The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
30
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IWA K; 4DR5 K; 4LFB K; 4X65 K; 2F4V K; 4GKJ K; 4JV5 K; 3J80 O; 1N36 K; 3J7Y P; 2UUB K; 1XMQ K; 1IBK K; 4DV4 K; 2UXD K; 3JAM O; 4B3R K; 4DV0 K; 4NXM K; 4DV5 K; 1IBM K; 1FJG K; 4JI1 K; 1N34 K; 4DR6 K; 4DR1 K; 3T1Y K; 2UU9 K; 4X62 K; 4CW7 B; 4JI2 K; 4JI3 K; 2VQE K; 2UUA K; 4LF7 K; 4B3M K; 4LFC K; 4LF6 K; 3J7A P; 1XMO K; 4LF4 K; 2UXC K; 1HNX K; 4OX9 K; 4DV7 K; 2UUC K; 4DR4 K; 4YHH K; 5LMU K; 5AJ3 K; 5BR8 K; 3OTO K; 4DV1 K; 4YY3 K; 4LFA K; 1HNW K; 4DUY K; 4JI6 K; 1N33 K; 4DR7 K; 4LF9 K; 4DR3 K; 4DR2 K; 1XNQ K; 4JI8 K; 4JYA K; 1HR0 K; 4DUZ K; 4JI5 K; 4GKK K; 3J81 O; 2HHH K; 4LF5 K; 4B3T K; 4V19 S; 5FLX O; 2VQF K; 5LL6 Z; 1IBL K; 4K0K K; 4JI0 K; 5LMN K; 1HNZ K; 4X66 K; 1J5E K; 2ZM6 K; 4X64 K; 4DV6 K; 4DV3 K; 4LF8 K; 4NXN K; 4KHP K; 2UXB K; 2E5L K; 4JI7 K; 1XNR K; 5IT9 O; 1N32 K; 3T1H K; 5A2Q O; 4AQY K; 4DV2 K; 4JI4 K; 1I94 K; 4B3S K; 4CVN E; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZSR A; 1D9D A; 2E2N A; 2IDO A; 4CJF A; 4ELT A; 4HVJ A; 3LWM A; 2LSN A; 1HUX A; 3RRG A; 4DFJ A; 3V9S A; 1JJ2 M; 3VEX A; 3BDP A; 1P8Z A; 3I8B A; 3RWU A; 1VHX A; 3ZT4 A; 1EO1 A; 1LCU A; 4IFV A; 4XH1 A; 2HBL A; 1C0F A; 2ZQB A; 3K5O A; 3MXJ A; 1J54 A; 4CK2 A; 2WFB A; 2NRV A; 4EP4 A; 4FJJ A; 4X62 K; 4JHD B; 3I8D A; 4ID1 A; 3ULE A; 2VQE K; 2UUA K; 3SI6 A; 2ETJ A; 3THY B; 4KB1 A; 3E01 A; 5AQZ A; 1QQC A; 1GLC G; 1YT3 A; 5C2D A; 1L5U A; 1VRT A; 3V1Q A; 2QXL A; 2P1J A; 3CJB A; 3P31 A; 3OS2 A; 5C15 A; 1ZYQ A; 1NGF A; 4HTU A; 3N4Q A; 3WQU A; 4MO4 A; 4OO1 J; 1U4B A; 1IKW A; 5AJ3 K; 5M1N A; 4RWT A; 3NF8 A; 4DFM A; 2WBN A; 2RHK A; 1WSH A; 1JLF A; 4FWN A; 4YOY A; 3EZ5 A; 1QVF M; 5FRM A; 1HR0 K; 4BG9 A; 1BIU A; 4GKK K; 4DS5 A; 1NNE A; 1VQ9 N; 1DGK N; 2X6S A; 4J2B A; 1QHT A; 4J2D A; 3G4S N; 1ATR A; 4CHZ A; 3KZB A; 1VSD A; 3O4W A; 2FBT A; 3CM5 A; 4DTM A; 1HNV A; 2DFH A; 2J4R A; 3H46 O; 4PY5 A; 3L2Q A; 3PSI A; 2HST A; 1KVA A; 2RE2 A; 5DMR A; 5HLF A; 4CD1 A; 2E5L K; 3O6W A; 3ZSZ A; 5M1Q A; 5M1O A; 1KAZ A; 4ELV A; 3RMA A; 5FPM A; 5AQO A; 1XC9 A; 4PKI A; 3C95 A; 3TAG A; 3HOT A; 1CXQ A; 3PIO L; 3MWP A; 1VQN N; 2O8B A; 3PX6 A; 3EEQ A; 4RW8 A; 3THW B; 1IKX A; 3S3M A; 2HHS A; 4Z0U A; 3EL2 A; 4DU4 A; 2YKN A; 1CZB A; 3UKU B; 1DTQ A; 3VA3 A; 3AVN A; 4M3W A; 3ENO A; 1NM1 A; 3KK7 A; 1BU6 O; 1FXX A; 1DLO A; 5JIC A; 4BRI A; 3QEW A; 1RTJ A; 5J2P A; 3VPZ A; 2QWN A; 1S22 A; 3V81 A; 3DRP A; 3QBX A; 1MA9 B; 2HMI A; 3L0Q A; 3UKR A; 1YIJ N; 2EX3 A; 5JLH A; 2PY5 A; 4DSK A; 4QS9 A; 5CR4 A; 3R6M A; 4N5S A; 4O5F A; 1BQM A; 3VES A; 4FWM A; 3LDL A; 4EP5 A; 2ZF5 O; 4BQZ A; 4PQU A; 3SNN A; 3CER A; 3THV A; 2HBK A; 4IKF A; 2OCE A; 4BRA A; 5BPM A; 4E3S A; 3CME N; 4A2A A; 2QWM A; 3F9M A; 4BDZ A; 4DR4 K; 1K6Y A; 2WON A; 4YHH K; 4FZZ A; 4LC9 B; 2KZM A; 3KIO A; 4JKB A; 1JL1 A; 2HND A; 3PIP L; 3TAR A; 4NCA A; 3AVC A; 3HI0 A; 4NYF A; 4DFK A; 1TV6 A; 3QML A; 3OYM A; 4BWM A; 1FKO A; 3U9D A; 4O44 A; 2ATQ A; 3HBT A; 3RMD A; 3ID6 A; 4QOZ B; 1HKG A; 2EWS A; 3ZX3 A; 2QWP A; 2IVO A; 3D0P A; 5I42 A; 1D5A A; 3VQA A; 3NHG A; 2FSN A; 3RSE B; 3VEZ A; 3KD1 E; 3TWH A; 1UA1 A; 4BGA A; 1BO5 O; 3WEE A; 3HPG A; 4KRF A; 1TKT A; 4DTP A; 2QW9 A; 1J5E K; 1BQN A; 4CEZ A; 2I7P A; 3GBT A; 1T3V A; 2ASM A; 2ZD1 A; 1F21 A; 1EP4 A; 2UXB K; 1WLJ A; 4K25 A; 1B9F A; 1RCH A; 4AIL C; 3E66 A; 5HP1 A; 1S1T A; 1KLM A; 4JI4 K; 4Z4F A; 2YHB A; 4CES A; 3NDK A; 1JLQ A; 3HT3 A; 2HHQ A; 3WXL A; 4HUG A; 4A2B A; 1ESV A; 4CJE A; 3CIP A; 1BCO A; 3SQ0 A; 4DR5 K; 1MU2 A; 1NGG A; 4O8K A; 3LZI A; 4CJ7 A; 1BI4 A; 1R59 O; 1D8Y A; 3OA9 A; 1W2B M; 3CCM N; 4KH5 A; 4L3Q A; 4AM7 A; 4J2E A; 4CGJ A; 1RTD A; 2X6N A; 2KZZ A; 4LY7 A; 4KO0 A; 3BGR A; 2YHY A; 3M3Z A; 1TYQ A; 4NXM K; 4N47 A; 5BPN A; 5GIP A; 4KHN A; 1NK7 A; 3D2F A; 4JI1 K; 4DR6 K; 3K9K A; 3OS1 A; 1CZ9 A; 4OKJ A; 2B6A A; 3VQP A; 1T44 A; 3VEW A; 4UQG A; 3EE9 A; 3CCE N; 2NLX A; 3AVK A; 3SV4 A; 2OTL N; 2HNZ A; 3QES A; 2Q31 A; 4ISE A; 4FOE A; 1UWB A; 3CG7 A; 4KHS A; 4HTL A; 2A40 A; 3DXK A; 3BZC A; 2AJQ A; 4O8U A; 1OH7 A; 4I6M A; 4IFE A; 2DPN A; 4BG8 A; 1BDG A; 4DUY K; 1G15 A; 4IBN A; 4CJQ A; 4OGC A; 1S72 N; 4DSI A; 1RDD A; 1VSL A; 4KTW A; 3ZET A; 3ZT3 A; 4CZE A; 4WYB A; 5KGW A; 4M3T A; 1E4G T; 3TAB A; 5BRH A; 1BL3 A; 4FZX C; 1ZBH A; 4B3O A; 2RF2 A; 4TSX A; 1IBL K; 1GLJ O; 3V9W A; 4CI6 A; 1TL3 A; 4C8K A; 1VK0 A; 2UYT A; 4CJV A; 4DV6 K; 3TAE A; 1ASW A; 3G71 N; 3AGR A; 1VQ8 N; 1XUP O; 2P9K A; 4FLZ A; 4W5O A; 1N8R O; 4CZL A; 3QIP A; 1NGD A; 4ISG A; 1QZ6 A; 5E26 A; 4JI7 K; 4H5V A; 3UB5 A; 3AVH A; 2YJF A; 4M45 A; 3EY1 A; 1U48 A; 1WSF A; 4W5Q A; 1N32 K; 4FSV A; 4B1X B; 5KGX A; 1RBS A; 3VQQ A; 3SYZ A; 1MWM A; 4H8K A; 2YJE A; 5CHI A; 4FLY A; 4GV9 A; 3NGY A; 1OH5 A; 4JK8 A; 3LAL A; 1JCF A; 2HOE A; 4HUF A; 4JKH A; 1I3A A; 2O8D A; 4CGG A; 4CHQ A; 1VQO N; 4FZY A; 3OYL A; 1V4T A; 4MLE A; 4CK1 A; 4DQP A; 4MLH A; 2F9W A; 2X74 A; 2BE2 A; 1NGC A; 1BGX T; 4FO0 A; 1Q82 O; 2ZGZ A; 1UOC A; 3A2F A; 5LJW A; 2BGG A; 1XQS C; 4DHY A; 3LP3 A; 5HRN A; 4H0T B; 1RDU A; 3CYM A; 4L8R B; 5AQX A; 3VER A; 3CET A; 4M3R A; 3EYZ A; 3NH2 A; 2GBZ A; 2HHV A; 2D0P A; 3CC7 N; 4PKH A; 2OTJ N; 4LF6 K; 4Q0B A; 1R0A A; 4OPK A; 5AFU A; 1SKW A; 1KLN A; 4O0J A; 3VF4 A; 3HYF A; 4DV7 K; 1S1W A; 3VGK A; 1Q9Y A; 2HVI A; 4JHD A; 1VQ7 N; 3VEV A; 5BRD A; 3OTO K; 2FSJ A; 1QZ5 A; 4PHT X; 3AA3 A; 3TAM A; 2A1S A; 3N4P A; 3U6F A; 4EIA A; 3KWG A; 4CZJ A; 1JCG A; 4KKO A; 4N56 A; 3K9J A; 4DR2 K; 4DFP A; 1SZ2 A; 4CJW A; 1QVG M; 4K8Z A; 3OBW A; 3NF7 A; 1OVY A; 5AQP A; 3CCJ N; 1Q7Y O; 3MWT A; 4LF5 K; 4LD0 A; 1YHQ N; 4B9V A; 3F9K A; 2W42 A; 4BR4 A; 2VQF K; 1TGO A; 1RDA A; 1NJW A; 5LY3 A; 3LDN A; 1KXP A; 1Z05 A; 4JI0 K; 4FYD A; 4FWL A; 1KFS A; 1VQM N; 3JXU A; 3AVM A; 1S1X A; 1TUY A; 4I9Q A; 1GLL O; 5C25 A; 3CCL N; 3MCP A; 3QLH A; 3OYJ A; 1NJZ A; 3H1Q A; 3TTD A; 4AQY K; 3CJ9 A; 1B9D A; 5JLF A; 1WBB A; 5AQI A; 3S3N A; 4H03 B; 3CD6 N; 3MEC A; 5T7B A; 2E88 A; 3LDQ A; 4B1Z A; 3AVA A; 2QXF A; 3AO1 A; 5AQL A; 4H5N A; 4ILJ A; 4I2P A; 4IWV A; 1ILY A; 2I7N A; 5FRN A; 3KTQ A; 4B1Y B; 4DV0 K; 4DTS A; 3KD5 E; 1GLA G; 1IG8 A; 4DSJ A; 2P9I A; 1GOC A; 5JS2 A; 3ZEU B; 4B1V A; 4IEE A; 5AQG A; 1FJG K; 4XIU A; 2CH5 A; 4FLT A; 2FF6 A; 4MDB A; 4FXD A; 4CHP A; 3PO5 A; 5EX5 A; 2BDP A; 4FM0 A; 3TU5 A; 2DY4 A; 3AAR A; 3K5N A; 1OH8 A; 4AHC A; 1SL1 A; 4M41 A; 1UA0 A; 3SQ1 A; 2OZS A; 4DTO A; 3KLF A; 1GOA A; 1NGA A; 3HSC A; 5D3G A; 1YAG A; 3LAM A; 4FOI A; 1TKX A; 4DV1 K; 3H08 A; 5BN9 A; 4RW4 A; 4DU1 A; 3V9U A; 3CQY A; 4GW6 A; 3M5R A; 3LZJ A; 4ZTJ A; 3NE6 A; 4JI8 K; 4KPY A; 4H0V B; 2QTD A; 3KKS A; 4A5A A; 3V9Z A; 2FC0 A; 3DOL A; 4CJS A; 4FWS A; 3DAW A; 4JK7 A; 3HRG A; 3TTF A; 2W40 A; 3HL8 A; 5LJV A; 1SKS A; 2HB5 A; 1CLQ A; 3CC2 N; 4ZTF A; 1Q86 O; 4JKA A; 3ID8 A; 4IG3 A; 3HPO A; 3CCV N; 1X3N A; 5HRP A; 1VQK N; 2G8I A; 4XH5 A; 3WUH A; 4DV3 K; 4WQ4 C; 4NCG A; 5AZI B; 3RSE A; 3ENB A; 1KFD A; 2A5X A; 4FLX A; 3ZT1 A; 2YX6 A; 3DI6 A; 1HYV A; 4CHO A; 3FR0 A; 4KH6 A; 4OKK A; 3L3U A; 1X9J A; 3WT0 A; 4DG1 A; 1P90 A; 3CQ8 A; 5IWA K; 1L3S A; 1T6D A; 1KTQ A; 1NU0 A; 1YTA A; 4DQS A; 4IZ9 A; 3B6P A; 2P9L B; 4FJM A; 3BP8 A; 3L6Q A; 1D4X A; 4FW2 A; 3JAM O; 4NLB A; 1O13 A; 1WAF A; 1N34 K; 2A42 A; 1YI2 N; 4M3Y A; 2B5J A; 3RMC A; 1HKB A; 1S6P A; 4DTR A; 2YNF A; 2UU9 K; 4CJP A; 4GVM A; 4JI2 K; 4LF7 K; 4OPA A; 1Q8I A; 2V52 B; 1QSY A; 3PO4 A; 3V6D A; 2ZE2 A; 3DXM B; 1XMO K; 5KI6 A; 4QS8 A; 2XY5 A; 2QKB A; 5AFU H; 3EZW A; 1C0T A; 1WSG A; 1X9S A; 4IEI A; 1WNS A; 4CEE A; 3QIO A; 3MMV A; 3ZCM A; 3L2U A; 4W5N A; 2XO7 A; 3TSQ A; 1IV0 A; 4Q5V A; 4CJU A; 3I55 N; 5C42 A; 3HVT A; 3GG4 A; 3M6G A; 1VQ5 N; 3TPQ A; 5AZJ B; 1N33 K; 4BC2 A; 1NOZ A; 4CJ4 A; 1EET A; 2E1Y A; 4YOU A; 2OZM A; 3TAQ A; 4MQ3 A; 4A61 A; 4IO8 A; 1S1V A; 3Q7B A; 1EQY A; 3U9Z A; 2NRZ A; 4BRL A; 2A3Z A; 2QK9 A; 4OJR A; 3A8Y A; 1GLF O; 2P5G A; 3OVN A; 3C6U A; 4LH5 A; 3KLG A; 3NH0 A; 3O9S A; 5HBM A; 2NRH A; 3SMP A; 3CPW M; 4AF1 A; 5K14 A; 3OYE A; 3DRS A; 5C24 A; 1YJW N; 4DTN A; 1TK8 A; 2GX9 A; 2Q3S A; 3VF6 A; 2G8V A; 4RW7 A; 4B1W B; 3VOV A; 5I3U A; 1IG9 A; 3LM9 A; 3OYH A; 1YTU A; 5DK5 A; 1WBD A; 3SJJ A; 1KD1 O; 5AQV A; 3AAP A; 1HLU A; 3GDQ A; 5CZ1 A; 4E1M A; 1NBW A; 1RIL A; 3OYB A; 2QWO A; 3D2E A; 4G9Z A; 2F9T A; 3MEE A; 3ITH A; 3VF2 A; 1B92 A; 2KKZ A; 3MX5 A; 4JKC A; 1WUA A; 5KPZ A; 5SZT A; 4DLG A; 3L4Q A; 2NRX A; 3THX B; 4N76 A; 1N36 K; 4FJI A; 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4F9O A; 2G8H A; 3UIQ A; 3KLI A; 3PX4 A; 2Q0R A; 1KRP A; 3VEN A; 3AO3 A; 2Q1N A; 4FJ7 A; 1KVB A; 3LP0 A; 1C1A A; 3VN5 A; 4CBW A; 2F7T A; 2F8S A; 4YFU A; 2FBY A; 2YCH A; 4BDY A; 3CPE A; 4JKG B; 4A62 A; 3HVR A; 1K8K A; 4FK2 A; 3FFK B; 4B3M K; 4E19 A; 3A5N C; 2P9N A; 3VGL A; 1YIT N; 1S1U A; 4YOX A; 2QWL A; 4B9T A; 2OPR A; 3FZM A; 1JLE A; 4QS7 A; 1RT6 A; 3D45 A; 2KW4 A; 1T03 A; 2PBD A; 1DEJ A; 5LMU K; 4CD3 A; 4CE9 A; 4EZ6 A; 1RT3 A; 4HHT A; 2IGI A; 4PL7 A; 1X1P A; 3OJS A; 3O1W A; 3CJA A; 3OYK A; 4FL9 A; 1U2V B; 3AAQ A; 2BTF A; 3SV3 A; 3CQX A; 4PL8 A; 1C0G A; 3CM6 A; 1BG3 A; 3J81 O; 2I5J A; 2JGU A; 1L3T A; 2AP1 A; 5BPL A; 1EXQ A; 3ZLJ A; 3VQD A; 1BIZ A; 3AVL A; 1NGH A; 4K41 A; 4M3Z A; 4GV6 A; 3T69 A; 1HNZ K; 5FPN A; 3T1A A; 3VQ4 A; 1H1V A; 1JCE A; 2BAN A; 3SJH A; 4CF0 A; 4DQ8 A; 4PUO A; 3NBP A; 1KC8 O; 1XC3 A; 3DLH A; 4ISF A; 5C10 A; 3CF5 L; 3ATV A; 4BRQ A; 4A59 A; 3ULE B; 1Y97 A; 3EKS A; 2FF3 B; 3Q7C A; 2PYJ A; 4I2Q A; 1ZBS A; 3QO9 A; 1T05 A; 4B3S K; 3AVF A; 2KQ2 A; 1C0M A; 5E84 A; 3TSP A; 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