1ZBHA

3'-end specific recognition of histone mrna stem-loop by 3'-exonuclease
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
DFSDPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMLKESNFADSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDLMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVPRSQTKLTIMLEKLGMDYDGRPNCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna
molecule keywords 5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*
publication title Structural basis for 3'-end specific recognition of histone mRNA stem-loop by 3'-exonuclease, a human nuclease that also targets siRNA
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 87
structure length 289
sequence length 289
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.720.30 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 SAP domain 1zbhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbhA02
3TAQA 1JL1A 3TAMA 4CEQA 1U49A 4CGIA 3OS2A 4CESA 2RNOA 4CJSA 1S1UA 3ZT2A 4WE1A 1TKZA 1BGXT 2AJQA 1ZBIA 1H1JS 5JS2A 3F9KA 4CFCA 4M3XA 1KCFA 4O0IA 3M8RA 1A5XA 2GV9A 4OPJA 4CHOA 3AVKA 3K59A 1RBUA 3OS1A 3JYTA 3EYZA 3LANA 3QEIA 4CJLA 1ZBHA 4ID1A 1HYSA 3LWLA 2HHUA 2HNYA 1X9MA 1L3SA 2ATQA 4OVLA 2KQ2A 4H8KA 1WAJA 1W0HA 1C6VA 2X6NA 3VQ5A 3V9WA 2RPIA 1KVBA 1VRTA 3AO1A 4OLBA 5SZTA 1BI4A 4FJNA 4E19A 3SQ1A 3HSTB 4O5BA 2NUBA 1UA0A 4JRPA 1BQMA 4LY7A 3ZCMA 4E7LA 4CJVA 1QSSA 3LP2A 4J2EA 1BHLA 4FJXA 3TR8A 1C1AA 4I9QA 3LPUA 4M3RA 4ELTA 3KLHA 2VG5A 1KLMA 3ZT3A 4FLUA 4CFBA 1UWBA 4CGHA 3AA2A 1HYVA 4KTQA 2KFNA 1J54A 1RT5A 2HHVA 2RKIA 4Z0UA 4B9VA 1C1BA 2OZMA 4AHRA 4AILC 4ELVA 3TAEA 4CK2A 5HP1A 4CJEA 3K5MA 1ASVA 1ASUA 1MU2A 3MXJA 1A5VA 4FJ8A 4DFPA 4B9MA 3OJSA 4C8LA 3K57A 1RTIA 3AVCA 4CK3A 2FBTA 1YTAA 3LP0A 3QESA 3AO5A 5KRSA 1QQCA 1JLAA 1QTMA 4C8OA 4KI6A 1VRUA 4FZYA 3SNNA 3HL8A 3ZT0A 5HBMA 3MAQA 2XRIA 4FLVA 2HNDA 3KK2A 3EY1A 4DTPA 1ITGA 4M41A 4M3ZA 3T19A 1VK0A 3QINA 3M8PA 4M3TA 1W9HA 3HP6A 5FDLA 1KFDA 1QHTA 1VSEA 4LSNA 4FLWA 3S3NA 3DLHA 3HPHA 2FBXA 1XWLA 4HTUA 3SJJA 1VSHA 5CYQA 1F21A 4PUOA 3L2QA 3I0SA 4FJ7A 3AVHA 4KHUA 3U3YA 1JLBA 4BE1A 3SUNA 4OLAA 2HVHA 3RMDA 2EHGA 1WN7A 4CHPA 1NKBA 3NH0A 3DRSA 2YNIA 3RRHA 3NH1A 2BANA 3L2WA 4E7JA 2YKNA 4N5SA 2XHBA 1EX4A 2PYJA 1IKWA 1GOCA 1NJYA 5DK5A 3ZT4A 3LP1A 1EKEA 4BWMA 4FLYA 4DSEA 5HROA 4GW6A 3ASMA 1EP4A 2P1JA 1BISA 3SYZA 2HMIA 2BGGA 2O4GA 3VQEA 3K58A 3CFOA 4FJ9A 4Z4IA 4DSIA 4GVMA 3ISNC 1HNIA 2G8KA 3MEDA 4KTZA 3AVFA 4IBNA 1RILA 3PO4A 3AVJA 4M45A 4B9UA 5T7BA 3TAPA 4DSLA 1CXQA 1B9FA 1S9EA 4CF1A 1L3VA 4FK4A 3QEXA 2E6LA 1DLOA 2FBYA 3L3VA 4CK1A 3V9ZA 5FRNA 4KKOA 4GMJB 3G0ZA 1S1WA 1YT3A 4N76A 3OYMA 3BGRA 1S1XA 4RW9A 4CHQA 5CY4A 3OYHA 4E7HA 3TABA 3L3UA 3HXMA 1QS4A 1BCOA 4IFYA 4E0DA 1RDAA 2RN2A 2P51A 3AA4A 3QIPA 4OGCA 4FCYA 3SPYA 1SKSA 1DTQA 1O1WA 5DMRA 3RR7A 1IKXA 2OYQA 2Y1JA 3P1GA 4NCGA 3C94A 3NE6A 1C1CA 2YKMA 4DS5A 3OYJA 3MXIA 1L3UA 4AH9A 1IO2A 4DTOA 4FK0A 3CM5A 3VN5A 3OYLA 3ZSYA 1TK0A 2G8UA 4EZ9A 4W5RA 1QSLA 4F4KA 1T7PA 4W5OA 4JS4A 1HPZA 4DQPA 1NKEA 3AO2A 3VQAA 3KLIA 4I9LA 4DU3A 1VSKA 1RT1A 3CG7A 1C0TA 4EZ6A 4LSLA 4CF8A 4DSJA 1V66A 4O0JA 3M8SA 4HUGA 1RTDA 1NKCA 4KREA 1LAVA 1I3AA 4O44A 4UQGA 4DFKA 3SQ0A 4M3UA 1S9GA 2FBVA 2GUIA 3LALA 4MQ3A 4CECA 3IS9A 4HUEA 2ZQBA 1N5YA 1SV5A 4NYNA 3V1RA 4BDPA 3AV9A 4YFUA 1JLEA 4B9NA 1S1TA 3KD5E 3NH2A 3L2VA 3ZT1A 2X74A 4CGDA 4CJ4A 3L8BA 3SQ4A 3U6FA 3WNEA 2E6MA 4F2SA 1CXUA 4KB0A 1HQEA 4N41A 2HHWA 4AHSA 4DS4A 2BE2A 5D3GA 1VSIA 2HNZA 2HB5A 3I8DA 5SWMA 3NGYA 2VG6A 3DRRA 3SI6A 1NK9A 1X1PA 4KHYA 1CLQA 2G8FA 1FKPA 2OA8A 1VSDA 4B8AB 3OYDA 1HNVA 4J2BA 3KIOA 4UZWA 1WSIA 3OJUA 4FJIA 3SQ2A 3C6UA 4CIGA 2O4IA 4DF8A 2Y1IA 1L3TA 3V1OA 1BCMA 3KLFA 2OPPA 4Z4EA 3IAYA 1J53A 4CEDA 3T3FA 3AVAA 1B9DA 2GBZA 2JGUA 4IFVA 3NDKA 3KKSA 3M8QA 3O3HA 3S3MA 2YNHA 3VQ8A 3ZSZA 4CJWA 2OPRA 1QE1A 4RG8A 3ZSXA 4FVMA 4LD0A 5C24A 4CJUA 4KHQA 4JLHA 4FXDA 4FJLA 2BDPA 3NCIA 2KZMA 1IH7A 1SKWA 1RT2A 3OYEA 1NK4A 3K5NA 3NHGA 3PO5A 3PX6A 1NK7A 3CQ8A 4PQUA 5FROA 4CHZA 3RR8A 2HW3A 4DU4A 2ZD1A 1RBSA 1FKOA 3VQQA 4B08A 1EETA 4LH5A 4E7KA 4AHCA 2Z1JA 4DMNA 3HM9A 1CZ9A 3HPGA 3V9XA 1TK5A 2G8IA 1NJZA 5KGXA 4DWIA 4FJMA 2F8TA 4R5PA 5KRTA 3QETA 3DYAA 1KLNA 3TARA 4OGEA 2HVIA 3OYBA 3CM6A 2YNFA 3D0PA 1LV5A 2G8VA 4CEEA 3WNGA 3PY8A 2QKBA 2ETJA 3F73A 3O4NA 3DLBA 1ZYQA 3MEGA 4CEZA 4K8XA 5KI6A 2DTUA 4CHYA 4KRFA 3VA3A 5I42A 4FZZA 5FRMA 3VQ7A 1RDDA 2DFFA 2F8SA 4QOZB 2EX3A 3AA5X 1YVUA 3DLKA 4Y1CA 3S9HA 1HMVA 1Z26A 4G1QA 2IS3A 4O4GA 3HPOA 1SL0A 4IDKA 2XY7A 4DQQA 1RDCA 3QEPA 4DSKA 2WOMA 1XC9A 2OPSA 5HRNA 3D45A 1S6QA 1D5AA 3NGZA 3OYCA 2HHSA 2YV0X 4ELUA 5HLFA 2YHAA 5JS1A 3P83D 1RBRA 4DTNA 4FJGA 5KGWA 1LWEA 4DLEA 1TK8A 1WSEA 4CGFA 3QNNA 1LW0A 4I2PA 1HJRA 1ZBFA 4DQSA 1JJRA 3K2PA 4KB1A 5J1EA 4I2QA 4ZTJA 3V9UA 3KK3A 4H4OA 4CF0A 4AHUA 1C0MA 3SUPA 1T8EA 4CJTA 4C8NA 4HHTA 4HUFA 4O55A 3ZSOA 1BL3A 3KLEA 2G8WA 2JLEA 3G10A 4PY5A 3NGIA 4DTUA 2X78A 4C8KA 3PV8A 3TAFA 3RWUA 2ZE2A 4F8RA 1CZBA 3AVBA 1L5UA 2P5OA 4HVJA 3QNOA 4OJRA 1C0UA 3NF7A 4H4MA 1ZBUA 5CZ2A 2IAJA 4E1MA 4CJKA 2A1RA 5HRPA 2I5JA 3MECA 4CJQA 3AVGA 2KVDA 4DTRA 3QERA 3RMCA 1VSLA 1G15A 2FC0A 4NCBA 3KKRA 3ZSVA 2PY5A 3VQDA 3E01A 3DM2A 1RCHA 3OVNA 4DFJA 4KHWA 1SUQA 4KTWA 3LZJA 3LAMA 2YNGA 3AO3A 4RW4A 2VWJA 4QCLA 4BITA 3SZ2A 4CJ3A 3SCXA 4CIFA 1FXXA 1FK9A 3SV4A 2IDOA 3TANA 4Z4GA 1KTQA 4W5QA 4B3OA 3HVTA 3K5OA 1RDBA 1S6PA 5KTQA 1XHZA 3MEEA 1NK0A 1GOBA 4F3OA 3KJVA 3HJFA 1RT3A 4FW1A 2RF2A 2DFEA 3O4QA 3OYGA 5J2PA 3OYNA 4FLTA 3DLGA 2KTQA 4RW6A 1VSMA 4BE0A 1TL3A 4F3TA 2D0AA 4BDZA 4FW2A 4K8ZA 4OKJA 1Y97A 3B6OA 2IOCA 3HP9A 4CEOA 5J2MA 2P5GA 3L2RA 1JLGA 3VA0A 1RT6A 4Z4HA 3KK1A 1U45A 3QO9A 1ZBLA 4FM2A 1R0AA 2JVWA 3DOLA 4RW7A 3V4IA 4B9TA 4M42A 4ZTFA 2KW9A 3PX0A 4OKKA 3PX4A 4XIUA 4CGGA 2XY8A 3QLHA 2QXFA 3LWMA 2PZSA 3LPTA 4CJRA 1RBVA 1TV6A 3VQ6A 3AA3A 4Q0BA 1HQUA 1IKYA 2Z1HA 4CFAA 4DFMA 1KFSA 1JXBA 1RT7A 1RBTA 3DLEA 3CFPA 2XY5A 3T1AA 1EXQA 1KVAA 1S5JA 1TGOA 2XO7A 4J2AA 1TAUA 4DSFA 2KVUA 4OKEA 3WNFA 3QEVA 3V6DA 3LP3A 2IGIA 4CJPA 3VQ4A 4CE9A 4MFBA 3O3FA 3JSMA 1LWFA 3LZIA 4Z4FA 1HYZA 1REVA 2W42A 3RMBA 3TI0A 3SV3A 1NK6A 1ASWA 1JLQA 1QSYA 2HHQA 4FJJA 2X6SA 4KFBA 3L2UA 1SKRA 4C8MA 2G8HA 3AVLA 3TAGA 2YHBA 4CGJA 4PA1A 4RW8A 3DRPA 4DTMA 1JL2A 4BDYA 4CIEA 4CEFA 3BDPA 1WSFA 3RMAA 4FYDA 2KFZA 4W5TA 3NFAA 1J9AA 1NOZA 1WSGA 4KV8A 1IG9A 4DG1A 1KRPA 3OYIA 4NCAA 1HRHA 1UOCA 3C6TA 3ZSQA 2XY6A 4KHSA 1S1VA 2LSNA 1D8YA 4CF9A 1BIUA 3SUQA 4M3YA 1WAFA 4E1NA 1T05A 1NOYA 2D5RA 3QEWA 3H08A 4FM1A 1N6QA 4I7FA 1U4BA 3RRGA 3HO1A 3AVNA 4HCCA 3IG1A 3NAEA 4DQIA 1Q8IA 3A2FA 1JLFA 4EP5A 4DTXA 1TKDA 3ULDA 3U3GA 4FJKA 3FFIA 1WSHA 2B4JA 3CYMA 4DF4A 1NK8A 4E89A 1X9SA 1D9FA 5HRRA 1RT4A 4EP4A 1UA1A 3HT3A 2QKKA 3SUOA 1GOAA 4E3SA 4B9LA 2KW4A 4AHVA 3THVA 4TSXA 1IKVA 3VQBA 4CFDA 2OZSA 1UAXA 2D0BA 1RNHA 2KZZA 1JEQA 3OYAA 3B6PA 3ZSWA 3KLGA 2R7YA 5J2NA 3UIQA 3LAKA 3PUFA 1WLJA 4FLXA 4BWJA 4B9SA 1LWCA 3NF8A 3MXMA 3S3OA 3OYKA 2B5JA 4BE2A 4Q5VA 3QIOA 2Z1IA 3AVIA 1J5OA 1WSJA 2WONA 3P5JA 3EZ5A 3SPZA 5J2QA 3ALYA 3HYFA 4PWDA 1NK5A 3AO4A 1Q9XA 5I3UA 3OS0A 1D9DA 4KPYA 3V9SA 4JRQA 2QK9A 3WNHA 2WQGA 1NJXA 4J2DA 2D0CA 4DTJA 1LW2A 1KSPA 4CEAA 3NBPA 1JKHA 4OPKA 1T03A 3KD1E 2F96A 1JXEA 4JS5A 3KTQA 4FK2A 2ITGA 1X9WA 4IKFA 3HK2A 2RNNA 1BI4B 4ICLA 1Q9YA 4CCHA 2B6AA 3VQCA 4KAZA 4QAGA 4ZHRA 4M3WA 4CERA 1DTTA 3V81A 3CFRA 4FJ5A 4L8RB 3DLRA 4IG0A 4N47A 4FJHA 2E4LA 1U48A 1TAQA 5E41A 4HCBA 3ITHA 3C95A 4YNQA 4DTSA 1SL1A 3AVMA 3IRXA 1TKXA 3TWHA 1XI1A 3O3GA 4DLGA 4W5NA 3NF9A 4FZXC 1XHXA 1RTJA 3OYFA 4DU1A 1VSFA 5K14A 4CF2A 3NF6A 2DFHA 1Z25A 4B8CA 4Z4CA 2VWKA 3LDSA 4LH4A 2HHTA 1JLCA 4KO0A 4FLZA 2Z1GA 4E7IA 4KHNA 4FM0A 4CHNA 4F2RA 2PYLA 2HHXA 3HVRA 2IC3A 1TVRA 4CJ5A 1K6YA 1U04A 4IG3A 3K5LA 4N56A 1U47A 5EU7A 1B92A 3DMJA 1SL2A 1KVCA 5C25A 4KI4A 4AHTA 2KVEA 1YTUA 1LAWA 5HRSA 2VG7A 3DOKA 4BACA 1RTHA 1TKTA 3I0RA 4NYFA 3VQ9A 3RTVA 3DI6A 3V1QA 5C42A 3VQPA 4DQRA 1A5WA 3OY9A 1BIZA 1NJWA 1I39A 5CZ1A 3ZSRA 1TL1A 1BQNA 2A1SA 1VSJA 1WNSA 4CJFA 2Q3SA 2DY4A 5CYMA 4CEBA 2OPQA 4ID5A 4Y1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KFVA 4A62A 4CEQA 3H45C 1U49A 4CGIA 2WC9A 4CESA 3I8BA 5F2RA 4LF6K 2F9WA 3CCQN 3R9PA 2Q0UA 1TKZA 4BG8A 4O0IA 1A5XA 1NGHA 1RBUA 3LANA 4ID1A 4CI6A 2KQ2A 1WAJA 3V9WA 1C6VA 2X6NA 4OLBA 1VRTA 4X66K 4O5BA 3UB5A 1BHLA 1C1AA 3WEEA 3LPUA 4M3RA 4QS9A 3O5BA 3TTFA 4CFBA 4DV1K 4JNEA 3QBXA 3VF2A 2WFBA 1J54A 1GLDG 2RHKA 2RKIA 4Z0UA 4B9VA 4MO5A 2OZMA 1WB9A 4CK2A 3GBTA 3VGKA 4A5BA 4C8LA 3AVCA 4CK3A 2NRZA 3QESA 1J5EK 2I7PA 4BREA 1QTMA 5CIUA 1VRUA 4LF8K 3ZT0A 3AAQA 3KK2A 1X9JA 4BR9A 1BDGA 4M3TA 1XC3A 4BG9A 3W0LA 4IWVA 5TKWA 3S3NA 5M1NA 2FBXA 3C7NB 1F21A 4PKHA 3BP8A 3U3YA 2EHGA 1VQPN 5AZIB 2BANA 3L2WA 2QA4N 1NJYA 2DK4A 1DT9A 4BC5A 4CZIA 4YY3K 1HJOA 4BRKA 1N33K 2G8KA 4KTZA 3L0QA 4A2BA 1CXQA 4CF1A 4FK4A 3BUZB 3V9ZA 4KKOA 1U6ZA 1NU0A 1S1XA 1NNEA 3OYHA 4B1WB 4IFYA 4E0DA 3QIPA 2RN2A 3RR7A 4FCYA 4FO0A 4YDUC 1WBDA 4QS8A 2Y1JA 1C1CA 3OYJA 3OTOK 4DTOA 4R79A 3CM5A 2YHXA 5JVHL 4FSVA 4DQPA 4I9LA 1VSKA 2QWNA 3K9JA 1C0TA 4EZ6A 4JK8A 2YHWA 4B3TK 4H0VB 4DSJA 4LF9K 3F9MA 1LAVA 1I3AA 4O44A 1S9GA 1HX1A 3U4LA 1HR0K 1SV5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2KFV A;  4A62 A;  4CEQ A;  3H45 C;  1U49 A;  4CGI A;  2WC9 A;  4CES A;  3I8B A;  5F2R A;  4LF6 K;  2F9W A;  3CCQ N;  3R9P A;  2Q0U A;  1TKZ A;  4BG8 A;  4O0I A;  1A5X A;  1NGH A;  1RBU A;  3LAN A;  4ID1 A;  4CI6 A;  2KQ2 A;  1WAJ A;  3V9W A;  1C6V A;  2X6N A;  4OLB A;  1VRT A;  4X66 K;  4O5B A;  3UB5 A;  1BHL A;  1C1A A;  3WEE A;  3LPU A;  4M3R A;  4QS9 A;  3O5B A;  3TTF A;  4CFB A;  4DV1 K;  4JNE A;  3QBX A;  3VF2 A;  2WFB A;  1J54 A;  1GLD G;  2RHK A;  2RKI A;  4Z0U A;  4B9V A;  4MO5 A;  2OZM A;  1WB9 A;  4CK2 A;  3GBT A;  3VGK A;  4A5B A;  4C8L A;  3AVC A;  4CK3 A;  2NRZ A;  3QES A;  1J5E K;  2I7P A;  4BRE A;  1QTM A;  5CIU A;  1VRU A;  4LF8 K;  3ZT0 A;  3AAQ A;  3KK2 A;  1X9J A;  4BR9 A;  1BDG A;  4M3T A;  1XC3 A;  4BG9 A;  3W0L A;  4IWV A;  5TKW A;  3S3N A;  5M1N A;  2FBX A;  3C7N B;  1F21 A;  4PKH A;  3BP8 A;  3U3Y A;  2EHG A;  1VQP N;  5AZI B;  2BAN A;  3L2W A;  2QA4 N;  1NJY A;  2DK4 A;  1DT9 A;  4BC5 A;  4CZI A;  4YY3 K;  1HJO A;  4BRK A;  1N33 K;  2G8K A;  4KTZ A;  3L0Q A;  4A2B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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