1YI2N

Crystal structure of erythromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yi2N00
1JJ2M 3CC2N 3PIPL 1Q7YO 5MLCQ 1QVGM 1YHQN 3G6EN 2ZJRL 4WF9L 4IOCL 3CXCM 1VQPN 3J7ZO 1YI2N 5GAGP 3CCQN 3CCEN 5GAEP 2ZJPL 1KD1O 3G4SN 1YITN 1ILYA 4IO9L 3I56N 1KC8O 1YIJN 3CCMN 1VQ6N 3G71N 3PIOL 1K73O 3CCSN 2QEXN 5H1SQ 3CCRN 3CCLN 5JVGL 3CMAN 1OVYA 2QA4N 4WFNL 4WFAL 1NJIO 1VQLN 1VQ5N 1YJ9N 1W2BM 3CCVN 1KQSM 5JVHL 1VQ8N 1VQON 1YJNN 4IOAL 3OW2M 1K9MO 2OTLN 3CCJN 4WCEL 1VQ4N 1Q82O 1VQNN 1S72N 3CC4N 3DLLL 4U67L 3CF5L 1YJWN 1M1KO 1M90O 5DM6L 3I55N 1VQ7N 3CPWM 2OTJN 2ZJQL 1VQ9N 5HL7L 1VQMN 1N8RO 3CCUN 3CMEN 3CC7N 5GADP 5GAHP 1QVFM 1Q86O 4UY8O 1Q81O 1VQKN 5DM7L 3CD6N 1K8AO 4WFBL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEEA 4E7IA 2GBZA 3D7EO 1T7PA 5KQDA 3CJ9A 3Q7BA 4HVJA 4B9QA 2NLXA 3HJFA 3ENHA 4WF9L 3TTFA 3OYHA 3JYTA 4W5RA 4X66K 3TI0A 2RN2A 4AILC 4JK7A 3ZSOA 3SUPA 1EETA 1X3NA 3O1WA 3H3NO 5M1FA 1SV5A 3L2WA 3FZMA 1ASVA 1C0UA 4AHSA 2RPIA 4H5VA 3AVJA 4FLVA 1S1VA 2QWOA 2XHBA 4JAXA 4DHYA 5C2FA 2P9NB 1BHLA 2Q1NA 3O3FA 5CY4A 4CZIA 1NOZA 2P9SB 1TK5A 3KLEA 1QSYA 4JI5K 4CJKA 4FWRA 4C1NI 4NYFA 4AHTA 3A8YA 1SS6A 1SKRA 1GLCG 5EOYA 4GMJB 3DM2A 3VEZA 3ID8A 2HVHA 3PX4A 2VWJA 4B8CA 4H03B 4E7LA 3SAGA 3HI0A 2VQFK 1IH7A 4K41A 1BA0A 3WNFA 1YJWN 4FJ7A 4JYAK 4BRAA 4B1WB 2PBDA 2GV9A 3O4WA 3ALYA 3IAYA 4FJ9A 5M1KA 3H3OB 3ENOA 3AVKA 4KHYA 1IO2A 1FXXA 5JS1A 4FJLA 4EAHD 2HHUA 4CHYA 3L4IA 1T05A 1Q81O 4ILJA 5LJWA 3D0PA 1X9SA 1D4XA 5DM7L 2HW3A 1CLQA 1K8AO 2KLAA 4PY5A 4I7FA 4FWMA 2Q31A 1KLNA 3VGLA 3AO5A 5CHIA 3PSIA 5MLCQ 2B4JA 3KLGA 3H08A 1Q8IA 5BREA 2NRZA 2O8CB 4DTSA 1WSFA 4YOWA 5JS2A 3KVGA 3ULDA 1CXQA 1JKHA 5EY4A 2QKBA 5CYMA 2YJFA 3DXMB 1CXUA 1VQPN 1YAGA 4CJ3A 2PYJA 1QHTA 3FGUA 1BI4B 4J2BA 1N33K 3W0LA 1D5AA 1WB9A 4RWTA 4M41A 4L8RB 2Q3SA 5HRPA 3WXLA 3LWLA 5J2PA 5TKWA 3V9XA 3GOIA 2QEXN 2IIRA 3AA3A 5M1QA 3WQUA 3OVNA 3I0SA 3DLHA 1GOBA 1OH6A 4NLCA 2GWKA 4J2DA 4JI4K 1KFDA 4DMNA 3VEOA 2D0AA 4DG1A 1XMOK 1K9MO 4C8MA 1S1WA 4CJFA 1CZ9A 3AVHA 3VF6A 4RCHA 1ATRA 3SQ0A 5AJ3K 1NU0A 3WNEA 1M1KO 3B6PA 4KHPK 4B1ZA 3ZX3A 5J2QA 4A57A 5AQXA 1N32K 4DQPA 3OHRA 3CJ7A 4WQ5A 1B9FA 5EU7A 3KK1A 4H5TA 1T6DA 5JLFA 4W5OA 2P51A 4B9UA 4CGDA 3D45A 4B3TK 3FZHA 3AVMA 2HHXA 3MMVA 3VPZA 1RDAA 3ZEUB 3T3FA 1C1CA 2A3ZA 4MQ3A 4AH9A 4WFBL 4I6MB 5BR8K 1RT2A 3LDNA 4WQ4A 4CEDA 2HNZA 4DLGA 2E8AA 1G15A 1LAWA 4KBOA 2QW9A 2ZJRL 4FWSA 3OYEA 1T03A 4NCGA 4DV1K 2HMIA 4WE1A 1HKBA 4CJ4A 1ZXOA 2F4VK 5EX5A 2AJQA 5FPMA 3OS1A 4DTOA 3EO3A 4M3TA 1C0FA 4LFAK 1KFSA 3I0RA 4FLZA 3R1XA 4BG9A 1YIJN 4W5TA 4OKKA 1VAZA 4CW7B 3PIOL 3TU5A 5AQJA 4PA1A 1T3VA 3EZ5A 4AQYK 4O5BA 3L2UA 3LALA 3SPZA 3C6HA 3BGRA 4OPAA 1RTHA 3LPTA 3C94A 3ZT3A 5CE3A 1RFQA 3O9QA 4BRQA 3DRPA 1IV0A 1Q9YA 1YJNN 3U9ZA 3E66A 3UKRA 1DT9A 3AO4A 2DPNA 4DS5A 4GKKK 3CCJN 2XRIA 3AVBA 2A6AA 3T7ZA 1RT4A 4H8KA 2D0OA 3HYFA 1HX1A 3DLKA 4FZZA 1U04A 2P9LA 4BRGA 3TTDA 4BRPA 3VGKA 5KPTA 4CEBA 3O4NA 4DSIA 1WAJA 3QB0A 4WYBA 4OGEA 5HL7L 3IRXA 3BZCA 4BRNA 5CR4A 4FYDA 3THVA 1SZ2A 3KK3A 5K14A 1W0HA 1S3XA 3QFUA 4RW6A 4E1JA 3ZSWA 1C1BA 4I9QA 3ISNC 4F4KA 1N34K 1J5OA 3TSPA 1DKGD 1BUPA 2FSKA 3KLIA 2Z1JA 1W97L 3SAHA 2F9WA 1BOTO 3QEPA 1U45A 4IG0A 2ZGZA 1VSEA 4JKFA 3EE9A 1JLBA 1KTQA 3NVKA 3THWA 1TL1A 2HBLA 2KKZA 1YI2N 1WSGA 5KPRA 2IAJA 3AVAA 4CI6A 2F96A 2VCPA 2ZE2A 4FLYA 4CE9A 4B9NA 2ASMA 1RCHA 1C0MA 2OANA 4GV6A 4DWIA 4ZHRA 3OBWA 4IBNA 4FVMA 4Z4CA 1ASUA 5IWAK 4KB0A 3CM5A 1BISA 2FBVA 4Q5VA 1MWKA 1GLAG 3MWTA 3K5OA 3OYJA 4IDKA 2VG7A 2NRHA 1C6VA 5BRHA 1OVYA 3LP2A 2E6MA 4WFNL 4YNQA 3QBXA 1L3TA 3SPYA 3TAQA 3CHWA 1S9EA 3A5OC 3V9WA 2V7YA 5AQFA 1VSJA 3WXIA 2QKKA 4I2QA 5ADXH 4FXDA 3M8PA 5F2RA 2UXBK 3HVRA 5FRNA 3SJHA 3GG4A 4WCEL 2V52B 5T7BA 1S72N 1QS4A 5BPNA 1NK5A 1FJGK 4BDZA 3RMDA 3VQ8A 4CEQA 4CZFA 2CGLA 3M8RA 3HL8A 3QNOA 4X62K 1TK8A 3I55N 3E01A 3HM8A 3A0IX 3HSCA 3KK7A 3PSFA 4FK2A 3JAMO 5LMNK 5HLFA 4LSNA 4CJ7A 3RR7A 3FFKB 1B92A 1HMVA 1VQMN 3WUHA 5DK5A 1LAVA 1Z26A 1RTDA 1IJJA 1V4SA 5BR9A 3DOLA 4DV7K 2E2PA 4UQGA 3HT3A 3OYMA 1BU6O 3IS9A 4A61A 4DR5K 1XWLA 4ILHA 4JKGA 1EP4A 4NXMK 3S3OA 4C23A 1FW6A 3THYA 4DR2K 3PIPL 4MO5A 1Q7YO 1JLQA 2ZQBA 3RVCA 4KO0A 4YHHK 1WOQA 4CCHA 4E7JA 2HBMA 4Z4HA 4KV8A 1ZBIA 3WEEB 3S3MA 3SMPA 1U2VA 4F2SA 2P9KB 4YOUA 5C12A 5HROA 4CGJA 3DXKA 4CEAA 5ADXA 3V1QA 5AFUH 4LF6K 2O8BB 4O0IA 3AVCA 3TANA 4JV5K 3I56N 5J2NA 1IBMK 4RW7A 3VQQA 4FLUA 3OYBA 1S1UA 2YV0X 3FR0A 3ZSRA 1NNEA 2Q36A 4PKIA 3K9KA 2ATQA 3O80A 3A2FA 2HOEA 5AZJB 3K9JA 5KGXA 4LC9B 4FPBA 4LF4K 3ZYYX 4XEIA 3KLHA 3QEVA 4EZ6A 1YJ9N 3RWUA 3U8XA 2O8DB 1XI1A 4B1VA 3OYIA 2KQ2A 2FSNA 3SI6A 2E1ZA 3M3ZA 2W42A 3ZETA 4NCBA 3CETA 3G25A 4CZLA 3KHYA 2BTFA 4BRLA 1N5YA 2YKMA 3S9HA 5HRSA 3CC4N 4CBXA 4KH6A 1OH8A 1I94K 3DMJA 4IXCA 3CJBA 3EZWA 3HRGA 1L3UA 1GOCA 3CFRA 2D0PA 2QWPA 4YOTA 2P1JA 1J54A 3AVGA 3P4IA 4G1QA 4FPAA 4FOEA 5BPLA 5GIOA 4FLWA 2G8VA 2WONA 1Z25A 3TAGA 2D4WA 2QWNA 1JLEA 3SV3A 5AQNA 5AFUA 3DLBA 3ATVA 4ISFA 1NGDA 4K8ZA 3V9ZA 3CD6N 3MEEA 3HP6A 2PY5A 3C7NA 2P9IA 1TL3A 1C1AA 3AARA 1U6ZA 2GELA 4DB3A 1TV6A 5HRRA 2A1RA 4FWPA 1NK9A 2NRTA 5JMVA 4JRQA 2P9UA 3G6EN 3VQPA 1D9FA 4X64K 1OVQA 3VGMA 1NG9A 3D2EA 4BRMA 3K59A 2IC3A 3H6EA 4JKDA 2ZJPL 2RF2A 4FM0A 4CJEA 2Q2RA 3VERA 4NYNA 3J7YP 3HXMA 4FJKA 2FC0A 3QBWA 3F9MA 4FM1A 3SV4A 3QFPA 4JN4A 2VYPA 3ZT0A 4FO0A 5JVGL 2NRXA 2YNIA 4DSJA 1RBRA 4O4GA 4AHCA 1UOCA 1WN7A 2Q0RA 2NRWA 2DY4A 1C0TA 5BN8A 3K2PA 1VQLN 2HVIA 1NOYA 3KKSA 2BANA 4O44A 1ATSA 3RTVA 4I9LA 2XO7A 1X1PA 5F1XA 2YHXA 4BRCA 3DRSA 3ZSVA 2KFNA 3OY9A 4OGCA 1VQ4N 3D2FA 4CZHA 4CHNA 4OLBA 3QO9A 4JI7K 3JSMA 2IVNA 4N5SA 3VETA 3VQDA 4BROA 4BR2A 4WQ4C 4F3TA 4CJUA 3WNGA 4FW1A 2ITMA 3OYAA 4AF1A 4M3YA 4CFBA 4CF1A 4DV2K 3KK2A 2O8FB 3T1AA 1QZ5A 3SBTA 3HO1A 4YFUA 4DSLA 3VQ7A 2NNWA 2OPPA 3CMEN 1YF5L 2PZSA 3V6DA 4OKJA 4FW2A 2P9NA 3SBGA 4CD3A 3A5NC 3SUOA 4JLHA 1NGIA 1GLJO 2DFHA 3K5LA 3CJAA 4Z4EA 4DV0K 3J80O 2E2QA 1HNXK 3SMSA 4CBUA 2F8TA 4CFCA 4DV6K 2EHGA 3GDQA 1TAUA 1IKVA 3WXKA 1S9GA 4JKEA 1WSIA 3ITHA 1NJZA 1SKSA 4LSLA 3L2RA 4KHNA 5DMRA 3UKUB 5E84A 2YHBA 4CGIA 2UUBK 1ZBUA 3VA0A 1KLMA 4JKCA 1VSKA 3C65A 2KW4A 3CCQN 4QCLA 4H0YB 1L3SA 4B3MK 4C8LA 5AQQA 1F21A 2HHHK 1RT3A 4CEZA 2HHVA 1ZBHA 1UA1A 2HBJA 4DQ8A 3V1OA 3IG1A 3U3GA 4FJMA 1VQ6N 5LJVA 1YT3A 2GTDA 4KKOA 4PL7A 1L3VA 3CPEA 1S1TA 1SUQA 4M42A 1WSHA 4NB4A 4W5QA 4CEFA 1NJIO 5AQWA 2HHQA 3LANA 1HNIA 4CHOA 3GL1A 2H3GX 5AZIB 4HCCA 4Y0WA 1ESVA 1DEJA 3M6GA 4BR9A 2HSTA 1YTUA 3F73A 1QQCA 4JI3K 1VQ8N 3E9OA 1RT5A 4JKAA 4YORA 2HNDA 3ATUA 3IUCA 5CZ2A 1GLBG 4BRHA 3HTVA 3HSTB 3UB5A 1NJYA 1SAZA 2I5JA 3CQXA 3K5NA 1JCGA 4GVEA 3BDPA 2QWMA 3QICA 3QETA 2VWBA 2O8CA 2ZWHA 2IS3A 4FZYA 3DXMA 2FBXA 4A2AA 3CPWM 4E3SA 3SQ2A 1OKJA 5C2DA 1BI4A 4M45A 1HNZK 1K8KB 1SQKA 2QXFA 4BC3A 4JEPA 2OA8A 4AHUA 1KAYA 4DTPA 1TYQA 4RW8A 3SNNA 4FK0A 4CJLA 1BGXT 2WFBA 3MECA 4BC5A 2FBYA 1NGCA 2I7NA 2YNGA 2Y1IA 3L6QA 5BRFA 3PV8A 1OH5A 4X65K 1XQSC 3OYCA 2WTUA 1QQOA 3AO1A 4FJIA 1JJ2M 2D0BA 1NKBA 3UIQA 2WOMA 3LDPA 2BUPA 4CJ5A 3CQ8A 1NBWA 1NKCA 3V81A 1TUYA 4GV3A 4IOCL 4JKBA 4FJJA 1TUUA 4MDBA 2QI2A 2ZD1A 3T19A 2CH6A 4ID5A 3V1RA 4QS8A 4BE0A 5AQMA 5AQLA 3FFIA 1BA1A 1WBBA 4DS4A 1MDUB 3DRRA 3U4LA 4KREA 4OJRA 4CD1A 1LWCA 3HVTA 2BH1A 2KZMA 3RMBA 2E1YA 4KAZA 4RW9A 3TSUA 4KH4A 4BRDA 4HCBA 3LM9A 1VHXA 1VSIA 4GVMA 4C8NA 4EZ9A 4V19S 2HF4A 4IWVA 3KKRA 3U3YA 2DFFA 3M5RA 1X3MA 1VQ5N 4B9TA 3VMFB 1KQSM 3ZEUA 4IOAL 4LF7K 3P83D 2W41A 1YUWA 4M3XA 4I6MA 1KRPA 2OTLN 3M8QA 3QEIA 3CFPA 3L3VA 1NM1A 4H0PA 3I33A 3QERA 4M3WA 5AQKA 2G8KA 1EWRA 4B1UB 3RRHA 2O4IA 3SUNA 3BEXA 4BR5A 3THXB 3J8AA 4AM6A 3HPGA 3CQYA 4B3RK 4CJWA 3NDKA 1NGGA 3TAPA 3DWLA 3PY8A 4CJSA 4OPHA 3SCXA 2P9LB 1BO5O 2HHWA 4PWDA 5J2MA 3ENBA 3AA5X 3HPHA 5C15A 4JNEA 4KHSA 3K57A 2A5XA 3P5JA 1KAXA 5F0XA 2YI1A 4CJPA 4DFMA 3RR8A 4EFHA 3MCPA 3QINA 4RW4A 1GLDG 3CC2N 2OPQA 1YHQN 3VQ9A 4QS9A 1Z05A 3LPUA 4EIAA 1NK6A 4OO1J 2LSNA 3O6WA 3CXCM 4B3OA 4JI2K 3BZKA 3ZCMA 3G0ZA 5GAGP 2XY7A 1D9DA 3PX6A 3QIOA 1LW0A 4IEIA 1RBVA 3DLEA 1ILYA 3O9TA 4YDUC 4B1XB 2Z1HA 1TGOA 3NBPA 5C0YA 3CCRN 1X9WA 3NCIA 3KWIA 4CJRA 1G99A 5FLXO 4BREA 4LY7A 1NK8A 3H45C 4H0TB 4BR7A 3MEDA 4BC4A 2B5JA 3RRGA 3CIPA 1LV5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CEE A;  4E7I A;  2GBZ A;  3D7E O;  1T7P A;  5KQD A;  3CJ9 A;  3Q7B A;  4HVJ A;  4B9Q A;  2NLX A;  3HJF A;  3ENH A;  4WF9 L;  3TTF A;  3OYH A;  3JYT A;  4W5R A;  4X66 K;  3TI0 A;  2RN2 A;  4AIL C;  4JK7 A;  3ZSO A;  3SUP A;  1EET A;  1X3N A;  3O1W A;  3H3N O;  5M1F A;  1SV5 A;  3L2W A;  3FZM A;  1ASV A;  1C0U A;  4AHS A;  2RPI A;  4H5V A;  3AVJ A;  4FLV A;  1S1V A;  2QWO A;  2XHB A;  4JAX A;  4DHY A;  5C2F A;  2P9N B;  1BHL A;  2Q1N A;  3O3F A;  5CY4 A;  4CZI A;  1NOZ A;  2P9S B;  1TK5 A;  3KLE A;  1QSY A;  4JI5 K;  4CJK A;  4FWR A;  4C1N I;  4NYF A;  4AHT A;  3A8Y A;  1SS6 A;  1SKR A;  1GLC G;  5EOY A;  4GMJ B;  3DM2 A;  3VEZ A;  3ID8 A;  2HVH A;  3PX4 A;  2VWJ A;  4B8C A;  4H03 B;  4E7L A;  3SAG A;  3HI0 A;  2VQF K;  1IH7 A;  4K41 A;  1BA0 A;  3WNF A;  1YJW N;  4FJ7 A;  4JYA K;  4BRA A;  4B1W B;  2PBD A;  2GV9 A;  3O4W A;  3ALY A;  3IAY A;  4FJ9 A;  5M1K A;  3H3O B;  3ENO A;  3AVK A;  4KHY A;  1IO2 A;  1FXX A;  5JS1 A;  4FJL A;  4EAH D;  2HHU A;  4CHY A;  3L4I A;  1T05 A;  1Q81 O;  4ILJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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