1Q86O

Crystal structure of cca-phe-cap-biotin bound simultaneously at half occupancy to both the a-site and p-site of the the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q86O00
1YI2N 3CCJN 3PIOL 3CF5L 5GADP 1N8RO 1Q86O 1W2BM 4IO9L 4IOAL 1Q7YO 1VQNN 4UY8O 2OTJN 3OW2M 4WFAL 2ZJRL 1Q81O 5HL7L 3CMAN 1VQ6N 1Q82O 3CC2N 1VQ4N 1KD1O 3CCUN 3CCSN 5DM7L 3PIPL 3G71N 1K73O 1M90O 1VQ5N 2ZJQL 3CMEN 4WF9L 1VQMN 1VQLN 1YHQN 1QVFM 3CCQN 1VQ9N 3CCRN 3G6EN 3CCMN 4WFBL 1VQON 3I56N 4IOCL 2OTLN 2QEXN 3CD6N 1NJIO 5GAGP 3G4SN 1YJ9N 1K8AO 5JVHL 1VQPN 3CCEN 5GAHP 3CCVN 4WFNL 3CPWM 3CCLN 1KC8O 1YITN 3CC7N 3CC4N 5JVGL 1YJNN 5GAEP 5MLCQ 1K9MO 1M1KO 5DM6L 1JJ2M 2QA4N 3DLLL 5H1SQ 2ZJPL 1VQ8N 1VQKN 1VQ7N 1S72N 4U67L 3I55N 1YJWN 4WCEL 3CXCM 1ILYA 1OVYA 1KQSM 1YIJN 1QVGM 3J7ZO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A5BA 1BOTO 2ASMA 3GDQA 3O5BA 3VQ6A 3SLCA 3AVIA 4DV3K 3LDLA 3SV3A 3UB5A 2I7PA 3K57A 1Q9XA 4JK9A 1ZBSA 3LAMA 5EXWA 3M1FA 2WC9A 1R0AA 2E20A 4JI5K 1Q81O 4BRQA 1N6QA 3O4WA 4CW7B 1KD1O 3CCSN 5FRMA 2H3GX 4FK0A 3H45C 1XNQK 3D2EA 4W5NA 4LD0A 3KVGA 5EOYA 2PZSA 4BDYA 1YVNA 4BC5A 1UWBA 3M6GA 3E9OA 3C6UA 4JN4A 2Q1NA 2JWKA 2D0OA 3O08A 3NGYA 2RPIA 4KH4A 3TTCA 2DTUA 3TSUA 1C0TA 4CF8A 5J1EA 3WNFA 4HHTA 1S6PA 1SKRA 1KFSA 1QHTA 2Q3SA 1DKGD 3NFAA 4BE1A 1HPMA 4FW1A 3MWTA 3EZ5A 2OPPA 1XMOK 4IOXA 4M3XA 4DLEA 2GEMA 2O8FA 4B9QA 4ZTJA 3ZSQA 1HX1A 2BDPA 5E84A 3HM9A 3KK7A 3SUPA 1OH7A 1NJWA 4FLWA 5JICA 4DSIA 5SWMA 3SPYA 2RN2A 2O8CA 4KFBA 2O8DA 3PX4A 4WQ4C 1M1KO 5DM6L 4KHWA 1G99A 4BRCA 1MDUB 3DLEA 3MX5A 4DTNA 3IFRA 4KPYA 4FJ5A 3THWA 1WN7A 3IKMA 3CXCM 3EO3A 4CHYA 1WSIA 2G8WA 3DMJA 4ILHA 1VSEA 2P9PB 5KQ8A 4FJ8A 1W0HA 3LDQA 2HHUA 2QWQA 3M5RA 1FK9A 1KVAA 1X9WA 1XC3A 3FZKA 1RDCA 1TAQA 2EWSA 1BUPA 3O8MA 1T7PA 4HCCA 2DFEA 3U3YA 5I9EB 3MN9A 2IC3A 3PLAA 2HBJA 4M3RA 5A2QO 5I42A 3LP0A 4AF1A 2FSKA 3QESA 4ZTFA 3L2WA 2FC0A 2HHSA 4FW2A 3L2VA 3HSCA 2HBLA 3UE5A 1BDGA 2W6LA 2E5LK 3D2FA 3A8YA 4FVUA 1OH8A 3RMCA 4NO7A 4F3OA 5TKYA 1D5AA 1O1WA 4DTPA 3OYAA 4M45A 1VQLN 2E2OA 3SBGA 3AGRA 5LL6Z 3CCQN 3PO4A 4F8RA 3SJJA 3VTHA 2WOMA 3ISNC 4RCHA 1B9DA 3G10A 1YTUA 3LANA 3DXKB 1C1AA 1U04A 2FLOA 4O5FA 4H0PA 4EHUA 2QWOA 3H46O 4DF8A 3BZKA 1D4XA 1HLUA 2O8EA 1P90A 4YOWA 4CF2A 3A2FA 3EZWA 3CCEN 2FXUA 3HPHA 4R79A 3A0IX 3V4IA 2IVNA 4B8CA 4KI6A 4OPKA 1CZBA 3EYZA 4K0KK 4CFDA 2A41A 2KW4A 3BF1A 4GV6A 4CF0A 5BRHA 3VGLA 3VESA 4PKHA 4YHHK 3SZ2A 3ZSVA 3DYAA 3CJAA 2WONA 3J8AA 2X6SA 3L2QA 4JI2K 2XY7A 1FKOA 4DFMA 4GKJK 1NK0A 4CJKA 1JLFA 1RFQA 3Q7CA 1BIUA 1ZBFA 4DR4K 1D9DA 1XI1A 4EHTA 5KGXA 1S1TA 1BISA 5JS1A 5BPMA 4DR7K 1T3VA 3ZT1A 3MEGA 2EHGA 4PA1A 2Z1JA 5AQVA 4PL8A 3HTVA 4CJLA 3CF5L 1EWQA 2OYQA 3GOIA 1W7AA 5C2DA 4WE1A 1U6ZA 1GLBG 4CEBA 3CERA 3TAFA 2KHOA 3AVMA 3HBTA 3DXMB 4JKGA 3FE1A 4BY9C 1ZBHA 4BRPA 4DR2K 4Z0UA 3HOSA 1CZAN 1IG8A 1NGGA 4ICLA 2NRRA 4FPAA 2BE2A 4CD1A 2KFNA 3THYB 1RNHA 3HT3A 2B6AA 2A42A 4JI4K 3BUZB 2V51B 3QLHA 4KH5A 4DHYA 4FLXA 3C7NA 4FJMA 4ILJA 1HNXK 1Y97A 4WF9L 3NAEA 2GX9A 1NK9A 5HLFA 5C10A 2OZMA 3DOKA 2NLXA 4O44A 3P83D 4OLBA 1BI4B 3SCXA 4Z4CA 4DQPA 2RHKA 4AM7A 4ELUA 2NZTA 4Q0BA 4CJ7A 4FM2A 3TSQA 5AQOA 2JWLA 2XRIA 4H5RA 2YKMA 3OVNA 4CJSA 5KPTA 4B9TA 1S6QA 1VK0A 5GAHP 1VRUA 1EWRA 3DM2A 4XH1A 3NVKA 3BDPA 4FJXA 3DRRA 4A2BA 1S1XA 4CJQA 4J2DA 2YHYA 3WQUA 4C23A 5EY4A 2JLEA 4FJIA 3JAMO 2ZWHA 1YVUA 1TVRA 1E3MA 3N4PA 4H0OA 4DKWA 3KK1A 4OX9K 1C0UA 3ASMA 1J6ZA 1IG9A 4JK8A 1KXPA 3S3MA 5KGWA 4BDZA 2E2QA 3VQQA 4NB4A 1QE1A 4DS5A 5KTQA 4M3WA 3QO9A 3DLLL 4M7XA 2O4IA 1S72N 2E1YA 4OPAA 4BVPA 4CBUA 4KV8A 3I8DA 1WSHA 3CIPA 4MDBA 1C0GA 1J9AA 3H08A 4CGGA 1VHXA 1BO5O 3QIPA 4E7LA 4M3TA 1HKBA 3K0SA 4JD2A 3MK6A 3U9ZA 3D45A 3L2RA 3DLGA 4CGIA 4EZ9A 3PIOL 3VQDA 5AZJA 4N76A 2ITGA 4J8FA 2Q0RA 4H0TB 1ASVA 2AP1A 3OW2M 4M3UA 2QWRA 2YKNA 4FLYA 3QMLA 1Z25A 3DLBA 2D5RA 3TARA 4JI0K 1QSSA 4J2EA 4ID1A 1RTIA 3CG7A 3G71N 1X1PA 4ELTA 1A5VA 1K73O 1GLAG 1Y64A 2V7ZA 4BVOA 3BEXA 1KLNA 4FSVA 1GLJO 1QSLA 1NBWA 3QETA 3KWGA 4FLZA 1QVFM 3LP3A 1NK5A 4CZJA 3MN7A 5AQKA 1NGAA 4CGFA 1ASUA 3J80O 1Z05A 4CIFA 4Z94A 1VSHA 2DFFA 5KPRA 3PX0A 1TYQB 4FJLA 3HO1A 3AAPA 2BGGA 1I94K 2XHBA 3VEYA 4CFBA 4I7FA 1NKBA 3N4QA 4CJTA 1RTDA 4E7HA 3K2PA 4FLTA 4A59A 3KKRA 3R9PA 4B1UB 2XO7A 2YJFA 2ZD1A 1S9EA 4E1NA 3TSPA 4F2RA 4NCAA 2UYTA 3SYZA 3VQCA 3L8BA 4M41A 2NNWA 4IWVA 5CZ2A 4I6MA 1VQKN 1QS4A 2P9KA 4BWJA 3OYLA 4LFAK 4X62K 3HVRA 3VQ5A 2D0CA 2V52B 4E3SA 1SL0A 4L8RB 2UUAK 4F4KA 4DV2K 3NH1A 1ZC6A 1QVGM 4B8AB 2IDOA 4B3MK 3E1YA 1DLOA 4DTXA 4C8NA 5AFUH 1XNRK 4UQGA 1WOQA 1N8RO 1A5XA 3RSEB 1ESVA 1Q86O 4A62A 3CJCA 3QEWA 4ELVA 2UXCK 3V9XA 1RT3A 4DU1A 3LPTA 4FVMA 4RTFD 3LWLA 2FF3B 3QBXA 4PY5A 4HVJA 3AVAA 3IUCA 3T1HK 2P1JA 3KIOA 2QWPA 4H4OA 5C0YA 4JI1K 2VG5A 5B8HA 3VF2A 2HHWA 4AILC 2IOCA 3V9SA 3O3GA 4LH4A 4GY2B 1L5UA 2HF4A 3O3HA 2Q97A 3ZETB 1BG3A 1N32K 4E1MA 5JMVA 3VQPA 1RBVA 1HNZK 2G8IA 4IXCA 4BRAA 3KK3A 4CZLA 4IOCL 1TK0A 1HNVA 3VEZA 4MQ3A 3IS9A 4NCGA 1VSIA 4FO0A 2AA4A 1O13A 5CZ1A 3G4SN 3DLHA 1YJ9N 4B9SA 3AGKA 1YAGA 1L3VA 4YOVA 4DV4K 5HRSA 3THXA 4H5TA 4CK2A 1NU0A 3B8AX 4BRKA 4FZYA 2XY8A 3HM8A 1KVBA 1NGEA 4IG3A 3HPGA 4QS9A 1NMDA 4MLHA 2Q2RA 1IKYA 4DV1K 4IFYA 4LF6K 4LF4K 2F9WA 4BRHA 3NDKA 1BWFO 3GBTA 1NJYA 3VF6A 1QQMA 5CE3A 3QBWA 4KRFA 4FWPA 1CZ9A 2O4GA 4B1XB 4KTZA 3D7EO 3NF8A 4IFVA 3G0ZA 3ZT3A 1UA0A 4JKCA 5DK5A 3CCJN 1FKPA 3WEEB 3CETA 5AZIA 5BR9A 5M1FA 4CK1A 1REVA 4KHYA 4KAZA 4M42A 2P9LB 5M1KA 3ALYA 3BGRA 5AQJA 4K43A 1F21A 4CGJA 4CGDA 3PIPL 3QNNA 4DV7K 3QNOA 3ID8A 4FWNA 1TK5A 1QZ6A 2HMPA 4FWSA 2GBZA 4BQLA 3KLFA 2Z1IA 4BREA 4CHNA 1HNWK 2GV9A 4LF9K 2KTQA 2IVPA 3FLCO 4N47A 4BRNA 1LCUA 2OPSA 1Z6RA 2BUPA 3K59A 1HMVA 2OANA 2QXLA 1GLDG 3F73A 4DQ8A 1T03A 3WNHA 4DQIA 1WSFA 2HHHK 4JRPA 4AHCA 5FPEA 3V1OA 4LSLA 3TAEA 4LFBK 1WAFA 2P9NB 2QI2A 3KHYA 4V19S 1TKTA 2VWJA 4ISGA 3C65A 1J5EK 2P9IA 4E19A 3M3ZA 1BHLA 1BA0A 1N36K 4FJJA 3J81O 1YITN 1UAXA 3HOTA 1J53A 3F2KA 4OGEA 4KB1A 4IO8A 1KCFA 1ATSA 3I0RA 4XIUA 3CJBA 2VQFK 2HNDA 1MA9B 4B9VA 1TUYA 3NH2A 3LWMA 3AVBA 3QEVA 3OYHA 1IH7A 3A5NC 3AV9A 3G25A 4AQYK 3ZSOA 3UKRB 4PWDA 3AVJA 4CGHA 4BR7A 2HBMA 3TR8A 1RDWX 4I2PA 3WNEA 1LOTB 4B9UA 2YNIA 4DFKA 4GW6A 3DI6A 3PSIA 4JHDB 3CQXA 1S9GA 4CZEA 4CHQA 2OZSA 4JLHA 3OY9A 1NLVA 2GTDA 3AA4A 3ULEB 4QCLA 3EE8A 2A5XA 2HVHA 5D3GA 5FROA 1WNSA 3VF4A 4IBNA 1C1CA 5AR0A 4BR2A 3K5NA 1M90O 2D0PA 5ELZA 4FWRA 2ETJA 4KTQA 3C6HA 3MECA 1K8KA 2P9SB 3QICA 4BE2A 3R3LA 3TAMA 1EP4A 2O8BA 4YDUA 1NK7A 3C6AA 1SKSA 3L4QA 4KKOA 3OYDA 3LL3A 1LAWA 4A57A 2XY5A 4M3YA 3CCRN 3T3FA 3CCMN 2DPNA 3CJ7A 3I56N 3AO1A 3SAFA 3W3DA 4U7BA 1TV6A 3NE6A 4Z4EA 5AQHA 3ZEUB 2VGNA 5FPNA 1NGJA 4DF4A 4YOTA 3HK2A 1C0MA 1CXUA 3WUHA 4E89A 3H3OB 3ZETA 4C8LA 1LWFA 2P51A 3WNGA 1NJXA 1KTQA 2X6NA 2LSNA 3HPOA 3MEDA 3CCVN 3SAHA 4DV0K 2P5GA 4KHQA 3K9JA 3U8XA 1U2VA 5BPNA 4DSKA 4ILGB 3GE1A 5LJVA 4CEAA 3OYIA 5EVZA 2PYJA 4YOXA 2OPRA 1K9MO 4FJHA 5AQSA 2ZGYA 1L3SA 1RTHA 3UKUA 4DUZK 4CFAA 1DEJA 4Q5VA 3OYFA 2ZJPL 3QEPA 3PUFA 3I55N 1SV5A 2HB5A 1HYZA 1JL2A 3LP2A 1ILYA 5KI6A 1OVYA 3TAGA 3CFRA 3KK2A 3FZMA 4Z4GA 4HWIA 4I2QA 3KD1E 3CYMA 4MLEA 5EX5A 3SJHA 4X65K 1NG9A 1C6VA 3TTFA 1XMQK 3VEVA 3P39A 5JS2A 4DTMA 4FL9A 3MCAB 3LDSA 4FJNA 2NRVA 3D0PA 3SK3A 3SQ0A 4YOYA 1Q18A 4Z4IA 4C1NK 1Q8IA 4KBOA 3S3NA 4KI4A 1TKDA 3C94A 1U4BA 5HL7L 3CPEA 1Q82O 3KD5E 4C1NI 3CCUN 3O3FA 1OVQA 4BRIA 2QWNA 5AQXA 5AQYA 4CJEA 3DWLA 4CBWA 3SUNA 3L0QA 5AQNA 4B9LA 4L3QA 3KKSA 2BANA 2YV0X 1JLEA 4O0IA 3GG4A 1QQCA 4FWLA 3KLHA 4FLUA 5I3UA 4WQ5C 1W9HA 3OYGA 3TWHA 4CVNE 1VQ9N 4YY3K 3HJFA 2ZQBA 3VQ7A 3SPZA 2KLAA 3H1QA 3E9PA 4K8ZA 2WBNA 4CEOA 4IJAA 2IGIA 4F9OA 2KKZA 4C8OA 4XH5A 4CCHA 5BN8A 1MWKA 5AQGA 1NGHA 3JS6A 1IKWA 3ZSZA 2GUIA 4LFCK 2YNGA 4K25A 3MAQA 4JI6K 2I7NA 3OJUA 3ZX2A 2B5JA 3MXIA 1N33K 1RT7A 2KQ2A 3T69A 3EKSA 4G1QA 1BQNA 1I3AA 2IIRA 3WXJA 5MLCQ 3L4IA 4OLAA 1RT4A 5AQZA 4DTUA 3ZLJA 1VSDA 5F1XA 3NGIA 2QA4N 1DT9A 1RBSA 4BR9A 4B3TK 4JI8K 3OYNA 1V4SA 3CM6A 3A5MC 2KZMA 3VA3A 4H4MA 4Z4FA 3ENBA 2A1SA 4H03B 4DV5K 4BDPA 3MN6A 3SQ4A 2IS3A 1D9FA 3VPZA 2B4JA 2HHTA 3O1BA 4FJKA 1ZXOA 1RDBA 1IO2A 4FCYA 1NK6A 4DU4A 1TK8A 1YF5L 4DS4A 1W2BM 2F4VK 1Q7YO 2WUSA 1N5YA 2HVIA 5T7BA 1BQMA 1U49A 4IG0A 4LC9B 3WQTA 1JCFA 2J4RA 4CZIA 3SV4A 4JI3K 4CIGA 3CC2N 2E8AA 4O8UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YI2 N;  3CCJ N;  3PIO L;  3CF5 L;  5GAD P;  1N8R O;  1Q86 O;  1W2B M;  4IO9 L;  4IOA L;  1Q7Y O;  1VQN N;  4UY8 O;  2OTJ N;  3OW2 M;  4WFA L;  2ZJR L;  1Q81 O;  5HL7 L;  3CMA N;  1VQ6 N;  1Q82 O;  3CC2 N;  1VQ4 N;  1KD1 O;  3CCU N;  3CCS N;  5DM7 L;  3PIP L;  3G71 N;  1K73 O;  1M90 O;  1VQ5 N;  2ZJQ L;  3CME N;  4WF9 L;  1VQM N;  1VQL N;  1YHQ N;  1QVF M;  3CCQ N;  1VQ9 N;  3CCR N;  3G6E N;  3CCM N;  4WFB L;  1VQO N;  3I56 N;  4IOC L;  2OTL N;  2QEX N;  3CD6 N;  1NJI O;  5GAG P;  3G4S N;  1YJ9 N;  1K8A O;  5JVH L;  1VQP N;  3CCE N;  5GAH P;  3CCV N;  4WFN L;  3CPW M;  3CCL N;  1KC8 O;  1YIT N;  3CC7 N;  3CC4 N;  5JVG L;  1YJN N;  5GAE P;  5MLC Q;  1K9M O;  1M1K O;  5DM6 L;  1JJ2 M;  2QA4 N;  3DLL L;  5H1S Q;  2ZJP L;  1VQ8 N;  1VQK N;  1VQ7 N;  1S72 N;  4U67 L;  3I55 N;  1YJW N;  4WCE L;  3CXC M;  1ILY A;  1OVY A;  1KQS M;  1YIJ N;  1QVG M;  3J7Z O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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