3WNGA

Cyclic hexapeptide pkidnp in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/peptide
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wngA00
1KCFA 3NBPA 4AH9A 1SKWA 4CFBA 4HCBA 3OVNA 4PUOA 4Z0UA 2DFFA 2RPIA 1RT4A 1YT3A 3RMBA 3S3NA 1WSGA 2RF2A 2P5GA 2O4IA 3VA0A 2HVIA 1J9AA 3VQ5A 3LDSA 5FRMA 1JXBA 4KRFA 3WNEA 1QSYA 3M8PA 3RR8A 3VN5A 5J2NA 4UQGA 4W5OA 2XY8A 3KLHA 1L3VA 1CXQA 3VQ6A 4DU1A 2P51A 4DLEA 5J2PA 4KTQA 1I3AA 2KFNA 2ATQA 1TKXA 2WOMA 4E1NA 2VG7A 1C0TA 1D5AA 3TAEA 4BDZA 3C94A 4DFJA 4EZ9A 2JLEA 2D0CA 1EP4A 1YTUA 5KRSA 4C8LA 3L2RA 4CHZA 1KFSA 3KTQA 4FJLA 3SUQA 1KLNA 4FM2A 1KRPA 4ELTA 4FZYA 4DSIA 2OPPA 4W5TA 4ZHRA 1WSJA 4CJ5A 3VQBA 2OPSA 3KIOA 4O55A 4KB1A 1A5WA 2OPQA 4DTXA 3K5NA 1W0HA 3AVLA 2HNDA 3OS0A 4DQQA 4JRPA 4FLYA 5KRTA 1HRHA 3LANA 3NH2A 1BI4B 1CXUA 2XRIA 2KTQA 5DK5A 3G10A 4CJ3A 1UA1A 3HP6A 4K8ZA 4RW7A 1RDCA 4CFCA 3VQQA 4B3OA 1RT6A 4CJRA 4RW9A 1JLBA 3QIOA 2VG5A 1O1WA 1Y97A 4FJXA 1WNSA 1X9WA 3OJSA 4OLBA 4DSKA 3O3GA 4CEBA 3DM2A 4FLXA 3AO3A 1VRTA 4CGGA 4IFVA 3TAGA 4GVMA 3V1OA 3OYNA 2Z1GA 3KKRA 1RT5A 4JLHA 4Z4HA 2EX3A 4ZTJA 4DFMA 4B8AB 1WSIA 3OYCA 4B9VA 3DLGA 4O5BA 5DMRA 1MU2A 5CZ1A 4E7KA 4LD0A 4FZXC 4F8RA 4BACA 2JGUA 2G8WA 4F2SA 4KI4A 4HTUA 2YNIA 4FLVA 1QTMA 4OLAA 3V9UA 2FBXA 3NF7A 1C1BA 3NH1A 1T8EA 3SQ1A 1QS4A 3LZIA 4DLGA 3NAEA 3AO1A 5HP1A 4ZTFA 3AVKA 2X78A 1NK4A 4CGFA 3RMCA 3RRHA 4O4GA 1IG9A 4CFAA 5CY4A 5JS1A 1FXXA 1GOAA 4CEQA 2Z1IA 1QE1A 3T19A 3QEIA 3TAFA 4DQSA 4RW6A 4B9UA 4B8CA 3SUNA 4CJKA 3L3VA 3PV8A 2DFEA 4CEAA 2GUIA 3LWLA 3VQ7A 4AILC 4IG0A 1IH7A 4Z4CA 3DLBA 1ZBHA 4Q0BA 1S6PA 4DTPA 3AA2A 2Y1JA 4CEEA 3M8RA 5HBMA 4E3SA 4CK1A 3SCXA 1CLQA 4RG8A 1EXQA 4IBNA 3ITHA 4I9LA 4BE1A 4E7LA 4M3XA 3IG1A 4KKOA 4CHYA 4CGIA 1KVBA 3OYKA 2ZQBA 3AVBA 2E4LA 4HCCA 3HPHA 4ELVA 1FKOA 4PA1A 4CF2A 3RMAA 1Q9XA 4FXDA 1G15A 1EETA 4C8MA 4DSFA 1RDDA 3I0SA 4KHYA 1Q9YA 4OPKA 5C24A 5E41A 3ZSXA 4W5NA 1RBRA 3PY8A 3RWUA 3NCIA 2YV0X 1J5OA 1Z25A 2KQ2A 3VQ9A 2VWJA 4DTSA 1BGXT 4B9TA 1LAWA 1LWFA 1Q8IA 4CK3A 4DSEA 4DTMA 1TK5A 3LP3A 3PX6A 4N56A 5EU7A 3B6OA 1VSJA 3L2UA 3K5OA 1KFDA 1NKBA 1RBSA 2HNYA 4MQ3A 4M3ZA 3SZ2A 1L3TA 5HRRA 1IKYA 3OYHA 4CESA 5CZ2A 3SUPA 4CF1A 4KHQA 3DRPA 1RT7A 3AVJA 1VSMA 3OYMA 3TANA 1J53A 4BWJA 2QKKA 3K58A 4K8XA 4B9LA 4CHOA 1TAQA 2HVHA 3QETA 4FJ9A 3L8BA 1BISA 4JRQA 4FM0A 4CGHA 2FBVA 2G8KA 2HHTA 1ZBFA 1XHZA 1JL1A 5FDLA 2YHBA 4C8NA 4HHTA 4M45A 4DTOA 4FZZA 4DU3A 1JLCA 4FJ8A 3AO5A 4M3WA 2QXFA 3ULDA 1C1CA 3AA5X 2G8FA 3HPGA 4I2QA 1BQNA 3ZSWA 1A5VA 1N5YA 4W5QA 2FBTA 3AVNA 1S9GA 2VG6A 1QQCA 1S6QA 3L2VA 3NE6A 2Y1IA 3HO1A 1SUQA 2HHSA 1TGOA 2VWKA 4I9QA 1U47A 1JLAA 1EKEA 1BCOA 1NOZA 4FK2A 4CJ4A 1WN7A 4N47A 3KK3A 3ZSZA 1RTIA 2QK9A 3PO5A 3HSTB 3NF9A 1UAXA 3SI6A 3KLGA 4AHSA 1NK5A 2LSNA 3TAMA 4J2EA 3OYBA 4OGEA 4DTRA 4KI6A 2HW3A 3OYLA 2E6LA 3AO2A 2B5JA 3VQEA 5SWMA 4HUEA 2P1JA 4CJLA 4E89A 5KGXA 1RCHA 1TK8A 4JS5A 4KPYA 4FJ7A 2D5RA 5KGWA 4CJSA 4WE1A 4CJPA 4DTUA 4DMNA 2HHUA 1B9FA 2RKIA 1WAFA 3H08A 5HRPA 3OJUA 3L2WA 3OY9A 3U3YA 4M3TA 3AVCA 4O0JA 5FRNA 2HMIA 3NGYA 2D0AA 4F4KA 3WNGA 1KTQA 1UA0A 4FJ5A 4DF4A 3TABA 1BL3A 3HPOA 4FW1A 4RW8A 4KAZA 4H4OA 3OYGA 4CEFA 3DLKA 4IDKA 1WSEA 4PQUA 3ASMA 2W42A 4E19A 2B4JA 3V9SA 2XY7A 4G1QA 1REVA 3LP0A 3ZT0A 3LPTA 4Y1CA 4KHSA 1SV5A 3VQDA 3TARA 1WSHA 1LW2A 3MECA 3NF8A 1VSKA 4DU4A 3F9KA 3P83D 4GMJB 3C95A 1S1XA 4KB0A 3HT3A 2ITGA 3AVAA 3LALA 4FW2A 1HJRA 1NK0A 3LAMA 3JSMA 3DI6A 3F73A 3UIQA 4DTJA 4FJHA 4KHUA 4M42A 1RT2A 3MEGA 4Y1DA 3HVTA 3SYZA 3AVMA 1T03A 1IKXA 4FK4A 2OZMA 1J54A 3K59A 3MAQA 2I5JA 2Z1JA 4N5SA 3NH0A 3SQ0A 1LV5A 4O0IA 2Z1HA 4NCAA 1NKCA 4QOZB 1S1WA 1VSIA 4KTZA 3VQCA 3M8QA 3WNFA 5HLFA 1JXEA 1WSFA 2HB5A 2X6SA 4KTWA 1VSFA 3VQAA 5HROA 3CG7A 3V1RA 3VQPA 1SKSA 3VA3A 4Q5VA 2O4GA 4NYNA 5K14A 3CYMA 3KJVA 3CFOA 4ID1A 3EY1A 1RDBA 4HUFA 5J2QA 3V6DA 3ZT3A 4XIUA 1NK7A 1HNVA 1ASUA 4DFPA 4CJWA 5D3GA 1QSLA 1K6YA 2IS3A 4M3RA 4YFUA 3QEWA 3NDKA 3DMJA 3QNNA 1D8YA 4CHQA 4DF8A 2WONA 1BHLA 1X9SA 2HHVA 3THVA 3BDPA 3O3HA 4CIFA 5SZTA 4CHPA 2P5OA 4F3TA 1L3SA 1NJYA 2KZMA 2YHAA 4C8OA 2DY4A 1VSLA 1FKPA 4NYFA 1UWBA 1BQMA 1S1UA 2HHXA 4L8RB 4OVLA 4EP4A 3I0RA 2G8VA 1HMVA 1EX4A 4DTNA 3AA3A 2ZE2A 3MXJA 4GW6A 1RTDA 1WAJA 4J2AA 3VQ4A 2XO7A 4BE2A 5J2MA 3V9ZA 3P1GA 3OS1A 2GV9A 4J2DA 4J2BA 5I3UA 3ZSQA 3DYAA 1NKEA 4ELUA 1NK6A 4EZ6A 3AVHA 3QEPA 3C6UA 3D45A 1TL3A 3ZSOA 3S3OA 1KSPA 4B9NA 3IAYA 4KHNA 3AV9A 3OYFA 1DLOA 3A2FA 3DOLA 2DFHA 1IKWA 3PO4A 3EZ5A 3PUFA 4QAGA 2KFZA 4CHNA 4JS4A 3AVFA 3SNNA 3KD5E 2ZD1A 1FK9A 3LWMA 4AHTA 1CZ9A 4Z4GA 4CCHA 1JLQA 4CJVA 2HHQA 4LSNA 4CEZA 3OS2A 1U45A 4B9SA 1JL2A 1T7PA 4M3YA 3O4QA 3RMDA 3T3FA 1TL1A 1KVAA 4AHCA 2KZZA 4B9MA 1JLGA 3CQ8A 1S1VA 3O4NA 4DQIA 4CFDA 3DRRA 4BDYA 3DLEA 4FLWA 3QO9A 4AHRA 3TAQA 4FJMA 2NUBA 3SJJA 1NOYA 4TSXA 1RNHA 3QEVA 1XI1A 4LH5A 1XHXA 4E1MA 1HYSA 1TVRA 4PWDA 1HYZA 1RBTA 4CF8A 4CK2A 4O44A 3FFIA 4CIGA 1VK0A 1YTAA 1VSEA 4KO0A 1R0AA 3K57A 2X74A 1TKTA 3DLRA 5I42A 4F2RA 4FJKA 3CFRA 4FCYA 2A1SA 4I7FA 1CZBA 4OGCA 3TR8A 4FJJA 3PX4A 4KV8A 1ZBLA 1U49A 1I39A 4ICLA 2PYLA 2XY6A 3KD1E 3L2QA 3SPZA 3KKSA 3S3MA 3MXMA 3DRSA 3O3FA 2BDPA 4CEOA 3KK1A 3WNHA 3EYZA 3AO4A 3QINA 5CYQA 3HM9A 3LZJA 4DWIA 1X1PA 4NCGA 1ASWA 1ITGA 3SPYA 2F96A 4I2PA 1TAUA 1HYVA 4H8KA 3M8SA 1BIZA 1VSHA 2PY5A 1HQEA 1RBVA 3K2PA 2XHBA 4CJQA 4BWMA 1RILA 4OKEA 1F21A 4IFYA 2OA8A 2HNZA 4KHWA 3ZSRA 2FC0A 3NGZA 3TI0A 3AA4A 3NFAA 4M3UA 1LAVA 4HVJA 5CYMA 2KW4A 2F8SA 1C1AA 3B6PA 4DFKA 1YVUA 3PX0A 3HP9A 3KLIA 2XY5A 1S9EA 2E6MA 4IG3A 3NF6A 3QLHA 3TAPA 5HRSA 1JLEA 1NJZA 2HHWA 2OZSA 3KLFA 1U48A 1SL1A 1IKVA 3V9XA 1D9FA 3E01A 4CF0A 2G8UA 2BGGA 4FM1A 2OPRA 3SV4A 5J1EA 1VRUA 2PZSA 2YKMA 3L3UA 3DOKA 3ZCMA 1RTHA 4RW4A 4C8KA 1S5JA 2IOCA 3LAKA 4FVMA 2BANA 1QHTA 2QKBA 3V9WA 3SUOA 3CM5A 2X6NA 3QESA 1JLFA 3SQ4A 3D0PA 1S1TA 3K5MA 1BI4A 4BE0A 4Z4EA 1GOBA 4NCBA 1RT3A 1SL0A 4CJEA 2PYJA 1C6VA 4AHVA 3RR7A 1HNIA 3MEEA 4OJRA 3RTVA 3QEXA 3HJFA 1GOCA 1BCMA 4LH4A 3KK2A 4HUGA 3DLHA 3LP2A 1ZBIA 3V4IA 1NK9A 4CJUA 1KLMA 2D0BA 1DTTA 2IAJA 3C6TA 1L5UA 4E0DA 4FYDA 1HPZA 1SL2A 1QSSA 2DTUA 1WLJA 4MFBA 4DQRA 3ALYA 1TKZA 1U04A 3NHGA 4CEDA 3S9HA 4F3OA 3V1QA 4R5PA 3HYFA 4FLTA 4CIEA 3AVIA 2Q3SA 1NK8A 2RN2A 3SQ2A 3IRXA 4B08A 1NJWA 4CJFA 4FJGA 3HK2A 4DSJA 1LW0A 1X9MA 3I8DA 4EP5A 3OYAA 4CE9A 2R7YA 4OPJA 3QERA 2FBYA 3VQ8A 1L3UA 4IKFA 4LSLA 4CERA 1B92A 5FROA 1C0UA 1TK0A 3CM6A 1RT1A 1SKRA 1TV6A 1B9DA 1LWEA 1RDAA 1VSDA 4KREA 4N41A 4FLUA 3ZSVA 1XC9A 1NJXA 4DQPA 1UOCA 4FK0A 2G8HA 3HVRA 1Z26A 2YNGA 2F8TA 4FJIA 3QIPA 3ZT4A 3OYEA 1JKHA 4ID5A 3TWHA 4Z4FA 3AVGA 4DG1A 1DTQA 3HXMA 1N6QA 4LY7A 3U6FA 1C0MA 2B6AA 2EHGA 3JYTA 3U3GA 1TKDA 5HRNA 4PY5A 2A1RA 4QCLA 3NGIA 2GBZA 1D9DA 1IO2A 5C25A 3BGRA 4E7IA 1XWLA 1ASVA 1RTJA 1ZBUA 4CECA 2YNFA 5C42A 3OYIA 1T05A 4W5RA 3ZSYA 3KLEA 1U4BA 3LP1A 4E7JA 4H4MA 5KI6A 3V81A 3MXIA 4Z4IA 3SV3A 4YNQA 1W9HA 3OYDA 3QNOA 2IC3A 3T1AA 4CF9A 4DSLA 5JS2A 1LWCA 2YKNA 4M41A 3IS9A 3LPUA 3ZT2A 2OYQA 2G8IA 1ZYQA 2AJQA 1KVCA 4CGJA 3ISNC 3K5LA 3OYJA 4E7HA 1BIUA 1HQUA 4DS4A 3RRGA 4AHUA 4FJNA 3ZT1A 3HL8A 5T7BA 4BDPA 4CGDA 3P5JA 4FLZA 3MEDA 4N76A 5KTQA 1A5XA 2IDOA 4CJTA 4KFBA 4OKJA 4DS5A 3CFPA 4OKKA 3G0ZA 2ETJA 2BE2A 2YNHA 2IGIA 1RBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OVNA 4IOAL 1WSGA 2O4IA 1J9AA 3ID8A 2CGLA 5M1NA 1QSYA 4DR7K 5J2NA 4U67L 4DV1K 4DU1A 2P51A 2O8DB 3VOVA 4DV5K 3T1HK 5AR0A 4BDZA 3C94A 4DFJA 2GELA 1EP4A 3O9QA 4C8LA 2E2QA 2GEMA 1SZ2A 3OTOK 3SUQA 4MLHA 2GX9A 2QXLA 3MN6A 4DSIA 3O4WA 2QI2A 4DV7K 4PKHA 4DTXA 1W0HA 3AVLA 2HNDA 4DQQA 4JRPA 3LANA 2XRIA 2KTQA 4CJ3A 5ADXA 1VQPN 3C6HA 1RDCA 3AAQA 2UXCK 5AQTA 1JLBA 3SMSA 3A5LC 1WNSA 4H0TB 4U7BA 1P8ZA 2O8CB 3V1OA 3OYNA 4BRGA 4DR3K 5AQSA 4JLHA 2EX3A 5M1KA 4DFMA 1K8KB 1GLBG 4CJ7A 1GLEG 3I56N 1TYQA 5CZ1A 4KI4A 2G8WA 4F2SA 1HNWK 1BUPA 3NH1A 1VQ7N 4DLGA 4YOUA 3NAEA 4DV6K 4ZTFA 2E2NA 4DUZK 3BF3A 4KBOA 1NGIA 5CR4A 2Z1IA 1WBBA 4H5VA 4Z4CA 3AA2A 2Y1JA 4E3SA 4BQZA 4CK1A 3Q7CA 4RG8A 1EXQA 3ITHA 4CD1A 4KKOA 3OYKA 4CGIA 3J7YP 3CIPA 4HCCA 4JI2K 1SAZA 3RMAA 1Q9XA 4OPKA 5C24A 4DCHA 4W5NA 1RBRA 3PY8A 1J5OA 1Z25A 2HBKA 1LWFA 1RFQA 4DSEA 4PL7A 1TK5A 4BG9A 3OHRA 3B6OA 1RBSA 2HNYA 4M3ZA 3SZ2A 5AQNA 4X64K 1IKYA 3OYHA 5CZ2A 4CF1A 3OYMA 1VSMA 2QKKA 2NLXA 4CHOA 2HVHA 2D0OA 4NLCA 3PSFA 2YHBA 5C2FA 4M3WA 2E1ZA 4NO7A 2G8FA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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