1YJ9N

Crystal structure of the mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui containing a three residue deletion in l22
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yj9N00
3CMEN 1YI2N 1VQON 3CCRN 3CD6N 5GAGP 5JVHL 3OW2M 5MLCQ 1YIJN 1S72N 1YITN 5H1SQ 1VQ6N 1VQPN 2ZJRL 1KD1O 1Q7YO 2ZJPL 1VQ5N 1QVFM 1KC8O 1QVGM 5DM7L 1VQMN 1JJ2M 1YJ9N 1K8AO 3G71N 4IOCL 3CCUN 1VQLN 4WFNL 1K73O 3CCVN 2QEXN 5GADP 4WF9L 3CC4N 1Q82O 3CCMN 1VQ7N 3CCLN 3CC2N 4WFBL 1W2BM 3J7ZO 3CXCM 3G4SN 1NJIO 5JVGL 3CPWM 1M90O 1M1KO 3CCJN 3CF5L 1VQ8N 1YJNN 1YJWN 1Q81O 3CCEN 4IOAL 1ILYA 1YHQN 5HL7L 4WFAL 1VQ4N 1OVYA 4U67L 3CCQN 1Q86O 1VQ9N 2OTJN 4IO9L 5GAEP 3PIPL 2OTLN 2QA4N 5GAHP 3I56N 1N8RO 1VQKN 3CC7N 3CMAN 5DM6L 1K9MO 3DLLL 3CCSN 2ZJQL 4WCEL 1VQNN 1KQSM 4UY8O 3PIOL 3I55N 3G6EN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EX5A 2IGIA 1YI2N 4FSVA 4GMJB 1CXUA 1FKPA 3LDLA 4FYDA 5EU7A 3VQBA 4DV5K 3O6WA 3K5NA 3TABA 3LAKA 1BU6O 4CGGA 3LWLA 1RDAA 4CJFA 1QTMA 4LFCK 3M8SA 4IZ9A 5AQXA 4CBXA 3CJ9A 3BZKA 1YITN 4FK0A 3UKRB 5CZ1A 3EZWA 3C95A 5F1XA 4B3MK 1RDWX 4E1JA 1RNHA 2DFEA 3BUZB 4JK8A 4DR1K 4MO5A 4CHYA 3HVTA 1N32K 1QQNA 1QS4A 1RT7A 3ZCMA 3EYZA 3HTVA 3L4QA 3V9XA 2OCEA 4YFUA 2W6KA 1J5OA 2IDOA 2A1RA 4YOVA 4FLVA 4WF9L 5C24A 4PWDA 4Y1CA 3RMCA 5FPDA 3P4IA 3L2VA 3ZSVA 2A5XA 3ZETA 3WQUA 4X66K 2I5JA 3NF9A 4JHDA 4OPJA 4NLCA 1SS6A 2FSNA 3E1YA 5BREA 2NRXA 3O1WA 1U49A 1EX4A 3SV3A 3U3GA 3TTDA 3J7AP 3CM6A 5AQNA 3VN5A 1H1VA 2P9NB 2R7YA 2EHGA 3WXJA 2IS3A 4I6MA 4CGHA 4RTFD 4U67L 1U2VA 2JLEA 2OTLN 1BOTO 2W40A 4O0IA 4EIAA 4OO1J 3AO5A 2PYLA 4DU3A 4LSLA 1FW6A 4IFYA 4ZTJA 4H5TA 2E2QA 5JMVA 1XNQK 5F0XA 1X3NA 3H3NO 2OPPA 3H1QA 2F9TA 3HPGA 3TSPA 1DGKN 1NK7A 4M3TA 4Q0BA 2G8KA 4BRFA 1NGIA 3TARA 1TL1A 4LC9B 2DFFA 4CGDA 5E26A 3LM9A 1YTAA 3DM2A 3LP2A 3QEVA 4A2BA 1JLGA 4CI6A 4E0DA 4E7IA 3QFUA 2HW3A 3ISNC 1UA1A 3TR8A 2YJFA 4C8OA 4DTXA 3OVNA 4AH9A 4A59A 4FM1A 1XNRK 1TKDA 4IXCA 2O8FB 1E4FT 4DSJA 1MDUB 1TUUA 1GLAG 4CD3A 2A1SA 1JLCA 1RFQA 3J81O 3JXUA 3CCUN 5LJVA 5C42A 3TWHA 1BDGA 2QWQA 2X6SA 2Q2RA 2YV0X 4DTOA 5GADP 4FJ5A 4NYNA 1BQMA 3ZX3A 3VA3A 4LFBK 2HNZA 2WOMA 4DSEA 3KTQA 4C8LA 1O1WA 5AZJB 3FFKB 2P9KA 1YVUA 4O0JA 4CJTA 3O3FA 3QESA 1WOQA 4CK2A 1QHTA 1X9JA 3VGKA 2VYPA 2ASMA 2ITGA 4LF8K 2CGLA 5AQGA 3PO4A 4JS5A 4M3WA 4M7XA 2QWPA 3WNFA 3G0ZA 4G1QA 3NBPA 3VQQA 1T8EA 5C0YA 4BRNA 4CIFA 1W9HA 4E3SA 4GV6A 3AA3A 5AQRA 2CH5A 5JLFA 3PIPL 2UXBK 1B92A 4FJMA 2QWLA 5DMRA 1HNZK 1S1XA 3WUHA 5ADXA 4A62A 2HBMA 3SJHA 4YY3K 1JCGA 3MXMA 2HHTA 3WEEA 3D0PA 1SZ2A 1WSIA 2A40A 2EX3A 3KWGA 1K9MO 3BP8A 3MN6A 3M6GA 2VG6A 4O5FA 3LPTA 4BC4A 1BL3A 3VQCA 5M1NA 1RBUA 1U4BA 3PLAA 1VQON 1WN7A 4BC3A 1V4SA 3N4QA 4ID5A 3CJCA 5GAGP 4H0PA 3M8RA 4H0OA 3NH0A 4JI5K 1WLJA 4RW8A 2HHQA 3TAPA 2QK9A 2XO7A 1TL3A 3OYDA 4NCGA 4FVMA 4LY7A 5AQTA 4YOTA 2GTDA 2NRVA 2O8EB 4O8KA 4CZKA 3ZX0A 1K8AO 4CECA 5TKWA 4GW6A 4E7HA 1Z6RA 3H45C 4BRDA 1IKYA 1T7PA 1QHAA 4Z94A 4DSFA 1VQ7N 3CCLN 1GOCA 4Z0UA 3DXKB 3WT0A 5KGWA 3VMFB 4Z4CA 4PL8A 5C15A 3FZLA 4DS4A 3V1QA 3ZSYA 4GV3A 2XHBA 1BA0A 2P9IA 3AA4A 4F4KA 3BF3A 1IKVA 3HL8A 1BA1A 5AQQA 3C6AA 3DXMB 4E7KA 2G8UA 4JKGB 2P9PA 2JWKA 4ELUA 1NKCA 4GVMA 3SUOA 2W42A 3FZHA 5AFUH 3EE9A 3O5BA 2ETJA 4PQUA 1JCEA 1NJWA 4M3YA 3VQAA 1SUQA 2JWLA 2WBNA 1N34K 1WSGA 2O8BA 4CESA 4CIEA 1HYZA 1JLEA 2DPNA 1X9MA 4GY2B 3OYFA 3D7EO 3QBXA 4ISEA 2YHWA 3ZYYX 5C12A 4NXNK 4IG0A 5AZIB 4DR6K 4CF0A 2QI2A 5M1PA 3M8QA 2G8IA 4OJRA 4B8CA 1K8KA 4KFBA 4FVUA 3CMEN 1XQSC 4N47A 5JS1A 5AQVA 4JKFA 4BRQA 2XY7A 3OYAA 3BF1A 3NHGA 3KLHA 5MLCQ 2GEMA 3SPZA 3O4NA 4FWOA 4BE0A 3ENHA 1Q18A 1VQ6N 1NMDA 1XI1A 4ELTA 3HP6A 3NF6A 1HUXA 1NMNA 5J1EA 3V9UA 4FCYA 2HMIA 1KC8O 1SL1A 3FE1A 1S22A 3D2FA 5C25A 4PL7A 1X9SA 4OGEA 1NJXA 2IOCA 1C1BA 4DTMA 3AY9A 4CERA 1J9AA 1QQMA 1L3SA 1K6YA 3VQ6A 1S5JA 4XH4A 4JYAK 1R59O 1TYQB 3L6QA 2YNGA 1U48A 2BE2A 3NFAA 3DRRA 3G25A 3AO3A 4PA1A 3SMSA 2NRWA 2WTUA 1ZC6A 4DR2K 4B1UB 1ASWA 5CYQA 3ZT2A 3ULEA 1L3TA 1YJNN 1VSEA 4DU1A 1D8YA 1FJGK 3OJUA 3CCEN 4W5RA 4XH5A 5FDLA 3A5LC 3SYZA 4AQYK 3AVJA 1BIZA 4LD0A 3BEXA 3MAQA 2HHWA 4Y0WA 3WNGA 3LZIA 4FJIA 4BRAA 1HJRA 4OPKA 4CZJA 4M7YA 3HVRA 3G10A 1LW0A 2F9WA 3AAQA 1NK6A 3V9SA 4DLEA 1XC9A 1OKJA 1T6CA 3LAMA 3IMXA 2JGUA 2IVNA 3L3UA 4DQRA 1YVNA 4ZHRA 3SJJA 5BN8A 2O8CB 3HJFA 3EE8A 4M41A 3HT3A 2E88A 2AA4A 3QDKA 4CEEA 4FJXA 4YOWA 4CEBA 3LPUA 2ZJQL 1L5UA 4C8KA 1HKBA 4FPAA 1V4TA 4DFKA 4JI4K 4YOUA 4FWSA 4WQ4C 5AQFA 4B3SK 5KRSA 3OYMA 4DSLA 4KH4A 3K5LA 3P83D 4EP4A 2HSTA 4GKKK 4LH5A 2E2OA 1ZBHA 3K5MA 3OY9A 4KH5A 2XY6A 1S72N 3ZX2A 4CJ4A 2WUSA 3I0RA 1WSFA 1DTQA 4CJVA 4CJUA 4ILHA 1WAJA 2V7ZA 3ZT0A 4O5BA 4CF8A 4E1NA 2NLXA 4UQGA 5CYMA 4CJRA 1ESVA 1VQLN 3L4IA 4WFNL 4KHSA 4YNQA 1CZBA 3HOTA 4K0KK 2GUIA 3OYNA 3KK3A 1LAVA 3RRGA 4JKAA 4C8NA 3VQDA 3H3OB 4WFBL 4EAHD 2GUPA 2FBYA 3CXCM 4ELVA 2F8TA 3AVNA 3SK3A 5GIOA 2V7YA 2HHXA 1M1KO 2P1JA 3HRGA 3CCJN 4FJLA 3MX2A 3V9WA 3THWA 3ID8A 3P5JA 1GOAA 3AO4A 1EO1A 4I2PA 4HVJA 4OKJA 1ILYA 3O9UA 1XMOK 2ZGZA 4KTWA 4KO0A 1NM1A 3ZSOA 3DRSA 3U6FA 3TAEA 2CGJA 1WSHA 3RVCA 5CE3A 3M1FA 5BRFA 2HBJA 3I56N 3NH1A 3PUFA 2YJEA 3IS9A 4BACA 4E19A 1OH7A 2A3ZA 2KFNA 3MK6A 1S1VA 3CJBA 3BDPA 3K2PA 1VSIA 3UIQA 1EETA 3MCPA 3SBTA 3VA0A 1JL1A 3C0BA 3KJVA 4LF6K 1S6PA 1GLCG 1S9EA 2W41A 3ATVA 3C94A 3AVLA 1YAGA 4B1WB 2KFZA 1ATSA 2QXFA 1QSLA 3U9ZA 4I7FA 4QS9A 1C1CA 2NRZA 1ZBLA 1NG9A 1ZXOA 2KZMA 2RF2A 3K0SA 2RHKA 3KLEA 4M3ZA 4FPBA 2HHUA 3TSUA 1HX1A 4H03B 4JK7A 3SLCA 4CF2A 4DTSA 3SUPA 3QEWA 1VRTA 1VQ5N 1CZAN 2A42A 3L0QA 3S41A 2HMPA 3KK7A 1S1WA 1RTJA 4CK3A 4H4OA 3SNNA 1YJ9N 3VF6A 3V9ZA 4DV1K 3THYA 4JD2A 4GKJK 2KW4A 2QWOA 1NJZA 1JLAA 3RRHA 4WQ4A 1LCUA 3F9MA 4BQZA 4DKWA 1IG9A 1X1PA 1RTIA 1W2BM 3UKUB 3PX4A 2ZWHA 1BO5O 3NDKA 3L8BA 4HCBA 4B1VA 2VG7A 2D0CA 3HO1A 2BH1A 4E1MA 1VQ8N 1IG8A 4BVOA 3KVGA 1DLOA 4YOYA 4ISGA 3VQ4A 3M3ZA 2F8SA 4E7LA 3AVFA 3H6EA 1XC3A 1OVYA 3DLRA 4CJKA 3S3MA 4M3UA 5T7BA 3FGUA 3CCQN 2KHOA 2OTJN 3AARA 1HPZA 4CF9A 4CJLA 4FWRA 4FOIA 4M45A 1EKEA 3CYMA 2BANA 1E4GT 2IIRA 4BRIA 3CC7N 5DM6L 3LM2A 1HMVA 4BR2A 3NVKA 1TKTA 1J53A 1D4XA 4N76A 2HOEA 2GELA 4BRCA 3W0LA 1C0FA 1KQSM 4DV3K 3NF7A 4JS4A 4DMNA 3OS1A 2PY5A 3ENBA 4Z4IA 4CGJA 4BRHA 2VWKA 3KIOA 2FF6A 1NLVA 3I8BA 4L8RB 2G8HA 4CJQA 2PAVA 2YNIA 4DQQA 5H1SQ 2CH6A 4FLZA 4FLUA 2P9NA 4AHTA 2VWJA 1Q7YO 2ZJPL 1ZBFA 4OLBA 3PSIA 3U3YA 4JNEA 5F2RA 3MMVA 4BWJA 1GLLO 4DB3A 4CJPA 2YHBA 1X3MA 1KFSA 1DTTA 3OYHA 4IOCL 1KCFA 4FOEA 1D9DA 2VGMA 4CJ3A 4KI4A 1YTUA 4CF1A 1XHZA 4KRFA 4IDHA 4Q5VA 4K25A 1LWCA 3P38A 3CC4N 4F8RA 5M1OA 5FPMA 4O8UA 5CR4A 2Q97A 5E84A 1JXBA 4B9MA 3P39A 3VPZA 4YHHK 1WB9A 3E9LA 4I9LA 3P1GA 5BPNA 3BGRA 4GVEA 4KHQA 2XRIA 3VOVA 3CFOA 3QNNA 2E20A 3FR0A 2HB5A 3EY1A 4HUFA 2HVIA 3LL3A 1Q81O 5IWAK 3ZLJA 1MWMA 1C0GA 3L2UA 4CEAA 3E9OA 4B1ZA 3FZFA 4NB4A 4H0VB 4DFPA 4I9QA 1IBMK 1IV0A 5AQOA 1TUYA 5J2QA 1TAQA 4NCAA 4IO8A 3V6DA 3K9KA 2E2NA 2O8FA 4CJ7A 5CHIA 4E89A 1C0UA 1HPMA 3TAQA 4KPYA 1A5XA 3ZSRA 4HCCA 2NZTA 2E6MA 2YI1A 1N5YA 4DV6K 1RT1A 3AVHA 5M1QA 4C8MA 3CMAN 4DR5K 1TAUA 4H5WA 2P9SB 5KTQA 1VSDA 3GDQA 4QAGA 3T1AA 4DQPA 2XY5A 1U6ZA 1LWFA 3ZT1A 2OPSA 4JI6K 1TKZA 3PY8A 4QS8A 1N6QA 4IWVA 3CCRN 2KZZA 1VSJA 4EZ6A 4B9QA 2OANA 3U8XA 3O1BA 2ASOA 4FK4A 4HTUA 2YNHA 1NGHA 3SUNA 5C2FA 2KTQA 5BR8K 2HVHA 5K14A 4BRMA 4K8XA 2OPRA 4J2AA 2NUBA 4KBOA 3DMJA 4BR5A 3K5OA 1JL2A 1Z26A 4JN4A 5HRSA 3KK1A 4J2BA 1BQNA 3G71N 3K57A 4CCHA 2V51B 4JI8K 2D0AA 3EZ5A 4F3TA 1NGFA 3CQXA 2ITMA 4CZIA 2BDPA 3TAGA 4MFBA 2FBVA 2VQEK 3A2FA 2F7TA 4OX9K 2VQFK 4A5AA 5D3GA 5EVZA 3IKMA 1EWQA 2WFBA 2QKBA 4DV7K 2D1KA 3F2KA 5JVGL 1KAXA 3OBYA 3I8DA 3KLIA 3PX6A 1HNXK 4PKHA 4X65K 1WAFA 3LZJA 3LDOA 3UE5A 2QXLA 2OZMA 1YF5L 3OA9A 4WFAL 3K58A 3OYJA 3NGIA 4Z4EA 5A2QO 3WXIA 4IBNA 3WNHA 3LWMA 3T3FA 2O8EA 4CVNE 3A5OC 2X6NA 2FSKA 1WSEA 2OZSA 5HROA 2P9IB 1RTHA 2KQ2A 4PHTX 4WE1A 2YHXA 4RW9A 3E01A 3IDHA 4LH4A 4CBUA 4JI7K 3DXKA 1ZBIA 1TKXA 3QEXA 1B9DA 2X74A 3KZBA 2Q1NA 4JI1K 1BCOA 5JICA 3AO1A 3EN9A 4B9LA 2DTUA 1KLMA 3WXKA 3TANA 4HWIA 1HKGA 3NCIA 3P31A 4BG8A 3D45A 1BCMA 5JVHL 3TAFA 2O8BB 4MLHA 2AJQA 1RDBA 2DFHA 3PSFA 3DXMA 4JKGA 2P9UB 3O80A 3THXB 1LW2A 1CXQA 1RT3A 2O8DB 1NK9A 3BY5A 4KAZA 1XWLA 3GBTA 3NMUA 4IJAA 2A41A 3VQ7A 1BGXT 5FROA 4CZEA 1JJ2M 3CPEA 4CEQA 3O4WA 4FJGA 2LSNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CME N;  1YI2 N;  1VQO N;  3CCR N;  3CD6 N;  5GAG P;  5JVH L;  3OW2 M;  5MLC Q;  1YIJ N;  1S72 N;  1YIT N;  5H1S Q;  1VQ6 N;  1VQP N;  2ZJR L;  1KD1 O;  1Q7Y O;  2ZJP L;  1VQ5 N;  1QVF M;  1KC8 O;  1QVG M;  5DM7 L;  1VQM N;  1JJ2 M;  1YJ9 N;  1K8A O;  3G71 N;  4IOC L;  3CCU N;  1VQL N;  4WFN L;  1K73 O;  3CCV N;  2QEX N;  5GAD P;  4WF9 L;  3CC4 N;  1Q82 O;  3CCM N;  1VQ7 N;  3CCL N;  3CC2 N;  4WFB L;  1W2B M;  3J7Z O;  3CXC M;  3G4S N;  1NJI O;  5JVG L;  3CPW M;  1M90 O;  1M1K O;  3CCJ N;  3CF5 L;  1VQ8 N;  1YJN N;  1YJW N;  1Q81 O;  3CCE N;  4IOA L;  1ILY A;  1YHQ N;  5HL7 L;  4WFA L;  1VQ4 N;  1OVY A;  4U67 L;  3CCQ N;  1Q86 O;  1VQ9 N;  2OTJ N;  4IO9 L;  5GAE P;  3PIP L;  2OTL N;  2QA4 N;  5GAH P;  3I56 N;  1N8R O;  1VQK N;  3CC7 N;  3CMA N;  5DM6 L;  1K9M O;  3DLL L;  3CCS N;  2ZJQ L;  4WCE L;  1VQN N;  1KQS M;  4UY8 O;  3PIO L;  3I55 N;  3G6E N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5EX5 A;  2IGI A;  1YI2 N;  4FSV A;  4GMJ B;  1CXU A;  1FKP A;  3LDL A;  4FYD A;  5EU7 A;  3VQB A;  4DV5 K;  3O6W A;  3K5N A;  3TAB A;  3LAK A;  1BU6 O;  4CGG A;  3LWL A;  1RDA A;  4CJF A;  1QTM A;  4LFC K;  3M8S A;  4IZ9 A;  5AQX A;  4CBX A;  3CJ9 A;  3BZK A;  1YIT N;  4FK0 A;  3UKR B;  5CZ1 A;  3EZW A;  3C95 A;  5F1X A;  4B3M K;  1RDW X;  4E1J A;  1RNH A;  2DFE A;  3BUZ B;  4JK8 A;  4DR1 K;  4MO5 A;  4CHY A;  3HVT A;  1N32 K;  1QQN A;  1QS4 A;  1RT7 A;  3ZCM A;  3EYZ A;  3HTV A;  3L4Q A;  3V9X A;  2OCE A;  4YFU A;  2W6K A;  1J5O A;  2IDO A;  2A1R A;  4YOV A;  4FLV A;  4WF9 L;  5C24 A;  4PWD A;  4Y1C A;  3RMC A;  5FPD A;  3P4I A;  3L2V A;  3ZSV A;  2A5X A;  3ZET A;  3WQU A;  4X66 K;  2I5J A;  3NF9 A;  4JHD A;  4OPJ A;  4NLC A;  1SS6 A;  2FSN A;  3E1Y A;  5BRE A;  2NRX A;  3O1W A;  1U49 A;  1EX4 A;  3SV3 A;  3U3G A;  3TTD A;  3J7A P;  3CM6 A;  5AQN A;  3VN5 A;  1H1V A;  2P9N B;  2R7Y A;  2EHG A;  3WXJ A;  2IS3 A;  4I6M A;  4CGH A;  4RTF D;  4U67 L;  1U2V A;  2JLE A;  2OTL N;  1BOT O;  2W40 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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