1RDCA

Crystal structures of ribonuclease hi active site mutants from escherichia coli
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTNSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Crystal structures of ribonuclease HI active site mutants from Escherichia coli.
pubmed rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 42
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rdcA00
4CF8A 4G1QA 4CFAA 1S9EA 1QE1A 2HB5A 4AHVA 4CGFA 1X1PA 2Q3SA 1EX4A 1JL2A 3AVKA 3L3UA 2PYLA 4W5TA 2HHUA 4ELUA 2G8UA 1LWCA 4N76A 1N5YA 4H4OA 5D3GA 2YHBA 3ZT2A 4M3WA 2VG6A 3O3GA 1BQMA 1CXQA 3TAMA 1C0MA 3FFIA 4DMNA 3L2UA 4KRFA 3UIQA 1WAFA 3RMBA 3NCIA 1A5WA 2YNFA 2OPQA 3V9XA 3V9SA 2RN2A 3L2WA 3VQQA 4FJLA 4AILC 5SZTA 1L3UA 2GUIA 3TAQA 2PY5A 5C24A 3ISNC 4BE1A 4Q0BA 4F2RA 3MXIA 3QIOA 4H4MA 3PX0A 1Q9YA 2DY4A 2IS3A 4CJQA 4O5BA 2P1JA 4E7HA 2YKMA 4M3ZA 4DSEA 4FJMA 3AVIA 3OYLA 2Z1HA 2X6SA 4KHQA 4LSNA 4FK2A 1HQEA 1Q8IA 4W5RA 3SZ2A 4E7KA 5J2QA 3QESA 2OPPA 2YHAA 3ASMA 3M8QA 3H08A 4I7FA 2DFHA 4K8XA 3OS1A 3V1RA 1R0AA 1ZBIA 1BL3A 4PQUA 3WNFA 1BGXT 3HO1A 3OYHA 4NCAA 4FZYA 3V1OA 3HPOA 1MU2A 4HTUA 1DTQA 3OJSA 4E19A 3OJUA 1Z25A 1RTIA 3PY8A 1RT7A 4AHTA 3O4QA 3RMDA 3NF7A 1RT5A 1TKXA 1VRTA 2HNDA 5HP1A 3RR8A 3HL8A 1VK0A 3PO5A 1IH7A 3KJVA 1NOYA 1KSPA 5HRNA 1BCMA 2P5OA 4FJJA 1NK0A 4DTJA 1VSLA 2HHTA 2E4LA 4KO0A 4Y1CA 1TK8A 3AA5X 2IGIA 4CIEA 1BI4B 4CHZA 4HHTA 3KTQA 2HHWA 3VQDA 3ZSVA 2W42A 4DSLA 4AHUA 4KI4A 2DTUA 3ZCMA 4JLHA 3EYZA 4E3SA 4CJ3A 3ZSXA 1BIUA 1RT2A 1RILA 4FLVA 3QNNA 3HK2A 4L8RB 5FRNA 3L2RA 3S3OA 4FZZA 4KFBA 1RDCA 5KRSA 1NKBA 1D9FA 3WNGA 3MECA 1TAQA 4KTWA 1B9DA 4WE1A 3SQ0A 2OPRA 1NJZA 4CJEA 3I0RA 3NGYA 4Q5VA 3MEDA 1IKWA 4KHSA 2IC3A 1WSJA 5CY4A 4N41A 2F8SA 4FW1A 5KGWA 3AVJA 3D0PA 3ZT3A 1XC9A 3MEEA 5FROA 4CE9A 1HPZA 5C25A 4CIGA 5C42A 3V81A 4YNQA 1WSHA 1N6QA 2PZSA 4E89A 5JS1A 3U3YA 2G8IA 3TABA 5CYQA 4CJ5A 3SV4A 4J2AA 3SUQA 1K6YA 1WSEA 3QNOA 3NFAA 1KVAA 3QETA 1A5XA 1I3AA 4CF2A 4W5QA 4DQPA 4F4KA 4KTQA 4J2DA 1SKRA 3ITHA 1QSSA 1S1TA 2ZD1A 1WNSA 4CGDA 3MXJA 4E7LA 4F8RA 2KZMA 3SI6A 4PY5A 1LAWA 3DOLA 4Z4HA 4ELTA 3T1AA 3OYEA 2OPSA 4B8AB 3VQ9A 1TKDA 1REVA 4OKEA 4CJLA 4QCLA 2Z1JA 4DTPA 4DQIA 3QERA 2WOMA 4DS5A 3K57A 2OZSA 4CEZA 4O4GA 3NGIA 4JS4A 1IKXA 1X9WA 2P5GA 1FKOA 1UWBA 5HRSA 3ULDA 4CHYA 4N47A 2XRIA 4OPKA 1ASVA 1RTHA 4E0DA 1C1CA 4B3OA 3DLBA 2D5RA 4CEBA 1XHZA 4CESA 3SCXA 3AVHA 3I8DA 3OYCA 4FCYA 4FJKA 3MAQA 4Z4GA 4M3RA 4IFYA 3V1QA 3SQ4A 4NYFA 1HJRA 5CYMA 1NK5A 2D0CA 3DLRA 1SKSA 4CEFA 2IDOA 2IAJA 3DRSA 1C0TA 2JGUA 3HP9A 1YTAA 5EU7A 3LPTA 3VQ4A 1U47A 2ETJA 3T19A 4CEAA 3NH2A 2YNGA 3SJJA 2HHSA 2XHBA 1SV5A 2JLEA 1L3SA 1GOCA 4FJHA 1ASWA 3KLEA 3OYJA 4AHRA 1NK9A 4FK4A 1BI4A 3SPZA 2Z1GA 2HNYA 4B9TA 4KHWA 4LY7A 5J1EA 3NH1A 4FLZA 1LAVA 1JXEA 3OVNA 3C6UA 4FYDA 4B08A 4DF8A 4E1MA 3QIPA 3NHGA 4AHCA 4FLTA 4Z4FA 2G8HA 4FM1A 4FJGA 2BGGA 4C8LA 4FJXA 4ELVA 3PUFA 3NH0A 4DSKA 3C94A 4CGJA 3OYGA 3AA3A 3ZSWA 4NCGA 3HVRA 4BE0A 4KHNA 3CFOA 2EHGA 1X9MA 1YVUA 3L8BA 1XWLA 4O0IA 4BWMA 1HRHA 4IG0A 3AO3A 1NOZA 1WSIA 4H8KA 5KRTA 3E01A 3O3FA 3S3NA 4BDPA 1FKPA 3K5LA 4FK0A 1JLEA 2ATQA 3OYDA 3VQPA 4OVLA 4DSIA 4FLUA 1ZYQA 3NF6A 5E41A 4GVMA 4IG3A 3LP1A 4CJPA 1ZBLA 3TWHA 4KTZA 1QSLA 3CM6A 4R5PA 2RKIA 4AH9A 1UA0A 4CK3A 4QOZB 4CGHA 4E7IA 1BIZA 3VA3A 4DTMA 3HXMA 1JLGA 2YKNA 3HPHA 2KZZA 1T7PA 3G0ZA 3TAEA 1WSFA 1S1VA 2HVHA 3AVAA 4TSXA 4GW6A 4CFDA 1RBSA 3NE6A 4JRQA 4B9SA 3NBPA 4KHUA 4DU3A 4F3OA 4KB1A 4ZHRA 4RW8A 4CECA 2HHXA 1JLQA 3DYAA 4CJUA 2OYQA 4OKJA 4FM0A 3TANA 2HMIA 1KFSA 4EZ9A 3LP0A 2DFFA 1LV5A 4FJIA 1RT1A 5DMRA 1C1AA 1J53A 3CYMA 3M8RA 2VG5A 3C95A 3NF9A 3IS9A 3CFRA 4IBNA 4DS4A 4FLWA 3OYFA 4B9NA 4FJ7A 1I39A 2R7YA 4DG1A 4FJ5A 1S6PA 3QLHA 2HNZA 3OS2A 3KKSA 2KFZA 2IOCA 3VA0A 4M41A 1F21A 3AA2A 3VQEA 4IDKA 4I2QA 4LSLA 3SNNA 1RDAA 2G8VA 2FBXA 3O3HA 5J2MA 4CJ4A 1QTMA 3CG7A 4CEQA 1NJXA 4OPJA 2E6LA 2YNHA 1S1XA 1SL1A 4Z0UA 2HHVA 3JYTA 2OZMA 2NUBA 1ASUA 3K58A 4HUEA 3V9UA 1BHLA 1T8EA 1VSIA 1L5UA 3JSMA 1X9SA 2O4GA 1KLMA 2XY6A 4C8OA 4NCBA 2AJQA 2I5JA 1B9FA 3K5OA 3ZT1A 4Z4CA 2FC0A 4CJRA 3CFPA 1NK6A 2D0BA 5HLFA 3HPGA 5KI6A 3SYZA 4HUGA 3MXMA 4M3TA 1VSHA 4PWDA 3OYKA 2GBZA 4C8MA 3KK3A 3DM2A 3DLGA 2B6AA 3MEGA 3LZIA 4FJNA 1RCHA 3SUNA 1TL1A 4LD0A 1WLJA 3AVLA 1S1WA 4F3TA 5K14A 1NKEA 1VSKA 4O55A 3LAMA 4CJWA 3DRPA 4DQQA 4N5SA 1BCOA 2Y1IA 1U4BA 4CF1A 1JLFA 1SL0A 4MFBA 3OYMA 3B6OA 1NJYA 4J2EA 1RBTA 4CEDA 3HP6A 4M42A 4OGEA 4FXDA 1L3VA 3B6PA 4JS5A 4DQRA 1FK9A 3ALYA 4DTXA 4O0JA 3PO4A 1JLAA 1JLBA 4IFVA 4KKOA 1A5VA 4HUFA 1SKWA 2A1SA 4W5NA 3AVFA 1J54A 1RNHA 4CJFA 3SPYA 4HCCA 1KVBA 3DI6A 3ZSOA 1KFDA 4Z4EA 3VQ7A 1KVCA 1VSMA 3O4NA 4M45A 3NDKA 5J2NA 1CZ9A 4CGGA 3AVBA 1HMVA 3ZT0A 1NK4A 3SQ1A 3QEIA 3F73A 3L2VA 4M3UA 3RTVA 2F8TA 3ZSQA 3DLKA 2G8WA 4Y1DA 3TARA 4OJRA 5HRPA 4KB0A 1JLCA 1C6VA 3U6FA 2QK9A 2WONA 4DTRA 4KPYA 1LW2A 4CIFA 4E7JA 3DLEA 4EZ6A 1TV6A 3IRXA 1ZBHA 4DFMA 2BDPA 2GV9A 3C6TA 3VQAA 1EP4A 3KD1E 3L2QA 1HYVA 4CFBA 1W9HA 3HT3A 2P51A 4DU4A 4KHYA 3DRRA 4CFCA 1W0HA 5SWMA 4K8ZA 2VWJA 5I3UA 4DTSA 4OLAA 1UAXA 1GOBA 1JL1A 3T3FA 3QEVA 4KREA 4GMJB 1U49A 4O44A 1KTQA 2VG7A 1DLOA 2X74A 2XY8A 3HYFA 1TK0A 2HHQA 1SL2A 3NAEA 4ZTJA 3K59A 3V4IA 3K5NA 3S9HA 1Z26A 3KK2A 1QHTA 4OKKA 2YNIA 1VRUA 3V9ZA 3RRGA 4I2PA 5I42A 3QEWA 4KAZA 1VSEA 3AVCA 4C8KA 4FZXC 1TGOA 4IKFA 1WAJA 1CZBA 3KLIA 2Y1JA 4FLYA 3KK1A 4FJ8A 1UOCA 3QEPA 1ZBFA 5FDLA 3KLGA 3M8PA 2G8KA 5HBMA 2ITGA 4CCHA 1HYZA 1C1BA 2PYJA 1LW0A 2O4IA 3NF8A 3OS0A 1ZBUA 3QO9A 1CXUA 4B9UA 4J2BA 3ZSRA 2KFNA 3KKRA 1S1UA 3CM5A 4XIUA 3LP3A 1VSFA 4NYNA 5FRMA 3F9KA 5T7BA 3SV3A 4B9LA 3DOKA 3S3MA 1TKTA 1RT3A 1TK5A 3OYIA 5CZ1A 3ZSZA 3ZSYA 3AVGA 3OYBA 1DTTA 1D9DA 1QQCA 3AO4A 4CHNA 1IG9A 1WSGA 3LZJA 4BE2A 3LANA 4DSFA 1NK7A 1IO2A 4ID1A 1JKHA 4BDZA 3HM9A 4I9QA 4CHQA 3D45A 4LH5A 1Q9XA 4B9VA 1HYSA 1RBVA 3HSTB 4CHOA 2XY7A 1XI1A 4CGIA 4EP4A 5JS2A 4DWIA 4DFPA 1KCFA 2E6MA 3TI0A 1O1WA 1LWEA 2FBYA 3M8SA 2ZQBA 5KGXA 3QEXA 1L3TA 4M3YA 1QS4A 4C8NA 1EETA 3KLFA 3LALA 4FJ9A 4BWJA 3VQCA 1EKEA 3OYAA 2F96A 3K5MA 3VQ5A 4BACA 5HROA 1HNIA 4DSJA 1TL3A 1RT4A 1LWFA 3EZ5A 3IG1A 4W5OA 2RPIA 2EX3A 2DFEA 2BE2A 1TAUA 4RW4A 3NGZA 1NK8A 4DFKA 3PX4A 2LSNA 1RT6A 3OY9A 4CEOA 4CJVA 3LWMA 1BISA 1SUQA 4UQGA 1RTJA 2D0AA 4DTNA 3DLHA 3TAFA 1RTDA 4OGCA 3OYNA 4F2SA 1VSJA 3DMJA 3RMCA 1T03A 1J5OA 1HQUA 1S5JA 3LAKA 4Z4IA 1WN7A 3P1GA 4FM2A 3A2FA 3LPUA 4ZTFA 3AO1A 3WNHA 4E1NA 4HVJA 3RR7A 3PX6A 1VSDA 3P83D 1NKCA 4KI6A 1GOAA 1FXXA 1G15A 1EXQA 4YFUA 1J9AA 3LWLA 3L3VA 3AO5A 3VQ6A 4DF4A 3AVMA 3THVA 1C0UA 3TAPA 4CERA 4DTUA 1IKYA 4N56A 4RW6A 1B92A 3QINA 2B5JA 1TVRA 4JRPA 4CJTA 2QKKA 1S6QA 3K2PA 3CQ8A 4KV8A 2FBVA 3I0SA 1NJWA 1U04A 2ZE2A 3TR8A 3V6DA 4CHPA 2X6NA 4FW2A 3LDSA 4EP5A 4CK2A 3SUOA 4BDYA 3RWUA 4DQSA 4M3XA 3KIOA 1XHXA 4DLEA 1JXBA 4DLGA 4CJKA 1T05A 4AHSA 1KLNA 3PV8A 1YT3A 1RDDA 2VWKA 3SQ2A 5J2PA 4CF0A 3U3GA 3AA4A 3VN5A 4B8CA 3TAGA 2OA8A 4PUOA 1ITGA 4CEEA 1RBUA 5KTQA 4DU1A 4CF9A 4HCBA 3AV9A 2QKBA 4DFJA 2KW4A 2Z1IA 3KLHA 2HVIA 1RDBA 4ICLA 4CJSA 1S9GA 1Y97A 2QXFA 5DK5A 3HVTA 4PA1A 3V9WA 3RRHA 2BANA 3RMAA 3LP2A 1D5AA 3BDPA 2XY5A 3BGRA 1IKVA 4LH4A 4QAGA 2G8FA 2YV0X 4FLXA 4ID5A 3VQBA 3KD5E 1U45A 5HRRA 1QSYA 3EY1A 2KTQA 2KQ2A 1HNVA 3AO2A 3AVNA 4RW9A 3WNEA 3SUPA 3HJFA 4RG8A 1CLQA 1YTUA 2B4JA 3G10A 4B9MA 3P5JA 2A1RA 1BQNA 2HW3A 3ZT4A 1D8YA 1U48A 4I9LA 4CK1A 4MQ3A 4DTOA 3VQ8A 2FBTA 2RF2A 2XO7A 4FVMA 3IAYA 1UA1A 4OLBA 4RW7A 2X78A 1KRPA 1RBRA 1TKZA 5CZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9PB 2HB5A 4BC5A 3SK3A 2PYLA 4W5TA 5AQWA 3CCQN 1NMNA 3CJ1A 1X3MA 2YHBA 2NRHA 1CXQA 5C10A 3UIQA 4NXMK 3RMBA 2OPQA 3WXJA 5HOOA 3V9XA 3VTIA 3T1YK 3TAQA 3A0IX 2J4RA 5EVZA 4BRKA 4JI0K 2YKMA 4YY3K 2Z1HA 2D0PA 2WTUA 4DV6K 3HBTA 4FK2A 5AQJA 4CZLA 1HPMA 3MN7A 1KAZA 3E9PA 3CCUN 4K8XA 5KPTA 3OS1A 1R0AA 1ZBIA 1BL3A 3HO1A 1VQ8N 4FZYA 1MU2A 3JAMO 1Z25A 1RTIA 4M63C 3FLCO 5GIPA 4AHTA 5JLFA 1VQPN 1YHQN 5HP1A 4BY9C 3HL8A 1VK0A 1IH7A 3KJVA 1DEJA 2HHTA 4ILGB 3AA5X 2UXCK 3CETA 3SMSA 4HHTA 2HHWA 4CVNE 3SBGA 3ZCMA 3CMEN 4E3SA 4OO1J 1BOTO 1BIUA 3ZSXA 4FLVA 5KPZA 5FRNA 4FZZA 2QEXN 3H3OB 4JKGB 3WNGA 3OHRA 4CJEA 1HLUA 4CBXA 3NGYA 2GX9A 4KHSA 1WSJA 3O9TA 3D0PA 1S3XA 1XC9A 5C25A 4CIGA 4YNQA 5FPEA 5FLXO 4LF4K 1A5XA 1I3AA 4CF2A 4DQPA 3A5OC 4DR6K 3PIPL 1YUWA 2P9NA 4FWOA 2ZD1A 2E2PA 3MXJA 4F8RA 1OVQA 4ELTA 1WBDA 3H46O 4DS5A 1K9MO 1FKOA 4DQ8A 1UWBA 4X65K 1NG9A 2A41A 1RTHA 4E0DA 1C1CA 3BZCA 4B3OA 1XHZA 4A5AA 2VGNA 1P8ZA 3V1QA 1FW6A 2IDOA 2QA4N 3NH2A 2HHSA 2CH5A 2QM1A 4FJHA 5AQLA 3KLEA 3OYJA 4AHRA 1NK9A 3SPZA 4B9TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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