The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR4 K; 4B3T K; 5IWA K; 4LF7 K; 2F4V K; 4OX9 K; 2UXD K; 4LFA K; 4X62 K; 4JI4 K; 4DR6 K; 4YY3 K; 1HNX K; 4X65 K; 2HHH K; 2ZM6 K; 1IBL K; 5BR8 K; 4YHH K; 4DV0 K; 4JI2 K; 4DUZ K; 1I94 K; 2VQF K; 5FLX O; 4DV7 K; 2UUB K; 4K0K K; 4JYA K; 4JI6 K; 4B3S K; 1XNR K; 4LFC K; 1XNQ K; 5LL6 Z; 1N36 K; 4NXM K; 4DR1 K; 5A2Q O; 4X64 K; 3JAM O; 2UUC K; 4B3M K; 1IBM K; 1HNW K; 4JI5 K; 5IT9 O; 4JV5 K; 4DR7 K; 2VQE K; 4JI7 K; 4DR2 K; 4KHP K; 4AQY K; 1N32 K; 4NXN K; 4JI8 K; 4X66 K; 4LF4 K; 4LF9 K; 4LF6 K; 4B3R K; 4DR3 K; 2UXB K; 2E5L K; 1XMQ K; 4LF8 K; 4LFB K; 3T1Y K; 4DV2 K; 3J7A P; 3T1H K; 4V19 S; 4GKK K; 2UU9 K; 3J7Y P; 4DV4 K; 1HR0 K; 1IBK K; 5LMU K; 5LMN K; 4DUY K; 4JI0 K; 4LF5 K; 4DR5 K; 1HNZ K; 4DV1 K; 2UXC K; 5AJ3 K; 1J5E K; 4GKJ K; 4DV5 K; 2UUA K; 1FJG K; 4CVN E; 4JI3 K; 3J80 O; 4DV3 K; 3J81 O; 1XMO K; 1N34 K; 3OTO K; 4DV6 K; 1N33 K; 4JI1 K; 4CW7 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LF7 K; 4MLE A; 5BPN A; 2UXD K; 4KI6 A; 4Z4F A; 5FRM A; 4YOV A; 4AHR A; 3ZYY X; 3VA0 A; 1MWM A; 3TI0 A; 4KTW A; 3KTQ A; 3H45 C; 4FM1 A; 4CJK A; 3VN5 A; 1VSJ A; 4FO0 A; 3WXL A; 4RW6 A; 2ZJR L; 4DQR A; 3LWL A; 3BF3 A; 4H5N A; 3E9O A; 5HOO A; 3ZT1 A; 1N8R O; 1GLE G; 3SCX A; 2D0A A; 4LSL A; 4EZ9 A; 1W97 L; 3U9D A; 3VEY A; 2CGK A; 4PKH A; 4JKA A; 4BDP A; 4FLV A; 1VSF A; 3CJB A; 1S5J A; 3TAN A; 2NRW A; 3LAN A; 3KK1 A; 2AA4 A; 2HBK A; 2WBN A; 1NJY A; 2NZT A; 2AJQ A; 1HNW K; 5J2Q A; 3KK7 A; 3A0I X; 2X78 A; 4JV5 K; 3OJU A; 1VQ6 N; 2E2O A; 2NNW A; 3MEE A; 3F5T A; 1S1X A; 1CZB A; 1SAZ A; 4M42 A; 3UKR B; 4DQI A; 3P31 A; 4E3S A; 3O9R A; 5HRS A; 4OLB A; 2RN2 A; 5CR4 A; 2HMI A; 3ZSR A; 4FLU A; 3T1A A; 4FWP A; 4A2A A; 3CCU N; 2O8D B; 4DSE A; 1JLF A; 1VRT A; 5GIP A; 4IFV A; 3CG7 A; 4A5A A; 3KLF A; 1HQE A; 1U49 A; 1F21 A; 4H5V A; 1KLN A; 1TK8 A; 2W6K A; 3NF8 A; 3QDK A; 4CFD A; 3ID8 A; 3MCA B; 4BVO A; 3VQD A; 2QXL A; 3C0B A; 3ZEU A; 3NH2 A; 3AVG A; 1X3N A; 1SL2 A; 3MN9 A; 3PSI A; 4FVU A; 1WAF A; 3L4I A; 1M90 O; 4H0Y B; 4E1J A; 1WSI A; 4CF2 A; 3LWM A; 3WNH A; 1BA0 A; 4M3W A; 3K9J A; 2Y1I A; 4FSV A; 2IC3 A; 4FOE A; 1G15 A; 4KHY A; 3AVB A; 1HKB A; 5M1O A; 3IKM A; 4CW7 B; 1SUQ A; 1RCH A; 3CM6 A; 2HOE A; 4F8R A; 4DTO A; 1CZA N; 4XH4 A; 4RCH A; 4X62 K; 2GWJ A; 4FW1 A; 2FLO A; 4CIG A; 4ID5 A; 3I8B A; 5SWM A; 5JVH L; 1MWK A; 3SQ2 A; 1RDD A; 1T6D A; 3EY1 A; 5I42 A; 1EWQ A; 4AF1 A; 3M8P A; 4A62 A; 1NK5 A; 3CHW A; 4BG9 A; 3TTD A; 1D5A A; 3CCE N; 1NGA A; 5JLH A; 4M3R A; 2IOC A; 2KW4 A; 2P9I A; 4DQP A; 1NK4 A; 3AA3 A; 4F3O A; 4FJ8 A; 1J53 A; 1DTT A; 3HO1 A; 3OJS A; 4ZHR A; 4F2R A; 1VQ8 N; 5E84 A; 5KQ8 A; 5C2D A; 3U8X A; 3DOK A; 1WBB A; 1Z26 A; 4FZY A; 2PYL A; 3KLH A; 4DSF A; 2E20 A; 3O9T A; 4I2Q A; 2UUC K; 4IO8 A; 4NCB A; 3QLH A; 1WUA A; 4I6M B; 3R9P A; 4HUF A; 2OPS A; 1JLE A; 1ZBF A; 2PYJ A; 1ASU A; 1IG9 A; 4W5T A; 2KQ2 A; 3GOI A; 4NYF A; 3D0P A; 4GV3 A; 3O8M A; 3LDQ A; 1QVG M; 3JXU A; 2FF6 A; 2UXB K; 4WF9 L; 1NK7 A; 2ASO A; 2F96 A; 2VYP A; 2E5L K; 4L3Q A; 3HXM A; 3VQ5 A; 2Y1J A; 1L3U A; 3TPQ A; 3EO3 A; 3WT0 A; 5KPZ A; 4GV6 A; 4CIE A; 2P1J A; 3SAH A; 3L2Q A; 5JS2 A; 3SNN A; 1HLU A; 4LH4 A; 3ULE A; 1A5W A; 2P5G A; 3QML A; 1VK0 A; 3TAE A; 2P9P B; 3QBX A; 3NFA A; 5JVG L; 3GE1 A; 5C12 A; 4BRI A; 3LP2 A; 3TAG A; 1Z25 A; 3VQ6 A; 1U4B A; 2HVI A; 4CD1 A; 3K0S A; 3CCR N; 1YIT N; 1DGK N; 1NM1 A; 2D0B A; 3CER A; 5AFU H; 3VGL A; 1OKJ A; 5AQP A; 2QK9 A; 3ATV A; 3AA4 A; 3GL1 A; 1LW2 A; 4JK9 A; 2E2Q A; 3DJC A; 3CJC A; 1XMO K; 1L3S A; 4Z4E A; 3OTO K; 3MK6 A; 5AQT A; 4GMJ B; 5AQM A; 4JRQ A; 1V4S A; 4QS8 A; 1ASV A; 2KZM A; 2B5J A; 1TVR A; 3K57 A; 1UWB A; 4G1Q A; 4DV0 K; 3CC7 N; 4YNQ A; 2P9N B; 4DKW A; 1BOT O; 3VEN A; 4ILJ A; 1QE1 A; 1SS6 A; 4Z4I A; 1QHA A; 4AM7 A; 1K73 O; 4BRP A; 4CJ4 A; 2O8B B; 2FSN A; 5DM7 L; 1T8E A; 3L3V A; 1WSJ A; 4BQZ A; 4NYN A; 4EAH D; 1NGE A; 3DLR A; 1NGB A; 3MN6 A; 5AQK A; 3Q7B A; 3QER A; 3PSF A; 4DTJ A; 1U6Z A; 3HT3 A; 4B9Q A; 3OA9 A; 2HNY A; 4OPJ A; 1RBU A; 3OYD A; 3LDS A; 4AHV A; 4BR9 A; 4FK2 A; 3WXK A; 2VG5 A; 1TUU A; 3D2E A; 4K43 A; 4KH6 A; 4FXD A; 4LSN A; 3CF5 L; 1ZYQ A; 1U2V A; 3PX0 A; 1RT6 A; 1XC3 A; 4L8R B; 4BRD A; 3MX5 A; 4FJL A; 4QS7 A; 1DT9 A; 2P9U B; 4C1N K; 4LF9 K; 4HUG A; 3TAM A; 1NU0 A; 1QSL A; 2LSN A; 1BQM A; 1VQ9 N; 3D2F A; 4GNI A; 3ZX3 A; 5JS1 A; 2ZF5 O; 4DU4 A; 1CXU A; 3P38 A; 4DSK A; 2E4L A; 5GAH P; 1WAJ A; 1UAX A; 5EX5 A; 5TKY A; 3JSM A; 1D8Y A; 4FWM A; 2PBD A; 3SUN A; 3PX6 A; 1IBK K; 3J8A A; 2QWR A; 5LMN K; 3OBY A; 1H1V A; 4O5F A; 3HI0 A; 4ILH A; 4FOI A; 4FPA A; 3CCL N; 4JK7 A; 4FM2 A; 2G8K A; 3B6P A; 1RTD A; 2G8F A; 3WNG A; 3O3H A; 3CD6 N; 3SAG A; 3ZSQ A; 2BGG A; 1BHL A; 4H03 B; 4CZJ A; 1J54 A; 4RW4 A; 1GLA G; 3T3F A; 1KFD A; 3KVG A; 4CFB A; 3C95 A; 2A41 A; 3SI6 A; 4CJ3 A; 2J4R A; 4CHP A; 4B3T K; 3QEP A; 3QET A; 1YXQ A; 1SZ2 A; 5IWA K; 1JLB A; 2YNI A; 1O13 A; 4BR0 A; 1ASW A; 3CJ1 A; 1TAU A; 3LDL A; 4EP4 A; 1HPZ A; 3TAP A; 2KHO A; 5D3G A; 3M8Q A; 3O9S A; 4CK2 A; 2QI2 A; 1VSI A; 1QQC A; 4UQG A; 3AO2 A; 2Q0U A; 3O1W A; 4M7Y A; 4CEF A; 2Q2R A; 3E9L A; 3NGI A; 3LM2 A; 4W5R A; 4YOT A; 2GEM A; 3BEX A; 4LFC K; 1JL1 A; 3I55 N; 3TTC A; 3TTF A; 4FJJ A; 5FPM A; 2F9W A; 4MDB A; 3Q7C A; 4DTX A; 3VQ8 A; 1WSH A; 3IG1 A; 3G25 A; 4HWI A; 4BRE A; 3IUC A; 3VQA A; 2YKM A; 3BP8 A; 1ESV A; 3AGR A; 4BR4 A; 4FW2 A; 3ULD A; 2HHU A; 2GTD A; 4CBW A; 1FKP A; 3I0S A; 4B08 A; 1Y97 A; 2OZS A; 2A1R A; 3HPO A; 5AQN A; 1FXX A; 1RT7 A; 3NVK A; 2ASP A; 3AV9 A; 2I7P A; 1L5U A; 2BTF A; 4AM6 A; 1EET A; 3J7Y P; 1ZBI A; 1REV A; 3IMX A; 5GAG P; 3SBT A; 4NB4 A; 1C6V A; 1HYZ A; 1C0G A; 2YNG A; 3AO5 A; 3KJV A; 1KTQ A; 4DLG A; 3CI5 A; 1NJW A; 1W0H A; 1KLM A; 1Q81 O; 2UXC K; 3P83 D; 1JLQ A; 2FXU A; 4CF1 A; 3C6T A; 4DLE A; 2NRV A; 3EE8 A; 2NRR A; 3T7Z A; 3SPZ A; 3WNE A; 4EHT A; 3NH0 A; 1RT1 A; 4KTQ A; 4BAC A; 4N76 A; 1U48 A; 3VPZ A; 2QWO A; 2DFE A; 1B9F A; 1ATN A; 1RFQ A; 3F2K A; 1QQN A; 3OVN A; 3VTH A; 2BDP A; 4JI4 K; 4YY3 K; 4J2E A; 1HNX K; 4RG8 A; 2YJF A; 4KKO A; 2ZM6 K; 2QTD A; 1KFS A; 3CYM A; 4PL8 A; 3L0Q A; 4J2A A; 5BRH A; 3O9U A; 3GG4 A; 5AR0 A; 2VQF K; 4NCA A; 2NLX A; 4A61 A; 1Z05 A; 4B9L A; 2Q31 A; 4E89 A; 2RKI A; 2KFN A; 4ID1 A; 5I3U A; 4OPA A; 1HYS A; 5LY3 A; 1C0F A; 3LDO A; 1NK0 A; 2F8S A; 1VSL A; 1SQK A; 4OO1 J; 2A3Z A; 3W0L A; 1KSP A; 4MDA A; 3CFP A; 1XUP O; 1YI2 N; 3DLG A; 3U6F A; 4PL7 A; 4E7J A; 1U2V B; 1QZ6 A; 4B1Z A; 4JI5 K; 4FK0 A; 3H1Q A; 4OKJ A; 5IT9 O; 5AQG A; 2O8C B; 4KBO A; 4BRK A; 2ZQB A; 3VER A; 1CLQ A; 4DMN A; 3LAM A; 3PIP L; 3M1F A; 4O0I A; 1NBW A; 4H8K A; 2FC0 A; 2HMP A; 2RE2 A; 2ZGZ A; 3FZH A; 2CGJ A; 2IVN A; 4N47 A; 2F7T A; 1NJZ A; 2DFH A; 3NHG A; 5KRT A; 3DOL A; 3J7A P; 3NAE A; 1BIU A; 4JLH A; 4B9M A; 4N5S A; 3SZ2 A; 3VQ7 A; 3QEI A; 4IO9 L; 4GW6 A; 2RPI A; 4FJ5 A; 1BL3 A; 4RTF D; 4I6M A; 3MX2 A; 2VWB A; 1QQO A; 2JGU A; 3LAK A; 4DF4 A; 3OYM A; 4O4G A; 5AJ3 K; 3VQQ A; 1JXB A; 2E8A A; 3HTV A; 2ZD1 A; 2Z1I A; 1BA1 A; 1S9E A; 4Y1C A; 2X6N A; 3ZX2 A; 1YHQ N; 3ZSO A; 3GBT A; 4WQ5 C; 2F4V K; 4PKG A; 1D9F A; 3QFU A; 4FLW A; 4CZM A; 3RMD A; 1GOB A; 1RDW X; 2GBZ A; 3E9P A; 1SKR A; 2HHH K; 5BR8 K; 4FWK A; 5AQV A; 5ELZ A; 3NDK A; 3LDP A; 4J8F A; 1WN7 A; 3G0Z A; 5F2R A; 3V1R A; 3DRR A; 3A5O C; 4BRA A; 4F3T A; 3NH1 A; 5JLF A; 2D0P A; 4M7X A; 4DF8 A; 4N41 A; 4ISG A; 2YJE A; 3M5R A; 4JI6 K; 1V4T A; 4UY8 O; 4O8K A; 3A5N C; 4W5O A; 3TAF A; 3BDP A; 4PQU A; 3OYL A; 1BIZ A; 4CZE A; 4FJK A; 1VQM N; 4HHT A; 1ZBS A; 3N4P A; 2ZJQ L; 2P9N A; 1RBV A; 3JYT A; 3AVN A; 3CCQ N; 4KH4 A; 1IV0 A; 4JHD B; 4Y1D A; 4CZL A; 5AZI B; 4BRC A; 2O8B A; 5AQU A; 3CC4 N; 2I5J A; 3WXM B; 2DFF A; 4EIA A; 1RT3 A; 3AAQ A; 4BR5 A; 4LF8 K; 4FJH A; 4FM0 A; 4HUE A; 1IH7 A; 3AY9 A; 3VF4 A; 4B9U A; 5AQZ A; 2HHS A; 2AP1 A; 3H3N O; 3VQB A; 3T19 A; 1A5V A; 4ZTJ A; 4CJ7 A; 2PFU A; 4NO7 A; 3AVC A; 2E1Z A; 2YNF A; 2XO7 A; 2G8U A; 2G8W A; 4YFU A; 3THX B; 2P9U A; 4B3O A; 4DV5 K; 3SJH A; 3NF7 A; 1QSS A; 3WQU A; 1XI1 A; 3AAR A; 3QFP A; 4M3Y A; 1C1A A; 1S72 N; 1BCO A; 1NGH A; 2D0O A; 4YDU C; 4FWR A; 4KH5 A; 1TKD A; 3FZL A; 4IZ9 A; 1RDA A; 4DU3 A; 2OPP A; 3OYC A; 4Q0B A; 4CGF A; 1LCU A; 3ZCM A; 4CEA A; 2F8T A; 1EP4 A; 4DR6 K; 4M63 C; 3V9S A; 1RGI A; 4F4K A; 4FZZ A; 3KHY A; 3OS0 A; 4JKF A; 3V9Z A; 3KLI A; 2Z1H A; 1I94 K; 4BC3 A; 3LPT A; 2PY5 A; 4DU1 A; 1OVY A; 5ADX A; 2W6L A; 3K5O A; 3SQ1 A; 3THW B; 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5CZ1 A; 5KGW A; 1VAZ A; 1JLC A; 3WXJ A; 1DLO A; 3IDH A; 4B1V A; 4WYB A; 3G10 A; 4MLH A; 1SL1 A; 1T6C A; 3G6E N; 4KV8 A; 1LAV A; 3OYI A; 2GV9 A; 3KIO A; 4JAX A; 3R8E A; 4DSL A; 4BE2 A; 3KLE A; 1BG3 A; 4BRM A; 1LOT B; 1RT4 A; 4IKF A; 3BY5 A; 3QIO A; 4X66 K; 1LWF A; 4I2P A; 5F1X A; 4B3R K; 4DR3 K; 3FFK B; 4J2B A; 4WE1 A; 3QEW A; 3DM2 A; 3ASM A; 5KGX A; 4KRF A; 1Y64 A; 1YTA A; 2P9S B; 5HRO A; 3HP9 A; 1NG9 A; 3HOT A; 2OZM A; 1WSG A; 3ZSV A; 5BRF A; 4DV4 K; 3OHR A; 4C8M A; 2CGL A; 5LMU K; 1I39 A; 5HBM A; 2BE2 A; 4CJT A; 4CEB A; 5KI6 A; 4Z4H A; 4J2D A; 5HRP A; 2O8C A; 5EY4 A; 3CCS N; 1HNZ K; 3ZT4 A; 1W2B M; 4BC5 A; 4DHY A; 3OYJ A; 4CGH A; 5FDL A; 4JNE A; 4CEO A; 1FKO A; 5BN9 A; 1LWC A; 3DXM B; 2Z1G A; 2HST A; 4A2B A; 4BDY A; 4H0V B; 4FZX C; 4FK4 A; 2QA4 N; 3THY A; 4ELT A; 1QVF M; 2DY4 A; 3D45 A; 4WFB L; 2IVO A; 4FPB A; 3SV3 A; 2HHW A; 5M1P A; 3L8B A; 2O8F A; 1TYQ B; 1CZ9 A; 4HTL A; 4CF0 A; 4YOX A; 4XIU A; 4ICL A; 3A5M C; 5ADX H; 3DYA A; 3LP0 A; 4E1M A; 1J5O A; 5DK5 A; 3HVR A; 1NK9 A; 2ZE2 A; 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