2ATQA

Rb69 single-stranded dna binding protein-dna polymerase fusion
Total Genus 223
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
223
sequence length
903
structure length
845
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna binding protein
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure and enzymatic properties of a chimeric bacteriophage RB69 DNA polymerase and single-stranded DNA binding protein with increased processivity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 223
structure length 845
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2atqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2atqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2atqA02
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2atqA03
3QEPA 3ULDA 3QERA 1NK7A 1TK5A 4FYDA 4FM1A 3LP3A 3VQ6A 4O5BA 1B9FA 2X6SA 3IAYA 4CGDA 2PYJA 4DU3A 4M3XA 2X6NA 4KO0A 3LZJA 2HVIA 1RT3A 4W5OA 3VQPA 2PYLA 2HHXA 1EKEA 4M41A 4CIGA 4AHSA 1JLGA 3D0PA 3TAFA 2OYQA 4M3WA 1A5VA 3SCXA 4DTMA 1ITGA 3AO1A 3OYHA 4BE0A 1SKWA 4O0JA 4Z0UA 1TKZA 4FLUA 1HNIA 4IBNA 4KI4A 3P83D 3V9WA 4F2SA 3AO5A 4LH4A 3DLBA 3OYCA 1SKRA 1YTUA 4ZTFA 1U4BA 1L3VA 4KPYA 1VSKA 4H4OA 1IH7A 5CY4A 2X74A 3NH1A 3U6FA 4HCBA 3MEGA 3DLRA 4OLBA 3VQ8A 4DQIA 1REVA 3IRXA 2OZMA 4Z4HA 2XO7A 1TL3A 4KB1A 3HJFA 1HYSA 2Z1JA 3KKRA 3VQEA 4CJTA 4DTSA 2VWJA 1U48A 4EP5A 1BCMA 1JLEA 4QOZB 3NF9A 4N56A 4M3ZA 3HP9A 1GOBA 3OS2A 4MFBA 3RRGA 1EP4A 1X9MA 3ZT4A 4AHUA 1BI4B 3ZT1A 2YNGA 3VQ9A 3V6DA 3AA2A 4CF0A 4G1QA 4CGHA 4CGIA 4E7HA 1JLAA 4FJHA 3HPHA 3S3OA 4B3OA 1RCHA 5JS1A 4CJSA 1I39A 3SJJA 1UOCA 3QLHA 4FJJA 3PO5A 4Z4EA 1ZBHA 1RTIA 3PO4A 4O4GA 1RDAA 3NBPA 4OPJA 3IS9A 1JKHA 3RMBA 3LWMA 3QNNA 1NK0A 1KFSA 4FJGA 3VA0A 4XIUA 1RTHA 4C8LA 4FLTA 5I42A 1SUQA 3VQ4A 3V9ZA 4N47A 3TWHA 3OYJA 1S5JA 1VSFA 2NUBA 4B9SA 4R5PA 4DSJA 2KZZA 1WAFA 1IKWA 3NH2A 3M8SA 1RBTA 1WSEA 4DQQA 2HHUA 5C24A 3LPUA 3C6UA 4HUEA 1K6YA 3S9HA 1TKXA 3AA3A 3K5MA 4DFMA 4EZ9A 4NCAA 5HRPA 3OYNA 3OYLA 2HHSA 2HHWA 2FBVA 1TK0A 1X9SA 1RBRA 5HBMA 2HNDA 3SQ4A 4I7FA 4BWJA 3QO9A 4M45A 3AVHA 2YV0X 1X1PA 2VG5A 3KK2A 4BE1A 4DFKA 3U3YA 5HLFA 3SQ0A 3NFAA 1JL2A 2OPQA 2P1JA 4ELTA 1C0MA 1L3TA 1U49A 3NCIA 3K58A 4CEDA 2XY5A 2BE2A 1TV6A 4OJRA 3V9SA 3PY8A 3SUNA 2P51A 1HPZA 1RTDA 4FJLA 1HRHA 1LWCA 1TK8A 3DMJA 1NJYA 4E19A 3NGYA 4OPKA 3I0SA 2KW4A 2XRIA 3BGRA 3PUFA 1BL3A 3OYMA 4BE2A 1B9DA 1U47A 4ELUA 1ZBIA 2Z1IA 1Z26A 5SZTA 3O4QA 3K59A 4JS4A 4FCYA 3L2RA 4IG3A 4JS5A 1EX4A 4ZTJA 3KD1E 2F8TA 4NYNA 5HRSA 1CLQA 1IKYA 4LSNA 4CJ4A 4B9UA 3OY9A 4GVMA 2VWKA 5C42A 1WSIA 3QEVA 3TAGA 3DLKA 3DRPA 4IFVA 3NH0A 2O4GA 2ATQA 1ZBLA 3NDKA 4W5RA 3V81A 4CCHA 3V4IA 2KZMA 4KI6A 4DF4A 4CJVA 1IKXA 5I3UA 4DTJA 1BGXT 3O3FA 4DTUA 4JLHA 2A1RA 3KTQA 2VG6A 3SV3A 3THVA 3O3GA 1QS4A 2FBXA 3B6PA 3L2VA 4FK2A 3K5OA 3OYGA 4J2BA 4FZYA 3E01A 2G8WA 1HYZA 1KFDA 3LALA 2GBZA 3QNOA 4H4MA 3C95A 4BDYA 2QKBA 3AVKA 1NOYA 2B5JA 4FW2A 4CJWA 4QCLA 3LP0A 4ICLA 4DFPA 2I5JA 4FZXC 1ZBFA 3HVRA 4N76A 4OKJA 4RW8A 1FK9A 4CJFA 2PZSA 4OKEA 2IAJA 2BDPA 5T7BA 1BCOA 2E4LA 2B6AA 1WSHA 4O44A 4CJPA 2DY4A 4O55A 3G10A 3D45A 3TAPA 4KHYA 4CJUA 2G8KA 4DQPA 3JYTA 2Z1HA 3MAQA 4DQRA 4M3YA 3TAMA 1IKVA 1C1BA 1QHTA 4KHSA 1L5UA 3OYAA 4F3OA 5KGXA 1VSMA 1J9AA 2B4JA 1YT3A 3KLIA 4DS5A 4LY7A 3PX6A 3CYMA 4CEZA 3AA5X 1TAUA 2YKMA 2ETJA 3LZIA 1GOAA 1KVBA 2KTQA 3SYZA 4FJ5A 1WAJA 2EX3A 4F8RA 4HUGA 4CJRA 1Q9YA 1MU2A 5DK5A 4FLXA 2YNIA 5K14A 3AA4A 3SUPA 3OYBA 5CYQA 2HVHA 2RKIA 2WOMA 4CERA 2F96A 3G0ZA 3QEWA 3PX0A 1XC9A 1UA1A 1I3AA 1RT2A 4C8MA 3HXMA 3SV4A 4HTUA 3KLGA 3SNNA 4C8NA 4CF9A 1ASUA 3KIOA 1T05A 2YNFA 4DSFA 4ID5A 4PWDA 4E89A 3ZCMA 2HHTA 1KLMA 3SUQA 3ITHA 1L3UA 4FVMA 3LAMA 4AHRA 4ELVA 1J53A 3HYFA 4TSXA 4CEOA 1TKTA 4CK2A 4YNQA 1RBVA 1N5YA 3BDPA 4F2RA 3CFPA 2HNYA 2G8IA 1CZBA 1IG9A 1FXXA 1WSJA 3B6OA 1R0AA 4FJMA 1T7PA 1WN7A 4CK3A 5HRNA 3LDSA 4I2QA 3H08A 4CEAA 4M42A 3MEEA 3SQ1A 1BQMA 2G8FA 3HSTB 4IG0A 3RMCA 4W5TA 5FROA 2D0AA 3HPOA 1TKDA 3HK2A 2Y1JA 1WSGA 1RDDA 3DI6A 3ISNC 4CF8A 4B9MA 3TAEA 2D0CA 4M3RA 1NK5A 3L8BA 3KD5E 1EETA 4EP4A 2G8VA 1HNVA 3K57A 1LW2A 3SUOA 1RBUA 4BDPA 4FJIA 4CHNA 4DSEA 1LWEA 4DF8A 1RT4A 4CECA 2XY6A 3C6TA 4DTRA 3ZSQA 4CF1A 4DG1A 3L2UA 4DLGA 4PQUA 1JLQA 3DOKA 1YTAA 4KFBA 3A2FA 5J2QA 1JXBA 4ID1A 2YHBA 2HHQA 3LANA 3CFRA 1JXEA 2YHAA 4Z4GA 3HT3A 4J2AA 1DTTA 5HROA 3RR8A 1UWBA 3KLHA 3V9XA 1WSFA 2KFNA 1ZYQA 1SL0A 3IG1A 1WLJA 3ZSYA 3SZ2A 1Q9XA 1XWLA 3MEDA 4J2EA 2YKNA 1J5OA 1D9DA 1QE1A 2XY8A 3LP2A 2ZE2A 3VQCA 3M8RA 4KV8A 3DM2A 4OVLA 4CF2A 2R7YA 2DFEA 5FRMA 1A5WA 1SKSA 2F8SA 3HO1A 3ASMA 4KREA 3CG7A 4KTWA 1JLBA 3VQDA 3OYEA 2QKKA 4FZZA 4OGCA 1RDCA 4L8RB 3P5JA 5C25A 2IGIA 4B9NA 4I9QA 2BANA 1HMVA 2VG7A 1T03A 2Z1GA 4YFUA 4CEFA 4CK1A 3MXJA 4E7LA 4KB0A 1NKCA 3NF7A 3QESA 4FJXA 3HPGA 3ZT2A 3O3HA 5KI6A 4FLZA 1XHXA 4AH9A 1NKEA 4RW4A 4FJ8A 4BACA 4RW6A 4CGFA 3SPZA 5J2NA 3JSMA 1KVCA 1QQCA 1NK4A 5DMRA 4JRPA 1J54A 3S3MA 1KSPA 5FDLA 1SL1A 4CGGA 4Y1DA 4NYFA 1LWFA 3CQ8A 4AHCA 1BHLA 3DOLA 3P1GA 4DFJA 3NF8A 3DLHA 5KTQA 1HJRA 4UQGA 3MXMA 4B08A 2O4IA 3O4NA 1CZ9A 3V1QA 4B9TA 4FJ7A 1D5AA 4NCGA 4DMNA 5HP1A 4Q0BA 4CJEA 1BIZA 1S9EA 4FLWA 2XY7A 3QINA 3M8PA 4HVJA 1Q8IA 4DTXA 1CXQA 4HHTA 4KHNA 1VSJA 3AVMA 3MECA 5CYMA 1U04A 4B8AB 4CHOA 3OJUA 1KVAA 2G8UA 3KLFA 1VSHA 2AJQA 4E7IA 3OYDA 4AILC 1Z25A 1TAQA 2OPPA 3ZSRA 3T1AA 5J2PA 4DSLA 4E7KA 1S9GA 2JLEA 4GW6A 1NOZA 1LV5A 5CZ2A 3L3UA 4CIEA 1VSIA 3EY1A 1X9WA 1RT5A 4DTNA 3RMDA 2E6MA 3V1OA 4Z4CA 4QAGA 3KLEA 3KK3A 4RW7A 1CXUA 3KJVA 3PV8A 3ZT0A 2KQ2A 3KKSA 1DLOA 1RDBA 1VK0A 1QTMA 1U45A 1HYVA 3AVNA 4KKOA 1QSYA 2FBYA 1KCFA 2RN2A 3F9KA 4LSLA 3RRHA 5D3GA 4CJQA 3TI0A 1C6VA 1RTJA 3VQBA 4E0DA 4KHUA 3PX4A 3V1RA 2OA8A 2HHVA 3OS1A 4E1NA 3ALYA 3SQ2A 1LAWA 3LP1A 1GOCA 2DTUA 1VSLA 1NJXA 3NF6A 3FFIA 4CHZA 1RT1A 1SV5A 1L3SA 4NCBA 2QK9A 4CEBA 1YVUA 1C0UA 4CESA 4E1MA 4LD0A 3DLGA 2P5OA 4K8XA 1ASVA 3ZT3A 4CJLA 5CZ1A 2IS3A 1SL2A 4FJ9A 3VN5A 1C1AA 1T8EA 1KTQA 5FRNA 3DRSA 1O1WA 1VSDA 3QIOA 4FLVA 4BWMA 4CHQA 4W5QA 4B9VA 4CGJA 1BQNA 4DU4A 1A5XA 4FXDA 1RNHA 4OGEA 4RW9A 4DWIA 3OVNA 4CJ5A 4B9LA 4MQ3A 1W0HA 3NGZA 1ASWA 4JRQA 4KHQA 2IDOA 3V9UA 2FBTA 1Y97A 4LH5A 1BI4A 2PY5A 3MXIA 1NK9A 3K5LA 1QSLA 4W5NA 3QEIA 3AVIA 2W42A 3ZSZA 1S6PA 2GUIA 3VQQA 3QEXA 3I0RA 2JGUA 3C94A 1XHZA 3NAEA 3TR8A 1W9HA 4BDZA 4Z4IA 4WE1A 1UAXA 5EU7A 2KFZA 4F3TA 3OS0A 2D5RA 4FK0A 3L3VA 4EZ6A 1FKOA 3AVCA 3TAQA 4DQSA 2RPIA 3ZSOA 3LWLA 2X78A 4RG8A 3L2QA 3K5NA 4N41A 1G15A 2D0BA 4B8CA 4CEQA 4DU1A 2A1SA 2WONA 4DSKA 1N6QA 4KAZA 4CHYA 1VSEA 3NHGA 3QETA 3RWUA 3RMAA 1HQUA 2OZSA 1S1UA 2EHGA 4IDKA 4N5SA 3F73A 3SI6A 1S6QA 3LPTA 4HCCA 3TABA 3OJSA 4E3SA 3UIQA 1RILA 1JLCA 4AHTA 3CM5A 4HUFA 4IKFA 3AVAA 4DTOA 4PY5A 1LAVA 2P5GA 4H8KA 5JS2A 1QSSA 2ITGA 4CFCA 1JL1A 3S3NA 3RTVA 4FLYA 3VA3A 5E41A 3DRRA 4IFYA 2LSNA 4Y1CA 5SWMA 3K2PA 3AVFA 3LAKA 3CM6A 4E7JA 3TANA 1C1CA 2HW3A 5J2MA 2XHBA 1BISA 3RR7A 2FC0A 1RT7A 2QXFA 4KTZA 4J2DA 1IO2A 1VRUA 3OYFA 4ZHRA 1NKBA 4FW1A 1D9FA 1TVRA 2HMIA 3TARA 4CEEA 2RF2A 3I8DA 4OKKA 1JLFA 3ZSXA 2Y1IA 3AO4A 2G8HA 2ZQBA 5KRTA 3AVBA 3T19A 1NK6A 4CFAA 4CJKA 3AVGA 4CFBA 4Z4FA 4DLEA 3EZ5A 3QIPA 2YNHA 3WNHA 4DS4A 4I2PA 1KRPA 4M3UA 3U3GA 4AHVA 1HQEA 1ZBUA 3AVJA 1EXQA 3VQAA 1TL1A 3DYAA 4PA1A 4KTQA 1TGOA 2GV9A 5J1EA 1S1XA 3KK1A 4I9LA 4DTPA 2E6LA 3VQ7A 2IC3A 3WNGA 1S1TA 2IOCA 3WNFA 2Q3SA 4CE9A 4FM0A 1D8YA 1LW0A 3AO3A 3L2WA 2DFFA 1RT6A 1S1WA 4PUOA 3HP6A 3EYZA 4CHPA 2OPSA 3AV9A 3AVLA 3ZSVA 4O0IA 1WNSA 1C0TA 3AO2A 4Q5VA 3OYKA 4OLAA 1S1VA 2ZD1A 5KRSA 3NGIA 4CIFA 3HL8A 1RBSA 3ZSWA 3OYIA 4F4KA 4FK4A 3DLEA 5KGWA 4CFDA 4DSIA 2HB5A 2BGGA 4GMJB 2HNZA 4CJ3A 1VRTA 1NJWA 3SPYA 3HVTA 4C8OA 3CFOA 2OPRA 3M8QA 1FKPA 3VQ5A 5HRRA 1NJZA 1B92A 4M3TA 3NE6A 1KLNA 3WNEA 1DTQA 3HM9A 4KHWA 1NK8A 1F21A 4KRFA 4FM2A 4C8KA 2DFHA 1UA0A 4FJNA 1BIUA 4FJKA 3T3FA 1XI1A 4K8ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XVGE 3QEPA 3MCAB 3VF2A 3ULDA 4RTFD 1N36K 4FYDA 4FM1A 2NZTA 4B1WB 4DV1K 2X6SA 4DU3A 2X6NA 3LZJA 4W5OA 1SZ2A 3VQPA 3BUZB 2PYLA 3L2OB 4M41A 5M1QA 4CIGA 4AHSA 3TAFA 4JEPA 1SKWA 3MN5A 4Z0UA 4UY8O 5AJ3K 4FLUA 2O8FA 1M1KO 3DXMA 4LFCK 1E4FT 3EN9A 1SKRA 3C7NA 1U4BA 1K8AO 2E20A 3CHWA 2PBDA 1BO5O 1IH7A 3NH1A 2X74A 3U6FA 3MEGA 3DLRA 1VQPN 3VQ8A 3CMAN 4B1ZA 1NEXB 3IRXA 2OZMA 4KB1A 2XO7A 4MLHA 4DTSA 4CBUA 4QOZB 2ZM6K 3C6AA 3Q7CA 3E66A 3N4QA 3MN6A 4FWLA 1FZ9E 2MMBA 4AHUA 3O9TA 3VQ9A 4A62A 4PHTX 4BGBA 4CF0A 4CGHA 3HI0A 4CGIA 1JLAA 5IZ7A 4B3OA 1GLDG 3H3NO 1UOCA 4IWVA 3F9MA 3PO4A 4ILHA 4O4GA 1RDAA 4OPJA 3RMBA 2P9PB 3QNNA 3D2EA 3VA0A 2HBKA 3AGKA 1RTHA 5I42A 1SUQA 2YJFA 4N47A 3OYJA 2ZWHA 5AQHA 2O8DB 4LF8K 2F9TA 3LPUA 2OANA 1VAZA 5LL6Z 1TKXA 4DFMA 3HZ6A 5HRPA 3OYNA 2FBVA 5HBMA 2HNDA 4LF9K 1X1PA 2VG5A 4DFKA 3U3YA 1JL2A 4WQ4A 3SMSA 1U49A 4CEDA 3SUNA 1HPZA 1RTDA 4FJLA 1NGGA 5JMVA 1HNZK 3QMLA 1NJYA 3ZETA 4BG9A 3I0SA 3PUFA 1WB9A 4BE2A 1B9DA 5SZTA 2FSNA 4FCYA 4JS4A 1M90O 4IFEA 2F8TA 5HRSA 4YOWA 2OTJN 1T6DA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XVG E;  3QEP A;  3MCA B;  3VF2 A;  3ULD A;  4RTF D;  1N36 K;  4FYD A;  4FM1 A;  2NZT A;  4B1W B;  4DV1 K;  2X6S A;  4DU3 A;  2X6N A;  3LZJ A;  4W5O A;  1SZ2 A;  3VQP A;  3BUZ B;  2PYL A;  3L2O B;  4M41 A;  5M1Q A;  4CIG A;  4AHS A;  3TAF A;  4JEP A;  1SKW A;  3MN5 A;  4Z0U A;  4UY8 O;  5AJ3 K;  4FLU A;  2O8F A;  1M1K O;  3DXM A;  4LFC K;  1E4F T;  3EN9 A;  1SKR A;  3C7N A;  1U4B A;  1K8A O;  2E20 A;  3CHW A;  2PBD A;  1BO5 O;  1IH7 A;  3NH1 A;  2X74 A;  3U6F A;  3MEG A;  3DLR A;  1VQP N;  3VQ8 A;  3CMA N;  4B1Z A;  1NEX B;  3IRX A;  2OZM A;  4KB1 A;  2XO7 A;  4MLH A;  4DTS A;  4CBU A;  4QOZ B;  2ZM6 K;  3C6A A;  3Q7C A;  3E66 A;  3N4Q A;  3MN6 A;  4FWL A;  1FZ9 E;  2MMB A;  4AHU A;  3O9T A;  3VQ9 A;  4A62 A;  4PHT X;  4BGB A;  4CF0 A;  4CGH A;  3HI0 A;  4CGI A;  1JLA A;  5IZ7 A;  4B3O A;  1GLD G;  3H3N O;  1UOC A;  4IWV A;  3F9M A;  3PO4 A;  4ILH A;  4O4G A;  1RDA A;  4OPJ A;  3RMB A;  2P9P B;  3QNN A;  3D2E A;  3VA0 A;  2HBK A;  3AGK A;  1RTH A;  5I42 A;  1SUQ A;  2YJF A;  4N47 A;  3OYJ A; 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