5JMVA

Crystal structure of mjkae1-pfupcc1 complex
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
MDPMICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPNPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosyn
publication title Structural and functional characterization of KEOPS dimerization by Pcc1 and its role in t6A biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
total genus 105
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2016-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jmvA01
1GLFO 4RCHA 4DQ8A 4CZEA 3CHWA 1ESVA 2YHYA 1T44A 3FFKB 5AQJA 3GG4A 5JLFA 2GELA 1QZ6A 4K42A 4NB4A 1TYQB 3ZETA 1CZAN 1V4TA 5KQ8A 1X3NA 3M1FA 2A3ZA 3CERA 3O1WA 3MN5A 5LJVA 5F1XA 3IMXA 3BEXA 5BPMA 3LL3A 1T6CA 3OHRA 3A5LC 1NM1A 2P9LB 2E2QA 5AQKA 1NGAA 3D2EB 4B1YB 4FWPA 2A40A 4DB3A 3UKUB 3BUZB 4QS7A 3CJ7A 2NZTA 4M7YA 4FOEA 4FWNA 2E1YA 3D2FA 4FWKA 5JMVA 2YJEA 1BO5O 5AZJB 2E1ZA 4FPAA 4JHDA 2GEMA 1G99A 4FSVA 5AQLA 4H5TA 4BG8A 1ZXOA 2CH5A 3EN9A 3GOIA 4BQLA 2I7PA 2CH6A 1YAGA 2ZGZA 1HPMA 5AQWA 2E2OA 4BC5A 3VETA 1E4FT 3DXKB 1QHAA 2ZGYA 1QQOA 3A8YA 1NGIA 1X9JA 2E20A 3J8AA 3A5OC 1GLEG 2FSJA 3G25A 3O6WA 4CZJA 5KPRA 4CZGA 5AQRA 1GLJO 4C23A 2IVOA 1C0GA 3HBTA 3LDPA 3VF6A 3IDHA 2VYPA 1YVNA 4BRQA 2H3GX 1XC3A 2F9WA 4A2BA 3ID8A 4B9QA 3I8BA 3MN9A 1S22A 5E84A 3GE1A 5AQQA 4FO0A 1WOQA 3DWLA 3VF4A 3VESA 3L0QA 1IJJA 3IFRA 2GWJA 3SMPA 4EAHD 4B1UB 4CZFA 3VGMA 5AQUA 4WQ4A 1BDGA 1BOTO 4H0YB 4K43A 4Y0WA 4B1WB 5EOYA 1BA1A 3BF1A 2V52B 3CQYA 3AARA 2FXUA 3C7NA 3SK3A 2V51B 2F9TA 1BU6O 4I6MA 5BRDA 2OANA 5EX5A 5BREA 3C0BA 3EO3A 4GY2B 4YDUC 1U2VB 2I7NA 2QWNA 1GLLO 3O8MA 2E2NA 4HWIA 1BA0A 3ATUA 4CZHA 2FSKA 3EZWA 3QICA 4WQ4C 3ULEB 5B8HA 5AQVA 5AQOA 4FWRA 4QS9A 4BRLA 3RSEB 3U9ZA 3ZX3A 4F9OA 4BR5A 2WUSA 3O1BA 1RGIA 2GTDA 4JD2B 3U9DA 1HKGA 2ITMA 1HUXA 4FWMA 4CD1A 1NLVA 5AQYA 4CZMA 2QWRA 4H0OA 2YCHA 3ENHA 1NGBA 3ENOA 3CJBA 4E1JA 3M6GA 4CZIA 3ATVA 3DXMB 3LM2A 4O5FA 4MO5A 1NWKA 4CBUA 3QBWA 2P9UB 1TUYA 1GLBG 4PL7A 1ZC6A 4BR4A 5AFUA 1Z6RA 4PKGA 3ZEUA 4H0TB 4JNEA 5AQHA 3QMLA 2D1KA 4DCHA 3VGKA 2A6AA 5LJWA 3MN7A 2P9SA 5BRHA 3FZFA 3H46O 4CBXA 2HF3A 4GNIA 5AQFA 5F0XA 1NGGA 3WEEA 4BR0A 2UYTA 2P9NB 4HTLA 1K8KA 5BRFA 3H6EA 1RDWX 3B8AX 3O4WA 3VEXA 5AQNA 4J8FA 4PKIA 5AQPA 3FLCO 1SQKA 3VGLA 4H03B 2P9KB 4B1ZA 2QW9A 3A5MC 3WQUA 3EKSA 4K25A 2Q0RA 2IIRA 3UKRB 4BG9A 4BR9A 1HKCA 2W41A 1BG3A 2E2PA 2V7YA 5AQMA 2KHOA 3KZBA 3WXJA 4IWVA 3WQTA 3MDQA 3CIPA 4A2AA 3VENA 4FWLA 3QDKA 2P9PA 2P9IB 2E88A 4CZKA 5FPEA 5AZIA 5BR9A 1H1VA 5JICA 4BREA 1ATRA 1S3XA 3O80A 1X3MA 1GLAG 1JCEA 3HI0A 3GL1A 4BRKA 1NGJA 3R6MA 4H0XB 3VPZA 4AM7A 3HSCA 4YDUA 1OKJA 1BWFO 2Q97A 2Q2RA 4FWQA 1MWMA 2BUPA 5AQXA 1P8ZA 3SLCA 5LY3A 1TYQA 1MWKA 4B1XB 1KAZA 4PL8A 1WUAA 2A41A 5JLHA 2NRHA 3LDOA 5KQDA 3MCPA 1KXPA 3ZETB 5EXWA 5ADXA 4CZLA 2HF4A 2P9LA 5AQSA 3D2EA 3QFUA 4FL9A 5BN9A 1ATSA 1XQSC 3CJ9A 4JAXA 1YXQA 4QS8A 3UKUA 1JCFA 4FWSA 3U4LA 4KBOA 2AP1A 2CGJA 3TPQA 3L4IA 4BGBA 1Q18A 5AZJA 3BP8A 3W3DA 2GUPA 1T6DA 4H0PA 5EY4A 3WXKA 2J4RA 4BR2A 3VEVA 3D2FB 4AM6A 2Q36A 4JHDB 4ISFA 2IVPA 3FZKA 3DXKA 1NGEA 3AY9A 1SAZA 2ZWHA 1DKGD 3LDNA 3GDQA 3U8XA 1GLDG 2Q0UA 2QXLA 2YHXA 4A61A 1HJOA 4BRCA 5KPZA 3ZX2A 2E8AA 4CI6A 3HM8A 4FWOA 1KAYA 4DHYA 1Z05A 4H0VB 3D7EO 5I9EB 5TKYA 2D0OA 2QWPA 4H5RA 2FF6A 4FOIA 2ASMA 2QWOA 4BC3A 4BROA 1XUPO 3MMVA 2BTFA 5AQIA 1SZ2A 4IXCA 1NBWA 2QWQA 1D4XA 5FPNA 4BGAA 5AQGA 3AAQA 1NGDA 1Y64A 4XH5A 2DPNA 2ASOA 4EHUA 2PAVA 4L3QA 3VF2A 1JCGA 3CQXA 1DGKN 4JN4A 3FZMA 3H1VX 3DAWA 3SMSA 4BVOA 4H5WA 3JXUA 3EKUA 3MK6A 1HX1A 4BQZA 2VWBA 3LDQA 2HOEA 1HLUA 2GWKA 3CI5A 3A0IX 4FPBA 2V7ZA 1V4SA 4M7XA 3C7NB 3QBXA 5EVZA 1U2VA 1E4GT 1TUUA 4I6MB 4MLHA 5AQTA 1NGFA 4WQ5C 5AFUH 3WT0A 5F2RA 2QWMA 2A5XA 3O08A 4WYBA 3W0LA 3ULEA 3R8EA 4BRHA 4CD3A 3ZX0A 5BPLA 3KVGA 4RTFD 1IG8A 1YUWA 4PKHA 1QQNA 2YJFA 3A5NC 3AAPA 5CE3A 3CJ1A 4BVPA 2FSNA 3DJCA 5AR0A 3RSEA 3H45C 3HZ6A 2FLOA 3WUHA 2YHWA 4LC9B 5BPNA 3H1QA 4NO7A 3TU5A 4EHTA 3UB5A 4JD2A 5FPMA 3EL2A 2PBDA 4EIAA 2CGLA 1MA9B 3M3ZA 3LM9A 3CETA 3VEZA 4Z94A 3DXMA 4BRIA 3H3NO 3L6QA 4BC4A 3MN6A 2P9UA 2NLXA 3IUCA 1EQYA 1LOTB 4MLEA 4O8KA 3UE5A 3FE1A 4BRMA 3JS6A 5FPDA 4BC2A 3GBTA 3LDLA 4H5VA 4M63C 1U6ZA 3I33A 4BRAA 4XH4A 1NMDA 5ELZA 3VEYA 2HMPA 2W40A 1MDUB 3ZEUB 3BF3A 3FZLA 3CJCA 5E26A 1KAXA 1ATNA 1QZ5A 2IVNA 4H5NA 2FF3B 2QM1A 4A62A 5BN8A 1R59O 2P9SB 3VEWA 3WXLA 2P9NA 4B1VA 2ASPA 2Q1NA 4IO8A 5KPTA 4BRGA 1GLCG 1DEJA 4CJ7A 1HKBA 2AA4A 1QQMA 4ISGA 5AQZA 3WEEB 1C0FA 3FR0A 3SJHA 4ISEA 3CJAA 4MO4A 2P9KA 1K8KB 4CBWA 3S41A 3VERA 1NGHA 3QFPA 4RWTA 3UKRA 4XH1A 4XEIA 4IZ9A 3VOVA 2A42A 1BUPA 3QB0A 4EFHA 1J6ZA 4BRNA 3H3OB 4K41A 2ZF5O 3R9PA 3VEOA 2D4WA 3F9MA 4BRDA 4IJAA 2EWSA 2P9IA 5ADXH 2QWLA 3FZHA 2D0PA 4IJNA 2P9PB 3KHYA 3WXIA 4BRPA 3HTVA 1ZBSA 3O5BA 5AZIB 2VCPA 2Q31A 4BRFA 2CGKA 2YI1A 1RFQA 1NGCA 3FGUA 3P4IA 4BR7A 4WQ5A 1LCUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HMVA 4FVMA 1GLFO 3T1YK 4DQ8A 1WAJA 3ITHA 2HHXA 3IKMA 4C8KA 2BGGA 5AQJA 5JLFA 3K5MA 5KTQA 5CZ1A 4NB4A 4JI2K 1TYQB 3ZETA 1V4TA 1X3NA 3M1FA 3K57A 5LJVA 4CJKA 4FVUA 5HRNA 4H4MA 3HVRA 2E4LA 3A5LC 3AO4A 3AVHA 1NGAA 4B1YB 3LANA 2ZD1A 2QKKA 4CJWA 4DB3A 1J9AA 4ID5A 3BUZB 4QS7A 1RNHA 4CEOA 1HR0K 4M7YA 3D2FA 3NF9A 4FWKA 2UU9K 2YJEA 3NH1A 2DTUA 1BO5O 5AZJB 4FPAA 1BL3A 4H5TA 2CH5A 3EN9A 2O8DA 3GOIA 3ZSOA 4YOWA 1KTQA 2I7PA 2YHAA 1T3VA 3BDPA 2VQEK 4O0IA 1N8RO 3VETA 1VHXA 1E4FT 3V9SA 4W5RA 1LAWA 2O8CB 1LW2A 3OYHA 4GKKK 1KRPA 1XHZA 3NGYA 3PIOL 4BDYA 1GOBA 1NK9A 3IS9A 3O6WA 4CZJA 3HOTA 3ZCMA 4FJGA 4C23A 3K2PA 3O9UA 1VQLN 5DK5A 1C0GA 3HBTA 3VF6A 4J2BA 1HQUA 1WLJA 3EE9A 3ID8A 5GAEP 3MN9A 1C1CA 4BDZA 2HHWA 3GE1A 1HRHA 5AQQA 4M3ZA 4DSKA 3VESA 4EAHD 4DUZK 3H08A 5AQUA 3MEEA 2HHQA 4DV2K 5KGXA 3VA0A 4AF1A 3I8DA 4CFBA 3SUNA 1CLQA 3DM2A 1C6VA 5JS1A 3SK3A 3AVMA 3G4SN 2OZMA 3TTFA 3V6DA 1BIUA 5BREA 3ULDA 4H4OA 4YDUC 1TAUA 3DMJA 2B4JA 1OVQA 1IG9A 1VRUA 4ID1A 3KD5E 1UOCA 2E2NA 2FSKA 3T3FA 3QICA 3AA5X 5B8HA 2PFUA 2YNFA 4JI1K 5AQVA 2OTJN 4FWRA 3ALYA 1VSDA 4CHZA 1D9DA 2GTDA 4YOTA 4JD2B 4FLWA 1HKGA 4O8UA 1HUXA 4FWMA 4CD1A 4W5TA 4DU1A 3ENHA 3CFOA 4E1JA 3M6GA 4B3OA 3DXMB 3ID6A 4O5FA 3PX0A 4MO5A 2P9UB 1TUYA 2QI2A 5AFUA 4PKGA 4DV3K 5HRSA 3ZSRA 5IWAK 1O1WA 3VGKA 1IKWA 4Z0UA 3A2FA 3E9PA 1RTIA 4H8KA 4X62K 1YJ9N 3CFRA 3FZFA 4E7LA 2OPRA 3H46O 4CBXA 2HF3A 2Z1JA 3AGKA 3RVCA 4KH5A 4BR0A 3QEXA 4B8AB 5BRFA 4DR1K 3TAPA 1BIZA 3O4WA 4J8FA 1SQKA 4H03B 5MLCQ 4B1ZA 3A5MC 3OYJA 2Q0RA 4B08A 3TABA 3K59A 1YI2N 4FK4A 3SI6A 4DR7K 1JL1A 2JGUA 1X9MA 4FJIA 4ZTFA 1Z25A 3WXMB 4CJVA 3DYAA 3EEQA 5D3GA 1XI1A 1CXQA 4M3TA 3O80A 1X3MA 1RDUA 3SCXA 1JLCA 3TSUA 3R6MA 4H0XB 3VPZA 4JKAA 4DQIA 3HSCA 1W9HA 3NHGA 1KVBA 4CEFA 2XY6A 1P8ZA 4DKWA 3QIOA 1IV0A 4HCCA 4N56A 2KLAA 4Y1CA 4B1XB 4DS4A 4RW6A 1A5WA 4PL8A 2D0BA 3AVNA 4I2PA 3LDOA 3MCPA 3ZETB 5EXWA 3CJ9A 1KFSA 1BCOA 5GAHP 2HVHA 3AVIA 1YXQA 4QS8A 4AHRA 4FWSA 4B9LA 3AVLA 3I55N 4FM0A 2P5GA 3L4IA 4BGBA 3HL8A 3LP0A 3BP8A 2UXBK 2GUPA 1T6DA 3KWGA 1E3MA 1M90O 3OY9A 3ZLJA 3D2FB 4AM6A 3DXKA 2O8DB 2HNYA 1YIJN 3M8RA 3K5OA 2QXLA 1N34K 2HSTA 3CCMN 4A61A 1KVCA 3HM8A 3CMAN 4I9QA 3HP9A 3THVA 4DHYA 3V9UA 3ZYYX 1TK5A 3G0ZA 4IO9L 2D0OA 5C10A 3SJJA 1U45A 2QWPA 4DV6K 2NRVA 3K5LA 4CIFA 4CERA 4O44A 2ASMA 3U6FA 4Q5VA 3O3FA 1Q7YO 3QEPA 3L2WA 1EETA 2O4IA 3RRGA 1C1AA 3LWLA 3V4IA 3ZSZA 5AQGA 1ITGA 2PYJA 4F2RA 1FKPA 2JWKA 5JS2A 3NVMA 3DLRA 4PUOA 3LZJA 4JKCA 4FJHA 4H5WA 1NKBA 3VTIA 1N6QA 2XY7A 2VWBA 4JKHA 2GWKA 3SUQA 1C0UA 3CI5A 5FROA 3A0IX 4BWMA 3TR8A 3QBXA 3QETA 1U2VA 4BE0A 3SAGA 1TUUA 4MLHA 5F2RA 3DLKA 3AGRA 3DOLA 2P1JA 4I7FA 4OKEA 1FW6A 3ULEA 3Q7CA 2O8FA 5BPLA 3KVGA 3HXMA 4PKHA 1GOAA 3AAPA 3THYA 4F4KA 4IG3A 4EP4A 5HBMA 1HYVA 3J7AP 4OGCA 2FLOA 5CY4A 5FPMA 3SV4A 3ZSWA 4IG0A 4EIAA 4GVEA 1MA9B 5LMUK 3CETA 1TK8A 3OYFA 4HUFA 4CEBA 5C2DA 1RDBA 4ICLA 4BRIA 3H3NO 1HNVA 3V81A 3TAMA 4JRQA 3MXIA 4CE9A 5SZTA 4C8MA 1EWRA 5FPDA 3HOSA 1VAZA 4BC2A 4FK2A 2IGIA 3LDLA 3VTHA 1SL0A 2HBMA 3I33A 4UY8O 2HMPA 4ZTJA 4U7BA 3MX5A 3FZLA 4KTWA 5E26A 1KAXA 1QZ5A 4A62A 1XNRK 5M1NA 1QHTA 1VSEA 4DFKA 3WXLA 2BH1A 2P9NA 4Z4IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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