4CESA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cesA00
3AVCA 3TAEA 3SQ2A 4FJIA 1LW0A 4B8CA 1U04A 4W5NA 1BCOA 1BIZA 4HUGA 3MEDA 1S1TA 1EKEA 1IKVA 5I3UA 3ZT2A 1KVAA 3CG7A 3V9ZA 1SUQA 5C42A 2W42A 3V9UA 3CFRA 3QEIA 4F4KA 4CJVA 3EZ5A 3THVA 4DSKA 3DLBA 1DTQA 3K5LA 2P1JA 3NCIA 3IRXA 2HNZA 1RBTA 3L2RA 2XY8A 1TAQA 4CF9A 3DOKA 3ZSYA 1Z26A 1R0AA 2BE2A 4R5PA 3TAFA 3SUPA 4KHNA 5J2QA 1BQNA 4ZTFA 3NF6A 4LY7A 3ZSXA 3OYLA 3TAGA 1JLEA 3TABA 1KSPA 1BQMA 1HRHA 4CGGA 2I5JA 3DRSA 4CGFA 4FLWA 3QNNA 2QKKA 1KVBA 3UIQA 5KTQA 4FJNA 2YHAA 2G8UA 1BI4B 4CJPA 3DRPA 4FLVA 5CZ1A 3IAYA 1CZ9A 2Z1IA 1NK7A 5JS1A 1SV5A 3OYBA 1TK5A 4F8RA 1XHZA 3BDPA 1ZBLA 1F21A 1VSKA 3QEPA 4CJ3A 3PO5A 1RBRA 3HVTA 4GW6A 1YT3A 3QLHA 4CERA 4KTWA 4IG3A 5FRMA 4Q5VA 2LSNA 2B6AA 3LAMA 5SZTA 4ID5A 3DLRA 4CHNA 4B9UA 1RT4A 4FLXA 3NGYA 1EX4A 1D9DA 4FZYA 4W5OA 2G8FA 4ZTJA 3NF7A 3ZSQA 4CEBA 3QESA 3KIOA 3VQCA 4AH9A 4FJGA 1VRUA 1WSEA 3ZT3A 4BDZA 3IS9A 4CJQA 4CF8A 1U45A 1YTUA 4ELUA 2D0BA 2VG5A 3AVNA 4RW6A 4TSXA 2QK9A 4HVJA 3VQDA 1VSEA 4OGCA 2IC3A 3EY1A 3S3MA 3AVFA 3DLKA 4B08A 2PYJA 2ZE2A 2DY4A 5HP1A 1FKOA 3D45A 1IG9A 3LDSA 2HVIA 3HP6A 3AVIA 2G8HA 4JS5A 4Z4HA 1RCHA 1J53A 4DMNA 2Q3SA 2ITGA 1TKTA 4OKJA 4FM0A 1TAUA 3O3FA 3SPZA 4CEDA 1FK9A 3NDKA 1VSDA 3VQ7A 4MFBA 3TAPA 5HLFA 2OPRA 1I3AA 2YHBA 1RT2A 5J1EA 4BE1A 4F3TA 4W5QA 2IAJA 1NK4A 3DM2A 4CHQA 1TK0A 4KRFA 1NK9A 2KFZA 3AA2A 1S1XA 3I0RA 3M8QA 3SQ4A 2DFEA 4LSNA 3ZSZA 4UQGA 4DQRA 4NCAA 1S9EA 4IDKA 4AHCA 3CM5A 4O44A 4W5RA 3WNEA 4M3TA 4IKFA 1Z25A 2F96A 4FJ7A 1FXXA 2E6LA 3LANA 2Y1JA 4O0JA 1X1PA 1WN7A 3LP0A 2QKBA 3DLEA 3HJFA 4EP4A 4E7LA 3AVKA 3QERA 4Y1DA 3MXIA 1ZYQA 4CEEA 3KTQA 2OA8A 4DS4A 1TV6A 3RWUA 2D0AA 4JLHA 2NUBA 2BANA 2HHSA 1TL3A 4E7JA 4N5SA 2KW4A 3HVRA 1RILA 5J2PA 4DQPA 4K8XA 2IDOA 4DSJA 4E19A 4CGIA 3AVBA 3WNGA 3OJUA 3I8DA 2OPSA 4Z4CA 1CXQA 4H8KA 2XY7A 1S6QA 3TAMA 1JL1A 3V1OA 1SL0A 1VSLA 4FLYA 4NCBA 1NK0A 4RW8A 1TKZA 1TKXA 4AHRA 2YNHA 5SWMA 3CQ8A 1DTTA 1U47A 3ZSOA 1WAJA 4KV8A 2B5JA 3S9HA 4PUOA 1RDCA 3KK3A 4K8ZA 4KHWA 1X9MA 1CXUA 3RR7A 2PY5A 1QSSA 3NGZA 5FROA 2YKMA 3HYFA 1BL3A 3AVHA 1WSHA 3VQPA 3NF8A 3VQ8A 4CECA 1RTHA 1MU2A 4CJEA 4KFBA 1QQCA 2R7YA 2YNGA 3ZSRA 2EHGA 3KKSA 4CHOA 1RDBA 4KHYA 1LWEA 1RTDA 1J5OA 3OYHA 1GOCA 3DYAA 4DQIA 4N41A 2YV0X 3E01A 4GVMA 1X9WA 2WONA 4RW7A 4FJ5A 4IFYA 1NKEA 3KD5E 4QOZB 3F9KA 4E7KA 3RMAA 3KKRA 3DLHA 5HRNA 1RT5A 2O4GA 3OYEA 1RBVA 4CIGA 5C25A 5KGXA 3T3FA 4MQ3A 5CZ2A 3K59A 4DU1A 1IKWA 3OYKA 4DTJA 4DSLA 2DTUA 1HNVA 3RMBA 4FK0A 4OJRA 1JLFA 1A5VA 4EZ9A 4FYDA 3O4NA 4Z0UA 4HUFA 4JRPA 4FCYA 4CESA 2YNFA 3D0PA 1BIUA 3LP2A 4Z4EA 3ALYA 1W0HA 3DMJA 1NOZA 2PZSA 3AVAA 4DTPA 5KRSA 4M3WA 4OPKA 3AO3A 2HHUA 4LSLA 3HPGA 1T03A 1L3VA 4B3OA 3P1GA 4HCBA 2FBTA 1BGXT 4HTUA 3RR8A 1QSYA 1RT3A 2GBZA 4FLZA 3RRHA 3S3NA 3CFPA 1QTMA 4I9QA 3HP9A 2HVHA 4LD0A 3V9WA 2XRIA 3BGRA 3SUQA 4N47A 2ETJA 2HMIA 4QAGA 4KB1A 1DLOA 4O0IA 3VQEA 3VQAA 1VSIA 3OY9A 1HYVA 1XI1A 3QNOA 2HB5A 2OYQA 1BCMA 2IGIA 3KLHA 3KK2A 2DFFA 4F2SA 3OYFA 4BDYA 1KRPA 2KQ2A 4DFJA 2G8IA 2RKIA 1UA0A 1LWFA 4CJWA 1C0TA 3TWHA 1XC9A 1VSHA 2B4JA 1N5YA 1NOYA 2A1SA 4FJLA 1D9FA 4DU4A 2KFNA 4PQUA 3MEEA 1YVUA 2ZQBA 2GUIA 3DOLA 4KKOA 3ZSVA 4CJFA 3JSMA 3QEXA 3V6DA 1LWCA 1G15A 3LZJA 3M8RA 4DSEA 5KRTA 3V9SA 1VRTA 2P5OA 4J2DA 1NKBA 3JYTA 1A5XA 1VSFA 2VG7A 3CYMA 3LP3A 4KO0A 4OKKA 3TI0A 4HHTA 1JL2A 1RBUA 4CK1A 3L8BA 1NK6A 4FJKA 1IH7A 3DLGA 3S3OA 2PYLA 4FJXA 2KTQA 1U48A 3B6OA 3OYJA 3PY8A 2RF2A 2HHTA 1Q9YA 4KI6A 5HRPA 3L2VA 1C1AA 3V1QA 1JLGA 4CHYA 4KPYA 1GOAA 3VQQA 3AO4A 3AVGA 1CZBA 3L2QA 1HYSA 1NK8A 1TKDA 1C6VA 4C8NA 4GMJB 3HM9A 3VA0A 3I0SA 2HHWA 1RT6A 5CYMA 4I2QA 4NYNA 2XY5A 4FJ8A 4E7HA 4F3OA 4KI4A 4Z4IA 5DK5A 4BACA 2XO7A 4M45A 3MECA 4O4GA 4OPJA 4ID1A 4CJKA 1ASWA 3ZSWA 3SUOA 1EETA 1QE1A 4O5BA 3PX6A 1GOBA 3LAKA 3AO5A 4CHPA 5HRRA 3V81A 4EZ6A 3NHGA 4E1MA 4FM2A 1X9SA 1D8YA 2GV9A 4AILC 1SKSA 1C0MA 4HCCA 3L3VA 2G8VA 3PX4A 4RG8A 4DLEA 3KLFA 1HNIA 3VQBA 3NBPA 4IG0A 4CEQA 3RMCA 3SJJA 4QCLA 4AHVA 3H08A 4BWJA 5T7BA 1KLNA 4C8MA 3SCXA 4G1QA 1HQEA 5KGWA 3VQ9A 4CFAA 2A1RA 1SL1A 1TK8A 4FW1A 4OKEA 3SPYA 3ITHA 1C1BA 3U6FA 4DWIA 3CFOA 2YNIA 4FW2A 2X6SA 3V1RA 3L2WA 5HROA 4CJTA 4C8LA 4CF1A 4C8OA 1RBSA 3KK1A 1SL2A 3SI6A 1IKYA 1KFSA 3VQ5A 3O3HA 4KHSA 1S1VA 4M3RA 4KTZA 3K57A 1ITGA 3CM6A 2RN2A 1NJYA 2YKNA 3TAQA 4M3YA 4KREA 3AA5X 3C6UA 4I2PA 3QIOA 4Y1CA 4CEAA 1KLMA 4ZHRA 3K5NA 3AVLA 3C95A 4IBNA 4C8KA 2VWJA 3SV4A 1JXBA 1RDDA 1HMVA 2FBYA 4W5TA 4CK2A 3PUFA 2BDPA 2D0CA 3HPHA 3NGIA 4DF8A 2F8TA 4FLTA 4O55A 1Y97A 4E7IA 5HRSA 1UWBA 4CJ5A 3MXMA 4L8RB 3EYZA 1S5JA 3NF9A 3QETA 1BISA 5E41A 1B9FA 1RTIA 3M8SA 3OS0A 2EX3A 1NKCA 2G8KA 2FC0A 3WNFA 3F73A 3K5MA 4FK2A 3FFIA 3P83D 5HBMA 3LPUA 4E89A 5J2NA 3U3GA 3HXMA 4I9LA 5K14A 3LWLA 1J9AA 1S9GA 1D5AA 1B9DA 2P51A 2VWKA 3ISNC 4DTRA 4IFVA 4WE1A 5KI6A 3VQ6A 3QEVA 4DG1A 3LALA 1HYZA 3LPTA 1RT7A 2X74A 5DMRA 3B6PA 5C24A 3OS2A 4BWMA 3SQ1A 1JLQA 1Q8IA 1TGOA 3AV9A 4LH5A 3NH2A 4FZZA 4CJSA 4FJMA 4OVLA 2OPQA 4B9SA 4J2AA 3AVJA 4KHUA 2DFHA 4BE0A 4N56A 4Q0BA 3O3GA 4DQQA 1ASVA 3QINA 1JXEA 1NJXA 1EP4A 1VK0A 3G10A 3ZT4A 1EXQA 4CE9A 4OLBA 4DTMA 1HQUA 4H4OA 4CJRA 2ATQA 3HPOA 1C0UA 4NCGA 4B9LA 4DTUA 1BHLA 2JGUA 4CJLA 3LWMA 1J54A 4B9TA 4CFBA 3C6TA 1YTAA 3C94A 3RTVA 4CGJA 2HNYA 3SV3A 3QO9A 3OJSA 4Z4GA 4PWDA 1U4BA 3OS1A 1QS4A 2E6MA 4CEFA 1L3TA 3NFAA 1SKRA 4M3ZA 3OYDA 4CGDA 2RPIA 3ZT0A 1TL1A 3AA3A 2Z1HA 1C1CA 5CY4A 3T19A 3LZIA 4N76A 1L3SA 2JLEA 3SYZA 4BE2A 4M3XA 1JLAA 1RTJA 4RW9A 3K58A 1XWLA 1RDAA 4CIEA 4JS4A 3ZT1A 4Z4FA 3KJVA 1W9HA 3A2FA 3OYAA 3P5JA 1HPZA 1WSIA 1CLQA 3M8PA 4DU3A 3HSTB 4DFKA 1WAFA 1ZBUA 2D5RA 3DI6A 1S6PA 3OVNA 5J2MA 2WOMA 1KCFA 1RNHA 2F8SA 3KLEA 1JKHA 4B9MA 4J2EA 4AHSA 3NE6A 2P5GA 3V9XA 4YNQA 2HNDA 4E3SA 5FDLA 2XHBA 1VSJA 1NK5A 1U49A 4DTXA 2OPPA 3T1AA 4DSIA 1L3UA 4FVMA 3U3YA 1LW2A 1WSGA 4CEZA 4B8AB 3TARA 4FXDA 1I39A 4RW4A 4FJJA 3HT3A 4DQSA 1QSLA 2QXFA 4CF2A 4ELVA 4YFUA 2HW3A 1O1WA 2KZZA 4LH4A 2IS3A 1ZBIA 1L5UA 2X78A 1Q9XA 1LV5A 4FJHA 3OYMA 1RT1A 4CJ4A 1KVCA 1FKPA 3WNHA 3OYIA 4KHQA 4CHZA 1WLJA 2HHQA 1REVA 2FBVA 4DTNA 1K6YA 1ZBFA 3IG1A 2IOCA 3O4QA 3HL8A 4PY5A 1T7PA 1XHXA 4M3UA 1A5WA 2KZMA 4J2BA 4DTOA 1JLBA 5EU7A 3L2UA 3AO1A 4DFPA 1IO2A 3OYGA 2XY6A 1UAXA 4CCHA 4E0DA 3HK2A 2FBXA 2OZSA 3QIPA 4OGEA 3VQ4A 4B9NA 2Y1IA 1HJRA 3PO4A 4DLGA 4NYFA 4EP5A 1NJZA 3NH0A 1S1WA 3AA4A 1LAVA 3SUNA 3VA3A 2VG6A 2BGGA 4CFCA 4AHTA 4KAZA 4XIUA 4CK3A 3TANA 2Z1JA 3RRGA 3MEGA 4B9VA 4FJ9A 3K5OA 4PA1A 3ULDA 4E1NA 5FRNA 3SQ0A 3NAEA 2Z1GA 3PV8A 3SNNA 3TR8A 1KFDA 4OLAA 3KD1E 1IKXA 1ASUA 1T05A 4FK4A 4ELTA 1LAWA 1WSFA 3PX0A 1NJWA 2HHVA 3MXJA 3VN5A 4ICLA 4DFMA 1N6QA 3V4IA 4DF4A 3L3UA 3OYCA 2HHXA 4DS5A 4FZXC 2O4IA 2E4LA 4HUEA 4BDPA 4M42A 5D3GA 4AHUA 3HO1A 1BI4A 4M41A 3KLGA 4FLUA 1JLCA 4CGHA 3LP1A 3QEWA 3RMDA 3ASMA 1B92A 1WSJA 4KB0A 5I42A 1WNSA 2G8WA 1T8EA 1QHTA 4JRQA 3AVMA 1UOCA 2AJQA 4H4MA 4CIFA 3OYNA 4CJUA 1SKWA 4I7FA 1S1UA 4CF0A 4KTQA 4F2RA 4CFDA 3KLIA 3AO2A 3DRRA 4CEOA 1ZBHA 2ZD1A 1KTQA 1TVRA 1VSMA 2X6NA 3NH1A 2OZMA 1UA1A 4FM1A 3ZCMA 4DSFA 3K2PA 4DTSA 5CYQA 5JS2A 3G0ZA 3MAQA 3SZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OHRA 1LW0A 2W40A 3VEVA 1U04A 4RTFD 1EKEA 4H0TB 3ZT2A 1KVAA 4YHHK 5AQFA 5KQ8A 1KAYA 2GWJA 2HNZA 3WUHA 3L2RA 3CCSN 4YOXA 3CCLN 4KHNA 4R5PA 3SUPA 4ZTFA 3ZSXA 3EEQA 2CGKA 3DRSA 1BUPA 3RSEA 3DRPA 4DV7K 3IAYA 1CZ9A 2Z1IA 3OYBA 1SS6A 1XHZA 1ZBLA 1F21A 1VQON 1LOTB 1VSKA 3PIPL 1YT3A 4IO8A 2V7YA 1VQNN 2HBMA 4ID5A 3DLRA 4CHNA 4FLXA 1D9DA 4BR0A 3VQCA 1U6ZA 1WSEA 4JHDB 2UXDK 3CJ7A 1U45A 3H46O 3VF2A 2D0BA 4RW6A 4HVJA 4H0XB 2GELA 5HL7L 5HP1A 1K8AO 1IG9A 4PHTX 3HP6A 2KKZA 1RCHA 4DMNA 3O9QA 2Q3SA 2VCPA 1JCFA 3O3FA 1VSDA 3QICA 4MFBA 2OPRA 1BWFO 3CC4N 4W5QA 1K8KA 3O4WA 1TK0A 3L4QA 5C10A 4WQ5A 4NCAA 1NGIA 4LSNA 4DQRA 1NGHA 3QB0A 4IDKA 1S22A 3J7AP 2GTDA 4BVOA 1Z25A 4NXMK 5KQDA 2E6LA 2O8DA 3UKUB 4BRMA 3AVKA 3QERA 3KTQA 1VQKN 1TV6A 4CW7B 2D0AA 2NUBA 2BANA 3A5OC 5JICA 4BREA 1DEJA 4PKIA 1NGEA 4DSJA 4E19A 1CXQA 1SL0A 5FPEA 1QQNA 1TKZA 1NM1A 4BRAA 1NGCA 3KK3A 4K8ZA 1CXUA 3C7NB 3RR7A 3NGZA 5FROA 3EE8A 1IG8A 4ILJA 2O8CB 4A59A 2YNGA 3K9JA 4A2BA 2EHGA 3KKSA 4MO5A 1LWEA 4BRCA 4X66K 4DV4K 3DYAA 2ZM6K 4GVMA 3BY5A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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