5SWMA

Bacillus halodurans rnase h mutant d132n in complex with 12-mer frna/dna hybrid
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
IIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Limits of RNA 2'-OH Mimicry by Fluorine: Crystal Structure of Bacillus halodurans RNase H Bound to a 2'-FRNA:DNA Hybrid.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2016-08-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5swmA00
4Z0UA 1S1XA 4K8ZA 3ISNC 4BACA 3PY8A 1U47A 4B8CA 2B5JA 4O55A 4FLZA 4E7KA 3KK2A 2RN2A 1UAXA 2XRIA 5CYMA 1S5JA 4H8KA 3VQ7A 4DTNA 2G8KA 4FLTA 2EX3A 4CF8A 4CEQA 4Z4CA 2HNYA 1WSJA 1X9MA 4C8MA 3OS0A 1RDDA 3ALYA 3V9ZA 3KLHA 4AHSA 5HRPA 5HBMA 3JYTA 1T03A 1BL3A 3TAGA 4CHNA 3IAYA 1RBSA 1WNSA 4NYNA 3BDPA 3VQ6A 4DWIA 1IKVA 3SJJA 1J5OA 4BDYA 4AHVA 1D5AA 4DQSA 4DFKA 4KPYA 3VQPA 4LH5A 3L2WA 1S1WA 3ZSXA 3LALA 3K5NA 3V81A 4MQ3A 4KHSA 4EZ9A 3L3UA 3QO9A 4K8XA 3L8BA 4E3SA 3LAKA 3L2QA 3L2RA 2IOCA 3NDKA 4TSXA 5J2QA 4CIFA 2GV9A 1GOCA 3S3MA 4E7IA 2KZZA 2Z1IA 3OYJA 3ASMA 4O5BA 3V9XA 4RW8A 5HRSA 3TANA 4FJHA 2JLEA 1NKCA 2E4LA 3NGYA 4E19A 4B9SA 4IG0A 3I0RA 4M41A 3EY1A 1NJXA 4KHQA 4B9NA 3AVCA 3E01A 3L2UA 1T05A 4KRFA 3MEEA 1WSFA 4OKJA 4Y1DA 4E89A 3QNOA 5HLFA 3KLGA 1RBUA 1A5WA 2P1JA 4KHWA 3A2FA 3QLHA 4CGFA 3KIOA 3NF9A 4G1QA 2D5RA 3TAQA 2IAJA 1DTTA 3DOKA 5JS2A 1IKXA 2OPPA 4ID1A 4F4KA 4HVJA 2LSNA 3M8SA 1FKPA 5FROA 4B9MA 3NGIA 3LZJA 1R0AA 2OPQA 2QKBA 4DQPA 3OYKA 4EZ6A 2KZMA 2X74A 2YHAA 3DLGA 4N41A 1YTUA 1BHLA 1EP4A 5FRMA 4HUFA 3QIOA 4PQUA 1RBRA 4FM0A 4BE0A 3T1AA 1KTQA 3L2VA 5SZTA 4CF1A 3ZSOA 3DLKA 3MXMA 2HVIA 4CJUA 4Z4EA 3V9SA 1HNIA 4NCGA 2G8IA 1JLGA 3HL8A 3SPYA 4B9TA 4M3ZA 4Z4FA 1RT7A 3L3VA 1B9FA 1SKSA 3IRXA 4CGJA 3CFRA 2EHGA 3OYGA 2O4IA 4CEBA 4PY5A 4DG1A 4CJVA 3K2PA 4E1MA 4EP5A 1KRPA 1CXQA 1QQCA 3DRSA 4FJ9A 3M8QA 2G8UA 3NH0A 4M3UA 4FYDA 4W5TA 3ZSWA 1VSKA 2DY4A 4IBNA 3DLEA 3ZCMA 3O4QA 4DTUA 4CK1A 3G0ZA 5J2MA 3CFOA 3HVTA 4KHYA 1SV5A 3VQ9A 2BE2A 3RMAA 4CJTA 3T3FA 1RBTA 1S1TA 1I3AA 5DMRA 4FJXA 4CJLA 2IC3A 2PYJA 4F2SA 1KFSA 4W5RA 3QEVA 1KVAA 3O3HA 1XI1A 4IFYA 4ELUA 4O4GA 4KB0A 4JS5A 2B4JA 3ZT0A 3QESA 4DTSA 5EU7A 1Q8IA 4FW1A 1NJZA 1BGXT 2BDPA 3KTQA 2D0BA 4IFVA 4Z4HA 2JGUA 3WNHA 3TWHA 2P51A 2YKMA 3V1RA 3AA2A 3VN5A 3WNEA 5SWMA 1BISA 2R7YA 4FJ7A 3MECA 4KI6A 4RW4A 1TV6A 1B9DA 3LP1A 3B6OA 3CFPA 4DFMA 1EXQA 3DMJA 4CJPA 1HPZA 3QEPA 4FK0A 1IH7A 2WONA 3O3FA 3AVFA 1CXUA 1C0MA 2DFHA 3O4NA 4ZTJA 1VSFA 4B9UA 1VSLA 4FLXA 4CIEA 4RW7A 1VRUA 2HHXA 4CIGA 4E7HA 4E1NA 3QINA 3TR8A 1U49A 1NOYA 1QSSA 3DLBA 5KGXA 3U3YA 4E7JA 2Z1HA 3LAMA 4FVMA 4LH4A 1VSMA 4CJ4A 4DF4A 1TK5A 2OZMA 2RKIA 1KSPA 1LWCA 3LWLA 5C42A 1Q9XA 2BGGA 1G15A 4CE9A 3OY9A 3PX6A 1X9SA 4CHOA 2HHWA 1JKHA 1L3VA 4M3RA 2HB5A 3O3GA 3MXJA 1ZYQA 1NK4A 1Q9YA 4QOZB 1HNVA 4FM2A 3K5MA 2KFNA 1KVCA 4RW6A 3AVHA 4BE2A 1RTDA 2IGIA 1NKBA 4FK2A 4KI4A 1EX4A 4CGGA 5DK5A 1WSHA 1BCOA 3P83D 1S6QA 2OA8A 2OYQA 3HO1A 4CGDA 1VK0A 3AVGA 4CHPA 3NCIA 4B3OA 3OYBA 1IG9A 4OPKA 2XY6A 1LWEA 4OJRA 3ZT2A 4FLYA 3OVNA 4WE1A 4R5PA 4QCLA 4BDZA 3TABA 4Y1CA 3AVLA 4M3WA 2X6SA 3CG7A 4CEDA 1IO2A 4CF2A 1QTMA 1U4BA 1WAFA 2YNFA 3VA3A 4C8LA 3NF6A 4DU4A 4PUOA 1RNHA 3SQ0A 1NJYA 2QKKA 1HJRA 1W0HA 3AA4A 1EETA 1LW2A 4O0JA 3BGRA 5J2PA 1REVA 1CZ9A 3PV8A 4FJNA 2ITGA 1SUQA 4OVLA 2W42A 4JRQA 3ZSQA 2YNIA 1UA0A 4IDKA 2PYLA 1YT3A 1RT5A 4KB1A 2HHSA 1RILA 3KK1A 3SUPA 1NK9A 1YVUA 1JL2A 4B8AB 1CLQA 2VG7A 1TVRA 1NK0A 1ZBIA 2AJQA 4FZYA 1Z25A 1JLBA 3FFIA 4JS4A 4B08A 3HP6A 2I5JA 1KCFA 3NF7A 5HRNA 3NH1A 1RTHA 1S1VA 4KKOA 3K5LA 3PX0A 4CJWA 3P5JA 3HK2A 4KREA 2G8FA 2DTUA 5KRSA 3LWMA 1TAUA 4KV8A 3WNFA 1RTJA 4BE1A 1SKRA 4HUEA 3S3OA 2ETJA 3QIPA 4DQRA 1RT3A 3HYFA 4DFJA 2DFEA 4J2DA 3QEXA 3C94A 3DM2A 4DTPA 3KLIA 2Y1IA 3TI0A 3ZT3A 4W5NA 5E41A 3RR8A 1TKTA 4BWJA 3DLRA 5C24A 3VQ5A 1HYZA 3VQDA 2D0AA 3DYAA 4CEAA 4DTXA 1TKDA 2KQ2A 1TGOA 1L3TA 1LWFA 1D9FA 4H4MA 4IG3A 4PA1A 2OPRA 3MAQA 5CZ2A 2PZSA 2ZQBA 3OS1A 1HQUA 4CF9A 1VSEA 4ELVA 3LP0A 2YNHA 3AV9A 3NF8A 4FW2A 1TL3A 2HMIA 4CEOA 1VSHA 3D0PA 3VQ4A 3V9WA 1RTIA 1QS4A 1X1PA 4FLVA 2FC0A 1N5YA 4HHTA 4F2RA 1S9EA 4DS5A 4W5QA 3ZSRA 3KKSA 1SL0A 1TKZA 4N5SA 1NK6A 1UA1A 2PY5A 3PO5A 1K6YA 3TAFA 3HJFA 1LV5A 4DLEA 4I9LA 1BQNA 3HPOA 2X78A 4KO0A 4LSLA 1X9WA 4DSFA 3QERA 2A1RA 3V4IA 1KLMA 4FJKA 4YFUA 1RT4A 4F3OA 5HRRA 3VQCA 1BCMA 2HNZA 1BQMA 5KGWA 1QSLA 4DU1A 4L8RB 1QSYA 1A5XA 4DQIA 5FRNA 4OLBA 4BWMA 1C1CA 1HMVA 2P5OA 1GOAA 3KLFA 3PO4A 1JL1A 1I39A 1Z26A 3V9UA 3CM6A 1UWBA 4CJRA 3I0SA 1ITGA 4C8KA 1NK8A 4EP4A 3PX4A 4I7FA 1NJWA 4B9LA 5HP1A 2P5GA 1NKEA 2NUBA 3H08A 1C0UA 4OPJA 3EZ5A 1HQEA 4CESA 3HT3A 4HUGA 4BDPA 3ZT4A 1J9AA 4KTWA 3F9KA 1WN7A 4I2PA 5KI6A 3SYZA 3OYMA 3RRHA 4PWDA 4FCYA 3V6DA 3QEIA 4CHYA 1SL2A 1IKWA 4M45A 4NCAA 3LPUA 1U45A 4HCBA 1KLNA 1BI4B 2RF2A 3AO1A 2F8TA 5KTQA 3MXIA 1ZBHA 3U3GA 3F73A 3V1OA 3ULDA 4YNQA 1RBVA 1W9HA 4CF0A 4CJEA 1SKWA 2ZE2A 3RRGA 2IDOA 4GMJB 3SQ1A 1FKOA 2HHUA 4M3TA 1F21A 1S9GA 4CFBA 3NH2A 1KVBA 2YKNA 4FJ5A 4FJLA 3DI6A 3HVRA 1U48A 2A1SA 3LP3A 4AHCA 4KHNA 2FBYA 3HP9A 4AHUA 3M8PA 4H4OA 1TAQA 2XY8A 3SQ2A 1WSGA 4M3YA 4FLWA 3SUOA 1N6QA 1O1WA 2OZSA 4FJGA 3KJVA 3AVNA 3OJSA 1WAJA 1VSDA 2E6MA 4W5OA 1BIUA 1RCHA 3HXMA 1DTQA 3TAPA 2WOMA 1XWLA 3P1GA 3AVKA 2FBTA 4NYFA 3ZSVA 3QNNA 3DRPA 4DF8A 4QAGA 2QK9A 2HVHA 4UQGA 3TARA 4DSEA 2BANA 4NCBA 3OYDA 4KTZA 2VWKA 3LANA 1GOBA 4DSJA 4CHQA 1XHXA 4DSIA 3RMBA 1JXEA 3OYCA 4CJKA 2KW4A 3M8RA 3KKRA 2ZD1A 4Q0BA 2FBXA 2G8WA 3DLHA 4FK4A 4CJFA 4HTUA 4OLAA 3C6UA 5J2NA 4E7LA 4FXDA 4DMNA 4FLUA 4RW9A 1LW0A 3U6FA 4ZHRA 3LP2A 1HYVA 3VQQA 4FJMA 4OGEA 4CFCA 1JLQA 3SZ2A 3S9HA 2G8HA 4C8OA 4N76A 4M42A 4ID5A 1B92A 3D45A 3EYZA 4DS4A 1XC9A 1WLJA 2ATQA 3SUQA 1DLOA 1D8YA 1TK0A 4O0IA 4CFDA 1MU2A 2HNDA 3VQEA 1EKEA 3KLEA 3WNGA 2VWJA 1FK9A 4CEFA 3K58A 3ZT1A 1LAWA 2O4GA 2Z1JA 4CEEA 1ZBLA 2B6AA 2YNGA 4KHUA 2E6LA 4DTMA 3SPZA 2HHTA 5K14A 5I3UA 3NAEA 4FJ8A 3RMDA 3SUNA 3LPTA 1QE1A 2RPIA 1C1AA 4N47A 1S6PA 3HSTB 1L5UA 3NE6A 3KD5E 3C95A 4HCCA 3AVBA 3CYMA 3MEGA 2IS3A 3RTVA 2YV0X 5KRTA 2KTQA 4J2BA 1ZBUA 2OPSA 3HPHA 4CHZA 3JSMA 4F3TA 1FXXA 3OYEA 3K59A 4DLGA 1HYSA 5C25A 3TAEA 3CQ8A 4CFAA 2XY5A 1VSIA 3AO4A 1Y97A 4RG8A 4CERA 3K57A 1ASWA 3OYLA 1TK8A 4DTOA 3QETA 3SCXA 4LY7A 4DSKA 4IKFA 3OYNA 4AH9A 5I42A 1UOCA 4JLHA 3OJUA 1S1UA 4ZTFA 3MEDA 4OGCA 2VG6A 1J54A 3SNNA 3S3NA 4CK2A 4FZXC 3AA3A 5FDLA 5CYQA 3VQBA 4O44A 2G8VA 4I2QA 2XHBA 3K5OA 4CECA 1HRHA 5J1EA 4OKEA 4CGIA 2FBVA 2HHQA 4DSLA 3NFAA 1TL1A 3VQAA 4ICLA 3B6PA 5CY4A 3KD1E 4C8NA 4XIUA 1CZBA 1RDAA 2GUIA 2XY7A 4CCHA 3NBPA 3IS9A 1NK5A 1U04A 1RDCA 1ASVA 3LZIA 4J2AA 1T7PA 1JXBA 2GBZA 1BI4A 3T19A 4DFPA 1NOZA 5D3GA 2HW3A 4CGHA 4OKKA 3AVJA 3V1QA 3SV4A 1XHZA 1ZBFA 4KTQA 3VQ8A 4GVMA 5T7BA 3HM9A 3DRRA 4JRPA 1L3UA 4KAZA 2Z1GA 3DOLA 4M3XA 1RT2A 3ITHA 3OS2A 4FJJA 1TKXA 3AO3A 3AVIA 3TAMA 3I8DA 4AHTA 3AO2A 1T8EA 1NK7A 3IG1A 1WSEA 3KK3A 1JLFA 4ELTA 2F8SA 3ZSZA 3AVAA 2XO7A 3SI6A 4I9QA 1RDBA 3SQ4A 1RT6A 3RWUA 2YHBA 4FJIA 4Z4GA 2VG5A 1D9DA 3NGZA 4CJ5A 4J2EA 1A5VA 4LSNA 4Q5VA 4AILC 5JS1A 3C6TA 1ASUA 5HROA 2HHVA 4GW6A 1WSIA 1BIZA 4MFBA 3ZSYA 3OYAA 4KFBA 3NHGA 2X6NA 3OYIA 4B9VA 3UIQA 1C0TA 1JLAA 3HPGA 1YTAA 4E0DA 4DTJA 4DU3A 2DFFA 2Y1JA 3G10A 1C6VA 3PUFA 4FZZA 3AVMA 4CK3A 1L3SA 1JLCA 4CJSA 3LDSA 3THVA 4DQQA 1JLEA 3OYHA 2Q3SA 4AHRA 4N56A 3RR7A 2KFZA 1IKYA 4CJQA 4CJ3A 3QEWA 3SV3A 1QHTA 4CEZA 1C1BA 3OYFA 3VA0A 1SL1A 3CM5A 3RMCA 5CZ1A 1KFDA 4DTRA 1LAVA 2QXFA 1J53A 1VSJA 2F96A 1RT1A 1VRTA 4FM1A 4F8RA 3AO5A 4LD0A 3AA5X 2D0CA 4Z4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRDA 3ISNC 5LJWA 2W41A 3WXMB 4ILGB 4FLZA 2XRIA 1VQON 1NLVA 4LF8K 3C0BA 4CEQA 4A2BA 2HNYA 4Z4CA 1K8KB 1YITN 2W6KA 5BRFA 3U9DA 3ALYA 4BQLA 3V9ZA 5HBMA 1C0FA 4DWIA 1WNSA 3SJJA 1BWFO 3VQPA 3LALA 5BREA 3V81A 4KHSA 4EZ9A 4K8XA 3VOVA 1ZC6A 4JI3K 2CGJA 5FPEA 2DPNA 3ASMA 5HRSA 3NGYA 4E19A 2E88A 3I0RA 5MLCQ 4B9NA 3E01A 1Z05A 1WSFA 1A5WA 3A2FA 4G1QA 2IAJA 3KWGA 4DR7K 2OCEA 4HVJA 2LSNA 3NGIA 3LZJA 3OYKA 3D7EO 1V4TA 4CBXA 1BHLA 1QHAA 3UE5A 5FRMA 1YTUA 1RBRA 1YAGA 3CXCM 3FZLA 2NRTA 3HRGA 3ZSOA 3CCUN 3DLKA 2QWLA 2HBMA 2G8IA 1JLGA 3SPYA 4B1ZA 4Z4FA 1RT7A 3L3VA 1SKSA 1WOQA 3CFRA 5AQMA 4BRKA 1GLCG 2O8BA 4B3MK 1QQCA 3M8QA 4DR1K 4W5TA 2DY4A 3ZCMA 5J2MA 3G0ZA 3ENHA 3CFOA 2P9LA 4KHYA 2O8EB 1I3AA 5DMRA 4FJXA 3ID8A 1QVGM 2Q2RA 2IC3A 4BR0A 3O3HA 2P9PA 4O4GA 4BR4A 4WQ4C 4BRPA 4IFVA 2WC9A 3W0LA 5SWMA 4JK9A 4KBOA 3O6WA 1TV6A 1B9DA 4FK0A 1HPZA 2WONA 1SS6A 4DB3A 1VSFA 4B9UA 4FLXA 4CIEA 5BRDA 4RW7A 1VRUA 2HHXA 3TR8A 1QSSA 3U3YA 4CJ4A 3RVCA 1KSPA 3G25A 5C42A 3HTVA 1G15A 3FZKA 3OY9A 4CHOA 2NRXA 2HB5A 2QWOA 3MXJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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