3KKRA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form i
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTKYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
source organism Bovine immunodeficiency virus
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kkrA00
1L3VA 2KQ2A 2FBTA 3QNNA 1BCOA 1U48A 4CJEA 2IC3A 4CJPA 1FXXA 1KTQA 4W5QA 2HB5A 3KK1A 1UWBA 3AA5X 3SQ1A 1GOCA 1RT2A 4HUFA 4K8XA 1TAUA 2DFHA 4BE0A 3D45A 4CJVA 3LPUA 1NJYA 1SKRA 1JLFA 3TR8A 1CZBA 3MEEA 3O3FA 3NF8A 2W42A 1HYZA 4DU1A 4E7LA 1QQCA 1VSIA 1R0AA 4KAZA 1RNHA 3VA0A 3SYZA 3T1AA 1JLGA 1IKVA 2OPRA 3TAMA 4AHVA 2EHGA 3O3GA 4OPKA 3L8BA 4MQ3A 5J2MA 4B9SA 1TK0A 5E41A 4KRFA 2NUBA 4Z0UA 4LY7A 4CJSA 3OYDA 4M3YA 5HRPA 4KKOA 2A1RA 3M8QA 2HHSA 3AVMA 2RPIA 2PYLA 1IO2A 1IKXA 3IG1A 2OPPA 1NKCA 3KIOA 2HHQA 3OYIA 1NJXA 4QCLA 1UAXA 3KK2A 3HP6A 5J2NA 1VSDA 4IG0A 3ZSYA 4CIEA 3MECA 3OYNA 3NE6A 4RW7A 1VRUA 1RBSA 3ASMA 2HVIA 2G8HA 3SNNA 1SKWA 1D8YA 2DY4A 3SZ2A 3SUQA 3C6TA 2G8IA 1VSHA 3ZT2A 4BACA 3UIQA 1BGXT 4CJ4A 4N56A 3L2RA 4FJHA 1NK5A 4KI4A 4HCBA 4CF1A 2F96A 2IGIA 1JLBA 3AA2A 3S3MA 1QTMA 2PZSA 2KFZA 1XHXA 5SWMA 5HLFA 1LW2A 1S6PA 4IG3A 1N6QA 1HQEA 3L3UA 4Z4HA 4ICLA 3KTQA 2XY6A 4O0JA 5KGWA 4OPJA 3NFAA 4O0IA 4CJWA 3LPTA 3C94A 3TAEA 3MXIA 1DTTA 4I2PA 1YVUA 4DU3A 4B9NA 5HRSA 3LWLA 2QK9A 3OJSA 1D5AA 3CFPA 2BANA 4I2QA 4AHTA 4Q5VA 4M42A 2XY5A 1WSGA 3KKRA 1RBVA 1J53A 4DQRA 4CK3A 2VWJA 4B9LA 1U4BA 3NGIA 4LSLA 2KZZA 2YHBA 3OYAA 4W5TA 3ZSZA 1DLOA 3ZT1A 4B08A 4CJUA 3TABA 3THVA 1RT3A 1J9AA 4DFMA 1D9DA 1ZBIA 4N47A 1JLAA 1KSPA 3HK2A 2PYJA 1TAQA 1VSLA 4OKJA 3HPOA 3A2FA 1IG9A 1BQNA 4E0DA 2VG7A 4HUGA 1T8EA 3DRRA 3HPHA 1TKTA 4Y1CA 3OYCA 4FJ5A 4B9VA 1A5WA 1EETA 1RDBA 3KD1E 4KTZA 2G8WA 4DSLA 4NCGA 4CF2A 1NOZA 3SUPA 4G1QA 4CJ3A 2G8VA 4AH9A 3HT3A 4FJMA 1KVAA 1F21A 4JRQA 1RBUA 4CJKA 1NK7A 5I42A 3TAFA 1WSFA 1S9GA 2DFFA 3KD5E 5KI6A 4JS5A 1TK8A 1RTDA 4CGJA 4KHNA 5CZ1A 2Q3SA 3NH2A 3DLBA 1JL1A 1ZBUA 2HNYA 4W5NA 3OYGA 4ZHRA 3ULDA 1SUQA 2VG6A 3QEXA 4CF0A 3LP3A 4CJQA 5KGXA 3NF7A 1QS4A 3K5MA 1S1TA 1N5YA 3PY8A 4FZYA 4FJGA 3OS2A 1S5JA 3QETA 3TAGA 3AO1A 1RDAA 2I5JA 2O4GA 2FBXA 4E7KA 3OJUA 3V81A 1LV5A 4Q0BA 3U3GA 3K5LA 4OKEA 1X9MA 4J2AA 1CLQA 3NCIA 2OA8A 4F3TA 1JKHA 1HYVA 4OGEA 1XHZA 1L5UA 4DSIA 1S9EA 1HPZA 4FLYA 1U47A 3QEVA 1NOYA 3ZSOA 4F3OA 3LP2A 2AJQA 2HHVA 5CYQA 4FLUA 1Q9YA 1RT7A 1WSJA 3HSTB 3NHGA 1L3SA 5FRNA 1G15A 2P51A 1TK5A 1YT3A 3LP1A 3V1RA 3P83D 4ELTA 4FK0A 3QEIA 3KJVA 3BGRA 1JLQA 3OS1A 1NK8A 5CY4A 3HJFA 3PO5A 4M3UA 3AVLA 3LANA 3G10A 1YTUA 3OYJA 2B4JA 2YNGA 4DU4A 1A5XA 3PX0A 2JGUA 3TARA 3HXMA 4W5RA 4AHCA 2PY5A 3L3VA 4FJXA 2B6AA 3F9KA 3IRXA 4CHNA 3HO1A 3C95A 3FFIA 1ZBLA 3OYEA 3BDPA 1XI1A 1NJZA 1MU2A 1S1XA 1RBTA 1S1VA 3LAKA 4CEEA 1RCHA 1T03A 1L3TA 4M3WA 1JLEA 4Z4EA 4NCBA 1B92A 4DQSA 3AVGA 4CJ5A 1O1WA 4E19A 3HVTA 3LP0A 4CIGA 1RTIA 4TSXA 4IKFA 4CEZA 1ZYQA 3DOKA 3RRHA 5FRMA 2IDOA 3AVJA 3SPYA 1T05A 1BI4B 4BWJA 4CERA 4CHZA 5JS2A 4FJ9A 2FBYA 1I3AA 2ETJA 4CF8A 5KRTA 4RG8A 4M3RA 4CF9A 3K57A 4AHRA 1EP4A 2KW4A 3ZT0A 4AHSA 3OYKA 3F73A 2KFNA 4C8KA 1XC9A 2D0AA 5DMRA 3I0SA 5K14A 3K5NA 4EP4A 4FK2A 2YV0X 1KVBA 4GVMA 3ZSVA 3RMCA 4J2BA 2KZMA 1VRTA 3O4QA 4AHUA 1WSEA 1DTQA 5KRSA 4KREA 1VSKA 2D0CA 3CQ8A 3QESA 1X9WA 3B6OA 1HRHA 4DQQA 1GOAA 1RTHA 2E4LA 1FK9A 4EP5A 3NH1A 4CK2A 4DSEA 2F8TA 1HJRA 2RF2A 4FJ7A 3RRGA 1B9DA 2QXFA 4QAGA 3C6UA 1ITGA 1HQUA 2GV9A 1WAJA 3NBPA 1C0MA 3AO2A 4IFYA 4CECA 4CHYA 4I9LA 3SUNA 1S1WA 2WONA 1EKEA 4RW8A 2DFEA 2Y1JA 3L2UA 4E1NA 3CM5A 3DLGA 4DF8A 4RW9A 3ZT4A 1SL2A 3ZSXA 3WNFA 5FROA 3LDSA 4GMJB 4O4GA 3L2WA 3ZCMA 1BIUA 4CESA 4DFJA 4HHTA 1A5VA 3HPGA 1VSMA 3U6FA 3V1QA 3RMBA 2G8KA 3OY9A 3NH0A 5FDLA 4DTSA 4FW1A 3MXJA 3QEPA 2YNIA 1JLCA 1TGOA 1WAFA 4E89A 4C8NA 4JLHA 4FJNA 3M8SA 1TKXA 3U3YA 4UQGA 2ZD1A 3K5OA 4DQIA 4CCHA 4ELUA 3CG7A 4E1MA 3TANA 3HL8A 3AO4A 3ISNC 3LWMA 4E7HA 1Q8IA 2Y1IA 3NF6A 5DK5A 4CK1A 4DTMA 3DLHA 4OLAA 1Z26A 3S3NA 1BQMA 3AO3A 1IH7A 2YNFA 3ALYA 4EZ9A 3H08A 1LWEA 1NK4A 1NKBA 1NK6A 2FBVA 2F8SA 1C1BA 2RN2A 2VWKA 4W5OA 1C0UA 1FKPA 3DLRA 1KRPA 3DLEA 3LALA 1D9FA 4YNQA 2QKKA 3NAEA 1TKDA 3B6PA 3EYZA 1NK0A 2P5GA 4F8RA 1RDDA 2XRIA 1IKYA 5EU7A 1RT5A 3ITHA 1U45A 4XIUA 2IOCA 2XY7A 3OYMA 1L3UA 4KHSA 2YHAA 4H8KA 4DF4A 4DWIA 4O55A 4E7IA 1HNVA 3VQ5A 2DTUA 3VQ8A 1QE1A 3CYMA 4CHPA 3PUFA 1LAWA 4O44A 1CXQA 1TV6A 5CYMA 4B9MA 4B3OA 4J2DA 4FLVA 5HBMA 4DTJA 4DS5A 1NKEA 4KHUA 3WNEA 4E7JA 2Z1HA 3WNGA 1IKWA 4OVLA 1CZ9A 3VA3A 4FLXA 1EX4A 4CEFA 1NJWA 3OVNA 2GBZA 4JS4A 1BCMA 4IDKA 4CGFA 3IAYA 3G0ZA 1WN7A 4QOZB 3SCXA 1WNSA 3PO4A 4FJJA 2KTQA 3HVRA 4CEAA 4CGDA 3KLEA 3PV8A 4F2RA 3I8DA 4PY5A 3MEDA 3QLHA 2B5JA 4CGHA 4Z4CA 5T7BA 2BE2A 1T7PA 3O4NA 3WNHA 3AVFA 4ID1A 2EX3A 3V4IA 4DTRA 4RW6A 3M8PA 3VQEA 4CFAA 1B9FA 4CHOA 4PWDA 4FYDA 5JS1A 2E6LA 3VQDA 3MAQA 4AILC 4FLWA 3JSMA 1KFSA 2HMIA 2IS3A 3LAMA 3ZSWA 4CJFA 2HHXA 5HP1A 1S6QA 1EXQA 2LSNA 5J2PA 4M3ZA 1I39A 5HROA 3RR8A 1RBRA 3VQBA 1C1AA 4ID5A 4FM0A 3L2VA 2HHTA 1VSJA 1RT4A 1SV5A 3VN5A 2IAJA 2ZE2A 4DTUA 5J1EA 3KLIA 3DOLA 3SPZA 4DFPA 5HRNA 3KK3A 3RR7A 3ZT3A 1SL0A 3SV3A 4CHQA 5I3UA 4LSNA 2HHUA 2XO7A 1CXUA 3VQPA 3NDKA 4CEQA 4DS4A 4ZTFA 3DMJA 5C42A 4DLGA 4K8ZA 3V9WA 3TAPA 4FZXC 2X78A 3AVBA 4PUOA 1C0TA 1HNIA 1Y97A 3SV4A 1LAVA 4CJRA 4FLTA 4BE1A 4Z4FA 1W0HA 2GUIA 3T3FA 2RKIA 4C8LA 4RW4A 2D5RA 5J2QA 4FJIA 1TL3A 4OJRA 4FK4A 2P1JA 3L2QA 4BE2A 3SI6A 1KLNA 4B9TA 1JXEA 2G8UA 1QHTA 1BI4A 4CFDA 4LH4A 1QSLA 2OPQA 4O5BA 4F4KA 2YKMA 4IFVA 4DSFA 3QIPA 3VQ6A 2OZMA 1WLJA 4FM1A 4KO0A 4KTQA 4EZ6A 4HTUA 1RDCA 4CFCA 4N41A 3MEGA 4R5PA 1TKZA 1WSIA 4BWMA 1BIZA 4M41A 4CFBA 3OS0A 4DTPA 2A1SA 3SUOA 3P1GA 1BHLA 3SJJA 1QSSA 3TWHA 3T19A 4FJKA 4PQUA 4HUEA 1Q9XA 2X74A 1TVRA 4FVMA 4DTNA 2BGGA 4KI6A 4CGGA 4FCYA 2Z1JA 3S9HA 2X6NA 4CEOA 4NYNA 2R7YA 4DLEA 3V9XA 4FJLA 4MFBA 1SL1A 3D0PA 3JYTA 3NF9A 1UA0A 4I9QA 2X6SA 4J2EA 1VK0A 4FZZA 4CE9A 4CIFA 1HYSA 3RMDA 2O4IA 3MXMA 1U49A 1RT1A 2OZSA 4DSKA 4E3SA 1VSFA 1J54A 3DRSA 3EY1A 3LZJA 4WE1A 1XWLA 3ZSQA 4N76A 4KHWA 4KV8A 1ZBFA 3AVIA 1KCFA 3V9UA 3IS9A 3VQ9A 3VQ4A 4BDZA 4DTOA 3V6DA 3RMAA 3AV9A 4NYFA 5CZ2A 1JXBA 5D3GA 3QEWA 3TI0A 4KFBA 1RT6A 2XY8A 3CFOA 3AVCA 3SQ0A 4DQPA 4I7FA 4DSJA 4CEDA 4N5SA 1UA1A 3KKSA 2OPSA 1ASUA 3EZ5A 1SKSA 3K59A 1BISA 4GW6A 4B8CA 2ATQA 3HYFA 3VQ7A 3NGZA 4FLZA 1ASWA 1K6YA 4FM2A 4CJTA 4DTXA 4DFKA 3SQ4A 4KHQA 3QERA 4ELVA 1VSEA 4DMNA 3DLKA 2Z1IA 3E01A 3AA3A 3V1OA 3KLHA 1X9SA 2VG5A 3P5JA 4BDPA 3AVAA 3CM6A 1J5OA 4ZTJA 4OGCA 3DM2A 1TL1A 3AVKA 3HM9A 1YTAA 4CJLA 1JL2A 3QINA 4KB0A 1REVA 1S1UA 2JLEA 3O3HA 1UOCA 3DYAA 3I0RA 3K2PA 3SQ2A 1HMVA 4PA1A 2ITGA 4YFUA 2Z1GA 3VQAA 3M8RA 5HRRA 1LWCA 2HW3A 2D0BA 5SZTA 4H4MA 1Z25A 3DRPA 3OYLA 1LW0A 3KLGA 3K58A 1QSYA 1KFDA 2HVHA 1WSHA 1GOBA 2WOMA 2YKNA 4CGIA 4JRPA 3ZSRA 2P5OA 4BDYA 4L8RB 3DI6A 3V9ZA 3AO5A 4M3XA 4M3TA 4B9UA 4Z4IA 5C25A 4FW2A 1X1PA 2YNHA 3VQCA 3AVHA 2OYQA 4HCCA 2QKBA 3OYHA 3AA4A 3NGYA 3KLFA 2XHBA 2HHWA 4IBNA 2BDPA 4OLBA 4Z4GA 3CFRA 3HP9A 4C8MA 4CEBA 3RWUA 3PX4A 3OYFA 3AVNA 1U04A 4LH5A 4NCAA 3OYBA 3TAQA 2E6MA 4KTWA 3S3OA 2G8FA 4OKKA 1NK9A 4HVJA 4FJ8A 1BL3A 3LZIA 3PX6A 4FXDA 2HNDA 3QNOA 4F2SA 1C1CA 4B8AB 1FKOA 1ASVA 3VQQA 1RILA 1ZBHA 1LWFA 2HNZA 4KHYA 1KLMA 5C24A 3RTVA 5KTQA 3V9SA 4M45A 2ZQBA 4LD0A 4KB1A 2FC0A 1W9HA 1C6VA 4DG1A 1RTJA 4Y1DA 1KVCA 3QIOA 3QO9A 4H4OA 4KPYA 4C8OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L3VA 2D0OA 2HF3A 1U48A 3CPEA 1FXXA 2HB5A 3SQ1A 1UWBA 2NRRA 3CERA 4NLBA 3LPUA 4PHTX 1JLFA 1CZBA 5GAHP 4H0OA 5M1KA 3R1XA 4I6MB 4JNEA 4JKGB 1VSIA 1RNHA 2OPRA 3O3GA 4OPKA 3PIPL 5J2MA 4C1NK 5JLFA 3D6RA 2KHOA 4CVNE 1T3VA 3THYA 4AM6A 3G71N 1JJ2M 2PYLA 5BPLA 5AQXA 4BRIA 4FVUA 3DXMA 3GG4A 1NKCA 1XNQK 2HHQA 1NJXA 1UAXA 1VSDA 3C7NA 2I7PA 3SNNA 1SKWA 4OO1J 3DWLA 3CJ9A 2G8IA 3ZT2A 5AQQA 3UIQA 1BGXT 1J6ZA 4N56A 4KI4A 3VPZA 4JI8K 4CF1A 1CZAN 2F96A 1E4GT 1JLBA 3AAQA 1U2VA 5SWMA 5HLFA 1NJIO 2ZF5O 1HQEA 4WCEL 4Z4HA 1NNEA 3MX2A 4O0IA 1V4SA 2CGLA 4I2PA 2QK9A 1D5AA 2YHXA 1G99A 4AHTA 1QQNA 1C0GA 2VWJA 3NGIA 1OH5A 2YHBA 4W5TA 1Q86O 2D0PA 4B08A 3WXIA 3ZT1A 3K9KA 4DFMA 1ZBIA 3BF1A 4BQLA 1JLAA 4CZKA 1GLAG 1YUWA 4JK7A 1T8EA 4FJ5A 1YJNN 1A5WA 2YJFA 4G1QA 4CJ3A 1KVAA 3CC2N 4CJKA 4DR3K 3SK3A 3KD5E 2NRWA 1RTDA 5CZ1A 4JD2A 2VG6A 3FZLA 1ZC6A 3LP3A 4MO4A 3K5MA 1X3MA 3EO3A 3QETA 4BRGA 3T69A 2O4GA 3V81A 2FBXA 3C0BA 4E7KA 1VQNN 2O8FA 1JCEA 3K5LA 4OKEA 1X9MA 2GWJA 4J2AA 1CLQA 2OA8A 4DSIA 4OGEA 1XHZA 3L4QA 3O9SA 3QEVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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