4BC5A

Crystal structure of human d-xylulokinase in complex with inhibitor 5- deoxy-5-fluoro-d-xylulose
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
524
structure length
524
Chain Sequence
RRCCLGWDFSTQQVKVVAVDAELNVFYEESVHFDRDLPEFGTQGGVHVHKDGLTVTSPVLMWVQALDIILEKMKASGFDFSQVLALSGAGQQHGSIYWKAGAQQALTSLSPDLRLHQQLQDCFSISDCPVWMDSSTTAQCRQLEAAVGGAQALSCLTGSRAYERFTGNQIAKIYQQNPEAYSHTERISLVSSFAASLFLGSYSPIDYSDGSGMNLLQIQDKVWSQACLGACAPHLEEKLSPPVPSCSVVGAISSYYVQRYGFPPGCKVVAFTGDNPASLAGMRLEEGDIAVSLGTSDTLFLWLQEPMPALEGHIFCNPVDSQHYMALLCFKNGSLMREKIRNESVSRSWSDFSKALQSTEMGNGGNLGFYFDVMEITPEIIGRHRFNTENHKVAAFPGDVEVRALIEGQFMAKRIHAEGLGYRVMSKTKILATGGASHNREILQVLADVFDAPVYVIDTANSACVGSAYRAFHGLAGGTDVPFSEVVKLAPNPRLAATPSPGASQVYEALLPQYAKLEQRILSQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords XYLULOSE KINASE
publication title Structure and Function of Human Xylulokinase, an Enzyme with Important Roles in Carbohydrate Metabolism
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 180
structure length 524
sequence length 524
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2012-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc5A01
3EL2A 3O6WA 3QFPA 4WQ5A 1QQNA 1GLEG 2P9UB 2WUSA 3MN9A 2P9KB 1Q18A 3VF4A 3CQYA 2EWSA 2QXLA 3FZHA 1HUXA 2QWOA 3RSEB 1ATSA 3EO3A 1BG3A 5AZJB 5BN8A 4H5RA 2PBDA 4DQ8A 2E2OA 3DXMA 5AQRA 3J8AA 2P9LB 3DJCA 5AQXA 3JS6A 2P9PB 3UE5A 4ISGA 4CZMA 3TPQA 3MCPA 5AQHA 1NGIA 5AZIB 5F0XA 5KPRA 4I6MB 4FWNA 1WOQA 4F9OA 5AR0A 1BOTO 1QHAA 3O1WA 2YJEA 1X9JA 1HKGA 3O80A 4FOEA 4L3QA 1QZ5A 4B9QA 3O08A 4BR5A 3C0BA 3WT0A 3GOIA 4CD3A 1K8KA 2CH5A 5AQPA 3HTVA 5AQUA 2YJFA 4JNEA 3AARA 3EKSA 3WXLA 5AQOA 1MDUB 3FZKA 4BRKA 4ISEA 2P9UA 2ZF5O 4B1ZA 4CZEA 4BRPA 1NGGA 3C7NA 5JICA 1GLDG 2Q0UA 2YHWA 3UKRB 4BGBA 3AAPA 1Z05A 4BGAA 1U6ZA 1NGJA 1XUPO 3WEEB 3QBWA 4BQZA 5KPTA 1SAZA 5BRDA 1NGCA 4H5VA 2GWJA 3IDHA 1HKBA 1S22A 2Q1NA 5ADXH 2P9IB 3MN5A 5AFUA 2P9NB 1HJOA 4BRNA 2P9PA 2ZWHA 3LM2A 2YHXA 3M1FA 2A40A 2HF3A 1GLLO 4NB4A 4O5FA 1BUPA 3H45C 3BEXA 4I6MA 3D2EB 2GTDA 3DAWA 4RCHA 3FFKB 4H0PA 5ELZA 4O8KA 3O1BA 2CH6A 2NRHA 4PKHA 5I9EB 4M63C 2YI1A 4WYBA 1DKGD 5KQ8A 5AQVA 4FWOA 1NLVA 3O8MA 4HTLA 4FWQA 3M3ZA 4A2AA 1NGDA 4K42A 1KAYA 1HKCA 1RDWX 3WEEA 2AP1A 4PKIA 4BRQA 2NZTA 2D0OA 5FPMA 4BRHA 1SQKA 5KPZA 1C0FA 4ISFA 4BRGA 4DHYA 5FPEA 3UKUB 3P4IA 3CIPA 4A62A 5KQDA 4B1YB 3ATVA 2ASOA 4MLEA 3WXIA 5LY3A 3G25A 3WQUA 2P9IA 2Q36A 3M6GA 5JMVA 3QBXA 3U8XA 4BC2A 4JD2B 2P9NA 4BRFA 3I33A 4FWSA 1NGEA 3BP8A 4YDUC 1TUUA 2ZGZA 2FSNA 3GG4A 1E4FT 2FSKA 4BC4A 3VENA 2QM1A 4A2BA 2ASPA 2A41A 2CGJA 2E8AA 1NGFA 3QB0A 5BPMA 3B8AX 5EVZA 4EHUA 4H5TA 1ATRA 1YVNA 5AQKA 2QWRA 3VETA 1QZ6A 1V4TA 3FZLA 4GNIA 4BRMA 3KVGA 4AM7A 2PAVA 4WQ4C 3VEZA 4FPBA 3O5BA 4M7YA 4BR2A 3R9PA 5AFUH 3BF1A 3VPZA 3WQTA 2Q31A 3O4WA 4BREA 5EXWA 1OKJA 1X3MA 1GLAG 4BRAA 2DPNA 3AAQA 4FWMA 1U2VA 3IUCA 1ESVA 1Z6RA 4CZJA 3WUHA 3A8YA 3H46O 3HM8A 4JHDB 4BR0A 3ZX0A 3CJBA 4CBUA 4FO0A 3H1VX 3SMSA 3S41A 1KXPA 3H3NO 3VERA 4BR4A 5LJVA 3CJ1A 4H0TB 4MO4A 5BR9A 5LJWA 3ENOA 3LL3A 4XH4A 2I7PA 4FSVA 3HBTA 4FWKA 1YUWA 2ZGYA 3HI0A 1QQMA 1BWFO 2GUPA 3LDQA 5AQFA 2P9KA 3CERA 4M7XA 1CZAN 4AM6A 2E1YA 2A5XA 4BG9A 3H1QA 2BTFA 3ZEUB 3VEVA 4H0VB 3ZX3A 2UYTA 3FZMA 2J4RA 3RSEA 1TUYA 2ITMA 1R59O 4CBWA 2QWMA 4H03B 5AZJA 1Y64A 4BQLA 5AQSA 4PL8A 1JCFA 2QWQA 5BREA 2P9LA 2YCHA 3MMVA 2A6AA 2BUPA 4EHTA 4FWLA 3A5MC 5AQGA 3DWLA 1HPMA 3CJ9A 1T6DA 5AQJA 4CI6A 4CZLA 5AZIA 2QWPA 3FGUA 4BR9A 4CZIA 2HF4A 5BPNA 4B1WB 5CE3A 1NGAA 2VYPA 1P8ZA 3ULEB 2OANA 1YXQA 3ID8A 4BVPA 1RFQA 3L0QA 5JLFA 1TYQB 3ZX2A 3LDOA 3EN9A 3VEWA 2V52B 5AQNA 2P9SB 4CBXA 5BN9A 4WQ5C 2QWNA 4B1VA 4Z94A 1KAXA 1NWKA 3VESA 3D2FB 3UKRA 4K41A 4RTFD 2GEMA 3A5OC 3U4LA 1YAGA 4EFHA 3ZEUA 3MN6A 3LDLA 2CGLA 1XQSC 4DB3A 4KBOA 1DEJA 2W40A 3KHYA 2D0PA 4A61A 3CJAA 2YHYA 1WUAA 2FF6A 1NM1A 4BC3A 1BA0A 4BRIA 3IFRA 4CZGA 5AQTA 2Q97A 3BF3A 3DXKB 4HWIA 5E84A 4H5NA 3GL1A 3OHRA 5EY4A 1RGIA 1NGBA 3MDQA 3EZWA 4FOIA 1GLJO 2A3ZA 4IWVA 3W3DA 3D2EA 3U9ZA 3ZETB 2VWBA 1NGHA 2E2NA 5FPNA 4NO7A 3SJHA 4BRDA 3VEYA 1IG8A 4IJAA 1TYQA 2IVNA 2D1KA 4XH1A 4LC9B 5AQLA 3TU5A 4XH5A 2IVPA 1NBWA 2P9SA 4BROA 5EOYA 5AQQA 1G99A 4CZFA 2Q0RA 3CHWA 1H1VA 1LOTB 3JXUA 2E1ZA 4FWRA 2D4WA 3LDPA 1JCEA 1E4GT 3C7NB 3CETA 4BVOA 3UKUA 2W41A 1BO5O 2A42A 3VGKA 4BRLA 2E2PA 3QDKA 3U9DA 3WXKA 3DXKA 4J8FA 4BC5A 4JD2A 1JCGA 3H6EA 5BRFA 5EX5A 1D4XA 1X3NA 4EAHD 5JLHA 4E1JA 4RWTA 4CJ7A 4B1UB 1NMDA 3ZETA 4YDUA 1C0GA 3VEOA 5FPDA 4B1XB 4MO5A 5TKYA 2ASMA 2F9TA 3CJCA 3VGLA 2IIRA 3GDQA 2AA4A 2NLXA 1V4SA 5AQIA 3HZ6A 3GE1A 1MA9B 1ZC6A 2IVOA 4QS8A 2CGKA 1SZ2A 4PKGA 4EIAA 3QICA 1LCUA 3FR0A 2QW9A 3MK6A 4WQ4A 1QQOA 3GBTA 3L6QA 2FXUA 3QMLA 4QS7A 1DGKN 2GWKA 4PL7A 1XC3A 1IJJA 3A5LC 4IJNA 4IO8A 5AQWA 4GY2B 4C23A 1T44A 2FLOA 5F1XA 4JHDA 2H3GX 5F2RA 5B8HA 4IZ9A 3SMPA 2QWLA 1BU6O 3VF6A 1ATNA 4CZKA 4DCHA 5BRHA 1HX1A 2VCPA 4FL9A 3CI5A 1T6CA 4H0YB 1KAZA 1GLCG 3QFUA 4XEIA 2Q2RA 3BUZB 2F9WA 1BA1A 3I8BA 3FE1A 3SLCA 1GLFO 3KZBA 3ATUA 3LDNA 2V7YA 4H0OA 3A5NC 4K43A 3R8EA 3WXJA 2GELA 3D7EO 4BG8A 2FF3B 1GLBG 3VEXA 3W0LA 2E88A 3L4IA 4JAXA 1EQYA 3H3OB 1ZXOA 2FSJA 5AQMA 2V51B 3DXMB 3ENHA 3SK3A 4QS9A 5AQYA 3VF2A 1S3XA 4FWPA 5AQZA 3F9MA 4CZHA 4CD1A 2HMPA 3CJ7A 1U2VB 3AY9A 5E26A 4BR7A 3ULEA 3A0IX 3LM9A 2E2QA 1MWMA 2KHOA 3MN7A 3EKUA 5BPLA 4IXCA 2HOEA 4K25A 4Y0WA 3VGMA 3FLCO 5ADXA 4H0XB 1BDGA 3UB5A 1HLUA 4FPAA 4MLHA 3HSCA 3FZFA 1K8KB 4JN4A 2I7NA 4H5WA 2E20A 3R6MA 3D2FA 3IMXA 1MWKA 1J6ZA 1ZBSA 3CQXA 3VOVA 2V7ZA 4BRCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K73O 4KV8A 3P31A 2P5GA 3V9UA 2EWSA 2QXLA 1KLMA 3TAGA 1KTQA 2QWOA 3CCVN 5BN8A 1BG3A 1IKXA 1W7AA 4JI2K 4N56A 3J8AA 3CMEN 4CJWA 4IO9L 3NBPA 3TPQA 3HXMA 3MCPA 1NK7A 3U6FA 1HMVA 4MDAA 1QSLA 4F9OA 1BOTO 1U49A 1X9JA 4FOEA 4R5PA 3PY8A 4BR5A 3QEPA 3WT0A 3CCUN 3THYA 5CZ2A 5AQPA 2PFUA 2KZMA 1XNRK 3AARA 2G8WA 4AQYK 5HOOA 2NRZA 3P38A 3C6AA 4Z4GA 2P9UA 1NNEA 1SV5A 2FBXA 5JICA 5J2MA 3CXCM 4YOUA 4BGBA 3QEIA 4IEEA 3AAPA 1Z05A 1U6ZA 2HHXA 4BQZA 3KIOA 5BRDA 3L3UA 3I56N 1HKBA 1LW2A 2Q1NA 3A2FA 1SL1A 2P9NB 1HJOA 4BRNA 5CHIA 2P9PA 5C42A 3M1FA 2A40A 5M1NA 2DY4A 3CCMN 4C8MA 4Y1DA 1A5WA 3D2EB 2GTDA 2KKZA 1T8EA 3QETA 5GADP 1KQSM 3THWB 4IDKA 2RPIA 4IOXA 5GAGP 3E9PA 5LMNK 3CF5L 3DLLL 4E7JA 2Z1IA 2NRHA 5I9EB 2ETJA 2YNHA 4WCEL 1J5OA 1HNXK 4GW6A 1T7PA 4JKDA 5HBMA 4CW7B 1K9MO 4CHYA 3QEWA 3CD6N 3DLGA 4B9UA 3WEEA 1Y97A 1RT3A 4FJ9A 2NZTA 3O4QA 3VQAA 4E1NA 1A5VA 4NLCA 3UKUB 3ATVA 2ASOA 5HL7L 3I0RA 2O8DB 4BRFA 3I33A 2JGUA 2DFHA 4FWSA 3AGRA 4GKKK 2B6AA 4BC4A 2HSTA 4CHOA 3VENA 2VQEK 3HVRA 4BDYA 4B9VA 4B8AB 4EHUA 4JI7K 3VETA 5M1PA 4HTUA 4GNIA 1OH6A 4BRMA 3KVGA 4AM7A 4Q0BA 1C1AA 3OTOK 4WQ4C 1Z25A 5I42A 3O5BA 5FRNA 5AFUH 3BF1A 3P1GA 3WQTA 4BWMA 2Q31A 4CEOA 3IUCA 1RT2A 1NKBA 1VSKA 3C65A 4FK4A 3HM8A 1UA0A 2HBKA 4FO0A 2G8UA 2NRRA 4OX9K 3ZSYA 4DR7K 4KH6A 1F21A 5LJVA 3CJ1A 1ZBIA 5BR9A 4ILGB 4XH4A 4CK2A 3LPUA 1VRUA 4MQ3A 1EWRA 4FSVA 3HBTA 4NYNA 3TAEA 1NK4A 2O8FA 1YUWA 3HI0A 2G8HA 4O55A 5AQFA 1CZAN 2E1YA 2BTFA 3TTCA 3RSEA 1TKTA 4CBWA 4H03B 1Y64A 3SPYA 4ICLA 2QKKA 4DQIA 4CF2A 1JCFA 5BREA 1J54A 5CY4A 4X66K 1VSLA 4FJ7A 2VWKA 1SS6A 3SBTA 2QEXN 4EHTA 3T1AA 4DTXA 4JI1K 3MAQA 4CHPA 3PX6A 3DRPA 4CI6A 5AZIA 3TSQA 2G8IA 4NCAA 4O8UA 1VSIA 2RE2A 4GVEA 2VYPA 5C0YA 4M3XA 3ULEB 2OCEA 1EXQA 4OVLA 3MEGA 3VA0A 3DLBA 1ASWA 1HYVA 3CFPA 4RW4A 5DK5A 1RFQA 5JLFA 3ZX2A 3LDOA 2HHUA 2V52B 1U04A 2P9SB 4CGDA 4N41A 4WQ5C 3NF9A 4C1NI 5KGXA 4I7FA 3C6UA 4RTFD 3K5OA 2UUBK 3MN6A 3AVGA 4M3WA 1VSFA 2Q3SA 4O4GA 4M3YA 1JL2A 2W40A 3CJAA 2YHYA 2FF6A 4KRFA 1NM1A 1BA0A 2NRTA 4JKFA 3OY9A 3KWIA 4LF9K 4DTSA 3U3GA 4Z0UA 2Z1GA 1HR0K 1U48A 2ATQA 3MDQA 4FOIA 4DF4A 3U9ZA 4E7KA 3RR7A 3OYJA 4CEBA 5FPNA 3K9KA 4NO7A 4KTQA 3NCIA 5J2QA 4KI6A 3AA2A 1LWEA 1N8RO 4DLGA 2D1KA 5M1OA 3OYEA 4LC9B 5DM6L 3G0ZA 1J5EK 4FJIA 4BROA 1IKWA 2Q0RA 4KB0A 2QK9A 4F3TA 1BIZA 1H1VA 1LOTB 2KZZA 3MEDA 3VQBA 2E1ZA 4FWRA 3BZKA 2D4WA 2HVIA 3M8QA 5SWMA 3CETA 1NJWA 3BDPA 3VQ4A 4BVOA 5SZTA 2O8CA 2RKIA 2VG5A 3DOLA 3WXKA 4BC5A 4LSNA 2XO7A 3MWPA 3AVFA 1TGOA 1X3NA 3OBWA 4B3SK 4RWTA 4CJ7A 3PX0A 4B1UB 1Z26A 3OYMA 1RT1A 2F9TA 3CJCA 1YTAA 2AJQA 1IKYA 1C0TA 1T03A 3VGLA 5HP1A 4CJQA 1JLAA 2AA4A 1HQUA 1RTJA 1V4SA 5C12A 4DTPA 3NVKA 2KLAA 3MECA 2OTLN 4FYDA 1XHZA 4JS5A 3QICA 3FR0A 2QW9A 3M5RA 4KI4A 1WAFA 4KAZA 4N76A 1YF5L 1Q9XA 3AVAA 2HW3A 1CXQA 4PL7A 1IJJA 2YNIA 4IO8A 3ZSQA 5F1XA 3K5MA 4JHDA 3EE8A 4CJTA 1VQNN 5F2RA 4JI5K 5MLCQ 5KGWA 1K6YA 1BU6O 4B3RK 3TAMA 4CJ5A 2HHQA 1CXUA 5BRHA 3G6EN 1YJ9N 4H0YB 3OS2A 4XEIA 1HNWK 3I8BA 2F96A 3FE1A 1YJWN 2WOMA 3KZBA 1U47A 2VG6A 3ATUA 3TARA 2V7YA 4K43A 3TSUA 2PYJA 2GELA 4BG8A 4FJGA 4HCBA 3IAYA 1T05A 3THXB 3ZLJA 3L4IA 1EQYA 3H3OB 4F4KA 1ZXOA 1ASVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2BH1 A;  2OPS A;  4GY2 B;  3KLI A;  1VQP N;  1SKS A;  2YNG A;  3HVT A;  5B8H A;  3CC7 N;  2O8E B;  3SMP A;  4E3S A;  3SV3 A;  4CZK A;  4DCH A;  3G4S N;  4DTR A;  4BY9 C;  5JS2 A;  3CI5 A;  1TK5 A;  2HMI A;  2D0A A;  1WSI A;  3QFU A;  4I2Q A;  3BUZ B;  5D3G A;  1WSG A;  3SLC A;  3AVH A;  4AHR A;  3KK2 A;  1RT7 A;  1U45 A;  1YVU A;  4TSX A;  3WXJ A;  5FRM A;  3D7E O;  3P39 A;  4U7B A;  3AGK A;  2D0B A;  3D6R A;  3W0L A;  2F4V K;  4JAX A;  1N36 K;  4ELU A;  3DXM B;  3C6T A;  1RDC A;  2YHB A;  3V1Q A;  5KTQ A;  4DTN A;  3SQ2 A;  3TTF A;  4CD1 A;  2NRV A;  1U2V B;  4CJR A;  2YKM A;  4B9M A;  4F2R A;  3A0I X;  3E9O A;  3QEX A;  5IT9 O;  5BPL A;  3MN7 A;  4LF5 K;  1EX4 A;  3ZSW A;  2HOE A;  4KTW A;  4Y0W A;  3MXM A;  4E7L A;  4CF0 A;  1HLU A;  3V9W A;  3BZC A;  1QS4 A;  3FZF A;  4FLX A;  2I7N A;  3AVB A;  1LWF A;  3NGI A;  3T7Z A;  1CZ9 A;  1TK0 A;  4BRC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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