3ZX2A

Ntpdase1 in complex with decavanadate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
406
structure length
396
Chain Sequence
NVKYGIVLDAGSSHTNLYIYKWPAEKENVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNNSHCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
publication title Crystallographic Evidence for a Domain Motion in Rat Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolase (Ntpdase) 1.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 123
structure length 396
sequence length 406
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx2A02
3TU5A 4A61A 4CD1A 4H5TA 4BVOA 3O8MA 3VEXA 4BRDA 3CJCA 4FWRA 1TYQB 1GLDG 2VCPA 1V4SA 3R9PA 2A6AA 3ZX3A 4B1WB 4BR2A 1Q18A 1YAGA 5ELZA 5BPNA 1MWKA 2GWKA 1GLFO 3BF1A 4BRHA 4BRAA 4CZEA 4CZHA 5AQJA 1KXPA 2YCHA 4CBWA 2QW9A 3S41A 1XC3A 3W3DA 3ZETB 3MCPA 4E1JA 4H5VA 3CIPA 4XH1A 4Y0WA 1XQSC 4JN4A 1LOTB 5AQOA 4JD2B 4RTFD 3LDNA 1DKGD 3CI5A 3I33A 4ISGA 4RCHA 2E8AA 1HLUA 3KHYA 4K43A 4YDUC 3SMPA 3UKUB 4CZMA 3WEEA 4JHDA 1CZAN 5AQKA 4FWMA 4HTLA 4M63C 2E20A 5JMVA 3VERA 3QB0A 2YJFA 2QWLA 3DXKA 1NGIA 1QHAA 1ESVA 2QM1A 3GDQA 4FWLA 3WUHA 1X3MA 2A5XA 3FGUA 1LCUA 2NZTA 2EWSA 3HI0A 1QQOA 5LJVA 1WUAA 2QWOA 3FR0A 2P9IB 5AQTA 1HJOA 1SZ2A 4F9OA 3VGLA 3H46O 3CQYA 3H45C 5E84A 5AQWA 2PAVA 1JCGA 3WXIA 3VGKA 3HM8A 4PKHA 2QWNA 4BRIA 2P9UB 4FSVA 4PKIA 2NLXA 4BRNA 3DAWA 2FF6A 3SLCA 5JLHA 1NLVA 1K8KB 5JLFA 4FWKA 5KPZA 2P9PA 5AQYA 2A40A 1JCEA 1XUPO 2YHWA 5KPRA 3EKSA 4CZKA 3UKUA 4I6MA 4M7YA 1NGJA 3BF3A 5AZJB 2ITMA 4PL8A 2YJEA 3TPQA 2D4WA 4DB3A 3WXKA 5AQMA 5ADXH 3U8XA 5B8HA 3CJAA 3QFUA 4DHYA 2D0PA 3HTVA 4BREA 3D2FB 4BROA 3AAPA 1T6CA 2P9IA 3CJ9A 3UB5A 1BO5O 2UYTA 2GELA 3LM2A 1MA9B 4CZIA 3FLCO 4XH4A 1KAZA 2IVNA 4YDUA 2E2PA 1ATSA 5BPLA 2GUPA 2FSNA 4FWSA 4K41A 5AQUA 3ZX2A 1ATNA 3VPZA 3D2EB 4BR9A 2W41A 3WQUA 3QFPA 2FSKA 1KAYA 2P9KB 4A2AA 2CGLA 3O1WA 1NMDA 1HPMA 4H0YB 4MLEA 3MK6A 4M7XA 3ENOA 2DPNA 4CI6A 4CD3A 3O6WA 5AZJA 1BDGA 3U9ZA 5CE3A 1OKJA 5KPTA 1HX1A 1SAZA 4CZFA 2I7PA 4K25A 4BG8A 2KHOA 3MDQA 5AFUH 3KZBA 3SMSA 4DQ8A 5I9EB 3H3NO 3MN5A 3RSEB 4EIAA 4BGAA 1BA0A 2YHYA 1X3NA 3C7NB 4BR5A 4H0TB 3H1QA 2A41A 5E26A 2WUSA 1U2VA 4JAXA 3A5LC 1TUUA 5F0XA 2E88A 3VEOA 1NM1A 1C0FA 4BVPA 3HZ6A 4PL7A 3LDPA 4NB4A 4AM6A 1H1VA 3JS6A 2VWBA 5BRFA 3IDHA 1TUYA 2V7ZA 3SJHA 2A3ZA 3DXMA 1NGBA 5AQRA 3ENHA 2P9KA 1QQNA 2ZWHA 3GOIA 2H3GX 3L4IA 3LDOA 1NGGA 1NGEA 2P9NB 3UE5A 4DCHA 2P9SB 1Z05A 1ATRA 1YXQA 1NGHA 2Q1NA 3CJ7A 3GBTA 1TYQA 3LDQA 5AQIA 4CBUA 2ASPA 3M3ZA 3H6EA 2P9LB 3O5BA 3WXJA 3IUCA 3AAQA 2Q0UA 3J8AA 4IJAA 5F2RA 4Z94A 3EKUA 5EY4A 4XH5A 3C7NA 1Y64A 4FWPA 3QICA 4WQ5A 5AQVA 3FZKA 2HF4A 1WOQA 1D4XA 2E2NA 3MN9A 3R6MA 3ZEUB 3ZETA 1HUXA 4BRFA 3G25A 4H5NA 4A2BA 4WQ4A 5KQDA 3CETA 3ULEB 2ZGYA 3VEVA 1QZ6A 4H03B 3FFKB 4J8FA 2V7YA 3C0BA 4H0XB 4JD2A 1NWKA 3M6GA 2QXLA 3ZX0A 1SQKA 2NRHA 3R8EA 1S22A 2ZF5O 3QBWA 4O5FA 4H0PA 1NGFA 1IJJA 2BUPA 3AY9A 3MN7A 1S3XA 1DEJA 4B1XB 1BWFO 3HSCA 2IVOA 1GLLO 2Q36A 2P9NA 4BC2A 2V51B 3ID8A 4FWQA 4IJNA 1RFQA 2P9SA 3BEXA 3HBTA 2IIRA 5FPNA 2E1YA 4IO8A 1G99A 1MDUB 3CERA 1IG8A 2AP1A 2ASMA 4MLHA 5AQNA 3L6QA 2FSJA 1ZXOA 3L0QA 3QDKA 4RWTA 4FO0A 3AARA 3VF2A 1R59O 4BG9A 1U6ZA 4FOIA 5AQSA 1BOTO 5LJWA 2I7NA 1HKGA 1BUPA 3BUZB 3BP8A 3W0LA 2GTDA 3VF6A 4B9QA 5EOYA 2P9UA 3F9MA 1E4FT 2AA4A 3FZHA 2D1KA 1K8KA 3ULEA 3FZLA 4QS9A 1NGDA 5AQFA 4FPBA 3A5MC 3GE1A 1YUWA 4MO4A 1QQMA 3VEYA 3VOVA 3ATUA 5JICA 1GLAG 3DJCA 3EL2A 5ADXA 4C23A 3VF4A 4ISEA 4BRKA 3WEEB 3IMXA 4ISFA 2F9TA 3O80A 3GL1A 3A5OC 1E4GT 4IZ9A 3GG4A 3O08A 1ZBSA 2W40A 3D2FA 3DXKB 5BPMA 5AQGA 1RGIA 5BRHA 3EN9A 5F1XA 4XEIA 1V4TA 5BN9A 3U4LA 4EAHD 3H1VX 1QZ5A 2E2QA 4BR4A 2J4RA 2PBDA 5AQQA 3U9DA 4BQLA 3CJ1A 5FPEA 3QBXA 1GLEG 2Q97A 5AQHA 2VYPA 4CJ7A 4B1VA 5EX5A 3D2EA 3EZWA 2HMPA 4LC9B 4IWVA 3ATVA 4BC5A 2CGJA 3D7EO 4B1UB 3LM9A 4B1ZA 2CH6A 4PKGA 5AQPA 2E1ZA 3P4IA 4A62A 5BR9A 5KQ8A 3SK3A 4JNEA 4BRGA 2P9PB 1YVNA 4H0OA 3UKRB 1Z6RA 2GEMA 5AFUA 4CZJA 4L3QA 4BRLA 2QWMA 4NO7A 4I6MB 2QWQA 3FZMA 3MN6A 3RSEA 3WT0A 5AQXA 4BRQA 5AZIB 1T6DA 2Q31A 2YHXA 3VEZA 3FE1A 3QMLA 1BG3A 1BU6O 4FPAA 3CJBA 3M1FA 4K42A 5BREA 3JXUA 2FF3B 4BC3A 3A5NC 3O1BA 1BA1A 4O8KA 4AM7A 5BRDA 1ZC6A 4GY2B 4EHTA 3VESA 1NGAA 3O4WA 4CZGA 4FWNA 4BC4A 3EO3A 4MO5A 3I8BA 4GNIA 2GWJA 2HOEA 3B8AX 4FWOA 3DWLA 2D0OA 3IFRA 5EXWA 4H0VB 4BGBA 2HF3A 1P8ZA 2ASOA 5AQLA 3KVGA 1J6ZA 2A42A 2CGKA 3LL3A 3LDLA 5FPMA 1GLJO 1HKCA 2Q2RA 3CQXA 1T44A 3UKRA 1GLCG 2P9LA 5LY3A 1RDWX 3WXLA 1JCFA 3A8YA 4CBXA 1GLBG 4HWIA 5BN8A 3CHWA 5AR0A 5AZIA 4BRPA 2BTFA 5TKYA 4WYBA 4BR7A 4IXCA 1DGKN 4BR0A 4FL9A 3ZEUA 3OHRA 2E2OA 3VETA 3FZFA 4H5RA 2Q0RA 1HKBA 1NBWA 2CH5A 4EHUA 1C0GA 4B1YB 1U2VB 2YI1A 2IVPA 4QS8A 3VEWA 1NGCA 2FXUA 5EVZA 2QWRA 4H5WA 3H3OB 1EQYA 2FLOA 3VENA 4BRCA 4BRMA 5FPDA 4QS7A 4EFHA 3VGMA 2V52B 4BQZA 3DXMB 4WQ5C 1KAXA 3MMVA 1X9JA 4CZLA 3A0IX 4JHDB 2ZGZA 4FOEA 2OANA 2QWPA 4WQ4C 1MWMA 5AQZA 3WQTA 4KBOA 2F9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A61A 4H5TA 1WBDA 4BRDA 1EX4A 3CJCA 1BGXT 1RCHA 4W5TA 3G4SN 4BE2A 5M1OA 4Z4GA 2VCPA 1V4SA 1N34K 4B1WB 5ELZA 4FM0A 5HRRA 1MWKA 2GWKA 3BZCA 1GLFO 5HRNA 5FROA 4BRAA 1D9DA 1SL0A 3CPWM 4CJSA 2OPSA 2D0BA 4CEOA 1JLGA 3W3DA 3OYCA 2KW4A 3MCPA 4E1JA 4H5VA 3NGZA 2P5OA 3AVLA 4ZTFA 1XQSC 2IOCA 3NF9A 3CCEN 3BGRA 5AQOA 4KHWA 3LDNA 3ZT2A 3I33A 4RCHA 3S9HA 1WLJA 1I3AA 4OLAA 3TTFA 3ZT0A 3E9PA 4JHDA 1GOAA 3SV4A 1NJXA 2EX3A 1KQSM 3VERA 4NLCA 4DR4K 2YJFA 5KI6A 4FZYA 1X3MA 4NCBA 2NZTA 1G15A 2EWSA 4DWIA 1EWQA 1WUAA 1VQ5N 3HP9A 4LH4A 1ZBIA 1RTJA 2QXFA 2FBVA 4NLBA 3RRGA 3C95A 4OO1J 3HVTA 2PAVA 1YHQN 3U6FA 1WSJA 2Y1IA 2O8DA 3RMBA 1SKSA 4PKIA 4BRNA 1N32K 2FF6A 3SPZA 1IKVA 3MX2A 3L3VA 4H4MA 2HNDA 2OZMA 1YTUA 4FLVA 3HK2A 3G6EN 2YNGA 2XY5A 3NF6A 1BISA 4ELTA 2YNFA 4Z4FA 4H4OA 3V1QA 4FJKA 4GV9A 5ADXH 4M3ZA 3U8XA 1IBKK 5B8HA 3T19A 1UA1A 1XI1A 3OBYA 4DHYA 4NXMK 1WSEA 4BREA 3HTVA 4CGGA 4KHNA 4TSXA 3THWB 3QERA 1L3SA 2UYTA 1RTDA 1U04A 1LAVA 2GELA 1XMQK 4E0DA 3F5TA 3ZT4A 2IVNA 4FXDA 4J2AA 3QINA 4DV1K 3T1HK 4CEZA 1JKHA 5DMRA 4JKDA 5HRPA 4WF9L 3MECA 2FSKA 3VQ7A 1SUQA 2VG5A 2DPNA 5CYQA 5AZJA 4CJVA 1HX1A 3CCMN 2JWKA 4BG8A 4CJ5A 3CG7A 4DQ8A 4K8ZA 2KFNA 3MN5A 3RSEB 4EIAA 1IG9A 4CVNE 1J5EK 4JKFA 4AQYK 4JI5K 3H1QA 4LF9K 4LH5A 4XIUA 3KLEA 1NM1A 3VQAA 4PL7A 4B9LA 5FRMA 1WSFA 3THXA 3LAKA 1VSJA 4CEQA 4AM6A 3B6PA 4E7HA 4QOZB 3K5LA 1TUYA 3DRSA 3HSTB 1C0TA 1SKWA 4IDKA 1LW2A 3RR7A 4DTSA 3AO4A 5I42A 2NRWA 2OTJN 3CPEA 5HROA 1NGEA 4DSKA 3NGYA 4X62K 3MCAB 1ATRA 1NGHA 2Q1NA 1Q81O 3GBTA 3LDQA 4BE0A 3OTOK 2F8TA 4DTOA 4FJJA 2O8BB 3RMAA 3AAQA 4JRPA 5M1NA 1W9HA 4V19S 5J2NA 5C42A 3AVJA 4WQ5A 5AQVA 4DU3A 1NK0A 4FJNA 1KC8O 3R6MA 3MN9A 4N41A 3ZETA 4WQ4A 4FLWA 2ZJPL 3VEVA 1QZ6A 4YOTA 5SZTA 4HHTA 3FFKB 4J8FA 4JS4A 3C0BA 1NWKA 2NRHA 2IC3A 2ZF5O 3QBWA 4Z0UA 1KFDA 4Q5VA 3T1YK 3SBGA 1D9FA 4FW2A 4B9VA 2VG7A 1UWBA 2EHGA 4A5AA 1NJWA 3QEWA 5FPNA 4C8KA 1BI4A 4UY8O 2XY6A 1MDUB 3CERA 1IG8A 4CJKA 5AQNA 4J2DA 1ZXOA 4DR5K 4RWTA 4J2EA 3VF2A 3R1XA 4BG9A 1U6ZA 2ZD1A 3AVBA 1JLCA 4AHSA 4B3TK 3OS2A 1S9GA 4CK1A 3MWPA 5C25A 4B9QA 2P9UA 3BZKA 1VQ7N 4QS9A 2O8EB 1NGDA 5HOOA 4B3SK 4IG0A 1JL1A 4OX9K 4LFAK 3GE1A 1YUWA 3DLKA 3M8QA 1BCMA 2JWLA 4YOXA 1VQ9N 3VOVA 1OH6A 1IKWA 3PLAA 4FLZA 3EL2A 1K6YA 1HRHA 4NXNK 4ISFA 2RN2A 2A1RA 1RDCA 4DTMA 4ID1A 2ZJQL 3O08A 3D2FA 3DXKB 4O55A 1RGIA 3V6DA 3EN9A 4CJTA 5BN9A 1HJRA 3TWHA 2BGGA 3ZLJA 3THYA 5AQQA 1D5AA 3J80O 1CLQA 3JSMA 4AHVA 2Q97A 2Z1JA 1S1VA 3SAFA 2NRTA 1NOYA 5EX5A 3M8RA 1NK7A 3EYZA 3OVNA 2XY7A 3T7ZA 1HNZK 3LWMA 1IH7A 3L2UA 3LM9A 2XY8A 3CMEN 2CH6A 5AQPA 1RDUA 3L2WA 2DY4A 4A62A 4NYFA 5M1PA 3SK3A 1YVNA 3K9JA 1RT2A 2E6MA 4M41A 2UUAK 5GAHP 3NCIA 1TKTA 4WCEL 4FCYA 4FLXA 5AZIB 4DFMA 4DR7K 2Q31A 3FE1A 2Z1HA 3I0SA 5JVGL 4EP5A 4K42A 3K59A 2FF3B 3O3HA 4NCAA 3PIOL 2B6AA 3RWUA 3O1BA 4AM7A 2HBLA 1NGAA 3WNHA 3TANA 4YOYA 3NVKA 3OA9A 3O4WA 2F8SA 2B5JA 4JKAA 3EO3A 3LDSA 2HOEA 3B8AX 3DLGA 2HHWA 5J1EA 2HF3A 2D0CA 4JK7A 5AQLA 1J6ZA 3LL3A 1T3VA 3LZJA 3SQ0A 4JKEA 4LF6K 2AJQA 1X9MA 3SPYA 3ZSWA 1JXEA 3TSQA 1IBMK 3OYFA 1RDWX 5FLXO 3HP6A 1JCFA 3PO5A 4MFBA 3AO5A 1VQ8N 2GX9A 2HHVA 3VETA 3FZFA 3LP0A 3S3NA 4B1YB 2P51A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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