2GTDA

Crystal structure of a type iii pantothenate kinase: insight into the catalysis of an essential coenzyme a biosynthetic enzyme universally distributed in bacteria
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
MDPMYLLVDVGNTHSVFSITEDGKTFRRWRLSTGVFQTEDELFSHLHPLLGDAMREIKGIGVASVVPTQNTVIERFSQKYFHISPIWVKAKNGCVKWNVKNPSEVGADRVANVVAFVKEYGKNGIIIDMGTATTVDLVVNGSYEGGAILPGFFMMVHSLFRGTAKLPLVEVKPADFVVGKDTEENIRLGVVNGSVYALEGIIGRIKEVYGDLPVVLTGGQSKIVKDMIKHEIFDEDLTIKGVYHFCFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Type III Pantothenate Kinase
publication title Crystal Structure of a Type III Pantothenate Kinase: Insight into the Mechanism of an Essential Coenzyme A Biosynthetic Enzyme Universally Distributed in Bacteria.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 78
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2006-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03309 Pan_kinase Type III pantothenate kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gtdA01
3.30.420.490 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gtdA02
3W0LA 4L3QA 4BC3A 2E88A 2QWQA 3QICA 1WUAA 5JICA 3SLCA 4BR5A 1U2VA 1V4TA 4BR4A 4JD2B 1HPMA 2NRHA 4JD2A 3EN9A 3AAPA 1ZXOA 3CQYA 2A42A 5AFUA 3FGUA 1ESVA 4J8FA 2Q97A 4PKIA 4PKHA 3O80A 5AQNA 4LC9B 3VGMA 4O8KA 5AZIB 5AQSA 3B8AX 1S3XA 2HF4A 3CERA 3VESA 3GE1A 4FWLA 5KPTA 1HJOA 5AZIA 5AQYA 2HMPA 4JNEA 2E1YA 3RSEB 1LCUA 4JAXA 1TYQB 3MMVA 1ATRA 3HBTA 3ID8A 3MN7A 2YHYA 3DXKB 5AQIA 5AQQA 3UKUB 5ADXA 2CGLA 4H0PA 4CD1A 1QQOA 5BN8A 1XUPO 2J4RA 2IVPA 1KAYA 3DXKA 2A6AA 4FL9A 3UKUA 4BR7A 4E1JA 3O1BA 5LJWA 4B1XB 1YXQA 1RGIA 2H3GX 3CIPA 4WYBA 1GLCG 3ATVA 2E2PA 1QZ6A 3MK6A 1ATSA 3H45C 3CJ7A 2YHWA 2PAVA 2Q31A 5ELZA 4QS9A 4FO0A 4BRCA 3WQTA 1ZBSA 3A5MC 1NGDA 4B1WB 5LY3A 4GY2B 4DQ8A 2GWJA 5B8HA 4RCHA 3WXJA 1V4SA 2ASPA 2D4WA 3HI0A 4F9OA 5EVZA 3MCPA 2QWPA 3CHWA 3LDQA 2P9SB 3VEVA 4A2BA 3CJ1A 4K25A 3IUCA 3R9PA 5E84A 2P9SA 4EFHA 3H1VX 5FPMA 3SMPA 3M6GA 4H03B 4WQ5C 4NB4A 4BRQA 3ULEB 3QDKA 5BRDA 1KAXA 1BOTO 3R8EA 1BDGA 3AY9A 3LDOA 3ULEA 3O5BA 2E2QA 1HKCA 1QHAA 3IMXA 4YDUC 4BR0A 1G99A 3DXMA 3EZWA 1DGKN 3WXLA 1XC3A 4FWRA 1BUPA 2BTFA 3VEXA 5AQKA 2NLXA 1RDWX 5AZJA 3CJAA 2P9PB 1D4XA 4WQ5A 3ENOA 1IG8A 4BG8A 4DCHA 3FZMA 1YAGA 4H5NA 5KQDA 4I6MB 3O08A 2ZGZA 4BRGA 3TU5A 1NGHA 4I6MA 3J8AA 4WQ4A 3GL1A 3VETA 2E2NA 2QWNA 4FWQA 1Z05A 2QXLA 4XH5A 3H3NO 4PL8A 2V7YA 4NO7A 3FFKB 1DKGD 1QQNA 1NBWA 3I33A 4CZIA 1YUWA 4BGBA 3SK3A 2Q0UA 2A40A 5KQ8A 1X3NA 3VF2A 3QFPA 2FSNA 5LJVA 4FOEA 2KHOA 4BROA 3HZ6A 4B9QA 3O8MA 4CBUA 3KZBA 3U9ZA 3M3ZA 3ZX2A 1CZAN 1ATNA 2QW9A 1LOTB 3AARA 3ENHA 4H0OA 2AA4A 4IWVA 3W3DA 1NM1A 2NZTA 4IO8A 5JLFA 2WUSA 4BRPA 2EWSA 3DWLA 4FWSA 3QFUA 2PBDA 2OANA 5KPRA 2FXUA 4B1UB 2FF3B 3G25A 3LM9A 3VEOA 2P9UB 3BF1A 2GUPA 5BN9A 1X3MA 3F9MA 4BRAA 1IJJA 1YVNA 1MDUB 2YJFA 2P9UA 3CETA 4IXCA 4PKGA 4BRLA 1Z6RA 4FOIA 2P9LB 4IJNA 1GLBG 3RSEA 1TYQA 2IVNA 4BVPA 5FPEA 1R59O 2VWBA 1NGAA 3CJCA 1MWKA 2YJEA 3IDHA 3LDNA 1T6DA 3SMSA 4CJ7A 2W41A 4FWMA 5AQLA 1NGGA 2QM1A 2IIRA 1BU6O 2GWKA 2I7PA 3O4WA 2DPNA 4BRMA 1BWFO 2GTDA 1MA9B 4DB3A 5BPMA 3LM2A 4BRDA 2YHXA 5TKYA 4H5WA 5BREA 2ZWHA 3O1WA 3MDQA 3SJHA 1BA0A 3WXKA 5AQJA 3VF4A 3C7NB 2E20A 2FLOA 3U8XA 4BRIA 1XQSC 4O5FA 5JMVA 3FR0A 3BF3A 4A62A 3EO3A 1GLLO 4A61A 1BO5O 4BR2A 4HTLA 4BRNA 2CGJA 4CD3A 3FZLA 4HWIA 4K43A 1TUYA 2E8AA 1WOQA 1Y64A 4Y0WA 5F1XA 3H46O 4M7XA 4CZLA 2VCPA 2ZGYA 2P9KB 3CJ9A 1GLAG 3LDPA 1HKGA 2P9PA 5AQHA 1ZC6A 1NGBA 4H5RA 4ISGA 5EX5A 2QWOA 3I8BA 3UE5A 3L0QA 4YDUA 5BRFA 3IFRA 1TUUA 3VEYA 3LDLA 3EKUA 2CH5A 3KVGA 5FPDA 1H1VA 3MN5A 3A5LC 1QZ5A 2ITMA 2VYPA 4MLEA 1BG3A 4MLHA 3VERA 3HSCA 4EIAA 4FPBA 4CZFA 2Q0RA 5AQXA 4Z94A 1NWKA 3QB0A 3U9DA 4CI6A 1QQMA 5AQGA 1MWMA 4C23A 4XH4A 4K41A 4JHDB 4BRFA 2P9NB 3BUZB 2GEMA 4AM6A 3CI5A 4GNIA 5BR9A 4MO5A 3D2EB 1NMDA 3M1FA 2BUPA 1J6ZA 3A0IX 3A8YA 3WUHA 4K42A 3D2EA 3UKRB 1P8ZA 4XEIA 2E2OA 5AQZA 4BR9A 1C0FA 3D2FB 2CH6A 5CE3A 3P4IA 3C0BA 1RFQA 3D2FA 4BG9A 2P9IB 4CBXA 4BC4A 2I7NA 3BEXA 4FPAA 2FSKA 1BA1A 4FWPA 3GBTA 2P9IA 3TPQA 3BP8A 1NGCA 3VEWA 5KPZA 3U4LA 3VOVA 4H0VB 2A3ZA 4CZEA 3EKSA 3JXUA 1DEJA 3VF6A 3LL3A 3JS6A 5FPNA 4BRKA 2Q1NA 2Q2RA 3R6MA 1SAZA 1EQYA 2V51B 3S41A 3FLCO 2P9LA 3QBXA 4IZ9A 3EL2A 3MN9A 3QBWA 3ATUA 3A5NC 5EOYA 3L4IA 5BPNA 3FZKA 4M7YA 4BREA 4B1YB 4FWNA 2CGKA 1NLVA 5AQOA 5AFUH 3MN6A 4CZHA 3VGLA 5AQVA 4M63C 5I9EB 3WQUA 1K8KB 1JCFA 2A41A 5AQUA 3UB5A 1OKJA 4B1ZA 1E4FT 2FF6A 3DJCA 5JLHA 3ZEUB 1K8KA 4RTFD 4QS7A 3O6WA 3ZX3A 2QWLA 3ZEUA 3H1QA 5AQWA 1C0GA 4RWTA 4BQZA 3CQXA 1SZ2A 3DAWA 4FWOA 5F2RA 4A2AA 2AP1A 4BC5A 2E1ZA 5AQPA 5AR0A 1S22A 4EAHD 5F0XA 4IJAA 4BC2A 2QWRA 2D0OA 4QS8A 3C7NA 1JCGA 5ADXH 3VPZA 3WEEB 3VEZA 4FSVA 1JCEA 1T44A 1U6ZA 4ISFA 3AAQA 4PL7A 5AQRA 3WEEA 2F9WA 2ASMA 3CJBA 1E4GT 2W40A 3GG4A 3ZX0A 1GLEG 1T6CA 4BQLA 2ZF5O 1SQKA 3VENA 2YCHA 4CZJA 3D7EO 3WXIA 3KHYA 4BGAA 2V7ZA 3HM8A 4BVOA 4DHYA 1HUXA 4H0TB 5EY4A 2A5XA 1HX1A 3L6QA 2P9KA 3DXMB 4FWKA 4H0XB 4KBOA 1GLJO 2QWMA 4CBWA 4CZKA 4EHUA 2HOEA 4AM7A 4WQ4C 5BPLA 5AZJB 5BRHA 3QMLA 3FE1A 3OHRA 4EHTA 2D0PA 3HTVA 4ISEA 5AQFA 1NGJA 1KAZA 1NGFA 2ASOA 3ZETB 3GDQA 4BRHA 1GLDG 3ZETA 5AQTA 5AQMA 3FZFA 3H3OB 4JN4A 2GELA 2D1KA 1KXPA 4H0YB 1HKBA 4H5VA 1X9JA 2Q36A 4MO4A 2IVOA 1NGEA 2UYTA 2YI1A 4JHDA 4CZMA 3H6EA 2P9NA 2FSJA 3WT0A 3A5OC 3FZHA 4H5TA 3GOIA 5EXWA 1GLFO 1HLUA 1Q18A 3VGKA 4CZGA 2F9TA 4XH1A 5E26A 3UKRA 2HF3A 1NGIA 2V52B 1U2VB 4B1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REVA 4DR5K 2E88A 2XO7A 4NXMK 3CF5L 4Z4GA 3PLAA 1U2VA 4BR4A 4DQPA 1T3VA 4CF2A 1VSEA 3CCQN 4JD2A 3SNNA 4ELTA 2YNIA 4W5NA 4CHZA 3CG7A 3O9TA 4PUOA 3O80A 4LC9B 4DV0K 2QEXN 4CESA 1YVUA 2RE2A 1Y97A 5JS1A 3VESA 2BDPA 3V1RA 4OKEA 5KPTA 3EYZA 5AZIA 5AQYA 3OY9A 3KD1E 2HMPA 1RTHA 2E1YA 3WNHA 3KIOA 4BE2A 1BQNA 3MMVA 1A5XA 1OH5A 1WSHA 1ATRA 2KFZA 3HBTA 3ID8A 3ZSWA 5GINA 1HMVA 2BE2A 5ADXA 5H1SQ 3UKUB 3D0PA 1EWQA 4H0PA 4DSKA 5BN8A 3SYZA 2VG5A 1XUPO 4DSJA 4FVMA 2J4RA 4WFBL 1KAYA 5LJWA 4E1JA 1Z25A 3O1BA 5C15A 1RGIA 4WYBA 1WB9A 5M1KA 2Q31A 4OPKA 3E66A 3PY8A 3SBGA 3WQTA 4LFBK 1ZBSA 4CCHA 4JKGB 3HPGA 4B1WB 3I56N 4RCHA 4HTUA 4F9OA 3N4PA 3ZCMA 3OYBA 5EVZA 4J2EA 4Y1CA 3C6UA 3TAFA 4KI4A 4A2BA 3CJ1A 3R9PA 4KHPK 5E84A 3MWTA 4EFHA 3H1VX 4RW6A 1TV6A 3M6GA 4DTRA 1S72N 1IV0A 1RTIA 3WNEA 1K9MO 3LDOA 1L3UA 4DWIA 1HQEA 2E2QA 1HKCA 3MXJA 1QHAA 1YITN 4FK4A 4U67L 3CXCM 1XC3A 3CQ8A 2BTFA 4CJ3A 3LZJA 4DF4A 4B9UA 1RDWX 5C12A 4JRQA 4GV3A 1IG8A 3ENOA 3K57A 2KKZA 3AGKA 4DCHA 2ZM6K 1T7PA 5IT9O 3PX4A 3OYFA 4H5NA 5KQDA 1VQ6N 3OS1A 3CFPA 1U45A 4LF7K 4WQ4A 3EY1A 3B6OA 4Z0UA 3MEDA 4FWQA 1Z05A 4XH5A 5IWAK 1NBWA 3I8DA 3I33A 3SK3A 4CIGA 1P90A 2D5RA 1LAVA 1S9EA 4MDBA 3KK2A 3U9ZA 1SUQA 4X66K 1J53A 4DF8A 4ELVA 3MX2A 1Q8IA 3BGRA 3ENHA 4KPYA 2NZTA 4IO8A 5JLFA 4FJJA 1KD1O 4V19S 4A5BA 4CJQA 1LWCA 4DV4K 3ZSVA 4DSEA 4I7FA 5BN9A 4BRAA 1YVNA 3NCIA 1K6YA 4Z4EA 1YJNN 4B3RK 4CF0A 2YJFA 2P9UA 2OPPA 4PKGA 3QETA 3F9KA 1Z6RA 4FOIA 3RSEA 1GLBG 3J80O 5FPEA 2VWBA 4R5PA 3HP6A 3LDNA 1T6DA 5C0YA 3ID6A 2O8EB 2W41A 4CEDA 3RR8A 3HM9A 3VA0A 1NGGA 1WSJA 2YNHA 4DQIA 3VQAA 5CY4A 2IIRA 3E9OA 1SL0A 2I7PA 3NGZA 2IC3A 4BRMA 2A1RA 4OX9K 3DLEA 4CE9A 2YHXA 5BREA 3AVCA 3SUQA 1W7AA 3O1WA 3SI6A 3MDQA 1D5AA 4A59A 3AVNA 1BA0A 1W2BM 4BRIA 3U8XA 3QEVA 4A62A 1Q81O 3KJVA 4HTLA 4B8AB 3OJUA 3NF9A 4BRNA 4C8MA 1KSPA 2D0AA 1VHXA 1KQSM 5GIPA 4HWIA 1IBKK 2G8KA 4EZ9A 2E8AA 4IBNA 3L3UA 3ENBA 4AHSA 3PV8A 3AO1A 3NGIA 3ZT1A 4DTSA 3H46O 4CZLA 3QERA 2VCPA 3VQCA 2ZGYA 3OBYA 3LDPA 4GVMA 2P9PA 1ZBHA 3AA3A 1NGBA 3NBPA 4H5RA 3E1YA 3K9JA 4ISGA 1VQPN 3I8BA 3TAEA 4CK2A 1Q86O 3LP2A 3VEYA 3EKUA 2CH5A 4IG3A 5FPDA 1WSFA 3HOSA 1X9WA 4FJIA 1WNSA 4XIUA 3U3GA 3V9SA 3CPEA 1FKPA 1MWMA 3OS2A 1ZYQA 1S1XA 4C23A 3THYA 1JL2A 4IFVA 2GEMA 4C8KA 5J2NA 4MO5A 3M1FA 1TKXA 3WUHA 2ZJPL 2PFUA 1P8ZA 4XEIA 1NK9A 3DM2A 2E2OA 5AQZA 4GKKK 1N32K 4BR9A 1EETA 3NVKA 1C6VA 3CYMA 2CH6A 2UUCK 3LANA 1HNWK 4I2QA 2P9IB 2I7NA 3J7YP 4J2AA 4LFAK 4FWPA 2IDOA 3TPQA 3BP8A 3AVGA 1XNQK 4BDPA 3M5RA 1KVAA 1UA0A 4M41A 2DTUA 4W5QA 4WFNL 4E7IA 5LMUK 4LF9K 4JLHA 1HPZA 2Q1NA 1FKOA 2IGIA 1VQ7N 4CEEA 4DV3K 1BIZA 4KH6A 1BL3A 2V51B 3S41A 4CECA 3FLCO 3MN9A 3ATUA 3L3VA 3L4IA 2Z1HA 4KAZA 5M1NA 2ZD1A 1UAXA 1NLVA 3HT3A 5DM6L 3RMDA 3RMAA 5AQVA 5HRRA 4JKHA 4JS5A 1K8KB 5AQUA 3NHGA 2W6KA 3L8BA 3I0SA 3O3GA 1VQLN 4DR1K 4FJXA 1YF5L 4CJPA 5FDLA 2X74A 2X6NA 3FFIA 5DMRA 1SZ2A 4A2AA 5CR4A 3C6AA 4GW6A 5AR0A 4EAHD 3OYJA 3QEXA 4K0KK 2ATQA 4IJAA 2D0OA 4KTZA 1HQUA 3PSFA 5ADXH 2F8SA 3WEEB 4O0JA 3NH1A 3AAQA 1DTTA 4PL7A 2F9WA 4CEOA 3O3FA 1VQKN 4JI6K 4IOCL 1XMOK 2EX3A 3GG4A 3ZX0A 1SQKA 4FJHA 4CJVA 2YCHA 1WBDA 1W0HA 3V1QA 3LAMA 3TSQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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