5EU7A

Crystal structure of hiv-1 integrase catalytic core in complex with fab
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEFGVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Integrase
publication title The Preserved HTH-Docking Cleft of HIV-1 Integrase Is Functionally Critical.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 48
structure length 143
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5eu7A00
1QE1A 1D9FA 4CFCA 3T19A 4N5SA 4FK2A 1LAWA 4KHSA 3P5JA 3OS2A 4C8MA 4C8LA 1YT3A 3RR7A 1RBSA 4KFBA 4Y1DA 2EX3A 4CHNA 1BI4B 1JXBA 1VK0A 4O0JA 5CY4A 5HRPA 3ZSOA 1FKOA 2IDOA 5HRSA 5KRTA 1JLAA 3LAKA 4DSFA 3OYIA 2ITGA 3QEIA 3ZT0A 1C1CA 1VSJA 4H4MA 4PY5A 1L3UA 4MQ3A 3PV8A 4DFMA 3DLHA 1UWBA 3OYFA 4O5BA 1XI1A 1T7PA 3AO2A 4F2RA 4PQUA 5HROA 5KGXA 2O4GA 4FJ8A 4GVMA 4BWMA 3K5LA 1ASWA 1TL1A 2QXFA 1NKEA 3CQ8A 1NK0A 4IG0A 4DQPA 4KHYA 3SQ1A 1RTDA 4CJSA 2HHXA 3K5MA 1TKZA 2GV9A 1J54A 4C8NA 3ZT1A 3KK2A 2KTQA 1QTMA 3LZIA 2G8KA 4DU1A 1S1UA 3NCIA 4FJKA 4DSIA 3PY8A 4HCCA 2GUIA 3AVIA 3DMJA 1VSDA 2DFFA 4JS5A 4DTJA 3VQPA 4CFBA 1JLQA 4LY7A 4CF2A 1TK5A 4B9LA 1VSIA 2PYJA 4CEAA 4CIGA 4BDPA 2JGUA 4FZXC 2HHTA 4CHZA 4DQIA 2Z1IA 3VQCA 2FBTA 5JS1A 4B9MA 1IKYA 1S1VA 4DQRA 4IFYA 3QO9A 2PZSA 1EETA 4FCYA 1DTTA 3KLGA 3V4IA 4B9SA 1S9GA 1VSEA 3LP0A 4FLXA 3TAEA 2G8IA 3DYAA 4DTSA 1RBRA 2W42A 1X9MA 4ELUA 3MEGA 3IAYA 2HHWA 4DLGA 1RBUA 1RTHA 3TR8A 4RW4A 4CF8A 1L3VA 4IBNA 1LW2A 3AVHA 1TGOA 3RMAA 2IAJA 2XO7A 1Z25A 1HJRA 4KI4A 4M42A 3AA4A 3QINA 1KVAA 4KHQA 4DU3A 4E7KA 4KB1A 1SUQA 4M3YA 5D3GA 1NKBA 4OLBA 1EX4A 1GOBA 1S1TA 3B6PA 3LANA 1BQNA 5J1EA 4AH9A 4HHTA 3SQ4A 5I42A 2O4IA 4CGIA 4CFDA 4AHVA 1F21A 3H08A 4OGEA 3HM9A 4DFJA 4FM2A 4ELTA 2E6MA 4GW6A 4O44A 3C6UA 1GOAA 2LSNA 3L2RA 3HP6A 1NK9A 4FJXA 4PWDA 3AA5X 1L3TA 2G8WA 5CYMA 4CGFA 3HXMA 4CJUA 2ZQBA 3AO3A 4HCBA 3K5OA 3KKSA 3SV4A 4Z4CA 1Q9YA 2DTUA 3LPUA 3TAMA 3L2UA 4FJGA 1R0AA 4N76A 4ICLA 2HW3A 1WSGA 4JLHA 2ETJA 1I3AA 3OYEA 1CXUA 3ALYA 3VQ7A 3WNEA 3V1OA 3E01A 1EP4A 2XHBA 4FW1A 3RWUA 3KLEA 4I7FA 4F4KA 3OVNA 4M3XA 3DRSA 3AVCA 3LP2A 1RT6A 4DS4A 3NH0A 4BDZA 4ID5A 3SUQA 2BGGA 1BCOA 3NHGA 1T05A 4N41A 4CGDA 4J2AA 1N5YA 2XY7A 4M45A 1VRTA 3F73A 3BGRA 2DFEA 2RF2A 4OGCA 3KK3A 2HVIA 4QCLA 2HHQA 4CESA 3F9KA 4KKOA 1NJWA 2G8HA 2RPIA 3LWMA 2P5OA 3ZSYA 1CZ9A 4DU4A 1ZBLA 4NCAA 1QS4A 4CK3A 3ZSWA 1S9EA 2G8FA 2DY4A 1N6QA 3NFAA 3VQ8A 1LW0A 4FLVA 4ZTFA 4FVMA 1BL3A 4UQGA 3OY9A 4CJLA 2WONA 3V9SA 4YFUA 3C95A 3HVRA 5JS2A 2HNDA 2ZD1A 3ZSZA 3LDSA 4CEQA 4DTOA 4CJ4A 3D0PA 4BE1A 3AVAA 4HUGA 5SZTA 3SJJA 1ASUA 1TKXA 4E89A 2OA8A 2YNIA 3OYAA 4JRPA 3IRXA 1TV6A 1HYVA 4AILC 2YNGA 4W5NA 4CJWA 4DWIA 1LAVA 3PX0A 4F3OA 4CEFA 4FZYA 2OPQA 3BDPA 2X74A 3K2PA 4CIEA 4CCHA 3TAFA 1CLQA 2ATQA 4Z0UA 4CEDA 4O55A 4HVJA 3ULDA 3MXJA 3TAQA 3QIOA 3L3UA 1TAUA 2P1JA 4LD0A 4Y1CA 3KIOA 4OVLA 3WNFA 2D5RA 4B08A 3AV9A 4B9UA 3I0SA 1HQUA 4FLTA 1HNVA 1A5XA 3ZSQA 2OPPA 4IG3A 4E19A 4Z4HA 3NGZA 1B9DA 1HQEA 3RRGA 4KPYA 1QHTA 4AHTA 2NUBA 3KLHA 2KFNA 5T7BA 1RDAA 1NJYA 4F2SA 1XHXA 2RN2A 4KB0A 3V1QA 4GMJB 4QAGA 4M3WA 5KRSA 3VQ6A 1B92A 4EZ9A 2VG7A 4FJ7A 3ZCMA 3QESA 5HLFA 2FC0A 3CYMA 5FRMA 2QK9A 3MAQA 3AVNA 4ID1A 3M8RA 4DF8A 1J53A 1JKHA 3CM6A 3RMDA 3PO4A 5K14A 4ZHRA 1CZBA 5KGWA 4FLZA 1DLOA 2BANA 3S3MA 3DLBA 4E7HA 4Z4EA 1VSLA 1BI4A 2HHSA 3L2QA 1KLMA 3NH1A 1U47A 1B9FA 3VQEA 3AVFA 2GBZA 4RW8A 3V81A 1IKVA 1GOCA 3QEPA 4G1QA 2HHVA 1SL1A 5SWMA 3KKRA 1SL0A 1BISA 4FLYA 1U49A 1JLCA 5KTQA 1BIUA 3CFPA 2BDPA 3SV3A 1Q9XA 4L8RB 2XRIA 3HPHA 1KLNA 2IC3A 1U45A 1RDBA 2KQ2A 3HL8A 1IO2A 3C6TA 4DMNA 1VRUA 4IDKA 2XY5A 2Y1JA 4DSKA 2D0BA 3A2FA 4Z4FA 4RG8A 1XC9A 1RBVA 1TL3A 3L3VA 4CEBA 3RMCA 3DOKA 2PYLA 4KRFA 1SL2A 1I39A 1UAXA 3L2WA 1C1AA 4HUFA 1EXQA 3IG1A 4PA1A 4BACA 1C6VA 1HYZA 4EP4A 5CYQA 4FM0A 4CHYA 3PX6A 2DFHA 4Z4IA 2HVHA 4E7JA 3HJFA 4HUEA 5FROA 4FZZA 5HRRA 3V9ZA 1U4BA 3G10A 2KZMA 4B3OA 3SUOA 3EYZA 3HP9A 1L5UA 3ISNC 4OKKA 3I0RA 3T1AA 1KFDA 3LALA 5C42A 1WAJA 3OYJA 3TWHA 3SI6A 3SCXA 2G8VA 3O4NA 2HB5A 3KD1E 3AO4A 4AHCA 3CM5A 4AHRA 1JL2A 5CZ2A 5DK5A 4DF4A 3AVGA 4NYNA 3FFIA 1TAQA 3OYCA 3QEVA 1D8YA 4DFKA 4FK0A 4CHOA 3AVKA 4K8ZA 1CXQA 4NCBA 4DQSA 4KHNA 3WNHA 1YTUA 3NF7A 4CJRA 4CHPA 1J5OA 3VN5A 4FJ5A 1HNIA 3K57A 1JXEA 3P1GA 4E7IA 1WNSA 2IOCA 5J2QA 1NK4A 3UIQA 4J2BA 4CFAA 3AA3A 3LZJA 4CJPA 4OPKA 2R7YA 2Q3SA 3DLRA 1NK7A 1G15A 4CF0A 3NF9A 1WSEA 3U3YA 4DSJA 2OYQA 2E4LA 5J2NA 4CE9A 3L8BA 4FK4A 1WN7A 3C94A 2VG6A 4FM1A 1LWCA 3SPZA 1LV5A 4KAZA 4Z4GA 3PX4A 3PO5A 4JRQA 1ZBFA 2HHUA 3QETA 4O0IA 1SKRA 3ZSRA 4DG1A 1FXXA 5KI6A 3QEWA 2X78A 2IS3A 2YNFA 5E41A 2FBVA 4ELVA 3RMBA 4FJNA 3OYLA 3KLFA 3AVLA 3T3FA 1BGXT 1O1WA 3THVA 3AVBA 4N47A 4FXDA 3LP3A 4NCGA 1BCMA 4W5RA 2ZE2A 1RTJA 5C24A 3HPOA 1QSSA 2OZSA 3IS9A 3B6OA 3V6DA 1BIZA 3ZT3A 1W9HA 3QLHA 4CEOA 3OYMA 4LH4A 4BE2A 3VQ9A 4M41A 4OPJA 2Y1IA 1NK5A 4LSNA 4E1MA 1YVUA 2Z1JA 1UA1A 3QERA 4DS5A 4CK2A 3S3OA 3MECA 1REVA 1NKCA 3SUPA 3TABA 1RT1A 4CHQA 3SPYA 3ZSXA 3MEDA 1JLGA 4CJVA 3SQ2A 1RT7A 3O3FA 1S1WA 2RKIA 4IKFA 3NE6A 1KSPA 3O4QA 1RT2A 5C25A 1A5WA 4F8RA 3CFOA 2B4JA 3SQ0A 1RBTA 4HTUA 2EHGA 1Z26A 1D9DA 2F96A 3KK1A 3JYTA 1ZBIA 3DOLA 1NOZA 4CGGA 4M3RA 1ASVA 1MU2A 3MXIA 2XY8A 1RNHA 3HYFA 2KZZA 3OS1A 4CERA 3CFRA 4FW2A 4CJTA 4DSLA 1UA0A 1Q8IA 3NF6A 3DLEA 3VQ4A 1WSFA 2KW4A 2YKMA 1RILA 4W5QA 3I8DA 3S9HA 2B6AA 3AVMA 2I5JA 3DLGA 4EZ6A 5FDLA 4KREA 3VA0A 4CGJA 3OYGA 1J9AA 4RW7A 3MEEA 3OS0A 4DLEA 3HO1A 3K59A 4R5PA 4EP5A 5HRNA 1RCHA 3KTQA 1KVBA 3AO5A 2A1RA 3OJSA 4E3SA 1TVRA 3DM2A 4B9VA 2QKBA 3K5NA 2VWJA 1NK6A 4OKEA 1IKXA 3O3HA 2YHAA 3V9XA 4FJ9A 4TSXA 2VWKA 3NDKA 4J2EA 3S3NA 1S5JA 4AHUA 1UOCA 1JL1A 1VSKA 4K8XA 2YKNA 3HVTA 1BHLA 3HK2A 5J2MA 1WLJA 3VQDA 3HT3A 1ZBUA 1TK0A 2FBYA 2B5JA 4LH5A 3VQ5A 1BQMA 1EKEA 3NGYA 2BE2A 3LAMA 2FBXA 4CF1A 5FRNA 3TARA 3HPGA 1T8EA 4YNQA 3SUNA 1WSHA 4F3TA 4IFVA 3NAEA 4I2PA 3V9WA 1KFSA 3DLKA 4CJ3A 4H4OA 1DTQA 3JSMA 3V9UA 4B9NA 1KTQA 1SV5A 4RW9A 5I3UA 1NOYA 4MFBA 1WSIA 4O4GA 4CGHA 3CG7A 2OPRA 3P83D 2HMIA 3NBPA 1X9SA 1SKSA 4KI6A 1QQCA 4E7LA 1KRPA 2X6NA 3G0ZA 1TKTA 3OYDA 3RR8A 3MXMA 2JLEA 3ZT4A 2P51A 1C0TA 4QOZB 4KO0A 1HYSA 4CK1A 3ITHA 2E6LA 3QIPA 3OYNA 3M8SA 1RT5A 4C8KA 4M3UA 2D0AA 4CIFA 4FJMA 1U48A 1FKPA 4OLAA 4CF9A 4FJLA 2Z1GA 3OYKA 3QNOA 3AO1A 2VG5A 5J2PA 3AA2A 4KHWA 3VQBA 3VQQA 2A1SA 1L3SA 2P5GA 4KTQA 4FJIA 1RTIA 4FYDA 4NYFA 3ASMA 1LWEA 3TI0A 3KJVA 1IKWA 2HNZA 4KV8A 1NK8A 1S1XA 1A5VA 1VSMA 4OKJA 1X1PA 1C0UA 4OJRA 4BE0A 4DTNA 1X9WA 4CEEA 1YTAA 3K58A 4PUOA 4I2QA 3SNNA 1NJXA 2G8UA 4DTXA 3M8PA 4CJKA 3QEXA 5HP1A 3KLIA 1JLFA 3LP1A 3SYZA 1KVCA 3ZT2A 4DTUA 2PY5A 4BWJA 1IH7A 1HRHA 3SZ2A 1KCFA 3NF8A 3D45A 3DI6A 4DTRA 1TKDA 3PUFA 4W5OA 1HPZA 3U6FA 4W5TA 2AJQA 4DSEA 2F8SA 3DRPA 1VSFA 1QSLA 3DRRA 1HMVA 3U3GA 3OYHA 1IG9A 1K6YA 2F8TA 4CJ5A 2Z1HA 2YV0X 4KHUA 3O3GA 1T03A 4CJEA 4N56A 4Q5VA 3EY1A 1ITGA 5EU7A 2X6SA 4DFPA 4I9QA 5CZ1A 4JS4A 4E1NA 5DMRA 1RDCA 4B8AB 4FLWA 4FLUA 4KTWA 1QSYA 3VA3A 3LPTA 4LSLA 4KTZA 2D0CA 4BDYA 4Q0BA 3QNNA 3OYBA 1U04A 1W0HA 1FK9A 3ZSVA 1C1BA 5HBMA 3HSTB 4AHSA 4CJFA 4M3TA 2OPSA 1S6QA 4J2DA 1RT4A 1S6PA 2YNHA 1JLEA 1RT3A 4CEZA 3WNGA 3NH2A 2KFZA 1TK8A 3TAPA 4FJJA 3NGIA 4FJHA 1WAFA 3M8QA 2OZMA 1ZYQA 3OJUA 4DQQA 4C8OA 1ZBHA 1C0MA 1LWFA 4B8CA 4E0DA 4WE1A 1VSHA 4DTPA 4H8KA 4DTMA 3RRHA 2YHBA 3AVJA 2WOMA 2HNYA 1D5AA 3RTVA 3KD5E 3TAGA 1JLBA 4CJQA 1Y97A 2IGIA 1NJZA 1XHZA 1WSJA 4CECA 2QKKA 3L2VA 1SKWA 4M3ZA 4I9LA 3TANA 2XY6A 3EZ5A 4XIUA 4ZTJA 4RW6A 1XWLA 3V1RA 4B9TA 1RDDA 3LWLA 3VQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FK2A 1U2VA 4CHNA 5AQHA 3CMAN 1TAUA 5HRPA 4O0JA 3QFUA 5HRSA 1JLAA 4DSFA 4C23A 1BDGA 5AQSA 3CJ1A 1L3UA 3DLHA 3EN9A 4BR7A 3OYFA 4O5BA 5AQLA 4F2RA 4CBUA 4DV6K 1NGBA 3K5LA 2QXFA 4KHYA 3VETA 4IG0A 4BR2A 5CE3A 4C8NA 2KTQA 3R3LA 1QTMA 1T6CA 4DU1A 3ATVA 2WC9A 1BA0A 3NCIA 4DSIA 3PY8A 3OW2M 3THYB 2GUIA 3AVIA 3C65A 2GX9A 1OVYA 4AM6A 3VENA 4X64K 4FZXC 3ID6A 4IJNA 4DQIA 2Z1IA 4B9MA 3O80A 4O8UA 1EETA 3KLGA 4JKGA 3IAYA 5AZJB 4DLGA 2HHWA 4RW4A 4BRHA 3RMAA 1Z25A 1HJRA 2VGNA 2W40A 4DHYA 4KB1A 1SUQA 1S1TA 5I42A 2Q1NA 4A2AA 3HM9A 4ELTA 4IFEA 3VERA 2LSNA 2ASOA 3L0QA 3AA5X 2F9TA 2ZQBA 5BRHA 2HSTA 5FPEA 2DTUA 2HBLA 3SLCA 1Q9YA 2Q2RA 3VESA 1T44A 3D2EA 1WSGA 1IJJA 2ETJA 1I3AA 3OYEA 1CXUA 2XHBA 4F4KA 2OTJN 2UUAK 1DT9A 3NH0A 2GUPA 4QS8A 3NHGA 1T05A 4JV5K 4WFBL 5C2DA 1N5YA 1VRTA 2DPNA 2DFEA 2V51B 4OGCA 2NRHA 3DXKB 3QMLA 3KK3A 4QCLA 2NNWA 2G8HA 2O8EB 3T1HK 4H5TA 3ZSYA 4IOXA 4CZKA 4DU4A 5LY3A 2DY4A 3VF6A 1G99A 3HZ6A 4FWPA 3OY9A 2WONA 3V9SA 5FPMA 2HNDA 4JK7A 3O4WA 4HUGA 4B3RK 2WTUA 1YVNA 4H0VB 4FWQA 4JRPA 2UUBK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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