3AVHA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avhA00
4ZHRA 4E7IA 1RBUA 1RT7A 4M3RA 3A2FA 3HL8A 1U4BA 4FJXA 3LP2A 1KTQA 1TKZA 3QLHA 3TAMA 4RW7A 5CYQA 3VQBA 4DLGA 4KI4A 2RKIA 4N47A 1CXUA 3ZCMA 1DTQA 3L2UA 3L2WA 2QKKA 1SL1A 3PO5A 3DLKA 4PA1A 4M45A 3L2VA 3C95A 3ZSXA 3SUOA 4EZ9A 2G8VA 2X78A 3T19A 4QCLA 3ZSVA 5J2QA 2EX3A 3C94A 4G1QA 3QEWA 4NCBA 3VQ9A 3MECA 4LY7A 4BE2A 1ZYQA 4B9TA 4GW6A 4DFKA 3AVCA 3RWUA 1J9AA 1RT4A 4LSLA 1UA1A 1T05A 1YTUA 4BWJA 4Z0UA 4CEQA 3AVKA 2Z1JA 4O5BA 5J2MA 3PV8A 1L3UA 2RF2A 4Z4HA 3TABA 4BDPA 3ZSQA 3DLBA 4H4MA 1UA0A 2OPRA 3EY1A 1MU2A 4CJRA 3HO1A 2I5JA 2Z1GA 2P5OA 3KK1A 1U45A 4NCAA 1HNIA 2FBXA 1NJWA 4DTPA 3LDSA 3QEIA 3THVA 3HK2A 3H08A 1JXEA 1S1UA 4FJGA 3QESA 2BE2A 5HROA 3RRGA 1IKVA 3ZT3A 1ZBHA 4CEAA 4KTWA 1C1CA 1ZBIA 4CGGA 4FLZA 1T8EA 1RDBA 3HJFA 4CJVA 1QTMA 3VQCA 3LWLA 2PZSA 1HPZA 3B6OA 1C0TA 3WNHA 3EZ5A 4AHSA 1F21A 4CESA 4KHYA 5J1EA 1RCHA 2F8TA 1ASWA 3RRHA 3ZSZA 4CERA 2F8SA 4FW1A 1FXXA 3S3NA 2DFFA 2HHSA 4DSKA 3TR8A 4YFUA 3OYBA 4M42A 3KLEA 4F3OA 1CLQA 3LZIA 4DTMA 4RW8A 2D0AA 1IKWA 5KRSA 4IDKA 2G8IA 4F3TA 2BDPA 5K14A 1KSPA 1Q9YA 3L2QA 1EETA 3AA4A 4DU3A 3VQ4A 3M8SA 3AVFA 3V4IA 4HVJA 4M3ZA 4PWDA 3OYNA 1SL2A 2IS3A 3BDPA 3RMCA 4C8KA 4BACA 4XIUA 3HPGA 1WN7A 4BE0A 1NOZA 1LAWA 1G15A 2XY7A 2HHQA 4CEDA 3TARA 4FJIA 1S1XA 1BQMA 3AA5X 1U04A 3DM2A 4OPJA 3F73A 4CEOA 3LP1A 2HMIA 4OGEA 2PYJA 1TV6A 2QK9A 4PUOA 4CJUA 1JLCA 3NH0A 3OJUA 3TAGA 4CHZA 3ZT4A 4CJPA 4FM0A 4AHTA 4FJHA 1WSIA 4CJQA 4QAGA 1A5XA 1I39A 1VSJA 4CFAA 2DTUA 2OPQA 1IH7A 3HM9A 3LPTA 4B8AB 4B9MA 1IG9A 4DFJA 1B92A 4CIEA 1RDDA 1SV5A 3DLEA 3O3GA 1IKXA 1HQUA 3V9UA 3SNNA 4DQIA 2RN2A 4CFBA 3BGRA 1FKOA 1WAJA 1D8YA 4FVMA 1UWBA 4OKKA 1HRHA 3OYGA 4FLUA 5J2PA 3OYDA 3U3YA 4CHPA 2HHVA 2QXFA 4OPKA 4EP4A 2BANA 4O55A 3TAQA 3ALYA 1U48A 4KHQA 4FJKA 4BWMA 3AVIA 1VSEA 3QNOA 1HYZA 4FM1A 4KHSA 1FK9A 1WSEA 3S3OA 2HVHA 1TL1A 2DY4A 1RDCA 5HRNA 1L3TA 3HT3A 1KLNA 1TVRA 4B9VA 4CIFA 4RG8A 4C8NA 4I7FA 1WSJA 4F2RA 1TKDA 4FJ5A 4DTUA 4W5RA 1QE1A 1KCFA 3IRXA 1DTTA 2XO7A 1BI4B 3B6PA 3AO2A 4HUFA 3AVBA 3O4QA 3P5JA 3LZJA 2HB5A 4FJLA 1VSDA 3OYFA 3O3HA 3OYAA 4AHUA 3SZ2A 1S9EA 1YTAA 4CE9A 3VQEA 3NGYA 1WSHA 4FZYA 5HRRA 4CF0A 1RT5A 3ZT0A 3ZSOA 3VQQA 1RT1A 5D3GA 4C8LA 1RTIA 2VWJA 4W5TA 3WNGA 1C0UA 3OS1A 1IO2A 4JS4A 3MXMA 1S5JA 4GMJB 4CJ3A 3M8QA 1BIUA 2HNZA 3ZSWA 4M3TA 3KLHA 2HHWA 1KRPA 3KLIA 3SUNA 2X6SA 4DLEA 3U6FA 2VG7A 1J54A 2YHBA 3OYMA 1R0AA 2ZD1A 5SZTA 3DRRA 1BQNA 4AILC 2F96A 2G8FA 1ASVA 1TAUA 1KVBA 2YKMA 1U49A 5DMRA 3DLGA 4DSJA 1JKHA 2ATQA 3QO9A 4KAZA 4KREA 3K5NA 4OKJA 3V9ZA 3PX6A 2XHBA 3S9HA 1HJRA 4CJFA 1VSHA 4CHNA 1WAFA 4LH5A 2NUBA 2OYQA 3AVAA 4CF9A 2YNIA 4CJSA 4HUEA 1KFDA 1TK0A 4Z4EA 3CM6A 3SQ0A 3LP3A 3U3GA 1X9MA 3OYHA 4FCYA 3OYJA 2FC0A 4B9NA 2AJQA 4ELVA 4ID1A 3AVLA 4E7LA 2PYLA 4FJ7A 3QIOA 1O1WA 4ICLA 5KI6A 3NH2A 3OS0A 4IFYA 4FM2A 4E89A 2Y1IA 1WNSA 4Y1CA 3SI6A 4CF8A 1SKRA 1JLGA 5CYMA 5KRTA 3I8DA 3WNFA 1WSGA 1X9SA 1L3VA 3RMBA 2WONA 3DRSA 3TI0A 3P1GA 3F9KA 1GOBA 4CGDA 3NBPA 1VSLA 4RW9A 1JLQA 1NKBA 1NK8A 3NDKA 4QOZB 3RTVA 4MFBA 4UQGA 5JS2A 1I3AA 4DU1A 4DF8A 4CFCA 1LWEA 3PY8A 3AO4A 3CFPA 1C0MA 4I9QA 1JXBA 4KHNA 3AVMA 3VQ6A 4O0IA 2YV0X 3NF7A 5E41A 4M3XA 3KLFA 3MEEA 3QEXA 1D5AA 2B4JA 3NF6A 3IS9A 5CY4A 3VA3A 2BGGA 3O3FA 4N56A 4DQRA 4DQQA 4TSXA 4L8RB 4JRPA 3DLHA 3VQ8A 4FLYA 1TKTA 2Z1IA 2KW4A 1RBTA 3AV9A 2G8WA 2E6LA 1TAQA 1RT2A 4ZTFA 3DMJA 2LSNA 2KZZA 3QETA 1NKEA 5J2NA 3HSTB 3L3VA 4CJWA 4GVMA 4KFBA 2OZMA 2YHAA 3OY9A 4DTJA 4C8MA 1D9FA 4AH9A 1VRTA 4CIGA 3K59A 3PO4A 3NCIA 1BI4A 4J2DA 4FZXC 5KTQA 3T3FA 1XI1A 1ASUA 2XY5A 2E6MA 4CGJA 3ZT2A 5KGWA 5JS1A 2HW3A 2OPSA 3VQPA 4DG1A 1RT6A 1XHXA 5C25A 1NK0A 1QSYA 1B9FA 3D0PA 1LAVA 4Y1DA 3HPHA 4YNQA 4Q0BA 3PX4A 4FK0A 1C1BA 4FW2A 3NH1A 3K2PA 4DQSA 4DSIA 3RMAA 4DTNA 1J53A 1N5YA 2G8UA 4B9UA 2HNDA 4AHVA 4CEEA 3EYZA 1NKCA 3K5OA 1RT3A 2B6AA 1RTDA 2HHTA 3HVRA 2FBTA 1X9WA 4E0DA 3I0SA 5FROA 4B9SA 3HP6A 1A5VA 3VQ7A 1BCMA 2HVIA 2YNHA 1N6QA 4F2SA 4KPYA 4OLAA 1X1PA 1HYSA 4H8KA 5I3UA 3VQDA 1QQCA 2IC3A 5FRNA 1EKEA 4DF4A 1LV5A 2OZSA 4J2EA 2P5GA 4KTZA 3AO1A 4CJTA 3CM5A 3IG1A 2HHUA 2E4LA 1SL0A 3OYEA 4CF2A 4AHRA 2YNFA 4KV8A 3DYAA 4DTOA 2O4GA 1ITGA 1Q9XA 2KQ2A 3QEPA 1KFSA 1K6YA 3SJJA 1KLMA 2DFEA 3S3MA 2O4IA 4ZTJA 1S6QA 4O4GA 3KK2A 3RR8A 4KTQA 3KKSA 3I0RA 3MXJA 3NGZA 5HBMA 3NHGA 4DS4A 3NF8A 1B9DA 3OYKA 4FLTA 4BDZA 1S1WA 3FFIA 2GBZA 3LAMA 5DK5A 4CJKA 3SV3A 4DFPA 1L5UA 2XY6A 2P1JA 1VSFA 1T7PA 3L8BA 4W5NA 3AVHA 2A1SA 4E1NA 4FLXA 1XHZA 3QEVA 4E1MA 2OPPA 3NFAA 3K5LA 4CHOA 3NE6A 3IAYA 4KRFA 4FLWA 3C6UA 3V1QA 1TK8A 1KVCA 1LW2A 3G10A 4B3OA 2FBVA 3SCXA 4CK1A 4O44A 4E7KA 4K8ZA 1WLJA 3KTQA 3DRPA 4KB1A 4B8CA 3ZSRA 3KLGA 4PY5A 2XRIA 4OKEA 4NCGA 4CK2A 2QKBA 4NYNA 4IG0A 4B9LA 1RTJA 3ITHA 4Z4CA 4EP5A 4FZZA 5CZ2A 3KJVA 1YT3A 1C6VA 3VQ5A 1QSLA 4EZ6A 4KHUA 2XY8A 3V9SA 4CJEA 4E3SA 4DQPA 4KKOA 4FXDA 3M8RA 3MEGA 4O0JA 3HP9A 4CHYA 4KHWA 1JLEA 1REVA 4N41A 1CZ9A 3JYTA 4FK4A 1NJXA 3P83D 3VA0A 1QSSA 3QERA 3V9WA 1NOYA 1NK7A 4CJ4A 4FJMA 4FJ8A 4IBNA 4HUGA 2Y1JA 3DOLA 2Q3SA 5SWMA 3TWHA 5FRMA 3OYIA 3AVNA 1NK6A 1JLFA 3CFOA 1RBVA 4F8RA 2JLEA 1EP4A 2IAJA 4ID5A 4HCCA 3L3UA 2ZE2A 2GUIA 4DMNA 1RDAA 3HPOA 4LD0A 1L3SA 2VG6A 3ISNC 2ZQBA 3TAEA 3CFRA 1UOCA 1VRUA 1TKXA 1VSMA 2WOMA 4CFDA 2Z1HA 2W42A 3NGIA 3V81A 4F4KA 4CCHA 1XC9A 3NF9A 3UIQA 4KI6A 1BISA 1LWFA 3C6TA 4FK2A 4Z4GA 1W0HA 3D45A 3TAFA 1CZBA 4RW6A 4CECA 3ZT1A 1HQEA 4AHCA 1TK5A 1RTHA 2D0CA 4OJRA 3T1AA 4N5SA 3OJSA 3RMDA 4DSLA 3ZSYA 3V9XA 1ZBFA 4DSFA 4FJJA 3LPUA 3LWMA 4FJNA 4M3WA 2ETJA 4LH4A 3HYFA 4M41A 3V1OA 3AVGA 2ITGA 3OVNA 2X6NA 2IDOA 2YKNA 4W5OA 3MAQA 5HP1A 4DFMA 3NAEA 4I9LA 1HMVA 4M3UA 3AVJA 3CYMA 2IGIA 3K5MA 1S1VA 3ULDA 5HLFA 1BCOA 4JS5A 4DWIA 4R5PA 2KZMA 3ASMA 2GV9A 4OLBA 3KD5E 4JRQA 3OS2A 4FLVA 3SQ2A 4PQUA 3DLRA 1JLBA 1Z25A 4OGCA 4Z4FA 1EXQA 2KFNA 4NYFA 3LANA 2D5RA 1SKSA 4E7HA 3SUQA 4BDYA 3CG7A 2FBYA 1RBRA 3TAPA 4K8XA 1C1AA 2VG5A 4LSNA 1BL3A 1QS4A 2RPIA 1Q8IA 5C42A 4DS5A 4IKFA 1NJYA 3WNEA 1W9HA 3DOKA 2D0BA 3JSMA 3AA2A 3MEDA 4W5QA 3SUPA 1WSFA 2VWKA 4ELUA 2KTQA 1VSIA 1S1TA 2IOCA 3K57A 1IKYA 3LP0A 2OA8A 2G8KA 1KVAA 4HTUA 5EU7A 4KB0A 4BE1A 3QNNA 2G8HA 5I42A 1T03A 1S6PA 3OYCA 4JLHA 5CZ1A 3SV4A 1JLAA 3KIOA 4DTXA 4KO0A 1XWLA 3KD1E 4N76A 4J2BA 2JGUA 4CEBA 1U47A 4DU4A 4DTSA 3V6DA 3TANA 3K58A 3O4NA 4CK3A 2EHGA 4CEZA 3E01A 1A5WA 2P51A 3SYZA 4FYDA 1Y97A 4CHQA 4MQ3A 4I2QA 1VSKA 1CXQA 4CEFA 3L2RA 2PY5A 2KFZA 1BHLA 1GOAA 2HNYA 3HVTA 3CQ8A 1TGOA 3AA3A 3AO3A 4IG3A 4CGFA 4Q5VA 3PX0A 3RR7A 3HXMA 4Z4IA 4E7JA 1UAXA 1S9GA 4HHTA 1HYVA 1JL2A 3V1RA 1JL1A 1SKWA 5T7BA 1BIZA 1EX4A 3AO5A 1RBSA 2A1RA 1J5OA 5HRSA 4C8OA 3SQ4A 3QINA 1NK9A 4B08A 1RNHA 4CJ5A 4FJ9A 2YNGA 4OVLA 1LW0A 3QIPA 4IFVA 4RW4A 4CJLA 2R7YA 4DSEA 1NJZA 4CF1A 5FDLA 1YVUA 1DLOA 4HCBA 3M8PA 3MXIA 1D9DA 4H4OA 1ZBLA 3SPYA 4CGHA 1HNVA 1Z26A 3SQ1A 1VK0A 1GOCA 5HRPA 1QHTA 3KK3A 4CGIA 4WE1A 4J2AA 3DI6A 4DTRA 1NK5A 1BGXT 1FKPA 3VN5A 5C24A 1ZBUA 3LALA 4E19A 5KGXA 3VQAA 3OYLA 2B5JA 1RILA 1TL3A 4I2PA 1NK4A 3KKRA 1LWCA 1SUQA 4M3YA 2DFHA 3LAKA 4ELTA 2HHXA 2X74A 3PUFA 3SPZA 3G0ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UUBK 1GLAG 1RBUA 1RT7A 3A2FA 3HL8A 1U4BA 3FR0A 3LP2A 5AQYA 4FWOA 2GWKA 3MX5A 5CYQA 3SAGA 3PO5A 1DTQA 1M90O 3DLKA 3C95A 3SUOA 4EZ9A 5J2QA 3C94A 3KWIA 4DV7K 4DUZK 2RE2A 3MECA 5JVHL 1ATNA 4GW6A 1TUYA 3ZX3A 4DFKA 3RWUA 2ZGZA 4BWJA 3CJ9A 4CEQA 4O5BA 4C1NI 4WFNL 2KKZA 4YY3K 1UA0A 4CJRA 4YOYA 4GVEA 4BC2A 2I5JA 4NCAA 3LDPA 3KK1A 1HNIA 2P9NB 2KHOA 1NJWA 3LDSA 4GV9A 5DM7L 4DCHA 5HROA 3C6AA 4K42A 1ZBIA 4LFAK 4FLZA 4JAXA 4CJVA 1QTMA 3U9ZA 4CESA 1F21A 5J1EA 1RCHA 4DQ8A 1ASWA 3ZSZA 2F8SA 4FW1A 1JCGA 3CCSN 4M42A 3FZLA 5AQUA 1VAZA 4GV6A 1YVNA 4RW8A 1P8ZA 1M1KO 3FFKB 2P9UA 1I94K 3DLLL 1EETA 4DU3A 3VQ4A 3M8SA 4M3ZA 4PWDA 2WC9A 3OYNA 4XIUA 2H3GX 3HPGA 1LAWA 2CGKA 2HHQA 3TARA 1S1XA 1BQMA 3A8YA 4PUOA 3PSFA 3THYB 3TAGA 1NMDA 4CHZA 4CJPA 4FM0A 4JKHA 2ZGYA 1A5XA 1I39A 2YJEA 4CFAA 4WQ4A 1SAZA 3LPTA 1IG9A 4DFJA 1B92A 1LCUA 3THWB 1VQKN 1RDDA 4DQIA 2QA4N 4FOIA 2ASPA 1D8YA 1HRHA 3U3YA 4CHPA 2HHVA 2QXFA 4EP4A 4O55A 1U48A 3AVIA 4CZKA 4FM1A 4CVNE 1FK9A 2HVHA 1KLNA 3ZEUA 1VQ9N 4C8NA 4I7FA 4JV5K 4F2RA 1TKDA 4LF4K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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