3AVGA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avgA00
1A5XA 3KD5E 3A2FA 4B8CA 3NAEA 4HHTA 2KZMA 4FJHA 1RTDA 3OYCA 4F2SA 4FK4A 4BE0A 1JLEA 3ZSWA 2XHBA 3HK2A 3TAMA 1KVCA 2ITGA 4N56A 2B6AA 3QEXA 3L2RA 2G8FA 2R7YA 4CGHA 4DSJA 5CY4A 2ATQA 4FJJA 4DSIA 4DF4A 3D45A 2W42A 2HVIA 4OLAA 1C1BA 3DMJA 5DK5A 4B9TA 3VQ4A 3K57A 4XIUA 4CEFA 4FZXC 4BDPA 1NKCA 1SKRA 1NJWA 4DQSA 2X74A 2PZSA 1QS4A 4KFBA 2VG7A 3ITHA 4IKFA 4CJVA 3SZ2A 5FROA 4NYNA 4Z4IA 1RT4A 2DFHA 4NCGA 3VQ9A 1REVA 1U49A 1RT7A 4KB0A 2D0BA 4KV8A 4DTOA 4B9SA 5D3GA 4IDKA 3OS1A 1TKXA 4FLWA 4OVLA 2G8VA 4EZ6A 1HMVA 1D5AA 5JS1A 4RW8A 4DQPA 3OYKA 3NF6A 3AO2A 1BISA 4Y1CA 5SWMA 3S9HA 1IO2A 5FDLA 2DFEA 3WNGA 2RN2A 3VQ7A 3C6TA 4IFYA 1C0UA 4CGIA 3L2WA 3NGIA 3QEIA 3ASMA 2JGUA 1CXUA 3AO3A 3RR7A 2RF2A 4I7FA 3DLEA 4WE1A 1NK5A 2HHTA 1SKSA 3C6UA 1NK0A 4CIFA 4CJFA 1JKHA 3NFAA 3V9XA 1N5YA 4FJXA 3LP2A 3M8PA 2E6MA 4CE9A 4OJRA 4ZHRA 2FC0A 5HRSA 1T05A 4OLBA 3SV3A 1QE1A 3OY9A 3K59A 3QEVA 4FLYA 3VA3A 1DTTA 3WNHA 1UA0A 1VSLA 3NE6A 4DTUA 4KREA 3L3UA 5I42A 2BGGA 3CFOA 4BE2A 3HSTB 4CJWA 1KLMA 4OPKA 4PUOA 3I0RA 2OZSA 3AO5A 3IG1A 3VQ5A 3RWUA 2G8UA 4Z4HA 2E6LA 3CM5A 3NH1A 4KKOA 5C42A 3RMAA 1NOYA 1KSPA 4M3XA 4QOZB 3AVHA 1JLQA 3ZT0A 1Z25A 2IAJA 4CJEA 3SI6A 3KK1A 1U45A 2KTQA 3T1AA 1RBUA 3QIOA 4CK3A 4BDZA 1TKTA 4DFPA 3KTQA 1EKEA 2KQ2A 1LWEA 4F3TA 3RMDA 4M42A 1C0MA 4FM2A 4J2EA 4CJ4A 1EXQA 4E7IA 4IFVA 4DTSA 4E7JA 4Z4GA 4W5QA 4GW6A 4OPJA 3SUPA 3F9KA 4KRFA 3AVAA 3LAMA 4K8XA 2A1RA 1S9EA 3MEEA 3K58A 1TK5A 2OYQA 2DFFA 3L3VA 4I2QA 1NKEA 1RDDA 3ISNC 3AA4A 3QIPA 2O4GA 3LWLA 4NYFA 2VWKA 3P83D 3VN5A 3SPYA 1C1AA 3DLKA 4CF0A 2HMIA 4FW1A 2YV0X 2QKKA 3RMCA 4I9LA 1GOAA 4YFUA 1SKWA 2BDPA 4PY5A 5J2PA 4IG0A 3OYHA 1C1CA 4JLHA 4HTUA 2D0AA 2X6NA 2PY5A 1KVBA 1QQCA 4AHRA 4AHVA 4B08A 5HRNA 2IDOA 2YHAA 4CJTA 3HXMA 5FRMA 3EY1A 5HRRA 4KTWA 1B9DA 4CJLA 4FYDA 1WAFA 3OVNA 4CEAA 1L3UA 1WSFA 3LP1A 3OYJA 5T7BA 3ZSXA 1JXEA 1XWLA 4CJKA 2G8WA 4FJNA 3DLGA 4BWJA 4B9NA 4W5TA 4LSNA 1S6QA 5HBMA 1LV5A 2HHQA 3BGRA 3F73A 2G8HA 3QNOA 3VQQA 4CHPA 1T7PA 4E7HA 4C8NA 3KJVA 1ASWA 1JLFA 2EX3A 2BANA 1RCHA 2FBYA 2Y1JA 4B9VA 1HYVA 3M8RA 3TI0A 2GV9A 3VQEA 4CECA 2PYLA 2RKIA 2ZD1A 1IKWA 1RBTA 3AVCA 3OYBA 3KK2A 4DS4A 4KHUA 1DTQA 2A1SA 2G8KA 1RNHA 5HLFA 4F2RA 3M8QA 3PO5A 4O55A 5C25A 1CZBA 1BIZA 3DOKA 4AHCA 3MXIA 3TANA 3AVKA 1HYSA 3ZSVA 1QSSA 4DQQA 5CZ2A 2E4LA 2RPIA 3WNFA 1C6VA 1ZBFA 1O1WA 4W5OA 3I0SA 3OYGA 3CFPA 3ZT1A 2PYJA 4KTQA 4KHSA 4O0IA 3H08A 2OPQA 4CJRA 3NF8A 2Q3SA 1NOZA 1G15A 3SYZA 3NCIA 3DM2A 3VQDA 3QO9A 1HNVA 2P5OA 4FK2A 2O4IA 5I3UA 3DRRA 4ZTJA 1A5WA 3L2UA 3DLRA 1Q9XA 1XHXA 4B3OA 2WONA 4CHYA 4JS5A 2HNDA 4DU1A 1MU2A 4DWIA 3SUOA 2LSNA 5FRNA 4PWDA 4ICLA 3V1OA 4CFDA 3VQ8A 4FZYA 4KHYA 5HP1A 2FBVA 4OKJA 3HT3A 3UIQA 3LPTA 4MQ3A 4DTNA 5DMRA 4FLXA 1NK4A 1QTMA 2HHSA 1VSJA 3OYFA 3BDPA 5KRTA 4OGEA 5J2NA 1TKZA 1XI1A 1KFDA 4CIEA 3IRXA 1Z26A 3TAFA 4CCHA 4CGGA 1RT3A 3D0PA 4ID1A 4C8OA 4N41A 3S3MA 4CESA 2HHXA 1RBRA 3NGZA 3DRSA 1RBSA 4FM1A 1W9HA 5HRPA 4DTXA 3AA3A 1RT5A 3OYNA 4AHSA 1X9WA 3PV8A 1HYZA 1IH7A 1S1TA 4CGFA 3I8DA 1RT6A 3CM6A 3HJFA 1DLOA 4CJ5A 3OYDA 3LZJA 1IKYA 1EP4A 4Y1DA 4B9LA 2B5JA 3MAQA 3O4NA 2QKBA 2XO7A 3MEDA 4FXDA 3HPOA 1RT2A 4DFJA 5HROA 1WAJA 3OJUA 3TAGA 1S6PA 4FJGA 3V81A 4CIGA 4YNQA 3NH0A 3C95A 1RDCA 2DTUA 4GMJB 1YTUA 1D9FA 1JLCA 1TAUA 3HPGA 3OYMA 1EETA 4RW6A 4DF8A 3KKRA 1ASVA 3NHGA 1S1VA 3AV9A 4I9QA 3EYZA 5SZTA 1VRTA 3KLFA 2Z1JA 3TAPA 4CFCA 3CFRA 3LP0A 3JSMA 3AVMA 1QSYA 2I5JA 4QAGA 4DTJA 4C8LA 1X9MA 3O3FA 5CYMA 1LWCA 4F4KA 1RTIA 1GOCA 3E01A 5CYQA 2YNHA 1VSIA 4FJMA 3L2QA 4KI4A 4LY7A 4L8RB 1KCFA 3ZT4A 4CEEA 1RT1A 2OPSA 4FJ8A 3AVNA 1YTAA 3VQCA 4H4MA 3AVGA 3DYAA 1IKXA 4W5RA 3SPZA 3DI6A 4O5BA 4I2PA 4EP4A 4E0DA 4KB1A 1J53A 3PX6A 4IG3A 3ZSZA 3ZSRA 3WNEA 3TWHA 5K14A 1FXXA 2BE2A 3LANA 1NK7A 4UQGA 2F8SA 4ID5A 1WSIA 4HCBA 3T19A 1D9DA 2YKNA 3HL8A 1VRUA 4CJQA 4CJSA 2XY7A 3ZT2A 3VQAA 3QERA 1S5JA 4O0JA 5KGXA 4GVMA 1LW0A 4M41A 1EX4A 1GOBA 4HCCA 3LDSA 4BDYA 1L3TA 3IAYA 4HUFA 2FBTA 3HP9A 4CEZA 2HB5A 2KFZA 1JXBA 1C0TA 1JLGA 1BCOA 5CZ1A 2JLEA 3HM9A 4AILC 1IG9A 2OA8A 2WOMA 2Z1IA 3SJJA 3B6PA 3LWMA 4M3WA 4ELUA 2X6SA 1L3VA 1RDAA 3RR8A 1S9GA 3DOLA 3QETA 2YKMA 3AVJA 1VK0A 1J54A 1U48A 4FVMA 4JS4A 4DU4A 4KHWA 4O4GA 4CERA 2X78A 1QSLA 2D0CA 2KFNA 3VQBA 4BE1A 4OGCA 4DMNA 4Z4FA 4O44A 4R5PA 4MFBA 3V9SA 4AHTA 1UOCA 3KLIA 1X9SA 3KD1E 3VA0A 4B9MA 1ZBIA 4CHOA 5C24A 4FJ9A 4IBNA 4N47A 3PY8A 3NGYA 4AH9A 4CF8A 1BL3A 4HUEA 4N76A 1U4BA 1KFSA 2B4JA 4FW2A 3K5NA 1CLQA 1KRPA 2IOCA 4RW9A 1FKPA 3O3HA 1HRHA 1WSGA 4KHQA 3QINA 2Y1IA 1ASUA 1HNIA 4CFBA 1YT3A 3G0ZA 4CGJA 3SCXA 1ZBLA 1WSEA 3O3GA 1UWBA 1NJYA 4HUGA 1T03A 3FFIA 4DSLA 2YHBA 3HPHA 2VG5A 1SL1A 4FJIA 2GBZA 1I39A 2HNZA 4DQRA 4E89A 4Q5VA 2D5RA 3OYLA 2P1JA 3HVRA 4ELVA 5E41A 3CG7A 1SL0A 4FLZA 3SQ4A 3SQ1A 4C8KA 2F8TA 1B9FA 3THVA 5KRSA 5J2MA 1BIUA 4W5NA 1F21A 5EU7A 1FK9A 3S3OA 1CZ9A 2P51A 4FZZA 4DG1A 4CJPA 1TV6A 4DFMA 4FJ5A 3AVBA 2YNIA 1RILA 4CHZA 4KO0A 4TSXA 1VSDA 2F96A 4CEBA 4FJLA 4HVJA 1VSHA 4M3TA 3PX4A 5J1EA 1VSKA 2KW4A 3AO1A 3G10A 4CFAA 3RMBA 1TVRA 1Q9YA 1JL2A 3VQ6A 1Y97A 2QK9A 4AHUA 4KHNA 4RW4A 3OS2A 1HPZA 2VWJA 3V9ZA 4CHQA 1HQUA 4QCLA 2QXFA 1RDBA 4E3SA 2DY4A 1WNSA 4E19A 1T8EA 1Q8IA 3KIOA 4Q0BA 3MXMA 3LZIA 4DSFA 3AA2A 4FK0A 1UAXA 3V1QA 1SUQA 4CGDA 3AA5X 4CF2A 1D8YA 4B9UA 4LH5A 1N6QA 3SQ2A 4H4OA 3V9UA 4Z4EA 1QHTA 4KAZA 3SV4A 1ZBHA 4FLVA 1S1WA 3DRPA 3LALA 3VQPA 1U47A 2HHUA 1KTQA 4CEOA 1WSHA 4CK2A 1NK6A 4DSKA 1JL1A 3AVLA 4Z0UA 1RTJA 3RRGA 3OYEA 2XY6A 1BQNA 4NCAA 3K5OA 1S1XA 3NF7A 3AVIA 3MECA 4JRPA 3ZSQA 3V1RA 3V6DA 1L5UA 3C94A 2IS3A 4LSLA 3HYFA 4FCYA 1NK8A 3NDKA 1TK8A 4DTMA 3K2PA 3L2VA 2HNYA 2FBXA 2XY8A 3M8SA 1HQEA 1VSFA 4M3YA 4EZ9A 3HO1A 4E7KA 3V4IA 4E1MA 3CQ8A 3LPUA 4DFKA 4LD0A 1B92A 3V9WA 1S1UA 4JRQA 3TAEA 3EZ5A 1NJZA 4CEDA 1LAVA 4FJ7A 1X1PA 3ZCMA 2XRIA 1TL1A 4RG8A 2AJQA 1VSMA 1TK0A 4J2DA 3KLHA 3NBPA 4F8RA 4OKEA 3ULDA 2Z1HA 1XHZA 1RTHA 3P1GA 1BI4A 1RBVA 2EHGA 3HP6A 4KI6A 3LP3A 4DLGA 4M3RA 4N5SA 3PO4A 3NF9A 4E1NA 3SNNA 1TL3A 4DSEA 3IS9A 1XC9A 3K5MA 4E7LA 2KZZA 5KI6A 3TARA 1LW2A 2GUIA 3DLBA 4CHNA 4ZTFA 1BQMA 1JLAA 3KKSA 3U3GA 4BACA 4NCBA 2HHVA 3QLHA 3OS0A 1IKVA 1U04A 2ZE2A 3ZT3A 2G8IA 1BI4B 4CJ3A 3CYMA 3B6OA 3TABA 1K6YA 2IGIA 2OPPA 3OYAA 3KK3A 3SUNA 3K5LA 3SUQA 1WN7A 3QEPA 3P5JA 3DLHA 1VSEA 2VG6A 5KGWA 5JS2A 3ZSYA 1LWFA 3O4QA 3JYTA 3T3FA 1KLNA 4C8MA 1J9AA 3NH2A 4DS5A 3AO4A 1FKOA 1J5OA 4J2AA 1JLBA 2HVHA 3QNNA 4CEQA 4RW7A 2ETJA 1BHLA 3PUFA 4CJUA 3AVFA 3LAKA 1HJRA 3KLGA 2HHWA 3PX0A 1BCMA 2P5GA 3RRHA 3TR8A 2IC3A 3OJSA 4FJKA 3QEWA 4FLTA 1I3AA 3ZSOA 1LAWA 2YNFA 1YVUA 4EP5A 4Z4CA 3OYIA 3QESA 2HW3A 1ZBUA 4H8KA 4PA1A 4DTRA 3S3NA 4DTPA 1NK9A 4G1QA 4BWMA 4KPYA 4FM0A 2Z1GA 5J2QA 4CF9A 3ALYA 4DU3A 4K8ZA 3SQ0A 4FLUA 1SL2A 1BGXT 3L8BA 1UA1A 1R0AA 3RTVA 4ELTA 5KTQA 1KVAA 1TAQA 2ZQBA 3MEGA 3KLEA 1ZYQA 2OZMA 4M45A 4F3OA 3HVTA 4CF1A 1SV5A 1WSJA 4LH4A 4M3UA 3U3YA 1NJXA 3MXJA 2NUBA 4OKKA 4DQIA 4PQUA 1TKDA 2YNGA 1ITGA 1NKBA 4J2BA 1TGOA 2OPRA 1A5VA 4B8AB 4KTZA 1CXQA 2XY5A 1W0HA 1WLJA 1L3SA 3U6FA 4DLEA 4CK1A 4M3ZA 3TAQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QDKA 4A61A 1A5XA 3KD5E 2F9TA 4HHTA 4H0YB 2FF3B 5AQKA 3OYCA 4YY3K 1QVGM 2XHBA 2IVPA 2G8FA 2B6AA 3QEXA 4CGHA 5CY4A 4DSIA 3D45A 3JS6A 4OLAA 3DMJA 3K57A 5JICA 1C0GA 4BDPA 1OVYA 4E1JA 1SKRA 5I9EB 4WQ5A 2VG7A 5CR4A 4IKFA 4DV5K 4AF1A 1RT4A 2DFHA 4YOXA 3VQ9A 1REVA 2P9KA 4A5BA 3T69A 4B9SA 3T1HK 1TKXA 4FLWA 1TUUA 4MDAA 4EZ6A 1D5AA 4H5RA 5JS1A 3OYKA 1BISA 5SWMA 5AQFA 3P4IA 3S9HA 2QWPA 3DXMA 3UE5A 3CCEN 2DFEA 3ID6A 3H1VX 4IFYA 2JGUA 1M1KO 4I7FA 4WE1A 3DLEA 2GELA 1SKSA 3LDPA 4YOTA 1VQ4N 3EE9A 4FL9A 2QWNA 4CIFA 4CJFA 3VEYA 2O8DB 4FJXA 3ENOA 3R6MA 3H1QA 3M8PA 2E6MA 3U9ZA 4CE9A 4ZHRA 2FC0A 4C1NI 3O9SA 3VA3A 5FPNA 4V19S 4IFEA 4DTUA 2BGGA 5FLXO 4BE2A 3HSTB 3VQ5A 2G8UA 4YOWA 5AQWA 2AA4A 4KKOA 5C42A 4QOZB 3SI6A 3AARA 3QIOA 1C0MA 2QWQA 4E7IA 4LF8K 1YHQN 1XUPO 1K9MO 2QWRA 4FO0A 4B3RK 5F0XA 3CJCA 3FFKB 3A5OC 4WQ4A 4DCHA 5GIOA 5H1SQ 2D0OA 4K8XA 3BY5A 3VENA 2OYQA 4I2QA 5GINA 1NKEA 2HF3A 1IBMK 2O4GA 3LWLA 4WYBA 3CD6N 2VWKA 3VN5A 3SPYA 2F9WA 4CF0A 4FW1A 1HKBA 2O8FA 4PY5A 2UXCK 4K0KK 3FR0A 5BRHA 1C1CA 4HTUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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