3L0QA

The crystal structure of xlylulose kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
541
structure length
541
Chain Sequence
ASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYFKLVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVTGENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords xylulose kinase
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
source organism Yersinia pseudotuberculosis
total genus 172
structure length 541
sequence length 541
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA02
3UKRB 3QMLA 4GY2B 2F9TA 3U8XA 2J4RA 5AQSA 1JCGA 2BUPA 2GUPA 2FF6A 1ZC6A 1SQKA 4O8KA 3SJHA 3U9ZA 3O8MA 4B9QA 1E4FT 3U9DA 5BN9A 3VEZA 4H03B 3HSCA 4CZFA 4BREA 2YI1A 4HTLA 1V4SA 1HUXA 4CZKA 4A2AA 2EWSA 3VGLA 3VERA 2D0PA 3D2FA 1JCFA 5EVZA 3UKUB 4PKGA 3DJCA 4QS7A 4BRKA 1X3NA 5ELZA 3L0QA 2Q0RA 2ZWHA 5AQQA 4CBXA 3O08A 3VF2A 1GLAG 2E1ZA 1LOTB 4H5RA 2QXLA 3LDPA 2ZGYA 4BRQA 5FPEA 3QDKA 1DEJA 5AQTA 1XC3A 2D0OA 3L4IA 4L3QA 3W3DA 3FZLA 3LL3A 3VESA 4BR7A 1QHAA 5EXWA 4BG8A 1SZ2A 4E1JA 3LDNA 3HTVA 1RGIA 3DAWA 4I6MB 5AQMA 4FWNA 4RCHA 4FPBA 4IO8A 4BRIA 5KPRA 4JHDB 4BVOA 4BQZA 1HX1A 2V52B 1R59O 1C0GA 5BREA 4ISGA 3H1QA 4HWIA 4BGBA 3CJAA 5AQYA 2FXUA 3A5OC 3VEXA 4BC3A 4ISEA 4K42A 2QWMA 4FL9A 1BU6O 3VEWA 2HF4A 4FO0A 5AQGA 3VF4A 1ATSA 3GE1A 4BC2A 4BRPA 1X3MA 2E88A 2HOEA 3FFKB 4H0TB 3EKSA 2E2PA 4FPAA 1TUUA 2W40A 2FLOA 3O4WA 3A5MC 3GOIA 4IZ9A 2PBDA 1NLVA 1HLUA 3CERA 3MDQA 3H3NO 4EAHD 2E1YA 4H0YB 2DPNA 1NGJA 2YCHA 5AQWA 5LJWA 5TKYA 3BF1A 4C23A 1IJJA 4QS9A 3LDOA 4WQ4C 3GBTA 3ZETA 3DXMB 1YAGA 5I9EB 4LC9B 5BN8A 2HF3A 4BRDA 4IXCA 3O1WA 1BOTO 3O5BA 3WXIA 4B1UB 3DWLA 3HI0A 4AM6A 1SAZA 3U4LA 4MO4A 2FSKA 2Q1NA 4F9OA 2QM1A 2VCPA 4H5NA 3VGMA 3CJCA 4CZEA 4H5WA 2FF3B 3I8BA 2HMPA 1C0FA 5AQJA 3FZMA 3KVGA 4BGAA 2ZF5O 3BF3A 3OHRA 2IVNA 1DGKN 1GLCG 5ADXA 1HKCA 3QICA 5EX5A 3MN9A 3O80A 4MLEA 2CGLA 5JMVA 1K8KB 3LDQA 3QBXA 2Q31A 3ZEUB 2NLXA 3A5NC 4BRAA 1ATNA 1ZXOA 3D2EA 2YJFA 5AZIA 4BRNA 1YUWA 2P9LB 3UKRA 3AAQA 4BRGA 2A5XA 5AQNA 3C7NB 3M3ZA 3CI5A 4CD3A 3CQXA 5EOYA 1P8ZA 1BG3A 1DKGD 4CZIA 4BR0A 4B1YB 3EN9A 1BA0A 3EO3A 4WQ4A 3O6WA 1ZBSA 4CZGA 1HPMA 5AQKA 2H3GX 2YHXA 2YHWA 4NO7A 5AQPA 4A2BA 4MLHA 3SMPA 4RTFD 4WYBA 1T44A 4K41A 2A6AA 1MWMA 4DB3A 1KAXA 2P9NB 1JCEA 3QBWA 3UKUA 1Z6RA 1BUPA 4BRMA 5F1XA 3FZFA 5AQIA 3RSEB 2D4WA 2WUSA 3LM9A 4WQ5A 1HKGA 3WQTA 4DHYA 3UB5A 3F9MA 2P9NA 4H5TA 4NB4A 1QZ5A 3BEXA 3CQYA 5B8HA 5LY3A 4M7XA 3GL1A 1CZAN 1NBWA 1WOQA 1X9JA 1TUYA 3BP8A 4H0VB 4H0OA 3ENOA 2NZTA 2QWQA 1GLLO 4I6MA 2A42A 1NGHA 5AQLA 4EHUA 3P4IA 4JHDA 3WUHA 3WXKA 4BRCA 2PAVA 2A41A 3FGUA 3VPZA 3SK3A 3EKUA 3G25A 4XH4A 2IIRA 1ATRA 3R6MA 2QWRA 2CH6A 3VETA 3S41A 1E4GT 2ASOA 2I7PA 5FPDA 3IUCA 3ZX2A 2V7ZA 3ENHA 2AP1A 4FSVA 5AR0A 4M63C 2QW9A 3HZ6A 1Q18A 5FPNA 1GLBG 4A61A 4BR2A 1BWFO 5JICA 2CH5A 3A8YA 1YVNA 5BRFA 3BUZB 4CD1A 5JLFA 2P9KB 4FWKA 4FOEA 4FWSA 3ZX3A 1XUPO 3EL2A 3ATVA 5AFUH 4O5FA 4EFHA 2A40A 4ISFA 1BA1A 3VEOA 2KHOA 2P9KA 3H1VX 3SLCA 5BR9A 1U6ZA 1QZ6A 3MMVA 3DXMA 4FWMA 2P9PB 4BR4A 3H6EA 4DQ8A 1U2VB 1Y64A 2ASMA 2IVPA 2W41A 1T6CA 2QWOA 3CJ1A 3ULEB 1HKBA 3VGKA 2GELA 3WXLA 5AZJB 2AA4A 2QWNA 4BVPA 1MDUB 4PKHA 3D7EO 3WT0A 1G99A 3LM2A 2P9IB 3DXKB 2E2QA 3IMXA 4FWOA 5AQUA 3CJ9A 3FZHA 1IG8A 4B1XB 5AZJA 4FOIA 4CZLA 4B1VA 3M6GA 3AY9A 1KAYA 1NMDA 1KAZA 3VEYA 5BRHA 1RDWX 5AQRA 3DXKA 5BRDA 2CGKA 2Q97A 2V51B 3WEEB 3VF6A 1K8KA 4EHTA 3MN5A 5AQZA 3ZEUA 3MN6A 3TU5A 3W0LA 2P9UB 1GLFO 3WXJA 3CHWA 3JXUA 1HJOA 5AQVA 1YXQA 3WEEA 4CJ7A 2F9WA 2P9LA 3A5LC 1GLEG 4H0XB 1KXPA 3ZX0A 3C7NA 1NGAA 2GTDA 3CJBA 2OANA 2V7YA 5BPNA 2IVOA 4M7YA 3FE1A 1V4TA 4BRHA 4CZHA 3CETA 4Z94A 2ZGZA 4JN4A 4Y0WA 3EZWA 5KQDA 5LJVA 3D2FB 5AQOA 2Q0UA 4RWTA 5AQFA 4FWQA 2QWLA 1NGCA 3B8AX 3TPQA 3R8EA 4B1ZA 3MN7A 1MA9B 4CBUA 1S3XA 5BPLA 2FSNA 4H0PA 3QB0A 5E26A 3RSEA 4DCHA 2CGJA 3VOVA 3MCPA 4JAXA 3IFRA 1GLDG 1EQYA 3WQUA 4YDUC 3CIPA 1Z05A 2YHYA 1QQNA 5FPMA 4AM7A 4MO5A 1T6DA 4FWRA 4EIAA 3LDLA 4XEIA 3CJ7A 4H5VA 5JLHA 2ASPA 1NGGA 4K25A 2Q36A 3HM8A 2E20A 2P9SB 2VYPA 3VEVA 1NGBA 4CZMA 4IJNA 1QQOA 3C0BA 4JNEA 4XH1A 5CE3A 3M1FA 5F2RA 2P9SA 4BROA 3J8AA 1NGEA 2YJEA 3ID8A 3ATUA 3QFUA 3H46O 5KQ8A 3UE5A 1D4XA 3FR0A 1LCUA 5AQXA 4A62A 2NRHA 4CZJA 3IDHA 4BR9A 4JD2B 1J6ZA 2BTFA 1OKJA 1NGIA 2D1KA 4FWLA 2VWBA 3FLCO 4KBOA 1MWKA 3FZKA 2E2OA 4IWVA 4JD2A 3GDQA 5F0XA 3I33A 4GNIA 2ITMA 5E84A 4BR5A 1QQMA 4BC4A 1S22A 4CBWA 5KPTA 2E8AA 3AAPA 4J8FA 4YDUA 1TYQB 1H1VA 1RFQA 5AQHA 1NGDA 1NM1A 3SMSA 4IJAA 3ZETB 3AARA 4CI6A 1XQSC 1TYQA 2P9PA 2Q2RA 4PKIA 4BQLA 5AFUA 3KHYA 4BG9A 1NWKA 4B1WB 3MK6A 1U2VA 2UYTA 3A0IX 2GEMA 1WUAA 3KZBA 2GWKA 3ULEA 2FSJA 4BC5A 5ADXH 3H45C 4FWPA 2P9IA 2E2NA 3R9PA 1BO5O 3HBTA 1GLJO 3O1BA 3VENA 4K43A 4PL8A 1ESVA 4WQ5C 3JS6A 4BRFA 2A3ZA 1BDGA 4XH5A 5KPZA 5BPMA 1NGFA 2GWJA 4QS8A 3GG4A 5EY4A 4BRLA 3QFPA 2P9UA 4PL7A 3H3OB 3L6QA 2I7NA 3D2EB 2QWPA 5AZIB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z1GA 1R0AA 1N36K 4KHQA 2F9TA 2J4RA 2VQEK 4E7HA 2FF6A 1C1BA 4O8KA 3SJHA 3PUFA 1N34K 5GAGP 2O8CB 3HSCA 4AHUA 4CZFA 4BREA 3SZ2A 4DSJA 2YI1A 4FJ9A 2JWLA 3QEWA 2YNFA 2EWSA 1VSHA 1VSIA 1JCFA 5EVZA 1NOYA 1O13A 4TSXA 4DUYK 3T1AA 2ZWHA 1B92A 4U7BA 5CYQA 1GLAG 5LMUK 1U47A 3CYMA 4BRQA 4YY3K 1S1TA 1XC3A 3I0SA 2UXCK 1TL1A 4F4KA 3THWB 3LL3A 3VESA 3KK3A 2X74A 2B5JA 4Q0BA 1CZ9A 4IEEA 2RF2A 3LDNA 3HTVA 2YV0X 4N76A 5AQMA 2WONA 1VAZA 4FJHA 2W6KA 4I2PA 4FPBA 4IO8A 1S5JA 5KPRA 3ZLJA 1BCMA 3CFRA 3S3NA 3RR8A 3ZSZA 4GV6A 1C0GA 4H4OA 4ISGA 4BGBA 4M3ZA 2FXUA 3A5OC 3VEXA 4BC3A 4FXDA 3NBPA 2QWMA 4FO0A 5M1FA 4DTOA 1KSPA 1W9HA 3V1RA 5AQGA 1IKVA 4BRPA 1ATSA 4BC2A 4NXNK 4OKEA 4AHTA 3LP0A 4CFCA 3VN5A 2R7YA 1SKSA 3NGIA 4I7FA 2Y1IA 1VQ6N 1HLUA 3MDQA 4EAHD 4LD0A 2E1YA 2HSTA 3A2FA 4OPHA 1KLNA 4KH4A 5LJWA 4ELVA 5TKYA 3BF1A 3K57A 4Z4IA 4QS9A 2HBJA 1L3VA 3GBTA 3M5RA 4G9ZA 3C6TA 4CGFA 5I9EB 4Q5VA 2HF3A 4C8LA 1BOTO 1SAZA 3U4LA 2FSKA 4JK7A 2QM1A 2VCPA 4H5NA 3VGMA 3CJCA 4FK2A 2FF3B 3R3LA 4C1NK 1C0FA 2WFBA 3TAEA 5HBMA 3AA4A 3QESA 5I3UA 2ZF5O 3BF3A 4JI0K 4OGCA 3OHRA 2KZZA 5ADXA 3QICA 5EX5A 4JKGB 4KFBA 4IDKA 1U48A 2CGLA 5JMVA 1K8KB 4IFEA 1HR0K 3NDKA 4FJJA 3KWGA 5AZIA 2P9LB 1HNVA 3AVNA 3CQXA 4IOAL 3QEPA 2HBMA 1BG3A 4N47A 4C8KA 3RRGA 3VMFB 3EZ5A 4WQ4A 1RCHA 1N6QA 3QETA 3SBTA 1HPMA 3O9QA 2H3GX 2YHXA 2YHWA 4A2BA 1QVFM 3SUNA 4GV3A 4KRFA 1ASUA 2A6AA 3RWUA 4M42A 1KAXA 3AVGA 3QBWA 3M8PA 3UKUA 1Z6RA 3VQCA 3MECA 3RSEB 4W5QA 3HP9A 1QHTA 4O4GA 5EU7A 4I9QA 3OS1A 5TKWA 4FYDA 4NB4A 4FJ7A 3BEXA 4W5NA 1X9WA 5B8HA 3THYB 3GL1A 4CFDA 4FJ8A 1OVYA 1BQNA 1X9JA 3P1GA 4W5OA 1IBMK 1O1WA 1S1XA 1T3VA 3LAKA 5HL7L 4AH9A 4PA1A 5AQLA 4JHDA 4FW1A 4B9MA 4HHTA 1JLFA 1A5VA 2HB5A 3VPZA 3SK3A 2P51A 1NK6A 3R6MA 3RMDA 1ZBUA 1Z26A 4J2DA 3K59A 3P31A 1VQLN 1E4GT 5CY4A 2Q3SA 3ENHA 3HZ6A 5GINA 3PIPL 5FPNA 1CLQA 3A8YA 1JL2A 5HRRA 1IO2A 5BRFA 3V9ZA 4HTUA 1C1CA 1Q9YA 4O0JA 2NRZA 2XY8A 3ATVA 2F7TA 4CEDA 4O5FA 1WBBA 4KHUA 2KHOA 4B3OA 3SLCA 2Z1IA 1VSJA 3MXJA 3MMVA 3F5TA 4F2RA 3H6EA 1C6VA 4B9LA 1Y64A 4JK8A 5BR8K 4CJSA 3OYIA 1NG9A 3SUOA 3J7AP 2QWOA 3NFAA 3VGKA 2GELA 3WXLA 5AZJB 2AA4A 2QWNA 3WT0A 4RW8A 3PY8A 3IMXA 3O3HA 2QTDA 1Q82O 3L2VA 1X9SA 1NMDA 5C25A 5SWMA 3AO4A 4DFJA 5BRDA 5AQRA 5FRNA 2V51B 3LZIA 1EETA 3N4PA 3VF6A 4EHTA 5C10A 3MN6A 3TU5A 2HHVA 3SQ4A 2P9UB 3QO9A 4CJ3A 1CXUA 3WXJA 4JKAA 1BI4B 5AQVA 2OYQA 1HNXK 5C12A 3A5LC 4PHTX 3HVRA 1K6YA 3DRRA 3ZX0A 3IKMA 4WFAL 4FW2A 1KQSM 2G8FA 3KK1A 1L5UA 2VWJA 2O8BB 2OANA 4CF1A 2IVOA 4NLCA 3TWHA 4C1NI 4M7YA 2OPQA 5CHIA 1TAQA 4FLZA 2UUCK 2D0AA 4DQRA 2E6LA 3CETA 4Z94A 2ZGZA 4Y0WA 4FZZA 1I3AA 3D2FB 3DLBA 4RWTA 3OYLA 5AQFA 1IKWA 4DV2K 4B1ZA 4N56A 4LF7K 3LANA 3QEIA 4R5PA 2FSNA 4H0PA 5C2DA 3L2WA 4DUZK 3KLGA 3MCPA 3NVMA 3IFRA 1U04A 4WE1A 3ZSVA 3WQUA 2KW4A 5KRTA 2HVHA 4KKOA 4DR5K 2XY6A 3MX2A 1C0MA 1T6DA 1BISA 4DQQA 1DT9A 3CM6A 3NAEA 3OS2A 3OYAA 3HOTA 4YOYA 3WNGA 3CCRN 2E20A 1JLBA 4HUEA 1KCFA 1KTQA 1RT2A 4CJEA 1VK0A 1QQOA 3C0BA 1ZYQA 3AV9A 3ALYA 1RT7A 3ATUA 3E01A 3L2RA 4DLGA 3FR0A 2GBZA 1NK7A 4H4MA 1QE1A 4BR9A 4F2SA 4E19A 1WAJA 4JD2B 1KD1O 1J6ZA 2HMIA 2BTFA 4PUOA 5J1EA 2VWBA 3V9WA 3U6FA 2O8FA 5KRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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