1JJ2M

Fully refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The kink-turn: a new RNA secondary structure motif.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1jj2M00
3CMAN 5H1SQ 1VQON 1M90O 1QVFM 3PIOL 5GAGP 3G4SN 2ZJRL 1NJIO 4WFAL 3CCSN 1K73O 3CCEN 1KQSM 4WF9L 1YITN 5HL7L 5JVGL 1VQ7N 1YJNN 1VQ8N 3CCMN 5JVHL 3CCJN 3CCQN 4WFNL 1OVYA 5GAEP 1JJ2M 2QA4N 2OTJN 1YHQN 3CCVN 3CC4N 3CXCM 1QVGM 3PIPL 3I55N 1VQ6N 3DLLL 5GADP 3OW2M 5MLCQ 4WCEL 3J7ZO 3CMEN 3I56N 1YJ9N 1Q86O 4UY8O 1M1KO 1VQNN 2OTLN 1YJWN 5DM7L 1W2BM 4IOCL 1VQKN 1VQPN 5DM6L 1YI2N 3CPWM 1KC8O 1VQMN 4WFBL 1S72N 1N8RO 3CC2N 3CC7N 1Q82O 3CF5L 1ILYA 1Q7YO 2ZJQL 1VQ9N 1YIJN 4IO9L 3CD6N 1VQ4N 1K8AO 3G71N 2ZJPL 1VQLN 1KD1O 5GAHP 1Q81O 3CCUN 3CCRN 3G6EN 1K9MO 1VQ5N 3CCLN 4IOAL 2QEXN 4U67L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VRTA 4BR7A 1BWFO 3AO1A 3AVJA 3C6UA 3P83D 1WAJA 1ZC6A 3ZX2A 4CVNE 2YNGA 1GLAG 3DLGA 4LF7K 4DB3A 2AA4A 3C6HA 1ITGA 3ASMA 4WQ5A 4BE2A 5HL7L 1RTHA 3OBYA 4BGBA 3CCMN 3EY1A 3QETA 2ZD1A 4FOEA 2HHHK 3M8PA 2Q36A 4Z4HA 1JJ2M 2UXCK 4CHNA 1A5XA 1Y64A 5HROA 3A8YA 5KRSA 5JS1A 3AA3A 2DFHA 3RTVA 3S3OA 5GADP 5MLCQ 2DFFA 4CJSA 5M1FA 3H46O 2IVNA 3LDOA 4CIGA 4FWMA 2XY8A 3MXJA 4FZYA 5BREA 4I9LA 4M42A 4Z0UA 4BRNA 1RT1A 4JS4A 1CZAN 1C1CA 2YJFA 3O6WA 4CIFA 4BROA 1WSJA 4H5WA 1TVRA 4LY7A 3OYIA 4LSLA 2FSKA 4Y1DA 2KFZA 3DI6A 4EP4A 3VEOA 4FLWA 1WSHA 1C0UA 2V7ZA 3T1HK 5AJ3K 1N6QA 2XRIA 2E1ZA 3SQ2A 4JLHA 3LM2A 1KVAA 1FK9A 3KD5E 4KHUA 3ZSXA 4ISEA 1BQMA 4OKEA 4DS4A 1HKGA 2Z1GA 1ZBLA 3OTOK 5KPRA 4OPJA 4ISGA 5FDLA 2IDOA 2NRHA 3L0QA 3ZETA 2HVHA 3OYAA 3E01A 5KGXA 2VWJA 2QEXN 3PSIA 3FZKA 4PA1A 4CBWA 2OPRA 1SKWA 3NGZA 3N4PA 3DXMB 4CF1A 4DG1A 3OYCA 1A5VA 4M7XA 2F4VK 5AQQA 1N34K 4BG8A 4Z4EA 1EWQA 4KBOA 3P31A 3ZETB 1S9EA 4IFEA 3ZX3A 3K5MA 2QWRA 3TARA 3C0BA 2AJQA 1TKXA 5M1PA 3ZSRA 3F5TA 3C7NB 2IAJA 3TANA 3LDNA 4AHUA 1NGCA 4FZZA 1CLQA 3SYZA 4DUYK 2ZE2A 4AHCA 3QEPA 3QB0A 4HUEA 4BQLA 5CZ2A 4CK3A 1RBVA 3I55N 3RMBA 4KH5A 3M3ZA 1BOTO 4NXMK 3S3NA 4FVUA 1HKCA 1E4GT 2WFBA 2ASPA 2QWQA 3J7ZO 3B6PA 2ZGYA 4BGAA 4DQ8A 4JK9A 1NGIA 4DTSA 3R8EA 2HHQA 2BUPA 4R5PA 4KHPK 1HKBA 2E2OA 1WLJA 3SAFA 1EETA 4DV0K 1X1PA 1FJGK 1NM1A 3FZMA 3OS1A 3H6EA 4NCBA 5AQMA 2A41A 2VCPA 2GBZA 1KVCA 2BH1A 3CC7N 3MN7A 5GIOA 2OZSA 2ZJQL 4FVMA 3ZT4A 4YY3K 5BPLA 4AM6A 3THVA 1BISA 4DS5A 3MXIA 3LPTA 1W0HA 4FJKA 2UUCK 3ID8A 4IKFA 4ZHRA 1RT3A 3K59A 5AR0A 3CCUN 3FZHA 3G6EN 4E7HA 3VGKA 4RW7A 3D2EA 4O44A 1RFQA 3OYGA 3CCLN 4FYDA 1P8ZA 2FLOA 1BI4B 3BF3A 3EE8A 1J5EK 5J2QA 4KTWA 3KK1A 4IDKA 1QS4A 3I33A 2E88A 1JLEA 5ADXA 1R59O 1U2VA 4A62A 3F2KA 4BRCA 3GOIA 3D2EB 3A2FA 3B6OA 5K14A 1IBMK 2HNZA 4BC5A 3QESA 4JKGA 3MAQA 1U2VB 3ZYYX 1JXEA 1OVYA 4CFDA 4HUFA 3HO1A 5AQUA 2QA4N 3CJ1A 1QVGM 1VQ6N 4O8UA 3CIPA 1LOTB 5AQZA 4KREA 3NHGA 3PO4A 2HMPA 4KTZA 1T3VA 3VGLA 2BGGA 2OYQA 5C0YA 4B08A 5CHIA 3O4QA 5KGWA 3J7AP 1UA0A 1FW6A 3WNFA 4M3XA 1X3MA 5C2DA 3M1FA 4CZJA 1JL1A 3NBPA 5I9EB 3JSMA 4DSEA 4KH6A 3OYDA 2HHWA 1VQKN 3QIOA 4GKJK 2VQEK 1VQPN 4OKJA 4BR4A 4AF1A 4DU3A 2E2NA 4J2BA 3TR8A 3O3HA 2P5OA 4YORA 3BZCA 3ZSZA 3CM6A 3RSEA 5LY3A 4M3RA 4DTUA 1NJYA 5KPZA 3BUZB 3ZT3A 3C94A 4Y1CA 1REVA 3CQ8A 4H0PA 4RTFD 1L3UA 1RT2A 3H3OB 4CBUA 1D4XA 3CQXA 5FPDA 3VTIA 3RSEB 3L6QA 3MXMA 4KHWA 2E4LA 4JKAA 4UQGA 4PL8A 3SUPA 3SV3A 2IOCA 3NVMA 5EVZA 5KQ8A 4FJIA 1GOCA 2FSJA 3NH0A 2YHAA 4DUZK 2Q2RA 3AVMA 4JK8A 4JKHA 3TSUA 4B9TA 4B8CA 4WFAL 4ZTFA 3TTCA 1NKBA 4JI8K 1TV6A 3QO9A 4ELTA 1VRUA 1NGBA 1HNVA 4BR5A 1X9JA 1KQSM 1S9GA 3L2QA 5FROA 4FWSA 3ISNC 1NGDA 5CY4A 4FJHA 4H0YB 3CCQN 1S1XA 3IUCA 3OYLA 3ZT0A 4AQYK 1GLLO 3J81O 4O5FA 1ZXOA 1TKTA 2YKMA 4B8AB 2E8AA 4F2RA 4MDAA 1HPZA 4FWNA 4WYBA 2KZMA 2VWBA 1RCHA 4DV1K 3THWA 2HBKA 2D5RA 5J2NA 2LSNA 2Q0RA 4JHDB 4CI6A 4QOZB 4AHTA 1OH5A 3IG1A 3AVFA 3O4NA 4ILHA 4A57A 1S1WA 3CFPA 4KO0A 4GKKK 5EX5A 3MX5A 1M1KO 3HPOA 3SV4A 4IEIA 2OTLN 5C24A 3ID6A 1NKCA 3ZSVA 1YTUA 3THWB 3VEXA 4MQ3A 5JLHA 5F2RA 1JLQA 2QM1A 3OJUA 3PY8A 2B5JA 4M7YA 2OANA 4I9QA 2W40A 1TUYA 1TYQA 2YNFA 5KI6A 3AA4A 4CEZA 3ATVA 4CJVA 1S1VA 1B9DA 2A40A 3HXMA 5IT9O 1KTQA 1RDDA 2O8FB 4H5TA 4W5OA 4DR3K 1U04A 2OZMA 3R3LA 1TYQB 3DM2A 5JS2A 4FSVA 3KLFA 4FWLA 5T7BA 4DTNA 4GVMA 4FWPA 3NVKA 4W5RA 4CGGA 1HX1A 1KSPA 4QS7A 2KLAA 5ADXH 1WSEA 3NF9A 4B1UB 3J7YP 5TKWA 4DTJA 1U48A 2QKKA 2GV9A 5HLFA 3E1YA 1BA1A 4BE0A 1VK0A 3V4IA 5H1SQ 4I7FA 4CE9A 2PBDA 1L3VA 1KLNA 3VOVA 4BRGA 4PL7A 4B9UA 1ATRA 4DV3K 3QINA 1HYVA 2IVPA 3MN6A 3DLEA 4CJTA 1YITN 1KVBA 3NF8A 1VQ7N 5FRMA 3CCJN 4FWKA 3DWLA 3KTQA 3FE1A 3U8XA 4J2DA 2IIRA 4E1MA 3CPEA 4QS9A 4LF4K 3LL3A 1HNXK 1T44A 4JKCA 3NF6A 4JI3K 4CZGA 2D0AA 2P51A 1CZ9A 3VTHA 5AFUA 3U3YA 2YX6A 3V9WA 4CBXA 4RCHA 3VMFB 4KHNA 4FJ8A 3OA9A 3P38A 2BANA 3VQDA 4FJLA 3HP6A 2E5LK 2G8VA 3ZT2A 4CFAA 4FXDA 1N32K 4Y0WA 4B3TK 2HHXA 2RKIA 3PV8A 1TL3A 3IKMA 4QS8A 4PWDA 4O0JA 2GWKA 1KXPA 1NU0A 1SL2A 4CEBA 3TSQA 3O8MA 3D2FA 1KC8O 3KLIA 2G8HA 3E9PA 2ATQA 2G8UA 1WSIA 3NAEA 4DLEA 1Q7YO 3AVKA 4NLCA 3OYKA 1UWBA 3OYEA 4DF8A 2XY7A 2JLEA 1G15A 5AZJA 5AQKA 3TTDA 1UAXA 3JXUA 4BRQA 3SUOA 2QWMA 4BVPA 1IKYA 2A3ZA 1GLJO 1QQOA 1ATNA 1D5AA 1XWLA 2VYPA 2E20A 4CZFA 5JMVA 2GUPA 5AZJB 1M90O 4JKEA 5EOYA 5BPMA 1V4TA 3NDKA 2XHBA 4KKOA 5F1XA 2WBNA 4B3MK 5J2PA 3VQ5A 3KKRA 2Z1HA 4FLVA 1XHXA 1K73O 1LWFA 1L3SA 4A5AA 4FJMA 3NMUA 4GMJB 1JLCA 1J54A 3MN5A 4X64K 5JVGL 3WXIA 3TAFA 1VQ8N 1T7PA 1ESVA 4K41A 1JKHA 1G99A 1KLMA 2Q3SA 3HPGA 2FBYA 4LD0A 2EWSA 4WQ4A 3EE9A 3LM9A 2HNDA 4DFMA 2FC0A 1HNWK 3DRRA 3ZEUA 5KRTA 3V9SA 3KWIA 3QIPA 3D6RA 4O5BA 4KB0A 1SL0A 3AVNA 2ZWHA 1W9HA 1IO2A 1MU2A 2O8CB 4CHPA 5BRFA 3D0PA 3RMCA 1ZBFA 1VSJA 1J6ZA 1C0GA 2F9TA 3NGYA 4BRKA 5LJVA 3ZEUB 4KTQA 3ZT1A 4CK2A 2ZM6K 4RW6A 2QWPA 2GWJA 1U45A 4FOIA 3SBGA 3O1WA 4DQIA 3RMAA 4GV3A 1HQUA 3OYMA 1IKWA 4NO7A 1MDUB 1RBRA 1T03A 2O4IA 2IC3A 4CF8A 3BDPA 2QXLA 4CZKA 3FFIA 1RDUA 3HM8A 4CGFA 4CIEA 4E7JA 3HT3A 3UKRB 3CF5L 1HNZK 1DTTA 2YV0X 2NRRA 2X78A 1QHTA 4DQPA 3EZWA 1ZYQA 1T6DA 4LF8K 1WSGA 1VQLN 3UKUA 4F9OA 3T1AA 3I0SA 4GW6A 4OPAA 2ITMA 3U3GA 4HCCA 3QLHA 1KD1O 4JI4K 4O0IA 5HOOA 3GL1A 1K9MO 3LP3A 4Z4FA 4FW2A 4I6MB 4KRFA 3FLCO 1TL1A 2KW4A 3EN9A 4FLXA 1RTJA 4ELVA 2FF3B 3UKUB 2W6LA 3K0SA 1UOCA 1B9FA 2I7NA 2X74A 2CGKA 3K58A 2A1RA 1BHLA 1O1WA 1J9AA 1NK9A 2A42A 3DXMA 3CCSN 3UIQA 1WN7A 3S41A 1IKXA 3S9HA 3E9OA 3TAEA 4FLYA 5BR8K 2W41A 2GTDA 1QQCA 4WF9L 3TWHA 4CJPA 4JI1K 3HJFA 1NJZA 1RNHA 3KWGA 2FF6A 1J5OA 4GV6A 4AH9A 4QCLA 2FXUA 4DU1A 3G0ZA 4G9ZA 5AFUH 3G10A 1O13A 3C7NA 3EYZA 1YHQN 3O9SA 3THXA 4BREA 3PIPL 2YNHA 5LMNK 3K57A 4X66K 3I56N 3O5BA 4DV2K 2KTQA 4E89A 4HCBA 1QTMA 4X62K 5CE3A 3H1QA 1OH7A 3S3MA 2KZZA 4FK2A 3V1RA 3THXB 3QBXA 3CG7A 1BL3A 4HHTA 4B1VA 2O8EA 2PZSA 3NCIA 4XH5A 4N5SA 4WE1A 2W6KA 4DMNA 3K5NA 4NCGA 1NGEA 1OVQA 4CHYA 3IRXA 4PUOA 1WNSA 2O8EB 2UU9K 3TTFA 4CJRA 2VGMA 4DR2K 1SQKA 2DTUA 3KZBA 1IH7A 2RN2A 1WAFA 4DQQA 4PQUA 3LPUA 3W3DA 1RTDA 4E19A 4BRAA 1SKSA 5HRRA 2PY5A 4EZ9A 2QW9A 3AVHA 4FLUA 4Z4GA 3DMJA 1Z25A 4YNQA 2F8SA 4IO8A 3O3GA 5LL6Z 4EHUA 1X9SA 3WXJA 4CJ7A 3IAYA 1BI4A 3VF4A 3HBTA 5BN8A 3AY9A 5AZIA 4DR4K 3PO5A 3FZLA 3VQCA 4LH4A 2Z1IA 1A5WA 2HBMA 5C25A 2FSNA 2P9UA 4ID1A 2ASOA 3FZFA 3GBTA 1DLOA 1N5YA 3VN5A 2CGJA 4NB4A 1U4BA 4BG9A 4LF6K 4FJ5A 5AZIB 3KLGA 3AO5A 4RW9A 4M3TA 4B1WB 2J4RA 1MWMA 1GLFO 4I2QA 2BE2A 1Q9XA 2P9UB 3OW2M 3KK3A 3HSTB 1H1VA 4HTLA 4I2PA 3T7ZA 4CGJA 2YHWA 3TI0A 1Q86O 4FM2A 2YHYA 2FBTA 1ATSA 3MEGA 5AQHA 4HVJA 4JRPA 3C6TA 2P9PB 4QAGA 4BDZA 3BF1A 3OHRA 3T69A 4BC2A 5BN9A 3LAKA 1VSDA 3O9QA 2RE2A 1Q9YA 3J8AA 4BRMA 3QNNA 4DR7K 4BVOA 4EP5A 1YI2N 4FJNA 3U4LA 4CHZA 2GX9A 4O8KA 3CC2N 1ILYA 3LP2A 1YTAA 4H4MA 5BRHA 5C10A 1VQ9N 3E66A 1YIJN 2I7PA 3R6MA 4CZMA 4CJ5A 1QHAA 3I8BA 4DFKA 4M3WA 1LAWA 1QSSA 3ENOA 3SI6A 4CHOA 5AQIA 3VQ4A 1QZ5A 1VSMA 1JCFA 4C23A 5B8HA 2VG7A 3NH2A 4KI6A 4PKGA 5CYQA 4J8FA 2CH6A 3LWLA 2X6NA 3G4SN 1ZBIA 1NKEA 3SQ4A 1NK4A 4FWRA 4KH4A 3JYTA 3WQTA 3HZ6A 3V9UA 3RVCA 1SL1A 4ILGB 4CZIA 3AGKA 3D7EO 5GIPA 2UXDK 4BR9A 3DLHA 3VENA 5M1NA 3VQ7A 3OS0A 1C1AA 3SLCA 5FRNA 3AARA 1YJNN 5DMRA 4Q5VA 3HK2A 1D9DA 1LW2A 3TAQA 2PYLA 1Y97A 2O8DA 1RTIA 2F7TA 1EX4A 2NZTA 1ASVA 1SZ2A 3IS9A 3HTVA 4WCEL 3KLHA 4J2AA 2F9WA 2WTUA 3UB5A 1FKPA 1NBWA 4OVLA 5HP1A 5AQYA 4A2BA 3RR8A 2O8DB 4M3ZA 1NK8A 5AQXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VRT A;  4BR7 A;  1BWF O;  3AO1 A;  3AVJ A;  3C6U A;  3P83 D;  1WAJ A;  1ZC6 A;  3ZX2 A;  4CVN E;  2YNG A;  1GLA G;  3DLG A;  4LF7 K;  4DB3 A;  2AA4 A;  3C6H A;  1ITG A;  3ASM A;  4WQ5 A;  4BE2 A;  5HL7 L;  1RTH A;  3OBY A;  4BGB A;  3CCM N;  3EY1 A;  3QET A;  2ZD1 A;  4FOE A;  2HHH K;  3M8P A;  2Q36 A;  4Z4H A;  1JJ2 M;  2UXC K;  4CHN A;  1A5X A;  1Y64 A;  5HRO A;  3A8Y A;  5KRS A;  5JS1 A;  3AA3 A;  2DFH A;  3RTV A;  3S3O A;  5GAD P;  5MLC Q;  2DFF A;  4CJS A;  5M1F A;  3H46 O;  2IVN A;  3LDO A;  4CIG A;  4FWM A;  2XY8 A;  3MXJ A;  4FZY A;  5BRE A;  4I9L A;  4M42 A;  4Z0U A;  4BRN A;  1RT1 A;  4JS4 A;  1CZA N;  1C1C A;  2YJF A;  3O6W A;  4CIF A;  4BRO A;  1WSJ A;  4H5W A;  1TVR A;  4LY7 A;  3OYI A;  4LSL A;  2FSK A;  4Y1D A;  2KFZ A;  3DI6 A;  4EP4 A;  3VEO A;  4FLW A;  1WSH A;  1C0U A;  2V7Z A;  3T1H K;  5AJ3 K;  1N6Q A;  2XRI A;  2E1Z A;  3SQ2 A;  4JLH A;  3LM2 A;  1KVA A;  1FK9 A;  3KD5 E;  4KHU A;  3ZSX A;  4ISE A;  1BQM A;  4OKE A;  4DS4 A;  1HKG A;  2Z1G A;  1ZBL A;  3OTO K;  5KPR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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