DSKA 4DWIA 3DLEA 3OJUA 2PYLA 1SL0A 1KVAA 2BGGA 4B9LA 2E4LA 1TAQA 4CEEA 1LWCA 2RN2A 3RMBA 2PY5A 1IO2A 3C95A 3NGYA 3NH1A 3AVMA 4M3RA 4DQRA 3HPHA 3AA2A 3AVAA 1WSEA 2KFNA 4FK2A 4M3UA 3QERA 1TK5A 1K6YA 3OYLA 3KLHA 2OPQA 1XHZA 1F21A 1RCHA 3MXJA 2GUIA 2RPIA 1VSDA 3I8DA 3RRGA 1BIUA 4F4KA 4BE2A 3O3GA 3TARA 1WSJA 2P51A 3AVFA 1RDCA 3THVA 4FW2A 1KFDA 1QSLA 1HMVA 5DK5A 4CIFA 5KRTA 1L3TA 3TI0A 4OLBA 1HYZA 1LWEA 3I0SA 4FJGA 4CJSA 3QEIA 4KTQA 4JLHA 4KO0A 3ISNC 3ALYA 4OGCA 3DLHA 4E89A 3FFIA 5KGWA 1L3VA 3TABA 4E1NA 4RW6A 3OYHA 3UIQA 4FLXA 4CIGA 3VQDA 3EY1A 2Q3SA 1D5AA 4PQUA 4HVJA 1RT7A 4FLYA 3SUOA 2KZMA 4FLVA 3LWMA 1RTHA 4FCYA 4IFVA 1KTQA 5JS2A 3VQAA 1GOCA 5J2QA 3B6OA 5KGXA 4DTXA 4CK2A 3L2QA 3KJVA 1T7PA 3CFRA 1VSLA 3VQPA 3PX4A 1XHXA 1U4BA 3PUFA 4FM2A 1NK4A 1WAFA 4ELVA 4M42A 4EZ6A 3CG7A 2ITGA 3NFAA 5DMRA 3KKRA 1EX4A 3CM5A 3DYAA 3DLGA 1XI1A 2DFHA 4GVMA 4CF1A 4CGFA 4DQPA 2HHSA 3HL8A 4C8OA 4DSIA 4FJLA 4KTZA 4ICLA 4KI6A 3ZT3A 4KRFA 2B4JA 3DRPA 4W5QA 4BACA 1QE1A 1WNSA 2G8HA 3TAQA 1S6QA 4DSJA 1NJZA 2YNHA 4AHTA 4CJ3A 4CFDA 3AO4A 5I42A 1ZBLA 2ZQBA 4AHVA 4KI4A 3C6UA 4CESA 4ID1A 3OYNA 3F73A 4LSLA 5KRSA 4FM0A 1HQUA 4FXDA 4N47A 2OZMA 4DFJA 3VQ6A 4YFUA 4HUEA 2HHXA 4CERA 4Q0BA 3HPGA 3KIOA 5JS1A 2HHQA 4O0IA 4UQGA 4LY7A 4W5NA 4O0JA 3CFOA 2YHAA 3WNFA 3SPYA 3AV9A 2F8TA 1JLFA 4QAGA 4IFYA 3L8BA 1U49A 3WNEA 2HHVA 1SL1A 2BE2A 3MXIA 4DTSA 3OYDA 3PX0A 4CJ5A 3SQ1A 1TK0A 4FJHA 3AVHA 3LANA 5KI6A 2AJQA 1VSEA 3HK2A 3F9KA 1TVRA 2G8FA 1A5WA 1TKTA 4KV8A 2P5OA 4I2QA 3SNNA 1ASVA 4W5RA 4EP5A 4KHQA 4TSXA 1U45A 3VQ9A 4DU4A 1IH7A 1TKZA 3VQ4A 1HNIA 3SJJA 4C8NA 3ITHA 2YHBA 5HP1A 3PO5A 4F3TA 4GMJB 4BE0A 2XRIA 3KD5E 4Z0UA 1QHTA 4OKEA 5HRPA 3ZSXA 1UOCA 1RTDA 5SZTA 3K59A 4NCAA 1Z25A 3KKSA 3LP0A 3T19A 4CEQA 1SKWA 2XO7A 3EYZA 3PO4A 1HYVA 3RMCA 1NK9A 4FJNA 1RILA 1WSHA 2KQ2A 4ZHRA 3DRRA 3NF9A 3OS0A 2XY6A 1VSMA 1BIZA 3AO3A 4J2BA 3I0RA 3VA3A 1J9AA 1S1VA 3G0ZA 1KLNA 1ZBIA 3AVBA 1RT1A 1VSIA 2XY5A 3SI6A 3OYFA 3DRSA 4CECA 4ZTFA 3RTVA 1SUQA 4CEAA 4XIUA 1Z26A 3RMAA 3MEDA 2WOMA 3TR8A 3P83D 4FVMA 5HBMA 3V1OA 2XHBA 1QSYA 4J2AA 1VSFA 4CGHA 4KHNA 2O4IA 4BDPA 1JLQA 1W9HA 2F96A 4LD0A 2ZE2A 4FJKA 4KKOA 3VQEA 1G15A 1RTJA 4M45A 5CYMA 3SQ0A 3K5NA 1KRPA 1ASWA 2YNGA 3ZSWA 1LWFA 4CJ4A 1IKVA 1JKHA 1Q8IA 3RRHA 3VQ8A 1RT5A 2YNIA 1BL3A 4FJ8A 4FM1A 4FZXC 1WLJA 2VG7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKHA 3HM9A 1YUWA 1ZBHA 1BO5O 4CVNE 4CEZA 2NZTA 1VQ6N 4B1YB 1DTQA 4L8RB 3QIPA 4BRIA 3MEGA 4EAHD 3JSMA 5EX5A 2P9LA 4B1XB 1B92A 2YI1A 1S6PA 3M8QA 4CJTA 3OYKA 4G1QA 4BC5A 4C1NK 4KREA 1S9EA 4NYFA 4M3TA 4B8CA 4CEBA 3AO2A 3HO1A 1N32K 1T03A 1KAYA 3E9OA 4FYDA 2HMPA 1ZBUA 2FF3B 2P9SA 2KTQA 3V6DA 3CQXA 4RW9A 3V4IA 3FR0A 2HW3A 1RDBA 2ASOA 2Q1NA 4YY3K 1ZYQA 2QI2A 4PA1A 4WQ4A 4BWJA 2ZJQL 3CCJN 1NNEA 3BF1A 1CLQA 2Q97A 4W5TA 1SS6A 3RSEA 4RCHA 4A62A 3EKSA 4CGDA 1YJ9N 3LDLA 2A1SA 5ADXH 5BREA 4Z4IA 1GLJO 3SYZA 1U48A 3THYB 1NGJA 2BUPA 4DMNA 5GAHP 2DPNA 4BY9C 2NRXA 3CQYA 4JKEA 4BVOA 4PUOA 3M8SA 3HVRA 1NJXA 2G8UA 1N5YA 2Q2RA 5AJ3K 3JAMO 4JS4A 1RBVA 4GV3A 4PL7A 3OYIA 4EP4A 4IOAL 1S1TA 1X1PA 1VQNN 2ZM6K 1T3VA 4OPKA 2H3GX 1JL2A 3ZSZA 4Z4GA 3UKUA 3I55N 2W40A 4EZ9A 2G8VA 3FZFA 4DFKA 1RT3A 2O8CA 4PKIA 1NGCA 4CEOA 3JYTA 1M90O 2QWMA 4B3MK 2FF6A 2JWKA 2VWKA 4DQIA 3DXKA 4OO1J 4DTUA 2E6LA 3CCUN 3O80A 3SV4A 2GELA 5CR4A 1BOTO 4BC3A 4AHRA 2I7PA 3DLRA 3ZSYA 1S3XA 4HWIA 3LAMA 2RKIA 2E2OA 1ITGA 4PY5A 4DV5K 2IC3A 2O8FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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