4BR4A

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form i, open, apo
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
356
structure length
356
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 112
structure length 356
sequence length 356
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br4A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br4A02
3R6MA 4EIAA 3JS6A 3O08A 3UKRA 4B1VA 4Z94A 2QWPA 1NMDA 3BP8A 5AQOA 5EX5A 3VESA 4BC5A 2Q36A 2YHXA 3B8AX 3MK6A 4JAXA 1WUAA 3CQXA 1MDUB 3EL2A 3D7EO 4M7YA 5ADXA 1RDWX 5AFUH 2QWMA 4BREA 4E1JA 3CJBA 1BWFO 1TUYA 1TYQB 4CBWA 1CZAN 3RSEA 2E1YA 2FF3B 3L4IA 1YAGA 4CZMA 2A3ZA 4BG8A 5ELZA 3CJ7A 5KQDA 1SAZA 3KVGA 1DGKN 4BQZA 3S41A 4B1WB 4FPAA 1NLVA 1SZ2A 3EN9A 4B1YB 4BQLA 1OKJA 4BRKA 2YCHA 5F0XA 5BREA 2NRHA 2E2QA 3GL1A 4BRIA 4K41A 1TUUA 2V52B 3UKUA 4PL8A 4AM7A 1HKGA 4CI6A 2OANA 4FWPA 3SK3A 3AY9A 3MN5A 3FZFA 1QZ5A 2BUPA 2YJFA 1XUPO 2QWNA 3C7NA 1YUWA 2FSJA 3A5NC 4KBOA 4CZLA 1ATNA 3TU5A 1K8KA 1NGBA 1ZXOA 3H45C 3WXLA 3FR0A 3A5LC 4IO8A 2GWJA 5EXWA 4BR0A 4BRDA 3CJAA 4GY2B 3ZEUB 4FOIA 3WXIA 3U4LA 3DAWA 3HTVA 4FWOA 1SQKA 3DWLA 2YHYA 4JN4A 3MCPA 2Q0RA 3LDPA 2HMPA 4BRNA 2AP1A 4I6MB 2QM1A 4C23A 4PKGA 5AQWA 4RCHA 4ISGA 3EO3A 3LDNA 5AQHA 5KPTA 3L6QA 5AQKA 3WEEB 5JMVA 1MA9B 2E2NA 1V4TA 2P9PA 3CQYA 3ID8A 5AFUA 5BN9A 3VEYA 3VEOA 3VF6A 2CGJA 1YVNA 5BRDA 3BEXA 1U2VB 3M6GA 3FLCO 4BRGA 3O5BA 3AAQA 3UB5A 4H5WA 1T44A 3LM9A 2EWSA 4XEIA 1KXPA 2P9LA 3LDQA 4B9QA 4FL9A 1DKGD 4BRAA 2FSKA 5AQSA 1C0GA 3L0QA 3J8AA 1C0FA 3UE5A 4H0TB 4BRLA 1Q18A 3A5OC 4F9OA 4EFHA 1JCFA 1GLJO 1NGCA 4H0YB 2GEMA 3ENHA 4BR2A 3FZHA 5AQLA 1X3MA 3MDQA 4H0PA 4H0OA 4RWTA 3M3ZA 1R59O 2GTDA 2HF3A 2E1ZA 4FWSA 4YDUA 3SMSA 1GLDG 3CJ9A 3DXKB 4QS8A 4BC2A 4CZIA 3G25A 5JICA 5LJWA 4FO0A 2BTFA 4FWLA 3ZETB 2P9SB 4A61A 3GBTA 4B1UB 5JLHA 3ENOA 2P9KA 5KPRA 4L3QA 3H1QA 1ESVA 3DXMB 3QMLA 4J8FA 3TPQA 3MN7A 1BUPA 2NZTA 2AA4A 4XH4A 3UKRB 3AAPA 4BRHA 1KAXA 3HSCA 1E4FT 5KPZA 3ULEA 1H1VA 4H0XB 1QZ6A 4JNEA 3MN9A 4BR4A 1LCUA 2IVOA 4FWRA 1IJJA 4PL7A 4Y0WA 2P9UB 5AQRA 3A5MC 3RSEB 3QFPA 3I33A 3H46O 4CJ7A 4BR7A 5B8HA 1G99A 1BDGA 1NGIA 1QHAA 4BRFA 1P8ZA 4MLHA 4WQ4A 4WYBA 3W3DA 5AQVA 4EHUA 5AZJA 4LC9B 1QQMA 4FWKA 2QWLA 1T6DA 3GE1A 3WQTA 4H0VB 4MLEA 2ITMA 3ZEUA 3O80A 3FFKB 4HWIA 4CZGA 5AQUA 4H5VA 2FXUA 3H3OB 4BG9A 1HLUA 2E8AA 2F9WA 1BG3A 2A42A 1NWKA 1T6CA 5BPLA 4I6MA 3JXUA 2HF4A 5AZIB 3IMXA 3D2EA 2PBDA 1ZC6A 4IJNA 1HJOA 1NGEA 3A8YA 2P9IB 4CZEA 4O5FA 3CI5A 2P9NA 3VEXA 1S3XA 1XC3A 2QWQA 4HTLA 4JD2B 5EY4A 3WEEA 5AQQA 4BVPA 1K8KB 2FSNA 3IUCA 2PAVA 5TKYA 5FPEA 1WOQA 3FE1A 1GLLO 2D1KA 4JHDB 1MWMA 4QS9A 2Q97A 4QS7A 4IXCA 3IFRA 2E20A 4CZFA 1XQSC 2NLXA 4FWMA 1NM1A 1KAYA 1Z6RA 1NBWA 2GUPA 4H5RA 1ATSA 4CZKA 1Y64A 3FZMA 5BR9A 3O1BA 3O8MA 3ZX2A 3WQUA 2QWOA 3H3NO 2A5XA 3HM8A 1HKBA 4K43A 4O8KA 4WQ5A 4BRMA 4B1XB 2YJEA 5KQ8A 1BU6O 4XH1A 1ATRA 4BRQA 5CE3A 3U9ZA 5BPNA 1NGJA 1BA1A 4FWQA 2J4RA 2IVPA 3WXKA 2QWRA 5E84A 3VF4A 4H5NA 2FLOA 2ASMA 2V7YA 3SJHA 5BPMA 2Q2RA 3CETA 1BA0A 3DXKA 2QW9A 4ISEA 4NB4A 4IZ9A 2P9LB 2D4WA 3R9PA 3KZBA 1HUXA 2Q0UA 2ASOA 3ZETA 5F1XA 3LL3A 2P9SA 2KHOA 3GDQA 5EVZA 5AQZA 3CIPA 5AQMA 3VGMA 4BR9A 1U6ZA 2A40A 3SLCA 1GLFO 2ZGYA 5AR0A 2UYTA 2YI1A 5BRFA 4DCHA 5LJVA 1TYQA 4FSVA 5E26A 3GG4A 4H03B 5JLFA 3O1WA 4EAHD 4MO5A 2CH6A 1NGHA 2D0PA 5FPMA 4A62A 4H5TA 3QBWA 4CZJA 1GLBG 3D2FB 4K42A 3U8XA 5FPDA 4YDUC 2H3GX 3QICA 5BN8A 2F9TA 2QXLA 1E4GT 3VGKA 2IVNA 3P4IA 1RGIA 3VEVA 4BC3A 3ATUA 3HZ6A 4EHTA 5AQIA 1MWKA 5AQNA 5AQPA 3MMVA 2P9UA 3VETA 1NGDA 1S22A 3WXJA 1QQOA 2E2PA 3VEWA 4M63C 1YXQA 2VCPA 2P9KB 4BGAA 4IWVA 4BR5A 4A2BA 4ISFA 1NGGA 1GLCG 4BC4A 4BRPA 4BGBA 2ZGZA 4BVOA 4BRCA 4RTFD 3OHRA 2CH5A 3LDLA 5AQTA 2D0OA 4DHYA 3ULEB 3EKUA 5AQJA 4FPBA 5LY3A 3C0BA 2ASPA 3EKSA 3BF1A 2I7PA 4DB3A 1JCGA 4B1ZA 3UKUB 2CGLA 1J6ZA 1HPMA 2E88A 1DEJA 4WQ4C 1X9JA 3QBXA 5AZIA 3WT0A 2CGKA 2ZF5O 2A41A 2P9IA 2Q31A 3IDHA 3R8EA 1LOTB 2A6AA 3VPZA 2HOEA 4JD2A 3VENA 2WUSA 3CJCA 1Z05A 5AQFA 4PKHA 3VERA 3C7NB 5AZJB 3VGLA 5ADXH 1GLEG 3DJCA 4MO4A 2ZWHA 1RFQA 4JHDA 1ZBSA 2FF6A 1GLAG 4GNIA 1U2VA 3F9MA 4M7XA 3AARA 3GOIA 3ZX3A 4AM6A 4A2AA 2YHWA 4K25A 4IJAA 1BO5O 1X3NA 3ZX0A 2DPNA 4BROA 4CD3A 5BRHA 4CBXA 3FZLA 3D2EB 3LM2A 3I8BA 3CHWA 3ATVA 2VYPA 4CD1A 3O6WA 2P9NB 3WUHA 3FGUA 3CERA 1V4SA 4FWNA 3O4WA 3QDKA 3H1VX 3VEZA 1JCEA 1NGFA 5EOYA 1BOTO 1HKCA 5AQXA 3FZKA 5AQGA 3BF3A 3H6EA 2W40A 2GELA 1IG8A 1D4XA 2P9PB 4DQ8A 2V51B 3VOVA 2IIRA 2Q1NA 3A0IX 3CJ1A 3U9DA 3W0LA 3KHYA 1EQYA 2VWBA 4XH5A 5AQYA 3EZWA 4NO7A 5FPNA 4CBUA 2V7ZA 4FOEA 3QB0A 4WQ5C 3VF2A 1QQNA 1KAZA 2E2OA 2W41A 3BUZB 3HBTA 2I7NA 3HI0A 3MN6A 3LDOA 5I9EB 5F2RA 3DXMA 3QFUA 4PKIA 1HX1A 1NGAA 3D2FA 3M1FA 2GWKA 4CZHA 3SMPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O08A 3T19A 1NNEA 2QWPA 4DSFA 1NMDA 3IS9A 3N4PA 4YOYA 5AQOA 4M3YA 4IOXA 4C8MA 1S1WA 3CPWM 3VESA 2Q36A 3B8AX 1QSYA 3VQ7A 1HNWK 3AVJA 3V81A 3D7EO 4M7YA 4CIFA 5ADXA 1RDWX 3NH2A 4BREA 1NK7A 4E1JA 5GAEP 1TYQB 3THYB 4CBWA 1CZAN 2Z1JA 3HSTB 4W5TA 4CJTA 1HYVA 1NJXA 3PSFA 3G0ZA 1YAGA 1SUQA 4CZMA 4WE1A 1BQNA 3JSMA 4CEQA 4BG8A 3WXMB 4KHYA 3CJ7A 3OYNA 3KVGA 4DR6K 3CC7N 5GAHP 4B1WB 3P38A 3QO9A 3EN9A 4B1YB 3E9OA 3E9PA 2B5JA 2KZZA 3ZT2A 2BDPA 3GL1A 4BRIA 2Z1IA 2V52B 3IG1A 4A57A 3NHGA 2PYLA 4PL8A 4N76A 1N8RO 1S5JA 2OANA 3SK3A 1CXUA 3V9ZA 2WC9A 1JXBA 4CK1A 2HNZA 1EWQA 3FZFA 2KFZA 2FC0A 4O8UA 4B08A 3ISNC 3D45A 4CJPA 4UQGA 4KBOA 1YTAA 1ATNA 1FW6A 3DLBA 4GV9A 3KKSA 3CF5L 5EXWA 4DS5A 3S3OA 3AVHA 3CJAA 2Z1GA 4FLVA 2HVIA 1L3SA 4DR3K 3V9XA 4KPYA 3V6DA 3TTFA 4FLYA 4C8LA 3DWLA 2YHYA 1BCMA 2Q0RA 1KFSA 3RRGA 4BRNA 2AP1A 3RMAA 2QM1A 3MWTA 4RCHA 3LDNA 5KPTA 4NXMK 1P90A 4GVMA 1VSFA 3T3FA 3CFOA 5JS2A 3VEYA 4QAGA 3THWB 1KD1O 2CGJA 3B6OA 5C2FA 3BEXA 1RTHA 3FLCO 4DV1K 3O5BA 3UB5A 4H5WA 2EWSA 4FL9A 3L2VA 4JKFA 5AQSA 1C0GA 3JYTA 2D0CA 5CY4A 4CJKA 4OLAA 4A59A 1HR0K 4UY8O 3ZLJA 4DV7K 2FBXA 4EFHA 5HRPA 1KVAA 3PSIA 1HNIA 1VRUA 4KB1A 3P1GA 1EXQA 4FM2A 4KHPK 4H0PA 1QS4A 1SV5A 3M3ZA 1QHTA 2E1ZA 2F4VK 4QS8A 4CZIA 5JICA 3K5MA 1IBKK 4FO0A 1SS6A 2P51A 4C8NA 1LWCA 3ENOA 2P9KA 3ZT1A 2GV9A 4GV6A 1ESVA 3QMLA 2Q3SA 4J8FA 1C1AA 3CFRA 3UIQA 3BZKA 1NKCA 3TPQA 4PHTX 3P39A 3UKRB 2NZTA 3PIPL 3AAPA 4GV3A 1DLOA 3SBTA 1YITN 4ID5A 1K8AO 4JYAK 3S3NA 1WAFA 3DM2A 4B9NA 1N6QA 4KTWA 4ILHA 3MWPA 5GIOA 4Y0WA 1VK0A 2DFHA 4DTNA 5AQRA 1SKSA 3H46O 2X78A 4B9VA 3HXMA 1BDGA 3AA3A 3MX2A 1RTIA 2ZM6K 1OVYA 3WNEA 1P8ZA 4MLHA 4N47A 4K8XA 5J2NA 3AVNA 3LP3A 2O8CA 2O8FB 3LZJA 1QQMA 4LFCK 1VQMN 3F2KA 3WQTA 2ITMA 3ZEUA 2HBJA 4WFNL 3H3OB 3LWMA 4DFKA 1U45A 3KWGA 1HLUA 2F9WA 1BG3A 1TKXA 2A42A 4ELTA 1T6CA 4I6MA 2G8HA 3DLGA 4JS4A 3IMXA 1ZC6A 4IEIA 1RT5A 3T69A 3A8YA 1B9FA 3KWIA 4O5FA 1NJWA 3VEXA 3CG7A 2QWQA 1XC3A 1FJGK 3R3LA 4PWDA 1WSHA 2VWJA 4M3RA 4NCGA 4Z0UA 2PAVA 4Q5VA 5CR4A 3K58A 4J2DA 5FLXO 3O3HA 1XHZA 1RBSA 1MWMA 2E20A 4NYNA 3HPGA 2NLXA 4HUEA 1DTQA 1ASVA 4IBNA 3TR8A 1Z6RA 4O4GA 3SUPA 1RDAA 4H5RA 1ATSA 4CZKA 5KTQA 3ULDA 3VQBA 4F8RA 1LWEA 1UWBA 3HVRA 1IKWA 1XWLA 2A5XA 1N33K 3HM8A 1HKBA 3PY8A 1D9DA 1BU6O 4YNQA 4XH1A 5BPNA 1BA1A 1GOCA 2GBZA 5TKWA 5K14A 5E84A 4BDZA 3KTQA 3SZ2A 3CETA 3DXKA 4ISEA 4CEDA 4DTSA 1BISA 4ILGB 5FRNA 3R9PA 2ASOA 3ZETA 2P9SA 2KHOA 1RT2A 3K5LA 5AQMA 4CJLA 5KGWA 2A40A 3SLCA 1A5VA 3VTIA 2ZGYA 5AR0A 2UYTA 4DTJA 1TYQA 2VQFK 3PO5A 4F2SA 2CH6A 5C2DA 4CGGA 3QBWA 1NK6A 2F9TA 1E4GT 1RCHA 2IVNA 1RGIA 3E1YA 1KFDA 5CHIA 3HZ6A 2HHQA 2EX3A 5AQIA 5AQNA 4OPJA 3NF6A 3VETA 1NGDA 3WXJA 4E7IA 1YXQA 2VCPA 4M41A 2XO7A 2OTLN 4IWVA 4A2BA 3KLHA 3TAMA 4AILC 3V1OA 4GKKK 4DR1K 4CF0A 4BRCA 1TV6A 4B3SK 4O0JA 4CJRA 3EKUA 4CHNA 3KJVA 2WFBA 3L8BA 5IT9O 2YNHA 3MEDA 1Q82O 2I7PA 4B1ZA 1HPMA 4M3UA 1RT1A 5AZIA 3LAKA 4Z4GA 4PUOA 2A41A 2Q31A 1LOTB 4RW7A 3VENA 4JD2A 1JXEA 3CJCA 1Z05A 3PX4A 1QVGM 3I0RA 4CJUA 1HYSA 3NH0A 5CZ1A 1VQ6N 1RFQA 4JHDA 3HPHA 2HB5A 2YNFA 2FF6A 3SYZA 3TI0A 3SPYA 2E6MA 3F9MA 4AF1A 4AM6A 3ZT0A 4FYDA 4CD3A 5CYQA 1D9FA 4CBXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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