3O3GA

T. maritima rnase h2 in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 81
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3gA00
1JXBA 1TKZA 1QE1A 4W5TA 2QXFA 4CFCA 3QESA 2YNHA 1S1WA 3VQQA 3QERA 3QEXA 3HVTA 5FROA 3SUOA 5HROA 3OYGA 2HHQA 2HHVA 3PY8A 4EZ6A 3B6OA 4H8KA 1NK6A 4NCBA 4C8KA 1BI4B 4Z4FA 3NBPA 3KJVA 3S9HA 4W5OA 2O4IA 1LWEA 2PY5A 4BWMA 1J9AA 2E6LA 1VRTA 3NAEA 3L2RA 3RRHA 1DTQA 2RN2A 4M3YA 4ID1A 5KI6A 1NK0A 3ZSVA 4Z4EA 3I0RA 3SPYA 4PWDA 3OYMA 4KRFA 1S6QA 4CEDA 3TAEA 1WSJA 2X74A 1D9FA 4NCGA 3L8BA 4AHCA 4OKJA 4Z0UA 3CM5A 3OYKA 2XHBA 1TAQA 1BQNA 1L3UA 4OKKA 4CJKA 2VWKA 1RTDA 4DQPA 3QEWA 2HVHA 4DTMA 1L3TA 2OYQA 2G8IA 4DS5A 2YNGA 4CCHA 3HSTB 3ALYA 3T1AA 3L3VA 1SL1A 4OLBA 1XC9A 1YVUA 3VQ9A 4CFDA 4KI4A 4CECA 2O4GA 1IKWA 5HRNA 4PY5A 3O3GA 3SNNA 1WAFA 3P83D 2B6AA 1C0UA 1EX4A 3CFPA 1UA1A 3SCXA 4FJHA 1VSDA 2GUIA 3WNGA 5CZ1A 3OYBA 1BGXT 1ZYQA 4R5PA 3ZT0A 4W5RA 4FZYA 4AHVA 4RW9A 4DFKA 5HLFA 4MQ3A 1TK0A 4HUEA 3QLHA 3CG7A 3QO9A 4DMNA 1K6YA 3S3OA 1L3VA 2F8TA 3UIQA 2DFHA 1KTQA 2X78A 3DYAA 3ISNC 4HTUA 1RT2A 3ZSOA 4FJ7A 2OPPA 3F73A 4CK2A 2KZZA 1JLFA 1JLEA 3FFIA 1BISA 4CGJA 4O0JA 1TK8A 3LPTA 5D3GA 3VN5A 4B8CA 3K5LA 1XHXA 1XWLA 5CY4A 5KRSA 4DF8A 1RBSA 5CYQA 2RKIA 1NJZA 1U45A 1KVCA 3S3NA 5HRRA 5E41A 3AVBA 3ZT2A 3JSMA 1B92A 4H4MA 2P5OA 2LSNA 4JS5A 3IS9A 1GOBA 4M3TA 4CJEA 4FLUA 4CGFA 4CESA 4RW8A 4DTRA 1HQEA 3NF8A 4EZ9A 4J2DA 3M8RA 3HK2A 3OYHA 3EY1A 3AA3A 3AVHA 3SQ2A 3V9UA 4F3OA 4FCYA 1CLQA 3V9XA 5FRMA 1C1AA 1CZBA 5HRSA 4B9TA 4FZXC 4Y1DA 1HYZA 3VQEA 2IDOA 4CJPA 2G8HA 2ZD1A 4CEOA 2HNYA 1JLCA 4N41A 3OYDA 4CJVA 4E89A 1XI1A 3LP2A 4KHNA 2YKMA 3PX6A 4E1MA 1KSPA 3QIOA 3VA0A 2E4LA 4KPYA 2OA8A 4OGCA 1Q8IA 1U49A 3V9ZA 4LH5A 2KFZA 4BE2A 5C25A 3SV4A 3LP1A 4M3WA 1EETA 4GMJB 2EHGA 3I0SA 4J2AA 1IH7A 1C1CA 4OJRA 3DRRA 4O44A 3DLGA 5DMRA 1SL2A 4AHRA 1TKDA 1VRUA 4RW6A 2RF2A 2Z1JA 1JLBA 3L3UA 4OVLA 3P1GA 4K8XA 1LW0A 1YT3A 2YNIA 4FJMA 2IOCA 1HNIA 1HRHA 3AVCA 2IGIA 1JLQA 3RTVA 1LV5A 3SUNA 3DLBA 4LY7A 2OZMA 3VQCA 2G8VA 4J2BA 3AVGA 1IKXA 3LDSA 4FVMA 4CGDA 1X9MA 1N5YA 2FBYA 1L3SA 4FK2A 4FW1A 2DFFA 4E7HA 1SL0A 1SV5A 3SUQA 1O1WA 3TABA 3ULDA 4C8OA 2I5JA 2YV0X 2Y1JA 1U47A 2D0CA 3ASMA 1S9GA 3VQ7A 3HPOA 3RMBA 4CJ5A 1HYVA 2HW3A 4JS4A 4DF4A 1U04A 3KIOA 1QSLA 1LWCA 4IFVA 4TSXA 5KRTA 2BE2A 1FXXA 1YTAA 4CK3A 3KKSA 4DWIA 4CFBA 4CEBA 2WOMA 4CHOA 5SWMA 5I42A 4DTPA 4B9UA 3LPUA 1L5UA 3DLEA 3NH2A 3K59A 2JLEA 4HHTA 2FBXA 4HUGA 3IRXA 4OKEA 3TI0A 4Z4HA 4DS4A 1DTTA 3HVRA 3QEIA 2PYLA 4B9SA 1RNHA 1RCHA 3OYIA 3SI6A 1UWBA 3RMCA 1QTMA 1S5JA 4KB0A 1HYSA 3OS0A 4Z4IA 3LZIA 4KHSA 1TV6A 1S1UA 4E1NA 4ELTA 3L2UA 3LP0A 3MEGA 4FM1A 1RT5A 1UAXA 1LW2A 4B9MA 3DLRA 3OVNA 4KV8A 4RG8A 3K58A 3V1OA 3AVNA 2KFNA 2HNZA 3ZCMA 3ZSQA 1A5XA 4CHNA 3L2WA 3CFRA 4BE0A 1VSJA 4FM2A 4RW4A 2HHTA 1HQUA 4E0DA 3NGYA 5CYMA 4B3OA 3VA3A 4DFMA 1RTHA 4ZTFA 1S6PA 1WSIA 4H4OA 2XY7A 4B9VA 3KK1A 2ATQA 4N5SA 3AA4A 1QS4A 1TKXA 3HP9A 4KKOA 3AVJA 2BANA 4C8MA 3LWMA 3TAFA 4HUFA 4DLGA 1RBRA 1ZBLA 4BDPA 3L2VA 4IFYA 3AA5X 2A1SA 1D5AA 2X6SA 3C94A 3OYNA 3SZ2A 4FLZA 2OZSA 2GBZA 4KTQA 4LD0A 4KHQA 4E3SA 5HBMA 1ZBUA 4FLWA 4KTWA 1UOCA 3F9KA 4CF2A 1TL1A 1U48A 3LWLA 1D9DA 1Y97A 4I2PA 3KK3A 1C6VA 1VSIA 3NF6A 4IDKA 4DSFA 4M3UA 2HVIA 3KLHA 1RDCA 3HM9A 5DK5A 2VWJA 2HHXA 1QSYA 3B6PA 3DOLA 4FJ8A 3OS2A 1NKCA 1KRPA 4DSEA 3KKRA 3CYMA 3IG1A 3RR7A 1NJWA 4DTOA 3VQ8A 3PV8A 1VSEA 1U4BA 1VSFA 3G0ZA 2HB5A 4CHYA 3K5NA 3O3HA 3NHGA 4M42A 4CIGA 4CEZA 2ZQBA 4OPJA 3NGZA 3A2FA 1SKWA 4EP5A 1QQCA 2QKKA 3U3YA 4G1QA 4ELUA 1RTIA 1RT3A 4IBNA 4DQSA 3DLHA 2KW4A 2ITGA 3M8QA 4FK4A 5HRPA 3HXMA 4BACA 3TAGA 3SUPA 4CF0A 1SUQA 4DU1A 3MXIA 3DOKA 3K2PA 4CJFA 3LANA 2XO7A 2RPIA 3NDKA 4FLTA 4GW6A 2PZSA 1FKPA 3KD1E 2FBTA 4FLYA 1Z26A 1RDDA 2IC3A 3V4IA 4Y1CA 1WAJA 3V1RA 3U6FA 4M41A 2D0AA 4I2QA 3KLFA 4ZTJA 1LAWA 1CXQA 3WNEA 4BE1A 5K14A 3QEVA 3VQ6A 4DSKA 1WSFA 1I39A 4E7IA 4HCBA 1GOAA 1QSSA 1VSHA 1EKEA 4O5BA 4CJSA 2XY6A 1NJYA 4FJGA 4FJNA 4NCAA 3CFOA 1S1XA 3H08A 1C1BA 3KLEA 3K5MA 1RDAA 2G8UA 3THVA 2HHWA 2IS3A 3AV9A 4FM0A 1KFDA 4BWJA 1HNVA 2ZE2A 3AO1A 3HPGA 3AVFA 3CQ8A 4KREA 4IG3A 2P1JA 4E7KA 2KQ2A 5KGXA 1JL2A 3AVAA 3QINA 3VQDA 3MEDA 3ZSWA 1LAVA 3RRGA 4FJ9A 3RWUA 2JGUA 3LALA 4JRPA 3K5OA 1VSMA 3HPHA 4W5NA 4HVJA 3NF9A 4FJ5A 3KK2A 1HMVA 1BQMA 3ZSYA 4BDYA 3PO5A 4I9QA 1A5WA 1KCFA 1TL3A 3MEEA 5C24A 4EP4A 2FBVA 4KO0A 3RMDA 4FJLA 4CEAA 4FYDA 1NK4A 3TARA 1KFSA 1CZ9A 1QHTA 3SJJA 3TAMA 4Q5VA 5KTQA 1YTUA 1C0TA 3HJFA 3MXJA 4CEQA 3HO1A 2G8FA 1WSHA 3ZSRA 1G15A 3ZSZA 4JRQA 4DTUA 2BDPA 1IG9A 4QCLA 3AO2A 4J2EA 3SV3A 1KLMA 4O4GA 5J1EA 4XIUA 3ITHA 4DQIA 4CHPA 2YHAA 5HP1A 1HPZA 2Z1IA 4NYFA 4F8RA 1I3AA 3D45A 3CM6A 2VG6A 3LP3A 4AH9A 1TAUA 4CJ4A 3S3MA 2YHBA 3AVMA 3OJSA 3ZT3A 1X1PA 4CJQA 2DFEA 3NH0A 3OYLA 4KFBA 4LSNA 3T3FA 3RR8A 4CK1A 4M45A 2D5RA 1ZBFA 2XRIA 3TR8A 3SPZA 2HMIA 3C95A 4CFAA 4F2SA 2D0BA 3RMAA 3TAPA 1UA0A 4IKFA 2KZMA 2VG7A 2Z1HA 4RW7A 3WNFA 2XY5A 1FK9A 1RBTA 2QKBA 2EX3A 3C6UA 3VQAA 2HHSA 1B9FA 5FRNA 1TGOA 2BGGA 3JYTA 1BL3A 1J53A 4HCCA 2NUBA 3OYCA 1J54A 4DFPA 3VQ5A 3MECA 1S1TA 4ELVA 3PUFA 3MXMA 4OLAA 4DTXA 2AJQA 2DTUA 4CEFA 3TWHA 2PYJA 3HL8A 1VK0A 3KLIA 4CF8A 4Z4CA 1NOYA 2B5JA 5EU7A 1ZBHA 4N76A 1R0AA 5J2QA 1SKRA 3TANA 2G8KA 4NYNA 3AO3A 3OJUA 3LAMA 4DU3A 4DSJA 2HNDA 4DQRA 1BHLA 1T03A 1NOZA 3AVLA 4M3RA 4OPKA 3T19A 3U3GA 2GV9A 4ICLA 3QIPA 1ASVA 1B9DA 1FKOA 3HT3A 4KI6A 3SQ4A 2X6NA 4I7FA 3MAQA 3WNHA 1RTJA 3TAQA 1A5VA 1BCMA 4KAZA 3M8PA 3VQPA 5SZTA 2YKNA 4DG1A 4UQGA 2W42A 3QNOA 1X9WA 4KB1A 3BDPA 2XY8A 4PA1A 4F4KA 4DSLA 4FLVA 1BIUA 4CJLA 1WLJA 4LH4A 4CJUA 1T8EA 4Z4GA 1TKTA 3DLKA 1VSKA 3PX4A 4FLXA 4W5QA 4K8ZA 3OYFA 1RT4A 4GVMA 4JLHA 3ZT1A 1Q9XA 1WSGA 1JKHA 1S9EA 1KVAA 5T7BA 5I3UA 3EYZA 1Z25A 3V1QA 4CIFA 4CJWA 1SKSA 4KHWA 4E7LA 1LWFA 2HHUA 4CF1A 4B8AB 1NK5A 1IO2A 2YNFA 3L2QA 2Y1IA 1WN7A 3DI6A 1BIZA 2A1RA 3M8SA 2B4JA 1N6QA 3HP6A 2E6MA 1W9HA 4DSIA 3NCIA 3EZ5A 3IAYA 4N47A 4ID5A 4C8NA 3NGIA 2R7YA 4KTZA 3V9WA 3QNNA 3KD5E 3NE6A 1T05A 2Z1GA 3I8DA 1IKYA 2P51A 5JS2A 1KVBA 1BCOA 3AO5A 4AHUA 3ZT4A 4I9LA 4B08A 4CEEA 3DRSA 4CJTA 1Q9YA 3LAKA 4CHZA 1JLGA 3KTQA 1VSLA 3SQ1A 5J2MA 4O0IA 2F8SA 2G8WA 1JXEA 4E7JA 3VQ4A 4QAGA 4KHUA 3AVIA 4OGEA 1RDBA 4CGHA 4FJIA 1IKVA 1J5OA 4FZZA 1ASWA 5FDLA 4FJKA 1NKBA 4FXDA 1NKEA 3NF7A 3DRPA 1RBUA 4BDZA 5J2PA 4CF9A 1XHZA 1REVA 1RT6A 4FK0A 1T7PA 1RBVA 5KGWA 4YFUA 1GOCA 1S1VA 1NJXA 2P5GA 4B9NA 3AA2A 3QEPA 3E01A 3DM2A 4CE9A 4YNQA 2QK9A 1ZBIA 1DLOA 2FC0A 3PO4A 4PUOA 1C0MA 1MU2A 4LSLA 3QETA 3V6DA 3OYAA 2Q3SA 1D8YA 1RT1A 3DMJA 4IG0A 4FW2A 4E19A 4WE1A 2OPQA 1F21A 4AHTA 3K57A 1RILA 3C6TA 3V81A 3AO4A 3SQ0A 3HYFA 1EP4A 2IAJA 1TVRA 5CZ2A 4CERA 2KTQA 3O4QA 4CIEA 3SYZA 1ITGA 1EXQA 3ZSXA 3BGRA 4CGIA 4N56A 3O3FA 4DU4A 4FJJA 3NH1A 3NFAA 1X9SA 3VQBA 3O4NA 4DTJA 4DFJA 4M3ZA 4CJRA 3G10A 4MFBA 1NK7A 2DY4A 4FJXA 1JL1A 2OPSA 1W0HA 4F2RA 4CJ3A 1KLNA 2VG5A 5C42A 4B9LA 4PQUA 4F3TA 4DQQA 1CXUA 4CGGA 4Q0BA 1ASUA 1WSEA 1RT7A 4O55A 4AILC 4C8LA 4M3XA 4KHYA 3KLGA 1HJRA 3LZJA 4ZHRA 1TK5A 2F96A 4DTNA 4L8RB 1JLAA 3PX0A 1WNSA 5JS1A 4QOZB 1NK9A 4CHQA 2WONA 2ETJA 1NK8A 3AVKA 2OPRA 3OS1A 4DTSA 3OYJA 3V9SA 3D0PA 3OY9A 5J2NA 4DLEA 4AHSA 3OYEA 1BI4A 3P5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JXBA 1QE1A 4W5TA 1M90O 2NRZA 5FROA 2OTLN 1E3MA 3OYGA 2HHVA 4H8KA 1X3NA 3TU5A 1NK6A 3EO3A 3VOVA 2GX9A 1NGDA 1NGBA 3J8AA 4RTFD 4FWLA 2E6LA 4BR7A 3NAEA 2P9SA 5HL7L 4H5WA 4GNIA 5AFUH 5KI6A 3ZSVA 4Z4EA 3SPYA 1D9FA 1HJOA 4AHCA 4OKJA 4Z0UA 3OYKA 4FWSA 4BRHA 1RTDA 3GL1A 3O9TA 2OYQA 4DS5A 3T1AA 5CE3A 3L3VA 1SL1A 1VQPN 4OLBA 3VQ9A 4KI4A 5HRNA 4CZEA 1YF5L 4WQ5C 3O3GA 5AQHA 2B6AA 3ATUA 3D2EA 3SCXA 2ASOA 3SJHA 5C12A 4YOVA 2FSKA 3CJ7A 2IVNA 2W6LA 4AHVA 4DFKA 3R1XA 4CZJA 4DV5K 2A41A 3S3OA 1K6YA 3UIQA 1OVQA 1KTQA 2DFHA 1RT2A 3O9RA 4JI0K 3ENOA 2YJFA 5DM7L 1VQKN 4CK2A 2KZZA 3FFIA 3SAGA 4DF8A 1XHXA 5KRSA 5M1PA 5CYQA 1NJZA 5E41A 3AVBA 4DV6K 2V7ZA 3CCJN 2P5OA 1NG9A 2UXDK 3IS9A 4CJEA 4CGFA 5BR9A 4DTRA 4I6MB 1HQEA 3NF8A 4J2DA 2OTJN 2A5XA 2FXUA 5LY3A 3OYHA 3HK2A 3SQ2A 3U9ZA 4B9QA 3UE5A 1NGGA 4Y1DA 1HYZA 2IDOA 2G8HA 5EVZA 3THXB 4N41A 3LP2A 2YKMA 4E1MA 3VA0A 5AZIA 1DKGD 1Q86O 4KPYA 4LH5A 4KH5A 4BE2A 5EOYA 4OPHA 1C1CA 5KPTA 5KPZA 1ATNA 5CR4A 2O8FB 2Z1JA 4IEIA 3P1GA 5AZJA 4K8XA 1HKGA 3TSPA 2YNIA 4FJMA 2IOCA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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