The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
115
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structure length |
115
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Translation
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| molecule keywords |
30S ribosomal protein S2
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| publication title |
Inhibition of translation initiation complex formation by GE81112 unravels a 16S rRNA structural switch involved in P-site decoding.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
25
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-03-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4K0K K; 4X64 K; 5BR8 K; 4DV2 K; 4LF6 K; 1XMO K; 1J5E K; 4KHP K; 1I94 K; 4GKJ K; 4JI4 K; 4DR4 K; 4DR7 K; 4DV1 K; 4JI1 K; 1IBK K; 4AQY K; 4JI3 K; 2ZM6 K; 1XNR K; 5LL6 Z; 3J81 O; 4B3M K; 4LFB K; 3JAM O; 2HHH K; 1FJG K; 5IWA K; 4V19 S; 4CW7 B; 3J7A P; 1N36 K; 4DUZ K; 2F4V K; 3J7Y P; 4JI2 K; 4DV5 K; 4JI5 K; 3J80 O; 4GKK K; 4YHH K; 4JI8 K; 4DV6 K; 4B3R K; 4NXM K; 4DV7 K; 4DR5 K; 4LF5 K; 3OTO K; 4B3T K; 4YY3 K; 1XNQ K; 2E5L K; 4LF7 K; 5LMU K; 4DV0 K; 4X62 K; 4X65 K; 4DR6 K; 4X66 K; 4B3S K; 5IT9 O; 1IBM K; 2UUA K; 4JYA K; 4OX9 K; 2UXD K; 1IBL K; 2UUB K; 2VQE K; 2UU9 K; 1HR0 K; 2UUC K; 4JI0 K; 5A2Q O; 1N34 K; 4LF9 K; 3T1H K; 4LF4 K; 4DV3 K; 4LFA K; 4LFC K; 4LF8 K; 1XMQ K; 4DR3 K; 5FLX O; 4DUY K; 1N33 K; 5LMN K; 4JI6 K; 3T1Y K; 4DV4 K; 1HNW K; 2VQF K; 1HNZ K; 4CVN E; 2UXB K; 4DR2 K; 4JI7 K; 2UXC K; 4NXN K; 1HNX K; 1N32 K; 4JV5 K; 4DR1 K; 5AJ3 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WLJ A; 2HMP A; 4K41 A; 1KQS M; 4YFU A; 1I94 K; 4FLZ A; 2Q0U A; 4CEQ A; 3S9H A; 4DV1 K; 2ZGZ A; 3OYI A; 3T1A A; 4KHN A; 5KRT A; 2GV9 A; 1QE1 A; 2GUI A; 5BN9 A; 5AQZ A; 1EX4 A; 4EP4 A; 1RT6 A; 3MK6 A; 4BRG A; 1HJR A; 3VA3 A; 2ASM A; 1KAZ A; 3JAM O; 4E7L A; 1RIL A; 1BL3 A; 4FW1 A; 1NKC A; 3RR8 A; 1W0H A; 2FXU A; 1C0F A; 2QWN A; 3M8Q A; 2O8C A; 2F4V K; 4UQG A; 3RTV A; 1KXP A; 2YHX A; 2W41 A; 2G8H A; 2NRR A; 4DWI A; 2VG6 A; 2HNY A; 3OW2 M; 2A1R A; 1FW6 A; 3AAP A; 4NXM K; 2E2Q A; 3ALY A; 1QHT A; 3AVG A; 5HBM A; 4FM0 A; 4W5N A; 2RE2 A; 1SKR A; 3AY9 A; 4OPA A; 3SMP A; 5ADX A; 3T19 A; 5CZ1 A; 3HJF A; 4A2B A; 3RSE A; 4PA1 A; 3H08 A; 1YHQ N; 3NF6 A; 4IEI A; 2F9T A; 1LWE A; 3RMC A; 1C0U A; 5BRE A; 3TTD A; 4RW4 A; 3VEW A; 3KLH A; 3VEV A; 3WXI A; 4DSF A; 2P9I B; 1S72 N; 4DQP A; 1IKV A; 3TAG A; 1NK8 A; 4KI4 A; 5TKY A; 5JVH L; 4FJN A; 2D0A A; 1QZ5 A; 5BN8 A; 4GW6 A; 3G6E N; 2E2P A; 4BG9 A; 1J6Z A; 3EEQ A; 1TV6 A; 4B9M A; 1KSP A; 3MEE A; 4IOX A; 3S3M A; 2CGL A; 2YHY A; 3CCQ N; 4OLB A; 5C10 A; 5E41 A; 1LWF A; 1P90 A; 4HWI A; 4C23 A; 3CC7 N; 3TAQ A; 3HP6 A; 4DV4 K; 4DFM A; 4BE2 A; 3D0P A; 5AQP A; 4NO7 A; 1HKG A; 1ZBU A; 3VF6 A; 1E4F T; 4BRN A; 4B1W B; 4CF1 A; 4AIL C; 3MEG A; 3WXL A; 1Z26 A; 1VQM N; 4H03 B; 1RBS A; 1QSL A; 4H0O A; 2V7Y A; 3NHG A; 3OYD A; 4DU4 A; 4ISE A; 3ZSO A; 1W7A A; 4PQU A; 3F9K A; 4JI4 K; 2E4L A; 3ZSZ A; 1YTA A; 3VTI A; 3RMA A; 5LJV A; 4FK0 A; 2GEL A; 2HVH A; 3QLH A; 3L8B A; 3ZET B; 4O5B A; 1MDU B; 3S3N A; 3EY1 A; 1SQK A; 5HRO A; 4M3R A; 3ULE A; 3PO5 A; 2NNW A; 1RTJ A; 4YDU A; 4CEF A; 1VQ4 N; 4DTS A; 4U7B A; 4BR4 A; 3J7Y P; 1WAF A; 3UKU A; 4CJV A; 4G9Z A; 4KRF A; 2QXF A; 3V9X A; 4BRE A; 1T6D A; 4IOC L; 1VSI A; 4HVJ A; 2F8T A; 3QBX A; 1Q81 O; 2YNF A; 4E1M A; 3DMJ A; 4CZH A; 1BDG A; 3ULD A; 5C2D A; 3EE8 A; 5AQF A; 1X9M A; 4J2E A; 4YY3 K; 4DLE A; 1WSE A; 1CZA N; 5CR4 A; 2Q97 A; 1Q86 O; 1NLV A; 1G15 A; 4B1X B; 3C7N B; 1RDU A; 4GMJ B; 4B08 A; 4CEA A; 2I7P A; 3G25 A; 2P9K A; 1BOT O; 3OYG A; 3CJB A; 5FRM A; 2IAJ A; 3CCS N; 2Z1I A; 3VGM A; 3NCI A; 3GE1 A; 4JI0 K; 4F2R A; 3DJC A; 3CI5 A; 3LP3 A; 4LF4 K; 3C6H A; 4DV3 K; 3V6D A; 2A41 A; 4FLX A; 1NJZ A; 1S6P A; 4OO1 J; 2P9L B; 4B9V A; 4W5T A; 5BRF A; 4DR3 K; 1HYV A; 4EHU A; 4N47 A; 1TAU A; 4DCH A; 3T1Y K; 3LM9 A; 3Q7C A; 1JCE A; 3KLF A; 1NM1 A; 2YJF A; 2OPR A; 1XI1 A; 2NRH A; 3OA9 A; 3MN9 A; 4W5R A; 4JN4 A; 4CHO A; 2HHS A; 3D6R A; 1Q18 A; 3M1F A; 3ENH A; 3SUP A; 3AGK A; 1VQ8 N; 4ILH A; 2OYQ A; 1YAG A; 3FZM A; 4IKF A; 3L4Q A; 3CFR A; 1RBT A; 2YI1 A; 4GKJ K; 2JGU A; 4G1Q A; 3KD5 E; 3O6W A; 2DTU A; 4CJR A; 3VA0 A; 1B9F A; 3VEO A; 5CYQ A; 1YUW A; 3SBG A; 5D3G A; 4FLT A; 3O08 A; 3J81 O; 1L5U A; 4IOA L; 3V81 A; 4B1Z A; 1HNI A; 3UKR A; 5JLH A; 4CW7 B; 3J7A P; 1DTT A; 2IS3 A; 3LPT A; 4JKG A; 2QKK A; 2D0O A; 2O4G A; 3LDO A; 3U8X A; 4M3U A; 1J53 A; 1SAZ A; 1JLG A; 3PY8 A; 4I9Q A; 4DR5 K; 2NRW A; 4XH5 A; 2JWK A; 4NLC A; 3O1B A; 4CES A; 3OBW A; 1R0A A; 5C15 A; 4LF7 K; 3ZYY X; 1K8K B; 3MCP A; 3TAP A; 3H3N O; 3QES A; 4DG1 A; 1GLE G; 3CQ8 A; 2V51 B; 2G8I A; 4A57 A; 2HF4 A; 4MDA A; 5H1S Q; 4C8O A; 1C1A A; 4EP5 A; 4R79 A; 4M7Y A; 3VF4 A; 3HO1 A; 3OYL A; 3FZH A; 2RHK A; 4DTU A; 3HSC A; 2WFB A; 3AO4 A; 1OKJ A; 3LP1 A; 3G71 N; 4HTU A; 4KB1 A; 4FJ8 A; 4KHW A; 3QEI A; 5J1E A; 4CCH A; 3BGR A; 2PAV A; 3PIO L; 3AA3 A; 4M45 A; 2P9U B; 4FM1 A; 3LAL A; 2XO7 A; 3LP2 A; 4YOY A; 4MLE A; 2QM1 A; 4BRD A; 4E1J A; 5AQS A; 3BEX A; 3P31 A; 3QER A; 1WAJ A; 3SQ2 A; 4CIF A; 3A2F A; 4FLY A; 1Z05 A; 3BP8 A; 2RF2 A; 3CCE N; 5C25 A; 2BAN A; 3P1G A; 3AVN A; 3NDK A; 3DAW A; 3CF5 L; 3AA2 A; 1TYQ A; 4FLU A; 1YF5 L; 3THW A; 3THX B; 1NJX A; 1EWQ A; 1VRT A; 2P9S A; 3G4S N; 5DM7 L; 2D5R A; 2XY8 A; 1WSF A; 3LPU A; 2I7N A; 4KHP K; 2V7Z A; 4CFD A; 2PZS A; 4M3Y A; 4JKH A; 1RBR A; 1ZBL A; 3KHY A; 4N5S A; 1IBK K; 4I9L A; 1E4G T; 4AQY K; 4DS5 A; 3VMF B; 5EU7 A; 1XQS C; 4XIU A; 3PSF A; 4DSL A; 2GBZ A; 4H0Y B; 1JLF A; 5AZI A; 5IWA K; 4JLH A; 4KHU A; 5AQG A; 3BUZ B; 1RT3 A; 4FWS A; 3C95 A; 5HRN A; 4JHD B; 1ZBI A; 1BCM A; 3CJC A; 1LAW A; 1RDA A; 4CE9 A; 4K43 A; 2QEX N; 4DB3 A; 4CK2 A; 4FVM A; 4OGE A; 3DXK A; 3MAQ A; 2X74 A; 1VQK N; 4E7K A; 3IUC A; 4KH5 A; 4AH9 A; 4FPB A; 1HQE A; 3K58 A; 3VQ8 A; 2VWJ A; 5J2P A; 3P38 A; 1IBL K; 2IC3 A; 3QIP A; 2UUB K; 3JSM A; 2OZS A; 4DKW A; 1NJW A; 3FFK B; 3QB0 A; 4E89 A; 3EZ5 A; 4BDY A; 1T3V A; 2V52 B; 2P1J A; 4B9N A; 1IV0 A; 4DTJ A; 3SZ2 A; 4PL7 A; 3IAY A; 4JD2 A; 3K0S A; 2OCE A; 3O4Q A; 5C42 A; 1S22 A; 3SJJ A; 3VGL A; 3KTQ A; 4QS9 A; 4JS5 A; 3LP0 A; 3VES A; 2O8C B; 3H3O B; 3IFR A; 5JS2 A; 1SUQ A; 4H8K A; 2B4J A; 5JS1 A; 4FWL A; 2FSK A; 4C8M A; 3HZ6 A; 4DFK A; 4BAC A; 5KPR A; 5HOO A; 2EX3 A; 4CF2 A; 2IVO A; 1XC3 A; 2ZE2 A; 5E26 A; 4B3O A; 3H45 C; 3TAR A; 4KAZ A; 1LW2 A; 3PUF A; 5AQW A; 1TKZ A; 1IJJ A; 4CZJ A; 1ASU A; 3O80 A; 4IFY A; 4Z4H A; 3M8R A; 3ZSR A; 1JLC A; 2RPI A; 2P5G A; 5AFU A; 4J2A A; 4WQ4 A; 5AQQ A; 2IGI A; 3T69 A; 3KJV A; 4FWP A; 4LH4 A; 3P39 A; 3E9P A; 4BG8 A; 3QIC A; 3GBT A; 3HL8 A; 3SAF A; 1VQN N; 4B3R K; 3QFP A; 4JNE A; 4CJS A; 4BWM A; 4CJ5 A; 4CJ3 A; 3K59 A; 4IBN A; 1T8E A; 5BPL A; 3AO2 A; 5EXW A; 3P83 D; 1BG3 A; 4CIG A; 1CLQ A; 4AHC A; 2P9N A; 2HHX A; 1GLC G; 3HOS A; 3C6A A; 4K8X A; 1KD1 O; 1D4X A; 1VAZ A; 4RWT A; 4WFN L; 4B3S K; 4HTL A; 1EO1 A; 3S3O A; 2IOC A; 4JYA K; 1SL0 A; 4CHN A; 2O8D A; 1C0M A; 3FGU A; 3PSI A; 2ZF5 O; 4FJX A; 3DLR A; 4BRA A; 1RNH A; 4AHR A; 3KIO A; 4CK3 A; 2E2N A; 3MN6 A; 2XY6 A; 3DLH A; 4E3S A; 4PL8 A; 2HBM A; 3UE5 A; 3EO3 A; 4KTW A; 2XHB A; 3VQ5 A; 3QBW A; 4Z4G A; 5FRO A; 2GWK A; 2FBY A; 4XH1 A; 3LDS A; 4EIA A; 2GEM A; 1N33 K; 3VQP A; 1NK6 A; 1WOQ A; 1LCU A; 3ULE B; 1SL2 A; 1YT3 A; 3J8A A; 3ID6 A; 4I6M A; 4IEE A; 2QK9 A; 4IO9 L; 3UKU B; 2BUP A; 3HP9 A; 3SV3 A; 3AVC A; 2ATQ A; 4F3O A; 4WF9 L; 1M90 O; 1HNX K; 4N41 A; 4FWR A; 2W6K A; 4JHD A; 3TSU A; 1K8A O; 1UOC A; 1QQO A; 3I56 N; 4K0K K; 2YNI A; 2WON A; 4FL9 A; 1SV5 A; 4MO5 A; 4JI1 K; 2HF3 A; 4O8K A; 2P9K B; 1JL2 A; 3THY B; 3SJH A; 3AVK A; 1YI2 N; 1U6Z A; 2DFF A; 1RBV A; 4NYN A; 5FPM A; 1SL1 A; 3A0I X; 1B92 A; 4CFC A; 5GIP A; 1RDD A; 1FJG K; 3ZT0 A; 3BZC A; 1JLQ A; 4CGG A; 4AM6 A; 1OVQ A; 1FKP A; 4LY7 A; 2HND A; 3HPG A; 2P9P A; 4FJH A; 1RT4 A; 4BC5 A; 4F2S A; 1JLE A; 1RDW X; 3DWL A; 4IDH A; 1VSL A; 3TAB A; 4PY5 A; 4YNQ A; 1U04 A; 5AQU A; 1BIS A; 1U48 A; 1EKE A; 1KRP A; 4IO8 A; 2YKN A; 3NF8 A; 3PX0 A; 4FJM A; 3E9L A; 1X3N A; 4DQQ A; 4CHZ A; 3HM8 A; 5KI6 A; 4QS7 A; 3OYB A; 1TUY A; 2Q2R A; 5HRP A; 4RW7 A; 5HL7 L; 4H5V A; 1Q7Y O; 3WXJ A; 5ADX H; 1X9S A; 4FWO A; 2VGN A; 3NVK A; 2UUC K; 2HBJ A; 1QTM A; 2HW3 A; 3FFI A; 3RVC A; 1N34 K; 2QI2 A; 2QWP A; 4GV6 A; 3R9P A; 1TGO A; 4CZE A; 3SPZ A; 1NGH A; 2G8V A; 1TL1 A; 5I3U A; 3CJ7 A; 1GLJ O; 3A5M C; 3K5M A; 4DUY K; 3QIO A; 4KH4 A; 3AVJ A; 3HPO A; 4DTR A; 1O1W A; 3UKR B; 1KVA A; 1ZBS A; 2VQF K; 1HNZ K; 4KB0 A; 3IG1 A; 1C1C A; 1HMV A; 2NRZ A; 4F8R A; 1ASW A; 4JKG B; 4CF8 A; 4JI7 K; 5C0Y A; 4HUF A; 2XRI A; 5BRH A; 1BIU A; 4NLB A; 1WSJ A; 3D7E O; 2HHW A; 3AV9 A; 2YX6 A; 3MX2 A; 3CJA A; 3CFP A; 1S5J A; 3MN5 A; 3OYA A; 3O8M A; 1VQO N; 1S9G A; 4QCL A; 4IJA A; 2CH5 A; 4HUG A; 3QNN A; 5LJW A; 1WNS A; 3VQ6 A; 1T03 A; 4H0T B; 1FXX A; 3KZB A; 3GDQ A; 4BR7 A; 3K5N A; 1BU6 O; 1TL3 A; 1ZXO A; 4B8C A; 3ZX2 A; 4B8A B; 2HHH K; 5SZT A; 2PYL A; 1YXQ A; 4DF8 A; 3K9J A; 4KBO A; 4H0V B; 2HNZ A; 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1NJI O; 1Q82 O; 3J7Z O; 1KC8 O; 5LL6 Z; 5GIN A; 1Q9Y A; 4CGD A; 3OS1 A; 4FWK A; 3TTC A; 1IG8 A; 3B6P A; 3ID8 A; 4DUZ K; 4GVE A; 2BDP A; 3CER A; 4FZZ A; 2E88 A; 1ZBF A; 3E01 A; 3PV8 A; 2CGK A; 2QA4 N; 3OVN A; 3AAQ A; 4JD2 B; 2WBN A; 3UB5 A; 3Q7B A; 1X9J A; 1N8R O; 4OKE A; 3VF2 A; 1HNV A; 4XEI A; 4FZX C; 2AP1 A; 4CBW A; 4RCH A; 2J4R A; 1TAQ A; 4DMN A; 2HHT A; 1KVC A; 4UY8 O; 1ASV A; 2KFN A; 2EHG A; 1C1B A; 3ZSV A; 1BUP A; 4AHV A; 2Z1H A; 1A5V A; 4ZHR A; 4BRQ A; 4KH6 A; 5M1P A; 3L4I A; 3L3U A; 4FK4 A; 2XY5 A; 3PIP L; 3I0S A; 3HPH A; 1VSF A; 4YOX A; 3MEC A; 3SQ0 A; 4YOR A; 3VQC A; 3ASM A; 1XHZ A; 3QIN A; 2FF3 B; 4Z4C A; 3MN7 A; 3CXC M; 4CI6 A; 4CIE A; 2B5J A; 3C94 A; 4O44 A; 4L3Q A; 4KPY A; 3O1W A; 4BDZ A; 2VWK A; 4MFB A; 4LC9 B; 1RT5 A; 3W0L A; 1NGE A; 4JKC A; 3AVM A; 3WNF A; 4AHT A; 4DQ8 A; 2O8F A; 4E0D A; 4BRP A; 3OS0 A; 3SK3 A; 4CZL A; 3CMA N; 5GAD P; 1T7P A; 1HRH A; 3UIQ A; 3BY5 A; 3NGZ A; 2D0B A; 3EN9 A; 2QWM A; 2P51 A; 3ZSQ A; 3K2P A; 3O3G A; 4GV3 A; 1A5W A; 2P9N B; 4H0P A; 1I3A A; 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