4WQ4A

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
MRVLGIETSCDATGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLAELPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 113
structure length 336
sequence length 336
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4A01
1DKGD 2PAVA 4JD2A 2Q97A 4HWIA 4CZFA 1RGIA 4WQ5C 3H3NO 4C23A 3VGKA 2ASOA 3CHWA 3U9DA 2E8AA 4GNIA 4IJAA 2ASPA 1MWMA 1TYQB 2QXLA 4BRLA 2A3ZA 4XH1A 1Q18A 3BF1A 5E84A 2EWSA 4F9OA 3WEEA 1RFQA 1ZBSA 4FOIA 2P9UA 1GLDG 4WQ4A 4A2BA 4BRHA 3CERA 4BRQA 3VESA 4XH5A 3BUZB 2AP1A 1BUPA 4FWLA 4FWSA 2E1ZA 4FWMA 1HPMA 1E4GT 4J8FA 3IUCA 5AZIB 3CJ7A 3HI0A 3DJCA 5I9EB 5AQKA 3ZX2A 3CJ9A 2P9LA 3A5OC 1IJJA 4MLEA 1RDWX 4BRNA 5BPNA 3SMSA 2FF3B 4K25A 4DHYA 2ZWHA 1ATRA 4I6MA 3L4IA 2CH6A 3VERA 3VEWA 2NLXA 3CJBA 1NGAA 4E1JA 3VGMA 3RSEB 5BN8A 4JAXA 3AY9A 1ZXOA 1XUPO 3WT0A 1T6DA 2GTDA 2D0OA 1QZ5A 1YUWA 4AM6A 4O5FA 4K42A 3WUHA 4YDUA 4EHTA 3ULEB 1LOTB 3ZX3A 4BR9A 3FLCO 3BF3A 2Q36A 3FZFA 3ENHA 2FSJA 1BOTO 1J6ZA 1S3XA 1U2VB 5CE3A 1H1VA 1G99A 5AQQA 5AQUA 1GLLO 2YHXA 4H03B 4BVOA 4CZEA 3ATUA 2QWOA 4H0TB 5AQGA 3U9ZA 3U8XA 5JMVA 1KAXA 1KXPA 2YI1A 4B1ZA 2GUPA 3VEYA 3D2EB 3CETA 2YHYA 5AFUA 1NLVA 2P9KB 3SMPA 4CD3A 3M6GA 2A40A 1TUYA 2YJFA 1ZC6A 3ZETB 4BGBA 3H1QA 2VCPA 2CGKA 2BUPA 5AQYA 2ITMA 3UKRA 3VENA 1BWFO 3IMXA 4BR2A 2YHWA 3M1FA 1NGHA 3WQUA 1NGDA 4B1XB 3EL2A 2Q1NA 1IG8A 5KQDA 1C0GA 4A62A 4RCHA 4CZLA 3CJCA 3ZEUA 4O8KA 3EO3A 3QBWA 1T44A 2NRHA 4IWVA 4JN4A 2I7PA 5LJWA 3P4IA 3MCPA 5AQOA 4H5WA 1SZ2A 1T6CA 1X9JA 3MN6A 3DAWA 3B8AX 3DWLA 3GE1A 3HTVA 2Q0RA 5BREA 3EKUA 3QB0A 3SLCA 3VGLA 1KAYA 4BC5A 1HKGA 2HF3A 3TPQA 3GDQA 3O8MA 4FO0A 1BO5O 1SQKA 4NB4A 2YCHA 3HM8A 3LM9A 2I7NA 4EHUA 2P9SB 1TYQA 4BR5A 1P8ZA 1LCUA 4FWOA 5AQPA 3D7EO 3WQTA 4CZHA 4BR0A 4BC4A 3A8YA 2ZGYA 5B8HA 1WOQA 3D2FB 3I8BA 4RWTA 1GLAG 5LY3A 2HMPA 4H0XB 2F9TA 4BG8A 2QW9A 2GELA 3FFKB 4FWPA 3H3OB 3AAPA 5ELZA 1SAZA 3MN5A 3WXKA 2IVOA 1NWKA 4BRFA 5AZIA 4CZJA 1NMDA 2IVPA 3JS6A 3OHRA 4CI6A 4FPBA 5FPEA 1D4XA 3QBXA 4BRIA 5BRDA 3BEXA 2QWMA 4ISGA 1NGCA 4WYBA 5KPTA 3FR0A 4H0YB 3CJ1A 2D4WA 4AM7A 1DGKN 4CZMA 4IZ9A 3FE1A 1E4FT 1GLBG 3GL1A 4QS7A 1WUAA 2J4RA 1Z05A 5AQRA 1OKJA 2GWKA 3HSCA 4DCHA 3RSEA 5AQTA 5JLFA 4M7YA 4IJNA 3SK3A 3C7NB 4M63C 4BC2A 2WUSA 3A5LC 3C7NA 4WQ4C 1JCGA 2HF4A 5ADXA 2GEMA 4B1UB 1K8KB 4PL8A 4K41A 3ULEA 3L6QA 1YAGA 4H5VA 3DXKB 4B9QA 2ZGZA 5BRFA 4FOEA 3DXKA 2P9NB 3FZKA 3VETA 2QWQA 3WXJA 3CI5A 5EVZA 1KAZA 3TU5A 4BRCA 5KPRA 4BRGA 2E1YA 1CZAN 1NGGA 1U2VA 4A61A 4CBWA 4XH4A 5FPNA 3O80A 5KQ8A 3BP8A 4H5TA 3D2EA 1MA9B 4JHDB 2FXUA 3JXUA 4BREA 4FSVA 2P9KA 4H0PA 3ZETA 5AQMA 5AQXA 4H5NA 5AQJA 3CJAA 5BPLA 4PKIA 2QWNA 1GLEG 1QQNA 2FSKA 4EIAA 4HTLA 2E2NA 4M7XA 4EAHD 4FWQA 4RTFD 5F2RA 1MWKA 5BRHA 2D1KA 4BQZA 3HBTA 1V4TA 4YDUC 4BQLA 2A6AA 4H5RA 2D0PA 3UKUB 2PBDA 4WQ5A 4BROA 5TKYA 3KVGA 5AQVA 4B1YB 2E88A 3R6MA 1HKCA 1GLCG 4EFHA 1HUXA 4BRAA 3EN9A 5AQZA 1YXQA 3VF6A 4QS9A 4Y0WA 4CD1A 1HJOA 4BRDA 1JCEA 3GOIA 3H46O 3DXMB 1QHAA 3A0IX 5FPDA 5LJVA 2V7ZA 2V52B 3ENOA 5AZJB 1HX1A 4PKGA 3CQXA 2E2OA 3J8AA 5JLHA 1TUUA 4QS8A 1BG3A 3LDQA 3QMLA 3VF4A 2P9SA 1NGIA 2V7YA 2NZTA 5E26A 5AR0A 3W3DA 3GG4A 4KBOA 5EOYA 4BC3A 4BR4A 2P9PB 3QICA 3W0LA 3AARA 1QZ6A 3CQYA 4CJ7A 4JD2B 4LC9B 2ZF5O 5BPMA 5EX5A 3D2FA 4PL7A 2QWRA 3L0QA 4L3QA 1ESVA 4FWRA 1S22A 2FF6A 4CBUA 4H0OA 4MO5A 1QQOA 3VEXA 2ASMA 2KHOA 2VWBA 3MN7A 3QDKA 3WEEB 3VEVA 1BDGA 1GLJO 4BRMA 2P9UB 3VEZA 3FGUA 3MMVA 4CZKA 3H6EA 4FL9A 1HLUA 3F9MA 3H1VX 4MO4A 5AQSA 3O1BA 3A5NC 2E20A 5AQNA 2BTFA 3KZBA 4ISEA 3ID8A 5EXWA 3IFRA 2W41A 4IO8A 1HKBA 2CGLA 4JNEA 2P9LB 3H45C 2Q0UA 3MDQA 1Z6RA 3O6WA 4Z94A 4BRKA 4ISFA 5BR9A 2YJEA 4B1VA 1ATSA 2P9IB 3VOVA 2P9IA 4I6MB 1K8KA 4PKHA 1C0FA 5ADXH 3O5BA 1Y64A 5KPZA 2P9NA 1R59O 3R9PA 2FLOA 2F9WA 3GBTA 3QFPA 4NO7A 1NGEA 2QWLA 3VEOA 4BGAA 2OANA 4BRPA 2HOEA 4CZIA 3IDHA 4XEIA 1DEJA 1JCFA 2QWPA 2IVNA 2V51B 3QFUA 4MLHA 5JICA 5FPMA 4BVPA 4BG9A 4FWNA 3C0BA 2IIRA 3UB5A 1XQSC 5AQLA 1X3NA 3EKSA 3MK6A 3LM2A 3SJHA 1YVNA 3G25A 3LDPA 3A5MC 4JHDA 4K43A 1QQMA 3O1WA 2A42A 1GLFO 3WXLA 2VYPA 1BA1A 2E2QA 3LDNA 2FSNA 1NBWA 5AQFA 5BN9A 3VPZA 5AFUH 2A41A 3FZHA 2Q31A 1EQYA 5AQWA 4A2AA 3UE5A 4H0VB 3S41A 2DPNA 2CGJA 5F0XA 3U4LA 3ZX0A 1NGFA 3O4WA 2UYTA 5F1XA 3O08A 3M3ZA 3UKUA 1NGBA 1BA0A 1MDUB 3WXIA 1ATNA 2CH5A 4IXCA 3LDLA 3UKRB 4DQ8A 2A5XA 3FZLA 3KHYA 3I33A 3LL3A 4B1WB 4GY2B 4BR7A 4CBXA 2H3GX 4FWKA 1NGJA 3DXMA 3FZMA 3ATVA 2W40A 3MN9A 3ZEUB 2GWJA 1U6ZA 2Q2RA 5AQIA 2E2PA 5AZJA 1NM1A 2QM1A 3LDOA 4FPAA 5AQHA 3VF2A 2AA4A 4CZGA 1BU6O 1XC3A 3AAQA 4DB3A 2P9PA 3CIPA 5EY4A 3R8EA 1X3MA 1V4SA 3EZWA 3HZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JD2A 3LWLA 4ID1A 5AJ3K 3H3NO 2A1SA 3E66A 2ASOA 4GVMA 1ZBIA 4IJAA 1TYQB 2KZZA 4XH1A 4F9OA 4YOTA 3WEEA 2DY4A 2UUBK 1ZBSA 2Z1HA 3L4QA 4KKOA 1Z26A 5FROA 4BRHA 4DQQA 2D0CA 4KB0A 3VESA 3VQ8A 2AP1A 2E1ZA 1E4GT 1J5EK 2DTUA 1U45A 3U3YA 4J8FA 3IUCA 5AZIB 3CJ7A 4OGCA 2BGGA 1X9SA 5I9EB 2ZJPL 4CGJA 4CJ3A 1C1CA 2P9LA 3WNHA 3PX6A 1HNZK 4CFBA 1ZBUA 4CJQA 4K25A 4ID5A 4DHYA 3NFAA 3HP9A 4CF9A 4KO0A 1TGOA 4LD0A 3CJBA 4LF5K 1NGAA 4M3TA 3PY8A 1U49A 3BZCA 3RSEB 4JAXA 4B9UA 3NH1A 3WT0A 4MFBA 1RTIA 4DV0K 5J2NA 1T6DA 4A5AA 3NBPA 1ZYQA 1RDAA 3LPUA 3WUHA 1TK8A 4DU1A 4DTMA 3ULEB 1W0HA 3ALYA 1N6QA 1VQLN 4BR9A 4CEZA 1JKHA 2FSJA 4ILJA 5AQQA 3I55N 2UUCK 3DI6A 2BDPA 3L2QA 4CZEA 3V6DA 3U8XA 2E4LA 1KXPA 1LW0A 3SBGA 3CETA 4O0IA 3KLHA 5KGXA 2YHYA 2P9KB 2A40A 2YJFA 2PFUA 4CF0A 1TKDA 2VCPA 3QEPA 3SUOA 3SI6A 4I2PA 3AV9A 4IG0A 4DSKA 4JV5K 3WQUA 5LMUK 2F8SA 2HBLA 1NOYA 2ITGA 1C0GA 5KQDA 3C6TA 4X64K 3L3UA 4A62A 5HLFA 2YKNA 4B9VA 1T44A 2NRHA 4LF4K 3P4IA 1YTAA 1KQSM 1UA1A 1DLOA 3DAWA 3HTVA 3GE1A 4IBNA 4Q0BA 5BREA 3EKUA 4CIEA 3OYLA 3VGLA 4CJUA 1OH7A 3KD1E 1LWCA 1S1XA 1RDBA 1YF5L 3AVIA 4BC5A 4KH4A 4W5RA 3O8MA 2QI2A 3C94A 1VSHA 1NK7A 3HM8A 3LM9A 2KFZA 3V9WA 1P8ZA 1LCUA 1A5VA 4JKEA 3DRSA 3SAGA 4BR0A 3AVBA 4HUFA 1W9HA 4FJNA 1JJ2M 1Q8IA 1BIUA 3M8QA 4RWTA 4DFPA 4CK3A 3M5RA 4H0XB 1Q82O 2XY6A 1X1PA 2QW9A 3SZ2A 1FXXA 3H3OB 4OPAA 3MX5A 4BRFA 1NMDA 3CCQN 1BCOA 5BRDA 2XO7A 3BEXA 2QWMA 4YOWA 4DSEA 1NGCA 4F4KA 4WYBA 2ZJRL 4CEDA 4HVJA 4CF8A 5C2DA 2D4WA 4CGFA 1WB9A 4DFKA 1M90O 5KTQA 3GL1A 4Z4CA 4OLBA 1WUAA 4E0DA 1VQ6N 4AILC 3ZSXA 4O8UA 3ZSRA 3HSCA 3NGYA 4CHNA 2YHAA 1KFDA 5JLFA 4IJNA 3SK3A 1D8YA 3VQ7A 4JKFA 4JK9A 2HF4A 5ADXA 3AVMA 4ZHRA 3LP1A 4RW9A 2BE2A 4PL8A 4B9QA 3TANA 4NXMK 2ZGZA 1TK0A 4FOEA 4HHTA 3VETA 2DFFA 4NCAA 4U7BA 5EVZA 3SBTA 4M45A 3SQ2A 1ASVA 3BDPA 3RMCA 3EZ5A 1NGGA 1U2VA 4CEAA 1J9AA 2HHSA 3THYA 5GADP 3K5OA 1HQEA 3QETA 3F2KA 4L8RB 4DG1A 4DV3K 4FJXA 1QSSA 4PKIA 4DV2K 1GLEG 1QQNA 2FSKA 2E2NA 2YNFA 1MWKA 5BRHA 4BQZA 1V4TA 1G15A 2ETJA 3THWB 1HR0K 4H5RA 3S9HA 5TKYA 4DQRA 5AQVA 1N5YA 2E88A 2XHBA 2YNHA 4CHQA 1RTHA 2RPIA 2ZD1A 2VG5A 3O9RA 1VQ7N 2WFBA 3DLGA 4NLCA 3KLEA 4ZTJA 2KFNA 1L3TA 4Z0UA 3H46O 1QHAA 4H4MA 3DLBA 3VTIA 1RTJA 1QS4A 5JLHA 3K57A 2P9SA 2O8BA 4CJPA 5E26A 4O0JA 1UA0A 1JLAA 3NVMA 4CF1A 4BR4A 3AARA 2HHQA 2B5JA 3K59A 2KTQA 4B8AB 4LC9B 5IWAK 1RT7A 5BPMA 3OYFA 3SQ1A 1TK5A 5FLXO 1S1UA 4Y1CA 1NU0A 4FVUA 4DR1K 3TAPA 2UXBK 2HBMA 5J2PA 4H0OA 3UIQA 4HTUA 1VQ8N 3WNEA 2UU9K 1BDGA 3VEZA 2JLEA 3FGUA 3VQ4A 1XMOK 4CEQA 4E7JA 3H6EA 3TWHA 4DTNA 4FJ7A 4IEEA 3P39A 1ZBHA 3DRPA 3O1BA 3ZT4A 3A5NC 4KPYA 1HNWK 3MCAB 1DT9A 1KC8O 5D3GA 3NE6A 1VAZA 3AVGA 3IFRA 4OX9K 2W41A 1HKBA 3AA4A 2O8EB 2O8EA 3MDQA 3V4IA 2VWJA 2HNDA 1BQMA 3ZYYX 1NJWA 3VOVA 4NCGA 4B9MA 1K8KA 3VQPA 2NNWA 5KPZA 5LL6Z 1RBUA 3R9PA 3QFPA 3GBTA 3V1QA 4NO7A 5KRSA 1GOAA 4FLWA 4BGAA 1NJYA 3MEGA 4CZIA 3L2VA 3EY1A 1XNRK 2V51B 2QKBA 4BVPA 1NK5A 4BG9A 1BGXT 1I3AA 1EO1A 2Q3SA 3HYFA 4CEEA 3SCXA 3LP3A 3DLHA 4FJHA 1XQSC 3AO2A 1X3NA 3EKSA 3O4NA 2B4JA 3G25A 4K43A 4XIUA 1QQMA 3O1WA 2A42A 3WXLA 4OPHA 2E2QA 5AQFA 3FZHA 1U48A 2NRZA 4DLEA 3OVNA 4H0VB 3L8BA 1NJZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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