4JHDA

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/protein binding
molecule keywords Actin-5C
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
total genus 124
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdA03
1CZAN 5BR9A 1X3NA 5BN9A 1ATRA 1QQMA 2ASPA 3VENA 4QS9A 3U9DA 3A8YA 3U8XA 3EL2A 5AQLA 1NBWA 3ENHA 2E2QA 2EWSA 3BUZB 3QBWA 4CZLA 4JD2B 1KXPA 4FWOA 3O1BA 3RSEB 3UKUA 5BPLA 1LCUA 3QMLA 1BDGA 4H5VA 5AZIB 3M3ZA 2P9UA 5JMVA 4H0TB 5AQIA 5AQFA 3GDQA 3GOIA 1HKCA 4FL9A 5BPMA 5ELZA 3LDQA 4FWPA 1X3MA 3SMPA 3D7EO 2E2NA 4PKGA 2P9NA 4K25A 4EAHD 4BRHA 3EN9A 5AQWA 4E1JA 1HPMA 4I6MA 2A6AA 5AQRA 3HBTA 4BR7A 3SLCA 1BOTO 1R59O 3D2FA 2WUSA 2ASOA 4FPBA 1TUUA 4H0OA 5AQSA 4CZJA 3FFKB 1WOQA 3LDOA 4BRLA 1KAZA 1BA1A 3SJHA 2NZTA 3LDLA 2FLOA 4FWNA 4HWIA 2P9LB 3FZMA 3VGMA 2BUPA 3AY9A 3H1VX 3L4IA 4BQLA 3QICA 1NGDA 4CZHA 5JLHA 1NGFA 3A5OC 5ADXH 1Y64A 3AAPA 4PKHA 3ULEB 4CD3A 2PAVA 1BUPA 3UKRA 2PBDA 1D4XA 2A5XA 2GEMA 3CERA 3CJBA 3QB0A 2IVNA 4H0YB 4C23A 4HTLA 2V52B 1LOTB 2P9PB 4FWLA 3WQUA 4B1VA 4H5TA 4CZIA 5KPRA 3MN9A 3M1FA 4PL8A 3MN6A 3CJ1A 3LL3A 3H1QA 3O8MA 4B1ZA 3CQYA 1BA0A 4RWTA 1E4GT 5AZJB 2HMPA 3FZHA 2Q31A 2GUPA 3GL1A 2NLXA 3VESA 3C7NA 4H0PA 3O6WA 4GY2B 4BRCA 4A2AA 4BRIA 4BC3A 2FSJA 2VCPA 2ZGZA 3ATVA 3I33A 4B1WB 1HKGA 4H5NA 2DPNA 2IIRA 1Z6RA 1MA9B 2P9KA 2UYTA 5FPMA 2Q1NA 4A2BA 5EOYA 1GLJO 2ZF5O 4BG9A 3DXMB 3DWLA 3D2EB 2QWLA 2P9SA 4BG8A 4M7YA 1QQNA 2OANA 1BO5O 3AAQA 4IZ9A 3CQXA 4BC4A 2FF6A 5FPDA 1ATNA 1T6CA 1NWKA 3I8BA 1YAGA 3ID8A 2YI1A 1NLVA 1S22A 1YVNA 3ENOA 2CH6A 1Z05A 1NGCA 3GE1A 3UE5A 4IJNA 1HX1A 4B1XB 1X9JA 4JD2A 2BTFA 1GLLO 3VF2A 1NGJA 3HTVA 1TYQB 5AQZA 1NM1A 3RSEA 2FSKA 4A61A 3KZBA 4QS7A 1NGGA 3OHRA 4IXCA 3HI0A 4WQ4C 1QQOA 2A40A 5AZIA 2QWQA 3R8EA 2KHOA 4WQ4A 1H1VA 2A41A 3ATUA 3MN7A 1SQKA 5BRFA 3H6EA 4BRPA 4NB4A 1V4SA 4YDUC 3MK6A 3EKUA 1DKGD 4FWKA 5E84A 4BVOA 2D1KA 3A5LC 1XC3A 4BR5A 4EIAA 4YDUA 4FWRA 3IFRA 4BR0A 1GLCG 1XQSC 2YJFA 2D0PA 5AFUH 5AQUA 3BF3A 5BPNA 2QWOA 4BRNA 3ZEUB 2QWMA 1IJJA 4FWMA 3VPZA 1ZC6A 4BRQA 4JHDA 1G99A 4B9QA 4FSVA 3KHYA 2P9LA 4WYBA 2VWBA 3ZX0A 1DGKN 5AQPA 5FPEA 2ASMA 4MLHA 3ZETB 1EQYA 3ULEA 4BR9A 3IDHA 4BR2A 3O80A 4H5RA 1ATSA 4XH5A 2E8AA 4CBUA 1HUXA 4BREA 2E1YA 3S41A 3JS6A 5EXWA 1ZXOA 3TPQA 1NGEA 2GELA 2P9PA 3BEXA 3WXIA 4FWQA 4CZGA 3VEWA 5AQKA 4Z94A 2Q0UA 2I7NA 4CI6A 3DXKB 1GLAG 4BROA 4CBWA 5BREA 3EZWA 2I7PA 3FLCO 4BRFA 3H46O 3EO3A 4IO8A 5AZJA 2E2OA 4BRKA 2CH5A 3EKSA 2YHXA 4H5WA 2YHWA 3QFPA 4BRGA 3JXUA 4M7XA 4RTFD 1K8KB 4MO4A 3CJ7A 2QWNA 2GTDA 2GWJA 5F2RA 5CE3A 1MWMA 1JCGA 3ZX2A 2P9UB 1QZ6A 2D4WA 3D2EA 3BP8A 4O8KA 3IUCA 2IVPA 3O5BA 4BGAA 2QWRA 3CIPA 1RDWX 5AQJA 5AFUA 2CGJA 5BRHA 1SAZA 2CGKA 1J6ZA 4ISFA 2GWKA 4I6MB 1RFQA 3VF4A 3WT0A 4FOIA 2YCHA 1NGIA 1OKJA 5LY3A 3KVGA 1YUWA 2A42A 4J8FA 1TYQA 4IJAA 3C0BA 5AQTA 1HJOA 3W3DA 4AM7A 1C0FA 5EVZA 4EFHA 3LM9A 3J8AA 3HM8A 5E26A 2HOEA 4CZMA 1U6ZA 5KQ8A 2A3ZA 2Q0RA 3WXKA 3UKRB 4DCHA 1RGIA 3HSCA 1BG3A 2AP1A 3L6QA 3LDNA 4L3QA 3GG4A 4ISEA 1DEJA 1NGAA 1E4FT 5AQXA 3VEYA 4JNEA 1QHAA 3R6MA 2E1ZA 2V51B 3LM2A 3IMXA 4PL7A 4O5FA 5F0XA 2AA4A 2E88A 3FZKA 3ZEUA 4BRMA 2CGLA 4XH1A 3VGLA 4FOEA 3CJ9A 3SMSA 3QDKA 3MMVA 3CETA 2V7YA 3P4IA 3FR0A 4BGBA 5FPNA 5AQMA 2W40A 3ZETA 2YHYA 3HZ6A 5AQVA 1ZBSA 3FZFA 1U2VB 4CBXA 2F9TA 2VYPA 4FO0A 4CD1A 4DHYA 3WEEB 2HF4A 3FE1A 1JCFA 4BRAA 1JCEA 2QW9A 1TUYA 1NGBA 2V7ZA 3O1WA 2NRHA 3VERA 3UB5A 1GLFO 1QZ5A 2E2PA 2P9SB 3DXKA 2P9IB 4B1UB 5AQHA 4CJ7A 3VEZA 1HLUA 4BQZA 3CJAA 4M63C 3B8AX 5BRDA 1MWKA 1K8KA 5EX5A 1KAXA 4GNIA 3ZX3A 5TKYA 4JAXA 3BF1A 1NGHA 3A5MC 4BC5A 4LC9B 3M6GA 4A62A 5JICA 2ITMA 4BC2A 1KAYA 2HF3A 5BN8A 2ZWHA 4AM6A 1C0GA 2QXLA 3LDPA 2Q36A 2FXUA 4PKIA 1T44A 3WQTA 1YXQA 4KBOA 2ZGYA 4H0VB 4FWSA 2F9WA 3G25A 1P8ZA 5JLFA 3VOVA 4BRDA 1GLEG 2Q97A 3U9ZA 5B8HA 3L0QA 4JN4A 2E20A 4K43A 4NO7A 3UKUB 3MN5A 2Q2RA 3WXLA 4JHDB 3QFUA 3SK3A 3DXMA 3O08A 3VETA 4Y0WA 2J4RA 3DJCA 3F9MA 5KPZA 5F1XA 3AARA 4F9OA 1ESVA 3FZLA 1BWFO 1SZ2A 3VEXA 1XUPO 2P9NB 4XH4A 2H3GX 3QBXA 4BVPA 1IG8A 3TU5A 4EHTA 5AQYA 3D2FB 4CZKA 3GBTA 4XEIA 5KPTA 3A5NC 2FF3B 3MDQA 3H45C 4MLEA 1WUAA 4IWVA 3VEVA 4CZEA 4QS8A 3CJCA 4H0XB 3H3OB 1S3XA 1U2VA 4ISGA 3R9PA 5LJWA 2YJEA 3WEEA 4BR4A 4WQ5C 5AQOA 4DB3A 4DQ8A 2FSNA 2D0OA 4EHUA 2QWPA 4WQ5A 4K42A 2QM1A 3VEOA 3MCPA 4H03B 1T6DA 3CHWA 2W41A 5AR0A 5I9EB 1V4TA 1NMDA 2P9IA 5AQNA 2IVOA 5KQDA 4RCHA 1GLBG 1MDUB 3O4WA 4B1YB 3C7NB 5AQQA 4MO5A 4FPAA 3VF6A 5AQGA 5LJVA 3DAWA 4CZFA 3WXJA 3VGKA 4K41A 3W0LA 3WUHA 3H3NO 1HKBA 1Q18A 2P9KB 1GLDG 3U4LA 3FGUA 1BU6O 5ADXA 5EY4A 3A0IX 3CI5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DQSA 4ZHRA 3NGIA 1ATRA 3VTIA 3VENA 1IBLK 4QS9A 4IDHA 5FRMA 2NRXA 4CGJA 1EKEA 2YNIA 4CEQA 1J54A 2YX6A 3U8XA 1UOCA 1DLOA 2EWSA 3BUZB 3QBWA 4JD2B 4M41A 4FWOA 4MQ3A 3RSEB 3OYFA 2UUCK 3UKUA 3KLIA 5BPLA 3CC7N 1FKPA 4DFJA 3E9OA 4H0TB 5AQFA 3PLAA 4OGEA 4LH5A 1VSDA 5ELZA 4DF8A 4FWPA 4NYNA 3T1YK 4PKGA 2P9NA 4K25A 2PY5A 1YI2N 4DV2K 1U45A 3HBTA 4CW7B 3AVKA 3V81A 5I3UA 3HP9A 4A5BA 3CMAN 1CZ9A 4H0OA 2ASOA 4DF4A 4DSJA 2W6KA 3CYGA 4JKFA 1BL3A 4JV5K 1VSEA 3LDLA 4HWIA 3FZMA 3L4IA 1YTAA 3V4IA 4V19S 1CXUA 5ADXH 4CESA 3ULEB 3AVHA 3AVCA 3ITHA 4CIGA 2AJQA 3HRGA 3F2KA 3CJBA 4KHQA 3AO2A 4H0YB 3VA0A 3VA3A 3AVLA 2ZD1A 4CZIA 4FM1A 3V9WA 4B3TK 1L3VA 3LPUA 4KH6A 1RT1A 2HBJA 2GV9A 3H1QA 4JRQA 2NUBA 2HMPA 1BQNA 1VSKA 3THWA 1R0AA 2KQ2A 3SI6A 5IT9O 2NRRA 2Q31A 2NLXA 1S1XA 3VQDA 4H0PA 3O6WA 4B3SK 3S5TA 4GY2B 2Z1IA 1EWRA 4BC3A 4CK3A 3L8BA 2VCPA 2ZGZA 1NJXA 1HKGA 4B3MK 4IG0A 2I5JA 3K5MA 2IIRA 1QE1A 5FPMA 2OTLN 2KTQA 2Q1NA 1GLJO 2ZF5O 3DXMB 3D2EB 4HVJA 3OYJA 4BG8A 1IG9A 4FLZA 4FK2A 4BC4A 1NWKA 4OJRA 4CE9A 3DLHA 3O9QA 2XHBA 3CF5L 3ENOA 3PX4A 3UE5A 4JD2A 2HNDA 1GLLO 3VF2A 3RSEA 2FSKA 4YOXA 3SZ2A 3KZBA 3LAKA 4E7LA 1WSIA 4GVEA 3SAHA 3DOLA 2QWQA 4BDZA 2QEXN 4DSKA 5HOOA 2A41A 3EE8A 4DV5K 3ZT1A 3MK6A 1VSMA 4CGGA 1DKGD 1UAXA 4J2BA 1XC3A 2IGIA 3O9UA 4ZTJA 3IFRA 1ASUA 3DLLL 2YJFA 2D0PA 3G71N 2O8EB 1B92A 5AQUA 3BF3A 2O8FB 2QWOA 3KWIA 2XY8A 4DR2K 2A1SA 3VPZA 1VQKN 4W5QA 3BZKA 4JHDA 1G99A 3TSQA 1WN7A 1YITN 3ZX0A 5AQPA 4Z4HA 5FPEA 3ULEA 4I7FA 3OTOK 3OYBA 3M8QA 3O9RA 1HYVA 2E1YA 1K8AO 5EXWA 4IG3A 4JS5A 3I0SA 4FWQA 5AQKA 3KK7A 1LW0A 5BREA 4KO0A 4WFNL 3MXJA 4IO8A 4FJMA 3AGRA 3TWHA 3CPWM 3V1QA 5EU7A 2YHXA 1GOCA 1I3AA 4CGDA 3CJ7A 1TV6A 4OKKA 2GWJA 5F2RA 2OA8A 1NJYA 1JCGA 2FBXA 3EY1A 1YF5L 5CZ2A 3QEVA 1QZ6A 3D2EA 2OTJN 5FROA 4EP4A 3N4PA 3HXMA 3O5BA 3I56N 1TVRA 3G0ZA 3ZSQA 1WAJA 1Z25A 5M1PA 3M5RA 3KK2A 1RDWX 4DQRA 5AQJA 1SAZA 4ISFA 3QO9A 4YORA 4LD0A 5LY3A 1NG9A 4C1NI 2O8DB 4F2RA 2PYLA 4OPHA 1HJOA 1C0FA 3OVNA 3C6TA 3J8AA 5E26A 4CZMA 2YKMA 3WXKA 3TI0A 3VQ9A 4FK4A 4CF1A 1SUQA 2VGMA 5AQXA 3VEYA 4JNEA 3NMUA 3LM2A 2HBLA 2O8FA 2AA4A 5FLXO 1NKBA 4XH1A 1S6QA 2O8BB 3U3YA 1D9DA 4KI4A 2V7YA 3VQ7A 4R79A 5HRRA 1NOZA 4BGBA 1D9FA 5AQMA 4C8OA 3HZ6A 4WE1A 2O8CB 3D6RA 3FE1A 2R7YA 2B4JA 1TUYA 3SV4A 3BY5A 2NRHA 3VERA 3UB5A 4BACA 3JYTA 1QZ5A 1VK0A 3E9LA 2XY5A 1W2BM 2HMIA 3NGYA 4B1UB 3RWUA 1HLUA 4R5PA 1HR0K 4KHWA 2HHSA 2RN2A 4NXMK 4HTUA 4M63C 1NK5A 4OPKA 4N76A 2WFBA 1OH7A 1SL1A 3ZT3A 4GNIA 2KLAA 5TKYA 3K57A 3VN5A 1NGHA 4X64K 3CC4N 5GAEP 4LC9B 3M6GA 2ITMA 4Y1DA 1NK4A 3DM2A 4IFVA 2HF3A 3MXIA 4AM6A 1EETA 2VG7A 5DM6L 3T19A 1KD1O 2B6AA 2Q36A 3H08A 4CERA 1S6PA 1XC9A 2JWLA 4PKIA 1VQ8N 2HVIA 2Y1JA 3OYMA 1IV0A 1QVGM 1C6VA 5KTQA 4YOTA 3G25A 1P8ZA 2GUIA 4BRDA 3U9ZA 5B8HA 4XJXA 4JN4A 4JI0K 2O8DA 1SS6A 3PSIA 4FJHA 2Q2RA 4A57A 3SK3A 1L3SA 3O08A 4Y0WA 1F21A 2J4RA 4LF6K 3MCAB 1N32K 4JK8A 3AVNA 4DTUA 4M3TA 5HL7L 3HP6A 3D45A 2YNFA 1IBKK 3MEGA 5CYMA 1C0MA 1NJZA 4DSFA 3MWTA 3DRRA 2ATQA 3TU5A 4CEZA 3D2FB 3OY9A 5TKWA 2ZQBA 4W5TA 2FF3B 4ELVA 3DLKA 1SKWA 1YIJN 2O8BA 4DTMA 3H45C 4MLEA 4CZEA 2W6LA 1JJ2M 4CJTA 4E1NA 3H3OB 1S3XA 4ISGA 4IEIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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