2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
2OZBB 3T7ZA 3SIVB 5GINA 3GQUA 5GIOA 5GIPA 3SIUB 1NT2B 3NVKA 3NVMA 3ICXA 3NMUA 3PLAA 3GQXA 4BY9C 3ID6A 3NVIA 2NNWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E7EA 3RRGA 4Z9OA 3OS0A 1DEJA 2CH5A 4ISFA 4AM7A 2GUPA 2P9NA 3L6QA 4X62K 3NCIA 1Q81O 4OX9K 1NK8A 3O9RA 4DV1K 3SPYA 4FM0A 1TK5A 3TSUA 1MUHA 3MWPA 4JRQA 2P5GA 3TI0A 3O4NA 1JJ2M 4OLAA 4CVNE 3TAFA 5DMRA 1U48A 2AJQA 1HNZK 3K5NA 1BG3A 1E7HA 1LWFA 3FZLA 3SMPA 3VEZA 3ZSYA 4XH5A 3ZSXA 1ATRA 3OYBA 2W6LA 1W2BM 2YX6A 2B5JA 3VQIA 1J78A 1GLBG 3UIVA 3TTCA 4HWIA 3ULEB 1DTTA 3LL3A 4BY9C 1C6VA 1S22A 3C6TA 4AF1A 1R59O 5GAHP 2Q36A 1RILA 5AQVA 1VSFA 4BR5A 3ZX3A 3O6WA 5HRNA 1HYSA 1VRTA 5LMNK 2E0XA 4JKCA 3S9HA 4A62A 3MN9A 3AAQA 3TAMA 3KLEA 1S9EA 3RMBA 1C1CA 4MO5A 3AA4A 2HHVA 1RDDA 4KBOA 3LWLA 4LF7K 3ZSZA 5ADXA 1HNXK 2IOCA 4KHNA 3BZCA 3FZMA 4G9ZA 3PLAA 4DV6K 1JLEA 4K71A 1ZYQA 4B9MA 3ULEA 4I9QA 4KV8A 3BP8A 4WQ4A 5KQDA 1HPZA 2HNYA 3L2UA 5MLCQ 4KTWA 2NRZA 2IC3A 3PY8A 3HXMA 3A73A 3SJHA 3MCPA 4LC9B 4X65K 1I94K 1L3UA 1BA0A 4JK7A 3HRGA 2XO7A 1LOTB 4AQYK 4OR0A 3V9SA 4DLGA 5AJ3K 4YNQA 3DAWA 3OA9A 3VEOA 4IG0A 3VENA 3U6FA 3SJJA 3V9UA 4BVOA 3CQXA 1VQLN 4C8MA 3P38A 1HLUA 3AAPA 2V52B 4CF2A 3MN7A 2A6AA 2YV0X 1RTJA 3FGUA 3AA2A 3VQ9A 5CE3A 2AP1A 5J2MA 1S1WA 1KAZA 2YCHA 4A59A 1RDBA 4DFMA 1N8RO 1VQ5N 3D2EB 4H5RA 4DM0A 3QINA 3L4QA 4B1UB 4FM1A 4DR7K 1TYQB 3NH2A 4FSVA 5H1SQ 4CGJA 3ZYYX 3H1VX 3S3OA 1LOTA 4CBUA 4FPBA 4WQ4C 5J2PA 2YDFA 3SIVB 3OYJA 5BPKA 4CJPA 1KFSA 3CC7N 4HCCA 3VEWA 4LF9K 4CFAA 4ELTA 1YVUA 4A5AA 1YI2N 5LJVA 3LANA 3AVKA 2E0YA 4U67L 3Q7CA 2Q31A 3H3AA 4BVPA 4IEEA 3HT3A 4DQ8A 4OTUA 5BR9A 1RNHA 1YXQA 4GNIA 4CZIA 3D2EA 5C10A 5E26A 1HKBA 1TYQA 4GVMA 2V7YA 4RG8A 1EWRA 4HHTA 2ZJRL 2GWJA 3K9KA 4A5BA 3U9DA 1IKWA 4FLUA 1Z6RA 5M1QA 3THVA 3P4IA 4KH5A 4FJ5A 1VSDA 4OKEA 3WXKA 4DTRA 4JI5K 4OJRA 5BR8K 3E9LA 4DSJA 1UAXA 3LDQA 1EETA 3CCQN 2W41A 2CH6A 1UORA 2BXHA 1XQSC 2VG5A 3V6DA 3O3FA 2VUEA 2IVNA 2YNIA 3CFPA 2O8BB 1WSFA 4I9OA 4Z4GA 5BRFA 2HMPA 4JKAA 3AVIA 4CI6A 5IJEA 1VRUA 2FSNA 4MFBA 1MIYA 2HBJA 2PY5A 5ID7A 1KQSM 4PUOA 4IO9L 3VA3A 4OT2A 4C8KA 3A5NC 1IBMK 1RBTA 1GOBA 5AQZA 4GV6A 1N6QA 4PKIA 1RT2A 2OANA 1GLFO 3HP6A 3E66A 3C6AA 3VGLA 3BF1A 3V1QA 2VG7A 2O8BA 4BRQA 4Y0WA 3ECPA 4KRFA 4CJTA 2GELA 3P31A 5AQJA 2UYTA 1NK5A 3QB0A 4FWMA 1QZ6A 3C7NB 3JAMO 3KD5E 1QHTA 2D4WA 1LWEA 1L3SA 1ASUA 1EQYA 1VSJA 2Q97A 4FLZA 4LH5A 4FLTA 4OLBA 4CBXA 4E3SA 4FWNA 4IDKA 4KB1A 5CYMA 4DV2K 5HOZA 4CIFA 3CF5L 4AHRA 3HTVA 4XIUA 4DQSA 1KC8O 4IFEA 1WBBA 1NOZA 2QKKA 4JS5A 1JLQA 4E1NA 1WSHA 3C7NA 3L2WA 1ESVA 4WCEL 3HL8A 4D7XA 1BWFO 2OA8A 1OVQA 3H08A 3TSPA 3AARA 4OPJA 5J2QA 1D9DA 4M3XA 4JS4A 1A5VA 3DLHA 4I7FA 4W5OA 4DG1A 4ZBRA 3OYLA 5I9EB 4N56A 4CK1A 3DLLL 3EE9A 4CJSA 3NGZA 1SKWA 4CGGA 3N4QA 2UXBK 4FYDA 1HUXA 2IGIA 3K0SA 4FK0A 5DBYA 2BXQA 5IIHA 1ATSA 4IFVA 4JN4A 3WXLA 1NKEA 3QBWA 2XMOA 2E4LA 4H0OA 1TXUA 5FLXO 4B8CA 5C12A 4CHNA 3AVLA 5C42A 4JAXA 3G25A 4IJAA 2RF2A 2HSTA 4H0TB 1RBSA 1WLJA 3MX5A 1NK4A 1NJIO 3CX9A 3Q7BA 4YOTA 1E4GT 2W40A 5BRDA 4HTLA 4JI6K 3THXB 3P1GA 5C2DA 3SI6A 5I3UA 2OCEA 4JHDB 1SKSA 2X74A 2IS3A 3MAQA 2LQIA 1NGAA 3AVJA 1RTDA 4DLEA 4RTFD 4CJEA 2Q3SA 3O4WA 3EY1A 4BR9A 4AHSA 3OS1A 4F2RA 3NVKA 2GBZA 3CC2N 3PX0A 1SKRA 4UY8O 1ZBSA 2NZTA 3IAYA 2HHHK 4O5BA 1KVAA 1GOAA 4N5SA 3K9JA 3WEEB 1G15A 3MDQA 2BE2A 2GEMA 5AQOA 4N0FD 4H0VB 1MM8A 2FSKA 4GKJK 5DK5A 2H3GX 4JI7K 3THXA 2HVHA 3IKMA 3U9ZA 4JD2B 4JHDA 1KVCA 1MUSA 4B1ZA 4QS8A 4CF0A 3THWA 2Y1JA 1V4SA 2XVUA 2R7YA 4QS9A 4OO1J 1KVBA 4X66K 5KPRA 5K14A 2YNGA 3CIPA 3K5MA 3CMAN 4YFUA 3J81O 4B9VA 2HHTA 1IJJA 1RTHA 4BC4A 3WEEA 4E0DA 2ZGZA 3DLKA 4FZYA 2G8IA 4BACA 4PKHA 3OYCA 5IIUA 3A5LC 4B9UA 3L3UA 3R9PA 1NK6A 1KSPA 4JD2A 1NNEA 3NVMA 2RPIA 4MO4A 4AHVA 4FK4A 1KXPA 4NXMK 4BR4A 3HPGA 1TKDA 4DUYK 3C95A 3OYNA 2NRTA 3OYMA 4MDBA 4B08A 4H0XB 4GVEA 2VWBA 4O5FA 5AFUH 3RTVA 3KD1E 1YJWN 4ISGA 1T05A 3L0QA 2X6NA 1QHAA 1NK9A 4JLHA 3C65A 2ITGA 3WNGA 4BR7A 5LY3A 3G4SN 3WNEA 3CJ7A 1XMOK 5AQXA 2ZE2A 4FXDA 3SV3A 2ZD1A 1TKZA 4DTUA 2ITMA 4MDAA 4NYFA 4KHQA 2O4GA 3SQ2A 3IMXA 4DQPA 1U4BA 4IKFA 3WXJA 1SV5A 3BZKA 4H03B 4L3QA 5GAGP 2BX8A 3NF7A 2QI2A 2DBXA 4F3OA 1OH5A 4FO0A 3K58A 1S6PA 1C1AA 2G8FA 4Y1DA 1Z25A 1RT1A 2PYLA 2EHGA 3CMEN 3QFPA 2O8DA 3VMFB 4GV9A 3AA5X 3ID6A 2Z1IA 4R5PA 1HNIA 5AQYA 3SCXA 5GINA 2NUBA 3VPZA 4PL7A 2ZWHA 3TAPA 3IS9A 1O1WA 2QMCA 4AHTA 1B92A 3A0IX 5FUOA 1BU6O 2IAJA 1NJXA 1J9AA 4O8KA 2BH1A 1H1VA 3CCJN 1N5YA 2QWQA 4DTXA 3MXJA 3AO4A 4DR4K 3CFRA 3VQPA 1C0MA 1GLJO 4CIGA 1QSLA 5AZIB 4LF6K 3U4LA 3M8QA 4FVMA 4I6MB 4IJNA 4M41A 3FNMA 1ASWA 1BHLA 3T69A 4OPHA 1N36K 2P9SB 2IIRA 1O9XA 4A2AA 1W97L 4AHCA 3LWMA 4IXCA 4CF1A 1QSYA 4BDYA 4W5TA 3JYTA 2BXCA 4KO0A 4M7XA 3F5TA 4CJRA 3NVIA 2YNHA 5JS2A 4LSNA 1FXXA 1XWLA 1GLDG 2FLOA 2PAVA 1T3VA 1VK0A 5EOYA 2AGHB 2X78A 4NYNA 5F2RA 5AZIA 3G10A 3WUHA 4I6MA 4ZTJA 3A5MC 3VGMA 5KPTA 4YDUC 4G01A 3J7ZO 4LF4K 3CD6N 1YTUA 3QFUA 3RMCA 1IBLK 4OPKA 4NO7A 4C23A 4WF9L 3N4PA 3DOKA 4AILC 2P9SA 3SMSA 2Z8IA 4OGCA 5BPMA 1IO2A 3HM8A 4H4MA 5ADXH 5HP1A 3TR8A 4YY3K 2P9NB 3TAEA 4GMJB 3I0RA 1Q9XA 4KHYA 4CHOA 1MIVA 1TL1A 4E7KA 1LCUA 1MWKA 5IJFA 3TANA 1YUWA 2PFUA 3TTDA 4DHYA 4FCYA 2DTUA 4Q0BA 5GIOA 2JGUA 3AA3A 3KHYA 4R79A 2BDPA 4FJIA 3VQDA 3I0SA 4I9LA 1W9HA 1CXQA 4J8FA 1QZ5A 1HQUA 4AHUA 4CJ4A 1T7PA 3CETA 4Q5VA 3MXIA 3C6HA 5AQMA 1X9SA 3HJFA 4PY5A 4WA6B 4G03A 2F9TA 4C31B 3WXMB 1NGHA 2B6AA 2FC0A 2YKNA 3ULDA 3QNOA 4K8XA 4L9KA 4CFBA 4DU4A 4FOIA 1BJ5A 4DU3A 4CJQA 4JYAK 4S1YA 2KFZA 3MEDA 3FZFA 1NJZA 4Z0UA 3CJCA 3VQBA 4O0JA 4N0UD 4YORA 1T6CA 2HNDA 3SAGA 1BQMA 1T8EA 1E7CA 4DQRA 1E7BA 1NG9A 4L8RB 1WN7A 1Z26A 5BRHA 4FJJA 4GDXA 3O3GA 4FJ8A 2FF3B 2VGNA 1N33K 2EFCA 4J2VA 4FWQA 4C1NK 2OTLN 3KJLA 1IKVA 4CBWA 4J2DA 3GQXA 1KAXA 4FLXA 4J2BA 1NK7A 1TF0A 2QXLA 3SPZA 2P9PB 5D3GA 4ISEA 4N41A 1MA9B 2ASOA 1ILYA 2KLAA 2GTDA 3V09A 2YHXA 1BIZA 4BROA 1WAJA 4CJ3A 1F21A 4IO8A 2A5XA 3CCUN 3LP3A 3KLGA 4DS4A 3C0BA 3VF2A 2E1YA 2VWKA 4GW6A 2VGMA 1VQMN 1W0HA 4WYBA 5ID9A 4JKDA 5F0XA 1IG8A 4ZUXV 1RBUA 2Z8JA 2ZJQL 4DTPA 3P5JA 5AQIA 1JLAA 2LSNA 2P9PA 2XHBA 3MN6A 1JXBA 1MA9A 4BE1A 1HMVA 1NJYA 3HP9A 3S3MA 5KTQA 3OJUA 2HHWA 1MIWA 4CW7B 3FZKA 3U3GA 3CCVN 2HMIA 1RBRA 4BE2A 1S1VA 3KZBA 3HOSA 4DCHA 1RDCA 3V1OA 3CHWA 5CYQA 4C8NA 4CZMA 1TAQA 3L3VA 4FLVA 3KLFA 1WOQA 1KTQA 5KGWA 2QK9A 1SAZA 3KIOA 3SUNA 1S6QA 3WHSA 3MX2A 3CM6A 3SAFA 5JVGL 3QBXA 4IOCL 2OPPA 5HL7L 2Y1IA 1YVNA 1IKYA 2XVWA 1BA1A 3PIOL 4OGEA 1C0UA 4CF9A 1M1KO 1VQ7N 3HSTB 3A8YA 2E2NA 4KTZA 2WUSA 3HI0A 1RDUA 4LB2A 3NH0A 5A2QO 3E01A 3UKUB 1TUUA 3BEXA 1JCFA 5KI6A 3DOLA 1YHQN 4CK2A 2O8FA 5BN9A 2V51B 1A5XA 1UOCA 4DQIA 3NDKA 4KHUA 3RWUA 3SQ4A 4DF8A 1BDGA 3LZJA 1HYVA 1NGCA 1OVYA 3H3NO 3OYKA 2HF3A 4C8OA 1NKBA 2D0PA 3EL2A 3OYIA 5AQPA 2X6SA 2KW4A 4BE0A 2E1ZA 4W5QA 4M7YA 1VFIA 1B9FA 1ZBUA 1JLGA 3CJBA 4PA1A 4QOZB 1QE1A 2XY6A 3ZX2A 2BXKA 1NMDA 2P51A 1GOCA 3EKSA 3UKUA 4CEQA 4FVUA 2E88A 3AO2A 4BRGA 3SZ2A 1XC9A 1TKXA 2OPSA 4RW9A 2P9KB 5AQHA 2BANA 4Z4CA 3DI6A 1HR0K 1Q86O 3CCMN 3QEIA 3D6RA 4LFBK 1WAFA 4DR5K 4C8LA 4KH4A 1JNBA 4JK9A 3ASMA 4BRDA 4B9TA 2A41A 2ATQA 2Q1NA 4BRIA 2UXDK 2G8KA 1OKJA 4NLCA 2Z8KA 5KGXA 1JXEA 1NMNA 3L2RA 2UXCK 5JLHA 4NLBA 3FWBC 3AO3A 2A1RA 1WUAA 3V08A 3LU8A 3QEVA 1ASVA 2G8HA 1HK2A 2VQEK 2P9KA 4Z4HA 4K8ZA 4CJ7A 2OYQA 4JI1K 5JMVA 4CJFA 2O4IA 5M1FA 1FJGK 3TDLA 1A5WA 1X3MA 4ZBKA 3EZ5A 1GLLO 3FWCC 3H6EA 3HZ6A 5JICA 1J5OA 4FLYA 4FW2A 3EE8A 1RT5A 1KLMA 2BXFA 4M45A 3F9MA 5LMUK 1WSEA 2D5RA 4CECA 3OS2A 4M63C 1SL0A 1XNRK 3O4QA 2ZM6K 2BXDA 3SQ0A 3A5OC 1ATNA 1REVA 3SQ1A 3SUPA 3S41A 3O80A 2DBWA 3L4IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OZB B;  3T7Z A;  3SIV B;  5GIN A;  3GQU A;  5GIO A;  5GIP A;  3SIU B;  1NT2 B;  3NVK A;  3NVM A;  3ICX A;  3NMU A;  3PLA A;  3GQX A;  4BY9 C;  3ID6 A;  3NVI A;  2NNW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1E7E A;  3RRG A;  4Z9O A;  3OS0 A;  1DEJ A;  2CH5 A;  4ISF A;  4AM7 A;  2GUP A;  2P9N A;  3L6Q A;  4X62 K;  3NCI A;  1Q81 O;  4OX9 K;  1NK8 A;  3O9R A;  4DV1 K;  3SPY A;  4FM0 A;  1TK5 A;  3TSU A;  1MUH A;  3MWP A;  4JRQ A;  2P5G A;  3TI0 A;  3O4N A;  1JJ2 M;  4OLA A;  4CVN E;  3TAF A;  5DMR A;  1U48 A;  2AJQ A;  1HNZ K;  3K5N A;  1BG3 A;  1E7H A;  1LWF A;  3FZL A;  3SMP A;  3VEZ A;  3ZSY A;  4XH5 A;  3ZSX A;  1ATR A;  3OYB A;  2W6L A;  1W2B M;  2YX6 A;  2B5J A;  3VQI A;  1J78 A;  1GLB G;  3UIV A;  3TTC A;  4HWI A;  3ULE B;  1DTT A;  3LL3 A;  4BY9 C;  1C6V A;  1S22 A;  3C6T A;  4AF1 A;  1R59 O;  5GAH P;  2Q36 A;  1RIL A;  5AQV A;  1VSF A;  4BR5 A;  3ZX3 A;  3O6W A;  5HRN A;  1HYS A;  1VRT A;  5LMN K;  2E0X A;  4JKC A;  3S9H A;  4A62 A;  3MN9 A;  3AAQ A;  3TAM A;  3KLE A;  1S9E A;  3RMB A;  1C1C A;  4MO5 A;  3AA4 A;  2HHV A;  1RDD A;  4KBO A;  3LWL A;  4LF7 K;  3ZSZ A;  5ADX A;  1HNX K;  2IOC A;  4KHN A;  3BZC A;  3FZM A;  4G9Z A;  3PLA A;  4DV6 K;  1JLE A;  4K71 A;  1ZYQ A;  4B9M A;  3ULE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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