3ZT1A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt1A00
3MEGA 3LALA 1YT3A 3RTVA 1CZBA 4DSIA 4DSKA 4KHSA 4HUEA 1G15A 3ALYA 3V9ZA 1X9SA 1LWEA 4FZYA 4M3ZA 3SUPA 4DU4A 1SKWA 5C42A 3MAQA 5DK5A 2IOCA 4KKOA 4FLXA 1C0TA 3RRGA 2HHUA 4DQPA 2Y1IA 4FJ5A 2Z1GA 3QLHA 1GOAA 4MQ3A 4EP4A 4K8ZA 4KI4A 1TL1A 4LSNA 4E3SA 2OPQA 4B9LA 4KREA 1HMVA 3NGZA 1BCMA 4DLEA 2PY5A 2OYQA 3M8RA 2KFZA 1S1XA 4W5NA 3OYHA 3AVGA 1SL0A 1NK6A 4IFVA 3TAEA 3DRSA 4OGEA 2OPSA 4FJ8A 2PYJA 2P1JA 1XHZA 5EU7A 1ZBFA 4FLYA 4FJ9A 1LW0A 1S1VA 3DMJA 4O55A 3TAGA 4FJGA 1IG9A 1EXQA 3KKSA 3OYFA 2B4JA 2X6SA 2YKNA 3L3UA 4CJLA 1U47A 4HCBA 1HYZA 4LH5A 3OJUA 1J54A 4BDYA 1NJWA 4O44A 4KRFA 3NE6A 3LP3A 4GMJB 4YFUA 1EKEA 1CLQA 2I5JA 4FM0A 2HHVA 4CF1A 4W5TA 4KHUA 3WNEA 4HUGA 2WONA 1VSMA 3U6FA 1KLMA 4CEDA 1KTQA 1NK9A 1ASWA 3IAYA 4DS5A 1W9HA 4DTNA 4FXDA 3KLFA 1CXQA 4JLHA 4RW4A 4DTUA 3O3GA 4N76A 1BIZA 2F96A 4ELVA 3LP1A 3L2UA 3V9SA 4N41A 2F8TA 4GVMA 3SNNA 3OYLA 4FK4A 4DTXA 3AVJA 4M41A 5KRTA 1FK9A 3ZSZA 3NGIA 4BACA 3OYKA 3HXMA 4CJVA 4C8OA 1LAWA 3V9UA 1Q8IA 4DG1A 1ZBUA 3KTQA 4KTWA 1SUQA 3HPGA 5E41A 2VWJA 4ZTJA 4KI6A 3RMBA 1IH7A 2HB5A 3O4QA 3SUOA 3LPUA 3M8QA 4DWIA 4L8RB 1S6PA 2RKIA 4CEBA 2OA8A 3VQ7A 2YNIA 2Z1IA 3DLBA 2Z1JA 3OS1A 3OYIA 4DF8A 1U4BA 1RTJA 1Y97A 1BISA 2D0BA 4M3YA 4JRQA 1ZBIA 2AJQA 2GUIA 4WE1A 4EZ9A 4QCLA 4DMNA 5FROA 2LSNA 4CJWA 1K6YA 4NYFA 1NK0A 4DTMA 4CJUA 1S1TA 4O0JA 1ASUA 1HYVA 3VQCA 1JLQA 4LD0A 1WNSA 3KJVA 4ICLA 1ASVA 4CJQA 4OJRA 3FFIA 3ZT3A 3RRHA 3C6UA 3JYTA 4PUOA 3VA3A 4J2EA 2EX3A 4KV8A 4HHTA 4CHOA 5KTQA 3KLIA 3PUFA 1RTDA 4F8RA 4CEOA 2JLEA 2E6LA 3VQBA 3L8BA 1VRUA 3UIQA 2XRIA 4O0IA 4HUFA 2IC3A 1RBUA 1VSJA 1S6QA 3K58A 4DTSA 3SQ0A 1UA1A 4FJMA 4FK2A 3HT3A 3NGYA 1QHTA 3LAMA 1UAXA 3AVAA 4FM2A 4CCHA 1RILA 3EY1A 1C1AA 1JXBA 1WLJA 3RR8A 4DF4A 4Z4IA 1X9MA 4CHPA 3L2QA 3P83D 1JXEA 3SPYA 4DTOA 3TI0A 2HVHA 3QNNA 4IG3A 4HVJA 3CM5A 1KFSA 1WSFA 5KRSA 1B9FA 4HTUA 1A5VA 4OKEA 4M3RA 3VQ8A 4CJEA 4DSEA 3SQ4A 1TKTA 3NH0A 2VG5A 1A5WA 1VRTA 4B9TA 4FJNA 1VSIA 3TANA 3QINA 3QO9A 2Z1HA 3CG7A 3V1OA 3K5MA 4Z0UA 2BGGA 3LWMA 3NH2A 1HYSA 1NK4A 1L3TA 1L5UA 1N6QA 3THVA 5HBMA 4CJ4A 3DLKA 3K5LA 4LSLA 4B8CA 3AA3A 1LW2A 4E7KA 4DQQA 4E0DA 1N5YA 1LWCA 2HW3A 1T03A 3OYBA 3TAQA 3AVIA 4DQIA 4KPYA 4TSXA 1ZBLA 3LP2A 4M3UA 1KLNA 1O1WA 4FLUA 3NAEA 3CYMA 3LDSA 1SL2A 1XC9A 1L3VA 3LWLA 3KLHA 3ZCMA 4FZXC 3AO2A 3PY8A 4XIUA 1SKRA 4BE1A 1RDDA 3HP6A 1B9DA 4RW9A 1HPZA 1RT2A 2YNFA 3V1RA 1TK5A 3QIPA 2WOMA 3MXMA 3O3FA 4FYDA 1FKPA 3O3HA 1SV5A 3LZJA 3HYFA 4OGCA 4FVMA 2X74A 3AVCA 4KHWA 2X78A 4N47A 2HHWA 1GOBA 1WSHA 3PX0A 4CFCA 4KHNA 4Z4GA 4M45A 4FJLA 4OPJA 4E19A 4FLTA 1JLCA 5FRNA 1X9WA 3MXJA 3VA0A 4CHQA 3DLEA 5HRSA 4BE2A 3SV4A 2G8FA 4F2SA 4I9QA 3VQ5A 3NF8A 4CJ3A 1TKDA 3OY9A 2QK9A 4NCAA 3OS0A 2XY6A 4H4OA 1S1WA 3SYZA 3KK1A 3LP0A 3AO1A 4Z4CA 3KKRA 4K8XA 5JS1A 1TGOA 3JSMA 2E6MA 1IKXA 5KGWA 4BWJA 4CJTA 3ZSOA 3ZSRA 1KVBA 4AHSA 3TAPA 1I3AA 5J2NA 1BQNA 2KW4A 3HVTA 4FLZA 4G1QA 3OYMA 3AVKA 3HK2A 3SI6A 3VQPA 3V6DA 3QNOA 2BE2A 3QEPA 5K14A 1IKVA 2XY8A 1KVAA 1QE1A 1BI4A 1TAQA 2ZQBA 1VSHA 2FBYA 1EP4A 4DTPA 3WNFA 3VQDA 4C8MA 2GBZA 1L3SA 2IAJA 4KO0A 4B9VA 2G8IA 4CERA 1LWFA 4CE9A 4CJ5A 4B08A 4F3OA 4J2BA 4PY5A 4CEEA 3SZ2A 1BQMA 4I7FA 3PO5A 1NKEA 3MEDA 3QERA 2G8KA 3AVBA 2W42A 2QKBA 1KFDA 3B6PA 1JL1A 3DYAA 3SJJA 1RBVA 4C8NA 5KI6A 3ISNC 4W5OA 3NF7A 3QESA 1NKBA 1NKCA 1QS4A 3SUQA 1KRPA 3EZ5A 1JLGA 4UQGA 1T8EA 4ID5A 4ID1A 3U3GA 3L2VA 4NCGA 1QSLA 2HHQA 1T05A 1VSFA 1BCOA 2ATQA 4FLVA 4C8LA 4IDKA 5DMRA 5HRNA 1WSIA 4B9SA 1BIUA 4DFMA 3CFPA 1QQCA 4JRPA 3S3OA 4B3OA 1NK7A 3KK2A 3T3FA 4YNQA 4QOZB 2DFEA 3ZSQA 3QEWA 4FCYA 4C8KA 1XHXA 1VSDA 2B6AA 5CYQA 3HO1A 3NFAA 3OYEA 4DFKA 1CXUA 3M8PA 1YTUA 3HL8A 3HJFA 4M3TA 1REVA 3VQEA 2BANA 3HM9A 2P51A 1FXXA 1LAVA 3IS9A 3VQ9A 4Q5VA 2OZSA 4GW6A 1RBSA 3VQQA 2D5RA 3RMDA 3VQAA 3AO5A 1RT7A 4AHTA 2FBVA 3EYZA 4DLGA 3SPZA 2PZSA 3QEVA 1QSSA 1RTHA 2DFHA 5CZ1A 3ZSWA 4OKKA 3SV3A 3AVHA 5HLFA 1D5AA 4BE0A 3AVNA 2ETJA 1I39A 4AHRA 1RTIA 2EHGA 2KQ2A 4CGJA 2IS3A 3C95A 5SWMA 4E7HA 1SL1A 4I9LA 4DQSA 3TARA 3KD1E 1EX4A 3I0RA 3I0SA 1WSEA 4N5SA 3SQ1A 3IRXA 1JKHA 1NK5A 2P5GA 4FJKA 4Y1CA 4DU1A 4AHCA 3H08A 4CK3A 4DFJA 3ZT1A 2Y1JA 1QSYA 1ZBHA 1WSGA 4CGIA 4DFPA 4CESA 3U3YA 1U48A 4F2RA 4OLBA 4AHVA 4E1NA 3ZT0A 1UWBA 4RW7A 1UA0A 4KFBA 1RT3A 4M3XA 1F21A 3RWUA 3KLGA 4M42A 1JLBA 3LPTA 4DSJA 2G8HA 1JLAA 1A5XA 3O4NA 3P1GA 2YNHA 1T7PA 4DSLA 3S3NA 4R5PA 2P5OA 2HNZA 4CGGA 5HRRA 4H8KA 3AV9A 3M8SA 4B8AB 3OYAA 1BL3A 4BDPA 1S5JA 3RR7A 2KZZA 4CIFA 2OZMA 1ITGA 3PX4A 1RNHA 3C94A 4JS5A 3S3MA 4FK0A 1TV6A 3T1AA 4FJXA 1EETA 1J53A 3D45A 3NBPA 3TWHA 4OKJA 3K5OA 3ZT4A 3V81A 4NCBA 1IKYA 1RBTA 5CYMA 4CECA 5SZTA 1Z26A 1C6VA 1JLFA 2OPPA 5HRPA 1XI1A 4Z4EA 3DLRA 1U04A 2YHBA 3WNHA 1HQEA 2GV9A 4NYNA 4Q0BA 2YHAA 2QKKA 4Z4HA 1HRHA 3L3VA 3B6OA 5JS2A 4E1MA 3DI6A 1D8YA 1W0HA 2ZD1A 4JS4A 2VG6A 2RF2A 1RBRA 2VG7A 3OYCA 1RCHA 2A1SA 3AVMA 2ITGA 4CGHA 3OYNA 2PYLA 4FJ7A 4PQUA 3C6TA 3QIOA 4CFDA 3IG1A 2NUBA 4DQRA 1VSLA 2E4LA 1NOYA 1TVRA 1KCFA 4CHYA 2DFFA 1B92A 3HPHA 2FBXA 2XO7A 1J5OA 1KSPA 4KAZA 3HSTB 4IKFA 3NH1A 1HJRA 3K57A 5J2QA 4FJIA 2O4GA 4IG0A 4E7IA 4F4KA 2KZMA 5C24A 4CF8A 1IKWA 4OPKA 3DOKA 1NJYA 2R7YA 4CJKA 1S9EA 1VSEA 3P5JA 3TAFA 5KGXA 1HNVA 1BHLA 4MFBA 1X1PA 3SQ2A 3ASMA 4I2QA 3KD5E 4CK2A 3OJSA 5I42A 2JGUA 2F8SA 2XY5A 1WN7A 4DSFA 4O4GA 3S9HA 1RT4A 5CZ2A 1VSKA 3T19A 2RN2A 1UOCA 4AH9A 4CIEA 1TAUA 3MXIA 1YTAA 2IGIA 4CGDA 2KFNA 4BDZA 3DRPA 4FJHA 3PV8A 1IO2A 4LH4A 4LY7A 3TR8A 2HHSA 3OYDA 3NCIA 4CFAA 1SKSA 1TKZA 1L3UA 2HNYA 4EZ6A 1KVCA 2IDOA 4CGFA 1NJZA 1C0MA 1FKOA 3DM2A 3AVFA 4CFBA 1WAJA 3NHGA 2Q3SA 5T7BA 3DLHA 5J2MA 3ULDA 5I3UA 4CHNA 4PA1A 3TAMA 3ZT2A 4CEZA 1RDBA 3MEEA 1TKXA 2HMIA 3QEXA 4RG8A 1BGXT 4AHUA 3I8DA 1RDCA 2G8WA 1DTTA 2YV0X 1XWLA 3SCXA 2HHXA 5FDLA 3ITHA 3CM6A 1DTQA 4O5BA 4QAGA 4FLWA 2D0CA 5C25A 1HQUA 4CJSA 1YVUA 3NF6A 4N56A 4ELUA 5CY4A 5FRMA 3AVLA 4E89A 3DLGA 3RMAA 3PX6A 1RDAA 4KB0A 4EP5A 4CJRA 4FJJA 3D0PA 4E7JA 4DTRA 2HNDA 1Q9YA 3LAKA 4KTQA 3BDPA 4ELTA 1RT5A 4W5RA 1S9GA 1C1BA 1ZYQA 4B9UA 3DRRA 1NJXA 3F9KA 3NDKA 5HP1A 4KTZA 4Y1DA 4CF2A 3OS2A 3MECA 1C0UA 4HCCA 3SUNA 3AA5X 4FW2A 2X6NA 2YKMA 3KK3A 3F73A 2G8UA 4CF9A 4Z4FA 2KTQA 1CZ9A 4B9NA 2G8VA 4B9MA 1NOZA 3NF9A 1MU2A 3ZSYA 1J9AA 2RPIA 3CQ8A 4DS4A 1Z25A 1D9FA 4CEFA 4W5QA 1DLOA 3L2WA 1VK0A 1RT6A 5J2PA 2DTUA 1U45A 4F3TA 2O4IA 2OPRA 4FW1A 3L2RA 1U49A 1C1CA 4DTJA 1JLEA 2XHBA 3AA4A 3KLEA 1WSJA 4CEQA 1RT1A 3G10A 4KHQA 3DOLA 3BGRA 4IFYA 3K59A 3VQ4A 4CK1A 1D9DA 3E01A 3AO4A 3K5NA 3V9WA 4AILC 2XY7A 2BDPA 2HVIA 3TABA 4OVLA 3HVRA 3VN5A 3LANA 3V9XA 4RW8A 4E7LA 3KIOA 1NK8A 5HROA 2YNGA 2FBTA 2ZE2A 3QETA 4FM1A 3VQ6A 4KHYA 3RMCA 1R0AA 4RW6A 3LZIA 1S1UA 4OLAA 3HPOA 4J2AA 4CF0A 4CIGA 4CJFA 2FC0A 3A2FA 4ZTFA 1Q9XA 3OVNA 3OYJA 2QXFA 1QTMA 3CFOA 4PWDA 3HP9A 3QEIA 3AO3A 1TL3A 2A1RA 4M3WA 4H4MA 5J1EA 2DY4A 2D0AA 3ZSVA 3V1QA 1JL2A 2HHTA 3G0ZA 1HNIA 4CEAA 1GOCA 4BWMA 3AA2A 4IBNA 4DU3A 4ZHRA 3WNGA 1TK0A 2B5JA 4J2DA 4CJPA 3V4IA 5D3GA 3PO4A 2VWKA 3OYGA 4FZZA 1WAFA 4CHZA 4KB1A 1TK8A 1LV5A 4I2PA 1BI4B 3K2PA 3CFRA 3ZSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EVZA 1YXQA 3LALA 3RTVA 3O9TA 4IEEA 4HUEA 2P9UB 4JNEA 3M5RA 1DEJA 4M3ZA 1SKWA 4JK7A 2IOCA 4KKOA 1GLJO 4C1NI 4FJ5A 3PSIA 1TL1A 3DXMA 4KBOA 4B9LA 3NGZA 1BCMA 2OYQA 2KFZA 2ZJRL 2OANA 3OW2M 1U2VB 4FL9A 4IFVA 3A0IX 4DUZK 3DRSA 1Q82O 1EO1A 1XHZA 4OO1J 4FJ9A 4O55A 4FOEA 2QWMA 1IG9A 2YJEA 2X6SA 1U47A 1M90O 4BDYA 4LH5A 3OJUA 1NJWA 4JHDA 4GVEA 2QWQA 3CCMN 1CLQA 4FM0A 2VGMA 4W5TA 1KTQA 1NGIA 1ASWA 3MN5A 4FXDA 1CXQA 3O3GA 4N41A 5CHIA 3VEYA 3SNNA 1KXPA 3SJHA 3ZSZA 3NGIA 4LF9K 3HXMA 4CD1A 2A41A 1BG3A 4CW7B 5HL7L 1IH7A 2ZM6K 2YNIA 3OS1A 1RTJA 4RWTA 4IFEA 1K6YA 1NK0A 2O8EB 3VQCA 1TUYA 3CCJN 4OJRA 3FFIA 4DR1K 4B3SK 4PUOA 4NLBA 4J2EA 3KLIA 3HOTA 1RTDA 3N4QA 2ITMA 3CC2N 1RBUA 1UA1A 1S6QA 3K58A 1VQON 4FK2A 3NGYA 1T3VA 5CR4A 1C0GA 3AGRA 3EY1A 1WLJA 1Q18A 4LF4K 4Z4IA 1X9MA 2A6AA 3E1YA 3P83D 1JXEA 1WSFA 2GUPA 1B9FA 4HTUA 4CJEA 4OKEA 4M3RA 3WEEB 4DSEA 3SQ4A 5C0YA 2VG5A 1A5WA 1ESVA 3TANA 2Z1HA 3VEOA 3AGKA 1L5UA 1VQ4N 3CMAN 5HBMA 4LF8K 5BR9A 1SZ2A 2PFUA 4JKHA 2VGNA 3TU5A 1LWCA 1EWQA 4DQIA 1KLNA 1O1WA 3CYMA 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 4BRL A;  3RMA A;  2ASO A;  4Y0W A;  4A61 A;  3JS6 A;  4CJR A;  1HPM A;  1K9M O;  4FJJ A;  4B1Y B;  4BRA A;  4E7J A;  2WUS A;  3LM2 A;  2ZJQ L;  1GLA G;  4EIA A;  5FPM A;  2QWL A;  1RT5 A;  4GNI A;  1S9G A;  1ZYQ A;  3F9K A;  3MEC A;  3FR0 A;  2YKM A;  3F73 A;  2G8U A;  4CF9 A;  2KTQ A;  2G8V A;  4DR4 K;  1MU2 A;  4DS4 A;  3TSP A;  1Z05 A;  1Z25 A;  4CEF A;  1YIT N;  4W5Q A;  3L2W A;  4ILG B;  3ZEU B;  4LFC K;  3KWI A;  1C1C A;  2NRT A;  3ZLJ A;  3CCQ N;  2CGL A;  3DOL A;  3K59 A;  2I7P A;  3K5N A;  4AIL C;  2UYT A;  4X62 K;  2HVI A;  1XNR K;  3D6R A;  3QET A;  2HHH K;  4KHY A;  5B8H A;  1NGB A;  5EX5 A;  3FE1 A;  1Q9X A;  4BRI A;  3OVN A;  3OYJ A;  3CER A;  1QTM A;  3HP9 A;  3E9L A;  4B1Z A;  4H0O A;  2UUA K;  3ZSV A;  4YHH K;  2HHT A;  4CEA A;  4BWM A;  5JMV A;  2PAV A;  2OTJ N;  2B5J A;  3V4I A;  3PO4 A;  4K42 A;  4FZZ A;  1WAF A;  3UKU A;  3S9H A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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