4HUFA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pair
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hufA00
2VG7A 4AHVA 3HK2A 2VG6A 3VQ6A 3JYTA 3THVA 1BISA 3M8RA 3ZT2A 1U4BA 4M45A 5JS1A 3K2PA 4B08A 1IO2A 3AVCA 3G0ZA 1ASVA 3KJVA 5D3GA 2BANA 1JLEA 1VSMA 4RG8A 3QEIA 1SKRA 3SV4A 4CHZA 4CF2A 1L3UA 2PYJA 1C0UA 2HVIA 3DOLA 5C24A 4C8OA 4CF1A 1FKOA 1CXUA 1S5JA 3RTVA 2OZSA 1TK0A 4CFAA 1BI4A 3NF7A 1ZBFA 1IKWA 3AA5X 4CEQA 1NK9A 2VWKA 4CEOA 4YNQA 2IAJA 3QERA 4G1QA 1T8EA 1KCFA 4DU4A 4BDZA 2GV9A 4W5QA 4E7JA 1TAUA 4FXDA 4KHSA 3MEEA 4CIGA 3LP1A 4DTPA 4M42A 2FBVA 4DTMA 3SV3A 3O3FA 3IRXA 1XC9A 3KD5E 5DK5A 1WNSA 2D0BA 4AH9A 4DSKA 4FLWA 4E7IA 3L2QA 4DTSA 3SQ2A 4E1NA 2PZSA 1S9EA 3SYZA 4RW9A 2XY8A 3T3FA 3TI0A 1RBRA 4N47A 4J2BA 1RBTA 4FW1A 1VK0A 4DTRA 2XO7A 3HPGA 5HROA 1FKPA 3T1AA 4DG1A 5I42A 4B9SA 4KHQA 5KRSA 3AVIA 4NYFA 4GMJB 3L2VA 1S6PA 4IFVA 4CHQA 3I0RA 4ZHRA 3AV9A 3HP6A 4NCAA 3SCXA 1S1VA 2B4JA 3V9WA 3WNFA 1HYZA 4FLVA 2WOMA 4W5TA 4K8XA 3LP2A 3OYIA 3VA3A 2I5JA 5HRSA 1T05A 1IKVA 4CEZA 4Z4HA 3CFOA 1NK4A 4FJNA 1C1AA 3LWMA 2YKMA 2RKIA 4DSLA 4PY5A 3AO4A 3ULDA 3UIQA 3OYAA 4ID1A 3LALA 4FZXC 3QNNA 3EZ5A 1TL1A 5HLFA 4C8NA 1DLOA 1W0HA 4DS5A 4DSIA 4M3ZA 3CFRA 1RDDA 1UWBA 2FC0A 3O3GA 3TWHA 4EP5A 4O0IA 2KTQA 2VWJA 1VSJA 4DQRA 1A5XA 1U48A 1TL3A 3DYAA 4R5PA 4IKFA 4FCYA 3IG1A 3AVNA 1XWLA 3SUPA 4CEFA 3LANA 3KLFA 4JLHA 1RBVA 4KTZA 4CJWA 1IH7A 1NKBA 3PV8A 4FW2A 3OYCA 3HPOA 3KK1A 1NJXA 5FRMA 1TV6A 2KZMA 4FYDA 1RT1A 4DLGA 1QSSA 1TKDA 1X9SA 4CCHA 5J2PA 3VQ9A 4AHUA 3QEVA 4J2EA 1VSIA 3MEGA 3OYEA 4CGJA 5KGXA 4Z4GA 3E01A 4DF4A 1RILA 4F3TA 4IDKA 4CK2A 2G8KA 2B5JA 3S3OA 1JL2A 4M3YA 1RT7A 1D9DA 1GOBA 4OVLA 4CEBA 4FM1A 5FRNA 2JLEA 4I9LA 2RF2A 3MXJA 3HO1A 2AJQA 2W42A 1K6YA 1C6VA 2DFFA 3C95A 3VQDA 3C6TA 3NF9A 4B9LA 4PQUA 4F2SA 3TAEA 2OYQA 3HP9A 3TABA 2LSNA 1QQCA 4DTXA 3RMBA 3KK2A 4B8CA 1TKTA 2YNFA 4CF0A 3DLHA 5HRRA 4FJIA 3AO5A 1IKYA 4KRFA 1CXQA 2OPQA 1ZBHA 5HP1A 4I2PA 4CE9A 1BL3A 1L3SA 3HSTB 4MQ3A 3TAGA 4CJ3A 2GBZA 3AO3A 1XHXA 1S1WA 3V9SA 2XY5A 3SUNA 4E7LA 3KKSA 4CERA 3RMAA 1LAVA 3DLRA 4IBNA 4QOZB 3BGRA 4J2AA 3SJJA 1RDAA 3HVTA 1T03A 4CJLA 2ITGA 4FK4A 2EX3A 3CG7A 3DLEA 2B6AA 3AO2A 2OPSA 2RN2A 3S9HA 3S3MA 4ELUA 2DFHA 4KREA 3G10A 1HJRA 1N5YA 1FXXA 1JLFA 3H08A 3V81A 3PX6A 1HNIA 4CGIA 3U3YA 1JXBA 4KV8A 2DY4A 4CJPA 2OPRA 3OYKA 3C94A 4AHSA 3ZSZA 3OYFA 1KLNA 4ZTFA 1WSFA 2F96A 4CGGA 1EP4A 1JXEA 5KI6A 2KW4A 1SKWA 1GOCA 3ALYA 4DMNA 3HVRA 2A1RA 5SWMA 4DLEA 4FM0A 5HRPA 3SQ0A 3QINA 2F8SA 1S1TA 3DMJA 2OPPA 5CYQA 4BDYA 4L8RB 3HPHA 1TGOA 3U3GA 1U47A 4W5NA 1VRTA 1LWCA 4DSFA 3LP0A 3NAEA 4FJGA 4M3UA 2ZQBA 4CHYA 3L2RA 3L3UA 4KAZA 5CYMA 4B9VA 4PUOA 3O3HA 3ZSYA 1VSKA 3PO5A 3VQ4A 2E4LA 1F21A 4DU3A 2YKNA 3TAQA 2YNIA 3NF6A 2Z1IA 3MXMA 1SL2A 3V1OA 4FZYA 2QK9A 3AVKA 4J2DA 2D5RA 4ID5A 1UOCA 1U04A 2P51A 4QAGA 1KLMA 4CGHA 3MAQA 4KI4A 4AHTA 4AHCA 1L5UA 1CLQA 2DFEA 3TANA 3WNHA 4NCBA 1YTAA 4OKEA 3ZSQA 4DFPA 1TKXA 4H8KA 1RT5A 1S1XA 4KHWA 1DTQA 2IC3A 4CECA 3DM2A 4N5SA 3V9UA 2VG5A 2P5GA 3DLKA 2D0AA 1GOAA 3K5LA 3PY8A 2YNGA 4CJ4A 3MECA 2KFNA 4B9TA 2HB5A 3LZJA 2X6NA 3KK3A 3VA0A 2XHBA 2O4IA 1HYVA 3QEPA 2KQ2A 4OLBA 3RWUA 1Y97A 3VQQA 5SZTA 3I0SA 1CZBA 1HMVA 1I39A 4KTWA 3LZIA 3V4IA 4LH4A 1NK8A 3DRRA 4RW7A 2Z1JA 4O55A 1WLJA 3QIPA 4E89A 2ETJA 4DTOA 1ASUA 4HUGA 5I3UA 1HQEA 3QIOA 3CM6A 4BE2A 4DFMA 1QSLA 3PX4A 4M3XA 4B3OA 3VQCA 4E3SA 1C1BA 1RTIA 5FDLA 4CF8A 4OJRA 3TAMA 3M8SA 1RT4A 3BDPA 3OYLA 1BHLA 4DFJA 3S3NA 2Z1GA 3SNNA 4ICLA 4Q5VA 1QTMA 3KLGA 3PX0A 1C0TA 1NK6A 1WSIA 4MFBA 4FJKA 3F73A 2BE2A 3QNOA 1S6QA 3LWLA 1KRPA 1J9AA 1ZYQA 2G8HA 4C8KA 3TR8A 3SI6A 3L2WA 1D9FA 3LAMA 2G8WA 4Q0BA 2PYLA 4BWMA 3VQ5A 4CJQA 5KGWA 1JKHA 3ZT1A 4ELVA 3OYMA 1D8YA 4FJMA 1BCMA 2BGGA 4E19A 5K14A 2HNZA 3EYZA 2EHGA 1BGXT 2RPIA 4KPYA 4FVMA 1NK7A 1QE1A 3OJUA 3QESA 4I2QA 1RTHA 3D0PA 3LPUA 1NJZA 2HNDA 1RBUA 4HCBA 3KD1E 2A1SA 1IKXA 3TAPA 1ITGA 3OYJA 4FM2A 1TAQA 1KVAA 1LW0A 5HRNA 1U45A 2G8VA 4Z4FA 3OS1A 3PUFA 2QXFA 3O4NA 5DMRA 1NKCA 1X9MA 3LPTA 4CK1A 1RT6A 4N56A 3KIOA 4CIFA 3QEWA 1TKZA 1U49A 4Z0UA 4NYNA 2F8TA 4ZTJA 2ATQA 3ZSVA 2P5OA 3AVBA 3VQ8A 1ASWA 1UA0A 1HNVA 1X1PA 3T19A 3WNEA 3U6FA 4XIUA 5J2NA 1WSEA 4CFCA 1FK9A 4YFUA 1JLBA 4HTUA 3V9XA 3SQ1A 4KHUA 3DLBA 4CJFA 4BE1A 2E6LA 1L3TA 4KO0A 3OYHA 3CFPA 4BE0A 1REVA 2G8FA 4DQPA 4F4KA 3QETA 5HBMA 2YHBA 4E0DA 3VQPA 1KFSA 3RMCA 3HYFA 3LP3A 3FFIA 2G8UA 3K5MA 4JRQA 3V1RA 3V6DA 2HHWA 4I9QA 1EETA 2KZZA 2XRIA 4RW4A 4M3TA 3NGYA 4GVMA 3SPYA 2HMIA 1JLQA 4LY7A 1J53A 1JLAA 2BDPA 2NUBA 4DTJA 1RCHA 1SL1A 4QCLA 2ZE2A 3M8PA 4LD0A 4F8RA 1Q8IA 4LH5A 4FLZA 1R0AA 3PO4A 1BI4B 4JRPA 2FBTA 1Z26A 3M8QA 1L3VA 4FLXA 4N76A 4WE1A 2IGIA 2X6SA 4CJEA 5KRTA 1J5OA 4Y1CA 1KVCA 1NOZA 3QO9A 3RRHA 4DS4A 2QKKA 1SKSA 3AVJA 4CJSA 4ELTA 3DRSA 4CGFA 4OLAA 2HHUA 5JS2A 1C1CA 1EX4A 3NF8A 3NFAA 3V1QA 4CFDA 4FJJA 4KTQA 3AA3A 3RMDA 3D45A 3ZSOA 4CIEA 1HQUA 2X74A 3OS0A 4HUFA 3NH1A 3K57A 4FJ9A 2X78A 3NDKA 3AVMA 4LSLA 4B8AB 3SQ4A 4BDPA 1KVBA 4CJRA 2R7YA 1TK8A 5CZ1A 1LW2A 5J2QA 3VQEA 1ZBIA 4CJKA 3B6PA 5E41A 1RTJA 3JSMA 1WSGA 1ZBUA 4CFBA 1SV5A 2HVHA 3OVNA 4CJTA 1RBSA 3MXIA 3OYNA 3HM9A 4DWIA 1TK5A 1O1WA 4CHPA 4O4GA 3ITHA 3VQBA 3RR7A 4KHNA 2HW3A 3NCIA 1HRHA 2HNYA 3HL8A 4B9NA 4UQGA 4FJHA 4Y1DA 1I3AA 1WAFA 4RW6A 4W5OA 3OS2A 1Z25A 4RW8A 4M3WA 1N6QA 4CJ5A 4FZZA 2Y1JA 4OPJA 4FLUA 4M3RA 4KHYA 5C25A 4H4OA 4KFBA 4B9MA 4IG3A 1XI1A 3AVLA 3AO1A 3ZSWA 3SPZA 4F3OA 2HHXA 4EZ6A 1HPZA 5J1EA 1BQMA 2Q3SA 3SUQA 4FJLA 3OYGA 3K58A 3EY1A 1KSPA 4Z4EA 1RT3A 1VRUA 1B9FA 3QLHA 3NHGA 1RTDA 1A5WA 1WAJA 3L8BA 1YTUA 4OPKA 3VQAA 1EKEA 1JLCA 3NGZA 3O4QA 3DI6A 4N41A 1NJYA 4DU1A 1NJWA 1RDCA 3F9KA 3QEXA 1A5VA 1Q9YA 3IAYA 2O4GA 4HVJA 1T7PA 3DOKA 3MEDA 3P83D 4NCGA 1VSHA 4I7FA 4OGEA 4O44A 4CEDA 4M41A 2KFZA 4E7HA 1S1UA 2YNHA 1HYSA 2FBXA 3WNGA 3ZSRA 4FLYA 1WN7A 4DFKA 1B9DA 3P1GA 3HXMA 4DSJA 4EP4A 3K5NA 4BWJA 4JS5A 1UA1A 4LSNA 3AA4A 2HHVA 3ZT0A 3KKRA 3P5JA 1QSYA 4CESA 4AHRA 5KTQA 4O5BA 1VSDA 2YV0X 4OGCA 3KLHA 4Z4IA 2Z1HA 4HHTA 3KLEA 4AILC 4C8LA 3TARA 4CEEA 3SZ2A 5J2MA 4EZ9A 2E6MA 3ZT4A 3CQ8A 2ZD1A 2Y1IA 4CGDA 4BACA 3NBPA 1G15A 4IG0A 1LV5A 1Q9XA 1D5AA 3OYDA 1BIUA 1LWFA 4TSXA 4DQIA 4DQQA 3KLIA 1VSLA 3OY9A 2PY5A 3HT3A 4GW6A 4C8MA 2HHQA 1VSFA 3IS9A 3I8DA 4CHOA 4DTUA 4HUEA 3VN5A 3NE6A 1NKEA 3RRGA 3KTQA 4OKKA 2P1JA 2GUIA 3AVGA 4DSEA 4KB0A 1S9GA 4H4MA 3ZT3A 2OA8A 4E7KA 2FBYA 3C6UA 4FK2A 3HJFA 3A2FA 1QHTA 1NK5A 2QKBA 3K5OA 1JL1A 1QS4A 1UAXA 3VQ7A 4JS4A 3LAKA 4CHNA 4DF8A 1TVRA 1KFDA 1YVUA 1MU2A 3B6OA 4CF9A 4E1MA 2XY7A 1WSHA 2HHTA 2XY6A 1RDBA 4W5RA 5FROA 2WONA 4B9UA 4OKJA 4KKOA 5CZ2A 4CJUA 4DQSA 1RNHA 5CY4A 4CJVA 3L2UA 4DTNA 3L3VA 3CYMA 4FLTA 3NH2A 4FJ7A 3AVFA 2HHSA 1EXQA 3ZSXA 3TAFA 4K8ZA 4FJ5A 1B92A 1DTTA 1VSEA 3SUOA 3AA2A 3ISNC 2OZMA 3ZCMA 4FJ8A 2DTUA 2IDOA 3ASMA 4O0JA 3K59A 5EU7A 1NK0A 1C0MA 3RR8A 1IG9A 1WSJA 3NH0A 1XHZA 3OJSA 2YHAA 1RT2A 5T7BA 4CEAA 4CK3A 4PA1A 1NOYA 1YT3A 1BCOA 1CZ9A 1KTQA 4Z4CA 1W9HA 2G8IA 4HCCA 1BQNA 4IFYA 3NGIA 2IS3A 3AVHA 3OYBA 1SL0A 1LAWA 2D0CA 2IOCA 4FK0A 1X9WA 4KB1A 2JGUA 4PWDA 3DLGA 1BIZA 4KI6A 4F2RA 3V9ZA 1JLGA 4FJXA 3LDSA 1J54A 3AVAA 3DRPA 5C42A 1ZBLA 1LWEA 3CM5A 1SUQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GWJA 2VG6A 3HK2A 4IEEA 1J5EK 4B08A 1IV0A 3KJVA 3KHYA 2RHKA 4BRQA 3Q7CA 3CXCM 3WQTA 4CF1A 1CXUA 2OZSA 3P39A 4X65K 1IKWA 1NGAA 3O9QA 2Q2RA 4G1QA 4BRHA 4W5QA 3R6MA 1TAUA 2KKZA 4KHSA 3VOVA 4M42A 2I7PA 3SV3A 3O3FA 3IRXA 1SZ2A 4DV7K 1SS6A 3CJ1A 4AF1A 4CZGA 2XY8A 4FW1A 3EL2A 1VK0A 4BR4A 4ILJA 5HROA 3T1AA 4FWKA 5GAEP 4LF4K 4CZIA 5DM7L 4IFVA 5BRDA 4DUZK 3AV9A 3HP6A 4NCAA 3WNFA 1HYZA 5BRHA 2JWKA 3CFOA 4JEPA 2KLAA 2RKIA 2NRZA 3LDQA 4FL9A 4PY5A 3AO4A 3PIOL 4ID1A 3LALA 4LF7K 4LF9K 3JXUA 3SBGA 3OW2M 5BRFA 3CFRA 1UWBA 5M1KA 4EP5A 4O0IA 1VSJA 3MDQA 2YX6A 4R5PA 4FCYA 1XWLA 3CCQN 2A41A 4CEFA 3LANA 5CR4A 4JLHA 1K8KA 3VEWA 1FW6A 4JK8A 3MMVA 4JK9A 4FYDA 3E9OA 1X9SA 2QWRA 1RFQA 2HBKA 5B8HA 3MEGA 4B9QA 4CGJA 4GNIA 1NWKA 5BN8A 1RILA 2QEXN 4F3TA 4IDKA 2G8KA 4CEBA 2JWLA 2DFFA 1YJ9N 3QMLA 5MLCQ 3CJ7A 1QQCA 4DTXA 4DR2K 2YNFA 4FJIA 3AO5A 3TTFA 1WBDA 4JKGA 4I2PA 4CZHA 1W97L 4CD1A 1HLUA 3V9SA 2XY5A 4E7LA 3VETA 3BGRA 2RE2A 4CJLA 2ITGA 3UB5A 3HTVA 2P9NB 1S72N 2OTJN 4UY8O 3U3YA 1VHXA 2DY4A 3E9LA 4O8KA 3ZSZA 1KLNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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