4E1JA

Crystal structure of glycerol kinase in complex with glycerol from sinorhizobium meliloti 1021
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
508
structure length
498
Chain Sequence
DLGTENLYFQSMMGGYILAIDQGTTSTRAIVFDGNQKIAGVGQKEFKQHFPKSGWVEHDPEEIWQTVVSTVKEAIEKSGITANDIAAIGITNQRETVVVWDRETGKPIHNAIVWQDRRTAAFCDKLKKKGLEKTFVKKTGLLLDPYFSGTKLNWLLSNVKGAQVRAAKGELCFGTIDTFLIWRLTGGECFCTDATNASRTLLYNIAENAWDDELTEVLRVPKEMLPEVKDCAADFGVTDPSLFGAAIPILGVAGDQQAATIGQACFKPGMLKSTYGTGCFALLNTGKDMVRSKNRLLTTIAYRLDGETTYALEGSIFVAGAAVQWLRDGLKVITGSLAESADPSQEVYLVPAFTGLGAPHWDPDARGAIFGMTRNTGPAEFARAALEAVCYQTRDLLEAMHKDWRTVLRVDGGMVASDWTMQRLSDLLDAPVDRPVILETTALGVAWLAGSRAGVWPNQEAFAKSWARDRRFEPHMDEATRKVKLKGWRSAVKRTLIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Crystal structure of glycerol kinase in complex with glycerol from Sinorhizobium meliloti 1021
rcsb
source organism Sinorhizobium meliloti
total genus 161
structure length 498
sequence length 508
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4e1jA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4e1jA01
1YAGA 3A0IX 1MWKA 5FPDA 3SK3A 2A40A 4MLHA 5AQSA 4BQZA 4CZFA 4A62A 4EHTA 1ZBSA 4MO4A 2FLOA 3ATVA 1NGFA 2ZGZA 1Z05A 1P8ZA 2FSNA 3M6GA 2W40A 3VEZA 1GLJO 1QHAA 2V51B 5EVZA 3WXLA 1BUPA 4K25A 4O8KA 3J8AA 3BP8A 3QFUA 3O1WA 3ZX2A 4BRMA 3EL2A 2YJFA 1OKJA 4BRPA 4IO8A 3IDHA 3WXIA 3O5BA 2IIRA 5KPZA 1BA1A 4Y0WA 3QMLA 3VEXA 3L6QA 3DXMA 3GDQA 3A5NC 1NGEA 4J8FA 1JCFA 3IUCA 4I6MB 4CBWA 5AZJB 5AQKA 1BA0A 3VESA 2QWQA 4FWQA 1U2VB 1GLBG 3FFKB 3GOIA 4AM6A 4K42A 5EXWA 1S22A 2H3GX 5KPTA 4H5WA 3KZBA 3MMVA 1T44A 1TYQB 1D4XA 1X3NA 2IVOA 3FZKA 4LC9B 2QWLA 1NLVA 1TUUA 2QXLA 4IZ9A 1NGCA 3WEEB 3HBTA 4HWIA 3WQUA 2FXUA 2NRHA 3BUZB 4FOEA 3VPZA 4E1JA 2D4WA 4EAHD 2QWMA 1XQSC 3FGUA 1XC3A 2PBDA 3VGKA 2V7YA 4JAXA 1NGJA 2YHWA 1Z6RA 3KVGA 4FPBA 2ITMA 1HKBA 2E2QA 2Q97A 3IFRA 2Q1NA 1HKCA 3H6EA 2ZF5O 3RSEB 3TPQA 5BN8A 5AQUA 1NGDA 2QM1A 5JICA 3ZX0A 2P9IA 3ENOA 2P9UB 1NBWA 4NB4A 5AQOA 4BRGA 1HUXA 3WT0A 2HF4A 2Q0RA 5BPLA 5F2RA 3ATUA 1T6CA 2CGLA 5AQHA 2CH5A 3GL1A 1C0FA 3A5LC 2WUSA 4BGBA 4CD1A 5KPRA 3L4IA 3EKSA 1JCEA 5AQPA 2E8AA 4B1YB 2YHXA 3CJBA 5AQWA 3D2FB 4RCHA 3MN5A 3QB0A 4BC3A 2E88A 5LJWA 3UKUB 1QQOA 4FWNA 3LM9A 4QS7A 1KAYA 4B1VA 3QFPA 2IVPA 3W0LA 4H0VB 5B8HA 1SAZA 4FWMA 3FLCO 2FF6A 4BVOA 1BG3A 1SZ2A 4ISEA 3F9MA 4BGAA 3MN7A 4FWRA 3VETA 3VEOA 4HTLA 1K8KA 3A5OC 5ADXA 4FWLA 3ZETB 3O8MA 1H1VA 5AQJA 4RTFD 4IJAA 4IJNA 3HM8A 4CZLA 3R6MA 3SMPA 3CQXA 1ESVA 3HTVA 1Q18A 4FL9A 4JN4A 2QWOA 3IMXA 5BRFA 3CIPA 5FPEA 1X9JA 1RDWX 3H45C 3DWLA 5CE3A 1EQYA 3CJ7A 4WYBA 3LDLA 4WQ5A 2GWJA 2VYPA 4BRHA 4AM7A 1DEJA 1MWMA 4GY2B 3WQTA 2D0OA 1Y64A 1LCUA 2P9NA 1HJOA 3R9PA 1T6DA 3CJ9A 4ISFA 3BEXA 4CZGA 3R8EA 1QQNA 4BC2A 4M7XA 3WUHA 4IWVA 3U8XA 3EO3A 5AQLA 4DCHA 3MCPA 3GG4A 4BRIA 4CJ7A 4DQ8A 4EHUA 5EX5A 4B1XB 4MLEA 4F9OA 3BF1A 2VWBA 3DXKB 4I6MA 1KAXA 5F0XA 3AARA 4PKGA 1U2VA 5JMVA 1NGAA 1NMDA 3DAWA 1RGIA 4PKIA 2ASOA 2IVNA 2OANA 3S41A 3UE5A 4B1WB 4FPAA 4CZHA 5BPMA 1QZ6A 3JXUA 2E2OA 5AQIA 3G25A 2CGKA 4Z94A 3H3NO 4ISGA 4M7YA 4BRKA 3WEEA 1SQKA 4H5NA 4BR4A 3UB5A 5AQNA 5AZIB 4BQLA 4CZEA 3HI0A 2E1YA 5BRDA 2P9KB 4JNEA 3H3OB 1E4GT 5I9EB 2YHYA 4JD2B 3ZEUB 4WQ5C 3BF3A 4M63C 5JLFA 4H5RA 1NGGA 2DPNA 5BREA 5LY3A 2I7NA 2GTDA 2P9PB 3RSEA 4BRFA 2QW9A 2D1KA 3DJCA 5AQYA 4FO0A 3ENHA 1QZ5A 3WXJA 4H5TA 1WUAA 3ULEB 1GLDG 3VF4A 1HPMA 3D2EB 3LDPA 4CZIA 2F9TA 1JCGA 4A2BA 4BRNA 5KQDA 2PAVA 4BR2A 4A2AA 3ZX3A 3LDOA 4JHDB 4GNIA 3AAQA 3FE1A 4BRCA 3D2FA 2F9WA 4B1UB 4BRDA 3C0BA 3VENA 4H0TB 2P9SB 2CGJA 2KHOA 2UYTA 2E2NA 4L3QA 1S3XA 4BRQA 2ZWHA 3UKUA 4WQ4A 2NZTA 3M1FA 2AA4A 1U6ZA 3U4LA 1NGIA 3UKRB 2A5XA 5AQTA 3CHWA 3VF2A 4C23A 4MO5A 2QWRA 5BR9A 3CJ1A 1BU6O 2P9LA 1GLAG 1KXPA 4PL8A 3VEVA 3ZETA 4FOIA 4BR9A 2V7ZA 3C7NB 3TU5A 2QWNA 2HF3A 3MK6A 3QDKA 3MN9A 5AQXA 1YXQA 3SJHA 2A41A 4PL7A 4KBOA 4BR0A 1BDGA 5TKYA 4EFHA 3VGLA 4BRLA 3KHYA 2FSKA 3EKUA 1C0GA 3B8AX 4BR5A 5BPNA 4FSVA 4FWPA 1BWFO 4DB3A 4BREA 2FF3B 3I8BA 1QQMA 5AQRA 5AQFA 4B1ZA 2E2PA 1LOTB 5E26A 3I33A 1ZXOA 3FZMA 2EWSA 3LM2A 3O08A 4H0YB 4O5FA 4FWKA 5AQMA 4BG9A 2P9NB 3ID8A 2CH6A 4XH4A 2YI1A 1DGKN 2YCHA 3O6WA 4YDUA 4CBUA 1GLFO 3LDNA 3U9DA 4K41A 5BRHA 4XEIA 3OHRA 1HLUA 3O80A 2V52B 3JS6A 3GBTA 2A6AA 4K43A 3VEWA 3DXMB 5LJVA 1RFQA 3EN9A 4A61A 4BROA 1NGBA 5AZJA 1NGHA 5EY4A 4XH5A 4RWTA 2ASPA 3LDQA 4IXCA 4WQ4C 3MN6A 4BC4A 2HOEA 3H46O 1BOTO 3DXKA 2I7PA 1NM1A 1TYQA 1J6ZA 1R59O 3GE1A 4CD3A 2A42A 2GWKA 3QBXA 4NO7A 2HMPA 1G99A 3EZWA 1ATSA 1GLLO 3O1BA 3CQYA 2AP1A 3LL3A 4H0PA 5EOYA 3SMSA 3A8YA 3H1VX 4BG8A 1MA9B 1X3MA 1HKGA 5AQVA 3SLCA 4CBXA 3M3ZA 3QICA 3FZFA 5FPNA 5AFUH 1YUWA 3CJCA 4QS8A 2GUPA 2Q31A 3VOVA 2BUPA 3FR0A 2QWPA 3VEYA 5KQ8A 5JLHA 4DHYA 5AZIA 3VF6A 3W3DA 3O4WA 4XH1A 2P9KA 3HSCA 3WXKA 4JD2A 5ADXH 2FSJA 3QBWA 4CI6A 4H0OA 5ELZA 4QS9A 2E1ZA 3ZEUA 2P9IB 5AQGA 2P9UA 4BC5A 1GLEG 2P9PA 1HX1A 1WOQA 1YVNA 5AR0A 4H03B 1TUYA 4FWSA 2GEMA 3H1QA 2D0PA 1E4FT 1MDUB 3P4IA 1IJJA 3CI5A 4FWOA 3ULEA 2ZGYA 4EIAA 3D2EA 4YDUC 2NLXA 3VGMA 3D7EO 2Q36A 5E84A 2VCPA 4JHDA 5AQZA 2J4RA 3FZLA 4CZMA 1IG8A 4H0XB 1ZC6A 4CZJA 1GLCG 2GELA 1V4SA 2P9SA 1KAZA 3FZHA 4H5VA 4B9QA 2W41A 5BN9A 2Q2RA 1ATNA 3AAPA 4CZKA 5AFUA 1K8KB 3UKRA 2Q0UA 3CETA 3HZ6A 5FPMA 4PKHA 5AQQA 2A3ZA 1CZAN 1ATRA 1XUPO 3A5MC 3CERA 4BRAA 1BO5O 3CJAA 4BVPA 2P9LB 2BTFA 5F1XA 2ASMA 2YJEA 3U9ZA 2E20A 3L0QA 3MDQA 3VERA 3C7NA 1NWKA 3AY9A 4BR7A 1DKGD 1V4TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C6UA 4CESA 1FKOA 1C0TA 1BI4B 5GIOA 4N47A 4LSNA 2AJQA 4LF8K 2G8VA 3NMUA 4E7LA 1K9MO 2QTDA 2HHXA 1P8ZA 2FSNA 4DV2K 1IBLK 1GLJO 3J81O 2V51B 4CHQA 4IEEA 3WXLA 4O8KA 1W2BM 1SS6A 3AVFA 3V9ZA 3TAPA 3O1WA 3ZX2A 4BRMA 3VA0A 1VSJA 1KQSM 1NKCA 4E7IA 3E1YA 3K5MA 4W5TA 2KZZA 2IIRA 1BA1A 2P5OA 1RT4A 2WBNA 5GINA 4KKOA 1VSEA 3L6QA 1NGEA 4N5SA 3IUCA 3MEDA 4I6MB 4CBWA 2VWJA 1NK7A 1SKWA 1U2VB 3AO2A 3K5OA 1S1VA 4AM6A 1S22A 1KFDA 1N33K 3MMVA 4J2DA 3OBYA 2D0CA 2HMIA 4B3SK 1KCFA 1D4XA 1X3NA 2IVOA 3AGKA 3CD6N 1VSKA 4LC9B 2QWLA 3HVTA 1TUUA 3CM5A 3V1RA 1NGCA 3WEEB 2YNHA 5M1QA 2BE2A 1RT6A 4FJLA 5DMRA 4YHHK 4E1JA 4DR4K 2Y1JA 2QWMA 3FGUA 3CCVN 3TTDA 3PX6A 4N41A 1LWEA 3KVGA 1QSLA 3LPUA 3RSEB 2ZF5O 4BDPA 3HPGA 1VQNN 1NGDA 2P9UB 4I9QA 1NBWA 4OKKA 4B8AB 4Z4HA 3CMAN 1HNZK 4CEBA 1ITGA 2CGLA 5AQHA 4FVUA 4FLZA 3J7YP 1OH7A 1RBSA 3A5LC 4BGBA 4CERA 4DS4A 4FK0A 4NCBA 3EKSA 1JCEA 2E8AA 1Q81O 3QB0A 4HUFA 3SAHA 4Q5VA 1NJYA 1K6YA 1YTUA 1J9AA 4FWNA 1C1AA 3LM9A 3K2PA 4B1VA 4KV8A 4B3MK 2HNDA 2BANA 4BVOA 3F9KA 2XO7A 3K0SA 2NRWA 3F9MA 3K5NA 4FWRA 3VETA 3TSUA 5ADXA 1BL3A 1L3VA 5C12A 3K58A 4IJAA 4CEOA 3SMPA 1ESVA 3HTVA 3QEVA 4I9LA 4JN4A 3LP0A 1O13A 2HBLA 1HPZA 3IMXA 5HP1A 2HBMA 4ID1A 3CIPA 3NCIA 1RDWX 3DLHA 2W6LA 3I8DA 5J1EA 4BRHA 2D0AA 3THVA 4ZTFA 4IG0A 1NMNA 4W5NA 3OYNA 4KFBA 4I2QA 2P9NA 1LWCA 4DSEA 3CJ9A 3TABA 4RW7A 1IG9A 4J2BA 4G9ZA 1HJRA 3ZT2A 3NBPA 4E19A 4GMJB 4M7XA 2HVHA 3DRSA 2ZJRL 3T1HK 2E4LA 3AA5X 2HHHK 4YOYA 3HPOA 3UIQA 3MX5A 1JLGA 4MLEA 4F9OA 4AHUA 4IEIA 3QIPA 4E0DA 3BF1A 3I0RA 5SZTA 3DXKB 1NU0A 2P51A 2RPIA 4DF4A 4KTQA 4PKGA 1YJWN 5JMVA 1NMDA 1RGIA 3O9RA 4PKIA 3VMFB 4FPAA 4CZHA 5BPMA 2GV9A 4DUYK 4CHOA 4M41A 2E6LA 2CGKA 3RTVA 3C95A 1W97L 4M7YA 1WSJA 4H5NA 4AHTA 3NF9A 3PIPL 3E9LA 4JV5K 5AQNA 4BQLA 4A59A 5BRDA 4DV4K 2P9KB 4KH5A 3DOLA 3H3OB 2YHYA 3VA3A 2KTQA 2ETJA 4EP4A 3L2VA 4DUZK 3BF3A 4M63C 5JLFA 3OTOK 5BREA 1VAZA 2I7NA 2GTDA 3DJCA 3HYFA 3LWLA 1KFSA 3L2WA 4FCYA 5KRTA 3WXJA 3NVKA 3CCRN 2HW3A 3VF4A 1KC8O 2F8TA 3DLKA 4CJKA 4B9LA 4CIEA 2LSNA 4RW6A 3T7ZA 3LDOA 4JHDB 4CJ4A 2DY4A 4GNIA 4BRDA 5GAHP 1R0AA 3VENA 4QCLA 3AO4A 2P9SB 1L3SA 2E2NA 3H08A 3HP9A 3OS2A 4EZ6A 4BRQA 5C2FA 2ZWHA 2VG6A 3U4LA 3CHWA 3VF2A 5HBMA 1N5YA 3D6RA 1U49A 3CJ1A 3V4IA 2HHQA 4Z0UA 1S1WA 2KQ2A 4DS5A 3ZETA 3J7ZO 1RDCA 4FOIA 4BR9A 1RILA 3HL8A 3SUPA 3TU5A 2HF3A 1YXQA 5GADP 4BR0A 4BRLA 3KHYA 2FSKA 2NRVA 2RF2A 4Z4GA 3EKUA 1C0GA 4AH9A 1CZ9A 2FF3B 2E5LK 1KD1O 5E26A 3G10A 2YNFA 4H0YB 4O5FA 1TAQA 4FWKA 4CEZA 3SQ2A 3WNHA 2E6MA 1NOZA 3O3GA 2CH6A 3CFOA 4IOXA 3IRXA 4CJVA 4YDUA 3VQPA 4K41A 4PQUA 1C1CA 4KO0A 3B6OA 3ISNC 3QEWA 1WNSA 4JLHA 4K43A 1Z25A 3LDSA 3LP1A 5EY4A 4XH5A 1NOYA 4KHQA 1TL3A 1NJZA 3K9KA 4ELTA 4WQ4C 2Q3SA 3AVNA 3MN6A 2HOEA 3H46O 3S9HA 4FLYA 3K5LA 3QBXA 4YOTA 2HBKA 2G8IA 3O1BA 3CQYA 3LL3A 4H0PA 5EOYA 3SMSA 1MA9B 1X3MA 4CHYA 4CFBA 3BDPA 4IDKA 4JI2K 1YUWA 1YI2N 4C8LA 1TK0A 2HSTA 1W0HA 1IBKK 4LF5K 1S72N 3G4SN 4DHYA 1XHZA 5AZIA 3VF6A 3CC2N 3IG1A 3F73A 3OYAA 3WXKA 1RT1A 1X9WA 1J54A 2E1ZA 3K57A 5C15A 4YFUA 4NLBA 3AO1A 2P9UA 3TAGA 3TAQA 2HHSA 4IFYA 3QINA 4BACA 3HRGA 2HNYA 1WOQA 5LMUK 3G71N 3O9TA 3V6DA 2UUAK 4F3TA 1SUQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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